The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
224
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structure length |
224
|
Chain Sequence |
DHPLDRPVWNSLGGPQSELDVASGNLRRLDPAYGPFAAAAPGAEAGLASLLQGDADEIWLVEPEPVAPPPGTRVIRVAPLLQMIADGPVPSFDDPGIVALGETDVPEMTALALATEPGPWASGTWRYGQFYGVRIDGRLAAMAGERMRPAPNLAEVSGVCTWPEYRGRGLAARLIRKVIAGMAARGEVPYLHSYASNASAIRLYESLGFRARRAMTATLLGKST
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Novosphingobium aromaticivorans dsm 12444
|
| publication title |
Crystal structure of Putative Acetyltransferase from the GNAT family (YP_497011.1) from NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS DSM 12444 at 1.80 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Putative Acetyltransferase from the GNAT family
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| total genus |
58
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| structure length |
224
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| sequence length |
224
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-08-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08445 | FR47 | FR47-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Aminopeptidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JLY A; 4B5O A; 4H6U A; 4KZT A; 4AVA A; 5F46 A; 3EC4 A; 5C88 A; 4KUA A; 4BMH A; 5C82 A; 4MBU A; 3FRM A; 3KKW A; 2Z10 A; 3R9F A; 4L8A A; 1MJ9 A; 4MY3 A; 4KOV A; 1NSL A; 3N7Z A; 1FY7 A; 5DWM A; 2ZW4 A; 2AE6 A; 1IID A; 2F5I A; 1YRE A; 1YGH A; 2G0B A; 2A4N A; 4HKF A; 2RC4 A; 2OZU A; 4ORF A; 3TO9 A; 2VEZ A; 4HNX B; 3C26 A; 2FS5 A; 3DSB A; 1WK4 A; 3SXN A; 4XPD B; 4H6Z A; 1S3Z A; 5CNP A; 1LRZ A; 3GY9 A; 2Z0Z A; 1S60 A; 2R8V A; 4LX9 A; 2ZW6 A; 3RYO A; 3K9U A; 4PSX A; 3DR8 A; 1KUV A; 2ZW7 A; 2Q7B A; 5H84 A; 4CAV A; 4MJ8 A; 4CRY B; 4QBJ A; 4UWI A; 4PV6 A; 4PK2 A; 2PQ8 A; 3WR7 A; 2OZG A; 1S7N A; 4FD7 A; 2ZXV A; 2I79 A; 1QSR A; 2REE A; 2AJ6 A; 4R9M A; 4XPK A; 3FXT A; 1M1D A; 3FB3 A; 1MK4 A; 3W6S A; 3W91 A; 5KTD A; 1ON0 A; 1IIC A; 2ATR A; 2GE3 A; 2QIR A; 3ZJ0 A; 3I9S A; 3TFY A; 2H5M A; 2ZW5 A; 1XE4 A; 3TOB A; 3TOA A; 1B6B