3EM6A

Crystal structure of i50l/a71v mutant of hiv-1 protease in complex with inhibitor darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGLGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Kinetic and structural studies on atazanavir specific I50L drug-resistant HIV-1 protease mutant.
rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3em6A00
3L38A 3D3TA 2OHRA 4DQGA 2VIZA 4FGXA 1A30A 4DJQA 2EWYA 5P1XA 4GIDA 5P64A 2OHPA 2XYEA 4KE0A 2P3BB 5P1HA 4CPSA 4FM6A 1FKNA 1NPAA 3VCMA 1LYBA 3DM6A 3OGPA 4ZPEA 1HSIA 4NPUA 4Y4TA 2F3KA 5P0FA 4Z4XA 4OBZB 1F34A 5P5TA 3O9AA 4YCKA 4Y4DA 5P7DA 5KR8A 5OYUA 3ZOVA 5OZEA 5OYXA 2G1RA 2I4UA 4QJ6A 5P10A 1GVVA 5P1ZA 3KFNA 1ZP8A 1GKTA 5SZ9A 3S43B 4F75A 3OAGA 3OQ7A 5P8NA 3EM6A 3H5BA 3OQDA 4RCEA 2HS2A 5OZPA 5HU1A 3SA5A 3GI6A 5P7LA 1D4KA 1LZQA 5P2KA 4NJUA 1LYAB 1B6LA 5P6OA 2BKSA 1XE5A 1K2BA 4FM8A 3EM4A 3SO9A 3EL4A 3QPJA 4L7HA 3T11A 4TVHA 3S85A 3MSJA 3NDXA 1ZTZA 3O9GA 3OQKA 1YT9A 1YG9A 5EZZA 4DI2A 5ENMA 3DV1A 3DUYA 3OUAA 2OF0A 5P2YA 3EL1A 4DQHA 4R5NA 2NMYA 2AZ8A 4Y44A 5P7OA 2F3EA 3KFPA 1NPVA 2AVSA 5P0PA 3OTYA 1HRNA 1TW7A 1GNMA 5P1EA 2NNKA 5KQZA 2R9BA 3EBZA 5P5UA 1J71A 1TCWA 3ZKQA 5P55A 3U6AA 3EL0A 5P06A 1HSHA 5P4ZA 3QI1A 2R8NA 4DPIA 2RKGA 4Y50A 5P0DA 5P5ZA 4FRKA 1HTRB 2V13A 4YE3A 1KZKA 4K9HA 4GJAA 1QBUA 5P4HA 3LIZA 4Y4ZA 1DMPA 3KN0A 1SIVA 1HTEA 5COPA 5COOA 1HVRA 5DR3A 2VJ9A 2QU2A 3OWNA 4ZSRA 1GVTA 5OZTA 5P86A 3WB4A 4KUPA 5P56A 4Y3NA 2IKOA 3OUBA 1FQ7A 3AUPA 3OU3A 3VFAA 1SDUA 1HTFA 5P2EA 5P2SA 5P8FA 4RYCA 1LEEA 4I8ZA 5P5VA 2P4JA 3TOFA 2PYMA 1KJHA 5JG1A 3PSUA 5P7XA 2NPHA 2WF1A 5P2GA 3PRSA 3QP0A 1DIFA 4GB2A 2Q54A 4Y41A 3LPJA 4EHCA 1EC2A 4DJUA 2B8VA 4M8XA 2ZGAA 5OZQA 2AOFA 4TVGA 5P1QA 2Z4OA 4ZLSA 3OADB 2H6SA 2NMZA 2QNQA 3EKYA 2HPEA 3KM4A 5P6WA 