3EM4A

Crystal structure of atazanavir (atv) in complex with i50l/a71v drug-resistant hiv-1 protease
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGLGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Kinetic and Structural studies on atazanavir-specific I50L drug-resistant HIV-1 protease mutant
rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, U, V
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3em4A00
2FMBA 4I8ZA 2J9JB 5P40A 3N3IA 2WEBA 2HPFA 2XYEA 3KN0A 2QMGA 4Z22A 4YD4A 3L58A 5P84A 3TPPA 2PSUA 5UPJA 5P4RA 4R92A 5P2ZA 4CPUA 2VJ9A 4ER2E 3K4VA 2Q64A 5I3YA 1UH9A 2RSPA 1LEEA 5P4VA 3RU1A 3OHHA 5P0XA 4A4QA 3L5FA 3MSLA 3VLBA 2EWYA 4YOBA 3UDKA 3QRMA 3IXOA 5OZXA 1EPQE 4AA8A 1K6PA 1T7IA 3O9DA 4L1AB 5P34A 5P6SA 4F75A 2XFJA 3BXSA 4J0PA 3EL9A 4NKKA 2ZHRA 5OZRA 1BDLA 3OQDA 4CMSA 1Z1RA 1MEUA 2QK5A 4D89A 1YX9A 3U7SA 3ZKSA 3NR6A 1SGZA 2QMFA 1EC2A 4Y9WA 5P5FA 5OZNA 2F3EA 5P2SA 2BKTA 2CEJA 3FNSA 2QI6A 1A8GA 3KDCA 2NXMA 1EPNE 3G72A 2FS4A 5P2DA 3UDMA 5P0VA 1MRWA 5IVQA 4J5JA 4RCEA 5P75A 3T11A 1FQ7A 4FGXA 5P53A 3S54A 1NPAA 4L6BA 2QMPA 5P7WA 2BJUA 5P4EA 3UCBA 4HLAA 5KR0A 4D85A 2B60A 7HVPA 1IZIA 1GVWA 3EKXA 3IVIA 3HDKA 3R1GB 5P20A 2BPVA 2QZLA 3APPA 1IVQA 5P6HA 4QGIA 4U7VA 5KR2A 5P82A 1N49A 2PK6A 5DQCA 4HA5A 5P2RA 5JFPA 1PPME 2IKOA 1APVE 2OHNA 4FL8A 3OXXA 4CPRA 5P56A 4I11A 4TVHA 5F00A 4FM7A 2ZE1A 5P1YA 3RTHA 1D4LA 2ZHSA 5P5CA 1HVKA 4MC2A 2A4FA 4FAEA 4H3JA 3URLA 4Y3YA 4FSEA 3VF5A 4FRSA 5P5OA 5P0FA 3EBZA 2FDDA 5AH7A 5OZDA 5P5VA 1DAZC 4DH6A 3O9CA 3QP0A 3BUFA 5P5BA 9HVPA 3HAUA 5P7ZA 4KUPA 5P3FA 5P0LA 3S2OA 2P8HA 1B11A 4QJAA 1B6JA 4J1CA 4Y51A 3NDTA 2R5PA 5I3XA 4PEPA 2ZDZA 5P35A 2IGYA 4HZTA 5P58A 4YBFA 1G0VA 5P3UA 1B5FB 3H0BA 1B6LA 4OBDA 3PWWA 5P8IA 3WB4A 5HDXA 2WEDA 5P38A 5OZFA 2Q55A 4YBIA 5DPZA 5P3CA 1AZ5A 5P6IA 5JODA 5OZGA 4K4QA 4DPIA 3PB5A 1K2CA 3PMYA 