3EO5A

Crystal structure of the resuscitation promoting factor rpfb
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
171
structure length
169
Chain Sequence
MGRNRIKKVTERLPLPPNARRVEDPEMNMSREVVEDPGVPGTQDVTFAVAEVNGVETGRLPVANVVVTPAHEAVVRVGTKPGTEVPPVISIWDAIAGCEAGGNWAINTGNGYYGGVQFDQGTWEANGGLRYAPRADLATREEQIAVAEVTRLRQGWGAWPVCAARAGAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Cell adhesion
molecule keywords Resuscitation-promoting factor rpfB
publication title Crystal Structure of the Resuscitation-Promoting Factor (DeltaDUF)RpfB from M. tuberculosis
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 40
structure length 169
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06737 Transglycosylas Transglycosylase-like domain
A PF07501 G5 G5 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3eo5A02
2.20.230.10 Mainly Beta Single Sheet Resuscitation-promoting factor rpfb fold Resuscitation-promoting factor rpfb. 3eo5A01
4LYMA 3BKHA 2DQIY 3A92A 4Z46A 3VWOA 2Z12A 4GN3A 5DN4A 1XGUC 1D0KA 1GE0A 1FKVA 1WQNA 2XTHA 1BVKC 1GF3A 3IJUA 1IOTA 1IR7A 1XEIA 1GB2A 4BS7A 1DQJC 1I20A 4DD2A 5B59A 4LT1A 5LA5A 1QSAA 1YAOA 5HNLA 5LIOA 1LZRA 1B7RA 2ZNXY 1LTMA 4W96A 1GHLA 2C8OA 1I1ZA 3TMVA 3WPKA 2LTJA 1HHLA 2Z19A 3IWRA 2C8PA 1PS5A 3CT0A 4OOOA 4H9CA 5B1FA 1DXJA 4CFOA 1JKBA 3A96A 1GF5A 3LZTA 1OUGA 3P65A 4R6CA 1OUEA 1GB9A 1XGTC 1HEMA 5KXPA 5I5QA 3TXGA 1B7SA 133LA 1IWVA 2N5ZA 1LJKA 1HSWA 1RE2A 1WQRA 2YBMA 4HJYA 4NGLA 1GFRA 1HELA 2HEDA 2HUBA 2Z37A 4N9RA 3RT5X 2F4AA 4H8XA 5B05A 1LYZA 4MCKA 4KPMA 2ZQ4A 1GXXA 3AGGG 1GB6A 4UWNA 1Z55A 5ILCA 3AZ5A 3WW5A 3CSQA 208LA 3W6BA 4BAFA 1UIHA 1IP4A 3HBHA 4WM6A 4IATA 1GB8A 5LVIA 2MEIA 4H94A 1LZ6A 4CJ2A 1KIRC 2XBSA 2ZIJA 1LZYA 3D9AC 4LFPA 3A91A 2YSSC 4B0DA 1WTNA 193LA 1DPXA 4ETEA 1YL0X 5I4XA 1GFKA 1EQ5A 1JTOL 