The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5SW7 A; 2Z6N A; 3CY5 B; 1Y22 A; 3HXN B; 1Y09 A; 1XZV B; 5JDO F; 1COH B; 2ZST A; 1J41 B; 1DLW A; 2MGH A; 2XKI A; 3WCU A; 1HBI A; 3ZJM A; 3LB4 A; 1FDH G; 2B7H A; 3ECX A; 3AQ5 A; 3BJ3 B; 1Y45 B; 2W6X A; 1JL6 A; 4ROL A; 2AV3 A; 4N7O B; 2ZSZ A; 5KER B; 1Y5K B; 3S65 A; 1Y4R A; 3V2Z A; 3GOU B; 2GTL A; 4G1B A; 2AV0 A; 1GCW B; 2DN3 B; 1ECN A; 3EU1 B; 3BJ2 A; 1A0Z B; 1MLG A; 1SI4 A; 2MYA A; 1IRD B; 1XCH A; 2KSC A; 1IWH A; 1EMY A; 1C7B A; 1YFF A; 1MBC A; 1HDA A; 2ZLU B; 4YU3 A; 5ILP A; 1N9X A; 1LFV A; 2QFK A; 3G52 A; 1NIH A; 1YZI B; 1FAW A; 3AT6 B; 3OGB A; 1JP6 A; 1H97 A; 3DUT A; 3KMF C; 2D2M B; 4F6D A; 1YOI A; 2MGD A; 1RVW A; 2MYE A; 4U8U D; 1O1K A; 1M6M A; 1HCO B; 1XZU A; 1J7W A; 4VHB A; 4MQC A; 1HDB B; 1J40 B; 1JZK A; 3D17 A; 3GDJ A; 1Y46 A; 2RAO B; 3WFX A; 1LFY A; 1X9F D; 3QMA A; 112M A; 5AZQ A; 5EUI A; 5B84 A; 2ZFO D; 3UHC A; 5E6E A; 1HRM A; 1BZZ B; 1BAB A; 1HGB B; 2W6V A; 1FSX A; 1G0A B; 1KR7 A; 1LFZ B; 3ED9 A; 1Z8U B; 1CQX A; 1MWD A; 1S0H A; 1MZ0 A; 3CIU B; 1JWN A; 1CH7 A; 2ZSP A; 2VEB A; 3FH9 B; 1SDK A; 2O5S X; 1UIW B; 1D8U A; 1Y7C A; 1G9V A; 2W72 B; 1A4F A; 1S5X B; 5EET A; 4F69 A; 3R5I A; 3WCV B; 4U8U A; 2G0X A; 3IA3 B; 1BIJ A; 4DC7 A; 1DXC A; 2WY4 A; 3MOU A; 3WCP A; 2O5B X; 1ASH A; 4MQK B; 1G08 A; 5EV5 A; 1C7C B; 3PI2 A; 1XZ5 B; 3WCV C; 1MYI A; 3PI9 A; 3HEO A; 1YVQ A; 4ROM B; 1YOG A; 1YIH B; 1Y7G A; 4NK1 A; 1YHU B; 2D2N D; 4PNJ A; 1DWS A; 1YEQ A; 2HHD A; 1S5Y A; 3ODQ A; 1NS9 A; 3PEL B; 1A6N A; 2ZS1 B; 1BIN A; 3UHU A; 1UX8 A; 1ABW B; 4N7P B; 1YHU C; 2O5L X; 1CO9 A; 2H8F A; 109M A; 2GL3 A; 3S1J A; 1MOB A; 3A5B A; 2ZSN A; 110M A; 2MGJ A; 1J3Y A; 3VRG A; 4MQI B; 1EW6 A; 1HDS B; 3OO5 B; 3O89 A; 3QJD B; 1HAB B; 1YDZ A; 2ZS1 C; 3LB1 A; 1Y83 A; 2BW9 M; 2R80 A; 3SDH A; 1NZ5 A; 3G46 A; 1Y7D B; 3IC2 A; 1V4W B; 3UHH A; 3HHB B; 2MGG A; 4YU4 A; 2C0K A; 3PT7 B; 1QSI A; 2HBE B; 1Y5F B; 1HBG A; 4H2L A; 1DXV A; 1DWT A; 1G0B B; 1THB B; 1VHB A; 2W6Y A; 1LH6 A; 3G4Q A; 1BZ6 A; 3PI8 A; 5HY8 B; 3PI4 A; 4DWU A; 1QXD B; 3QM6 A; 1LFQ B; 1NZ3 A; 4QAU A; 3EOK A; 