3F8VA

Evaulaution at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature sensitive t4 lysozyme mutant arg96-->his
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRHCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Evaluation at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature-sensitive T4 lysozyme mutant Arg 96 --> His.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3f8vA00
1L21A 205LA 1L60A 4W55A 1L26A 1DYEA 1L71A 3C7ZA 1CV4A 247LA 2F47A 1C62A 3HU8A 176LA 155LA 215LA 218LA 3OE8A 1C6GA 126LA 1K28A 1QSQA 1P3NA 238LA 2HUMA 3SB9A 111LA 169LA 1L84A 170LA 211LA 1OVHA 4DKLA 1T6HA 2B6YA 4I7KA 1KNIA 1L63A 3DMVA 2NTGA 1L95A 3G3VA 1LYEA 197LA 1L35A 1KS3A 210LA 2RBOA 3HTGA 3RUNA 1L40A 2Q9DA 171LA 3CDQA 2OE7X 4I7NA 3HT6A 1T8GA 6LZMA 221LA 4I7SA 1G0GA 4GRVA 4AQNA 1LGXA 1QTDA 1L83A 243LA 1L02A 183LA 1L64A 163LA 3FA0A 104LA 2RB2X 137LA 2B75A 3C8SA 178LA 1LYIA 2RB1X 4I7QA 3SB7A 1C6FA 1QTHA 1L99A 2OTZX 1CU5A 1KW7A 3HDFA 1DYGA 2A4TA 1KY1A 3DN2A 1L11A 3HT7A 1QUHA 4I7OA 1L61A 3EMLA 3NY9A 4ARJA 1QT5A 1KY0A 2ANVA 1CTWA 2RH1A 1CV1A 2ANXA 3NYAA 3JR6A 1CUQA 259LA 2OE9X 1C6NA 3HU9A 4I7LA 4EKRA 151LA 3HH4A 3K2RA 1C68A 1L50A 1P2LA 3C80A 1G0PA 5LZMA 122LA 1G0JA 139LA 1C6TA 1SSWA 1C67A 3C7WA 4EJ4A 3PBLA 1PQDA 4EPIA 223LA 1G06A 1L03A 1LPYA 181LA 4ARLA 1L31A 216LA 3L2XA 3CDRA 1G0QA 3DN8A 201LA 3NY8A 160LA 1QUDA 1L42A 1L0KA 2B72A 1L82A 113LA 3G3WA 1L55A 1LI6A 1P64A 2L78A 1T97A 4YXCA 3HT8A 2HULA 1L22A 3VW7A 4DAJA 3DN3A 192LA 2RBPA 2F32A 4K5YA 244LA 1P7SA 3OE6A 1CV0A 4W59A 1QS9A 1TLAA 1C6QA 1L56A 1I6SA 1QTVA 2OE4X 3C82A 157LA 237LA 1CV6A 1C6BA 1L80A 4ZPUA 1OV5A 1G1WA 186LA 4W57A 4ARPA 1QT8A 123LA 239LA 1C66A 1LLHA 1L59A 1DYAA 3CDVA 1QTBA 228LA 1XJTA 1CUPA 3C8QA 1C63A 3GUPA 3SB8A 1G0KA 1L43A 175LA 1D3JA 1L54A 200LA 1L94A 1C6AA 3SN6R 4EXMA 1C6PA 1SX2A 1L44A 1XEPA 4W58A 1C6DA 2B73A 1SSYA 2RBSA 3CDTA 2IGCA 148LE 1L52A 1WTHA 260LA 3OE9A 1L24A 219LA 1PQJA 168LA 249LA 234LA 2Z6BA 225LA 3G3XA 1DYBA 3HH6A 4DJHA 1NHBA 2F2QA 110LA 174LA 4I7JA 1SWYA 258LA 1D9WA 1CU3A 3HTBA 1L29A 2LCBA 1SWZA 1OYUA 1L01A 2OTYX 3C81A 1L85A 3DKEX 254LA 4GBRB 1D2WA 