3EXSA

Crystal structure of kgpdc from streptococcus mutans in complex with d-r5p
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
217
structure length
208
Chain Sequence
LPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Streptococcus mutans
publication title Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans
pubmed doi rcsb
molecule keywords RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
total genus 77
structure length 208
sequence length 217
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2008-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3exsA00
4LU0A 2ZRZA 2XN0A 3PUEA 1VC4A 2VFEA 2Y7GA 5TBOA 1F6PA 1LRTA 2CZ5A 2YW4A 3MYOA 2A7RA 5AHMA 1E51A 1GG0A 1L9WA 5K9XA 3MJYA 3HGJA 3FIGA 5CZTA 4GNJA 1PIIA 4XZ9A 5FEZA 5FF4A 3T40A 3TXVA 4FF7A 2VOMA 3W2JA 1O5KA 1M7OA 5G1YA 3NQFA 3CEUA 1LTDA 4P2VA 3VKJA 4LS1A 3C8FA 5CPOA 2WV8A 5EY5A 5D2XA 1IXOA 2E5BA 3PS7A 2J9YA 3W3OA 5F1UA 1KLYA 1QPRA 1GWJA 2Q3RA 2W79A 3P74A 3E49A 4KFNA 4GUHA 3B04A 4MZYA 4S2BA 1EX5A 1LDCA 1ZJIA 1ZY9A 2CLEA 3NQ2A 4BWLC 3GDRA 3IV3A 4NXSA 1SU5A 1MO0A 1LCOA 4XUGA 3Q37A 4E0CA 1A5AA 2E6DA 4PL1A 3ELFA 4DO4A 1I2PA 5FI8A 2Y7EA 2V30A 4UTUA 1TTJA 3ZFHA 4UFMA 1B9BA 4IUOA 2JGYA 4YMZA 3U8GA 4MKNA 4WZHA 3C56A 2FFCA 1Z48A 4BR1A 3W70A 4FNQA 3MP5A 4M6VA 4RZ6A 4O54A 4O4WA 3EXSA 3GXNA 3OBKA 3A5FA 5HR6A 3YPIA 1WV2A 1XXXA 1X8FA 3GIYA 2CW6A 5HUPA 1GEQA 2GJNA 2B7PA 2C1HA 2QJIA 1F05A 1F5ZA 1IXNA 5LZLA 3W72A 3W7IA 4UFJA 5F4XA 3TC6A 1HL2A 1FWSA 4IMGA 3W2MA 1BKSA 4ADSA 4UTHA 2VELA 4KFOA 4NZJA 3HO8A 3M43A 1RQHA 5BMWA 2E5CA 4JS3A 4LV4A 4Z1DA 3DKLA 4O4VA 2V0TA 4H3DA 3W22A 3EXRA 3EWWA 4JNMA 1G4PA 3NQEA 1YADA 3GAYA 4RR4A 3TUUA 3U6WA 1QPNA 1Z42A 4O0KA 1FBAA 3SSJA 1FDYA 3LBCA 3R5EA 1DBTA 5G1TA 3HJZA 5C54A 5D02A 2QCFA 3L5AA 1ML1A 5D09A 4PFMA 3STGA 1YDOA 3P5ZA 4XKYB 4LUJA 3M44A 5D2YA 2NWRA 1TSIA 1F7BA 3W7NA 1LBFA 3TQ0A 1DHPA 4CCEA 4UFHA 3FJ6A 3HMJG 1THFD 2FTPA 4O0ZA 2AQWA 1R2TA 3W2UA 3UWWA 3G1HA 4FNPA 2QCEA 2JKPA 4UR7A 1R47A 3STFA 