3EKWA

Crystal structure of the inhibitor atazanavir (atv) in complex with a multi-drug resistance hiv-1 protease variant (l10i/g48v/i54v/v64i/v82a) refer: flap+ in citation.
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekwA00
5P8TA 3T11A 3Q6YA 4LBTA 3R4BA 1AJVA 4OD9B 5KQZA 2AZ8A 2QI3A 4EP2A 2OHRA 3ER3E 4OBDA 3QBFA 4FAFA 5P26A 1GNMA 3NU6A 3G70A 4Y3NA 1APUE 5P5GA 1BV9A 5OZKA 2PYMA 5P6GA 5HCOA 5I3VA 3UDMA 4OBGA 4Y3RA 5P2MA 5P4HA 1ZTZA 2QZKA 3H0BA 3DCRA 3UDJA 4I8ZA 1E80E 5P83A 1D4LA 2XYFA 5OYUA 5P42A 5P04A 5OZYA 3PSYA 2I1AA 1XL2A 4IVSA 5OZ5A 2XYEA 2QMDA 4Y54A 5P51A 1K1UA 3ZMGA 2V13A 2A4FA 5P45A 2O4PA 4YA8A 5HDZA 2QP8A 5P6IA 2PC0A 1YM2A 5UPJA 1PSAA 1ODYA 2ZHTA 4NPUA 4FLGA 5OZ8A 5P77A 3TOHA 2AOJA 5P5FA 3FNUA 3CKPA 3OU1A 4QLHA 3S43A 5P68A 2G26A 1HPXA 2AZBA 4FE6A 5P20A 3MSLA 4L7JA 2G1OA 5P4PA 4B70A 4DJRA 2A1EA 5OZIA 5DQ4A 3ZKGA 3NSHA 3JW2A 3NR6A 2HB3A 1B5FB 5KOSA 4OBHA 2FXEA 2QAKA 3VYFA 2H6TA 2J9JA 5P6XA 5OYXA 3ZPTA 5P7AA 2AVOA 3MXEA 3KDDA 4FS4A 4ZSMA 5P3XA 4Y4ZA 1EAGA 2V12C 4M8YA 4CPTA 4ZSQA 1NPWA 5P3GA 2PYNA 4NKKA 5P5HA 5P8OA 3OQFA 5P88A 2Q3KA 2QK5A 5DGWA 2FIVA 2IENA 2XFKA 5P18A 2WF4A 4FSLA 1BV7A 5P75A 2QNPA 5P7FA 2NTRA 4YBIA 1BAIA 3KM4A 5JFPA 3SA5A 1BDLA 5P8QA 4R91A 2AOFA 5P37A 3DOXA 3S56A 1IZIA 5P0DA 5P82A 3SQFA 5P10A 3BVAA 3EL5A 5P1MA 5P1AA 1SIVA 5OZRA 5P0RA 5P6EA 5I3XA 5IVRA 5P3OA 2BPXA 5P3ZA 4K4RA 1HRNA 3INDA 2RENA 5P4UA 5P6QA 1G0VA 2ZJNA 1UH7A 2PH6A 1GNNA 4ACUA 4J5JA 3LIXA 4DQEA 5P8UA 4LAPA 4Y4BA 5P5MA 1RL8A 3BUHA 2I0AA 2QNQA 4IVTA 5P8PA 4Y3XA 3VUCA 4Z4XA 5P5EA 5CLMA 3WSJA 1IVQA 3HAWA 4Y36A 3R1GB 1GNOA 4TVGA 5P7MA 2QMGA 3B80A 5P8EA 4UPJA 3UDPA 2QD6A 3KF0A 5P2HA 5P87A 3IVIA 4ACXA 1BIMA 4TRZA 3DCKA 2AVVA 3UDRA 4KE1A 2WF2A 4TVHA 1SGUA 2AOGA 