3ENBA

Crystal structure of prp8 core domain iv
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural elucidation of a PRP8 core domain from the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 62
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3enbA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3enbA01
3E9LA 4JKDA 4JKEA 4ILGB 4JKHA 3E9PA 4JKCA 4JKFA 4JKBA 4JK9A 4JKAA 3E9OA 4JKGA 3E66A 3SBTA 4JKGB 3ENBA 4ILJA 4JK7A 3SBGA 4ILHA 4JK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9PB 3TTDA 4RG8A 1Y19B 1C1CA 4BY9C 2DIKA 4BR9A 4CECA 5AQIA 1U2VB 2WC9A 5LJWA 3WNFA 3F9KA 1V4SA 4WF9L 1BIUA 3O9QA 2HMPA 1YITN 4Q0BA 5GADP 1S6PA 4R79A 4ZTJA 1KD1O 3CMEN 2Q31A 1IG8A 4X64K 3DLGA 4PL7A 4Z4HA 1NGBA 4NXMK 4DU3A 5EU7A 2D0AA 1KCFA 5KQDA 1REVA 5FPMA 4X66K 3RSEA 4Z0UA 1BA0A 1C0UA 4FZZA 1J6ZA 3TSPA 4HCBA 3ZSRA 4DV5K 1FW6A 2KQ2A 3QB0A 3CC7N 4BE2A 3EZWA 2HVHA 3HL8A 4DFJA 1KLNA 3L2RA 1JJ2M 3O9TA 4L3QA 2ZD1A 4DFPA 3K58A 4EIAA 1TKDA 1UA0A 4BRKA 2A3ZA 1IBLK 2P1JA 1VQ7N 4DV6K 4CFCA 3KKRA 4JNEA 3MK6A 2R82A 2E2PA 2HHHK 3KD5E 2UXBK 3WQUA 3VQPA 3HRGA 3E9PA 4DHYA 2QKKA 4OO1J 3AO1A 3EE9A 4CGFA 4CHOA 3QICA 1K8KA 1ATRA 3EZ5A 3BZCA 3OYIA 3K59A 2VQEK 3NFAA 1KVCA 4FWSA 2V52B 5KI6A 3VF4A 3SI6A 1HPMA 2FBXA 3LL3A 5AJ3K 3J80O 3B8AX 1NK8A 4ZRIA 4BRCA 2YHWA 3CXCM 3PO4A 3U9ZA 3S9HA 3TAPA 3MWTA 1Z05A 3V81A 1RTHA 4BRDA 5CY4A 1HUXA 2FJ9A 4KH6A 4FSVA 4CEQA 3TI0A 3AVHA 1NK9A 1C6VA 1EP4A 2P51A 1VQ4N 4XH1A 4C23A 3NGIA 4H0VB 4I2QA 5AQKA 2VWBA 1LV5A 1L3UA 2CQUA 1T03A 4ILHA 3O3FA 2G8HA 3O8MA 1B9DA 3T1YK 2VQFK 3THXA 2Q97A 3RMAA 2GUPA 3G6EN 1D9DA 3J7AP 4DS5A 3SQ2A 3ZX0A 1Q18A 3CQYA 3H46O 4YY3K 3CCSN 5CYQA 3SBTA 2XY5A 3IS9A 3L4IA 2O4GA 1LAWA 5AQXA 3IVFA 1UA1A 3LDNA 5AQJA 5HRNA 3CQXA 4LF7K 3CCVN 4I6MB 2KKZA 5LMUK 3P38A 4YORA 3CCEN 2D0CA 3BZKA 2GBZA 3HPGA 3ENOA 3BDPA 1ESVA 4FJXA 4K43A 2F7TA 2HHSA 3HP9A 2NRRA 4DKWA 4IJNA 1W9HA 4B1ZA 3OJSA 5BN9A 2W40A 1A5WA 3SLCA 1NGJA 1JCEA 1TV6A 3SV3A 3EY1A 1FKOA 4M41A 4FLVA 4E3SA 1ASVA 4QS8A 4KTQA 4MLEA 5LL6Z 5BR8K 3CC2N 4H0OA 5BPNA 1RDDA 2XRIA 