A; 1BOB A; 1PU9 A; 2BL1 A; 2JDD A; 3R96 A; 1YVO A; 2Q4Y A; 4KOS A; 1Q2D A; 2X7B A; 3R95 A; 1M4G A; 3D3S A; 2GAN A; 1WWZ A; 4JXR A; 4II9 A; 4KOW A; 3D8P A; 4AG9 A; 1VKC A; 1U6M A; 1OZP A; 1YK3 A; 3VWD A; 3TTH A; 5KTC A; 1RO5 A; 1IYK A; 2VQY A; 2EVN A; 2O28 A; 2ARH A; 4KVX A; 2P0W A; 2B4D A; 2PR1 A; 1GHE A; 2KCW A; 2FL4 A; 4PK3 A; 3CXS A; 2JEV A; 4ZBG A; 2ZPA A; 3T90 A; 3DDD A; 5I0C A; 4F0Y A; 4XNH C; 4B5P A; 1Z4E A; 2R7H A; 4YGO A; 4MY0 A; 2WPX A; 4LUA A; 4E0A A; 4KOY A; 2B5G B; 1QSO A; 3CXQ A; 3QB8 A; 1N71 A; 1P4N A; 1M4D A; 4R87 A; 1RXT A; 3R1K A; 2P6G A; 4OAE A; 3VWE A; 2PC1 A; 4NEX A; 1S5K A; 5ISV A; 2P6E A; 2PDO A; 5F48 A; 3W6X A; 1XF8 A; 4KLW A; 4AG7 A; 4X5K A; 4CS0 B; 3V8I A; 3E0K A; 4IF5 A; 5JPH A; 2OU2 A; 4EVY A; 2J8R A; 2C27 A; 4CRZ B; 2Q0Y A; 5J8F A; 1NE9 A; 2Q04 A; 4JD6 A; 3FNC A; 4RS2 A; 4NXY A; 1B87 A; 2HQY A; 2I00 A; 1M44 A; 2BUE A; 3D2M A; 2EUI A; 1Q2C A; 1KUY A; 5IX3 A; 2B3V A; 3H4Q A; 3R9E A; 1S7F A; 4QUS A; 4OLL A; 1QSN A; 2HV2 A; 1Z4R A; 2OZH A; 3SXO A; 1XEB A; 4L89 A; 4XPD C; 3I3G A; 2J8M A; 2PR8 A; 4J3G A; 5EBV A; 3S6G A; 3BJ8 A; 4PSW A; 5HMN A; 1XMT A; 2GIV A; 2FT0 A; 3BLN A; 4KVM E; 4Y49 B; 4JXQ A; 4KOR A; 4K30 A; 3EXN A; 3GYA A; 1QSM A; 4UA3 A; 4KVO E; 1YVK A; 5H86 A; 4NCZ A; 3S6F A; 2FIA A; 4YFJ A; 4CAX A; 1L0C A; 4GS4 A; 2VI7 A; 2VZZ A; 3LD2 A; 1YLE A; 4KUB A; 4ONU A; 4U9Y A; 3IGR A; 5F49 A; 4QVT A; 2OB0 A; 4IUS A; 1S7K A; 2FCK A; 1BO4 A; 2PRB A; 4R3L A; 2CY2 A; 4M3S A; 2QEC A; 1CM0 A; 3R9G A; 4KLV A; 2VXK A; 3FIX A; 4XPL A; 3S6K A; 5IB0 A; 2FSR A; 4KOU A; 2CNT A; 4U5Y A; 4FD4 A; 1CJW A; 2FE7 A; 1V0C A; 2CNS A; 3G8W A; 2P6F A; 4JJX A; 4UWJ A; 2JLM A; 2PSW A; 4MI4 A; 2D4P A; 2B5G A; 3PGP A; 5IV0 A; 5J8C A; 2JDC A; 3PP9 A; 4FD6 A; 2Y0M A; 3LOD A; 2B4D B; 3B8G A; 2Z11 A; 3TO7 A; 3EO4 A; 1Y7R A; 1KZF A; 2J8N A; 1KUX A; 3DR6 A; 2HUZ A; 2WPW A; 2Q44 A; 4B5P B; 5JQ4 A; 1YR0 A; 3EY5 A; 4CAW A; 1UFH A; 4JWP A; 5F47 A; 4NSQ A; 4AVB A; 4KOX A; 4RI1 A; 1J4J A; 5DWN A; 1Y9W A; 2REF A; 2FXF A; 3T9Y A; 3QAH A; 2BSW A; 2OH1 A; 1IB1 E; 1PUA A; 5EC4 A; 5HH1 A; 4FD5 A; 3BJ7 A; 1I1D A; 3NE7 A; 4MHD A; 4NF1 A; 1R57 A; 