3S2OA 3ZPTA 4ZPGA 5P6JA 5ISKA 5P0XA 3APRE 2ER9E 4HE9A 4Y3JA 4Y37A 4Y4GA 3NXEA 3O9LA 3UDPA 3T7XA 4Y3MA 1DP5A 4TRYA 4Y3HA 4Y9WA 5P5XA 2FXEA 4Y5EA 1EC0A 1HVCA 5P7EA 1W6IA 3EKTA 5P28A 3QBFA 4Y3YA 5OZFA 5P69A 1M4HA 5P1JA 3FX5A 4OBFA 1XN2A 3EL5A 3BUFA 3PJ6A 3L58A 3LITA 4F76A 1BAIA 1C6YA 1K6PA 3I8WA 4H3IA 4X2LA 5P38A 2HM1A 1K1TA 5P13A 5OZ1A 1HHPA 1T7KA 4APEA 3KA2A 5P0VA 2XFJA 4ZSQA 2QK5A 5OZJA 1SDTA 5I3YA 1OHRA 4FIVA 3L5EA 4CP7A 1ME6A 3TOGA 1XDHA 2NXLA 3HVGA 3L5BA 4R8YA 5P6IA 5P8AA 1EBWA 4Y45A 5P2RA 4CPRA 4CPXA 4H1EA 5P5OA 2JXRA 3S56A 1B5FB 1M0BA 3CICA 3DJKA 3O9DA 4BFDA 2PMAA 4HDPA 4CPQA 5CONA 2BBBA 3BXSA 4Z2ZA 3L3AA 3S7MA 5P29A 5OZ8A 4DQBA 1PFZA 3PLDA 5DR4A 3UFLA 2PSUA 5DQ4A 5BS4A 2RSPA 4IVTA 3SKFA 4OBJA 1RQ9A 1U8GA 2O4PA 5ISJA 1META 5P7FA 2OHQA 5P1UA 3NU3A 2R43A 5P85A 4K4RA 5P65A 2QD6A 3RSXA 3U7SA 4J0VA 3ER5E 3FKTA 5P26A 3L59A 4DQFA 2AODA 4KE1A 3VG1A 5OZGA 2ER0E 4YD4A 5P2NA 5P5DA 4X7IA 2QI0A 2AVMA 2QZXA 3OXVA 2IDWA 5P2AA 5P03A 5HE4A 4Y3QA 5P3KA 3LPIA 3ZKIA 3S8IA 5P7NA 2FLEA 4Y43A 3QRVA 4QJ9A 1W5YA 3VF5A 4DJPA 1HOSA 1N49A 3ST5A 2APRA 2QZKA 4FL8A 5P45A 3CKPA 4U7VA 3G70A 4EQ0A 1EPRE 4I0DA 1XS7D 5P51A 2BQVA 5P0MA 5OZ9A 2PQZA 4I0EA 5P7PA 3D1YA 1MUIA 2OHKA 5P6GA 4Y3TA 3EC0A 3BGCA 4GZFA 2A4FA 1W51A 3PVKA 1A8KA 1UPJA 2G20A 5P1MA 3EXOA 2AOJA 2FGUA 5P6VA 2AVOA 4Y56A 5P04A 5P4OA 2PWRA 5SXNA 4YHQA 2FGVA 2Q63A 3GW5A 5P4BA 3GI0A 3NU9A 4DJXA 3PHVA 5P50A 1AAQA 5P7VA 3R0YA 3NDWA 4PPHA 5P7MA 5DR7A 5P74A 2OHLA 4L1AA 5P4DA 4H3GA 4JP9A 5P6PA 1MT9A 2QD7A 2IS0A 1PSAA 3OQAA 3UDYA 5HDVA 3VF3A 1AVFA 5P71A 1ZBGA 4Y3LA 4WY1A 1SIPA 1LV1A 3PGIA 2QD8A 2ZJJA 5KOQA 1HPSA 3UQRA 1YTGA 5P8SA 5P0IA 1LF3A 5P1FA 4ER1E 3PMYA 1W5WA 1FB7A 2JJIA 2PH8A 3KT2A 4FSLA 5P14A 3TH9A 2WF3A 2G26A 3SLZA 4QJAA 2NTRA 4FSEA 4I0GA 