3N4LA 4ZSMA 3VUCA 1A94A 3HD8A 1VIKA 4LHHA 2AZ8A 4M8YA 1AM5A 5IVRA 2FDEA 2G22A 1K1UA 5P5DA 4DVFA 4CPSA 1QS8A 4EJ8A 1XN3A 3O99A 4Q1XA 3SO9A 1SMRA 2AZBA 4Y4XA 4TVGA 1A8KA 2FLEA 4NJVA 5P68A 3GI4A 5P3MA 5AH9A 3VF7A 5DGWA 1QRPE 4TRZA 2ZJLA 3EKVA 3BUGA 4GIDA 4Y3RA 3K5CA 3SAAA 5P5MA 4YD6A 5P7YA 2Q15A 5HVPA 4CPTA 1FGCC 2AVOA 5P2EA 1TW7A 1DIFA 1OEXA 3QPJA 5P42A 3TLHA 3L38A 5P5ZA 1M4HA 3ZKQA 3VYEA 5P3KA 4QLHA 3SLZA 4Y3LA 1MVPA 1BWAA 5P7LA 1ZSFA 4ZPGA 3Q4BA 3OTYA 5P1NA 3VF3A 3DCRA 5P5QA 5P7VA 1FQ8A 4XX3A 1MTBA 5P6FA 3UDQA 5IS4A 3UTLA 3PJ6A 1XL5A 2I0AA 3INEA 3SA5A 4K4RA 1XE6A 2RMPA 5P78A 5P1XA 2AOFA 1YT9A 5P1LA 1MUIA 2ER0E 5P7FA 5P1WA 5P4KA 3BUHA 5P61A 1ENTE 4B1DA 1LYAA 5P1QA 2ASIA 3BXRA 1DMPA 3OQFA 5P4SA 5P1SA 3JVYA 4R91A 1D4KA 5P8JA 4ACUA 1GVVA 1F7AA 4OBGA 1TZSA 1W5WA 5P87A 1FFFC 3R2FA 4L7JA 4GMIA 3MSKA 4D88A 5P2QA 1BXQA 4JECA 1NSOA 3LINA 4Y5GA 4GJ5A 5P3YA 2VIJA 3TNEA 3PVKA 1QBTA 2BPYA 5P72A 5P6AA 5DR8A 1EBKC 2I1AA 2G26A 3KT5A 1YG9A 1YTJA 5P4CA 3QROA 5P0IA 4QJ7A 3IXJA 4Y5BA 2OHLA 5P48A 5P33A 5HE4A 4Z2ZA 5P1OA 3GI5A 1ME6A 5P4YA 4B05A 4I0DA 3KFSA 4Q1NA 4ZIPA 4HVPA 2VS2A 3OUDA 3TTPA 5OZPA 4CP7A 4EXGA 2QU2A 1HTGA 1SIPA 5P8GA 5P8AA 3EL0A 1G2KA 3O9IA 1HWRA 4Y4EA 5ISJA 2Q3KA 5DQ1A 5P6GA 3TKWA 4EYRA 4JPEA 3BVAA 1AVFA 5IVSA 1XS7D 3ZPTA 1MPPA 5OYSA 1AXAA 3OAGA 5P8LA 5P4AA 5P5SA 3TPRA 1TCWA 2NPHA 1FEJC 3UF3A 1LS5A 5P0EA 5P3RA 3B7VA 5P66A 1K6VA 1IZDA 1E81E 3NDUA 4I0ZA 4I0GA 4Y45A 4Y5CA 3OADA 5P76A 1GVTA 2VA6A 4GJAA 5P3LA 5P4QA 1YTGA 5P2OA 3KM4A 3PBDA 3WZ6A 3ZPSA 5P2WA 1YM2A 4LXMA 4A6CA 4R95A 3UDRA 4Y4ZA 5C9BA 3ER5E 5P7BA 5P80A 5AHCA 4Y5EA 5P3HA 3UDPA 1HSGA 2QNPA 3D20A 4Y3GA 3LPJA 4RGHA 4EJKA 4JP9A 5P85A 3TPJA 5I3WA 5P29A 4Y47A 1K2BA 4BFBA 1KZKA 4Y58A 5P3AA 2G1RA 3L59A 4PZXA 1XN2A 1CPIA 2PH6A 5P1JA 2ZGAA 4OBHA 6FIVA 4OD9A 2RKGA 3NXEA 5P1UA 1APUE 3KFRA 1BVEA 2NR6A 2BBBA 2QNNA 