3EKTA

Crystal structure of the inhibitor darunavir (drv) in complex with a multi-drug resistant hiv-1 protease variant (l10f/g48v/i54v/v64i/v82a) (refer: flap+ in citation.)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ektA00
1UPJA 4AUCA 5P01A 3BUGA 5P4GA 4COEA 5P62A 1KJGA 4J54A 2MIPA 5P0AA 8HVPA 4EHCA 3IN4A 3DCKA 3DM6A 3D20A 5P70A 2JXRA 5C9BA 4R8YA 1SIVA 2QI6A 3UDYA 4RGHA 3EM6A 3KDBA 4A6BA 4QJAA 3EKVA 5P35A 1TQFA 4IVTA 4FLGA 5P1BA 4N00A 3VF3A 1EAGA 3OY4A 1XL5A 5P61A 1HSIA 1ODWA 3WZ8A 5DQ4A 4RVXA 4TVGA 4JPCA 1SDVA 5P37A 4Y4EA 4L7HA 4EPJA 4PHVA 1XL2A 2Q63A 3KFPA 4AA9A 4Y4AA 3GI5A 1U8GA 4A4QA 3KM4A 3S45A 4Q1WA 5KQYA 1TZSA 1RL8A 3OUBA 1HVKA 4NJTA 3QROA 1G0VA 2HB3A 3SPKA 4XKXA 5P6LA 5P04A 3K5GA 5DR8A 4WY1A 5P4WA 3IGBA 4EWOA 2I4VA 5P66A 3VFBA 5OZZA 2NPHA 3INHA 2QHZA 5P82A 3ST5A 5P4OA 3SLZA 3TTPA 1M0BA 5P26A 5HCOA 5HVPA 3JVYA 4Y39A 4Y3LA 3GW5A 4B78A 5DR0A 5P7VA 4J1FA 5P13A 1BXQA 4HEGA 4Y3AA 5P1UA 1D4KA 5P1GA 4MC1A 2OHSA 5ER1E 4CPWA 3PBZA 3UDRA 3HAUA 5IVQA 3KDCA 1MERA 1DAZC 4Y38A 1HHPA 2AOFA 1C6YA 2CENA 1IBQA 3LIZA 1HTEA 5P2YA 5P20A 4I0FA 2PSUA 3VYDA 1SMEA 1HXWA 3S85A 4Y3XA 3UQRA 1N49A 2VA5A 2Q55A 3NUJA 5KOSA 5P6EA 3TPPA 3UDQA 5P8IA 2OHPA 3EKXA 1PSNA 4GJ5A 2FXDA 4DJVA 3OTYA 2IQGA 3S2OA 4GJCA 6UPJA 3KFNA 5OZWA 3OOZA 4BEKA 3SM1A 2O4KA 1EPPE 3ZKXA 4D8CA 4R95A 3ZKMA 4I1CA 5P1PA 3LPKA 1ZSRA 2XFJA 1FFIC 2ANLA 1TCXA 5OYQA 1LV1A 4Y3DA 4Q1NA 3FKTA 1EPOE 5P6NA 1E80E 5P4SA 5DGUA 3UQXA 3L38A 4Y3FA 4HZTA 3GI0A 3KMXA 5P73A 3HW1A 1PSOE 5E5KA 3ZKSA 3VV6A 1Z8CA 3GGXA 3R4BA 4J0ZA 3SAAA 1Z1RA 4U8WA 4LAPA 5DR7A 4TRYA 2ZHTA 3URIA 1ZPAA 1G2KA 1D4YA 1MT8A 2WF3A 1BBSA 5HDUA 3T3CA 4EQJA 1HWRA 5ENKA 2AVQA 4KE0A 5P2WA 3IA9A 2VA7A 1MSMA 5P2NA 3LIYA 5OZBA 3K5CA 4FRIA 5J25A 4I0JA 3OQAA 2QNQA 3UF3A 3VF7A 1B6LA 5P30A 5P5CA 1BV7A 2VNMA 2V00A 1SIPA 3NDXA 4Y5GA 3K1WA 1HSHA 3HD8A 2JJIA 2AOHA 5OZSA 1BXOA 2BPZA 4DJXA 5P2CA 2O4PA 5P33A 2V11C 3OXCA 5P4YA 1MUIA 4TRZA 2VIYA 5P8OA 3QIHA 2R8NA 