3F9KA

Two domain fragment of hiv-2 integrase in complex with ledgf ibd
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
KIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGIPNLVARQIVNSCAQCQQKGEAIHGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPITHLHTDNGANFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQANTIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPSERLINMITTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein, recombination
molecule keywords Integrase
publication title A novel co-crystal structure affords the design of gain-of-function lentiviral integrase mutants in the presence of modified PSIP1/LEDGF/p75
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 2
total genus 74
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, Q, R, U, V, Y, Z, c, d, g, h, k, l, o, p, s, t
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3f9kA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3f9kA02
4DTSA 2IAJA 1SUQA 2XY6A 2ETJA 3ZSWA 4DSKA 2X6NA 4OGEA 3FFIA 3RMBA 3ISNC 1SKRA 4DSLA 2E6LA 3PY8A 4B9SA 1RCHA 3AVFA 4AHCA 1QHTA 1S1UA 2YKMA 2LSNA 1EX4A 4B3OA 3K5MA 1L3TA 4FVMA 4M3YA 3THVA 2GV9A 4CJ3A 1RTJA 2BGGA 1WLJA 4DQRA 3RR8A 3ITHA 2ZE2A 3AVMA 4K8ZA 4GW6A 4IKFA 3TANA 1F21A 1KVBA 4FM0A 4FW1A 5C25A 2A1RA 2IS3A 4CESA 1SKWA 3ALYA 4F3TA 3LWMA 4FZXC 1B9FA 1HYVA 3V1OA 4CJFA 3M8RA 3VQ4A 3LPUA 5HLFA 1S6PA 1MW7A 1VK0A 4E1MA 3CFOA 1UWBA 2ZD1A 3KK3A 2YHAA 2XY8A 2OPPA 3HL8A 4IFYA 5CZ2A 3NGIA 1U47A 4CF0A 3H08A 4HUEA 1D9DA 4CGDA 1S6QA 2EX3A 3OYHA 5KI6A 4FJ9A 1ASVA 5FRNA 2HHWA 1A5XA 4OJRA 3S3NA 2OPSA 3CYMA 4OKJA 1RBUA 2IOCA 2G8FA 4LD0A 2IC3A 3ZT4A 3C95A 3IAYA 5HRSA 4O0JA 2Z1HA 3NGZA 4ZTJA 4B9TA 4F2SA 1RBTA 1WJFA 1JL1A 1NK8A 2G8HA 4I9QA 1D9FA 3KKRA 3PO5A 3VQDA 1HPZA 3ZSVA 4F3QA 1FXXA 4DQSA 3L3VA 3SZ2A 4MFBA 3IRXA 