3FA0A

Evaulaution at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature sensitive t4 lysozyme mutant arg96-->his
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Evaluation at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature-sensitive T4 lysozyme mutant Arg 96 --> His.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fa0A00
225LA 147LA 3FA0A 3ODUA 138LA 240LA 3C7ZA 1CU5A 1L33A 1C6EA 1LYIA 1L36A 250LA 1L14A 1JTMA 1G0KA 2O79A 2O4WA 2OU8A 131LA 1L53A 3DN4A 1L84A 3GUNA 108LA 148LE 2RB0X 4YXAC 3C83A 2B70A 1G0PA 3SB7A 1L81A 4I7OA 196LA 3HTGA 4W58A 2RBQA 3QAKA 1L85A 4I7TA 1L34A 261LA 1PQKA 3HUAA 4I7PA 1L92A 1LW9A 1QT3A 3DMXA 2OTZX 166LA 1SX7A 1CVKA 1L59A 1D2WA 205LA 237LA 3HH3A 177LA 1L99A 1L0JA 1L09A 1XJTA 1L80A 1D3MA 3HH4A 1QS5A 2RBNA 119LA 1C6TA 107LA 228LA 3RUNA 4EPIA 233LA 1LYFA 1QSBA 1L0KA 3HWLA 1KW5A 1P2RA 1C62A 4I7NA 1L52A 1L41A 3C8SA 3F8VA 3HUKA 2RB1X 2NTGA 1L47A 1C6NA 1L73A 4W56A 1CX7A 4YXCA 4W55A 1LYEA 1C67A 3K2RA 4ARPA 1OWZA 1L96A 3HT9A 2OU0X 1L03A 2CUUA 229LA 247LA 1B6IA 1QTHA 1EPYA 1L86A 1P37A 1L42A 3DN8A 126LA 1QUGA 2RAYX 3GUJA 246LA 172LA 232LA 160LA 1CUQA 1L30A 3SB5A 1G0JA 190LA 1T8GA 2B7XA 1L70A 1LGWA 1G1WA 201LA 163LA 4EKSA 218LA 2L78A 3DN0A 2OE4X 155LA 1T6HA 185LA 1LYHA 1L27A 1L51A 127LA 1C6LA 110LA 1KW7A 1L89A 1DYCA 130LA 1P2LA 241LA 1C65A 1L01A 3L64A 137LA 3OE6A 4I7QA 170LA 2B73A 211LA 1QUHA 3DN3A 1LYGA 1L57A 1P5CA 1C69A 3HU9A 182LA 1LWGA 1CUPA 4I7KA 3CDVA 3NY8A 2RH1A 1G07A 1QSQA 255LA 111LA 102LA 1C6QA 3EMLA 1QTBA 1L35A 2B75A 2ANXA 4DJHA 156LA 186LA 168LA 226LA 1L13A 1CV1A 3HT6A 1CU6A 157LA 1D3JA 4E97A 4ARLA 2IGCA 2OTYX 1PQOA 1L65A 4ARMB 1CV5A 2F2QA 178LA 3HT8A 2F47A 1L63A 231LA 2QARC 1L83A 4W53A 3DN1A 1L37A 1T97A 128LA 3C81A 1L20A 223LA 1QT6A 1L55A 3DNAA 1G1VA 3HDFA 1L12A 1CV6A 4LDOA 3CDTA 1DYFA 1L05A 1SWZA 1OV7A 2HUMA 3SN6R 4IAPA 1OWYA 1LPYA 3SB6A 1C6GA 3SB9A 1L43A 114LA 1PQMA 2B6ZA 2B6TA 1L75A 176LA 195LA 217LA 1P7SA 1CV3A 1DYBA 4EXMA 1L54A 2LZMA 3FI5A 4I7LA 1L66A 3C8QA 1L46A 3CDOA 4W59A 1L06A 2OE9X 245LA 1QT7A 1C66A 1L25A 1L26A 3OE0A 4I7RA 1C6KA 252LA 3RZEA 1DYAA 1LLHA 2Q9EA 158LA 3HDEA 