3FADA

Evaulaution at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature sensitive t4 lysozyme mutant arg96-->his
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRHCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evaluation at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature-sensitive T4 lysozyme mutant Arg 96 --> His.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fadA00
104LA 1L35A 1L34A 2F32A 1P5CA 220LA 109LA 1L86A 1CX7A 4W57A 1P6YA 1CU6A 1LWGA 1QTVA 1L18A 3C7YA 1C6HA 1QT5A 183LA 1CTWA 4W55A 2B70A 1CV5A 198LA 4ARQB 4DKLA 1C6PA 1L11A 1G1VA 1SSYA 227LA 3HT9A 126LA 248LA 239LA 1LYFA 173LA 2QB0B 229LA 3RZEA 1PQJA 1C61A 1ZURA 1L48A 228LA 259LA 130LA 1L88A 4I7TA 257LA 4LDLA 1LYHA 3V2YA 1L76A 1KW7A 4I7LA 3FA0A 1C6AA 180LA 1L55A 1L14A 1CV3A 1XEPA 3DN6A 3PBLA 143LA 1LW9A 1QT8A 3CDQA 1C6IA 1I6SA 224LA 1L04A 187LA 254LA 3GUNA 1DYCA 1XJTA 2OE7X 2Z6BA 1CV4A 3HWLA 1P36A 151LA 120LA 1P2LA 1L73A 1JQUA 139LA 1L75A 251LA 217LA 1C66A 3QAKA 167LA 1CV0A 2OU9A 4ARMB 1LWKA 1C6EA 1L80A 3GUPA 2NTGA 1L49A 200LA 1DYGA 1P7SA 4W52A 1DYDA 4EXMA 1L38A 1P64A 145LA 1L69A 1C6DA 1L54A 1CVKA 1C6FA 3C81A 1C6LA 4GRVA 3DMZA 3UONA 4I7OA 1NHBA 1QTDA 2RBPA 2B75A 218LA 6LZMA 115LA 1CV6A 3GUKA 3NY9A 1C6MA 3DN2A 2O4WA 4LDOA 189LA 1L25A 174LA 4ZPUA 2RBNA 3SB7A 3HUQA 1L13A 103LA 3HH6A 1SX7A 3L2XA 1L31A 1L67A 2NTHA 141LA 201LA 1EPYA 1L0KA 171LA 244LA 152LA 1L42A 1PQOA 181LA 261LA 1CV1A 1P46A 1DYAA 3F9LA 3HTFA 168LA 2O7AA 3HTBA 242LA 1L58A 1WTHA 4I7NA 1QUOA 3HDFA 243LA 4K5YA 3CDRA 3C8SA 1G0KA 137LA 1G0MA 3L64A 3RUNA 1L01A 4EPIA 1L56A 3SB9A 1B6IA 146LA 191LA 2B6YA 3GUIA 1L82A 1QUDA 1L12A 205LA 2LCBA 107LA 1QS5A 1T97A 1P56A 140LA 233LA 1C6TA 1QTCA 3EMLA 3F8VA 3C80A 108LA 184LA 1D2WA 3HT8A 114LA 159LA 1L64A 2IGCA 1D3NA 1QSQA 4E97A 1L52A 1QTHA 129LA 4DJHA 1L17A 2OU8A 249LA 1T6HA 1D2YA 1LGXA 1D3JA 4ARQA 1C6BA 3VW7A 1D3MA 4I7MA 1T8FA 123LA 1L20A 1T8GA 138LA 3C83A 3FI5A 1OWYA 3HTDA 4ARLA 1PQMA 2F47A 1T8AA 1L71A 4I7PA 4PJZA 1C62A 1L0JA 3D4SA 1C6GA 1L84A 1OWZA 3NYAA 1PQKA 1DYEA 1L99A 3LZMA 223LA 1LI2A 164LA 178LA 1OV7A 4EKQA 1CU0A 3C8RA 113LA 149LA 1PQIA 1L44A 3HU9A 