4Z4HA 3OYEA 4AHTA 4N41A 3RRHA 4DF8A 1BHLA 1UAXA 4B08A 1BI4B 3T19A 2HHUA 3C6UA 3OYFA 4CJVA 1WJAA 1E0EA 2G8WA 1X9SA 2QKBA 3QEIA 1YTUA 1IKXA 3TAEA 3TARA 1RBVA 1NKEA 4CEAA 1Q9XA 3ZSOA 4DMNA 1N6QA 2DY4A 4CEQA 2BANA 3DRPA 4CGIA 3V9ZA 3V9WA 1HYZA 4DFKA 3TI0A 4CF1A 3KTQA 3DMJA 1WSJA 4B9NA 4O0IA 4CGJA 2DTUA 3LP0A 3AVKA 2RN2A 1ZBUA 4FJ5A 2HMIA 1QS4A 3VQEA 1LWFA 3HM9A 1A5VA 1C1BA 1QE1A 1JLAA 2YNGA 3ZSXA 3JYTA 1VSMA 3SPYA 1KVAA 5DMRA 5HBMA 1YT3A 4J2EA 1C0MA 2EHGA 1S5JA 4HCBA 3HPHA 4N56A 3G10A 1BCMA 5J1EA 2YNHA 1RT3A 5CZ1A 5HROA 4CEOA 1D5AA 4O44A 3AVCA 3ZSZA 3OYAA 4Z4GA 2HVHA 3AO3A 3TWHA 2IDOA 3VQAA 3AVLA 2FC0A 2OZMA 4GVMA 1HYSA 4KB0A 4FZYA 3QLHA 3VN5A 1Z25A 3KLHA 1S9GA 3NGYA 3ZCMA 4H4MA 2XRIA 4RG8A 1SL2A 1HRHA 1I3AA 3IS9A 3OJUA 3V9SA 3L2QA 5CYQA 4FCYA 4HCCA 3NAEA 2W42A 4FJKA 1RBRA 2PY5A 1WJDA 3K57A 4HUFA 3LZJA 1TVRA 1NK0A 4KI4A 3AVIA 3DLRA 4I2QA 4NCGA 4IDKA 4CJPA 2G8VA 1CLQA 1G15A 4DFPA 1JLQA 3SQ0A 5FRMA 2B4JA 2WONA 3K2PA 3WNGA 2O4IA 3V1RA 1NJXA 1NK9A 3AA3A 3WNFA 4Q5VA 2DFFA 3HPOA 4EP5A 1KFSA 3NBPA 3SJJA 1C0TA 3S3OA 1T03A 2PYLA 2DFHA 1WSHA 3KJVA 4DSEA 4FJXA 3CG7A 4CFDA 1HJRA 3I8DA 1CZ9A 1TL3A 4DTMA 4EZ6A 1WSEA 3AO2A 3L2RA 3MXIA 4IFVA 1KONA 4DLGA 4PA1A 4FW2A 1WSGA 4Z4CA 4JS5A 3RR7A 4CHZA 4FLWA 3HXMA 1K6YA 1JLBA 3P5JA 3NF7A 4F2RA 1LV5A 3U3YA 1VSKA 4CF8A 1TKTA 1BL3A 3OS1A 3VA0A 4CEZA 1HQUA 4KTWA 3T1AA 1BISA 3K59A 4RW8A 4DSJA 4N47A 1DTQA 2VG5A 3DLGA 4LSLA 3C94A 4NCBA 2HHSA 4CJSA 3BDPA 4CHNA 4E0DA 4W5OA 1ZBLA 1NKCA 4LY7A 4C8MA 4QCLA 1IH7A 1C1CA 2ZQBA 4I2PA 3ULDA 1I39A 1TV6A 2KZMA 4CJ5A 1BQMA 5SZTA 4DSIA 5E41A 4DFMA 3NF9A 3VQ8A 3SQ2A 3MECA 4CEEA 2E6MA 1LWCA 1VSIA 4BDYA 4E89A 1QSYA 1J53A 3OYDA 3O3GA 3CFRA 2P51A 3KD5E 4EZ9A 4M3UA 4B9MA 3AA4A 3CFPA 3RTVA 3SV4A 3SQ4A 1J5OA 3OVNA 1RT4A 2HHTA 3AO5A 3DRSA 2KW4A 3M8SA 4CE9A 4CHYA 3SQ1A 4FK0A 3MEDA 3VA3A 