4ARJA 3L2XA 1L87A 1SWYA 3PBLA 1D2YA 212LA 2B72A 3HH5A 1C64A 2B6YA 2RBSA 146LA 6LZMA 1L00A 1QT5A 1QT8A 220LA 1C6DA 244LA 1L74A 1C6AA 230LA 248LA 1SSYA 1T8FA 1QTCA 242LA 2HUKA 161LA 2OU9A 1XEPA 219LA 3V2WA 1L95A 173LA 3GUMA 2Q9DA 3SB8A 7LZMA 1G06A 257LA 1P6YA 2RAZX 3HTDA 214LA 1L67A 144LA 1LYDA 4W51A 1L62A 188LA 1L07A 3OE8A 1L58A 4ARQB 1L28A 4LDLA 1D3FA 2OE7X 5I14A 4I7JA 152LA 2RB2X 3PDSA 1KY0A 1DYEA 1L15A 167LA 224LA 1L02A 1L17A 104LA 4W57A 1CU0A 142LA 1WTHA 1L76A 1OV5A 1P36A 1C6CA 2Z6BA 1OYUA 249LA 2ANVA 3NY9A 4K5YA 3GUOA 149LA 3D4SA 251LA 1C6IA 1CU2A 1T8AA 1CTWA 1L77A 3G3WA 187LA 1OVKA 254LA 1L50A 1C68A 2LC9A 129LA 3C80A 3SBBC 1OVHA 216LA 1L08A 4ARMA 2B6WA 164LA 1LI3A 1G0GA 4EPFA 259LA 1G0MA 1CV0A 150LA 174LA 4EKRA 1CV4A 4GRVA 1SX2A 1JQUA 2RBOA 4YX7C 1L61A 112LA 1JTNA 3JR6A 1L38A 3C82A 1KY1A 2B74A 3CDQA 2QB0B 1L39A 221LA 3HH6A 198LA 1QUDA 1L21A 145LA 1QT4A 1C6PA 4I7MA 1L32A 2F32A 3GUIA 3HU8A 1L23A 1L71A 3UONA 3HUQA 1L44A 5LZMA 1ZURA 140LA 1P64A 181LA 3DMZA 4AQNA 3C7YA 4EJ4A 262LA 215LA 1P56A 3DN6A 3F9LA 125LA 184LA 1ZYTA 1L29A 243LA 1G0LA 1SSWA 3GUPA 1PQJA 1D9WA 4I7SA 1QTZA 1L90A 1L94A 1KS3A 253LA 2HULA 192LA 180LA 3OE9A 1K28A 1QS9A 3GULA 3HTFA 210LA 3HT7A 1L69A 234LA 3DMVA 2LCBA 4ARQA 4ZPUA 109LA 3CDRA 260LA 1LGUA 171LA 1L64A 4GBRB 162LA 1TLAA 115LA 1C6FA 4PJZA 1P46A 1C63A 206LA 1L88A 103LA 4EKQA 1C6MA 3VW7A 1L40A 1PQIA 1L10A 258LA 1L49A 2A4TA 2B6XA 1L93A 3GUKA 175LA 238LA 1G0QA 1LI2A 256LA 3SBAA 143LA 3V2YA 1DYDA 2RBPA 1L97A 3DN2A 2NTHA 165LA 1L98A 227LA 2O7AA 159LA 3C7WA 1L24A 236LA 151LA 1QUOA 1L82A 183LA 1L91A 123LA 1C6BA 1L60A 1LYJA 1L79A 1L04A 1C60A 139LA 120LA 1NHBA 191LA 1LGXA 1KNIA 1L56A 1PQDA 200LA 4LDEA 1OVJA 1CX6A 4DKLA 2RBRA 1CU3A 1LI6A 1L45A 1QTVA 1C6HA 235LA 4S0WA 1C61A 1L68A 222LA 1P3NA 3G3VA 1L72A 189LA 1LWKA 1XJUA 3LZMA 118LA 4W52A 199LA 3NYAA 1DYGA 1D3NA 209LA 2OEAX 3C8RA 3DKEX 4PK0A 122LA 1QTDA 3HTBA 1L11A 4LZMA 1L22A 169LA 239LA 1ZWNA 141LA 4DAJA 1L31A 1L18A 1L19A 213LA 1C6JA 4OO9A 1I6SA 3FADA 4W54A 4EKPA 113LA 197LA 1L16A 3G3XA 1L48A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AGAA 4YM8A 3ULRA 3FA0A 3ODUA 138LA 2CGIA 4YENA 1JEFA 1L33A 3W6BA 1HFZA 1D9UA 1LJ4A 4BADA 3AZ4A 5EBHA 4LYCA 1OUIA 3W6CA 4B4IA 1LZCA 148LE 2DQDY 3C83A 3WVXA 4I7OA 2Z2EA 4W58A 3HUAA 4H8YA 5II3A 1OUHA 3DMXA 1LZAA 1SX7A 1GE1A 3HFMY 1D2WA 9LYZA 1GF5A 4ZEEA 1NBZC 4QEQA 5LYMA 2RBNA 4N1CC 107LA 228LA 3B0OA 3D9AC 4ZIXA 2YBIA 4TUNA 1CKHA 3HWLA 1KW5A 1P2RA 1B7OA 1CJ9A 5D5FA 2BQNA 1L41A 2RB1X 1C6NA 3TMXA 4YXCA 1GB6A 1WVVA 2BQGA 1GF0A 4ARPA 3HT9A 1FLWA 5LVJA 3P64A 229LA 4HTNA 247LA 1QTHA 1LZEA 2BQIA 4FDYA 2MEEA 246LA 5HLLA 2BQAA 1LMTA 1GBYA 5LIOA 3SB5A 1G0JA 1AZFA 1D0MA 1LSYA 2BQMA 1T8GA 1LSNA 1L70A 1LMNA 3AW6A 1XGUC 208LA 218LA 4GCBA 1CNSA 2Z38A 3DN0A 1T6HA 2MEFA 1L51A 3B72A 3WU8A 5APFA 1V7TA 1P2LA 3A95A 5AMYA 1QTKA 1BB3A 4MSTA 1UC0A 2B73A 1LZBA 4XYYA 2A7FA 1LYGA 3HU9A 5IELA 1LWGA 1CUPA 3A3RX 2YBMA 5LYTA 1C6QA 4LT3A 2W1LA 1L35A 1HERA 4NGWA 1GAZA 1T6VL 2ANXA 3M3UA 2LYZA 3W6AA 1REYA 2DQEY 1BWIA 2HEEA 1BB7A 157LA 3WU9A 1D3JA 3LZTA 2ZQ3A 1J1OY 1GF9A 3TXFA 2OTYX 1PQOA 1AT5A 5I54A 5LVKA 4ARMB 1XGQC 2F2QA 1B7SA 1VDSA 1L63A 231LA 1L83A 5KXZA 128LA 2G4QA 1F6SA 3HDFA 1CV6A 1GPQC 3CDTA 1LTMA 4DDAA 1LSFA 3SB6A 1UIEA 1C6GA 3WMKA 1LZGA 1L43A 3A90A 1SLYA 2B6TA 3F6ZA 5JENB 4ET8A 3AGHA 4WMGA 4EXMA 5KKIA 1L66A 4W59A 5LAFA 4DD9A 4I7RA 4NGKA 1D6QA 4WL6A 1IY4A 1GXV2 4XJDA 2Q9EA 5M1YA 4H92A 3L2XA 135LA 1L87A 3PBLA 1OP9B 4GCFA 1AT6A 1D2YA 1AKIA 1IR9A 3HH5A 3TXEA 146LA 1L00A 1QT5A 220LA 1C6DA 1L74A 230LA 3TXJA 1GFTA 1IP7A 242LA 4B49A 1B5VA 3V2WA 2Q9DA 7LZMA 1P6YA 2RAZX 3RW8A 5F14A 5E4PA 1IY3A 5B07A 1LYDA 1L62A 1AM7A 3OE8A 5KXNA 1UA6Y 1UIGA 2DQFC 4LDLA 4TSCA 1KIRC 4NEBA 1D3FA 2RB2X 2LHMA 4NGIA 3NY9A 1YKZX 1OYUA 249LA 2DQGY 1J1XY 4K5YA 4WM4A 1LYYA 149LA 4DD0A 251LA 4G4CA 187LA 1OVKA 1OQMA 2MEDA 3WUAA 1D6PA 4UWUA 1NF5A 4R0FA 1CJ8A 1LSGA 3C80A 1OUCA 1L08A 4NIJA 2F30A 1NKHA 1LI3A 1WTNA 1G0GA 2ZIJA 4Z98A 150LA 4EKRA 1CV4A 4NHPA 3IJVA 1DI3A 7LYZA 112LA 3WPLA 1JTNA 4H9AA 2B74A 4HTQA 198LA 221LA 1CKFA 4NWHA 1I1ZA 1L21A 1C6PA 2Z2FA 4PPOA 2F32A 1L23A 3WPJA 5A3ZA 5KXLA 1D0KA 2BQLA 1LMAA 4KPMA 2Z18A 3WUNA 262LA 2I25L 1OUDA 4H93A 3B0IA 125LA 184LA 1IP6A 1SSWA 4RW1A 4NG1A 4DC4A 2BQCA 3J4GA 5HMVA 