3EKPA

Crystal structure of the inhibitor amprenavir (apv) in complex with a multi-drug resistant hiv-1 protease variant (l10i/g48v/i54v/v64i/v82a)refer: flap+ in citation
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekpA00
4HZTA 1EPME 1SDTA 4H3FA 4Y3XA 3OGQA 1HVRA 5P44A 1FQ4A 2QZWA 1IVPA 5KR1A 3KFRA 2VS2A 2FXEA 2XFIA 5UPJA 3LIZA 4QJAA 3K4VA 3H5BA 2FDPA 1NH0A 3KYRA 1ZP8A 2ZJLA 3SA8A 3EKVA 4MC9A 5OYRA 1HXWA 5P41A 3TOHA 1SP5A 2NNPA 2PWRA 2AVVA 1K1TA 2ZHVA 2WJOA 4J0ZA 3CKRA 5OYVA 1SGZA 5J25A 4PYVA 4B72A 1G6LA 5P34A 3MSLA 3VYEA 3OAGB 5P0VA 2RKGA 1HTEA 5P4TA 4J1CA 4OBKA 5AHAA 2P83A 1F7AA 5OZEA 5P6FA 1B6MA 1BWAA 5DQCA 5P5CA 3EXOA 3UDHA 3ZKGA 2NPHA 5P5DA 5P1EA 4COEA 5P3RA 3BC4A 4D85A 2AZBA 1LF3A 4OBGA 3DV1A 1DW6C 4DVFA 3OOTA 5P5HA 4B05A 2V16C 2VJ9A 4L1AA 5P7FA 3KM4A 3S7LA 1MRWA 5OZIA 5E5KA 4K4RA 5OZWA 4LXKA 3JVYA 5P0MA 3UFNA 5P4PA 3UDQA 1SH9A 1TQFA 4J55A 1HWRA 3K5GA 1DPJA 3OUAA 2QHYA 2ZJIA 5HTZA 2Q54A 5P7TA 5P0UA 1ZAPA 2P8HA 1E81E 5P1AA 1GKTA 5P88A 5OYXA 5FIVA 3CYXA 3LIYA 5P4QA 1BXQA 2O4NA 1K6PA 4Q5MA 4X7IA 5P0FA 1FQ8A 3FKTA 5P84A 2B60A 4LXAA 1MUIA 3JVWA 1W5VA 2ZJKA 4RVJA 2FIVA 4NJVA 4RCFA 5P4MA 4MC6A 4RYGA 3S43B 4ZSPA 1LYAB 2ZHRA 2FNSA 1HOSA 1A8GA 4Y47A 3VF7A 5P6MA 4I0HA 1LYWA 4YE3A 2AVQA 3CMSA 1K2BA 5P58A 5P0GA 5OZ4A 3L58A 4Y54A 3EL0A 1IZIA 1NPAA 4FS4A 5P8SA 3O9CA 4GJCA 3RVIA 2AVSA 2QMDA 2IL2A 1JLDA 3I25A 1E80E 5P1HA 2OHNA 5P1RA 3RSXA 1BDLA 5P6BA 4Y3EA 1TZSA 1HIVA 3SFCA 4I0IA 5P7PA 4QJ2A 2OHTA 2VIJA 4GJBA 5P75A 4JOOA 5P64A 5P2FA 2QI1A 2G21A 5P03A 2QNQA 4Y3TA 3PBDA 2VNMA 3KF0A 3PRSA 5P3YA 4Y5EA 5HDXA 1YTIA 3KDDA 5OZUA 2AODA 2Q3KA 1HPVA 1N49A 1B5FA 4Y3LA 4Y3JA 5P0JA 1MTBA 3CKPA 5P6HA 5P2EA 2O4LA 4QJ7A 4H3JA 5KR2A 4JPEA 1D4KA 2VA7A 5P8JA 2VIZA 