3EY1A

A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified dna visualized at high resolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
137
structure length
137
Chain Sequence
AKEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified DNA visualized at high resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 40
structure length 137
sequence length 137
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-10-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ey1A00
3VQ7A 3ZT3A 3LAMA 2A1SA 4BE0A 4FM0A 1DTTA 4DS4A 3KTQA 3P83D 1QSYA 1RBVA 3L3UA 2G8HA 1NK5A 3OJUA 1FKOA 5C42A 3AVGA 1XWLA 2B6AA 3MEDA 3SNNA 1J5OA 3S3NA 3AVFA 4O0JA 3ZCMA 4PY5A 3MECA 3WNFA 3VQAA 1L3TA 4H8KA 1RBSA 2OZSA 4NCGA 1RBUA 4CGFA 3AVKA 3B6OA 2XY7A 4JRQA 1NJXA 3HP6A 4LH5A 3ALYA 4CGJA 4BACA 2XRIA 1U4BA 4FJJA 3AVAA 3PUFA 4M3WA 3A2FA 4M3UA 1VSMA 1JLGA 1BIZA 1NOZA 2D0BA 4I2QA 4I7FA 4OGCA 2FBTA 5CY4A 4FLZA 1RTDA 4KFBA 3OYHA 1ZBHA 2BDPA 1A5VA 3OYMA 4CHZA 4IFVA 4MFBA 3NFAA 1T8EA 1C0UA 2HMIA 3F9KA 1WAFA 2ZQBA 4TSXA 4FJLA 4FJ5A 1TAUA 3VQ8A 2HNZA 3LP2A 1C1AA 4NYFA 4HTUA 1YTUA 4DSIA 2FC0A 4DTNA 1LAVA 1VSLA 4O0IA 1LV5A 1UWBA 4E0DA 1XHZA 3L2UA 5HRPA 4CHNA 2YV0X 2G8FA 3AA3A 3SUNA 1ITGA 2ATQA 5T7BA 2YKMA 4FZXC 4N76A 4JS4A 4CJLA 3NGZA 3AVNA 1T7PA 4UQGA 3LWMA 4ELVA 1JL2A 3QIOA 3AVMA 3ITHA 1NOYA 4CF9A 4DSFA 4DQPA 5E41A 4DU4A 2IAJA 2YNGA 3AO1A 3SV3A 4FLVA 4Z4IA 2ZD1A 4AHSA 1BIUA 3HPGA 1B92A 1JL1A 3VN5A 3PO5A 1I3AA 3NH1A 5DK5A 3VQDA 1BISA 1J9AA 1CXQA 2YHBA 3V9SA 3T1AA 2IDOA 1U47A 4M3YA 4BE2A 3WNEA 3EYZA 4LY7A 2IGIA 2OPRA 3K5NA 1HNIA 1WSJA 3DOKA 4CK3A 4ZTFA 4N41A 4E7LA 3DOLA 4QOZB 5CYMA 5SWMA 4G1QA 4DWIA 2RPIA 3LWLA 1W9HA 1JKHA 2OPSA 4M41A 4CGHA 3BGRA 1BGXT 