The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen transport
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| molecule keywords |
Myoglobin
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| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| total genus |
63
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5HAV A; 1HV4 A; 1NZ3 A; 1CBM A; 1BZR A; 3G4W A; 4L7Y B; 1HCO A; 1BZ1 B; 2HBE A; 4FC3 A; 1YVQ A; 3EOK A; 1LFV A; 2NSR A; 3G46 A; 1O1L A; 4PQ6 A; 1IRD A; 4C44 A; 2D60 B; 3ECZ A; 3QJC B; 3ZJI A; 1CBL A; 1OUT B; 2PGH A; 2DXM A; 1HHO B; 1YIE A; 3UBV A; 1GCV A; 1O1O B; 1Y4G B; 1VRE A; 3RGK A; 1Y8I A; 5CNE A; 5JOM A; 1G08 A; 1J7Y A; 102M A; 4H0B A; 1YDZ B; 3VRE B; 5KER B; 1MWD A; 1HBS A; 1SDL A; 3HEO A; 4KN3 A; 1VWT A; 2MHB B; 2ZS0 D; 3OK5 A; 1YZI B; 1VRF A; 1LJW B; 2Z6N B; 3CY5 B; 1Y5K B; 5E6E A; 1RSE A; 3IC2 B; 6HBW B; 2D5Z A; 4NI1 B; 2O5O X; 1X9F C; 1YE2 B; 4F6G A; 1A3N B; 3R5I B; 1NGK A; 4U8U A; 2HBS A; 2FRK X; 2ZFO B; 3HRW B; 3QZZ A; 2G0V A; 4JAC A; 2MGM A; 2BWH A; 4NS2 A; 1EBT A; 1S6A A; 5CNC A; 2QRW A; 3LB4 A; 1NS6 A; 3P5Q B; 1MWB A; 1Y4F B; 4ILZ A; 4O4T A; 3GQG A; 3VAU A; 1HDS A; 1XZ4 B; 1A3O A; 3ARL A; 3PI8 A; 2O5Q X; 2G0S A; 3BCQ A; 2ZSX A; 1J3Z B; 1LTW A; 1RTX A; 1Y0D B; 1YEO A; 1JF4 A; 2AV0 A; 5C6E A; 2HHB A; 1HBR A; 4XS0 A; 1NWN A; 3FH9 B; 1K1K A; 1MOH A; 2MGK A; 1IWH B; 2JHO A; 5CHR A; 1ITH A; 1N9I A; 2VEB A; 3EU1 A; 3M39 A; 1JEB A; 2D5X A; 5CN4 A; 2R80 A; 3VRF B; 1YVT B; 1CMY B; 1BZP A; 1CG8 A; 1QPW A; 2IG3 A; 3QM8 A; 2ZSR A; 3H58 A; 1XZV A; 1MNH A; 1GZX A; 3ZH0 A; 3GQR B; 3MOU A; 5HY8 B; 3QJE B; 1A01 A; 2ZLT A; 1R1Y A; 3G4V A; 3A0G B; 1SPG B; 3CIU B; 3TM9 A; 2LH3 A; 4NK1 A; 1MTI A; 3KMF C; 2V1I A; 1LFL A; 3ED9 A; 2VHB A; 5CN9 A; 1C7C A; 2HBC A; 1LFT B; 1V4W A; 2HBD A; 1DXV A; 1JL7 A; 1S5X B; 2QMB A; 1UC3 A; 2HHD B; 1Y4B A; 1Y8K A; 3QM9 A; 1YMB A; 2BKM A; 5JDO E; 1VXB A; 3D1A A; 4FWX A; 1UFJ A; 2OH8 A; 2D2M A; 1SDK B; 3R0G A; 4KMV A; 1Y2Z A; 3D17 A; 1MYJ A; 2CMM A; 4NI0 B; 3WCT D; 1Y0T B; 2BLH A; 3K8B A; 3BJ1 A; 5CHQ A; 2MB5 A; 5EUI B; 1RPS A; 2NX0 A; 1YH9 A; 3OO5 B; 1MYI A; 2RI4 B; 1MLU A; 5SW7 A; 1UFP A; 3IA3 B; 1X46 A; 1HRM