3VLAA 3O9BA 3UDNA 5ER1E 3UHLA 5P3FA 4D83A 3WB5A 4DUSA 4APRE 1BV9A 4EJKA 2BPXA 4YD7A 2VA7A 2O40A 4Q1NA 3VYFA 5P8DA 5KQFA 4Y3WA 3ZKNA 3TPJA 4J1IA 5P6DA 4Y3FA 5P7SA 2FDPA 1FGCC 1T3RA 1IZHA 3HW1A 5P8BA 3GGAA 3WZ8A 3SKGA 1ZLFA 3NLSA 1EBYA 3KMXA 4YCYA 3SA7A 2B8LA 3CKTA 3QVCA 5P80A 2O4NA 3TPLA 2PSGA 2WEZA 5OZ2A 5OZ5A 5P4TA 2VA5A 3IVHA 5OZMA 3IXKA 3VF7A 4U8WA 1PSNA 2IEOA 5P2XA 5C9BA 2ZHSA 5DGWA 2QZWA 3K1WA 3PCZA 4YD5A 5F01A 5P7JA 1BIMA 4OBKA 2I4VA 5IVRA 4Y58A 5P3MA 1FG6C 2FNTA 2FDEA 5P1KA 3MSKA 3SA9A 5KR0A 4RROA 1CMSA 4RRNA 5P2WA 4CPWA 5HE5A 1MVPA 2J9JA 5P1BA 3NWXA 5P05A 4PZXA 5OZIA 3Q70A 3R4BA 3TNEA 3QVIA 3IXOA 4B00A 2G94A 4LHHA 5OZHA 4MC2A 2UXZA 5DPZA 5KOSA 5P7WA 3KMYA 1FF0C 3ZLQA 3IXJA 5P2QA 7HVPA 3ZKMA 3PBDA 4I11A 2PYNA 5J25A 4Y6MA 1K6TA 1EEDP 2H6TA 3EKPA 4BFBA 5P5IA 5P2UA 3EKQA 4H3FA 4Y3SA 5P6NA 5P7YA 3N3IA 4OC6B 5P0CA 1HWRA 5P8TA 5P3TA 4J1CA 4L7JA 4LBTA 3UTLA 3G6ZA 5OZCA 1IVPA 4RYGA 3T6IA 2QI4A 3A2OA 3LNKA 3FV3A 4EP3A 5B18A 3MSLA 5OZUA 1GNNA 4Y38A 2WHHA 1PPME 5P4CA 1MERA 4I0FA 4K4PA 4H3JA 3B80A 5P0QA 4FE6A 1FFFC 3BHEA 4LAPA 3ZKGA 5P42A 3D1ZA 2VJ6A 5P72A 1QBTA 5P2CA 4XX3A 2AZBA 4B05A 1AJVA 1FEJC 5P6ZA 3OU4B 2I4XA 3PBZA 4DQEA 1YTIA 5P3NA 4UPJA 3PI0A 3RTMA 2UPJA 2Q3KA 4NJVA 4Y4JA 3RVIA 2FS4A 1EPNE 3OU1B 4Y5LA 4RLDA 2OHNA 4K8SA 1EPOE 1VIJA 3QAAA 5P53A 1EC1A 4HLAA 4N00A 2AOGA 4Y5KA 5I70A 4YA8A 5OYTA 5P4AA 5P7RA 5P3BA 5P5MA 5P7QA 5P00A 5P2DA 2V11C 4B78A 1MT8A 5P4RA 5P41A 3G72A 4RGHA 4CMSA 1M43A 3D20A 2RKFA 2QAKA 3VYDA 2ZJLA 1ZSRA 2B7ZA 4JOOA 1DAZC 3S53A 5P4XA 1WBMA 5P7ZA 3JVYA 2R38A 4M8YA 1IBQA 5P20A 4HDBA 1HIIA 1TCXA 2IGYA 4GJ6A 1ODXA 3MXDA 5P3LA 2I1AA 4B77A 1LYBB 3KDDA 4Y4XA 5P87A 2AZ9A 5T4SA 2P3CA 3LPKA 1B6MA 4CPUA 3R2FA 1A8GA 3ZPSA 4DJYA 5P5EA 2B7FA 2QHZA 5P8JA 5P2IA 3CIBA 