3V6DA 5HRRA 3K2PA 4PWDA 4KI6A 3CFOA 3DLGA 3PX4A 1NK9A 4LSLA 3V9XA 3OYKA 1Z26A 3QESA 1WNSA 3QLHA 2Q3SA 4CJWA 1J53A 1TV6A 3QIPA 4O44A 3SYZA 1S1UA 1NK4A 2E4LA 2ETJA 3L2RA 1N6QA 4F2RA 4CIFA 2YNHA 1Y97A 4ID5A 3DYAA 2A1RA 1O1WA 3T3FA 3LZJA 1TL3A 3TAFA 2PYJA 3RMCA 4RW9A 3L2QA 4FLTA 1ASUA 4O4GA 3RMAA 3MXJA 3C6TA 3NF7A 4CK1A 4ZTJA 3C95A 3S3MA 3KD5E 3NF6A 4FJXA 1WN7A 3IG1A 1MU2A 1RT4A 1QE1A 3OS2A 3RR8A 3OYJA 1CZ9A 3TAMA 5J2MA 3QNNA 1RT5A 4J2EA 4RW6A 3VA0A 1KCFA 2WONA 3K5MA 1UOCA 4FLWA 1LWCA 3OY9A 1KFSA 4FLXA 3NF8A 5FRNA 3ISNC 2OYQA 2O4GA 1LW2A 3AVBA 2IOCA 4O55A 3EZ5A 2KFZA 4O5BA 3ZSRA 1B9DA 4FK4A 3KK1A 3KLHA 2JGUA 3P5JA 2HHWA 3ZT0A 2F8TA 1RT6A 5C25A 3OJSA 1XHXA 1RT2A 1BL3A 5HRNA 4FK0A 4CF8A 4Z4GA 4KV8A 4DFJA 1RNHA 4E7JA 4DFPA 3KD1E 2KZMA 5J1EA 4IKFA 5KI6A 3HL8A 4NYNA 2KFNA 3ZT1A 3V9WA 4DS5A 2QKBA 2IS3A 1RTHA 4Z4EA 1JLQA 4RW7A 3OYLA 1ZBFA 4CHQA 2DTUA 2GUIA 4M3ZA 4DSEA 3LAKA 4FCYA 3M8SA 4EP5A 3RRHA 4B9NA 5I3UA 1R0AA 1J54A 1WSFA 4F2SA 4CHOA 3LP1A 3V1QA 4QAGA 2KQ2A 3D45A 3K5LA 1NK0A 1GOAA 2KTQA 4CEEA 3PX0A 4HCBA 4CFDA 4PQUA 1WSEA 2W42A 4K8XA 3ZSXA 3CM5A 4AHRA 1NJWA 3ZSZA 2OPQA 1NKEA 4CEZA 3AVHA 4F8RA 1HRHA 4YFUA 4QCLA 1L3SA 2FBXA 1KVCA 4FLYA 3NH2A 2OPPA 3IRXA 4KHNA 4B3OA 3QEWA 4FJKA 2HNYA 1HNVA 4AHCA 1TKXA 3LANA 4M3TA 4FJ9A 4DMNA 5JS1A 3U6FA 3OYBA 3AV9A 4KHWA 4FJNA 2BE2A 2VWJA 3TARA 1RTJA 1RILA 3DRPA 1TK5A 1X9WA 4CEQA 4EP4A 2D5RA 4KAZA 1S9EA 4OPKA 1RT7A 2NUBA 3VQEA 1DLOA 4J2BA 1WSGA 3QNOA 2G8VA 4NCBA 3KKSA 4FK2A 1L3UA 1RT3A 3CG7A 4OKKA 2E6LA 3KLFA 2VG7A 3CYMA 4B8CA 1VRUA 2QXFA 1RDCA 4DSJA 2HVHA 1CLQA 2GV9A 4DG1A 4L8RB 1RTIA 4RW8A 4CJRA 3JYTA 2XY6A 3V9UA 4ELTA 2O4IA 4FM1A 2PY5A 3LP3A 2X6NA 3KIOA 3ZSYA 4FJGA 1C0TA 4BDYA 2ZE2A 2YKNA 4DF8A 4KHUA 