A; 1MNO A; 1YGD A; 4MQG B; 4L2M A; 2V1H A; 2WTH A; 2VM0 A; 1JWN A; 3WFU A; 3TLD A; 3QQQ A; 1XYE A; 1PMB A; 1HDB B; 3G4R A; 2QSS A; 4HRT A; 1LFZ B; 1NEJ B; 1O1J A; 2QFN A; 3ASE A; 5F0B A; 1RQ3 B; 3WCW D; 4IRO B; 4N8T A; 3UGY A; 1Y0C A; 1IBE B; 1VHB A; 1VXG A; 3VHB A; 1A00 A; 1V75 B; 1O1K B; 1O1P A; 1Y22 B; 3GKV B; 1OR4 A; 2MGF A; 3ARJ A; 3PEL A; 4MQH B; 3PI2 A; 1LA6 B; 1CH4 A; 3FS4 A; 1BJE A; 1JY7 B; 3H57 A; 1HSY A; 5HU6 B; 1XY0 B; 3ODQ A; 3DHT A; 1Y7D A; 1B86 B; 3PI9 B; 1ECO A; 1S56 A; 5KDQ A; 2MYD A; 3BJ2 A; 4B3W A; 1J3Y A; 7HBI A; 2GRF A; 3U3E A; 1CH3 A; 1QXE B; 1AJ9 A; 2XKG A; 4F6F A; 4KJT A; 4AVD A; 2G0Z A; 4MBA A; 105M A; 2AA1 B; 1GBV B; 4G51 A; 4IT8 A; 2ZT2 A; 1Y01 B; 1UX8 A; 1QI8 B; 1YCB A; 1YMC A; 1JZL A; 1MOD A; 1MYZ A; 1MLO A; 3UHV A; 1BZ1 A; 2VYY A; 3GQP A; 1V07 A; 3UHK A; 1O1I B; 108M A; 4MQK A; 2E2Y A; 1CQ2 A; 1T1N B; 3UHX A; 5HLQ A; 3QJC A; 1CPW A; 3BOM B; 3S1J A; 1F63 A; 1OUU B; 1SHR B; 1I3E A; 1YEU A; 1OUT A; 4WJG 1; 1HHO A; 1Y09 B; 3PT7 B; 3WHM A; 1YCA A; 1GDI A; 1HBI A; 3A5B A; 5JDO D; 1Z8U B; 1CH9 A; 2G10 A; 5EE4 C; 2DC3 A; 1XCH A; 1MOC A; 3VRE A; 1DKE B; 1DO3 A; 3OZV A; 1RVW B; 1YZI A; 2G12 A; 3O89 A; 1BZZ B; 1MBI A; 1Y4Q A; 2ZS1 B; 1MYF A; 3BA2 A; 3UHE A; 5KKK A; 4AVE A; 4NZI A; 5D1V A; 1IDR A; 4NI1 A; 2O5S X; 3A2G A; 1Y4P B; 3BJ3 A; 5CMV A; 3GYS A; 2FAM A; 1HAB B; 4DC8 A; 3QJB B; 1FAW A; 1HGC B; 1YIH A; 1GCW A; 1Y8W B; 4O35 A; 1OJ6 A; 1CP5 A; 2ZFO A; 3HRW A; 1G0A B; 1CH2 A; 1YFF A; 2GTL B; 3UHU A; 3A5A A; 1F5O A; 4N7P B; 1UVX A; 4VHB A; 1FSX B; 3HYU A; 2D2N B; 3DHR B; 4ESA B; 1YHE B; 1XZ4 A; 5CN8 A; 1EMY A; 5E83 B; 2OIF A; 1LFQ A; 4NXA A; 1DXC A; 1Y0D A; 2R4X A; 2PEG B; 3RJN B; 1Y7G B; 2ZSP A; 1NXF A; 1Y45 B; 4XDI A; 1MKO B; 1H1X A; 2ZSZ A; 3D4X A; 2G11 A; 3FH9 A; 1G09 B; 1Y5J B; 1BIJ A; 2ZFB B; 3A59 B; 1DO4 A; 4MQC B; 3UHC A; 1TES A; 1CMY A; 1FDH G; 1YHU C; 4TWU A; 1X9F D; 3GQR A; 2W6Y A; 5HY8 A; 3QJE A; 5IKS A; 1XZ2 B; 2ZT0 A; 1SPG A; 1V5H A; 3CIU A; 1C7D A; 1MLH A; 3G52 A; 3D1K A; 4MPM A; 2D2N D; 1J7S A; 4PQB A; 1Y35 A; 1BZ6 A; 3VRG B; 1JW8 A; 1BVC A; 4JYQ A; 2ZLU B; 3MBA A; 1Y46 B; 2QU0 B; 1EW6 A; 3ARK A; 3PI4 A; 1J41 A; 1J7W B; 