4YDFA 5P29A 5P5TA 4KB9A 1W51A 3UQWA 1VIJA 3OWNA 1HBVA 1K6CA 1XE6A 5KR2A 4GYEA 2OHSA 2AVSA 5P5NA 2ER0E 2OHNA 4B72A 3OQKA 4MC1A 5P81A 2SAMA 4Y3JA 3NU9A 5P5QA 4B1EA 5C9DA 5P7ZA 5P56A 4N00A 5P3FA 4GJ5A 3KN0A 4GJDA 5P5ZA 2P3AA 3OXWA 5DQ5A 2HM1A 2WJOA 5OZDA 3IGBA 3VF5A 4H3IA 3NDUA 2Q15A 1TCWA 5P52A 1RV7A 4FIVA 5OZMA 1PPKE 1ZLFA 3A2OA 4Y4EA 3WZ8A 1APTE 5KAOA 2PK6A 3EL4A 4FSEA 4K8SA 3UQUA 4Y5KA 4OC6B 4Y45A 3KDBA 5P85A 4FRIA 2I4DA 5P7TA 1EPPE 2FNTA 5P2VA 3Q4BA 1T6EX 4AZYA 5OYVA 4FGXA 2P3CA 5OZOA 1META 4Y48A 1VIKA 5P0LA 1CPIA 1HTEA 4Y53A 5P5VA 1BVEA 4LHHA 2BPYA 5P2NA 3OTYA 1HWRA 4Y4XA 2V0ZC 3KT2A 3PCWA 3L5DA 5P0KA 3VLAA 5I3YA 3S85A 2Z54A 3S2OA 5P03A 5P1DA 5P00A 5P1ZA 4I0IA 5CONA 4YHQA 3IXKA 4I10A 4Y3LA 1QBTA 3SM1A 2OHTA 4I11A 3O9LA 1DP5A 1ME6A 4QJ6A 5KQYA 3ZKIA 5P7RA 1HPOA 8HVPA 3KT5A 5P7HA 3AUPA 4CPRA 3NU3A 3EXOA 3SABA 5P47A 1ODXA 5P32A 5P4JA 2QI1A 4R93A 1SIPA 5P8IA 1Z1RA 2WEDA 2QHCA 3T7XA 3CKRA 4Y5PA 4GJ8A 4Z50A 1DMPA 1TCXA 1CZIE 5AH8A 5OZCA 1HHPA 5OZLA 5P33A 4QJ2A 4QGIA 1TW7A 5P2XA 4B1DA 3NDWA 3LIZA 5OYYA 5P7QA 2PWRA 1K1TA 4WY1A 3T3CA 5P5RA 1K2CA 5P4XA 5DR8A 1MVPA 5P4VA 3K4VC 3VYEA 5P7XA 1QS8A 4YBFA 5P1WA 2ZHVA 1MTRA 3PWRA 3SACA 5IVTA 1M4HA 5DGUA 2XFJA 5P60A 4J1HA 3QIHA 3GGUA 2HB2A 5OZWA 3BGCA 5OZHA 1TQFA 7HVPA 1BVGA 5P63A 3FKTA 2V00A 4YD4A 5HVPA 2BPVA 1ODWA 5OZXA 2G1NA 5P4ZA 3Q70A 1QBUA 3PM4A 3TKWA 5P34A 1BDQA 5P1XA 3ST5A 5HU1A 1BWAA 1HEFE 1HSGA 4U7QA 4EQJA 4J1CA 5FIVA 4OC6A 2PQZA 3OADA 3TPRA 4FCOA 2RSPA 3VSWA 5P62A 1ZJ7A 5PEPA 2PK5A 4HDPA 3FSMA 5P59A 2G1SA 5P2BA 4L6BA 5P6VA 3UTLA 1KJ7A 1MEUA 4NJUA 1QBSA 5P8AA 2NMZA 4JP9A 4DVFA 2OHLA 5P8SA 3KDCA 3DV1A 5P7NA 4XXSA 1F7AA 5ENKA 4B1CA 1J71A 2NMYA 2NNPA 5P7LA 1ZPAA 5P17A 1PROA 4HVPA 2ASIA 5P2AA 5P7IA 