4EZ9A 4AH9A 3OS1A 3TI0A 4FXDA 2I5JA 4CGIA 4CFAA 3HVTA 1SKSA 1HQEA 4IG3A 4ELUA 5DMRA 3LPUA 1RDBA 3NF9A 4M3RA 3NDKA 4DTJA 5J2PA 3DLEA 3L8BA 5J2QA 1L3VA 4BDPA 1SUQA 5EU7A 2FBYA 1C1BA 2OZMA 1VSJA 1KFDA 4CJ3A 4DQIA 1S6QA 4GW6A 3HT3A 4HVJA 1L5UA 2KW4A 4CHPA 4CHYA 4E1MA 3NBPA 1BQMA 1D8YA 4FJ8A 3UIQA 4CIEA 3AO5A 3KK3A 4B8AB 3TANA 2HNDA 1IO2A 4B9LA 3SUPA 4FJ7A 2F8SA 4B9MA 2OA8A 1IKVA 3SZ2A 4NCAA 4DU1A 3LDSA 4CEFA 1U45A 3RTVA 2P5GA 4Z4FA 3AO3A 4FJIA 1HJRA 3FFIA 3HYFA 3L2VA 2XY8A 4DLEA 1TKTA 1FXXA 3S3OA 2XHBA 3BDPA 4B9VA 3TAGA 4AHVA 3PX6A 1KLNA 1ZYQA 3QO9A 1GOCA 3SPZA 1TKDA 2ITGA 5C24A 4LH4A 3QERA 1EX4A 2Y1IA 2HHXA 2KZZA 1U04A 4DF4A 3VQ5A 1ASWA 4Q5VA 1S1WA 5D3GA 3SPYA 3PO4A 1BCOA 3VQCA 4CF0A 4B9SA 4I9QA 4DFKA 3SV4A 3KLGA 4CERA 1NKCA 3AVJA 1BQNA 4WE1A 4CJSA 5I42A 1T03A 4FJHA 4JLHA 3HM9A 4OKEA 4HUGA 1KSPA 3E01A 4ID1A 4DLGA 3RMBA 3H08A 3QEXA 1TK8A 2G8WA 2G8IA 1HYZA 5KGXA 4BDZA 1SKWA 1VSFA 4E7KA 4YNQA 2HHQA 2Z1JA 4CJFA 1HMVA 2HHUA 1NK8A 3DLHA 2FBVA 4W5TA 1X9MA 4FZZA 4AHUA 3M8QA 3HPOA 4Z0UA 3ASMA 4CJUA 4CJVA 5SZTA 3SQ1A 3KLIA 2X6SA 1DTQA 1EKEA 4MQ3A 2WOMA 4N47A 4KHSA 2B5JA 3HP9A 1KLMA 3HO1A 4DTUA 3SI6A 3MAQA 4FZYA 4FW1A 1UA1A 3S9HA 5JS2A 3HPHA 3DLKA 4IDKA 4R5PA 3TAPA 4GVMA 5HLFA 4FW2A 1KTQA 3OYCA 1N5YA 3ZT2A 1NJYA 1NK7A 4LD0A 4ICLA 1C1CA 1RBTA 2DY4A 1KRPA 3HVRA 4DSKA 4KI4A 1U49A 3VQPA 1S1XA 4BWJA 4C8NA 4H4OA 2Z1HA 4AHTA 4OPJA 1RT1A 4GMJB 3V9ZA 4I2PA 2B4JA 4CK2A 2X78A 2D0AA 3D0PA 3L2WA 2P51A 3NE6A 1C0MA 5KRSA 1VSHA 1QQCA 3F73A 3LALA 3ZSVA 3RRGA 4DSLA 3OYDA 2X74A 4DTOA 1TKZA 2RKIA 3QINA 1EETA 4RW4A 1UA0A 1IG9A 4DU3A 4KTWA 4DQSA 1KVBA 2Y1JA 1BI4A 1VSIA 1CXUA 3ZSWA 1Q9XA 4M45A 1HYSA 4CESA 3EY1A 1ZBLA 3VQ6A 4W5OA 1Q9YA 2R7YA 2EX3A 1SL1A 3OYNA 