1NH0A 3PLLA 4TRYA 5P2UA 4XX4A 2VA5A 5BRYA 1AAQA 4Y4BA 4CPWA 1HTRB 1HIIA 4Y3DA 2QI0A 5P7SA 4YE3A 1HVLA 1G35A 4NJTA 5OYVA 3NXNA 4F74A 3O9LA 3OQAA 2ZHVA 2O40A 3AUPA 4RLDA 2B7FA 5OYYA 3RSXA 3UDJA 4DQHA 3LNKA 1MERA 2BPZA 1FF0C 3GGAA 3S43A 3FKTA 5P6NA 5P3NA 2WECA 3HZCA 1EC3A 2R9BA 3CKTA 2O4PA 3QBHA 6UPJA 5P8CA 5DR3A 1ODWA 2PMAA 4DI2A 5P8UA 5SY3A 2Z4OA 5C9DA 1CMSA 1MTRA 4I0EA 1KJGA 4H3IA 3EKTA 4Q5MA 3QS1A 1LV1A 1DPJA 1C70A 1EPME 4GJ9A 5P0MA 5P5YA 1FLHA 4DJOA 5P77A 5P26A 4RVIA 4J0ZA 3OXVA 4B70A 5P3TA 2PYNA 1QBUA 5P25A 5P3WA 4I12A 5HTZA 4Y3PA 5JG1A 3PSUA 4KB9A 3BC4A 3PI0A 1KJ7A 4ZSPA 3PEPA 3H5BA 5J25A 3PRSA 1EEDP 2IGXA 5P4UA 5P8NA 2IS0A 5HDUA 3CMSA 5P4MA 5P0QA 2FNTA 3L5DA 3LITA 3APRE 3EKQA 5P6JA 3DM6A 3ZLQA 2HAHA 4DJQA 1TSUA 3S45A 5P7UA 3TPLA 3DV5A 1GNNA 2OHQA 3NDXA 3SA3A 5P1CA 4GZFA 1T6GA 2JXRA 3FIVA 5EZXA 1IZHA 2JJIA 4DQBA 4EHCA 5TOLA 5P1DA 3CICA 1WBMA 1RV7A 2I4QA 4DPFA 5P6OA 5P18A 5AHBA 2V00A 2XFKA 4EP2A 4Y4JA 1T7JA 1W5VA 5P8PA 4FM6A 5JFUA 3UHLA 3EM4A 1WBKA 5P0PA 3GW5A 4Y38A 5P0SA 3O9AA 1W5XA 5P0YA 5P7AA 5P55A 5HE7A 4DJWA 2PQZA 5P8QA 4H3FA 1ZP8A 5P6YA 5P8KA 2QMDA 1HSIA 3EC0A 1W6HA 2AOCA 3AIDA 1C6YA 5P47A 3MXEA 1TQFA 2O4NA 3WZ7A 2A1EA 1B6PA 3MXDA 5P0CA 5P2KA 2ZJKA 2P3DA 5P4HA 3QVIA 5P2CA 3ZL7A 5P24A 4XXSA 4J1KA 4QJ6A 2VIZA 5P51A 3LIZA 5P7GA 1FQ6A 2VA7A 2WKZA 3I6OA 5P6MA 1OEWA 4I8WA 5OZUA 3ZKNA 4YOAA 1KJ4A 2QI1A 3FSMA 5P1TA 4Y5MA 5DQ4A 5BWYA 1UH7A 1YTHA 2O4KA 5P67A 2QZXA 4Y5PA 4Y4AA 5OZ2A 1LYWB 2V13A 4B77A 5IE1A 5P8OA 5OZKA 4ZE6A 3NYGA 1HVCA 1Z8CA 5P11A 3PLDA 2G27A 3T7XA 5P1RA 5P5KA 4GB2A 3CIBA 4F76A 5HU1A 2J9KA 5P0UA 5OZIA 2FGUA 4DQGA 3OU1A 1MIQA 5P00A 5P73A 5P3DA 2PYMA 3WB5A 4APEA 4E43A 2UPJA 5P50A 2VJ7A 3I25A 3Q6YA 2NXDA 4GYEA 5OZOA 5P3BA 2QD7A 2P3BA 5P7CA 1MT9A 5P15A 2NNPA 4DFGA 2IEOA 3TKGA 5P2MA 3SA8A 1PPKE 3OOZA 2QU3A 5P1EA 3SQFA 4HDPA 5P12A 4RRSA 2NNKA 