5HRSA 5KPZA 1S1UA 1HR0K 4H4OA 3VEYA 4IZ9A 5HOOA 4FJ8A 2X0SA 4FJIA 3QDKA 1LWEA 4U67L 4JEPA 1ILYA 1I3AA 1WN7A 3THWB 1GLBG 3PX6A 4C1NI 5AQGA 3ZX3A 1KAXA 2ASMA 1Y97A 3I8BA 1N33K 5AZIA 4CW7B 2KZZA 1I39A 4DFMA 3D7EO 1HNZK 1DT9A 2NNWA 5KPRA 1VSFA 4DR1K 1LW2A 3NAEA 2QWQA 4BRQA 3SUQA 4OPKA 2G8UA 2A1SA 4JI4K 3NMUA 2FSNA 3C65A 2FSKA 1VRTA 3K9JA 3UKRB 1J5EK 3M6GA 4UQGA 2KLAA 1CLQA 3DWLA 3PX4A 3WA0A 4DUZK 3RVCA 2I7NA 2A40A 3WXLA 2HNDA 5B8HA 4A2AA 2IOCA 3MXIA 2E6LA 4E1NA 4BC3A 1KQSM 2P9UA 4F4KA 1NGFA 1BI4B 4FLYA 4RCHA 3MEGA 1D4XA 2JLEA 1WSFA 2O8BB 5FPNA 3SZ2A 4KHNA 5IJMA 5FROA 2NRXA 4BRGA 1UAXA 4BROA 2QXFA 1RTDA 4JKBA 4HTLA 3C6TA 3D45A 1OH6A 1UOCA 4M42A 1VK0A 2DFEA 2B5JA 4E7IA 4FLXA 2O8CB 1YI2N 2NRZA 3O4QA 4CJQA 4B3MK 5AQUA 3RMCA 5BN8A 3PZDA 3AVCA 3L2QA 2A5XA 3NCIA 3FP5A 3QIOA 3CCMN 3HM8A 2P5OA 4Y0WA 4JKDA 4JI5K 4DV4K 3MX2A 1YJWN 1VSDA 4PKHA 3DOLA 2QKBA 1ZBHA 2PAVA 1QQMA 4XH5A 2IIRA 3CHWA 2FLOA 4O8UA 2VWJA 4BG8A 4CIFA 3DLKA 3RSEB 4I9LA 2HB5A 1QSLA 4LF9K 3D2FA 3HOSA 1NGHA 3J7ZO 4DLEA 1T05A 4H4MA 2LSNA 1HJOA 3QBWA 2XY8A 4HUGA 1U4BA 3KLHA 5GIOA 1XWLA 5AQQA 3VQ7A 3CF5L 3BF3A 3OYCA 3PV8A 4MFBA 5AQRA 3HVTA 3V1OA 3CCQN 4DTNA 4FPAA 2OYQA 5GINA 1BDGA 4KFBA 3F5TA 4JRQA 1RTIA 3LWMA 5C12A 1TL3A 3SJJA 1RT1A 2RQ1A 5LY3A 3TR8A 3H1QA 2E5LK 4KI4A 2RKIA 3DLEA 1JCGA 1VQON 1X9MA 3VQEA 4A57A 4CJ3A 4B1WB 2ABDA 1KAYA 3VESA 3G0ZA 4ISGA 3U3YA 2ASOA 3C0BA 2UYTA 2PZSA 3CFOA 4YL8A 3NF6A 1IH7A 2VCPA 4CZHA 4K42A 2D2QA 2KTQA 1BOTO 2FBYA 3AAPA 4C1NK 3BF1A 4QAGA 4C8LA 3SUNA 3RRHA 4PQUA 3CPEA 1RBUA 3F9MA 4WFAL 5JVGL 4BRFA 2E2OA 4J2AA 1ISNA 1Q9YA 3HZ6A 3M8PA 3SPYA 1NBWA 4DS4A 3NBPA 3M3ZA 1N5YA 3F73A 1GOCA 5KRSA 3PIPL 4JD2B 4NY0A 1S1XA 3QMLA 3VQ8A 5AQNA 4K8ZA 3ZX2A 4CGHA 5BREA 4BWMA 3M8QA 2QA4N 1YTUA 3A5MC 4I7FA 4LF8K 3DYAA 1U47A 1H4RA 2JGUA 3WUHA 4PHTX 3R3LA 4CJPA 4ELUA 4AM7A 2KW4A 4E7LA 3J81O 1EWRA 1HLUA 4CFDA 4EHTA 4EP5A 4LFAK 5KGWA 4DU4A 3FFIA 2QWRA 3AVIA 5M1OA 3R8EA 1SGHA 4LD0A 3TANA 1QVFM 3QIPA 2A6AA 2QXLA 3MX5A 1IJJA 5IT9O 4NXNK 4GNIA 1KTQA 3N4QA 1QHAA 3QEPA 4DCHA 2HHVA 4YFUA 3D2EB 1NK0A 