1ZURA 1QT7A 3PDSA 4LDOA 191LA 1L19A 4W54A 1L07A 1L53A 4YXAC 5I14A 187LA 4W56A 1OVKA 1L39A 1ZWNA 1C69A 1L68A 1L57A 1D3MA 3HT9A 4ARMA 229LA 4PK0A 1L33A 140LA 4EKSA 3FI5A 118LA 1EPYA 3F9LA 1L27A 189LA 1LGWA 150LA 1C6EA 3FADA 130LA 4LZMA 1C6MA 2RBRA 149LA 3DNAA 177LA 152LA 1L0JA 212LA 2B70A 1CV3A 4EKPA 235LA 1L18A 3QAKA 3DMZA 1L32A 1L89A 1L23A 3HH5A 253LA 1C61A 188LA 3HH3A 3SB5A 1DYDA 1L97A 3HUAA 4LDEA 3D4SA 2B6XA 1D2YA 1P37A 1B6IA 2O4WA 3GUNA 214LA 248LA 4E97A 172LA 109LA 4ARQA 1L34A 1L96A 2B7XA 1L00A 1OV7A 1C6IA 1QT4A 250LA 142LA 4EKQA 1LYDA 224LA 159LA 226LA 2RAZX 1L72A 158LA 1OVJA 1QTZA 196LA 4YX7C 1L88A 1L14A 1L81A 4ARMB 114LA 1G07A 195LA 1C6JA 231LA 1CX7A 1OWZA 4I7RA 1L30A 3SBAA 3LZMA 1CV5A 242LA 3V2WA 1D3NA 1L12A 256LA 3RZEA 1KW5A 147LA 2LC9A 1CU6A 1LYHA 4LDLA 1C64A 144LA 1PQKA 4EPFA 245LA 2NTHA 1T8FA 236LA 2QB0B 4OO9A 4I7PA 1LI2A 246LA 146LA 4IAPA 143LA 3DN1A 1L04A 1L05A 1CU0A 1G1VA 1PQOA 173LA 220LA 2OEAX 1QSBA 7LZMA 1QUOA 107LA 1JTNA 166LA 1LYFA 3HWLA 4ARQB 1P6YA 102LA 1LWKA 1L73A 1L45A 3GUJA 230LA 1LW9A 145LA 1L58A 119LA 161LA 1L37A 3HTDA 1PQMA 1L77A 2B6TA 1L87A 1P5CA 156LA 112LA 1L70A 1L36A 1QS5A 213LA 2LZMA 1L92A 4PJZA 2RAYX 1L46A 120LA 108LA 1LI3A 3HUKA 1PQIA 165LA 1L16A 1L38A 1LYGA 162LA 2Q9EA 4W51A 1L69A 2CUUA 1LWGA 2OU0X 1C60A 3GULA 1L74A 4I7TA 2HUKA 1L06A 1L15A 2B6ZA 1L09A 1QTCA 1L91A 227LA 4S0WA 185LA 3C7YA 1QUGA 1C6KA 3SBBC 1P36A 209LA 125LA 1C6LA 129LA 1JQUA 1ZYTA 2OU8A 3C8RA 128LA 1L67A 1L10A 1L41A 3HTFA 1QT6A 1L25A 217LA 3DN0A 1QT3A 251LA 164LA 1T8AA 3HUQA 1LGUA 232LA 1CVKA 222LA 3CDOA 3GUMA 1C6HA 1OWYA 1L86A 182LA 2OU9A 3UONA 3GUKA 257LA 2B6WA 1C65A 1L49A 1L62A 1XJUA 240LA 3HDEA 1L28A 127LA 255LA 141LA 1SX7A 1DYCA 1L08A 3SB6A 4W52A 103LA 3L64A 1D3FA 1L76A 199LA 1L51A 2B74A 2RB0X 2RBNA 1L47A 1L20A 1L65A 3GUOA 1L98A 3OE0A 3DMXA 1L93A 4W53A 184LA 2QARC 198LA 138LA 1G0MA 190LA 115LA 1G0LA 3V2YA 1CU2A 1P46A 3F8VA 4I7MA 1P2RA 3GUIA 1CX6A 1L79A 1JTMA 2RBQA 3DN4A 241LA 1LYJA 1L90A 252LA 3C83A 1L48A 2O7AA 3ODUA 1C6CA 2O79A 1L13A 262LA 1L66A 180LA 167LA 1L17A 261LA 1DYFA 206LA 3DN6A 1L75A 233LA 131LA 