4YCTA 4F73A 4PPHA 5OZ3A 2WHHA 4LXAA 8HVPA 2IRZA 1KJFA 5OZAA 5HDZA 5OZYA 3KT2A 4J1FA 5P7TA 4BELA 4CPQA 3NUJA 5P7HA 1T3RA 3EKWA 4RRNA 3OUBA 5P65A 4GJBA 5P46A 3F9QA 2RENA 3NU5A 3VV8A 1EBWA 4ZLSA 3DUYA 1IIQA 3QN8A 4J1IA 3LPIA 1EPRE 4PYVA 4DQFA 4Y48A 2I4VA 5P5NA 4ZSRA 4AMTA 1GVUA 4R8YA 5P8EA 1FB7A 4HEGA 2HC0A 5P3OA 3IA9A 4FE6A 5OZ4A 3GGXA 4LBTA 2IKUA 4J1HA 4I1CA 4KE1A 4OBZA 2JJJA 3TOGA 1OHRA 2FXEA 3NU6A 5P7JA 5P08A 2QI3A 4M8XA 2P3AA 3TH9A 2WL0A 1GVXA 3GGUA 5OZ5A 2XYFA 1HXWA 2V16C 4EXHA 5B18A 4H1EA 1FMBA 5P1KA 2I4WA 1W6IA 2Q11A 5P6LA 1D4IA 2AVMA 2Z54A 5P7QA 3DK1A 2VNNA 4GJ6A 5P6TA 4RYCA 3SKFA 2NTRA 3IVHA 5KQXA 3NWQA 2HS1A 4WY6A 3OQKA 1AIDA 1ZPKA 3SPKA 1C6XA 1EBZA 5OYZA 3TOHA 4FS4A 1BWBA 5P7KA 5P5UA 2R43A 3K4VC 4Y39A 3EL5A 3QRSA 1KJHA 3VEUA 1SBGA 1FMUA 2F8GA 4Y54A 4HDBA 3UDYA 3Q70A 3L5EA 5P4DA 1EPLE 5P39A 5DR0A 2BKSA 1XDHA 3O9GA 5HCOA 3FNUA 2ZHTA 5P3QA 4B72A 3QVCA 3KMXA 5P7XA 5P54A 3CIDA 4Y35A 4Y6MA 3D1ZA 1QBRA 2JYSA 5P1MA 4L7HA 1F34A 1HPOA 4Y3XA 3QAAA 1RL8A 1M43A 4Y44A 4COEA 1B6MA 5OZWA 4YD3A 5E5KA 2PK5A 5P3SA 4Y4WA 4QJ2A 4B78A 5P81A 3HVGA 5P0TA 5P6ZA 1ZJ7A 2ANLA 4FM8A 4FRJA 5T4SA 3I2LA 5P4PA 4EP3A 3QIHA 2BPWA 1MSNA 5P8TA 4B0QA 1HVSA 5P5PA 1HVHA 5P0KA 3VCMA 5P0AA 2V10C 4JOOA 3FX5A 1Q9PA 1W50A 2BB9A 4AA9A 2J9JA 5P57A 5P3EA 2QD6A 2B8LA 4ER4E 2OAHA 1HVIA 2I4UA 5KQYA 1LF4A 1E5OE 2QHCA 5P03A 2AZ9A 3RVIA 5P2XA 3Q3TA 3URIA 4Q1YA 3UDNA 3NU4A 3OU1B 3IAWA 5P5JA 5P88A 1META 4NPUA 5ER1E 1HTEA 3OXWA 1D4JA 3EKPA 4LXKA 3PSGA 4GJ7A 5P22A 4Y50A 5P2AA 3R0WA 5HE5A 2AVQA 5P4XA 4J54A 2IDWA 4PHVA 2AOJA 2G69A 5COOA 2QHYA 5KOQA 1MT7A 4D83A 5EZZA 5P32A 5P0BA 4ER1E 5KOSA 1SP5A 1BBSA 4Y5AA 5DR7A 1TSQA 1LF3A 4YCYA 4IVSA 5P70A 5P01A 5OZBA 2WF1A 3GI6A 3ZKMA 5P4JA 2V12C 1SDTA 5P6EA 5P0DA 4ACXA 3HAWA 5P86A 5APRE 4OC6A 4ZPEA 1YM4A 4Y53A 1Z1HA 4Y5NA 1HPXA 3PWRA 1HXBA 4Y3JA 5CONA 4TRWA 