1A9MA 1NPWA 3OK9A 5P8MA 3INHA 1NH0A 4I0JA 3UQWA 1W50A 1BV7A 3OAGB 3D91A 4ACXA 3PWWA 2QI5A 1FFIC 4J1FA 5P6RA 1UH7A 3NSHA 3N4LA 5ER2E 1XN3A 7UPJA 2HB4A 1W5XA 2IL2A 4FRSA 4R95A 5JFUA 5KR2A 3TKGA 4XKXA 3BXRA 2WJOA 5P0ZA 2XFKA 1LYWA 1FQ8A 2I4QA 3DK1A 1T7IA 5P3XA 5P7TA 4J1KA 2QNPA 4PZWA 1AJXA 4OD9A 5P0OA 3PMUA 2PK5A 5P4GA 5AHAA 3EKWA 1HVKA 2IRZA 5HCOA 1EBZA 6FIVA 4Y53A 5P0JA 5P1LA 1G2KA 3OXXA 1FLHA 1E5OE 5P89A 1HSGA 4MC1A 5P2LA 5P01A 5P6FA 5P8RA 3TL9A 1PROA 5P2JA 5AH8A 3L5FA 1KJ4A 5DGUA 3BRAA 5P0WA 3CIDA 5P6UA 4Y5MA 5P5SA 4RRSA 3QRMA 4GJ8A 1HXWA 1ZPKA 3SA4A 1KJ7A 3UQXA 4I1CA 2G1OA 4ZEAA 5SY3A 5P76A 2OHUA 3FNUA 1ENTE 2PC0A 3ECGA 4FRIA 2I4WA 3SAAA 2O4LA 4LL3A 5KR1A 5P2BA 5P7KA 2Q5KA 3NU4A 4DFGA 3I7EA 5P25A 3UDMA 3M9FA 4Y35A 3EM3A 2AOEA 3NUJA 1AXAA 5P0AA 1NSOA 2ZHRA 5P0TA 3NU6A 5P3PA 1HIHA 2WF4A 4AUCA 5P3YA 5P8EA 4Z50A 1BVEA 2BPYA 4L6BA 3ZPUA 3O9FA 1KJGA 3HLOA 2ZYEA 3EKXA 5P3AA 5P4SA 5OZ6A 4Y5NA 4B1EA 3O9EA 5P6EA 3O9LB 5P0NA 1ZAPA 3IAWA 5HDXA 3NDUA 5P4YA 2JYSA 4L7GA 2ASIA 5P8LA 5P8CA 1RV7A 1AIDA 1SMEA 2QI6A 2HB3A 5OZDA 5JFPA 4TRWA 3PLLA 2VNMA 5P4KA 4OBHA 3RU1A 2NXMA 4LXKA 4R91A 3VYEA 5P39A 4J0ZA 1W5VA 2VIYA 1EPPE 4YOAA 4Y4WA 5P44A 4Y5AA 5P0HA 2R5PA 3OGQA 4Y5GA 5P7AA 1T6GA 1UH9A 1FQ6A 3O9HA 5P68A 3KYRA 3LHGA 2CEJA 4IVSA 2AZCA 3QN8A 5OZRA 1HEFE 9HVPA 3NYGA 4Y54A 5P6AA 2FDDA 1B11A 3KDCA 4FLGA 1LF2A 1ODYA 4HVPA 3UDKA 3T3CA 1D4LA 2AIDA 1RL8A 5C9DA 3HAWA 2WEDA 3PEPA 4Y3PA 5P2FA 1MRXA 3SFCA 2P83A 2QP8A 5P8OA 5P0YA 5BWYA 5HVPA 5SY2A 2ER7E 4Y51A 4Q1XA 1C70A 3CKRA 4Y3AA 1QS8A 1HIVA 1K2CA 2AVQA 3EMYA 4PYVA 2SAMA 5P84A 4GJBA 3LZSA 3WZ6A 1HPXA 5OYQA 5P3IA 4AA8A 4EWOA 3VSWA 4DJRA 5OZBA 2VJ7A 5P3CA 5OZSA 4E43A 4PHVA 3OHHA 1EPLE 2FIVA 3UFNA 5OZKA 1K6CA 2HAHA 4Q1YA 3SPKA 4ACUA 4ZSPA 2QMFA 4B1DA 