3NE6A 5J2MA 3SUOA 1J9AA 4CIEA 1O1WA 4JS4A 1WAFA 1RTHA 4CFAA 3VQ6A 1EP4A 1TKXA 4M3RA 3NFAA 4AHUA 1VSEA 3NF6A 4O55A 4W5RA 1T7PA 1Q9YA 5J2QA 3TAMA 3QIOA 4LSNA 3V9UA 1S9EA 2HB5A 3ZSQA 1S1WA 2XO7A 1NK6A 4CFBA 1ZYQA 4FK4A 2AJQA 1LFPA 1NK7A 3I0RA 1RT2A 1EXQA 1RDDA 3VQCA 3O3HA 3RWUA 3NF8A 2KQ2A 4CJWA 3OS2A 1RNHA 4NCAA 2NUBA 1ZBIA 3VQBA 1L3VA 3PUFA 3DOLA 4CJKA 1IO2A 4BWMA 4KRFA 3D0PA 2JGUA 3KLIA 3V9XA 1TGOA 4TSXA 2KTQA 2HW3A 4I9LA 1QSLA 5KRSA 3AVGA 4OPKA 1KLNA 4DQIA 2P5OA 3QEXA 4CJTA 2F8TA 1TKDA 1NK4A 4KHNA 4KO0A 3V6DA 4DFJA 4IG3A 3DLKA 4BE1A 1UOCA 3LP2A 5EU7A 4DTNA 1X9MA 2G8UA 1EETA 3TAGA 3CM5A 3ZT2A 3KLEA 4KHUA 4W5QA 1XC9A 3M8QA 4KPYA 4C8NA 1LW2A 3OYKA 1U04A 4BACA 4DTJA 4R5PA 4FLUA 3ZSRA 1FK9A 3LDSA 1FKOA 3G0ZA 1HNIA 4CJQA 3P1GA 4Q0BA 4M3TA 2HHXA 1BI4A 1WAJA 3ZT0A 4DTUA 1BQNA 1JXBA 1XWLA 1TL1A 3AA2A 3CM6A 4BDPA 4CIGA 3DI6A 3HT3A 4IBNA 4ZHRA 3OYBA 4B8AB 4KTQA 3MXJA 1U4BA 1KCFA 1UA0A 1TKZA 3OYNA 1SL0A 3SCXA 2X6SA 3D45A 2VWJA 1RTDA 1LAWA 2OA8A 2RF2A 3PX6A 1D8YA 4M45A 4B9LA 1YVUA 4FJJA 2Q3SA 3O4NA 4FZZA 1RT6A 4G1QA 4YNQA 1WN7A 4FM1A 5K14A 1QQCA 1R0AA 1JXEA 3QO9A 2YKNA 2RKIA 4E3SA 1L5UA 3VQ7A 4PY5A 1BGXT 2FBVA 2P1JA 4CHPA 3AA5X 4NYNA 3LAKA 3QNOA 3AO1A 4KB1A 1Q8IA 5DK5A 1B9DA 1GOAA 3DYAA 3QIPA 1IKYA 4FLYA 1JLGA 1VSDA 5HRPA 4KAZA 4DLEA 4CJLA 4Z0UA 3QESA 4ZTFA 1SKSA 3HVTA 4HVJA 1XI1A 3HSTB 3LZIA 1MU2A 2YV0X 3TAQA 2BDPA 3DRRA 4EP4A 2PYJA 1EKEA 1LAVA 4FJHA 3EZ5A 1WJEA 2HNDA 3O3FA 1RDBA 3VQ5A 1C1AA 3L8BA 4LH5A 3SUQA 1U45A 1T05A 4WE1A 4DS5A 3IG1A 2D0BA 1XHXA 1B92A 1KTQA 3RMCA 4CCHA 1W0HA 4KTZA 4Y1DA 4N5SA 4DTXA 1KVCA 3ASMA 3ZT3A 4CHQA 2VG6A 4HHTA 4CGHA 1NJYA 4FJGA 4Y1CA 1JLCA 2D0CA 4KHSA 3SPZA 2IGIA 2ATQA 4L8RB 4M3WA 2KFNA 1J54A 1ASUA 3NDKA 2Z1JA 4BE2A 4AH9A 3L2VA 3SNNA 4C8LA 4F4KA 3CQ8A 4DTOA 3TABA 4DQQA 1QTMA 3U6FA 4HUGA 4BDZA 3KK1A 4KKOA 2R7YA 