1P56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LIOA 1L60A 4W55A 3CT0A 3AGHA 1NDMC 3WVXA 5KJ9A 3A90A 3OJPA 2FBDA 1C6GA 4LFPA 1T6VL 1GAZA 2BQGA 126LA 5DL9A 1P3NA 238LA 3LYMA 4XJGA 5I4YA 3IJUA 1OVHA 3BKHA 1AKIA 4I7KA 1LHMA 3DMVA 1IC4Y 1HFZA 1L35A 1NHEA 4WL6A 3J6KA 4DQJA 1GWDA 1L40A 171LA 1UIEA 4XN6A 4I7NA 3HT6A 6LZMA 1G0GA 2EQLA 135LA 1FN5A 3K3TA 5D5CA 3WUMA 4DT3A 1GF8A 3OK0A 1GF7A 3ZVQA 1L64A 4PJ2C 3N9CA 104LA 5LVHA 1D0LA 4AXTA 1WQNA 1CU5A 4N0JA 5LVKA 3TXDA 1L11A 4I7OA 2DQGY 1TEWA 2ANVA 3AZ6A 1HSWA 4N9RA 1CNSA 1P2CC 3HH4A 1F6RA 4R0FA 1FLQA 1L50A 1P2LA 1CJ7A 3B6LA 3C7WA 1LYOA 1IY3A 1IWZA 5KXRA 1GBZA 4XJIA 3WPJA 4RLNA 201LA 2I26L 160LA 1QUDA 1L42A 1L82A 5FDJA 1H6MA 2L78A 1T97A 4LT1A 3CB7A 4II8A 2MEEA 1L22A 3DN3A 5LYZA 2RBPA 2F32A 1P7SA 1YAMA 1IC5Y 4NGJA 4HJVA 1I6SA 4WM1A 157LA 4NY5A 1L80A 2BLYA 1G1WA 4NHIA 4ET9A 239LA 2G4PA 1L59A 4N8ZA 3J4GA 3A93A 2H9JA 4NHQA 2EKSC 1JHLA 1G0KA 1AT6A 5APCA 2B73A 4XADA 5HNCA 4NIJA 4CFOA 2IGCA 5B1GA 219LA 3A94A 234LA 2Z6BA 4NHSA 4DD2A 3G3XA 5F9XA 4DJHA 2F2QA 110LA 4DDAA 5KXWA 1CJ8A 1DZBX 1H87A 258LA 3A6BY 1B7NA 4NSGA 3P4ZA 3D9AC 1L85A 2VB1A 3PDSA 1REXA 3A96A 4G49A 1JTTL 1B5XA 3HT9A 5KKIA 1ALCA 229LA 1BWIA 4ETCA 4IJ4A 140LA 5T3FA 4EKSA 4NGVA 1GE4A 3FI5A 118LA 1EPYA 3F9LA 2RSCA 1HHLA 1L27A 4WLXA 2H9KA 150LA 2DQJY 130LA 1WQOA 2DBTA 4PPOA 4Z46A 3DNAA 2N5ZA 152LA 2YBMA 1IWYA 4X3BA 1J1OY 235LA 1L18A 4H8ZA 3HBHA 4NG8A 4DQ5A 4XJFA 3HH3A 3SB5A 1DYDA 4NWEA 4LDEA 3D4SA 1LZCA 1B7OA 3GUNA 248LA 2Z2FA 5LAGA 1GB7A 1LZ5A 4C5FA 3ULRA 1JISA 2D91A 4HPIA 4GCFA 1QT4A 4TX7A 4EKQA 224LA 1FBIX 158LA 1D6PA 1QTZA 4HP0A 196LA 5A3EA 1L14A 1JKCA 1G07A 2I6ZA 1OWZA 4I7RA 3A91A 1YL0X 3RZEA 1NBZC 1JJ1A 5F9UA 1LYHA 5C6LA 1C64A 1T8FA 1HC0A 246LA 4LYTA 5LA8A 1IOCA 220LA 7LZMA 1B7LA 1HMLA 1QUOA 107LA 4MCKA 1BWJA 102LA 2MEFA 1HEQA 3GUJA 1C45A 2C8OA 3HTDA 1PQMA 1A4VA 1P5CA 2ZQ3A 1L92A 2CJLA 1LJEA 2LZ2A 120LA 108LA 1IVMA 1UCOA 5APFA 5APEA 3SP3A 2HECA 5KXZA 2Q9EA 4W51A 4OOOA 2X0AA 5I54A 4I0CA 2HUKA 1BB4A 3HBDA 1L15A 5K7OA 1XEIA 1QUTA 4HTKA 1WQRA 1BGIA 129LA 1JQUA 4WL7A 1RJCB 1ZVHL 1XGPC 1QT3A 4NGYA 4NWHA 4B4JA 1LGUA 222LA 1C7PA 4G4CA 2DQCY 3UONA 1IO5A 3GUKA 