3EO5A

Crystal structure of the resuscitation promoting factor rpfb
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
171
structure length
169
Chain Sequence
MGRNRIKKVTERLPLPPNARRVEDPEMNMSREVVEDPGVPGTQDVTFAVAEVNGVETGRLPVANVVVTPAHEAVVRVGTKPGTEVPPVISIWDAIAGCEAGGNWAINTGNGYYGGVQFDQGTWEANGGLRYAPRADLATREEQIAVAEVTRLRQGWGAWPVCAARAGAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Cell adhesion
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Crystal Structure of the Resuscitation-Promoting Factor (DeltaDUF)RpfB from M. tuberculosis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Resuscitation-promoting factor rpfB
total genus 40
structure length 169
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06737 Transglycosylas Transglycosylase-like domain
A PF07501 G5 G5 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3eo5A02
2.20.230.10 Mainly Beta Single Sheet Resuscitation-promoting factor rpfb fold Resuscitation-promoting factor rpfb. 3eo5A01
1IP1A 1WQOA 1JEFA 2BQGA 1IP6A 1LHIA 2D4IA 4YENA 2YSSC 1C7PA 1IWTA 1JWRA 194LA 4B0DA 1CKDA 1B7QA 3AYQA 1KIPC 5HMJA 3RT5X 1IR7A 4DDBA 5B1FA 3TXHA 5B59A 1LKRA 4BAFA 3W6AA 5L3IA 3TMUA 2D91A 1LJIA 1G7IC 5HNCA 2Z37A 4WM3A 2FYCA 3QNGA 4H9BA 1JHLA 1JTOL 4H90A 1B5WA 2XBRA 3P66A 1JKDA 5D5FA 3WXTA 4KT3A 2BQCA 4BAPA 4XN6A 1O23A 3WU8A 4FZQA 2DQEY 4NWEA 3A91A 2MEAA 5F16A 2MEIA 1QUTA 5II3A 1LHHA 4WOAA 4Z98A 4DD2A 1LZGA 1GE0A 1UIBA 4H8XA 4HV2A 1JITA 5KXYA 4CFPA 3SP3A 3QE8A 2HEAA 3RW8A 2BQMA 2NWDX 1IP4A 1RE2A 2YBIA 3LYTA 3WH1A 1ALCA 4ETDA 5B06A 1LZBA 4CJ2A 1LOZA 5LVIA 1YIKA 4WM5A 4H1PA 5FCPA 1VDQA 2HTXA 3GXRA 4FDYA 4RLNA 4B4EA 1AKIA 1B7SA 1A4VA 5L3HA 5FELA 1B5UA 1F6RA 3ATOA 1GFTA 1IR8A 1JPOA 1HERA 1CKCA 1LZ5A 1ZVHL 5KKJA 1LYYA 4XYYA 3AGIA 4G4HA 1RI8B 5KXOA 5D5CA 4WL7A 3ZEKA 4PGJB 135LA 1LZYA 1SLYA 2BQJA 2BQFA 4J1AA 4YOPA 1REMA 3OK0A 4XENA 4OOTA 1B7RA 1GB5A 1XGQC 193LA 2HEDA 4HSFA 1LPIA 1IR9A 1GBZA 1PS5A 1CJ8A 1WVUA 5A3ZA 1E8LA 1GD6A 