4OO9A 1CX6A 144LA 1L05A 2B6TA 3GUMA 4I7KA 1C6KA 119LA 234LA 4W58A 1L24A 1C63A 3GULA 2OTZX 1K28A 1QTZA 128LA 235LA 1L21A 1L98A 196LA 165LA 1DYFA 4ARMA 1L63A 1CU3A 4I7QA 258LA 1L33A 3OE9A 3OE8A 4EKRA 1QSBA 3C7ZA 4PK0A 4YX7C 5LZMA 4S0WA 1L87A 1C67A 150LA 1C6CA 1C68A 142LA 1L39A 131LA 166LA 1G0PA 1CUQA 1D3FA 1QTBA 1L23A 4IAPA 3DN8A 1KNIA 127LA 112LA 213LA 3C8QA 1L95A 4EPFA 156LA 1XJUA 1L02A 2HUKA 1C69A 1L81A 1QT3A 1L51A 4W54A 238LA 1L60A 3HT7A 1G0LA 1L27A 246LA 219LA 3HUAA 1L83A 158LA 1L53A 1P2RA 1P37A 1LGWA 2A4TA 1L65A 4W59A 1CU2A 1L32A 175LA 1KY1A 1L89A 1L85A 1L70A 192LA 147LA 3V2WA 1LPYA 1L94A 262LA 4DAJA 1QS9A 1L03A 1LYGA 1LGUA 1SX2A 2RB0X 125LA 1L00A 1L79A 1SSWA 3HDEA 1LYIA 226LA 221LA 1G0QA 222LA 1OV5A 1LYJA 3C82A 1L22A 4I7SA 1TLAA 1L93A 4I7RA 160LA 1QT7A 225LA 1QUHA 2F2QA 2OU0X 1L50A 2CUUA 1L29A 2RB2X 210LA 1SWYA 2RBSA 7LZMA 110LA 1L72A 1L96A 1G0JA 3DKEX 2OE9X 3OE0A 102LA 1D9WA 1ZWNA 240LA 253LA 1LLHA 1G06A 3SN6R 2OE4X 1LI3A 1C6JA 2RH1A 111LA 2ANXA 2HUMA 3G3XA 2L78A 3DN3A 1L08A 3DN0A 2B74A 1G1WA 148LE 250LA 2RBOA 3DMVA 2ANVA 1L19A 216LA 3CDTA 186LA 1ZYTA 3DMXA 3HH3A 157LA 256LA 1P3NA 1L61A 4YXAC 1L07A 188LA 231LA 176LA 236LA 3G3WA 4LDEA 1L06A 4I7JA 212LA 215LA 155LA 3NY8A 1LI6A 4LZMA 1CUPA 1L26A 2O79A 1KS3A 195LA 230LA 1L40A 1KW5A 1JTNA 1L36A 3K2RA 4GBRB 4ARJA 3DN4A 1L62A 1L90A 1C65A 1L47A 2RAZX 3OE6A 1LYDA 1JTMA 241LA 3SB6A 3PDSA 2RBRA 2LC9A 3SBBC 190LA 4EKPA 1DYBA 3HT6A 3HTGA 3HU8A 118LA 1L28A 3HUKA 4W56A 1L68A 1OVHA 1OYUA 1C64A 3CDVA 1L09A 1G0GA 163LA 3DN1A 1L15A 2LZMA 2Q9EA 3GUJA 4EJ4A 3HH4A 161LA 2B6XA 3SBAA 197LA 3DNAA 162LA 4W53A 245LA 2HULA 2B6WA 211LA 2OTYX 1L57A 3ODUA 260LA 3CDOA 2Q9DA 1L16A 3C7WA 4AQNA 169LA 1L91A 4EKSA 1C6QA 1PQDA 185LA 255LA 2RBQA 170LA 4W51A 2B73A 3JR6A 1L74A 3G3VA 1G07A 1KY0A 1L37A 5I14A 1L92A 3HH5A 1L59A 4ARPA 2B72A 209LA 1LYEA 1L45A 1OVJA 3GUOA 172LA 1L43A 4YXCA 1QT4A 1QT6A 214LA 252LA 1L41A 2RAYX 2RB1X 122LA 1L97A 1L10A 1C60A 3FADA 1C6NA 1L46A 2B7XA 182LA 1L66A 199LA 2B6ZA 232LA 1L30A 3SB5A 1SWZA 237LA 1L77A 1QUGA 247LA 1CU5A 206LA 3SB8A 177LA 2OEAX 2QARC 1OVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LZTA 