4R95A 3UQRA 3RTNA 2NNKA 4Y4GA 5ENMA 5P02A 5P2TA 2AZCA 3SFCA 3BXRA 4Y51A 5SY2A 4CPQA 1UPJA 2BJUA 4HZTA 2BPZA 5P1NA 2ER6E 5OZ0A 4I0JA 1G2KA 5P23A 4NJTA 5P6HA 4KUPA 5P4YA 1KJHA 4RYCA 3BUFA 3OOTA 4MC6A 2F3KA 1ZPKA 4ZPFA 5DQ1A 5P4BA 3OUCA 2QHYA 5P6BA 4Q1YA 4Y4UA 4DUSA 4L1AB 3IA9A 5KR1A 2HS1A 3BGBA 3KFNA 3QBHA 3INHA 5P2KA 2ZHRA 3PEPA 3ZPUA 1EBWA 4MC2A 5OZQA 1HPSA 2Q54A 3PLDA 2F81A 3OU4A 5APRE 1EBKC 3O9DA 5KQXA 3K1WA 2QI0A 3RSVA 4Q5MA 5P5XA 3D1ZA 2QMPA 4GB2A 1QBRA 1FQ4A 2I4UA 5P48A 2B8VA 1PFZA 3U7SA 2ZE1A 3KMYA 4DQHA 3SM2A 3CMSA 2QD7A 4A4QA 3EKPA 2F80A 1SMEA 5P7YA 3ER5E 3WZ6A 4B77A 3B7VA 1AZ5A 3PSGA 3R0YA 5DR0A 4COEA 2AVQA 1HXBA 4CMSA 4E43A 3FV3A 5P3SA 2R3TA 4J0VA 5P7SA 5IVSA 5P80A 2F3FA 3VFBA 5P6SA 3DUYA 5AHBA 2PMAA 2QZXA 5P7EA 2HB4A 1Q9PA 4Y3SA 2FLEA 1OHRA 5P0WA 1KJFA 3F9QA 4QJAA 5P72A 4HEGA 3WB5A 2G20A 3EL0A 4Y43A 5OYRA 2WEBA 4DQFA 3I6OA 4CPXA 2WKZA 5AH9A 1W6HA 3OQDA 4FM8A 4PHVA 4PPHA 2PWCA 5P3YA 4DQBA 5P3RA 4XKXA 3SA7A 5P5WA 4EJ8A 4PYVA 2VJ6A 1MIQA 2AOEA 1FQ7A 5EZZA 3O9EA 2VJ7A 5P4DA 1CMSA 5P46A 4Q1NA 5OZ7A 3GGAA 4Y4DA 3D1YA 3G6ZA 3QN8A 2QI6A 3OQ7A 4X2LA 5J25A 5P24A 3ZPSA 3VV6A 4L7GA 3GGXA 5P8FA 4M8XA 4J54A 2Q11A 2B7FA 2QZWA 4HLAA 4DPFA 1NPAA 3NXEA 4LXAA 4L1AA 1EC0A 5COOA 3R2FA 3U71A 4PZXA 3HD8A 1D4JA 1HXWA 2EWYA 5P3TA 1HVCA 2ZGAA 5P1BA 1C6ZA 4QJ7A 4EJLA 1EC1A 3SO9A 4AA9A 5P0CA 1EC2A 2B60A 4CP7A 4OBKA 1XN3A 4Q1WA 3NLSA 2JXRA 5DR1A 4F74A 1MRXA 1IVPA 6APRE 2P3BB 3Q5HA 3LNKA 4B05A 4AA8A 1MSNA 3K4VA 1EPOE 5P8KA 5P6FA 2Q63A 5P44A 5I70A 2AOHA 5P0MA 2NPHA 5JODA 1ZSFA 3HW1A 4B78A 1EPME 4DJPA 2R8NA 1HIHA 5P0UA 5F01A 1LV1A 1MT8A 2G1YA 2FGVA 5P65A 3APRE 3QRVA 5P55A 1B6JA 2R38A 3OHFA 3BXSA 3O9LB 2QU3A 4Y5MA 5P78A 5P6TA 1MESA 4RGHA 3SKFA 3I2LA 3KMXA 5P5IA 4DJWA 