3FX5A 1HIHA 1TCWA 2PWCA 3NU3A 3NDTA 4RVIA 5OZHA 4QJ8A 3N3IA 5P46A 1T3RA 3L5CA 1XS7D 2ZJKA 5P77A 1D4IA 4Z4XA 2QI3A 3OQKA 5P16A 3CIBA 4Y3NA 1DW6C 1KJFA 5AH6A 1FQ4A 4Y3YA 5I70A 1SGZA 1EEDP 4X2LA 5P5WA 5P7OA 1D4JA 4Y5BA 1HPOA 4YD7A 5P3CA 4U7QA 3DUYA 1W6IA 4DJOA 3MXEA 3RU1A 5P06A 3OUAA 5OZ7A 5DPZA 5P48A 5P8LA 1T7IA 5P83A 1FQ8A 5P7SA 2AOJA 3NU4A 1EC2A 5P15A 1YTIA 3O9DA 2ZYEA 5P7DA 1M4HA 4LXKA 3JW2A 4XX3A 4YDFA 4APEA 1FFFC 4Y43A 1MTBA 2G94A 4JP9A 1W5YA 3R0WA 4Y5EA 1G35A 5P5EA 2PSGA 3DCRA 4RRSA 2B8LA 5P4EA 5ISKA 2G69A 5P57A 2PK5A 4YHQA 4I12A 5P3PA 6APRE 1T6EX 5P0CA 2ER7E 2B42A 1SBGA 5HE5A 5P7HA 5KQFA 5SY2A 4HDBA 3G70A 2P3CA 2RKGA 3ZL7A 9HVPA 4LXAA 2FLEA 3MXDA 3EL1A 1IVPA 4Y4XA 4EXHA 7UPJA 4NPTA 1GNNA 1EPRE 1YTHA 1ZAPA 4L7JA 5P41A 2AZCA 4DJYA 5P6RA 3UPJA 3HVGA 2OHNA 5PEPA 4DPIA 1BVEA 1W50A 5P5NA 5KQXA 3I7EA 3PMUA 3NYGA 4Y5CA 1IDAA 4Y3SA 5P4UA 1PPME 1F7AA 1ZLFA 1K2CA 2AOEA 3UQWA 4S1GA 2I4UA 3QVCA 5P72A 5DR3A 3PGIA 3D3TA 4Y5NA 1A8GA 1EPME 1QDMA 3BUFA 4GJBA 1C6ZA 5P05A 3IXOA 3TPLA 2I4QA 3CYXA 2UPJA 2AOCA 1BIMA 3WB4A 1MRXA 1KJ7A 5P6CA 1FQ5A 5P65A 2BBBA 5P2XA 1B11A 3PSYA 1GVXA 5P2AA 5JFPA 4Y3ZA 2IL2A 4RROA 3LZYA 1ODXA 5P4XA 5HE7A 2Q5KA 5P5DA 5P34A 4ER4E 2V12C 5P4FA 3DV5A 3OXWA 4PZXA 3PWWA 1YTJA 5P2TA 1ME6A 5HDZA 4DJUA 3EL9A 5P45A 2PYNA 5P3BA 1RNEA 2BQVA 1F34A 2CEMA 5P27A 3DJKA 5HCTA 5P5HA 5P0DA 3PSGA 5P79A 3SACA 5P2QA 4I8ZA 3SA8A 1JLDA 2G1SA 2HB4A 2PYMA 2UY0A 3OADA 4R5NA 3L5BA 2F81A 2PQZA 1IIQA 3CYWA 5P8FA 4DQFA 2FXEA 3I8WA 4PZWA 3TKGA 5P6IA 3D1ZA 1AAQA 2P3BA 2ZHSA 4Y3GA 4J0TA 2PH6A 4Y4BA 2QI4A 4DVFA 2AVOA 3VYEA 5AH7A 1YT9A 1ENTE 4ZE6A 2JE4A 3OUDA 4DJRA 2IKOA 2R38A 5SZ9A 5P7NA 5P22A 3LZUA 3OXXA 5P2GA 1AXAA 2WECA 1B5FA 3ZKQA 5P5VA 2QI5A 3UDNA 1EPNE 1GVWA 5OZJA 4RYGA 2G20A 5P4MA 3SA5A 2QAKA 4I0HA 5P00A 3U6AA 5P59A 4FGXA 2PMAA 3FNSA 1C6XA 3NDUA 1APUE 1Q9PA 3K5FA 5P42A 4Z2ZA 4PPHA 4ZPGA 1FQXA 4Y3TA 3RTNA 1HVSA 3IVHA 5P2SA 2AOIA 5P2KA 3SA3A 1EC0A 4D88A 5P4VA 4J0VA 4H3GA 