257LA 1L49A 4H9BA 1XJUA 1NBYC 3LN2A 1F6SA 1LSPA 1TCYA 4NGIA 4W52A 2Z19A 103LA 3A3RX 5LYTA 5M1YA 1LZBA 1SQ2L 2RB0X 6LYTA 1HENA 1L93A 2ZNWY 5KXSA 1CU2A 3N9AA 1NDGC 3GUIA 3IWRA 2MEHA 1CX6A 1XGQC 241LA 1LZTA 1LYJA 3C83A 1WVUA 1C6CA 1LHLA 4B49A 4QGZA 1YKXX 1AT5A 1L66A 4G4BA 5C6JA 1DYFA 5LVGA 2HEBA 206LA 3DN6A 131LA 205LA 1NQIA 1L26A 1Z55A 1RFPA 1PZYA 3EO5A 247LA 4J7VA 4QY9A 2F47A 2BQDA 176LA 5J7CA 4CHXA 4DD1A 1BB5A 4W96A 1QSQA 1IOQA 169LA 1L84A 1JPOA 1CKHA 2BQMA 1L63A 1L95A 5FHWA 3G3VA 1LYEA 5KXXA 2RBOA 3HTGA 1B7QA 1QQYA 2ZQ4A 2Q0MX 2BPUA 3CDQA 2OE7X 4E3UA 2YSSC 1QTDA 1L83A 243LA 2ZNXY 1HEMA 183LA 1L02A 1VDQA 137LA 4LT0A 178LA 2RB1X 3B0KA 5FCPA 134LA 3SB7A 3TXBA 2DQDY 4IASA 2OTZX 1REZA 3HDFA 1DYGA 1GFRA 1QUHA 1L61A 4HTQA 4ARJA 2RH1A 1CV1A 4H92A 3WPKA 1QSWA 1CUQA 1YAQA 1IORA 2ZYPA 132LA 3K2RA 1C68A 3C80A 5LZMA 4TWSA 1C6TA 4KL7A 4EJ4A 4WOAA 1DKJA 4EPIA 223LA 2F4GA 1L03A 1LPYA 4A7DA 4DD3A 1L31A 3P68A 216LA 4XJDA 2C8PA 2HEFA 1HMKA 4H9AA 1GBWA 4LYCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LIO A;  1L60 A;  4W55 A;  3CT0 A;  3AGH A;  1NDM C;  3WVX A;  5KJ9 A;  3A90 A;  3OJP A;  2FBD A;  1C6G A;  4LFP A;  1T6V L;  1GAZ A;  2BQG A;  126L A;  5DL9 A;  1P3N A;  238L A;  3LYM A;  4XJG A;  5I4Y A;  3IJU A;  1OVH A;  3BKH A;  1AKI A;  4I7K A;  1LHM A;  3DMV A;  1IC4 Y;  1HFZ A;  1L35 A;  1NHE A;  4WL6 A;  3J6K A;  4DQJ A;  1GWD A;  1L40 A;  171L A;  1UIE A;  4XN6 A;  4I7N A;  3HT6 A;  6LZM A;  1G0G A;  2EQL A;  135L A;  1FN5 A;  3K3T A;  5D5C A;  3WUM A;  4DT3 A;  1GF8 A;  3OK0 A;  1GF7 A;  3ZVQ A;  1L64 A;  4PJ2 C;  3N9C A;  104L A;  5LVH A;  1D0L A;  4AXT A;  1WQN A;  1CU5 A;  4N0J A;  5LVK A;  3TXD A;  1L11 A;  4I7O A;  2DQG Y;  1TEW A;  2ANV A;  3AZ6 A;  1HSW A;  4N9R A;  1CNS A;  1P2C C;  3HH4 A;  1F6R A;  4R0F A;  1FLQ A;  1L50 A;  1P2L A;  1CJ7 A;  3B6L A;  3C7W A;  1LYO A;  1IY3 A;  1IWZ A;  5KXR A;  1GBZ A;  4XJI A;  3WPJ A;  4RLN A;  201L A;  2I26 L;  160L A;  1QUD A;  1L42 A;  1L82 A;  5FDJ A;  1H6M A;  2L78 A;  1T97 A;  4LT1 A;  3CB7 A;  4II8 A;  2MEE A;  1L22 A;  3DN3 A; 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