1VATA 2BQDA 1OUIA 5KXRA 2LHMA 1TBYA 1XGQC 2CWIA 194LA 4GCCA 4RLMA 3ZVQA 5HLLA 1UIBA 3LZ2A 1LZ4A 1WQQA 3J4GA 1IY4A 1HENA 2BLYA 4C3WA 1LJHA 1C7PA 1GFGA 1CJ7A 1BB7A 2EPEA 4H9AA 4WL7A 4XJDA 3RNXA 1VDTA 4RLNA 5AMYA 4B1AA 3AZ6A 5KXMA 1LHLA 2X0AA 4YEMA 1CJ6A 3AGIA 4TSBA 4WO9A 4PGJB 4FUOA 1LKRA 1LSNA 5LXWA 3B6LA 132LA 1JTPL 4FDYA 3ZEKA 5HMJA 1CKHA 3B0IA 4IASA 4M4OA 4GCFA 2LYMA 2Z2EA 1LSZA 1LSYA 2ZYCA 4PJ2C 2HU3A 1YKYX 1W08A 1TAYA 1NDMC 1IWYA 4LYCA 1IOSA 1NBYC 2BQJA 1D9UA 3WUNA 1KXXA 2F30A 3W6AA 1B5YA 2BQOA 1H87A 2ZQ3A 5APEA 4NGZA 1GBWA 4ET8A 1LZCA 4LT3A 3EMSA 1C10A 4OWEA 1YAPA 3TXBA 3CB7A 1LMNA 4EMNA 1T3PA 2DQGY 1BWHA 1JISA 4HSFA 4NSJA 4CGEA 5IHGA 3ATOA 1VFBC 3A3RX 4OW1A 5HQ1A 5KXXA 1HEQA 1O23A 3CQLA 1B5UA 1LJ4A 1G7HC 1GFAA 4H9FA 1A2YC 4WLTA 3RU5A 1LMCA 4DD3A 3FI7A 1RCMA 4N5RA 3EXDA 5LVKA 1CJ9A 2DQHY 1LJGA 1JKDA 2MEBA 4NGWA 3TXJA 4DWXA 1IC5Y 1LZ5A 1LHJA 1LCNA 3AYQA 1YILA 3WL2A 1B9OA 1OUCA 1G7JC 1LZ8A 4GN5C 4LT2A 2CJLA 3T6UA 3TXHA 4GN4A 4HJVA 1OUHA 1B5WA 1REYA 4N0JA 2IHLA 1HF4A 4NHPA 4LGKA 3W6CA 4BAPA 4B4IA 4ET9A 2VB1A 5LAGA 4FUMA 4TUNA 1GFUA 1NMMA 2G4PA 1GF4A 1RFPA 2HEAA 2XBRA 5FDJA 5I54A 2BQEA 3B0OA 3A90A 1AKIA 3G3BB 1GPQC 1LMQA 6LYTA 1IC4Y 4G4HA 1GD6A 3KAMA 1LPIA 1HMLA 2EQLA 1LSBA 1XGPC 3WXTA 207LA 1NWGA 1CKGA 1EL1A 1F0WA 1UACY 2EKSC 3A6CY 2BQNA 3AW6A 1GE2A 2MECA 1HEOA 4YENA 5LYTA 3LN2A 4HP0A 1B7OA 1ZMYL 3AW7A 4NHSA 1LJJA 5L9JA 1GB3A 5F9XA 1LYYA 3P4ZA 4HTNA 2BLXA 2BAAA 1QTEA 1IVMA 4UWUA 1BGIA 1B7LA 1IWXA 1C45A 1LSAA 2W1XA 4G4CA 3HFMY 4NSIA 2BQKA 3E3DA 2BQBA 1LJEA 2LZ2A 4DYGA 4NWEA 1GFHA 1WTMA 2DBTA 1B7NA 2Z2FA 1LHMA 3A3QA 3FE0A 1P2CC 1XEKA 5A3ZA 1NF5A 1IWWA 1REZA 1J1XY 8LYZA 1IWTA 4II8A 1UIFA 5FEKA 1IR8A 1LSEA 1LSFA 1UIDA 1GFJA 7LYZA 5KKIA 5D5CA 1GBXA 4PRQA 4J1AA 4WOAA 4R0FA 1DKJA 1KXYA 1C08C 4NWHA 2DQAA 1IWUA 1LZAA 2YDGA 6LYZA 