3NWXA 4X7IA 5P02A 4EJKA 2FNTA 1K1UA 3PWMA 4KE1A 2NNPA 4D83A 5P3HA 5P7EA 5P8QA 2IGXA 4DJPA 3SA7A 2H6SA 5ISJA 1HVRA 3G72A 1HTFA 3O9FA 5P68A 1QRPE 2WEZA 3GGAA 5P0HA 4MC9A 1B6JA 5KR0A 3PVKA 4APRE 3KT5A 4I8WA 5P2ZA 2G26A 4RVJA 4Y5AA 3VFAA 2B60A 4RYCA 5F00A 2OHMA 4R93A 3KMYA 5P1FA 4KUPA 3APPA 1TW7A 3UQPA 2APRA 1XE6A 2R5QA 4ZEAA 1ODYA 4XX4A 2VJ6A 4I0IA 5P6XA 4J5JA 2PH8A 5P5TA 5CLMA 4ACUA 1D4SA 1YM2A 1EBWA 1RQ9A 3LPJA 5OYZA 3OADB 3T7XA 3CICA 1HVCA 2FS4A 5P0FA 2QNPA 5P0WA 1HPVA 5SXNA 5P3VA 3PLDA 3IXJA 2HIZA 5P7FA 5P7WA 2ZHVA 5P3GA 5P88A 2P3BB 4QGIA 4FRJA 1HTRB 5UPJA 2P83A 5P32A 5OZUA 5P1TA 1MSNA 2BPWA 5DQCA 5APRE 1APTE 4FL8A 2IRZA 3OUDB 5P7BA 5P84A 5P81A 4LHHA 3QRSA 4Y3HA 1HBVA 3O9CA 1W51A 3MSJA 3OGQA 3DV1A 5OZ2A 3BGBA 3LINA 4HVPA 1APWE 1B5FB 3PMYA 3URLA 3WZ7A 3Q6YA 2OHUA 2QZXA 2HM1A 4ZIPA 4QJ2A 4JPEA 5P6SA 2QCIA 1E5OE 3NXNA 5P2JA 3OXVA 1BV9A 4DQBA 4EJ8A 1FG6C 5HE4A 2QMPA 5P36A 1BWAA 5P29A 5P4KA 4Y48A 5P3DA 1AM5A 4Y47A 2R3TA 5KR8A 5OZAA 4EYRA 2IS0A 1YTGA 5OZEA 4K4PA 4Q5MA 2I0DA 2RMPA 3D1XA 3R1GB 4OBFA 2UXZA 4TRWA 5HDVA 5P7GA 4PEPA 3PHVA 1HIVA 5P69A 5P0YA 5BS4A 2NNKA 5P1YA 4QJ7A 1HOSA 3L3AA 5P4ZA 3PI0A 2AZ9A 3LIVA 1MT9A 2XYEA 2NMZA 4Y45A 5P7IA 3TPJA 3EL0A 4ZPFA 3Q4BA 3ECGA 2G24A 3S8IA 5OYSA 5OZCA 4A6CA 5OYWA 2B8VA 3L59A 4EP3A 2ASIA 4HLAA 5HD0A 2AQUA 2QMGA 2ZE1A 5P6YA 1LZQA 1HXBA 5P8RA 5OYVA 3ZPTA 1SP5A 3KA2A 5OZYA 5P3XA 2QZWA 2Z4OA 5P4LA 4OBKA 4GJDA 1GVUA 2VIEA 3QBFA 5P5FA 5P0GA 5P3EA 5P17A 4CMSA 1FGCC 3CIDA 5P6PA 4RCFA 3NWQA 4Y3WA 5P19A 3RTMA 5OZ0A 4FRKA 1G6LA 3SA4A 3K4VC 1FG8C 5P0SA 1WBMA 5P6WA 5ER2E 3B7VA 4EJDA 3H5BA 3BVBA 2BKTA 5P6DA 3PRSA 1XDHA 5KR2A 5P0VA 5OZ1A 2FGVA 2AVVA 2AZBA 4I0ZA 5P8DA 5HU1A 1VIJA 5OZNA 1LF3A 3S53A 3T11A 4FS4A 5OZDA 2HC0A 3Q3TA 5P3JA 5P3RA 1QBSA 3B80A 1MPPA 1IZIA 3PEPA 3TOFA 1SMRA 4Y50A 1D4HA 1BAIA 1OEXA 4FIVA 3UDMA 2IEOA 3I25A 4TVHA 5B18A 4Y54A 4EP2A 4GB2A 2P3DA 3LHGA 2O4LA 2I4WA 3LITA 5P1CA 4E43A 2QNNA 1IVQA 4J1IA 4YOAA 3KDDA 3KFSA 3UHLA 