1HSXA 4HJZA 5LVHA 1YL1X 2FBBA 4NHSA 1DI4A 1FLUA 5KY1A 3VWOA 1GF3A 1IOQA 2LYMA 4R6CA 2Z12A 4WMGA 1YAOA 4RDSA 1YANA 1LZ6A 1FN5A 2W1YA 2HEBA 4HTKA 4L41A 5APEA 1CJ6A 1G7HC 1LZSA 1IY4A 1HELA 3LZ2A 3B6LA 4GN3A 1NBZC 4ETCA 4LYZA 1GPQC 5HLLA 1OUJA 3A94A 1GFRA 1NF5A 3BKHA 1IP7A 2G4NA 1GDXA 2MECA 1QTEA 3D3DA 1LZCA 4NWHA 1GFVA 1JJ0A 3TMXA 4A7DA 4B49A 2CJLA 2HU1A 1C43A 4KXIA 1OUGA 1QQYA 1VDTA 3CT1A 3TMWA 1LSGA 4YF2A 133LA 1HSWA 1HFZA 1TDYA 4HTQA 5LVJA 3N9AA 1NHEA 3W3EA 1BWJA 1HNLA 1OUIA 2DBTA 4PHIA 1F0WA 1GXXA 4H9EA 4N8ZA 4WM1A 4XJIA 1XEIA 1LJNA 4DDCA 1FLYA 1T3PA 4NGLA 4Z46A 2YBMA 5B05A 1BB6A 1GEZA 5I54A 1F6SA 4WO6A 4EOFA 1LSZA 1LZDA 1KXYA 4HPEA 1FLWA 4DT3A 5L9JA 1DKJA 1GBXA 2AUBA 132LA 1GF8A 4MR1A 4NY5A 3RU5A 5KJ9A 4FUOA 3WULA 2W1LA 1B5ZA 1JKCA 4UWNA 2DQAA 3CSRA 3G3BB 4TSCA 1LMNA 1A2YC 5AMYA 5LA8A 1I1ZA 3TXKA 4DD1A 4H9AA 1AM7A 5KXPA 4I0CA 3A3RX 1IP5A 1VDSA 1DPWA 2C8OA 4NG8A 5A3EA 1OUCA 2DQCY 6LYZA 4C3WA 1FKVA 4CFOA 1KXXA 4UWVA 1LJKA 3A90A 4GCFA 4FUMA 1LSAA 4HTNA 4NSGA 3P68A 1LZAA 6LYTA 1GF7A 1LZRA 3M18B 1EL1A 1EQ5A 2CGIA 4NSJA 1AZFA 1HFXA 2XTHA 5C6IA 5KXLA 4I8SA 2F4GA 5KXSA 4MSTA 1YROA 3F6ZA 1WTMA 1ZV5L 4RW1A 3AZ7A 1I20A 4H9IA 4NEBA 3WPJA 4D9ZA 3WPLA 4MCKA 4LT1A 3EMSA 4XJGA 4XJBA 5F14A 2Z39A 3WMKA 4N1CC 2LYZA 2F2NA 1HEWA 3A96A 4U3XB 3WUAA 4B1AA 5C6LA 1QSAA 1LSYA 2DQJY 2BLYA 3CSZA 1LYOA 1LMQA 4LT3A 4XJDA 5F9XA 2EQLA 3W6BA 1GFJA 1XEKA 4OWEA 1B0DA 4TTDA 1OUFA 1WQNA 1FKQA 4WL6A 5DN5A 2ZIJA 1QTKA 1V7SA 1VDPA 2F4AA 2MEFA 4DYGA 4OWAA 4LZTA 1IX0A 4II8A 1IWVA 1YKYX 1YAPA 1ZMYL 4GLAA 4RW2A 5LYTA 2ZNXY 3CT5A 1GE1A 3B72A 2MEGA 1JTPL 3P65A 1GB8A 1IVMA 2BQOA 1LJ4A 5K7OA 4PRQA 1GFUA 3IWRA 4ETEA 1YAQA 4ML7A 5LVKA 3TIPA 1W6ZA 1GHLA 2BQHA 4W96A 5DM9A 2YDGA 1QDTA 3J4GA 2BQIA 1VAUA 4NFVA 1UIGA 4J1BA 3WXUA 4NGJA 4IJ4A 1JIYA 1NKHA 2DQGY 4LYMA 1OUEA 1D0KA 2ZIKA 2MEEA 2X0AA 4RLMA 1HHLA 4TUNA 5LIOA 4NGYA 1HC0A 4EMNA 1LZ9A 2LZTA 1GF0A 2I25L 4WLYA 4DD3A 4J7VA 2BQLA 3M3UA 4H9HA 4NG1A 3W6DA 1RJCB 1LSNA 