3DNS A; 1IYL A; 2G3T A; 3FYN A; 4R57 A; 2B3U A; 3ZZI A; 2B58 A; 1YX0 A; 3F8K A; 5FVJ A; 2BEI A; 1Q2Y A; 1Y9K A; 4E2A A; 2D4O A; 3GKR A; 4HNY B; 1MJB A; 3G3S A; 4H89 A; 5KTA A; 2FIW A; 4M85 A; 3JUW A; 4QC6 A; 3TT2 A; 1NMT A; 1P0H A; 1Z9U A; 1VHS A; 5GCN A; 3TCV A; 3IWG A; 2R98 A; 4OAD A; 4DNC A; 1XIX A; 3F0A A; 4R3K A; 2NMT A; 2VZY A; 3D2P A; 2K5T A; 5E96 A; 1S7L A; 3UY5 A; 2Q4V A; 3SHP A; 1K4J A; 2R1I A; 4AVC A; 2G3A A; 3TO6 A; 3MGD A; 4F6A A; 2VBQ A; 3PZJ A; 3F5B A; 1I21 A; 4UBR A; 3P2F A; 3TE4 A; 4XNH B; 3FBU A; 3EFA A; 4QB9 A; 3S6H A; 4E8O A; 4YRH A; 4HNW B; 4AB7 A; 1MJA A; 1M4I A; 4KOT A; 4Y49 C; 4I49 A; 1I12 A; 2DXQ A; 1SQH A; 3OWC A; 3JVN A; 3P2H A; 2IL4 A; 2QML A; 1QST A; 3CXP A; 1TIQ A; 2B4B A; 2CNM A; 4U9Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4G1P A; 4JLY A; 3RAM A; 3V38 A; 3NH4 A; 3QNV A; 4YU9 A; 3I1U A; 3ISX A; 4KSF A; 4B5O A; 4H6U A; 4KZT A; 2F7V A; 4AVA A; 3B7I A; 3EC4 A; 5F46 A; 5C88 A; 3RO0 A; 1XMB A; 4KUA A; 1YME A; 4BMH A; 2C6C A; 1ZG8 A; 1NSA A; 2XEF A; 1QQ9 A; 4FWU A; 5C82 A; 4P45 A; 4UIA A; 3V7Z A; 4MCP A; 4MBU A; 3FED A; 2ZEO A; 1OBR A; 3FRM A; 3KKW A; 4X3R A; 2Z10 A; 5LRK A; 3R9F A; 4L8A A; 4NJR A; 5D29 A; 1MJ9 A; 4MY3 A; 3IJ3 A; 4KOV A; 2ZEG A; 1NSL A; 3N7Z A; 1FY7 A; 5DWM A; 3TC8 A; 1TKJ A; 2QVP A; 2ZW4 A; 2AE6 A; 4F8Z A; 2ABZ A; 1IID A; 2F8H A; 2PJ6 A; 1ELL P; 2F5I A; 3VAT A; 1ARL A; 1YRE A; 1YGH A; 2G0B A; 2A4N A; 2ZEM A; 4HKF A; 2RC4 A; 3D7D A; 4WWV A; 2WSA A; 5JH9 A; 3D7F A; 2OZU A; 4DJL A; 1VGY A; 4ORF A; 2DF5 A; 4O23 A; 4CGM A; 3N5F A; 3A9L A; 2YND A; 2GFQ A; 3TO9 A; 4EME A; 2VEZ A; 4HNX B; 2G9D A; 5F09 A; 3C26 A; 2FS5 A; 3DSB A; 1WK4 A; 3SXN A; 3IFE A; 1VHE A; 3H8G A; 5I4M A; 4XPD B; 4P4E A; 4B12 A; 3ISZ A; 4P4J A; 4H6Z A; 1S3Z A; 4MCQ A; 5CNP A; 1Z8T A; 1ARM A; 3L2N A; 3WC7 A; 1LRZ A; 3GY9 A; 2Q43 A; 1CP7 A; 2Z0Z A; 1S60 A; 2R8V A; 1Y7E A; 2HB6 A; 3PBE A; 2ZW6 A; 4LX9 A; 3RYO A; 7CPA A; 3IU1 A; 3K9U A; 4NFR A; 4NGS A; 4PSX A; 3GUX A; 3FEE A; 5D8N A; 1BPN A; 5HXD A; 3DR8 A; 3B3V A; 1KUV A; 2ZW7 A; 4MRI A; 4EWT A; 2DPS A; 2Q7B A; 5H84 A; 4CAV A; 1TXR A; 4MJ8 A; 2O4H A; 4CRY B; 4QBJ A; 4A31 A; 5K8P A; 1TF8 A; 4UWI A; 4PV6 A; 4PK2 A; 3MN8 A; 4Q7A A; 1CG2 A; 3FX6 A; 4BD9 A; 4TWE A; 3D4U A; 2PQ8 A; 4UIB A; 4UFW A; 3WR7 A; 2OZG A; 2O53 A; 1S7N A; 4FD7 A; 2ZOG A; 4NGN A; 3CZX A; 2ZXV A; 4ZI6 A; 2I79 A; 1QSR A; 3WT4 A; 3VAR A; 2REE A; 2AJ6 A; 4B11 A; 4R9M A; 1DE4 C; 2IQ6 A; 4JZ0 A; 3PRT A; 4XPK A; 3FXT A; 1M1D A; 3FB3 A; 2PVW A; 1MK4 A; 3W6S A; 3W91 A; 2IJZ A; 1ON0 A; 5KTD A; 3KQZ A; 1IIC A; 1YLO A; 4DUK A; 1IY7 A; 1IOI A; 3FEC A; 2ATR A; 2GE3 A; 2QIR A; 4KS9 A; 4Q36 A; 3ZJ0 A; 3I9S A; 1LAM A; 1H8L A; 4PQA A; 3WC5 A; 4B13 A; 2H5M A; 1X12 A; 2ZW5 A; 1XE4 A; 3TOB A; 4DYO A; 3LMS A; 1A2Z A; 2ANP A; 3PFE A; 4UCM A; 3H5Z A; 3TOA A; 4F9V A; 1B6B A; 1YSJ A; 1BAV A; 1BOB A; 1PU9 A; 2BL1 A; 2JDD A; 3R96 A; 3B3T A; 5A28 A; 1YVO A; 1Q2D A; 2Q4Y A; 4KOS A; 5LYL A; 2X7B A; 2V77 A; 1M4G A; 4UEF A; 3R95 A; 2GU2 A; 2GAN A; 1WWZ A; 3D3S A; 4JXR A; 4II9 A; 4P4B A; 2PE3 A; 4KOW A; 3KL9 A; 1TKF A; 3D8P A; 2PJ1 A; 1VKC A; 4AG9 A; 4P10 A; 1U6M A; 2PRQ A; 1Z5R A; 2HC9 A; 4CYO A; 4MMO A; 1OZP A; 1YK3 A; 3VWD A; 3TTH A; 4P4F A; 1M4L A; 5KTC A; 3IO1 A; 4FBE A; 4CGO A; 1RO5 A; 4HPS A; 5HVG A; 3H8E A; 1IYK A; 2VQY A; 2EVN A; 4P44 A; 2PIZ A; 2O28 A; 4TNU A; 2ARH A; 4CYP A; 3DLJ A; 4KVX A; 4JYW A; 2P0W A; 4A32 A; 5HVH A; 4K3N A; 2EO8 A; 2B4D A; 4OIW A; 2PR1 A; 2PVV A; 2RB7 A; 1GHE A; 4NGP A; 3B2Y A; 2KCW A; 3CT9 A; 2FL4 A; 2V8V A; 4OC3 A; 4PK3 A; 3CXS A; 2GLJ A; 4LQ6 A; 5JGF A; 3SI0 A; 2JEV A; 4ZBG A; 5K8M A; 2ZPA A; 3T90 A; 3SJF A; 3SJG A; 3DDD A; 1Z8L A; 5I0C A; 4F0X A; 4F0Y A; 4PPZ A; 3D66 A; 3JTK A; 4XNH C; 3IC1 A; 1Z4E A; 4B5P A; 5A27 A; 2R7H A; 3B3C A; 4YGO A; 4MY0 A; 2WPX A; 4LUA A; 4OC1 A; 3CDX A; 4E0A A; 3D7G A; 4KOY A; 2B5G B; 5G21 A; 1QSO A; 3CXQ A; 3QB8 A; 1N71 A; 1P4N A; 4A38 A; 4BBH A; 3BI0 A; 4UCN A; 1M4D A; 4W9Y A; 4R87 A; 8CPA A; 1RXT A; 5EMI A; 3R1K A; 2P6G A; 4OAE A; 3KHZ A; 2EK8 A; 3VWE A; 4PXD A; 1IU8 A; 2PC1 A; 4NEX A; 1S5K A; 5ISV A; 2PIY A; 2ZEN A; 2P6E A; 2PDO A; 5F48 A; 2WYR A; 2C6P A; 1Z8X A; 2V8G A; 2YGW A; 1ZLI A; 1PCA A; 3W6X A; 2CF4 A; 1XF8 A; 3PB8 X; 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