2HEBA 1QTZA 1RJCB 1HELA 1L94A 1KS3A 2HULA 180LA 1HENA 1A4VA 1BHZA 1QS9A 1GFAA 4DWXA 1L69A 234LA 4ARQA 109LA 260LA 1LGUA 171LA 4J1AA 2MEGA 4GBRB 4PRQA 1BQLY 1GB8A 1VEDA 2BQFA 1L40A 1WQPA 1L10A 2HU3A 1L49A 4H9BA 3WULA 1JKDA 175LA 1LKSA 4OWHA 2YBNA 1L97A 3DN2A 2NTHA 1IWZA 2O7AA 3C7WA 4WM6A 1QUOA 1C6BA 1L04A 1C60A 3CSQA 5LA5A 2YBLA 4HJYA 1LGXA 1LMCA 193LA 1OVJA 2WARA 1UBZA 1C61A 1L68A 4LFXA 222LA 1P3NA 1XJUA 4W52A 1YANA 3G3BB 3C8RA 4OWAA 122LA 3HTBA 4OOTA 1LZ5A 4LZMA 1LPIA 4W94A 4H9HA 1L19A 1VAUA 1ZV5L 1TCYA 4NSGA 2ZNXY 4HSFA 3FADA 4EKPA 1L16A 3G3XA 225LA 1NBYC 3TXGA 4B1AA 1LZSA 4DD2A 240LA 1OUEA 1C6EA 250LA 1JTMA 1LZTA 4J7VA 2OU8A 1IOCA 131LA 1L53A 3DN4A 3GUNA 4Z46A 5T3FA 2B70A 3SB7A 5I4XA 2RBQA 1L34A 2FBDA 1MELL 3EXDA 1B5ZA 2OTZX 3N9EA 3HH3A 4W96A 1XJTA 5C6JA 2HEDA 1D3MA 1QS5A 1JTOL 4LYBA 119LA 1YAMA 3RNXA 4D9ZA 1CJ7A 1QIOA 4EPIA 1LSPA 1QSBA 4CJ2A 1C62A 1L52A 3F8VA 3HUKA 2NTGA 1G7JC 1L47A 1FBIX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4AGA A;  4YM8 A;  3ULR A;  3FA0 A;  3ODU A;  138L A;  2CGI A;  4YEN A;  1JEF A;  1L33 A;  3W6B A;  1HFZ A;  1D9U A;  1LJ4 A;  4BAD A;  3AZ4 A;  5EBH A;  4LYC A;  1OUI A;  3W6C A;  4B4I A;  1LZC A;  148L E;  2DQD Y;  3C83 A;  3WVX A;  4I7O A;  2Z2E A;  4W58 A;  3HUA A;  4H8Y A;  5II3 A;  1OUH A;  3DMX A;  1LZA A;  1SX7 A;  1GE1 A;  3HFM Y;  1D2W A;  9LYZ A;  1GF5 A;  4ZEE A;  1NBZ C;  4QEQ A;  5LYM A;  2RBN A;  4N1C C;  107L A;  228L A;  3B0O A;  3D9A C;  4ZIX A;  2YBI A;  4TUN A;  1CKH A;  3HWL A;  1KW5 A;  1P2R A;  1B7O A;  1CJ9 A;  5D5F A;  2BQN A;  1L41 A;  2RB1 X;  1C6N A;  3TMX A;  4YXC A;  1GB6 A;  1WVV A;  2BQG A;  1GF0 A;  4ARP A;  3HT9 A;  1FLW A;  5LVJ A;  3P64 A;  229L A;  4HTN A;  247L A;  1QTH A;  1LZE A;  2BQI A;  4FDY A;  2MEE A;  246L A;  5HLL A;  2BQA A;  1LMT A;  1GBY A;  5LIO A;  3SB5 A;  1G0J A;  1AZF A;  1D0M A;  1LSY A;  2BQM A;  1T8G A;  1LSN A;  1L70 A;  1LMN A;  3AW6 A;  1XGU C;  208L A;  218L A;  4GCB A;  1CNS A;  2Z38 A;  3DN0 A;  1T6H A;  2MEF A;  1L51 A;  3B72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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