4CFCA 4CJEA 1YTAA 4JRPA 3I0RA 4KTZA 4CJ5A 3MXMA 4OLBA 2HVIA 3OYGA 1RDAA 1Q8IA 4C8KA 3V4IA 1S6PA 5KTQA 1SL0A 4DQQA 4KB0A 1ZBIA 2JLEA 3M8PA 4E19A 3TWHA 1C6VA 1XI1A 1B9FA 3AVCA 4IBNA 1LW0A 2QK9A 4CFBA 4HHTA 2Z1GA 1VSEA 3IAYA 4M42A 2XO7A 4Q0BA 1VSKA 4KRFA 3P1GA 1I39A 3G0ZA 3LPTA 3O3HA 3NH0A 4I9LA 3ZSOA 3CQ8A 3T19A 3NCIA 4DTRA 4FM2A 3WNHA 4AILC 1IH7A 4KKOA 1VK0A 3ZSQA 3NAEA 4RG8A 1NJZA 5HROA 1QTMA 1D9FA 4CJPA 1IKXA 4IG0A 1T05A 3AA4A 3JSMA 3QETA 1S1TA 3O3FA 4IFYA 4DTSA 1QSLA 4HCCA 5CZ2A 1EP4A 1WSIA 2XY5A 4C8OA 4B08A 4KPYA 4HUEA 1TL1A 4KREA 2VG6A 4F3OA 1A5XA 1X1PA 3SQ0A 2DFHA 4M3XA 2P1JA 4Y1DA 4PUOA 1YVUA 4CGGA 3SUOA 2HW3A 2PZSA 2AJQA 3O4NA 4KHYA 2YHAA 3LP0A 4CF1A 3I0SA 2G8UA 1CZBA 3RR7A 5K14A 3MEGA 3OVNA 1U48A 1ASVA 1HPZA 4Z4HA 1LAWA 3AVLA 3VQBA 4CGDA 2P5OA 3RWUA 2EHGA 2DFEA 2YNIA 3OYFA 3V81A 3THVA 3KLEA 3HJFA 4CEDA 1KVAA 1TGOA 3AO4A 3HXMA 4BE1A 3MXIA 1RCHA 3NGIA 1X9SA 1Z25A 2Z1IA 1LWEA 1FK9A 4PA1A 3DM2A 1QSSA 4Y1CA 1EXQA 2IC3A 4CF2A 1S9GA 4E3SA 3AVIA 4DTPA 3QEPA 3K59A 3WNGA 3OYEA 2YNFA 2VWKA 4CJ4A 2HHTA 1FKPA 3CM6A 1G15A 5FDLA 3U3GA 3HSTB 3VQ4A 4CEAA 4FLUA 3KJVA 1JXEA 4KB1A 1XC9A 1W0HA 1YT3A 2QKKA 5FRMA 1RDDA 3O3GA 1VRTA 4HUFA 4OLAA 1JLFA 3DRSA 3TAEA 4F4KA 3V1OA 1HYVA 4B9UA 4EZ6A 5KRTA 4N5SA 4OVLA 3B6PA 4W5RA 2HHSA 2LSNA 4DFMA 3DI6A 3DLBA 3OYAA 3K57A 3VQ9A 4H4MA 4Z4CA 5HRSA 5HP1A 1QHTA 1D5AA 1GOBA 1WSHA 3G10A 4B9TA 3CFPA 1NK6A 3I8DA 4DTXA 3K5OA 4J2AA 1REVA 3AO2A 3C94A 4ZHRA 3RMDA 3PY8A 1F21A 4CECA 3MEEA 4J2DA 4C8MA 3QEVA 5CZ1A 4C8LA 3SQ2A 4KO0A 3TABA 3KK2A 3SUQA 4OJRA 1K6YA 3K58A 4FJMA 4W5NA 1SV5A 4BWMA 1NKBA 4F3TA 2HHVA 3CFRA 4CE9A 3TAQA 2BGGA 1A5WA 4CEBA 5FROA 1S1VA 2RN2A 4OGEA 4E1NA 1TK0A 2PYLA 1D9DA 1JLAA 3HK2A 3SQ4A 4CCHA 4KHQA 