2ZLW A; 2DXM B; 5CN6 A; 1BUW A; 1Y8K A; 4MQG A; 4NI0 B; 1QXE A; 2YRS A; 1HAC B; 1DKE B; 2AUO A; 1V9Q A; 4JAC A; 1ABY B; 1YVT B; 1RSE A; 1BZR A; 2XYK A; 2NX0 A; 4NS2 A; 1CH2 A; 2QMB B; 5MBA A; 1J3F A; 2QFN A; 1A01 B; 1VWT B; 3HC9 A; 4N7N B; 5C6E A; 1Y4V B; 1JZL A; 3NMM B; 2EKU A; 2E2Y A; 4ILZ A; 1Y0D B; 4HRR A; 1DO3 A; 2PGH A; 5EE4 D; 2LH1 A; 1XZ7 A; 1DUO A; 3D1A B; 3H58 A; 1Y0W B; 2Z85 A; 1O1I B; 5MBN A; 3P5Q A; 4AVE A; 1OUU A; 1UX9 A; 1DXU B; 1O1L A; 1HV4 B; 3AQ6 A; 1MLQ A; 2OH8 A; 3WFT A; 3UH5 A; 1VXE A; 1BBB A; 4UZV A; 2MHB B; 4C0N A; 2G10 A; 1Y8W A; 4FC3 A; 5HAV A; 2XKH A; 2Z6T A; 111M A; 1YEO B; 1WMU A; 5EYJ A; 1YMB A; 2QU0 B; 1W92 A; 1MYZ A; 1XZ4 A; 1Y4G A; 3NL7 A; 1HBH A; 3WCW D; 1IRC A; 5CN7 A; 1T1N B; 1K0Y B; 1HBS B; 2R4W A; 2DN2 B; 1MOC A; 2D5X B; 3TM9 A; 1YEN B; 2IG3 A; 1LTW A; 3UHY A; 1YEV A; 1FDH A; 1RQ3 A; 1Y85 B; 3WR1 A; 3AQ9 A; 1OUT A; 3ZOL A; 5ILM A; 103M A; 2H35 A; 4O1T A; 3HYU A; 2QSS B; 5HLX A; 1J7S B; 1XYE A; 3O7N A; 4XS0 A; 1M9P B; 3UHQ A; 4WJG A; 1A3N B; 1IBE B; 5CHR A; 1MLR A; 2HBF B; 1XY0 A; 4F6J A; 1QSH A; 3QJC A; 2ZSR A; 3OZV A; 3WCW A; 2IN4 A; 1YGF A; 1HGC A; 1JW8 A; 1GVH A; 2HCO A; 4X0L A; 1Y4B A; 4NI1 B; 3UH7 A; 5C6Y A; 1O1J A; 3ARK A; 5JGG A; 1OJ6 A; 5CNG A; 3MJP B; 1GLI A; 2ZWJ A; 1MYF A; 2SPL A; 4F6F A; 4GZG A; 3MYM A; 1VXA A; 1CH3 A; 3QJB B; 2AUR A; 1QI8 A; 2D5Z B; 4ODC A; 5JDO C; 1YGD B; 108M A; 1MNO A; 1V75 A; 1NWN A; 1J3Z A; 3AG0 A; 3VRF B; 3IXF A; 4PQ6 A; 1GZX A; 1MLN A; 1YE2 A; 4JYQ A; 2DN1 A; 3UHW A; 2R4X A; 1ECO A; 5CHQ A; 1Y5J A; 1CLS A; 1MYM A; 1JF3 A; 1XQ5 B; 1LFL A; 3AT5 B; 5EYS A; 3ONZ B; 5HLQ A; 3D1K B; 1NWI A; 1MLJ A; 3ARL A; 2ZT2 A; 1MGN A; 3IC0 B; 3WI8 A; 4N8T B; 3BJ1 B; 3HRW A; 1PBX A; 3VHB A; 3RGK A; 4MQJ B; 1AZI A; 1XXT A; 3HEP A; 3OZU A; 1J41 A; 3PT8 B; 3B75 B; 3DR9 A; 3A0G B; 3LB3 A; 2ZLX B; 1CO8 A; 1NS6 B; 1YH9 B; 4FWZ A; 2ZSQ A; 3DHR B; 1Y45 A; 3OK5 A; 2ZFB B; 3WCT B; 1H1X A; 1MLK A; 3E5O A; 5CNE A; 2DC3 A; 5KDQ B; 1HBA B; 1NZ4 A; 1O1P B; 2QSP B; 1Y35 A; 1RTX A; 1KD2 B; 5D1V A; 1S69 A; 1BZ1 B; 1MTJ A; 3WCT C; 1C40 A; 3OO4 A; 1CIO A; 1MKO