1L34A 2F32A 1P5CA 4NFVA 4BS7A 5L3IA 5KY1A 3CSQA 183LA 1B5ZA 1O23A 1EQEA 4DKLA 227LA 3A6BY 1IVMA 1SSYA 2BQHA 248LA 2QB0B 1LYFA 173LA 229LA 4N9RA 3RZEA 1L48A 3WVXA 3A3QA 1C10A 4H92A 1LYHA 3FA0A 1C6AA 1TDYA 1L55A 4DD9A 3ATNA 1CV3A 1XEPA 3DN6A 8LYZA 1LZCA 1INUA 2DQJY 3TXDA 4H91A 4N8ZA 2BLYA 5LYTA 2BQGA 4WM2A 4RW1A 3GUNA 1P2CC 1XJTA 3HWLA 1P36A 1AKIA 4DC4A 4NGJA 1L73A 4G4BA 1GF7A 4WLTA 139LA 3A8ZA 4WLXA 4XADA 1BB5A 2Y8PA 1LWKA 1QUSA 1C6EA 1GB2A 1F10A 5F81A 200LA 3AJNA 5KXZA 1P7SA 4LYBA 1B7LA 1UIAA 1D0KA 1JSFA 4L41A 1LJIA 4DDBA 1LHKA 1OUFA 1RE2A 1NHBA 2RBPA 2BQNA 3CB7A 115LA 1CV6A 3T6UA 2I25L 3GUKA 1C6MA 1LJHA 174LA 5KXXA 1B5VA 4ZPUA 2RBNA 4HSFA 3SB7A 3HUQA 1WTNA 1L31A 4NY5A 4Z98A 141LA 3D3DA 1AZFA 152LA 1XGTC 5KKIA 3P66A 2YBIA 1LZRA 1PQOA 181LA 261LA 1OP9B 1CV1A 1GFKA 3J6KA 1IO5A 1L58A 4I7NA 4K5YA 3C8SA 1BWHA 1G0MA 3L64A 7LYZA 1L01A 1TBYA 1DKKA 3SB9A 146LA 1NWGA 191LA 3N9EA 3GUIA 1QUDA 1T97A 5LAFA 1GFVA 1JJ3A 140LA 4E3UA 4NGZA 3HT8A 2IGCA 193LA 1LZNA 3AYQA 3HBEX 134LA 1C6BA 4J7VA 2F4GA 2EKSC 1GEZA 4TTDA 3C83A 2ZIJA 1CKFA 1UC0A 3RT5X 4ARLA 1QDTA 1AT5A 1T8AA 2MEHA 1L71A 1IP1A 1C62A 4LFXA 1L84A 3WH1A 1GBSA 3A6CY 223LA 2ZNWY 164LA 1GBWA 113LA 208LA 4H9CA 1L44A 4NSJA 3W3EA 4OO9A 3TXJA 2YVBA 1CX6A 1L05A 3RNXA 4LYCA 1XGUC 2B6TA 3FE0A 4W58A 4QDNA 1L24A 1MLCE 4NGVA 1IC4Y 4XJHA 128LA 235LA 5LVHA 3TXFA 1UCOA 1L98A 1DYFA 1YKZX 4I7QA 258LA 2BPUA 1B7OA 4PK0A 5LZMA 3P68A 1L87A 4WM5A 1C67A 3A92A 150LA 4DD0A 1C6CA 2PC2A 4LT1A 1SLYA 4NWEA 1G0PA 4QEQA 3CT0A 1WVUA 127LA 4LYMA 1WQMA 1L95A 4HPIA 2CGIA 1L51A 238LA 3HT7A 1L27A 1L83A 1P37A 1L53A 1BB3A 1GBOA 1BWIA 1YAOA 4W59A 1L32A 1L89A 3LYOA 3TMWA 4H8XA 1JPOA 1BQLY 1FKQA 1GDWA 1L03A 1BVKC 4YF2A 1CJ9A 3IJUA 1C46A 4KL7A 5I4YA 4P2EA 2LYMA 4I7SA 1TLAA 4HJYA 1IWYA 4I7RA 3A3RX 1QT7A 2F2QA 1L50A 1B7RA 210LA 2YBJA 1B7NA 1L96A 1G0JA 253LA 1G06A 1HC0A 1DXJA 3WPKA 1LMNA 5KKJA 3OJPA 1G7HC 3TXIA 1L08A 4ANRA 3WPLA 1JHLA 1XEKA 1OUDA 4CFPA 1LHHA 1QSWA 186LA 1UACY 1LOZA 157LA 2YBHA 1GFUA 1L61A 188LA 1DPXA 4G4HA 4DYGA 2DKVA 1B5YA 4I7JA 212LA 3NY8A 1JJ1A 4LZMA 2O79A 1KS3A 2B5ZA 1L36A 2AUBA 3DN4A 1C65A 1L47A 3OE6A 1JTMA 241LA 