5P4LA 4N00A 3DV1A 5P16A 5P31A 1TCXA 1HRNA 5P19A 1EPPE 1MESA 4XKXA 1HIVA 4OBZB 5P05A 3EL4A 3WSJA 1A9MA 5OZSA 4I0HA 5KR8A 3ZPUA 2QNQA 5P45A 4YDGA 2P4JA 3I8WA 4Y36A 3PSYA 3OTSA 5P6KA 3U6AA 2AVVA 2B8VA 2F3FA 1T7KA 5P59A 3IXKA 1WKRA 5AGZA 3CKRA 3CKPA 5P13A 3PHVA 1LYAB 5P8FA 1HVJA 4D8CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FMB A;  4I8Z A;  2J9J B;  5P40 A;  3N3I A;  2WEB A;  2HPF A;  2XYE A;  3KN0 A;  2QMG A;  4Z22 A;  4YD4 A;  3L58 A;  5P84 A;  3TPP A;  2PSU A;  5UPJ A;  5P4R A;  4R92 A;  5P2Z A;  4CPU A;  2VJ9 A;  4ER2 E;  3K4V A;  2Q64 A;  5I3Y A;  1UH9 A;  2RSP A;  1LEE A;  5P4V A;  3RU1 A;  3OHH A;  5P0X A;  4A4Q A;  3L5F A;  3MSL A;  3VLB A;  2EWY A;  4YOB A;  3UDK A;  3QRM A;  3IXO A;  5OZX A;  1EPQ E;  4AA8 A;  1K6P A;  1T7I A;  3O9D A;  4L1A B;  5P34 A;  5P6S A;  4F75 A;  2XFJ A;  3BXS A;  4J0P A;  3EL9 A;  4NKK A;  2ZHR A;  5OZR A;  1BDL A;  3OQD A;  4CMS A;  1Z1R A;  1MEU A;  2QK5 A;  4D89 A;  1YX9 A;  3U7S A;  3ZKS A;  3NR6 A;  1SGZ A;  2QMF A;  1EC2 A;  4Y9W A;  5P5F A;  5OZN A;  2F3E A;  5P2S A;  2BKT A;  2CEJ A;  3FNS A;  2QI6 A;  1A8G A;  3KDC A;  2NXM A;  1EPN E;  3G72 A;  2FS4 A;  5P2D A;  3UDM A;  5P0V A;  1MRW A;  5IVQ A;  4J5J A;  4RCE A;  5P75 A;  3T11 A;  1FQ7 A;  4FGX A;  5P53 A;  3S54 A;  1NPA A;  4L6B A;  2QMP A;  5P7W A;  2BJU A;  5P4E A;  3UCB A;  4HLA A;  5KR0 A;  4D85 A;  2B60 A; 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 3PMY A;  3N4L A;  4ZSM A;  3VUC A;  1A94 A;  3HD8 A;  1VIK A;  4LHH A;  2AZ8 A;  4M8Y A;  1AM5 A;  5IVR A;  2FDE A;  2G22 A;  1K1U A;  5P5D A;  4DVF A;  4CPS A;  1QS8 A;  4EJ8 A;  1XN3 A;  3O99 A;  4Q1X A;  3SO9 A;  1SMR A;  2AZB A;  4Y4X A;  4TVG A;  1A8K A;  2FLE A;  4NJV A;  5P68 A;  3GI4 A;  5P3M A;  5AH9 A;  3VF7 A;  5DGW A;  1QRP E;  4TRZ A;  2ZJL A;  3EKV A;  3BUG A;  4GID A;  4Y3R