1NK7A 1T6CA 2IVPA 2QM1A 3MCPA 2W42A 3ZETA 1TL1A 3TTCA 5EXWA 4BQZA 3GDQA 1ASUA 2ITMA 2ZJQL 5D3GA 3ZSXA 3AA4A 4JI7K 1BHLA 1ZBFA 4K8XA 3ZSWA 2NRTA 3OJUA 4JI0K 4BRIA 2OPPA 1C0FA 4H5RA 3OS1A 3OYDA 4O55A 1X9WA 1B92A 4FWNA 4JI2K 1NG9A 4IJAA 4CJTA 2WUSA 3LM2A 5BRDA 1RDUA 4BQLA 1KRPA 4KREA 4CBXA 1HNWK 2GUIA 1SAZA 4CVNE 4CF8A 3MN6A 4CJUA 4CHNA 5CZ1A 1DTTA 3HP6A 5AQTA 3ULEA 4BG9A 4JKGA 2AJQA 3FR0A 4O5FA 4BGBA 3OYAA 5EOYA 5FRMA 3UKUA 3HSCA 1EWQA 1W2BM 3AAQA 3DXMA 3L6QA 2B4JA 1SKRA 3FLCO 2E1YA 1TK5A 3OBWA 4CEAA 3O4WA 4WE1A 3ID6A 4I2PA 4ICLA 4DTJA 4BR0A 1TAQA 2VG6A 4CK2A 3VTHA 4A61A 4EFHA 4Q5VA 1ITGA 3CCJN 2D4WA 1L3SA 3EKUA 3RTVA 1DLOA 4DTOA 4FWOA 3AO5A 3U6FA 2A42A 5AZJB 3NDKA 3OYJA 2ZM6K 5GAHP 2ZGYA 3A2FA 2EWSA 4KB0A 4BRAA 3FZHA 3IFRA 4AQYK 5ELZA 4W5TA 3QFUA 4M3RA 3J8AA 1HX1A 4KH4A 3SAFA 4DTXA 2F8TA 2HHTA 4OKEA 2J4RA 5GIPA 2ZWHA 2W6KA 5AQWA 2HHQA 1NGCA 2O8CA 4K41A 3VQ6A 1QSYA 2WTUA 3SCXA 4Y1DA 2D5RA 4V19S 5FPDA 4H5VA 3T3FA 5ADXH 3CJ1A 3K2PA 3LDPA 4M3XA 4WFNL 1ST7A 5F0XA 3OVNA 1TUYA 5KPTA 1L5UA 4CHPA 3ZT4A 4HVJA 3LP2A 3RMDA 4LF6K 4FJMA 3AARA 1NJZA 2GV9A 2O8DB 2OPSA 3BUZB 1GC6A 1F21A 4A59A 4E1MA 1BISA 3ZYYX 3DLLL 4B3RK 3M8SA 4FWKA 4PKGA 3VQCA 5MLCQ 4ILJA 1S5JA 1D8YA 2IVNA 4PKIA 5AFUA 4ZRKA 2ASPA 1GC7A 1T3VA 3S3NA 5IWAK 2FSJA 1BCOA 5HRRA 3WNGA 3HM9A 4DF8A 1E3MA 2DTUA 1W7AA 4B9MA 1XMOK 3L2VA 3V9ZA 1X1PA 2OZSA 3ENHA 3SYZA 3WT0A 4DV2K 2QW9A 5JS2A 4FLWA 4FM2A 4KO0A 3O1WA 4OJRA 5JICA 5CYMA 3TPQA 3ALYA 2F4VK 3GOIA 3ZSOA 4BR4A 5C10A 4CD1A 4AHCA 1RILA 4OLAA 5M1KA 3I8DA 1WSJA 4YOVA 1EKEA 3NH1A 1KXPA 5J2PA 1VSLA 4CZEA 4CZFA 1RCHA 3KLFA 1S9EA 3AU4A 2P9IB 1JLGA 4BRNA 3KLGA 4B9VA 1C1AA 4H0XB 4DQQA 3VGLA 2EMTA 3DXMB 3CFPA 4EZ9A 3L8BA 1HQEA 2NRWA 1YHQN 1QSSA 3O3HA 3KWIA 1IKYA 4CFAA 4DSFA 4CF1A 4ELVA 1NGAA 3CJ7A 4BRHA 1N36K 1I94K 4CJRA 1JXEA 3A5LC 1KVBA 4M3ZA 3K57A 4GV6A 5KTQA 4FXDA 1HYZA 2VGMA 3V1QA 1NGIA 4KH5A 1Z6RA 4FJ5A 2O8EB 3U3GA 1OH5A 1JLBA 2VG7A 2E20A 3QLHA 4FYDA 1GG3A 1QTMA 3HK2A 1TKXA 2VG5A 1B9FA 4N5SA 5J1EA 1HB8A 3TARA 3A5OC 3O08A 1ZBIA 4KHUA 4GMJB 1VQPN 1DIKA 