5KR8A 5P6JA 5P4AA 1XDHA 2J9KA 5P1UA 9HVPA 3I7EA 3KA2A 5P8GA 4J55A 4RCDA 5P4SA 2VNNA 3BHEA 5P73A 1LEEA 4XX4A 4EPJA 3URLA 3N3IA 2H6SA 2PSUA 1UH9A 5P4MA 2PSVA 4EJDA 4LL3A 3ZKMA 5P58A 2BB9A 2R5PA 1IZEA 2FDPA 3UFLA 1MSMA 4Y3QA 5P2YA 1FMUA 4R92A 3AIDA 4Z22A 5TOLA 5OZVA 2OHUA 1QRPE 3PCZA 1LYWB 5P86A 5DPZA 4DJYA 1FFFC 3EKXA 4JECA 1JLDA 5P54A 5P22A 1SDTA 3T6IA 5OZJA 1APWE 2AQUA 1BXOA 5P5JA 3K5GA 5P1LA 1YM4A 2FDEA 5P8JA 4H3GA 4I8WA 1YX9A 1C6XA 3CYWA 2ZYEA 3NXNA 5P5OA 1LZQA 5P6RA 4Y3PA 1YG9A 1T6GA 4PZWA 5P0XA 5OZPA 3IN3A 2B42A 1YT9A 2HS2A 3OQAA 3VF3A 3LHGA 1AXAA 3QAAA 5P4LA 3BUGA 3OADB 5P0EA 5OZ2A 2WECA 3MXDA 3OAGA 3OXCA 5OZFA 4Y3FA 4D8CA 5AGZA 3S45A 5P25A 5P3HA 2P3BA 3JVWA 5P2WA 1ZBGA 4JOOA 3NWXA 3L3AA 2BQVA 1HVHA 1IZHA 1EBYA 2R5QA 4L7HA 5OZEA 3ECGA 3OGPA 2WF0A 2JYSA 1K2BA 1B6KA 1TSUA 2G24A 1SH9A 5KR0A 5P8BA 2IS0A 4Y3EA 3O9GA 5P2ZA 1XN2A 1YTGA 1BWBA 4RRSA 2NXLA 2V11C 3HDKA 1K6PA 5P35A 2ZHSA 5P6AA 1KZKA 1PPME 2UPJA 5P4GA 1FG6C 2B7ZA 4YDGA 5ER2E 1RPIA 4YE3A 2RKGA 1FFIC 5P61A 2ANLA 1EPRE 5P4IA 4F76A 5P49A 5P7WA 3D1XA 3RU1A 3PSUA 2P3DA 2IL2A 2PSGA 1GVXA 1Z1HA 3EKQA 5P5UA 5P1PA 4H3JA 3LIVA 5P3KA 4Y3GA 3VV8A 4I0ZA 4DQCA 3TL9A 1FIVA 5OZ3A 2VKMA 1D4YA 5P38A 3NDTA 1U8GA 1LYBA 2P83A 3CYXA 4I0HA 5HE7A 5P8HA 3TPLA 5HDXA 5P2SA 5P09A 3O9FA 2BKSA 5OZ9A 1LYWA 2ZJIA 3TKGA 2ER7E 3SPKA 5P1TA 3QROA 3OGQA 4H3FA 1QDMA 3U6AA 1HVLA 5ISKA 5P2CA 4CPUA 3T7PA 5P5YA 2V10C 4TRYA 5EZXA 3OU4B 4LXKA 3K5CA 4OBJA 4D83A 4FM6A 5P14A 5P2IA 1PSOE 2IKUA 1MERA 5OZ4A 4CPWA 4HE9A 4GIDA 1D4IA 2IGYA 4OBZA 3LIQA 1EPNE 1FMXA 4GJ6A 2QMFA 1G35A 5BWYA 5ISJA 3L5FA 5P19A 5OYTA 5P3BA 4U7VA 5P5AA 5P11A 3RTMA 5P0VA 4FL8A 4KE0A 5P05A 3BRAA 5HTZA 2G1RA 3QVIA 1W5VA 4EP3A 3OOZA 4R5NA 1T7KA 2VNMA 5P4NA 5HU0A 3LZUA 