3ENBA

Crystal structure of prp8 core domain iv
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
b'LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural elucidation of a PRP8 core domain from the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna binding protein
total genus 62
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3enbA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3enbA01
4JK9A 4ILGB 4JKAA 3ENBA 4ILHA 4JKFA 3SBGA 4JKDA 3E9PA 4JKGB 4JKBA 4JKGA 4JK7A 3SBTA 4JK8A 4JKCA 3E9OA 3E9LA 4JKHA 4JKEA 4ILJA 3E66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GV9A 3OYFA 2E6MA 2YVCA 5I3UA 3ID8A 4FJIA 3TARA 2YHWA 4CJEA 4O8UA 1U4BA 4LFBK 3L0QA 4KRFA 4EAHD 1C0MA 2E2NA 3KKRA 1DTQA 3SUPA 1WSIA 3GL1A 4CF0A 4H0XB 4B9UA 2QM1A 2QKBA 2VG5A 4ZRIA 4RTFD 1OH8A 1TKTA 5C24A 4OPJA 4DV1K 5CYMA 1NGFA 1WBDA 3MWPA 3RWUA 4FJNA 3CC7N 5E41A 3MECA 1Y19B 1GLAG 1JXBA 4F3TA 4FJHA 4KHQA 3AVGA 3PX0A 1VSHA 4JHDA 3FZFA 4H5RA 1Q18A 1L3VA 4NCBA 1RBUA 4O8KA 3J80O 3TR8A 3NVKA 4LSLA 3CFPA 5F0XA 3CPWM 2O8BB 3ZT2A 3PIPL 4JI6K 3ZSXA 3M1FA 3T7ZA 2CH5A 5KI6A 4B9LA 4WQ5C 5KGXA 3U7DA 1IG9A 3HSTB 1U49A 3OYGA 4GXBA 2QWRA 4LF9K 4Z0UA 1YITN 2D4WA 2YNFA 2NRWA 1LWFA 2O8DA 1TUYA 3KWGA 3NDKA 4Z4IA 1QQCA 3ULDA 3LM2A 4BRGA 2D0PA 4M3RA 3O5BA 2AEHA 3HTVA 1YJWN 3G10A 1RDCA 2W40A 3NGIA 3AGRA 1OVYA 1N6QA 3HP9A 4JD2A 1YTAA 4DV4K 2X78A 1RDBA 4C8KA 1MU2A 4Q5VA 4FLYA 4JI0K 3OS1A 4DSLA 3HBTA 4CEOA 2ZGYA 1RILA 1SKRA 4JI8K 4FW2A 1L3TA 3D2FA 4JS4A 4FJ5A 2VQEK 4MQ3A 1NGEA 3NH1A 4BR7A 4KTQA 1WSGA 4ELVA 4W5RA 3IUCA 3OYKA 2V52B 4H0TB 2YHYA 4CJ7A 1ZYQA 3CC2N 2ZM6K 3SPYA 3FLCO 4BRQA 4WFNL 1SGHA 3DM2A 4NCGA 4CJWA 2QXFA 4WQ4A 4CJVA 3LP1A 3VMFB 1T7PA 4NY0A 1MK7B 3EZ5A 2P5GA 2UXBK 2Q31A 4LFCK 4AF1A 1CXQA 5BRDA 1T8EA 2HF3A 2BDPA 3BZCA 2H3GX 4JKCA 1S6PA 3J81O 4CFAA 3OYBA 4I9LA 1U2VA 2FSJA 3KLEA 5CHIA 1W9HA 1N32K 1BG3A 1VSEA 3O4NA 4CEQA 3L2VA 3AO4A 2HBMA 1I94K 4DV2K 3F5TA 4NB4A 4IFEA 3LANA 3VQ8A 5AQTA 3RMDA 4FWNA 2V51B 3ZX2A 3SUQA 4DXAB 1I39A 3P38A 4CEEA 1N33K 2ATQA 4IO8A 1D9FA 4KTZA 1A5XA 1U48A 1S1UA 