A;  3K5C A;  3SAA A;  5P5M A;  4YD6 A;  5P7Y A;  2Q15 A;  5HVP A;  4CPT A;  1FGC C;  2AVO A;  5P2E A;  1TW7 A;  1DIF A;  1OEX A;  3QPJ A;  5P42 A;  3TLH A;  3L38 A;  5P5Z A;  1M4H A;  3ZKQ A;  3VYE A;  5P3K A;  4QLH A;  3SLZ A;  4Y3L A;  1MVP A;  1BWA A;  5P7L A;  1ZSF A;  4ZPG A;  3Q4B A;  3OTY A;  5P1N A;  3VF3 A;  3DCR A;  5P5Q A;  5P7V A;  1FQ8 A;  4XX3 A;  1MTB A;  5P6F A;  3UDQ A;  5IS4 A;  3UTL A;  3PJ6 A;  1XL5 A;  2I0A A;  3INE A;  3SA5 A;  4K4R A;  1XE6 A;  2RMP A;  5P78 A;  5P1X A;  2AOF A;  1YT9 A;  5P1L A;  1MUI A;  2ER0 E;  5P7F A;  5P1W A;  5P4K A;  3BUH A;  5P61 A;  1ENT E;  4B1D A;  1LYA A; 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 1K6V A;  1IZD A;  1E81 E;  3NDU A;  4I0Z A;  4I0G A;  4Y45 A;  4Y5C A;  3OAD A;  5P76 A;  1GVT A;  2VA6 A;  4GJA A;  5P3L A;  5P4Q A;  1YTG A;  5P2O A;  3KM4 A;  3PBD A;  3WZ6 A;  3ZPS A;  5P2W A;  1YM2 A;  4LXM A;  4A6C A;  4R95 A;  3UDR A;  4Y4Z A;  5C9B A;  3ER5 E;  5P7B A;  5P80 A;  5AHC A;  4Y5E A;  5P3H A;  3UDP A;  1HSG A;  2QNP A;  3D20 A;  4Y3G A;  3LPJ A;  4RGH A;  4EJK A;  4JP9 A;  5P85 A;  3TPJ A;  5I3W A;  5P29 A;  4Y47 A;  1K2B A;  4BFB A;  1KZK A;  4Y58 A;  5P3A A;  2G1R A;  3L59 A;  4PZX A;  1XN2 A;  1CPI A;  2PH6 A;  5P1J A;  2ZGA A;  4OBH A;  6FIV A;  4OD9 A;  2RKG A;  3NXE A;  5P1U A;  1APU E;  3KFR A;  1BVE A;  2NR6 A;  2BBB A;  2QNN A;  1NH0 A;  3PLL A;  4TRY A;  5P2U A;  4XX4 A;  2VA5 A;  5BRY A;  1AAQ A;  4Y4B A;  4CPW A;  1HTR B;  1HII A;  4Y3D A;  2QI0 A;  5P7S A;  4YE3 A;  1HVL A;  1G35 A;  4NJT A;  5OYV A;  3NXN A;  4F74 A;  3O9L A;  3OQA A;  2ZHV A;  2O40 A;  3AUP A;  4RLD A;  2B7F A;  5OYY A;  3RSX A;  3UDJ A;  4DQH A;  3LNK A;  1MER A;  2BPZ A;  1FF0 C;  3GGA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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