1SDK A; 2ZLW B; 4UUR A; 4WJG A; 2W6W A; 3QZX A; 1EWA A; 1MDN A; 4DWU A; 4NI0 A; 4U8U C; 1V4U B; 3UHG A; 5HLU A; 1V4X A; 4ROL B; 1Y0T A; 1KFR A; 3AQ9 A; 3IC0 A; 2ZLV B; 2H8D B; 3HF4 B; 3RJ6 A; 3WTG B; 5EUI A; 1YEQ A; 1MLL A; 2ZSY A; 3WCU A; 3OO5 A; 1XXT B; 1G9V B; 1O1N B; 4C0N A; 2BNL A; 1GJN A; 1ECN A; 2B7H B; 1CH1 A; 1JP6 A; 1YHU A; 3S48 C; 1HDB A; 2GKM A; 1DO7 A; 3W4U B; 4M4B B; 3M38 A; 1LFZ A; 1NEJ A; 3UHT A; 2BLI A; 1MBS A; 2W6X A; 3UHN A; 1QXD B; 2W72 B; 1RQ3 A; 1VXH A; 1IBE A; 5HLX A; 2NRM A; 1ABY B; 1C40 B; 1XZ7 A; 1XZ5 B; 109M A; 1O1K A; 3QJD B; 4ROM A; 3GKV A; 103M A; 3WR1 B; 2QFK A; 4MQH A; 2DN3 B; 3HXN A; 2Z85 A; 3AQ7 A; 1XY0 A; 4TYX A; 3QM5 A; 1WMU A; 1B86 A; 2MBW A; 1QSI A; 4MQJ B; 1XZU B; 4MQI A; 3GK9 A; 1Y83 B; 5CN5 A; 4HRR B; 1I3D A; 3NFE B; 1YHR A; 1NS9 A; 3MYM A; 5EOH A; 4F6J A; 1HGA B; 1GBV A; 1DUK A; 2GLN A; 2GNV A; 3WCV C; 2QSP B; 1HBB B; 2D2M C; 1MYG A; 2WTG A; 2G14 A; 1O1I A; 1Y8H B; 1LHS A; 1J3F A; 2GDM A; 2HBF B; 5E29 A; 3WFT A; 1DLY A; 3KUO A; 1MLG A; 1IOP A; 1OUU A; 3S66 A; 2VEE A; 4M4A B; 4HSW A; 3PT7 A; 4ZVA A; 3WCT B; 2MGJ A; 1Y4V B; 3MVC A; 4OOD A; 2VYZ A; 1DKE A; 2HZ2 A; 3EDB A; 1FHJ A; 1RQ4 A; 3PI1 A; 2FRJ X; 1KR7 A; 1CH7 A; 1KD2 B; 4F4O A; 1RVW A; 3UHI A; 1BZZ A; 3D7O B; 2ZS1 A; 4O2G A; 1CG5 A; 1YG5 B; 4YU4 A; 1DWT A; 4UIQ A; 3OO4 B; 107M A; 1F5P A; 3UI0 A; 1DXD A; 5MBA A; 1FCS A; 3QJB A; 1G0B A; 1GBU A; 1HAC B; 1MLF A; 2HCO B; 1MBA A; 3HEN A; 4MXL A; 3WCW B; 3DUT A; 3ZJH A; 2GL3 A; 2H8F B; 2MGI A; 2GTL A; 1HJT A; 3WCV A; 1JZM A; 1MNI A; 1MLN A; 4N7P A; 1MLR A; 1K0Y B; 5B84 A; 3NG6 A; 1Y85 B; 1S0H B; 1FLP A; 2AUP A; 3AT6 A; 3DHR A; 4ESA A; 1YHE A; 1R1X B; 1NIH B; 4MU5 A; 1DXU B; 1GDK A; 1YE0 B; 1MZ0 A; 1Y0A B; 1Y0W B; 2PEG A; 3LB3 A; 1Y7G A; 3NL7 B; 3LQD B; 3NMM B; 5EE4 D; 3ZOL A; 3IXF A; 1MBN A; 5HBI A; 1RQA A; 2VLZ A; 1Y5J A; 5EU2 A; 2R50 A; 4FWZ A; 2ZFB A; 3OGB A; 3G4Q A; 4MQC A; 3MJU A; 1HDA B; 4FC3 B; 1YVQ B; 1CO9 A; 3EOK B; 1LFV B; 3GLN A; 1HBH B; 2LHB A; 1IRD B; 1MOB A; 1IRC A; 1QSH A; 5CN6 A; 2D6C A; 1YMA A; 1NQP B; 1M9P A; 3ONZ B; 2PGH B; 2DXM B; 2HZ3 A; 3UHS A; 2V1K A; 1Y8I B; 2BMM A; 1MCY A; 1G08 B; 2MYE A; 1J7Y B; 