5P86A 1NH0A 3LIQA 4YCTA 5P3LA 5P5JA 5P49A 3TNEA 1NSOA 4OBDA 1WBKA 4Y4TA 3SQFA 2HS2A 5OZRA 4B1EA 2WEDA 3LIXA 2QD6A 5P0TA 3BGCA 1HTGA 3SA9A 5P89A 2B7ZA 1K6CA 3VUCA 1W5XA 1TSQA 5P2EA 5OZIA 4ZSRA 4FAFA 5P3QA 4BFBA 4EXGA 5OYTA 1A30A 1BVGA 5P1NA 1XN2A 4D85A 2B7FA 5P14A 1PSAA 2FDEA 2R3WA 1EC3A 3RSXA 1XN3A 3WSJA 4BFDA 5P39A 1BDRA 3UTLA 1B6MA 5P8GA 3OU3A 3VG1A 3ZOVA 5P8SA 1HVIA 5OZ8A 3LPIA 5P5RA 4H1EA 2HPEA 3NU5A 1GKTA 5P3NA 2FDDA 3PLLA 5P6GA 3MSKA 4Y5LA 3GGVA 3IAWA 4ZSQA 5P2BA 2P8HA 5P23A 4OBJA 5P74A 3OWNA 1E81E 3IN3A 4CPUA 5P63A 1KJ4A 4DFGA 3APRE 4ACXA 1FKNA 3QN8A 5P3KA 5P7RA 1AVFA 1ZP8A 3IXKA 4F74A 3QPJA 5P0ZA 2BJUA 2AODA 5COPA 5HTZA 3FV3A 3CKRA 4J0YA 5P1WA 5I3XA 3QS1A 5P4IA 5P8JA 5P1LA 4F76A 5P10A 4Y4GA 3WB5A 3HLOA 4PYVA 2ZHUA 3FNTA 2Q54A 4Y3JA 5P7QA 3EXOA 1W5VA 2O4NA 2WF0A 5P85A 4Y58A 3O99A 1HVLA 2ZJNA 5P0PA 3QP0A 5P03A 3PJ6A 3KYRA 5CONA 1OEWA 4GYEA 5HDXA 5P6AA 1ZBGA 3NXEA 2G1OA 5P7AA 2J9KA 5KOQA 3QBHA 5P0JA 4B00A 1GNMA 1EBYA 2Z54A 3L58A 3K4VA 4EQ0A 5P7PA 2NTRA 3ZPSA 1FMUA 1PPLE 1DPJA 5P2VA 5AHCA 2F3KA 4DV9A 4J1CA 4GJ7A 5P0EA 2OHTA 4OBHA 4YCKA 2HPFA 4NJUA 1KJHA 2F80A 5P2MA 4FE6A 2VKMA 2WEAA 2J9JA 2P3AA 4OD9B 2FDPA 2FNSA 1FMXA 5OZQA 2V13A 4OBZA 3UFNA 3SM2A 2OF0A 4ER2E 4CPTA 1MRWA 4XXSA 5P31A 4L1AA 3VYFA 3L5FA 5DR1A 3VLAA 4R92A 1ZJ7A 2QI1A 5P1AA 3O9BA 5HU0A 2HB2A 4Y4JA 3URJA 2BPVA 1EPLE 1AZ5A 5P5LA 4LC7A 3UDKA 5FIVA 3I2LA 4CKUA 3HAWA 4HE9A 1LYAA 3LNKA 3VLBA 5P5BA 5P5UA 5P0BA 5P0MA 5P3MA 3M9FA 3O9EA 4DPFA 4M8XA 5OYUA 3UQUA 3ER5E 2FMBA 3IVIA 5OYRA 1IZDA 3OQ7A 5P2UA 2NXMA 5P55A 1J71A 1RPIA 5P2HA 1FF0C 5P7MA 3G6ZA 1AJVA 3BHEA 4HA5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UPJ A;  4AUC A;  5P01 A;  3BUG A;  5P4G A;  4COE A;  5P62 A;  1KJG A;  4J54 A;  2MIP A;  5P0A A;  8HVP A;  4EHC A;  3IN4 A;  3DCK A;  3DM6 A;  3D20 A;  5P70 A;  2JXR A;  5C9B A;  4R8Y A;  1SIV A;  2QI6 A;  3UDY A;  4RGH A;  3EM6 A;  3KDB A;  4A6B A;  4QJA A;  3EKV A;  5P35 A;  1TQF