3OYLA 3SUPA 3B6PA 3K5LA 4RW6A 4CK3A 4KV8A 4QAGA 1U49A 2X78A 3LP3A 4W5TA 4HTUA 1HNVA 4KHQA 2E4LA 3OYJA 1X9WA 2HVIA 2XY5A 3C6TA 5KGXA 4ELUA 3UIQA 1DTTA 4LH4A 3SV3A 1NJWA 3AVHA 4FLXA 1ZBFA 4M3XA 3HK2A 4FXDA 3DM2A 4PWDA 3QINA 4DU3A 1RDCA 3PX4A 1KRPA 4M42A 1VSHA 1GOCA 2X74A 4UQGA 4FLTA 3QERA 4KFBA 3WNEA 5J2PA 1FKPA 3RMAA 4C8OA 1RBSA 4CJRA 3NH0A 2F96A 3B6OA 4CK2A 2FBXA 3OJSA 3AV9A 2Y1JA 1REVA 3ZT1A 4AHRA 5C42A 2GUIA 3OS0A 4FJIA 4K8XA 5C24A 4DU1A 4PQUA 4CEFA 3TAFA 1KLMA 4QOZB 2B6AA 3NH1A 3VQQA 4B9VA 4FLZA 1TK8A 4JRPA 3MEGA 2PZSA 2GBZA 1NKBA 1VSLA 4F8RA 2I5JA 5I3UA 3OYIA 1IKVA 3SUNA 5T7BA 3HJFA 3ZSYA 3KLFA 1IKWA 2DFEA 3SI6A 3AVBA 4O5BA 5J2NA 3PO4A 2O4GA 3K5NA 1RDAA 1TAQA 1RT5A 4KHYA 3P83D 1BIZA 1VRTA 1WSFA 5FDLA 3HP6A 3QETA 3QEWA 4J2BA 4FJMA 4KI6A 4OLBA 1JL2A 2OPRA 1C6VA 3L3UA 1N5YA 1SV5A 2YHBA 5HRRA 2B5JA 3QNNA 3DLEA 1UA1A 5HP1A 3EY1A 4RW7A 4H4OA 4CJEA 3L2UA 3LALA 3KIOA 4MQ3A 3SYZA 3AVAA 4E7JA 3S3MA 3F73A 3MAQA 4AHSA 3TR8A 3PV8A 1TK5A 2Z1GA 1SL1A 1T8EA 3V1QA 3KD1E 5SWMA 5KRTA 1WSIA 2A1SA 1NOYA 1TAUA 1C0UA 3NH2A 4GMJB 3HVRA 4JLHA 4E7IA 3K5OA 4Z4FA 4DS4A 4DTPA 4F3OA 3JSMA 4CK1A 1W9HA 2D5RA 4O4GA 4ELTA 1YTAA 2YNIA 1XHZA 2FBTA 1RTIA 3U3GA 1L3UA 2F8SA 4CJ4A 1L3SA 4RW4A 4CFCA 2Z1IA 4M41A 4CEDA 4E19A 4DF4A 3RMDA 4OKEA 4DG1A 4DU4A 2OZSA 5CY4A 4CGFA 3QEVA 4DTRA 3V4IA 1HMVA 4FK2A 1VSFA 4E7LA 4CECA 1A5WA 3AO4A 1NK5A 2HHVA 4FJNA 5KGWA 3WNHA 1S1TA 1VRUA 2VG7A 4ID1A 2HNZA 2XHBA 2OYQA 3VQPA 4FJ8A 3I0SA 4E7HA 1CXQA 2KFZA 4CIFA 4PUOA 1QSSA 4FLVA 1Y97A 2VWKA 4B9UA 1X1PA 4W5NA 4IG0A 4Z4IA 4B8CA 1S1VA 2JLEA 4FM2A 4CF2A 1IG9A 1CZBA 3HP9A 2HHQA 2WOMA 4RW9A 5JS1A 4I7FA 1VSJA 5HRNA 3OYCA 4Z4EA 3VQ9A 1LW0A 4KHWA 1TK0A 1ASWA 4OGCA 3DLBA 1WJCA 4KREA 3A2FA 2G8IA 3RRGA 3K58A 4FJLA 1CXUA 4CJUA 4DQPA 3T3FA 3HO1A 1NOZA 2XY7A 1S1XA 2QKKA 4J2AA 1KSPA 3HPGA 4CGGA 2HNYA 