2V7YA 3IDHA 1QHAA 4MO4A 3VQ6A 2G8HA 3UKUB 2O8EB 4KHYA 3HVTA 3C94A 3HPOA 3N4QA 3DXMA 1T6CA 4IKFA 3TAQA 3C95A 1BA1A 3QEVA 2D0OA 2KQ2A 1Z6RA 4BC2A 2E2OA 4CZKA 5AQNA 3VESA 1L3SA 2COPA 4BR0A 3P5JA 1MA9B 4JI3K 4JK7A 4ISFA 2G8WA 3AV9A 2X0SA 3U8ZA 2YNIA 3VQBA 5GADP 2O8FA 4PKIA 3BY5A 5IT9O 5I42A 1O13A 4HDOA 1BIZA 2D0BA 2FSNA 4HHTA 1IKYA 1YTUA 1SZ2A 2A40A 3D0PA 4L3QA 1BCMA 5M1QA 4N47A 1TYQB 1QE1A 4DTJA 3MX5A 4DQSA 4M3YA 4KHPK 3DLKA 4WQ4C 5D3GA 2IVPA 3NF6A 3G71N 3UKRB 3I8BA 1S6QA 1KFSA 1S3XA 1YIJN 1DIKA 1BU6O 4FPAA 2RQ1A 1KAYA 1Y64A 4ICLA 3AVCA 2VG6A 3QO9A 4DS5A 1J54A 3G6EN 3LDOA 3ENBA 2EWSA 1NGCA 3KLGA 3T3FA 1WUAA 5CE3A 1QTMA 1CZ9A 3CCSN 3D45A 1BCOA 2OTJN 4U7BA 4FYDA 1GLFO 1TL3A 4LF8K 4DV3K 1VQ4N 1TK5A 3JS6A 3BF1A 1NVLA 3KD1E 4OX9K 3TAGA 4CJ3A 3CF5L 4YOUA 4HUEA 3AU4A 5AJ3K 1ZBLA 4AHSA 5C0YA 3TAMA 3NH2A 4K8ZA 5CZ1A 4AILC 4FWOA 3L3UA 1W0HA 4FJGA 4JHDB 4ELTA 3VQQA 1L5UA 1GG3A 1H4RA 1WAJA 4KPYA 4BR9A 1HKCA 1K73O 3O9SA 1NGJA 4DTXA 2D0CA 3O9TA 4M3UA 5AFUA 3U6FA 4KH5A 3I0SA 4CE9A 5AZIA 5F1XA 1UWBA 1LAVA 1ZC6A 2Z1HA 4CERA 4DSJA 4J2DA 4H5NA 3ZEUA 1VQ9N 3O8MA 3RMBA 1NK8A 3QEWA 3KTQA 4TKNA 4DKWA 4EP4A 5DK5A 4ILGB 5AQFA 1JL2A 4CJ5A 3KLIA 3RVCA 5C10A 1JL1A 4FLTA 1HKGA 3U3GA 4HWIA 2E1YA 1M90O 2ZJQL 4B9SA 5IWAK 4BRPA 2Z1GA 3K9KA 5LMNK 3QETA 4IXCA 4JKHA 1HPMA 3AO5A 4B1XB 1K8AO 1VQLN 1QSSA 4M3ZA 3QEXA 4N56A 3TAEA 4CBWA 4E3SA 3V9UA 3D2FB 1N5YA 3VGKA 2KHOA 3O1WA 4K25A 1SQKA 4CHYA 3OYNA 3ASMA 3MN7A 3A2FA 4BR5A 1BOTO 3CJBA 4F3OA 4CJPA 5LL6Z 4IDHA 5BRFA 3G9WA 1KD1O 1WN7A 3ZT3A 1X9SA 5EVZA 3JYTA 1NGIA 1BUPA 4I6MB 4YL8A 3THXB 3U8XA 1GC6A 4GV6A 1K8KA 3LP2A 4DTPA 2HBJA 3DAWA 4MFBA 2G8FA 2I1KA 1XMQK 3S3MA 1SV5A 4MDAA 4QS8A 2P9NB 1P90A 1RT7A 1S9GA 1W2BM 4DHYA 4GW6A 3AO2A 4DU4A 3PO5A 5AFUH 3CQYA 4AH9A 4B8AB 3DLBA 1HYZA 4BDPA 1U2VB 4E19A 4GMJB 3KLHA 2HNYA 4JNEA 3OJUA 3T1HK 4BR2A 3CCJN 1LW2A 1SL1A 1C1AA 2FF6A 3L8BA 4O5FA 4BY9C 3O80A 1T44A 3AA5X 4HUFA 4A5BA 3FLVA 5KQ8A 3O3FA 2XY6A 4IWVA 2AL6A 4KO0A 4AM7A 1NMDA 3P39A 4BRNA 3QNNA 4FWQA 2VG7A 2ZGZA 4DR7K 2XO7A 4BRDA 3QEPA 3PZDA 1NGHA 1XC3A 