3IVHA 5P4XA 2IS0A 1OHRA 3OU1B 3QPJA 4HDFA 3GGXA 3LIQA 5BWYA 3ZKSA 1PSAA 4Z4XA 5P74A 4CPWA 4F73A 2HC0A 3L38A 2FGVA 1SDVA 4L6BA 3EMYA 5P7UA 5P6GA 4Y3AA 2F80A 5P5EA 1PPKE 3UQXA 5HDUA 1B6LA 3TKWA 3VF5A 2CEMA 1ZLFA 1GNNA 2QD6A 2PYMA 5DR3A 5P1MA 5CONA 2BKSA 2PK5A 3LZVA 3SO9A 2FNTA 2IDWA 5OZLA 4Y50A 5OZ0A 4Y4GA 5P2LA 5P54A 1ME6A 3SA6A 5P2CA 4YBIA 5I3YA 2V10C 2AOHA 4ZPEA 3OHFA 1E5OE 2FMBA 4HE9A 5P15A 5SY2A 5P3DA 4J1IA 4B0QA 4F74A 1T6GA 5ENMA 5P70A 2R38A 2EWYA 5P5KA 5P0LA 1HIIA 1META 1YT9A 2NXLA 5P67A 5KR0A 3U6AA 3L5EA 4Y5KA 5P7AA 3OUDB 3S54A 3ZKMA 2UY0A 3INFA 3CIDA 4OC6A 4R93A 5I3WA 1HVJA 1AAQA 5P10A 4M8YA 5P76A 1BDRA 2PWCA 3VV7A 1G2KA 4TRYA 1ENTE 4EHCA 5P3PA 3OADA 3BHEA 3OXWA 5P31A 2QMFA 4I8WA 2Q63A 4BFDA 3UTLA 4QGIA 2G1NA 3I6OA 3LPIA 4M8XA 5P4WA 1TSQA 5P2ZA 2WEDA 1ZJ7A 1TCXA 2IEOA 2VNNA 4Y3GA 5P2MA 2G1OA 2PC0A 2ZHTA 5P66A 2BPZA 5P22A 4Y57A 3QROA 5P8PA 4EJLA 1HEGE 5OZNA 3NSHA 3PCWA 3PSYA 4Y36A 4K9HA 4OBZB 4AUCA 1HVCA 2V13A 4NJUA 3EKQA 3NDUA 5P24A 5P68A 2F3KA 4CPUA 1BV7A 4ZPFA 4Y3MA 1G0VA 1VIJA 5OZZA 2RSPA 3QBFA 3HAUA 4XKXA 4I11A 4LHHA 4RRNA 4MC2A 1ZSRA 5AH7A 1OEXA 2IGXA 2AOJA 2Q64A 4HA5A 3OAGA 4FL8A 1XN2A 5P2BA 3NU9A 1J71A 5P1QA 1FKNA 3SA4A 7UPJA 3IXKA 3QIHA 3UDKA 5P1UA 5P26A 3PLLA 3WZ6A 3OUCA 1LS5A 3VFAA 3D1ZA 1U8GA 4WY1A 5OZVA 5P7JA 2QNNA 1IBQA 5P11A 3ER3E 5P60A 1FQ7A 2OF0A 4RRSA 3QRVA 1GVVA 3O9LB 4ZEAA 2NXDA 1IZEA 2QI3A 3I8WA 5P3LA 5P8HA 5HE7A 3INHA 4J1EA 2WL0A 5P33A 1CZIE 4Y4ZA 5HCTA 1T6EX 3LPKA 4GB2A 3KT5A 1AXAA 1IZHA 4XX3A 3BXRA 5P1VA 3QS1A 4NJTA 1HPSA 3TOGA 3B7VA 1MT7A 3NU3A 3KMXA 5P2NA 3QN8A 5P4KA 5P7IA 2NNKA 2BKTA 2NMYA 3O9FA 1XN3A 2RENA 2VA6A 5P2VA 5P4CA 5P7ZA 4FSLA 1GVTA 3ZKNA 4DJWA 5P2KA 3NUOA 3RU1A 3DOXA 5P3NA 1M43A 3OXCA 3SM2A 1HTRB 5P50A 