1W0HA 3WQTA 4A62A 2E4LA 3AO2A 3FFKB 3OS0A 4CE9A 1KC7A 3VQAA 2YHAA 1EF1A 1X3NA 4PA1A 1ZBUA 4KPYA 3AVLA 3CC4N 3SQ0A 3SUPA 2FBTA 4YOTA 2O8FA 3PY8A 2ITGA 4BRMA 4FJGA 5AQPA 1OH8A 3KD1E 4AF1A 3CETA 2HE7A 4CESA 5I9EB 4DR4K 3K5MA 4CJ5A 3FE1A 1VSKA 1NU0A 5AFUH 3VEOA 3L2WA 2A1RA 3Q7CA 2BTFA 4O4GA 3ZSQA 4HUEA 4CJLA 4MLHA 4FLUA 3T7ZA 2EX3A 3OYKA 2RE2A 3THYA 2Z1JA 3AVKA 1MDUB 5M1NA 4M45A 1NJWA 1XC3A 2V51B 3E1YA 3QETA 4CZLA 1MU2A 1IV0A 2Q0UA 1U2VA 1OH7A 4KHWA 2WONA 1IBKK 1JLAA 4FM0A 2OCEA 1KBLA 4BR5A 4FVMA 3FZFA 4DV0K 3TSQA 1QQCA 3ZEUB 3EO3A 5KGXA 3S41A 5C15A 1NVLA 2G8VA 1D9FA 3THVA 1HQUA 1P90A 3O5BA 5HL7L 3G71N 3THWA 4JI8K 4PUOA 4BVOA 4O8KA 5E26A 3LZJA 4IG0A 5FRNA 4FK4A 1KVAA 4DB3A 3AVAA 3D6RA 3MDQA 4FWPA 1R59O 4GXBA 1X3MA 1L3TA 1NM1A 3IG1A 3EEQA 3P4IA 1VQ9N 3U8ZA 2PY5A 4DUYK 2J0MA 1XMQK 3UIQA 2YNHA 4O5BA 1VHXA 4B9SA 3LAMA 3DRRA 3FZKA 2HBLA 2OANA 1Q9XA 1MWKA 2P9LA 4BDZA 1MIXA 3SJHA 4YOWA 3ZSZA 3LPUA 3QIJA 3CJ9A 1VAZA 3DRSA 1J54A 4C8NA 3CJBA 4CJVA 3ZETB 3OYGA 4ISFA 3GE1A 5LMNK 4IG3A 2YNFA 2KZMA 1O1WA 4RWTA 3DRPA 5AQYA 2NZTA 4EP4A 1H1VA 4A5BA 1JDEA 2CH6A 3H3NO 5HP1A 4FK2A 1VQKN 4AHUA 4Z4IA 3MEEA 4GV3A 3O9SA 3WXMB 2QWNA 1WSHA 4DQIA 1NGGA 1BA1A 2NRHA 5DM6L 1Z25A 4CZJA 1VRUA 2H3GX 4FM1A 4W5RA 1JLEA 2F9WA 4IFEA 4FW2A 2E6MA 4CJ4A 3P31A 4IO8A 4NLBA 4IOCL 4FL9A 4LC9B 3WNEA 1RDBA 5DM7L 1Q82O 1ATNA 4R5PA 1YVNA 2UUBK 4BDYA 1LOTB 1HYSA 3H1VX 1NKCA 4E89A 1FKPA 3KWGA 1OVQA 2KFZA 3OA9A 3WNHA 3KLEA 1T7PA 1WAJA 1VBHA 3I0RA 4EAHD 1EQYA 5AQHA 5BPMA 4B1XB 4IFVA 1RT3A 1TK0A 2PBDA 4FOEA 2E88A 3BEXA 1N6QA 3L2UA 1WUAA 3K5LA 2YHXA 4JHDB 2FDQA 4DTMA 3MEDA 3HVRA 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3RR8A 4NLCA 3OYMA 4KHSA 4YNQA 2ETJA 2P9NB 2WBNA 5GAEP 3W0LA 1N8RO 3PO5A 2KHOA 4QS9A 2GTDA 4KHQA 3W3DA 2ZJRL 4DR2K 1WBDA 4JD2A 3G9WA 1TVRA 3SBGA 3O6WA 1GOBA 5M1FA 3HSTB 2P9PA 4IXCA 4E7HA 1S1VA 2G8WA 2CH5A 3NVKA 3QEWA 1K8AO 2UXDK 1HMVA 3U9DA 3IUCA 4CEFA 4HHTA 3JXUA 3OTOK 3IMXA 1BCMA 5SWMA 5AQOA 4FVUA 1ZC6A 2I5JA 1O13A 4P7IA 1JCFA 4DMNA 2HHWA 5K14A 4BGAA 5JS1A 1GLFO 4I9QA 4DG1A 