2CZFA 1EB3A 5KSWA 4GXMA 3L5LA 1KFBA 5DLCA 4ADTA 1KTBA 1OABA 1PCWA 3IGSA 5F2MA 1OX5A 3TAOA 5DCBA 3IIPA 5AOUA 4QAIA 3AO0A 4XBKA 1HO4A 4NNBA 3M6YA 4O28A 4CCDA 3CQ0A 1VHNA 3EWXA 3G1XA 2CLMA 4RLIA 3GDKA 1H7PA 3UWQA 5CZSA 1YLVA 1W3IA 1IGSA 3Q94A 2C16A 4O52A 3EB2A 2QKFA 3O05A 4ICNA 3OVPA 3EX2A 3DHDA 1SSGA 3G1VA 2BTMA 4GC4A 1PL9A 1ZAHA 4JTGA 5F4SA 3W1RA 3BO9A 3G24A 2QJGA 3SECA 1K02A 2E1DA 1C9DA 4KFPA 3PF3A 4MJMA 1TQXA 3W7EA 1DORA 2WKJA 1SQ7A 1GG1A 3TCEA 1SO6A 1OVDA 3PVFA 3QPZA 4GRSA 3W76A 2X1UA 3C4UA 3O63A 5GVJA 4WY0A 1VH7A 2VC6A 4FX6M 2ISSA 1NVMA 1TPEA 1GVQA 1TQJA 1FWNA 2GOUA 3BLEA 5FESA 2V9DA 3IIOA 3VNDA 5AHIA 1J2WA 1UUOA 3E12A 3WJZA 3I65A 3L9CA 5AYZA 3PY2A 3W7OA 4CQ9A 3UY7A 4JIQA 3LCIA 5KMYA 4JTEA 5I3IA 2I1OA 4RX0A 2E09A 3THAA 3M5XA 3B0UX 3WK0A 4OGZA 5EL1A 1ME9A 3W7PA 4DELA 5C5YA 3W7QA 4ZL1A 2E5DA 1JCJA 3NPVA 4Y96A 5HMSA 2BSLA 5D38A 3R13A 4JTSA 1JULA 4FX7A 4LVGA 1KA9F 2G97A 3LM7A 4UTIA 3I68A 1Q3NA 4OT7A 1R2SA 3MW7A 2Z6JA 2V2CA 3DFOA 3QMRA 4BWLA 2PC4A 3L0KA 3UXAA 4ZQNA 2WQPA 2A6LA 1RZMA 4JX5A 2EKCA 1MXSA 1OFBA 3MBFA 2JBMA 4N9CA 2JKEA 4FNSA 3QH2A 3UWYA 2OT1A 1KTCA 1FCVA 3P82A 3DHFA 3C61A 5AYYA 3DFSA 3NGJA 3S1XA 2UV8G 4WXZA 2Z2UA 1JVNA 1LP6A 4A2RA 3NOEA 4PEKA 3SY5A 4RV8A 1WOBA 4HT3A 4NZFA 2H8ZA 2AAMA 4IMFA 3QZEA 1VYPX 5AHEA 5EPDA 3GYEA 3N2XA 3T44A 4JY9A 1SO5A 3S5YA 5LNRA 2WPBA 3HBLA 4DO5A 1QO2A 3FEMA 3TXZA 4IOTA 1TMHA 4NU7A 1TCDA 1NFBA 3DU0A 3QYQA 2ZTKA 1KFCA 3R2GA 3NQVA 3W1AA 2NLIA 4UXDA 5L9FA 2BXVA 3GR7A 3L0GA 5TQLA 2I9EA 3O8AA 2VFFA 1R2RA 2Y88A 4MY9A 1XUZA 5AYXA 3P8IA 1OHLA 1G4SA 2LLEA 4NJHA 4LUIA 2C18A 4JGDA 4IPIA 1L6SA 3MHGA 3VE7A 3EX3A 3PG9A 4S1FA 2A6NA 5EYWA 3KVKA 3W74A 3RMJA 1G4EA 1DV7A 5FF2A 2ISWA 2GPTA 3S42A 3W7CA 3PULA 4Q33A 4OE7A 1SW3A 2R8WA 3NM3A 4TO8A 5C55A 1VJIA 1W5NA 1GPWA 1OFQA 3QQ1A 1D9EA 4OQVA 3TJLA 2W6RA 1XC4A 1LRQA 2Y7FA 2YFNA 4JYEA 2ZQ0A 5FF3A 3PB2A 4N4QA 1QR7A 3EXTA 4UTLA 1JRCA 4I7VA 3OVQA 3CLMA 4WUIA 1P0NA 4LVAA 5EKYA 4QQ3A 3BLIA 3G8EA 4MPQA 4ZQRA 4H6KA 3W7GA 5EBUA 