4Y3TA 1AJXA 5P69A 1TSQA 3PGIA 1T7JA 3QRMA 2FXDA 3UDQA 4APEA 3K5DA 3MSJA 3BVBA 5P7OA 3JVYA 5AHAA 2AZ9A 4Y4TA 5P0PA 3VV7A 3WB4A 5P27A 4NJVA 5ER1E 4Y44A 1G6LA 5OZNA 3ZKXA 4YCKA 4EWOA 5P6LA 4J1IA 1HIIA 5P4FA 4DJQA 1BDRA 4J17A 1NSOA 2QI7A 1K6VA 2HAHA 1XL5A 3IAWA 5OZ6A 3QS1A 4RVIA 4BFDA 1A9MA 4U8WA 5C9FA 4LXMA 3EM4A 4FRJA 3APPA 4F73A 4EHCA 3DM6A 1W5XA 5P0NA 4AMTA 3L59A 4Y35A 5P5CA 5OZGA 2QI5A 4GJCA 3N4LA 2HPEA 1GVVA 1OD1A 2FS4A 2JE4A 3NU5A 4J0YA 2VA6A 3VCMA 4GJAA 5P2GA 4Y5NA 5OZSA 5P66A 3PI5A 5P3CA 1FQ5A 5P0TA 5P3UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8T A;  3T11 A;  3Q6Y A;  4LBT A;  3R4B A;  1AJV A;  4OD9 B;  5KQZ A;  2AZ8 A;  2QI3 A;  4EP2 A;  2OHR A;  3ER3 E;  4OBD A;  3QBF A;  4FAF A;  5P26 A;  1GNM A;  3NU6 A;  3G70 A;  4Y3N A;  1APU E;  5P5G A;  1BV9 A;  5OZK A;  2PYM A;  5P6G A;  5HCO A;  5I3V A;  3UDM A;  4OBG A;  4Y3R A;  5P2M A;  5P4H A;  1ZTZ A;  2QZK A;  3H0B A;  3DCR A;  3UDJ A;  4I8Z A;  1E80 E;  5P83 A;  1D4L A;  2XYF A;  5OYU A;  5P42 A;  5P04 A;  5OZY A;  3PSY A;  2I1A A;  1XL2 A;  4IVS A;  5OZ5 A;  2XYE A;  2QMD A;  4Y54 A;  5P51 A;  1K1U A;  3ZMG A;  2V13 A;  2A4F A;  5P45 A;  2O4P A;  4YA8 A;  5HDZ A;  2QP8 A;  5P6I A;  2PC0 A;  1YM2 A;  5UPJ A;  1PSA A;  1ODY A;  2ZHT A;  4NPU A;  4FLG A;  5OZ8 A;  5P77 A;  3TOH A;  2AOJ A;  5P5F A;  3FNU A;  3CKP A;  3OU1 A;  4QLH A;  3S43 A;  5P68 A;  2G26 A;  1HPX A;  2AZB A;  4FE6 A;  5P20 A;  3MSL A;  4L7J A;  2G1O A;  5P4P A;  4B70 A;  4DJR A;  2A1E A;  5OZI A;  5DQ4 A;  3ZKG A;  3NSH A;  3JW2 A;  3NR6 A;  2HB3 A;  1B5F B;  5KOS A;  4OBH A;  2FXE A;  2QAK A;  3VYF A;  2H6T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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