2ZYPA 1IY3A 1ALCA 2DQFC 4FJRA 1GWDA 3AZ7A 1HSXA 4H1PA 1OUBA 3AB6A 3A95A 4AGAA 1FLWA 5KXYA 1LZ1A 5JENB 1WQOA 2D91A 3WUAA 3B72A 1JKAA 1BWJA 2YBNA 4PPOA 135LA 1IO5A 1LHHA 2BQFA 1IEEA 1LSPA 1XSFA 2MEDA 2YBLA 4J0LA 4U3XB 3WVYA 1IORA 4XENA 1B0DA 1KIPC 5KXKA 1TDYA 4LYTA 2FYDA 1B7QA 4ZEEA 4XJFA 4CFPA 3B0KA 2PC2A 1FBIX 1GAZA 4Z3MA 3ULRA 2H5ZA 5B06A 1GXV2 3WU7A 1LJFA 3WW6A 4RDSA 1LSMA 5DN5A 4B4EA 1J1OY 2BQIA 5B07A 1LHIA 3TXIA 2I6ZA 1GEVA 4XJHA 1LZEA 1ZV5L 4X3BA 2HTXA 1LKSA 4DDBA 3TXDA 5LAFA 2BQMA 2MEEA 3QE8A 4H9HA 2D4KA 4LT0A 4C5FA 1ZVYB 1BWIA 1F6RA 2BQGA 4ANRA 5II3A 4XADA 5KXNA 1SLYA 2W1YA 3M18B 4G4BA 1C46A 2B5ZA 1GF8A 1OP9B 2MEFA 2BQHA 1INUA 1UBZA 1AT6A 1DI4A 3J6KA 5DM9A 1GB5A 5L3HA 3ATNA 1BB3A 5L3IA 2ZNWY 1TEWA 1QDRA 3AJNA 4WLDA 4OWBA 1JSEA 1OUJA 153LA 5APDA 1GBOA 1E8LA 2Z38A 1SQ2L 5KXSA 4NSHA 2F2NA 4ETDA 1DI3A 3EBAB 5C6JA 1VEDA 3HBDA 5KXOA 4HJZA 3GXRA 4W94A 4GCDA 3WVXA 1NBZC 5LA8A 1LSCA 1FKQA 4DC4A 1GB7A 4I8SA 1JJ3A 1JSFA 1DZBX 1D0MA 4B49A 1JITA 1LAAA 4OOTA 1QTKA 1OUAA 2BQLA 1YKXX 3P64A 3MGWA 4LYZA 2EIZC 1JTTL 2I26L 3CSZA 4XJIA 3TIPA 4H8ZA 2HEEA 4E3UA 1A4VA 4YF2A 1T6VL 4YEOA 4ZIXA 5DBLA 4OWHA 3WU9A 3A94A 4CHXA 2LYOA 2F4GA 1BQLY 4H9BA 4NIJA 5LVJA 3WMKA 4ML7A 5FHWA 4WO6A 1LJNA 4WM3A 5LVGA 5ILFA 1HC0A 1HFZA 1AM7A 3A34A 1NQIA 1JEFA 1IC7Y 2W1MA 2XJWA 5IELA 1IX0A 1FLQA 4O34A 1QUSA 1V7SA 2BQCA 1GFEA 4L41A 3OK0A 1W6ZA 4G9SA 3N9EA 5F16A 3K3TA 5LYZA 1IP1A 2DKVA 1ZVHL 1LZNA 4WM5A 4LZTA 3W6EA 1IP7A 1LZGA 5KKJA 2YBJA 1BVXA 1IR9A 1WQPA 4YM8A 3W3EA 4NGIA 1G7MC 2RSCA 1G7IC 3LHMA 4WG1A 1UICA 1LMAA 1B5VA 1EQ4A 4P2EA 5J7CA 4N1CC 4Z41A 3LYTA 1LZTA 4WG7A 1LJ3A 3LYZA 4ETCA 1NKHA 154LA 1JJ0A 1WVVA 2Y8PA 4MSTA 4WM1A 4B4JA 1OQMA 3A6BY 4WLYA 1GF9A 5APCA 4ETBA 3TXKA 1GBSA 3HBEX 4GLAA 4N1EI 4NGKA 4HPEA 1GDWA 4NHQA 1FLUA 5F81A 1D6QA 2CDSA 5F9UA 2NWDX 1LOZA 1YROA 