3HLOA 1PPLE 4OD9A 5P5YA 4EJ8A 3QVCA 4EPJA 2ER0E 2R5PA 1Q9PA 3OTSA 5P77A 5P49A 4D83A 2WEBA 5P4SA 1XL2A 3HVGA 5P3SA 2PK6A 1KJ4A 3LZYA 1TW7A 2QD7A 5P3CA 4CP7A 3UDRA 1GNMA 4R8YA 5P43A 5T4SA 4APRE 1BDQA 2G1YA 5P5BA 4DQHA 5E5JA 3QRMA 4L7HA 5KQYA 5P05A 5P1OA 1LYBB 4I0FA 3DV5A 1HPXA 1YM2A 3MXEA 1KJHA 5P6YA 5P1NA 2FS4A 1HVIA 2V12C 4J0VA 5P52A 1HSIA 4AA8A 5OZCA 4GIDA 3CKTA 1GVUA 4I0EA 2OHQA 3U7SA 4Y9WA 2BBBA 2I4VA 5P47A 3O9BA 3BVAA 1AM5A 3O9EA 2I4QA 4RVIA 4K4PA 5C9DA 2F8GA 2B7ZA 3KMYA 4FGXA 3DJKA 3G72A 4KE0A 5P2QA 3WSJA 4HDBA 5P3HA 5P71A 2VKMA 5OZ1A 3EL9A 4RZ1A 3OOZA 5P1JA 5P0BA 3AIDA 4YOBA 4GJDA 5P2DA 5DGWA 3KN0A 4Y3SA 3LZUA 4RVXA 4XX4A 4ZSRA 1W6HA 4Y5PA 4ZIPA 3GW5A 5COKA 1XE6A 5F00A 3APPA 4Y3YA 5P51A 4FSEA 3ZPTA 3R0WA 2ZYEA 5P6AA 5P78A 2VIYA 5P04A 1IDAA 3VLBA 2UPJA 2PMAA 3K1WA 4ER1E 5P18A 1QBSA 5P6IA 3OQKA 5P6ZA 5P7DA 1PSNA 3CICA 2OHMA 4TRWA 5P4IA 1G35A 5P48A 2HS1A 3VG1A 5KOSA 1FB7A 4WY6A 5OZ2A 1BILA 5DQ5A 4YHQA 2PSVA 4TRZA 4APEA 5OZYA 5DQ1A 4EYRA 3GI5A 3NYGA 4U7QA 5P37A 1RNEA 5P23A 5AH9A 3T11A 2QCIA 2HB2A 2H6TA 4H3GA 3SKFA 1EC1A 5P8EA 2VIEA 2QHCA 1PSOE 5OZ5A 3M9FA 5COOA 2IENA 4FCOA 1BV9A 1FLHA 2B42A 3UCBA 3OWNA 5OZFA 5P8CA 1EPRE 3EKYA 2G24A 4YCKA 3NU6A 4Y48A 5P6TA 1AZ5A 5P1YA 4Y5BA 3O9DA 5P4DA 3PI0A 1QRPE 1SIVA 1DMPA 2O40A 5P3WA 3TTPA 2Z4OA 1PFZA 4Z50A 4KB9A 3IXJA 5P3MA 2MIPA 2P3DA 5SXNA 5P57A 4DQGA 5P8FA 4TVHA 3UF3A 2OHUA 3IA9A 1EC0A 5P8TA 4LP9A 4E43A 4FM7A 2P3AA 4PEPA 4NKKA 4ZE6A 3KFNA 2VJ6A 5P5IA 3DCKA 5P09A 3EM4A 2WF4A 4U8WA 5IVRA 5OZRA 1B11A 3GGVA 5P7BA 5HCOA 2AZCA 3OQDA 2ZJHA 4Y3NA 1HSHA 3GGAA 5P1LA 5BRYA 4AA9A 3S45A 2J9JB 2WHHA 5P8NA 1TCWA 3RTNA 2QU2A 3TNEA 1APWE 3S53A 2HS2A 3KFSA 1ZPKA 5ISKA 1YG9A 3S7MA 1DP5A 1EBWA 1E82E 1LV1A 3O9IA 1EC3A 4Y6MA 