1NOZA 1NGGA 3NF8A 2NRHA 1GOAA 3V1QA 3B6PA 4CGIA 3VTIA 1JXEA 1BL3A 3DXMB 3TTCA 1NGBA 3OYMA 1J5OA 4OKEA 2PAVA 1RDWX 4BWJA 5LJVA 2I5JA 4CGDA 3OS2A 5FRMA 3FP5A 2NUBA 3VQ9A 4OPHA 2ITMA 3M8QA 4XEIA 2OTLN 3AGKA 1XC9A 1IJJA 1DTTA 1LWEA 4BRCA 2O8FB 3SMSA 4ILJA 1Q86O 1QQNA 4Z4CA 1NGAA 4FM1A 5AQSA 3WEEA 4H8KA 3OYJA 1WNSA 3WNFA 2G8UA 3QICA 4NCAA 4PQUA 3V1OA 3TSQA 3CETA 4EHUA 2YHXA 4DTUA 5JICA 1WB9A 3TTFA 4NLBA 1YJNN 3W0LA 3ZT1A 4HDQA 4M45A 4DR1K 3U9DA 4LY7A 1CLQA 4BE1A 3P1GA 4I2PA 1VQ6N 3ID6A 2BTFA 2QKKA 3TSUA 3KHYA 1VQMN 1EQYA 3CIPA 5M1KA 3KZBA 4H0OA 3CQ8A 3WXMB 4AHUA 3NCIA 2GELA 3EKSA 1HNVA 4B3TK 2HRJA 4FZXC 3MN6A 1RT5A 4CJSA 4J2EA 4P7IA 2OPQA 2RF2A 3PVLA 1NI2A 3QBWA 2R7YA 1QQMA 1XMOK 4DLEA 5E26A 3WT0A 4PWDA 3SJHA 4YOTA 3VENA 3V4IA 2VWKA 3SNNA 3ZDTA 4FZZA 3R9PA 2KFZA 2P9KA 1HJOA 2E88A 5JLHA 1KLMA 3CI5A 2Y1IA 4LC9B 1XNQK 2EMTA 1TVRA 4KB0A 2W6KA 4Q0BA 2DFEA 2IAJA 5AQGA 2ZF5O 3QERA 1N34K 4PUOA 3LP0A 1KVCA 4ZRJA 5AZIB 5BREA 3QBXA 1Q8IA 4CFBA 3PSIA 4L8RB 4DR2K 1VK0A 3ZEUB 2FBVA 4DMNA 3KKSA 3AVBA 5M1OA 1IH7A 1GLBG 1VHXA 3NGYA 1KQSM 4O0IA 3RSEA 4DTSA 4DU3A 5C15A 3H08A 3CC4N 2ZWHA 4RW9A 2CGLA 1JCGA 2OPSA 2FDQA 5AQHA 1EO1A 4YDUA 2I7PA 3CHWA 4JKBA 5EU7A 1NKCA 1RT6A 3RRGA 1HQUA 3A5NC 1V4TA 3S3OA 1TGOA 1NWKA 4W5TA 1TKDA 1D5AA 1FKPA 2JLEA 4XH1A 1RNHA 3VEVA 2X6SA 4CF8A 4CF9A 4CJRA 2QK9A 2E2PA 1S22A 1XUPO 1NM1A 1VQ7N 4FOEA 4E7KA 1X9JA 4B9NA 3I0RA 3VEZA 4HTLA 4WFAL 4YHHK 2WUSA 3E9PA 4CCHA 4PY5A 3FR0A 3VA3A 1BQNA 5BPLA 2QWLA 5B8HA 3LWMA 2F96A 3F9KA 4XH5A 3LWLA 1DT9A 2A5XA 2NRXA 3Q7BA 1Q81O 2QA4N 3ZSRA 4X65K 4Z4EA 3NBPA 5H1SQ 4E7JA 2AP1A 3VTHA 3LZJA 1VSDA 1ILYA 4CD3A 3OY9A 2NRZA 4FM2A 2P9LB 3CFRA 1F21A 1QHTA 2XY7A 1IKVA 4CJQA 1C0UA 4XH4A 3SBTA 2P9UA 3A5MC 4RW8A 2HB5A 4BRMA 4EFHA 1LCUA 4O4GA 4LF6K 4BROA 3NF9A 1KXPA 4KFBA 3LDPA 2YI1A 3CCRN 3DI6A 4KHNA 4RG8A 3ZSQA 4AHVA 5DM7L 3MCAB 1ASUA 3VGMA 3JAMO 2OPRA 4M41A 3L3VA 1YJ9N 1MIXA 2CGJA 4ID5A 5K14A 3ZSZA 4R5PA 3OS0A 1NLVA 1HYSA 3HRGA 3L2RA 4ZTJA 1BQMA 4DTNA 3THYB 3TAFA 2YX6A 1U47A 4TSXA 4MO5A 4BDYA 4OGEA 2BGGA 3WA0A 1JLGA 3ZSWA 4EZ9A 