3C3NA 3FYPA 1HO1A 3TIMA 3G0XA 1YTDA 3IEBA 1S3HA 2ZZ1A 2Y6ZA 2YPIA 3EX6A 1QPQA 4UFLA 1K8ZA 4ORMA 4UC5A 1O95A 3EKLA 5HUOA 4IX2A 4AEOA 3IIVA 5F1VA 1NSJA 4AH7A 5K2ZA 2QAPA 1JCYA 3MP3A 2H3DA 3LCLA 4C1KA 1JCXA 3W07A 1LOSA 2CLLA 4O53A 1SO4A 4JX6A 3C2FA 1KBIA 4Z08A 1LLWA 1W54A 1T8XA 4X3ZA 3DGRA 3G1DA 4NJGA 3W1NA 4XTDA 4QSHA 2ATMA 2YR1A 4U4MA 1T99A 1LOQA 1ZNNA 3KFTA 5D04C 4LRSA 5DY3A 3SGZA 2YW3A 5K9DA 3GLCA 4TX9A 1UUMA 3C2OA 4L4LA 4NJIA 2WSQA 4UFIA 4YLWA 1XFBA 1KM6A 4EIVA 2DP3A 3B0VC 1AG1O 4FX8A 5AC6A 4MFDA 3PSWA 1L6YA 1TPFA 3NA8A 1A5SA 3KAOA 3G3MA 4OHQA 5KINA 2O7QA 3S1WA 3TK7A 2B7QA 5HNRA 5I3GA 3UWZA 4AF0A 4IGHA 2FB3A 3G8RA 3DKJA 1VGAA 1I2NA 1AL8A 3MUXA 3M0ZA 4FIRA 3LHWA 4WXYA 3UWUA 2Y62A 4K38A 3GNDA 1FY6A 3G1YA 4OWGA 4DBDA 5C6MA 5AC7A 3MHFA 3SR7A 3UZ5A 4N6EA 4E2DA 3NL2A 3HPXA 4O57A 3U2OA 3N9RA 4MLRA 4O50A 2OZ0A 1K8XA 4TIMA 2R94A 2EF9A 2BLEA 3FYOA 3F03K 4RZ4A 2NX1A 3NNTA 2HTMA 4OV4A 4D2JA 4IXXA 4ZQOA 1ZCOA 1SZFA 4N9EA 4O14A 1QMLA 1U5JA 3A9IA 1GVSA 4X2RA 1JUKA 1TPH1 4HNTA 1G67A 1XBYA 2WNQA 4HSNA 2TRSA 1GVOA 2C15A 3LDVA 3LCGA 3B0PA 3MWAA 2F84A 2J88A 3NZ1A 1RD5A 2A85A 2A4AA 3OIXA 1QCWA 1H1ZA 3TKFA 1MEIA 4HNVA 1OX6A 5AHLA 2C6QA 2C14A 3MI2A 1UASA 1WAUA 2QJHA 1DKWA 2G96A 1W37A 3KHJA 3WJSA 2YXGA 3GDTA 4CNOA 2ZRUA 3W2NA 4AWUA 3LERA 4XWUA 5L6UA 1WA3A 1OFEA 3W1PA 2Z6IA 5D37A 2Y70A 3PBWA 2NUYA 4NJKA 1VLWA 5CPNA 2QDGA 5HWNA 1CX9A 3O06A 4MLJA 3PAJA 4HHPA 3ZS4A 3E02A 3F4NA 1EP2A 2NX9A 3QSTA 5HINA 3QW3A 4HNNA 3RK8A 4DQWA 5LNWA 4QNWA 3WJYA 3W9ZA 5K7JA 2BZNA 1NEYA 3UZJA 3G1FA 4N9BA 2VENA 1AK5A 4O10A 2A2IA 3N19B 5KITA 3W84A 3TJXA 1I4NA 2D73A 1UB3A 1KFEA 4NNCA 1X7FA 3C2RA 3CM4A 4O1BA 3GNNA 4UNKA 4Y6GA 1K03A 4GWEA 4UFKA 2H90A 1TPVA 1Q6OA 1LM1A 3IIXA 4DF1A 4MYXA 1OG0A 3A5VA 2GJLA 3IVUA 1QWGA 4JY8A 3G18A 1N7KA 1VYSX 3NL6A 3USBA 1TJRA 3LHUA 3FOKA 4NT0A 3BLFA 1KTNA 2F7FA 5G5IA 4UCGA 5HJLA 1YPFA 3V75A 4ML9A 1TPB1 1EP1A 3O15A 1PCKA 3FS2A 2YDAA 3R8RA 3M41A 2WNNA 4Y9AA 5DBTA 3BG9A 4RXFA 1P4CA 4H4IA 4X9SA 5IBXC 4AMAA 2Z0IA 