4XIUA 3TR8A 4FVMA 3OYIA 3QEIA 3OS0A 1SL2A 3AA5X 4FYDA 3L3VA 1WAJA 3IS9A 3KKRA 5KGWA 1LWFA 4CIGA 1HQUA 5J2NA 3NGYA 5CYQA 3SCXA 2DFFA 4E7HA 3U3YA 2RF2A 1TVRA 4CJQA 3ULDA 3DMJA 3O4QA 1QS4A 3V1RA 1JXBA 2VG5A 3SJJA 3VQQA 2F96A 4JS5A 3VA3A 4OKJA 1BI4B 1IKWA 1RBRA 1S5JA 1ZBUA 3AA2A 4K8ZA 4CJKA 1VSDA 4E89A 4DQRA 3DRRA 2BANA 2HB5A 3ZT4A 1IKYA 4W5QA 3NHGA 2E6MA 4N56A 1BHLA 4DTMA 3DLRA 5HBMA 1JLEA 4LSNA 1JLCA 3M8RA 1BCMA 2D0CA 4CEOA 1WLJA 4E7IA 1UAXA 1JLBA 3C6UA 3LZIA 3PV8A 1SKRA 4KTQA 4CJTA 1TAQA 2G8KA 2GBZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQ7A 3ZT3A 3LAMA 2A1SA 2P9UB 1KC8O 3P83D 1RBVA 1NK5A 3OJUA 5C42A 3MEDA 3AAQA 4X66K 3ZCMA 4CZJA 4CZKA 1Y64A 2XY7A 2RHKA 1VSMA 1BIZA 4DR3K 1NOZA 2CGJA 3W0LA 4KFBA 3OW2M 4CHZA 2HMIA 4JI3K 2ZQBA 4TSXA 4FJ5A 5AQKA 1TAUA 4NYFA 1IBMK 4A2AA 3MN6A 4O0IA 2KLAA 4LF5K 1K9MO 2YCHA 5T7BA 4FZXC 2A3ZA 4JS4A 3M5RA 4H5TA 5M1NA 3LWMA 4ELVA 3QIOA 3ITHA 4DQPA 4DSFA 2YNGA 2ZD1A 4IOAL 4AHSA 3HPGA 3NH1A 2YHBA 1J9AA 5JICA 4NO7A 2IDOA 4RCHA 1U47A 4M3YA 3EYZA 2OPRA 4BR9A 5AQHA 4E7LA 4N41A 3DOLA 3THXB 3ID6A 1N34K 1BGXT 5AQVA 4YOXA 3K2PA 2F9WA 1NK9A 3OYKA 2W6KA 1LCUA 2E4LA 4F2RA 2YNHA 1J6ZA 3U9ZA 3PLAA 1C0FA 2PYJA 5M1PA 2JWLA 4FLTA 4O4GA 3THWA 5JS1A 3MXJA 3C6TA 3NF7A 3DXMB 3C95A 3S3MA 5M1FA 1WN7A 5IT9O 3OYJA 1RT5A 1P90A 1OH8A 1UOCA 4FLWA 3ZLJA 3NF8A 3ISNC 5AJ3K 2KFZA 4O5BA 3ZSRA 3KLHA 3S41A 4NXNK 3I8BA 5E84A 5C25A 4CF8A 2ASPA 4BR7A 3KD1E 2FXUA 3H45C 5KI6A 4IKFA 4NYNA 5JVGL 2KFNA 3ZT1A 1BOTO 2QKBA 1RTHA 1JLQA 4A57A 4JK9A 1S3XA 3QBXA 4DV3K 1JCFA 4FCYA 4YY3K 4EP5A 3VENA 4B1UB 1WSFA 2NLXA 4DV2K 3LP1A 2KTQA 4CEEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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