3L6QA 2EHGA 4MDBA 4DR4K 1JLAA 4ISGA 2CGKA 1VQON 1NK4A 3HI0A 3IRXA 2HBLA 3HL8A 4CZMA 4BRHA 2A42A 1TL1A 3HPGA 3WXJA 4Z4GA 3VEXA 3LPUA 3NGZA 4DUYK 3TANA 4CHNA 3AA2A 2Y1JA 4FWSA 1JLCA 2GUIA 3DRPA 4U67L 3RMAA 1A5VA 4YY3K 2W41A 3VPZA 3HSCA 3VF2A 1ACAA 3V9WA 3W3DA 1KC8O 1MK9B 4GNIA 1QSYA 3H3NO 4M3TA 4E7LA 4Y0WA 2W42A 5AQPA 1ASWA 3A5OC 4OPAA 2P5OA 4DR3K 2D10A 2UUAK 4JI5K 5CY4A 3P31A 4DG1A 1NK6A 5LY3A 3CXCM 2A41A 4FJXA 1RT3A 4QS7A 3GBTA 4DV7K 4MLEA 2HW3A 4M7YA 1CZBA 3T19A 4NYFA 1EF1A 2YJFA 1C0TA 4JI2K 3G0ZA 1N8RO 2P9KB 3LDNA 2FBTA 3KIOA 4XIUA 1VSFA 3CFOA 2X6NA 5A2QO 2E1ZA 2ASOA 1IV0A 1HKBA 1ATRA 5KQDA 4JKFA 5LMUK 1SS6A 3THWB 2Q2RA 5EOYA 3S9HA 3HJFA 3RR8A 4B1YB 2ITGA 2UU9K 2QWPA 3VEYA 4B1WB 2D2QA 3ZX3A 4H03B 1NNEA 3DLGA 3OHRA 3DLRA 3SQ4A 3MN5A 1HNXK 3V9XA 5AQQA 2NRVA 2B4JA 3H3OB 4FM0A 1BO5O 3SV4A 4WE1A 1RT1A 4CJUA 4FCYA 1WSFA 2FBXA 3N4PA 4M3XA 5F2RA 2I7NA 4C8MA 4CZLA 4FXDA 4G9ZA 4NLCA 3CM5A 1DGKN 2JGUA 5FDLA 3ENHA 3O9RA 1S9EA 1SL0A 1UA0A 1YXQA 3SUNA 1Q7YO 3VQDA 4B08A 2PZSA 4JKDA 3UE5A 3WXIA 4I9QA 2OPPA 3SYZA 4JKGA 4FWRA 4B3SK 4KH4A 1HJRA 3TTDA 4HTUA 4YORA 3RTVA 4DFKA 4JKEA 4Z94A 4LD0A 2QWOA 1YF5L 2VCPA 4A62A 1KSPA 2DPNA 3LAMA 3K5LA 5FRNA 2GWJA 4RWTA 5GIOA 3IAYA 3QIPA 1TK0A 4F2SA 4GVEA 4K41A 5J2QA 1REVA 1T03A 1RTIA 3MEGA 2HOEA 2AJQA 4E0DA 3H1QA 2R82A 1XQSC 5LJWA 4F8RA 4CHPA 5TKWA 1JDEA 3L2QA 4KREA 2IGIA 5C2DA 4DQQA 1BI4A 1JCEA 5J2MA 4BWMA 1IBKK 4NYNA 1YT3A 1NJYA 3K57A 1J6ZA 3MXJA 3TI0A 3AAPA 3AVAA 2DFHA 3CERA 2Q1NA 1FXXA 3QFPA 3HT3A 1NG9A 1RBTA 4C8NA 4A59A 3DXKA 4BREA 4AHCA 2O4IA 1C6VA 1GLCG 1O1WA 1QZ5A 3EE8A 3EN9A 1MDUB 4CVNE 2FJ9A 4DFPA 3MEEA 4FK0A 1YAGA 4CIEA 3O4QA 3FZMA 3KVGA 1VSKA 3ITHA 3SCXA 2GEMA 1ZXOA 3BINA 1ATNA 4OO1J 1VAZA 1Z05A 1RGIA 3WNHA 1R0AA 1LW0A 1OH7A 4BE2A 2F9WA 1UOCA 1OH5A 1Q9XA 2P9IA 3CCMN 4DCHA 1ATSA 1KVAA 3LDSA 3MK6A 1LOTB 4DUZK 3M8SA 4CD1A 4DTMA 3FGUA 3AO1A 3TU5A 4FJ7A 1HBKA 3L4IA 5JS2A 3C6AA 3LAKA 3VQCA 2KW4A 3HOTA 1GLJO 5CR4A 2QWMA 2O8DB 3HYFA 3VEOA 4JRQA 5BPMA 2YV0X 3HM9A 4BRIA 1OKJA 3LZIA 3VQAA 2XRIA 1KFDA 2I1JA 5BN9A 2UYTA 5BR9A 