3FADA

Evaulaution at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature sensitive t4 lysozyme mutant arg96-->his
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRHCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Evaluation at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature-sensitive T4 lysozyme mutant Arg 96 --> His.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fadA00
244LA 1C6TA 3C80A 3DMZA 4EJ4A 1CV5A 1K28A 2LZMA 1OWZA 1L48A 103LA 148LE 2B6YA 1C64A 1D3NA 3GUOA 1ZYTA 1T97A 1CU5A 3DN4A 1L34A 1CU0A 205LA 4GBRB 1CX7A 1P2RA 3CDQA 1L22A 2Z6BA 4I7LA 1CTWA 1L19A 155LA 1L00A 1L50A 1L71A 1L81A 1L98A 1CVKA 1ZWNA 3DN2A 3HH4A 1L45A 1L60A 1PQDA 1C6JA 1L66A 1L39A 3F9LA 183LA 1L21A 1L80A 1DYEA 3GUNA 1LI2A 246LA 1QUGA 156LA 1L12A 214LA 2A4TA 1SX7A 1P37A 173LA 1G0QA 1L06A 107LA 177LA 253LA 1OV7A 1QTHA 3FA0A 1QUDA 1L24A 1L97A 1L58A 223LA 1L04A 1QUOA 4W52A 1I6SA 2OU0X 234LA 4I7RA 144LA 1L59A 2LC9A 3DN6A 3GUJA 4DAJA 1QTZA 3DMVA 3C82A 1CU2A 137LA 4ARPA 1L47A 3HT6A 2Q9DA 1L09A 2NTHA 3EMLA 127LA 4W59A 1CV4A 251LA 1C6IA 1OWYA 1L52A 142LA 226LA 1JQUA 1C6DA 3DN0A 1SX2A 241LA 2B73A 3HTGA 139LA 2OTYX 3F8VA 1XJTA 1QS5A 198LA 1C68A 3D4SA 158LA 131LA 3G3XA 172LA 1XEPA 188LA 1L37A 1ZURA 3C8SA 1L86A 1C6NA 1C67A 206LA 1L74A 1P5CA 260LA 104LA 4K5YA 4LZMA 3RZEA 4I7NA 3SBAA 3NY9A 5LZMA 1L65A 4ARLA 3C83A 3DMXA 1G1VA 1DYDA 1L38A 112LA 176LA 1L08A 4ARMA 3DKEX 238LA 1KY1A 195LA 4EPIA 3L64A 1B6IA 4GRVA 1L96A 160LA 1QTDA 1L14A 1LYEA 1G0KA 2L78A 3HUKA 3PBLA 1G0PA 1OVHA 1NHBA 3OE8A 3ODUA 120LA 221LA 3HWLA 4EKPA 1DYBA 1QT6A 1D3MA 187LA 3SB8A 1L17A 168LA 1L92A 3LZMA 4I7KA 1PQJA 1L49A 3HTBA 1L82A 1L99A 4AQNA 3C81A 2OE9X 1CUPA 2RBNA 185LA 3HDFA 2B6TA 4EKRA 4W56A 169LA 1LWKA 3C7YA 3K2RA 1LYJA 228LA 164LA 209LA 1CU6A 114LA 1L29A 3HUAA 3C8RA 1C63A 2OE4X 2B75A 1OVKA 1LYIA 250LA 146LA 255LA 199LA 1C6MA 1C6EA 118LA 1L01A 1KW7A 3GUIA 1L68A 4LDEA 2F2QA 1G1WA 1L44A 227LA 3SBBC 4EXMA 2QB0B 1G0JA 1KW5A 249LA 1L23A 1L85A 220LA 2QARC 1QTBA 191LA 1L27A 1LYGA 2B6ZA 232LA 1CV1A 1L15A 247LA 1QT8A 2B74A 2ANXA 4ARQB 1L20A 