3KK2A 3S9HA 3PX0A 4OLAA 3NCIA 4YFUA 1WJBA 1Z26A 3LAMA 2G8KA 2YNFA 4CF9A 3LPTA 3M8PA 4JRQA 4J2DA 3BGRA 4ELVA 1GOBA 1LWEA 3AVJA 5CYMA 4CERA 3O4QA 3OYMA 1RT1A 4OKKA 1NJZA 4FJ7A 1KFDA 4DSFA 3NHGA 2OPQA 1ITGA 4CHOA 3LP1A 4C8KA 1BCOA 3OY9A 1RT7A 3DLHA 4FYDA 4BE0A 2KZZA 4H8KA 5I42A 1WNSA 3AVNA 4N76A 1JLEA 3OYGA 4AHVA 2RPIA 3HYFA 5KTQA 2FBYA 5JS2A 3LANA 3TAPA 3E01A 1DLOA 4ID5A 3MXMA 1JLFA 2P5GA 4OPJA 4DWIA 2QXFA 3KLGA 4AILC 2D0AA 1BIUA 4XIUA 1HQEA 4BWJA 4NYFA 4CEBA 3KKSA 3EYZA 3V81A 4M3ZA 1RILA 2QK9A 4E1NA 1JKHA 2ITGA 3LWLA 5D3GA 1U48A 4E7KA 1ZBHA 3DOKA 2BE2A 3MEEA 4ICLA 4OVLA 3F9KA 2Y1IA 3QEPA 3L2WA 5FROA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQZA 1K8AO 1P2FA 4A3LJ 4G6QA 3AFHA 4KBOA 3NWTA 1GV2A 2FRHA 1TW3A 1A35A 4RGSA 2ZE2A 1Q1HA 2PBIA 3ZX0A 1HYVA 4JI5K 3EPZA 4UB6C 1VK0A 3CJBA 1NGBA 2EBIA 3HL8A 4C23A 3KP4A 5KI6A 2QWMA 3FK7A 3BZCA 2IC3A 1VQLN 1S7EA 2D4WA 4U7DA 2CH0A 3J81O 4KMUX 3PO5A 2ITMA 5ICGA 3WG9A 1QA6A 2RKHA 3C6UA 3O6WA 4BXUA 2IP2A 2YUSA 4WYBA 2VT2A 3TKYA 4U88A 4LG0B 5LGUA 1T2KA 4HQEA 3GTMJ 1ERDA 2Q0UA 1VSMA 2DOAA 4RA2A 1V3FA 1SS6A 4AD9A 3WQUA 3LM9A 4JYAK 1BCMA 3MQ0A 2L2OA 2PJPA 2IDOA 3OR2C 4XSXF 2NRTA 4GVMA 2F5VA 4MTEA 2Q1NA 2LG4A 1XGNA 3QYFA 2DDAA 2LFBA 3HSFA 3L6QA 3RJPA 4MIMA 4HV6A 1JHHA 1RZ4A 2F48A 1WSHA 3KJVA 4P1WA 1KAYA 4BY7J 4E70A 1YTYA 3QQAA 3H5AA 4LD5A 5HNFA 4Q47A 4C2UA 1R59O 2IS6A 5BPMA 3ULDA 1BQMA 1RDUA 1GLEG 4RAFA 3A01B 1NMNA 1SMYF 1ZGAA 4B9MA 1KZHA 3VFZA 4BJ5C 1FOYA 3IC7A 3DXMB 3T8TA 4JS4A 2EFWA 1N33K 1PUFA 1IJWC 1Q9YA 3QIOA 5DS9A 3V9UA 1LFPA 4AVPA 3RIRA 3D2EB 1BOTO 3FFKB 3D0SA 2JA8J 3TP0A 1TGOA 4AVZA 2YR2A 1KLNA 1J7KA 1E3MA 1DU6A 3KFWX 2ZMEC 1XMQK 1XC9A 2VKDA 2UUAK 2W40A 4DV4K 1D1BA 3VDXA 4BVOA 2ZCWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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