3TPRA 5P0NA 7HVPA 1UH8A 2OAHA 5P20A 5P3KA 5OYTA 2P3BB 3PSUA 1D4HA 1WBKA 5P63A 5P59A 3L3AA 5F01A 5P1GA 2H6SA 4Y5GA 2Q15A 4EP3A 1K2CA 5P4HA 5OYWA 3BUGA 5P8RA 4Y35A 5P7NA 1ODXA 5P82A 5P7LA 4RGHA 5IS4A 1W6IA 1ZPAA 2QMPA 4Y43A 5JODA 5HDVA 1IZDA 2B7FA 1YTGA 3KFPA 4ZLSA 5P3BA 2AOFA 2QAKA 4YD3A 3EC0A 3KT2A 1FGCC 5HD0A 1D4JA 4LC7A 2F3EA 5P4YA 3OQ7A 3ZPUA 4HEGA 3HDKA 5P55A 3D20A 2HAHA 4J1HA 4NJSA 3PI5A 3QBHA 3D1XA 3HAWA 5P0AA 5OYSA 5P0SA 4DI2A 2UXZA 1QDMA 4PPHA 3D3TA 2ZJNA 3T7QA 1EBKC 4FLGA 4GJ8A 3VV8A 2A1EA 4I0DA 1C6XA 4PZWA 5P2XA 1DIFA 1PROA 2HM1A 3HW1A 3VF3A 4CPTA 4DQEA 2G27A 3PB5A 3A2OA 2FGUA 4NPTA 5P3GA 1EPLE 1K6CA 2JXRA 5P5TA 2BPWA 4J1FA 2AQUA 2XYEA 4YD5A 3GI0A 3MSJA 4I1CA 1EPNE 1C70A 3LNKA 5P6JA 2AVMA 1OEWA 3EL5A 3HZCA 4YA8A 2FDEA 5P5PA 2PYNA 4ER4E 4Y4EA 3DM6A 1RL8A 4EJDA 3NUJA 4CMSA 3S56A 3SKGA 2VJ7A 1HEFE 2PQZA 4JP9A 2BB9A 9HVPA 5P42A 5DR1A 1HPOA 3OU4A 1FFFC 2PSGA 1HVLA 5I3VA 2CEJA 4LL3A 5P3UA 1B6PA 3URIA 5P89A 2JJIA 5P0XA 2OHKA 3N4LA 3ZMGA 2AOGA 3DK1A 1Z8CA 2QZLA 5P1TA 4Y4JA 3F9QA 1MRXA 2AOIA 5P7WA 3ST5A 4H1EA 3PWMA 3UDNA 5P5FA 4OBJA 5P7RA 3EL1A 5CLMA 1EPOE 5OZPA 5P07A 2Q5KA 3VCMA 1KJ7A 5OZ3A 1AJVA 4GZFA 6APRE 5JG1A 5P4OA 5KOQA 2JYSA 5P6LA 4L1AB 4I0GA 3H0BA 5P1KA 5P46A 5P8OA 2QK5A 3TH9A 5P29A 1UPJA 5P7OA 1W5WA 3OXXA 1HVKA 4H3IA 5P87A 2PH6A 2O4SA 3ZKQA 4CKUA 5P4ZA 4Y5LA 5P5VA 5P6RA 4N00A 2AZ8A 4KUPA 1ODYA 3R2FA 1AVFA 3KDCA 3PVKA 5HE5A 3NWXA 3WZ7A 5P16A 3K5FA 1SGUA 1LF2A 3MXDA 3INDA 1MTRA 4LXMA 1T3RA 4Y5AA 1XE5A 5AHCA 5ENKA 4J1KA 2PH8A 3O9HA 5P53A 1GNOA 4Y3DA 4Y4TA 3B80A 5P5UA 4FAEA 4Y5MA 4DQBA 3FIVA 4Y53A 2IKOA 1BVEA 4DV9A 1EC2A 1ZTZA 4DJQA 5P00A 1MERA 4CPXA 2R9BA 2B8VA 2QI7A 4GYEA 3G70A 3N3IA 4A6BA 2I4DA 1IIQA 5EZXA 2I0DA 5P4GA 1LF4A 3EBZA 