3TXIA 3WU7A 4GN4A 1REXA 4TSBA 1GF6A 4IASA 4OWHA 1LSDA 1KXWA 4R0FA 4GCBA 1EQEA 3HBEX 4DD0A 2HEEA 2Z18A 3ZVQA 4AGAA 1LMTA 2ZYPA 3LYOA 3TXJA 1IY3A 1D0MA 1GBOA 4LT0A 2CWIA 4LYBA 1BB7A 5E4PA 1JJ3A 3CSQA 2D6BA 1HEOA 2BQEA 3A3QA 1D6QA 1OUAA 2N5ZA 3AW6A 1VATA 4XJFA 1HEQA 1LSMA 3A67Y 1IIZA 4AXTA 4XJHA 1C08C 1GDWA 3T36A 1GAZA 3TXDA 2YVBA 1OUDA 1YAMA 4HJYA 4FUNA 4TX7A 4WG7A 1LHMA 1NDMC 2LHMA 5DN4A 2PC2A 1LZEA 2BQBA 3HBDA 1DQJC 5APFA 4WM6A 4QDNA 3ZVQB 5M1YA 4P2EA 2MEDA 3A6CY 1D0LA 3TMVA 3P64A 5APCA 2ZWBA 1LHJA 2B5ZA 1LTMA 3OJPA 1GB3A 1MLCE 1LYZA 4TWSA 2DQDY 2HECA 2ZILA 4WO9A 3EBAB 1YQVY 3WW5A 2LTJA 1HMKA 1LZ1A 1D6PA 5IELA 1RFPA 5IHGA 1H87A 1IOTA 1CNSA 3B0KA 1C10A 3WPKA 1BHZA 1LZ4A 1WQPA 1LAAA 4Z3MA 1LSBA 2BQDA 3AB6A 1AT6A 1LCNA 4E3UA 5DL9A 1LJFA 2LZ2A 2H9KA 1NQIA 2Z2FA 2XBSA 5LVGA 154LA 1IORA 1D9UA 2BPUA 1OP9B 2BQAA 3MGWA 3ATNA 3AZ5A 3WUMA 4H93A 4OOOA 1B7NA 4NHQA 1HMLA 1WQMA 1GBYA 4QY9A 4N5RA 3QY4A 4X3BA 9LYZA 1TCYA 2Z2EA 2HU3A 1XFPL 2ZNWY 7LYZA 5C6JA 4GCCA 1DPXA 5LAFA 1HEPA 5FHWA 1ZVYB 3A92A 1IWXA 1LMOA 4H91A 5FDJA 1UBZA 1BVKC 3W6CA 4OWBA 4HP0A 3TXFA 1KIQC 1IOSA 1GE3A 2I6ZA 1TAYA 3AZ6A 1P2CC 1B5VA 2G4QA 5LINA 1YILA 4QGZA 1JSFA 4HV1A 2IFFY 1WQRA 3EO5A 4J0LA 1LZNA 2YBJA 1CJ7A 4CGEA 3A93A 2CDSA 1GFKA 1J1XY 2HUBA 4DD9A 5DBLA 1RCMA 5KXNA 4KL7A 4LFPA 5HQ1A 1W08A 2GV0A 1HFYA 4XADA 1UIAA 2MEBA 4NHPA 4M4OA 2BQKA 5KXWA 1IP3A 3KAMA 1LHLA 3EXDA 4N9RA 1IWYA 4FUPA 1AT5A 3A34A 1LSFA 1TEWA 4ZIXA 2DQHY 2C8PA 1IC5Y 2DQIY 4PPOA 4LT2A 1G7MC 1LSPA 2Q0MX 3CQLA 3J6KA 5HMVA 1B7MA 208LA 3B0IA 5ILCA 1LMCA 3D9AC 1GE2A 3AZ4A 2Y8PA 4OW1A 1IWWA 1GAYA 134LA 1B7OA 1NWGA 3WL2A 1B5YA 3K3TA 1LJ3A 1GXV2 3A8ZA 3HBHA 1OUBA 1REYA 1TBYA 5F81A 1GB6A 1HENA 1LJEA 3G3AB 1G7LC 1IO5A 4WLDA 1JSEA 1BWIA 4DWXA 8LYZA 1VFBC 5I4YA 4LYTA 5KXXA 2DQFC 3LZTA 4ANRA 1UUZC 2A7DA 4G4CA 2RSCA 4NGKA 4H9CA 4QEQA 2G4PA 4NHIA 2IHLA 1GB9A 2WARA 1C45A 3B0OA 3T6UA 3E3DA 4OWCA 5I5QA 4H9FA 1Z55A 2BQNA 3GXKA 1JUGA 4B4JA 1IWUA 1GB0A 1CKFA 1XSFA 