4TSCA 1BB6A 3TXFA 5LYMA 1REMA 1AT5A 3M3UA 1V7TA 1CNSA 1LMTA 2G4QA 3F6ZA 1MELL 2MEHA 5KXZA 1LZSA 1VAUA 1HNLA 3AGHA 4TTDA 4WM2A 5KJ9A 5I53A 1LYSA 1GB0A 4GLVA 4WL6A 2DQCY 1QQYA 2GV0A 1GBYA 1FDLY 5IDDA 5M1YA 1CKDA 4KL7A 5APFA 1GBZA 2BQAA 2D4JA 2DQJY 4GCBA 4NFVA 5FCPA 2H9JA 1YQVY 1UIEA 3A8ZA 1GAYA 4DT3A 3IJVA 4XJBA 1C43A 1LMPA 3LYMA 1B5ZA 1JJ1A 3P66A 3TXEA 4QGZA 3WPLA 2MEAA 1BB5A 4NG1A 5FSTA 1YL1X 5DL9A 1FN5A 5I4YA 4FZQA 1DPWA 4ETAA 5KXLA 1JIYA 1LHKA 2CGIA 1EQEA 1NDGC 1HFXA 1LZBA 2H9KA 3WU8A 1KXWA 4H91A 5D5FA 1JHLA 4WM4A 2G4NA 5C6IA 2Q0MX 1JKCA 2D6BA 1D0LA 5T3FA 5KXWA 4HV1A 1XEJA 1IWZA 3LYOA 4KT3A 4LYBA 2BPUA 4NSGA 4XJGA 1LMOA 3QNGA 3WYHA 5KXTA 1FLYA 1QSWA 1GEZA 4IJ4A 1B5XA 4WMGA 4N8ZA 3TMWA 4DD0A 1UA6Y 1VDPA 1MLCE 4PRUA 5HMVA 5K7OA 4LFXA 3WUMA 1KIQC 1NHEA 2YBIA 3CT5A 3A67Y 3OJPA 3ZVQB 1JPOA 1IP3A 4MR1A 1HEWA 1IP5A 1UUZC 1RI8B 3W6FA 4BADA 1VDSA 1TCYA 1HFYA 134LA 4RW1A 1N4FA 3WULA 2WARA 5FELA 1B2KA 4M6DA 4Z98A 5A3EA 1UIGA 1IOQA 2A7FA 1HMKA 1B7MA 4H92A 4GCEA 3QY4A 4NY5A 1B7PA 2FBDA 4TX7A 3N9CA 2FBBA 4NGOA 4PHIA 1G7LC 1QIOA 4DDCA 3BKVA 1YAMA 4G49A 1GF7A 1UIAA 1YANA 3N9AA 1RJCB 1H6MA 4HTQA 4A7DA 4D9ZA 2A7DA 4YOPA 1QUTA 3TMUA 4RW2A 1LJIA 3CT1A 5HNCA 5E9RA 1GFTA 4J7VA 2YVBA 3A93A 2IFFY 1OUDA 4XN6A 2D4IA 5B1GA 2LYZA 1HEPA 4QY9A 4FUPA 4WLXA 1XGRC 1XFPL 1VDQA 2ZWBA 1QDTA 3W6DA 1GE1A 3WH1A 1F10A 5KY1A 2LZTA 1CKCA 1LSGA 3TMXA 3RZ4A 2FYCA 2HEBA 4HTKA 1YKZX 1OUFA 1CJ8A 4H9EA 2DQDY 5LVHA 1D6PA 1DI5A 4KXIA 4DD7A 1YAQA 1LYOA 1UCOA 2HEFA 5E4PA 3AZ4A 4DDAA 4QEQA 1GE3A 1AZFA 3G3AB 3EO5A 1LZ9A 3RW8A 1BHZA 1JUGA 3T36A 4XYYA 1DKKA 1WQMA 1LSDA 1REXA 1IIZA 4H9IA 4NGYA 4NEBA 4J1BA 1CKFA 1YIKA 3P68A 2HU1A 3WXUA 4ZFPA 9LYZA 2MEGA 2YBHA 4NHTA 5I4WA 1I56A 2Z18A 2W1LA 2ZILA 1J1PY 1BB4A 4HPIA 1GF6A 4I0CA 2AUBA 4HV2A 5DLAA 3WPJA 4DD1A 5EBHA 1IP6A 4QDNA 1LZDA 