5P8GA 2ZJNA 3OUDA 1D4JA 5P83A 4EP2A 5P6XA 1D4SA 4Y3GA 1TQFA 4NJSA 4JPCA 4HDFA 3QIHA 5P4NA 1TSQA 5P48A 4Y5PA 5P36A 4KB9A 5P0KA 1HXBA 2Q15A 2OHSA 1BDQA 2QMPA 1B6JA 5AH7A 5P7BA 4R93A 4Y39A 2PWCA 4LP9A 4DV9A 1G0VA 2BB9A 1IDBA 4Z22A 5P18A 4Y47A 5P1TA 2WECA 5P67A 3GI4A 5P7CA 5P62A 2HS1A 4HZTA 4FCOA 5P33A 2P3BA 4Y57A 5P8VA 4A6CA 5OZZA 3UQPA 5P1NA 5DQCA 1K1UA 3TTPA 1B6PA 5P35A 3FIVA 3PSYA 1MIQA 1XL2A 4ZIPA 1XL5A 4OBZA 2CENA 2F3FA 5P1OA 2I0AA 1PPKE 5P08A 3PCWA 5P4PA 3K5CA 4D89A 1C6XA 4RVIA 4ZSMA 2ZJIA 3OOTA 4Q5MA 1MESA 5P59A 5P88A 3MXEA 5P2MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L38 A;  3D3T A;  2OHR A;  4DQG A;  2VIZ A;  4FGX A;  1A30 A;  4DJQ A;  2EWY A;  5P1X A;  4GID A;  5P64 A;  2OHP A;  2XYE A;  4KE0 A;  2P3B B;  5P1H A;  4CPS A;  4FM6 A;  1FKN A;  1NPA A;  3VCM A;  1LYB A;  3DM6 A;  3OGP A;  4ZPE A;  1HSI A;  4NPU A;  4Y4T A;  2F3K A;  5P0F A;  4Z4X A;  4OBZ B;  1F34 A;  5P5T A;  3O9A A;  4YCK A;  4Y4D A;  5P7D A;  5KR8 A;  5OYU A;  3ZOV A;  5OZE A;  5OYX A;  2G1R A;  2I4U A;  4QJ6 A;  5P10 A;  1GVV A;  5P1Z A;  3KFN A;  1ZP8 A;  1GKT A;  5SZ9 A;  3S43 B;  4F75 A;  3OAG A;  3OQ7 A;  5P8N A;  3EM6 A;  3H5B A;  3OQD A;  4RCE A;  2HS2 A;  5OZP A;  5HU1 A;  3SA5 A;  3GI6 A;  5P7L A;  1D4K A;  1LZQ A;  5P2K A;  4NJU A;  1LYA B;  1B6L A;  5P6O A;  2BKS A;  1XE5 A;  1K2B A;  4FM8 A;  3EM4 A;  3SO9 A;  3EL4 A;  3QPJ A;  4L7H A;  3T11 A;  4TVH A;  3S85 A;  3MSJ A;  3NDX A;  1ZTZ A;  3O9G A;  3OQK A;  1YT9 A;  1YG9 A;  5EZZ A;  4DI2 A;  5ENM A;  3DV1 A;  3DUY A;  3OUA A;  2OF0 A;  5P2Y A;  3EL1 A;  4DQH A;  4R5N A;  2NMY A;  2AZ8 A;  4Y44 A;  5P7O A;  2F3E A;  3KFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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