B; 1LA6 B; 4DC8 A; 1Y4F A; 2ZLT A; 3R0G A; 2MBW A; 1IOP A; 1MLS A; 1IRD A; 2M6Z A; 2JHO A; 2V1E A; 1Y4Q B; 3KMF A; 1V4U B; 1Y2Z A; 2FRF A; 3D7O A; 4DWT A; 2SPO A; 1CG5 B; 1NQP A; 4FH7 A; 3AT6 A; 1Y0T A; 3V2V A; 1M6C A; 3UHK A; 1RPS B; 3BA2 A; 3GLN A; 1SHR B; 3WCV D; 3WHM A; 4IRO A; 1UT0 A; 1CMY B; 3OVU C; 106M A; 3UHT A; 1NPF A; 1MNI A; 3QM7 A; 4G51 B; 2PEG B; 3BOM A; 3LQD B; 1DXT A; 1O1N B; 3UGY A; 1S6A A; 2HBD B; 2MGF A; 5E29 A; 1JL7 A; 1YHU D; 3UHS A; 1ECD A; 1PMB A; 2BMM A; 2D6C A; 4KN3 A; 3D4X A; 1VXC A; 1HGA A; 1A00 B; 1MOA A; 2HHE B; 1R1X B; 2R4Z A; 1R1Y B; 1RQA B; 5CNB A; 1CIK A; 1G09 A; 3PI3 A; 1NEJ A; 1SPG A; 2EF2 A; 1Y31 B; 1MBA A; 1C7D A; 2LH5 A; 2ZS0 B; 5HU6 B; 1F65 A; 3QJE B; 1EBC A; 2LH2 A; 2VLZ A; 4NXC A; 3QQQ A; 4L2M A; 2VYZ A; 3A9M A; 4LPI A; 1MLL A; 1Y8H B; 2HBC B; 2MYD A; 3NG6 B; 2GKN A; 3MVC A; 2D2M C; 2HHB B; 5SW7 B; 4MBN A; 1J7Y B; 1MBO A; 1DM1 A; 2Z6N B; 3MKB A; 1Y22 B; 1FN3 A; 4WCH D; 1Y09 B; 4HRT A; 1DLY A; 4L7Y A; 2V1F A; 5E83 A; 3WCU B; 1YG5 A; 2V1H A; 4TWV A; 1B86 A; 1GBV A; 2R4Y A; 2B7H B; 3M38 A; 1MLH A; 4MQH A; 2HZ1 A; 4M4A A; 4ROL B; 3WCU C; 1OFJ A; 1V4X A; 4F6G A; 4MXL A; 4TYX A; 2G12 A; 2MGB A; 3UHV A; 1THB A; 3S65 B; 4IT8 A; 1Y4R B; 2VM0 A; 1UVX A; 2GTL B; 3OJ1 A; 3OZW A; 1CQ2 A; 2ZT4 A; 1HBR A; 3BJ2 B; 2W72 C; 1SI4 B; 2GTL C; 1X9F A; 1HAC A; 2ZLV A; 1IWH B; 1YFF B; 1C7B B; 1LHS A; 1HDA B; 5HLU A; 1MLU A; 3PIA A; 4YU3 B; 4WJG 1; 2ZFO A; 1EWA A; 2QLS A; 4O4T A; 1LFV B; 1MTK A; 3S66 A; 1NIH B; 2GNV A; 1GJN A; 1FAW B; 3TLD A; 3DUT B; 4HSW A; 1A0U A; 1BJE A; 1RVW B; 3WFW A; 1BZ0 A; 1LH5 A; 1HLM A; 1O1K B; 3ECZ A; 1XZU B; 2R1H A; 1J7W B; 2EB8 A; 4MQC B; 4F4O B; 4HHB A; 2ZT3 A; 1A01 A; 2LH6 A; 2RI4 A; 3GDJ B; 1Y46 B; 1YEU A; 1LFY B; 1GDI A; 2O5T X; 5EUI B; 2CMM A; 1XZ2 A; 1V07 A; 5E6E B; 3UGZ A; 1BAB B; 2W6V B; 1FSX B; 3G4Y A; 1S0H B; 1YOH A; 3UHX A; 3K8B A; 2MYC A; 3A59 A; 2D2N A; 2HBS A; 1SDK B; 4FWX A; 2LH3 A; 1Y7C B; 1G9V B; 1A4F B; 2V1G A; 3GQG A; 3R5I B; 1MLM A; 3SDN A; 4U8U B; 3GQR A; 6HBW A; 1BIJ B; 3DHT A; 1RQ4 A; 3WCP B; 2NSR A; 1G08 B; 1GCV A; 3G4U A; 