2Z39A 5C6LA 1IP2A 4H90A 1GE4A 1HERA 4NHIA 4TWSA 1GFVA 3D3DA 4EOFA 4NG8A 2HECA 1UC0A 2DQEY 4OWAA 5LINA 3SP3A 1PZYA 4FUNA 1F6SA 2ZIKA 4OWCA 2I25L 4UWVA 1JWRA 3GXKA 4H8YA 1WVUA 1GDXA 4DD9A 1GF0A 4LYOA 5F14A 4NGJA 3CSRA 4NGVA 4AXTA 1IOCA 4H93A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QT7A 3SB5A 2DQIY 125LA 1GE0A 1WQNA 2XTHA 1GF3A 4OO9A 4DQ5A 5HNLA 1LTMA 1C6HA 3WPKA 2LCBA 4H9CA 1DXJA 3SB8A 1P37A 1GF5A 2B6XA 4R6CA 3TXGA 195LA 3HH4A 4HJYA 4DD2A 1HSWA 1C6LA 1GFRA 1HELA 1QUOA 1CVKA 4H8XA 5B05A 122LA 4LDLA 2ZQ4A 1GXXA 4ARQA 4I7MA 5ILCA 3AZ5A 1KY1A 208LA 1L77A 251LA 3CSQA 3W6BA 4BAFA 197LA 1LI3A 1UIHA 3HT6A 178LA 1QT5A 4WM6A 4IATA 3DMXA 1GB8A 2MEIA 2ZIJA 1LZYA 3L2XA 1L50A 112LA 193LA 4ETEA 1YL0X 2BQDA 5KXRA 1OUIA 1LYGA 1XGQC 3DN2A 4GCCA 254LA 176LA 3LZ2A 1CV4A 1WQQA 4RLNA 5KXMA 1LHLA 2X0AA 4PGJB 1LSNA 1JTPL 1G1VA 5LZMA 1KW7A 4I7PA 1IWYA 128LA 2QB0B 259LA 1PQMA 2BQOA 5APEA 4ET8A 1LZCA 4OWEA 1T3PA 4HSFA 1BWHA 4OW1A 1VFBC 3A3RX 5HQ1A 3HT7A 5KXXA 1HEQA 1LJ4A 1GFAA 1L11A 3CDOA 4WLTA 4AQNA 4DD3A 3EXDA 5LVKA 2DQHY 4NGWA 3AYQA 1DYBA 4YXCA 1OUCA 1ZYTA 1D2YA 2CJLA 3T6UA 4N0JA 1B5WA 3NY8A 4ARJA 3HT9A 1GFUA 2B74A 3NY9A 5FDJA 162LA 3A90A 161LA 3G3BB 1L92A 1LMQA 1CV1A 130LA 4G4HA 3KAMA 2EQLA 1HMLA 3WXTA 188LA 262LA 1F0WA 3HU8A 1GE2A 5LYTA 3LN2A 4HP0A 1LYYA 2BLXA 1L14A 2W1XA 4EKSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LYM A;  3BKH A;  2DQI Y;  3A92 A;  4Z46 A;  3VWO A;  2Z12 A;  4GN3 A;  5DN4 A;  1XGU C;  1D0K A;  1GE0 A;  1FKV A;  1WQN A;  2XTH A;  1BVK C;  1GF3 A;  3IJU A;  1IOT A;  1IR7 A;  1XEI A;  1GB2 A;  4BS7 A;  1DQJ C;  1I20 A;  4DD2 A;  5B59 A;  4LT1 A;  5LA5 A;  1QSA A;  1YAO A;  5HNL A;  5LIO A;  1LZR A;  1B7R A;  2ZNX Y;  1LTM A;  4W96 A;  1GHL A;  2C8O A;  1I1Z A;  3TMV A;  3WPK A;  2LTJ A;  1HHL A;  2Z19 A;  3IWR