5DXXA 1OF6A 4JDBA 5IM51 3PB0A 4ONVA 2V8ZA 3UD6A 1QAPA 2CZDA 2FDSA 3C2EA 5G2IA 4B5NA 4JTUA 5H91A 2NUWA 1LBMA 1OFDA 1TRIA 4A22A 3QPYA 3CIXA 3W7KA 1GTHA 3MBDA 1JUBA 1ZFJA 3L0NA 4AWSA 3W1TA 3C0JA 3TQVA 2DJLA 1RQEA 5J5DA 1N55A 5BW6A 3SW6A 5AB3A 1X1ZA 4ZZ9A 3PUOA 3VI2A 1C8VA 3G0UA 3NG3A 2NV2A 3OVRA 1LROA 3GZ3A 3LV5A 5CPMA 3TROA 2NXHA 3FKKA 1LOLA 3HGSA 7TIMA 2ZZ3A 1XI3A 3NPWA 4GFSA 3EWZA 4QJ1A 2NWSA 3W1LA 3VE9A 2PCQA 3RLUA 3GB6A 5H2ZA 2FB2A 4IMCA 4X22A 5DELA 1OF8A 2Q3OA 2ATSA 2ZCGA 4JXCA 4CNNA 3W85A 1AW5A 2RKXA 5KZMA 2RH9A 1XL9A 5AFDA 1KV5A 2ABAA 2YX0A 3BGJA 3NPXA 3QMTA 3JRKA 4JTFA 3MI6A 2OCZA 4M5PA 1OYAA 2EPHA 3TV8A 5AC8A 1LLZA 3ANYA 4GUJA 3MHUA 2TYSA 2V81A 3P60A 1YDVA 4O19A 1A5BA 2YCEA 2C3ZA 1SSDA 1SZNA 3H55A 2X1SA 2YGYA 1OFOA 3EWBX 3WK3A 1XM3A 2V5LA 2X16A 4UMAA 3QQ0A 5D33A 3NM1A 3LCXA 4BK9A 4DPQA 3RF9A 4QITA 1DOSA 2VEMA 1H62A 4O11A 1I2RA 3CWNA 3W83A 3JS3A 3NQDA 1KM0A 2VKZG 1Y0EA 3LRKA 3UY8A 6ALDA 4LWWA 4LT9A 1PV8A 3PR2A 1M7PA 5E0KA 1F2JA 2XN1A 3HOJA 1KFJA 3H53A 1AMKA 2QCDA 2A1YA 1FWWA 2W0UA 2J9XA 3LTPA 4JN6A 1K8YA 1ME8A 3LHYA 1FCQA 1BTMA 4NUWA 4OBTA 1QOPA 3PG8A 4Y90A 5C2XA 3P84A 4POCA 1FDJA 1XDMA 3NQAA 5FF0A 2RHGA 2CZEA 4N02A 2E6AA 3UXDA 4IQLA 2DZTA 1GZGA 1TV5A 1W3TA 5K9CA 5F2LA 1A50A 4WY0B 4MFEA 3TE9A 3CWOX 2C13A 3CHVA 5LGZA 3PM6A 3G0SA 2DZVA 3NVTA 3TC7A 1GJPA 3EEGA 1K3UA 4XBSA 1UJPA 1H7XA 2CLKA 4UMBA 3LGEA 3NYZA 3NQ6A 4O18A 1P0KA 3D0CA 1W8SA 1FUYA 4Z1AA 4YWIA 3VCRA 2V82A 5G2WA 1YTKA 5HWJA 4IMEA 5A8GA 2OX1A 4AHQA 4IJBA 2AGKA 3UPBA 4UNLA 3VFLA 2QCGA 3P67A 3TSDA 1WOAA 1RR2A 3NQGA 3CIWA 1GVFA 5LKYA 3BW3A 4UTWC 1YTEA 4UUIA 3KX6A 4JIPA 1OK4A 2QR6A 1VCFA 3HG2A 4M19A 4WY0F 3P7YA 1Z41A 2YFOA 4MY8A 4AHPA 5BMXA 3NQMA 3MO7A 3N2MA 3HGRA 3OA3A 4NQ1A 4CQAA 2DORA 1AL7A 5IBXA 2PRLA 3LXAA 4KKXA 3M5YA 1W5PA 4ORIA 4A21A 3TFCA 3QSRA 3BVJA 4TMBA 3WJWA 3LHZA 2O7SA 1O94A 1RPXA 4QISA 2H6RA 3L68A 5K3VA 3LCWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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