A;  4IVT A;  4FLG A;  5P1B A;  4N00 A;  3VF3 A;  1EAG A;  3OY4 A;  1XL5 A;  5P61 A;  1HSI A;  1ODW A;  3WZ8 A;  5DQ4 A;  4RVX A;  4TVG A;  4JPC A;  1SDV A;  5P37 A;  4Y4E A;  4L7H A;  4EPJ A;  4PHV A;  1XL2 A;  2Q63 A;  3KFP A;  4AA9 A;  4Y4A A;  3GI5 A;  1U8G A;  4A4Q A;  3KM4 A;  3S45 A;  4Q1W A;  5KQY A;  1TZS A;  1RL8 A;  3OUB A;  1HVK A;  4NJT A;  3QRO A;  1G0V A;  2HB3 A;  3SPK A;  4XKX A;  5P6L A;  5P04 A;  3K5G A;  5DR8 A;  4WY1 A;  5P4W A;  3IGB A;  4EWO A;  2I4V A;  5P66 A;  3VFB A;  5OZZ A;  2NPH A;  3INH A;  2QHZ A;  5P82 A;  3ST5 A;  5P4O A;  3SLZ A;  3TTP A;  1M0B A;  5P26 A;  5HCO A;  5HVP A;  3JVY A;  4Y39 A;  4Y3L A;  3GW5 A;  4B78 A;  5DR0 A;  5P7V A;  4J1F A;  5P13 A;  1BXQ A;  4HEG A;  4Y3A A; 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 2ZYE A;  5P7D A;  1M4H A;  4LXK A;  3JW2 A;  4XX3 A;  4YDF A;  4APE A;  1FFF C;  4Y43 A;  1MTB A;  2G94 A;  4JP9 A;  1W5Y A;  3R0W A;  4Y5E A;  1G35 A;  5P5E A;  2PSG A;  3DCR A;  4RRS A;  2B8L A;  5P4E A;  5ISK A;  2G69 A;  5P57 A;  2PK5 A;  4YHQ A;  4I12 A;  5P3P A;  6APR E;  1T6E X;  5P0C A;  2ER7 E;  2B42 A;  1SBG A;  5HE5 A;  5P7H A;  5KQF A;  5SY2 A;  4HDB A;  3G70 A;  2P3C A;  2RKG A;  3ZL7 A;  9HVP A;  4LXA A;  2FLE A;  3MXD A;  3EL1 A;  1IVP A;  4Y4X A;  4EXH A;  7UPJ A;  4NPT A;  1GNN A;  1EPR E;  1YTH A;  1ZAP A;  4L7J A;  5P41 A;  2AZC A;  4DJY A;  5P6R A;  3UPJ A;  3HVG A;  2OHN A;  5PEP A;  4DPI A;  1BVE A;  1W50 A;  5P5N A;  5KQX A;  3I7E A;  3PMU A;  3NYG A;  4Y5C A;  1IDA A;  4Y3S A;  5P4U A;  1PPM E;  1F7A A;  1ZLF A;  1K2C A;  2AOE A;  3UQW A;  4S1G A;  2I4U A;  3QVC A;  5P72 A;  5DR3 A;  3PGI A;  3D3T A;  4Y5N A;  1A8G A;  1EPM E;  1QDM A;  3BUF A;  4GJB A;  1C6Z A;  5P05 A;  3IXO A;  3TPL A;  2I4Q A;  3CYX A;  2UPJ A;  2AOC A;  1BIM A;  3WB4 A;  1MRX A;  1KJ7 A;  5P6C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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