3IAWA 3O99A 3PJ6A 3O9AA 3K5CA 3OY4A 4UPJA 3TKGA 3FNUA 1KJFA 2QI4A 1HIHA 4L7GA 4Z2ZA 1AIDA 3G6ZA 5P6DA 3ZOVA 5P56A 2WF2A 5P0OA 3PWWA 5P1IA 1HRNA 2WF3A 4ZSMA 1WKRA 1B6JA 5P12A 4F76A 5AH8A 1BWBA 3SAAA 5P08A 3O9GA 3L5CA 5P5MA 1APTE 4Y4WA 3S43A 2HB4A 4I12A 5P1CA 1HSGA 1LYAA 2ER6E 3Q70A 5P8IA 5P5SA 5P4UA 2QMGA 1YTHA 3EM3A 2V11C 1GVWA 1RQ9A 5P4JA 2FXDA 5P19A 5P6QA 4DJYA 5P2HA 2QP8A 3EL4A 3EM6A 3QRSA 4J17A 4I0JA 1FMBA 3PM4A 5P36A 3VSWA 5P7YA 5P65A 1EPQE 4GJ7A 5P3ZA 1FMXA 5ER1E 3MSKA 2QI0A 5P8UA 2PSUA 2P3BA 4FRJA 4Q1XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HZT A;  1EPM E;  1SDT A;  4H3F A;  4Y3X A;  3OGQ A;  1HVR A;  5P44 A;  1FQ4 A;  2QZW A;  1IVP A;  5KR1 A;  3KFR A;  2VS2 A;  2FXE A;  2XFI A;  5UPJ A;  3LIZ A;  4QJA A;  3K4V A;  3H5B A;  2FDP A;  1NH0 A;  3KYR A;  1ZP8 A;  2ZJL A;  3SA8 A;  3EKV A;  4MC9 A;  5OYR A;  1HXW A;  5P41 A;  3TOH A;  1SP5 A;  2NNP A;  2PWR A;  2AVV A;  1K1T A;  2ZHV A;  2WJO A;  4J0Z A;  3CKR A;  5OYV A;  1SGZ A;  5J25 A;  4PYV A;  4B72 A;  1G6L A;  5P34 A;  3MSL A;  3VYE A;  3OAG B;  5P0V A;  2RKG A;  1HTE A;  5P4T A;  4J1C A;  4OBK A;  5AHA A;  2P83 A;  1F7A A;  5OZE A;  5P6F A;  1B6M A;  1BWA A;  5DQC A;  5P5C A;  3EXO A;  3UDH A;  3ZKG A;  2NPH A;  5P5D A;  5P1E A;  4COE A;  5P3R A;  3BC4 A;  4D85 A;  2AZB A;  1LF3 A;  4OBG A;  3DV1 A;  1DW6 C;  4DVF A;  3OOT A;  5P5H A;  4B05 A;  2V16 C;  2VJ9 A;  4L1A A;  5P7F A;  3KM4 A;  3S7L A;  1MRW A;  5OZI A;  5E5K A;  4K4R A;  5OZW A;  4LXK A;  3JVY A;  5P0M A;  3UFN A;  5P4P A;  3UDQ A;  1SH9 A;  1TQF A;  4J55 A;  1HWR A;  3K5G A;  1DPJ A;  3OUA A;  2QHY A;  2ZJI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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