4PJ2C 1GFEA 4DDAA 1NDGC 4KPMA 1C46A 2YBLA 1FDLY 1B7LA 1REZA 1GF5A 2YBHA 1H6MA 2A7FA 4PRUA 3WW6A 4WM4A 1GE4A 1J1PY 1HF4A 1YL0X 4WM2A 1EQ4A 4LFXA 5LAGA 2ZYCA 5KXRA 2H9JA 3BKVA 4C5FA 2FYDA 1DKKA 1XEJA 1LZ8A 3WVYA 1YKXX 4N0JA 1B5XA 1JTTL 1UICA 2FBDA 1QUSA 5LXWA 4HJVA 1DI3A 1IC7Y 1CKGA 1GBWA 3WVXA 2HEFA 4DD7A 4NGWA 1QDRA 4BS7A 3N9CA 1XGPC 1GF9A 3LN2A 2LYOA 3TXEA 3CT0A 2YBNA 4LYOA 2W1XA 4O34A 1GFGA 3LYMA 5APDA 4B4IA 4G9SA 1YKZX 5HNLA 1BB4A 4M6DA 2XJWA 4YM8A 3W6EA 3LHMA 4H8ZA 4UWUA 5B1GA 5KXMA 1PZYA 4NGVA 5E9RA 4ET9A 1NMMA 4WLXA 3IJUA 2D4JA 3WUNA 3WU9A 1T6VL 3FE0A 1NBYC 4H92A 4ET8A 3CB7A 1QSWA 4G4BA 2DKVA 1B9OA 2VB1A 1F10A 5B07A 2ZQ4A 1IOCA 1LSCA 2Z19A 4WLTA 5T3FA 4G49A 4NSHA 1SQ2L 1LJJA 1MELL 4H94A 1GFAA 4NIJA 3RZ4A 4BADA 1BVXA 1JJ1A 4GCDA 1B2KA 4LGKA 4ETAA 1JISA 1BB5A 1XGUC 1LZTA 1LJHA 4GCEA 1DI5A 1UIDA 1IP2A 5EBHA 4ZEEA 5J7CA 1UA6Y 4FJRA 3RNXA 1FBIX 3HFMY 4N1EI 1BWHA 1J1OY 3N9EA 3AJNA 5F9UA 1LMPA 2EIZC 3A95A 1KIRC 4DC4A 2D4KA 1UC0A 1LYSA 1LJGA 5LYZA 2BLXA 3AGHA 1INUA 2ZQ3A 3AGGG 4NHTA 1B7PA 4W94A 1DZBX 1OQMA 2MEHA 3A6BY 4YEOA 5ILFA 3FI7A 4CHXA 1LKSA 1OUHA 4NGOA 2I26L 5KXKA 1XGTC 1IC4Y 2BAAA 4NGZA 1GBSA 1IEEA 1GB2A 1GEVA 1UACY 5LYMA 5I53A 4ETBA 1GWDA 1UIEA 4NGIA 3AW7A 2EPEA 1N4FA 1G7JC 4ZFPA 1WVVA 1CJ9A 1CKHA 2F30A 2Z38A 4IATA 1IWZA 1JKBA 1LMAA 1GFHA 1LHKA 5FSTA 3LYZA 1BGIA 3TXGA 4GLVA 1V7TA 4GN5C 3ULRA 5JENB 1QIOA 3WYHA 2H5ZA 1GB7A 5KKIA 1XGRC 5I4WA 5FEKA 1BB3A 2W1MA 1WTNA 4LYCA 3W6FA 2EKSC 4NSIA 5KXZA 5I4XA 3TXBA 5LA5A 1LSEA 5IDDA 4HPIA 4H8YA 1UIHA 1VEDA 153LA 3P4ZA 5DLAA 3IJVA 1JKAA 4YEMA 4Z41A 1DXJA 1WQQA 1I56A 1FLQA 4WG1A 1GF4A 1UCOA 1UIFA 207LA 1HEMA 1BQLY 5KXTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JEFA 2B75A 2D4IA 1L01A 262LA 4WM3A 186LA 3HH5A 1B5WA 3P66A 163LA 5D5FA 3WXTA 4XN6A 1L69A 4ARPA 2DQEY 4NWEA 2MEAA 5F16A 4DD2A 3C8QA 4I7OA 1QSQA 248LA 4I7PA 1IP4A 1RE2A 137LA 2OTYX 3WH1A 4ETDA 5B06A 5LVIA 1LYIA 4H1PA 1VDQA 2HTXA 4FDYA 4B4EA 5L3HA 5FELA 3ATOA 