2RF2A 2P9KA 4CGGA 4KI6A 3ATVA 2HBKA 5HRPA 1NJIO 4LFBK 3B6OA 4WQ4C 4RW7A 4BDPA 4OVLA 4OPAA 1TKTA 4B1YB 4DR5K 2IVOA 3JSMA 4F9OA 2OTLN 3A8YA 3L3UA 3TAFA 1RT6A 1QHTA 2LBBA 4F2SA 3U7DA 4CJEA 4KHYA 4CZKA 2IAJA 3D2EA 4MQ3A 1HB6A 4DXAB 4GVEA 3KLIA 3F2KA 4JK8A 1XUPO 1XNQK 5CHIA 1GLEG 3HTVA 3VQ9A 1YJNN 1YT3A 4KV8A 3CCLN 3TAEA 4LH4A 4CJFA 4C8KA 3VENA 3A0IX 3VN5A 4EHUA 1GLAG 1IKWA 2D0BA 3KK3A 3KJVA 2KFNA 1C0TA 4JN4A 3LAKA 1D5AA 1RBSA 4C8MA 4GY2B 3LPTA 4CD3A 1RFQA 3P83D 5AQFA 5EY4A 4BREA 2YNIA 3QEXA 2QI2A 4B9TA 4GV9A 5M1PA 4OGCA 3Q7BA 4CF9A 3VF6A 4JKGB 1RGIA 4H0YB 1YUWA 4CBUA 3ZDTA 1U49A 4XH4A 4FWRA 4Y1CA 4DU1A 4BC4A 2BH1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E9L A;  4JKD A;  4JKE A;  4ILG B;  4JKH A;  3E9P A;  4JKC A;  4JKF A;  4JKB A;  4JK9 A;  4JKA A;  3E9O A;  4JKG A;  3E66 A;  3SBT A;  4JKG B;  3ENB A;  4ILJ A;  4JK7 A;  3SBG A;  4ILH A;  4JK8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2P9P B;  3TTD A;  4RG8 A;  1Y19 B;  1C1C A;  4BY9 C;  2DIK A;  4BR9 A;  4CEC A;  5AQI A;  1U2V B;  2WC9 A;  5LJW A;  3WNF A;  3F9K A;  1V4S A;  4WF9 L;  1BIU A;  3O9Q A;  2HMP A;  1YIT N;  4Q0B A;  5GAD P;  1S6P A;  4R79 A;  4ZTJ A;  1KD1 O;  3CME N;  2Q31 A;  1IG8 A;  4X64 K;  3DLG A;  4PL7 A;  4Z4H A;  1NGB A;  4NXM K;  4DU3 A;  5EU7 A;  2D0A A;  1KCF A;  5KQD A;  1REV A;  5FPM A;  4X66 K;  3RSE A;  4Z0U A;  1BA0 A;  1C0U A;  4FZZ A;  1J6Z A;  3TSP A;  4HCB A;  3ZSR A;  4DV5 K;  1FW6 A;  2KQ2 A;  3QB0 A;  3CC7 N;  4BE2 A;  3EZW A;  2HVH A;  3HL8 A;  4DFJ A;  1KLN A;  3L2R A;  1JJ2 M;  3O9T A;  4L3Q A;  2ZD1 A;  4DFP A;  3K58 A;  4EIA A;  1TKD A;  1UA0 A;  4BRK A;  2A3Z A;  1IBL K;  2P1J A;  1VQ7 N;  4DV6 K;  4CFC A;  3KKR A;  4JNE A;  3MK6 A;  2R82 A;  2E2P A;  2HHH K;  3KD5 E;  2UXB K;  3WQU A;  3VQP A;  3HRG A;  3E9P A;  4DHY A;  2QKK A;  4OO1 J;  3AO1 A;  3EE9 A;  4CGF A;  4CHO A;  3QIC A;  1K8K A;  1ATR A;  3EZ5 A;  3BZC A;  3OYI A;  3K59 A;  2VQE K;  3NFA A;  1KVC A;  4FWS A;  2V52 B; 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