1OFJ A; 1CO8 A; 1GLI B; 2DHB A; 5JGG B; 2DN1 B; 1VWT B; 1Y46 A; 1HGB B; 2QU0 A; 4ODC B; 1WVP A; 2DN2 A; 2ZS0 A; 3WFX A; 1U7S A; 3NML A; 5MBN A; 2W6V A; 4H07 A; 1THB B; 2D5Z B; 2YRS B; 4ROL A; 2ZFO C; 1MLK A; 1DXT B; 2ZLV A; 4U8U B; 3M3B A; 2HBS B; 4L7Y A; 5AZR A; 3WTG A; 1FSL A; 3ZJN A; 1O1N A; 4TWV A; 1Y5F B; 3E5O A; 2B7H A; 1UIW B; 1NS6 B; 3G53 A; 1YEV B; 1UVY A; 2D60 A; 3AQ8 A; 3GQG B; 1LHT A; 1J52 A; 1XQ5 B; 1FN3 B; 1A3O B; 1MBC A; 4M4B A; 1O1O A; 1Y4G A; 1M6C A; 1GVH A; 1CLS B; 3HEP A; 1O16 A; 1QXD A; 2W72 A; 2GRZ A; 1A4F B; 3EDA A; 1LH3 A; 1OBM A; 1YDZ A; 5KER A; 3MYN A; 2ZSS A; 1C40 A; 1ECA A; 4LPI A; 2HHB B; 1HBR B; 2MHB A; 1XZ5 A; 3QJD A; 4XS0 B; 1K1K B; 3G4U A; 2LH7 A; 1V9Q A; 1LJW A; 1MYT A; 1ABS A; 1BZ0 B; 2Z6N A; 3EU1 B; 3CY5 A; 1U7R A; 1Y5K A; 1Y4R B; 1MWC A; 2EKT A; 2R80 B; 3IC2 A; 6HBW A; 1QPW B; 4O4Z A; 4U8U D; 1YEN B; 1YE2 A; 1GZX B; 4MQJ A; 1XZU A; 1A3N A; 1CIK A; 1DTM A; 3R5I A; 2SPO A; 1Y83 A; 2VLX A; 1HBG A; 2ZLT B; 1R1Y B; 1X9F B; 3V2V A; 2LH5 A; 2M6Z B; 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3ORD A; 1ECD A; 3UHH A; 4G51 B; 5CNG A; 4QAU A; 4ZVB A; 112M A; 2VYW A; 3GDJ B; 2OHB A; 1F65 A; 2BK9 A; 3GQP B; 1A9W E; 1HDA A; 3DR9 A; 4MQK B; 3UHW A; 1YOI A; 1J40 B; 4F6I A; 2V1F A; 1A6K A; 1HBH A; 4IRO A; 1UT0 A; 1HLB A; 4GZG A; 3A5G A; 2H35 B; 1YEU B; 1NQP A; 3ONZ A; 1V75 A; 1DO1 A; 1Y22 A; 3LR9 A; 3WHM B; 2HZ1 A; 2O58 X; 2FRI X; 1COH B; 3MKB B; 1LA6 A; 1DM1 A; 1GLI A; 3HHB B; 1JY7 A; 1HBA B; 2O5M X; 4G1V A; 5HU6 A; 1YGF B; 5JGG A; 1TU9 A; 1BVD A; 2DN1 A; 1HGB A; 2ZS1 C; 1BIN A; 3UHD A; 4ODC A; 1Y31 B; 3PI9 A; 4HSX A; 1CP0 A; 1Y4Q B; 4SDH A; 1BBB B; 1N9X A; 1QXE A; 1THB A; 3E5I A; 1LH5 A; 2YRS A; 3BJ3 B; 3GYS B; 2AA1 A; 2FAL A; 4DWT A; 3UH7 A; 3UH6 A; 2GTL C; 1DXT A; 1FAW B; 1QI8 A; 1YIH B; 3PIA B; 1GCW B; 1ABW B; 1C7B B; 4FH7 A; 1A0Z B; 2W31 A; 1YFF B; 2D2N C; 1Y5F A; 1JPB A; 2LH1 A; 1NAZ A; 1T1N A; 3SZK B; 1UIW A; 4HBI A; 3HYU B; 3B75 B; 1YEV A; 1LH2 A; 1MNJ A; 3BOM A; 2EF2 A; 2ZT4 A; 1XQ5 A; 1B0B A; 1FN3 A; 1SHR A; 3WCP B; 1VXE A; 2R4Z A; 3S65 B; 1Y09 A; 1EBC A; 3AQ6 A; 1CLS A; 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