1QSLA 1MWKA 5HP1A 1HRHA 3VF6A 1V4SA 5AQYA 2IDOA 2OANA 4CF2A 4JD2B 3ALYA 2HHSA 3OYHA 5BN8A 2OCEA 3MDQA 2P51A 3KWIA 1OVQA 3ZETA 4AQYK 2YNGA 3DJCA 4AHTA 2E20A 4IJNA 4IG3A 1K9MO 1T6DA 3NFAA 3R1XA 5M1NA 2UXCK 4KHWA 3MWTA 1WAFA 3V6DA 3LDLA 3OA9A 3LM9A 1BHLA 3NVMA 2NNWA 3G25A 4O0JA 3CYMA 2Z1IA 1YUWA 3O3GA 2QXLA 1RDDA 5JVHL 3EKUA 3J7AP 3MAQA 4ID1A 4H5VA 1Z26A 4EKUA 4FLXA 4H0PA 4OLBA 4FJMA 4H0VB 1VQPN 3IKMA 1UAXA 3WXKA 4CEBA 4A61A 4Y1DA 3QEIA 3IMXA 4K0KK 4GV9A 1NK9A 3ATUA 3HP6A 3C65A 3O3HA 1B9DA 1ZBFA 2KZZA 3D2EA 3X23A 4FO0A 4CECA 3AVNA 5AQZA 3FZKA 4OVLA 2XHBA 3AVHA 3ISNC 1KCFA 4JK8A 3KK7A 3P83D 3TPQA 4B3MK 3O4WA 4FWMA 1VSJA 1VRTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JK9 A;  4ILG B;  4JKA A;  3ENB A;  4ILH A;  4JKF A;  3SBG A;  4JKD A;  3E9P A;  4JKG B;  4JKB A;  4JKG A;  4JK7 A;  3SBT A;  4JK8 A;  4JKC A;  3E9O A;  3E9L A;  4JKH A;  4JKE A;  4ILJ A;  3E66 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GV9 A;  3OYF A;  2E6M A;  2YVC A;  5I3U A;  3ID8 A;  4FJI A;  3TAR A;  2YHW A;  4CJE A;  4O8U A;  1U4B A;  4LFB K;  3L0Q A;  4KRF A;  4EAH D;  1C0M A;  2E2N A;  3KKR A;  1DTQ A;  3SUP A;  1WSI A;  3GL1 A;  4CF0 A;  4H0X B;  4B9U A;  2QM1 A;  2QKB A;  2VG5 A;  4ZRI A;  4RTF D;  1OH8 A;  1TKT A;  5C24 A;  4OPJ A;  4DV1 K;  5CYM A;  1NGF A;  1WBD A;  3MWP A;  3RWU A;  4FJN A;  3CC7 N;  5E41 A;  3MEC A;  1Y19 B;  1GLA G;  1JXB A;  4F3T A;  4FJH A;  4KHQ A;  3AVG A;  3PX0 A;  1VSH A;  4JHD A;  3FZF A;  4H5R A;  1Q18 A;  1L3V A;  4NCB A;  1RBU A;  4O8K A;  3J80 O;  3TR8 A;  3NVK A;  4LSL A;  3CFP A;  5F0X A;  3CPW M;  2O8B B;  3ZT2 A;  3PIP L;  4JI6 K;  3ZSX A;  3M1F A;  3T7Z A;  2CH5 A;  5KI6 A;  4B9L A;  4WQ5 C;  5KGX A;  3U7D A;  1IG9 A;  3HST B;  1U49 A;  3OYG A;  4GXB A;  2QWR A;  4LF9 K;  4Z0U A;  1YIT N;  2D4W A;  2YNF A;  2NRW A;  1LWF A;  2O8D A;  1TUY A;  3KWG A;  3NDK A;  4Z4I A;  1QQC A;  3ULD A;  3LM2 A;  4BRG A;  2D0P A;  4M3R A;  3O5B A;  2AEH A;  3HTV A;  1YJW N;  3G10 A;  1RDC A; 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