A;  2C8P A;  1PS5 A;  3CT0 A;  4OOO A;  4H9C A;  5B1F A;  1DXJ A;  4CFO A;  1JKB A;  3A96 A;  1GF5 A;  3LZT A;  1OUG A;  3P65 A;  4R6C A;  1OUE A;  1GB9 A;  1XGT C;  1HEM A;  5KXP A;  5I5Q A;  3TXG A;  1B7S A;  133L A;  1IWV A;  2N5Z A;  1LJK A;  1HSW A;  1RE2 A;  1WQR A;  2YBM A;  4HJY A;  4NGL A;  1GFR A;  1HEL A;  2HED A;  2HUB A;  2Z37 A;  4N9R A;  3RT5 X;  2F4A A;  4H8X A;  5B05 A;  1LYZ A;  4MCK A;  4KPM A;  2ZQ4 A;  1GXX A;  3AGG G;  1GB6 A;  4UWN A;  1Z55 A;  5ILC A;  3AZ5 A;  3WW5 A;  3CSQ A;  208L A;  3W6B A;  4BAF A;  1UIH A;  1IP4 A;  3HBH A;  4WM6 A;  4IAT A;  1GB8 A; 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 5FST A;  1YL1 X;  5DL9 A;  1FN5 A;  5I4Y A;  4FZQ A;  1DPW A;  4ETA A;  5KXL A;  1JIY A;  1LHK A;  2CGI A;  1EQE A;  1NDG C;  1HFX A;  1LZB A;  2H9K A;  3WU8 A;  1KXW A;  4H91 A;  5D5F A;  1JHL A;  4WM4 A;  2G4N A;  5C6I A;  2Q0M X;  1JKC A;  2D6B A;  1D0L A;  5T3F A;  5KXW A;  4HV1 A;  1XEJ A;  1IWZ A;  3LYO A;  4KT3 A;  4LYB A;  2BPU A;  4NSG A;  4XJG A;  1LMO A;  3QNG A;  3WYH A;  5KXT A;  1FLY A;  1QSW A;  1GEZ A;  4IJ4 A;  1B5X A;  4WMG A;  4N8Z A;  3TMW A;  4DD0 A;  1UA6 Y;  1VDP A;  1MLC E;  4PRU A;  5HMV A;  5K7O A;  4LFX A;  3WUM A;  1KIQ C;  1NHE A;  2YBI A;  3CT5 A;  3A67 Y;  3OJP A;  3ZVQ B;  1JPO A;  1IP3 A;  4MR1 A;  1HEW A;  1IP5 A;  1UUZ C;  1RI8 B;  3W6F A;  4BAD A;  1VDS A;  1TCY A;  1HFY A;  134L A;  4RW1 A;  1N4F A;  3WUL A;  2WAR A;  5FEL A;  1B2K A;  4M6D A;  4Z98 A;  5A3E A;  1UIG A;  1IOQ A;  2A7F A;  1HMK A;  1B7M A;  4H92 A;  4GCE A;  3QY4 A;  4NY5 A;  1B7P A;  2FBD A;  4TX7 A;  3N9C A;  2FBB A;  4NGO A;  4PHI A;  1G7L C;  1QIO A;  4DDC A;  3BKV A;  1YAM A;  4G49 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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