3SB6A 3CQLA 2BQCA 2RBRA 4Z46A 1DYBA 1FKVA 3HTGA 3HFMY 3WXTA 1L28A 1YAPA 1D9UA 1ZMYL 1GWDA 1C64A 5ILFA 1YKYX 163LA 1L15A 1IWVA 2LZMA 1UA6Y 3LN2A 161LA 1G7MC 4W53A 194LA 1L57A 5B06A 3J4GA 2ZYCA 5LA8A 2BQJA 1NDGC 1LMCA 2Q9DA 2DQFC 4NHPA 2H9JA 1B7SA 1C6QA 1PQDA 4OWCA 1B7QA 4AGAA 4W51A 2D6BA 2Z18A 5F16A 3WXUA 3G3VA 1UUZC 1L37A 4ETBA 1YROA 1EQ4A 1RFPA 1NBZC 1J1XY 4WO6A 2G4QA 4DQJA 1KIRC 2BQEA 3D9AC 4YXCA 1L41A 3ZVQB 2MEEA 122LA 1L97A 1BB7A 4G4CA 3ATOA 4GCCA 1SWZA 237LA 4H8ZA 1CU5A 4RLMA 1LTMA 2OEAX 5APCA 1FLUA 1QTEA 5IDDA 3TMXA 5ILCA 1L35A 2WARA 5II3A 220LA 9LYZA 5FSTA 1P6YA 1CU6A 2I6ZA 4II8A 1LWGA 4ZFPA 1QT5A 1IY3A 3GXKA 1CTWA 2B70A 1CV5A 198LA 1C6PA 1G1VA 3HT9A 5HMVA 3M3UA 1REZA 1C61A 130LA 1GE2A 257LA 3V2YA 1QQYA 3LYTA 1L14A 1JKBA 5HQ1A 4IJ4A 5KXPA 143LA 5IELA 1HEPA 4AXTA 1XFPL 5KXLA 3A96A 224LA 3AGIA 3CSZA 1XGQC 187LA 254LA 5I4XA 1P2LA 1JQUA 4GLVA 4NGWA 167LA 5F9XA 4NEBA 1LZ4A 2ZNXY 132LA 1YAMA 3TXHA 1OUHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LZT A;  1L34 A;  2F32 A;  1P5C A;  4NFV A;  4BS7 A;  5L3I A;  5KY1 A;  3CSQ A;  183L A;  1B5Z A;  1O23 A;  1EQE A;  4DKL A;  227L A;  3A6B Y;  1IVM A;  1SSY A;  2BQH A;  248L A;  2QB0 B;  1LYF A;  173L A;  229L A;  4N9R A;  3RZE A;  1L48 A;  3WVX A;  3A3Q A;  1C10 A;  4H92 A;  1LYH A;  3FA0 A;  1C6A A;  1TDY A;  1L55 A;  4DD9 A;  3ATN A;  1CV3 A;  1XEP A;  3DN6 A;  8LYZ A;  1LZC A;  1INU A;  2DQJ Y;  3TXD A;  4H91 A;  4N8Z A;  2BLY A;  5LYT A;  2BQG A;  4WM2 A;  4RW1 A;  3GUN A;  1P2C C;  1XJT A;  3HWL A;  1P36 A;  1AKI A;  4DC4 A;  4NGJ A;  1L73 A;  4G4B A;  1GF7 A;  4WLT A;  139L A;  3A8Z A;  4WLX A;  4XAD A;  1BB5 A;  2Y8P A;  1LWK A;  1QUS A;  1C6E A;  1GB2 A;  1F10 A;  5F81 A;  200L A;  3AJN A;  5KXZ A;  1P7S A;  4LYB A;  1B7L A;  1UIA A;  1D0K A;  1JSF A;  4L41 A;  1LJI A;  4DDB A;  1LHK A;  1OUF A;  1RE2 A;  1NHB A;  2RBP A;  2BQN A;  3CB7 A;  115L A;  1CV6 A;  3T6U A;  2I25 L;  3GUK A;  1C6M A;  1LJH A;  174L A;  5KXX A;  1B5V A;  4ZPU A;  2RBN A;  4HSF A;  3SB7 A;  3HUQ A;  1WTN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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