1ZVHL 1HERA 1LYYA 1L43A 4G4HA 5D5CA 1C6KA 4EKSA 4YOPA 4OOTA 1K28A 1XGQC 193LA 1C6QA 1GBZA 5A3ZA 1GD6A 1C66A 1P37A 3VWOA 185LA 201LA 4HTKA 1LZ6A 1L52A 4L41A 1QSBA 4EKRA 1HELA 1L18A 3B6LA 3DN8A 3HUAA 1GPQC 1L87A 210LA 1IP7A 2MECA 1GDXA 1L53A 1GFVA 1DYAA 1VDTA 1QQYA 3TMWA 130LA 5LVJA 3SBAA 176LA 1BWJA 4WM1A 1LJNA 1FLYA 1NHBA 1BB6A 3C80A 5I54A 1C6AA 1P7SA 1KXYA 3PDSA 4MR1A 1C63A 4FUOA 1JKCA 2Q9EA 2DQAA 4TSCA 5AMYA 4I7QA 5LA8A 1I1ZA 3TXKA 3DN1A 1LI6A 1LWKA 4NG8A 4C3WA 4CFOA 2B6YA 1WTHA 4FUMA 1L10A 1L89A 1AZFA 4I8SA 1LYFA 4RW1A 1I20A 4H9IA 3WPLA 3EMSA 4XJBA 2Z39A 2F2NA 1HEWA 254LA 2BLYA 3CSZA 1LMQA 2EQLA 1GFJA 1B0DA 4TTDA 123LA 228LA 214LA 1QTKA 1QUDA 1L91A 190LA 4OWAA 4RW2A 107LA 3P65A 3CDOA 1LJ4A 4PRQA 4EKQA 3DMVA 4LDLA 3TIPA 1GHLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP1 A;  1WQO A;  1JEF A;  2BQG A;  1IP6 A;  1LHI A;  2D4I A;  4YEN A;  2YSS C;  1C7P A;  1IWT A;  1JWR A;  194L A;  4B0D A;  1CKD A;  1B7Q A;  3AYQ A;  1KIP C;  5HMJ A;  3RT5 X;  1IR7 A;  4DDB A;  5B1F A;  3TXH A;  5B59 A;  1LKR A;  4BAF A;  3W6A A;  5L3I A;  3TMU A;  2D91 A;  1LJI A;  1G7I C;  5HNC A;  2Z37 A;  4WM3 A;  2FYC A;  3QNG A;  4H9B A;  1JHL A;  1JTO L;  4H90 A;  1B5W A;  2XBR A;  3P66 A;  1JKD A;  5D5F A;  3WXT A;  4KT3 A;  2BQC A;  4BAP A;  4XN6 A;  1O23 A;  3WU8 A;  4FZQ A;  2DQE Y;  4NWE A;  3A91 A;  2MEA A;  5F16 A;  2MEI A;  1QUT A;  5II3 A;  1LHH A;  4WOA A;  4Z98 A;  4DD2 A;  1LZG A;  1GE0 A;  1UIB A;  4H8X A;  4HV2 A;  1JIT A;  5KXY A;  4CFP A;  3SP3 A;  3QE8 A;  2HEA A;  3RW8 A;  2BQM A;  2NWD X;  1IP4 A;  1RE2 A;  2YBI A;  3LYT A;  3WH1 A;  1ALC A;  4ETD A;  5B06 A;  1LZB A;  4CJ2 A;  1LOZ A;  5LVI A;  1YIK A;  4WM5 A;  4H1P A;  5FCP A;  1VDQ A;  2HTX A;  3GXR A;  4FDY A;  4RLN A;  4B4E A;  1AKI A;  1B7S A;  1A4V A;  5L3H A;  5FEL A;  1B5U A;  1F6R A;  3ATO A;  1GFT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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