4M4B A; 4B4Y A; 1MYG A; 3UHD A; 3BCQ A; 3SZK B; 3PI9 B; 4F68 A; 1YVQ B; 1HJT A; 1Y7G B; 2FRI X; 1YEQ B; 2HHD B; 1S5Y B; 3ODQ B; 4OOD A; 1NS9 B; 2G0Z A; 2EVP A; 1VXD A; 1ITH A; 2GNW A; 1K1K A; 2VHB A; 5EOH A; 1Y8I A; 4OF9 A; 1UVY A; 3UHZ A; 2ZT0 A; 1YE0 A; 2H8F B; 4ESA A; 5JDO D; 3VRG B; 1J3Y B; 3G53 A; 1HHO A; 1MYH A; 1BZP A; 2VYW A; 1YDZ B; 2OLP A; 3MYN A; 1Y01 B; 3UBC A; 1Y83 B; 2EKT A; 2R80 B; 2BWH A; 4NZI A; 3IC2 B; 3AQ8 A; 1A3O A; 1Y0C A; 4YU4 B; 1M9P A; 1QSI B; 3HF4 A; 4H2L B; 1DXV B; 3ASE A; 3PI8 B; 4O4Z A; 4HSX A; 4HBI A; 1Y7Z A; 3EOK B; 1CPW A; 1S61 A; 2ZLW B; 1BUW B; 1Y8K B; 2WTH A; 2FRK X; 3NML A; 1QXE B; 2YRS B; 3GYS A; 4FWY A; 5D5R A; 2FAL A; 2MGE A; 1YMA A; 2BKM A; 2OHA A; 4G1V A; 1FSL A; 1LFT A; 4ZVB A; 4H0B A; 2EB9 A; 1TU9 A; 1GBU A; 3FS4 A; 2LHB A; 1MCY A; 2NRL A; 3A5G A; 2AA1 A; 1NGK A; 3ZJR A; 2H8D A; 5CN4 A; 1SDL A; 1HSY A; 2D60 A; 5EU2 A; 3MN0 A; 3WCT D; 4UUR A; 1AJG A; 3UH6 A; 4HRR B; 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1Y5K A; 1GLI B; 3GOU A; 1CH1 A; 1GCW A; 4SDH A; 2DN3 A; 1YHE B; 3EU1 A; 2WTG A; 1A0Z A; 1QI8 B; 3WCU D; 4ODC B; 1MYJ A; 1V75 B; 2MGI A; 1F5P A; 2ZLU A; 3QM5 A; 1UMO A; 1Y31 A; 5HU6 A; 3S1I A; 1GZX B; 1YZI A; 1IT2 A; 3QZZ A; 1YE2 B; 2DN1 B; 2D2M A; 1Y5J B; 1CLS B; 2GTL D; 1NXF A; 3GKV B; 1LFL B; 4C44 A; 1HCO A; 2HBC A; 5B85 A; 2O5M X; 1HDB A; 1HLB A; 1J40 A; 1VXH A; 1MTI A; 2RAO A; 1J7Y A; 3HRW B; 1F5O A; 1PBX B; 3ZJN A; 1N9F A; 1XXT B; 5CNF A; 1O1O B; 1ECA A; 1BVD A; 2MGK A; 2V1I A; 2VEE A; 1MDN A; 1BZZ A; 2MB5 A; 1HGB A; 2HZ3 A; 1G0A A; 1LFZ A; 2G3H A; 3GK9 A; 2ZS1 D; 5EQM A; 1MNK A; 3CIU A; 2Z8A A; 3FH9 A; 1UIW A; 2W72 A; 1S5X A; 2O5O X; 1Y35 B; 4O2G A; 6HBI A; 4NXA A; 4TWU A; 3WCV A; 1A9W E; 1MBI A; 1C40 B; 3OO4 B; 1Y4F B; 3UHE A; 4MQK A; 2ZLT B; 1Y0A B; 5CN5 A; 1C7C A; 2M6Z B; 1XZ5 A; 3UHG A; 2ZS0 C; 1Y2Z B; 4ROM A; 5ILR A; 1JP9 A; 1YIH A; 3D7O B; 3ECL A; 1YHU A; 2XKG A; 1NQP B; 5CND A; 5AB8 A; 3PEL A; 1Y0T B; 5IKS A; 2ZS1 A; 1NPG A; 1URY A; 1DTM A; 5CMV A; 3ZOM A; 3WHM B; 1U7R A; 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