4PJZA 1LPYA 1P3NA 1L94A 1C65A 151LA 3HU9A 6LZMA 1T8GA 1DYAA 215LA 1T8FA 219LA 1G0MA 3GULA 222LA 210LA 2IGCA 218LA 237LA 4I7OA 1P7SA 1DYFA 3C7WA 2B7XA 4IAPA 1LGWA 196LA 1L64A 129LA 167LA 128LA 1L28A 1L35A 224LA 3DN3A 3JR6A 3HTFA 1L62A 4EKQA 1QT4A 2HUKA 1L0JA 3C8QA 3CDTA 197LA 1L46A 1L26A 4W54A 3DNAA 4ARJA 3VW7A 1L11A 2RBRA 1CX6A 3HT8A 239LA 175LA 2RB0X 229LA 147LA 1C6CA 3HH5A 1T8AA 211LA 102LA 1L16A 2O7AA 3SB6A 217LA 149LA 1C6BA 1L25A 1CV6A 3NY8A 1LW9A 181LA 1LWGA 262LA 4I7MA 4DJHA 2LCBA 1L84A 1DYCA 245LA 3GUKA 125LA 3HH6A 1XJUA 2OU8A 254LA 7LZMA 3DN8A 2RBPA 1L55A 2HULA 4I7QA 1LI3A 141LA 111LA 143LA 166LA 1P56A 190LA 1L05A 119LA 1EPYA 4E97A 1L43A 2HUMA 4W53A 162LA 165LA 1L83A 161LA 1L18A 1L42A 1L88A 130LA 2OU9A 1L40A 2RB2X 1L77A 1L53A 3OE6A 1C6PA 1CV0A 1C60A 1PQMA 252LA 1L87A 242LA 1QT5A 1L63A 110LA 1JTNA 1L61A 1D3JA 1G0LA 3OE0A 3G3WA 1QT3A 1LGUA 115LA 3GUMA 2F47A 216LA 3HH3A 2B6XA 178LA 235LA 1C6HA 1D3FA 236LA 1L51A 4ZPUA 248LA 3SN6R 1L79A 3HTDA 4LDLA 3GUPA 1L72A 1L57A 243LA 2RBOA 1G0GA 1L56A 3SB7A 5I14A 1L54A 4LDOA 1L13A 240LA 1L30A 2RAZX 1C6KA 2RB1X 1PQKA 1SWYA 1D2WA 4PK0A 152LA 1G06A 2OE7X 1SSYA 3DN1A 200LA 1L70A 2B72A 3FI5A 1L36A 1LYHA 258LA 1C6QA 1L07A 1L67A 1P36A 159LA 1L0KA 171LA 2O79A 192LA 189LA 1P2LA 170LA 1PQOA 230LA 3L2XA 1SWZA 1TLAA 1P64A 1PQIA 3HDEA 1KY0A 2OTZX 2RAYX 3RUNA 1QUHA 1L10A 2CUUA 122LA 1LGXA 1L95A 3NYAA 2F32A 1LLHA 3V2WA 1L75A 1DYGA 182LA 2ANVA 2OEAX 108LA 1P46A 1L33A 1CV3A 186LA 1D2YA 256LA 1L90A 4ARMB 4YXCA 4W57A 1OVJA 3SB5A 4EKSA 174LA 1L93A 3CDVA 4W58A 1L76A 4YXAC 3HT9A 4S0WA 213LA 1D9WA 1C6AA 1WTHA 231LA 2O4WA 4ARQA 163LA 3SB9A 1L32A 259LA 4EPFA 123LA 1CUQA 4DKLA 138LA 1C6GA 1C66A 1C6FA 261LA 3QAKA 201LA 4I7TA 1QTCA 1JTMA 1KNIA 157LA 3V2YA 233LA 1QSQA 1KS3A 1T6HA 2B70A 109LA 3C7ZA 3HUQA 1QT7A 2Q9EA 2RBSA 4I7PA 4OO9A 150LA 1C62A 113LA 180LA 225LA 4W51A 1L69A 2B6WA 1G07A 126LA 1LYFA 1L02A 2RH1A 3CDRA 145LA 1C69A 1OYUA 1LYDA 4W55A 1CU3A 3HT7A 140LA 1L03A 212LA 3CDOA 1C6LA 3PDSA 1L89A 3OE9A 1L31A 1L91A 1SSWA 1P6YA 1QSBA 4I7SA 2RBQA 3UONA 1L73A 4YX7C 1QTVA 1QS9A 184LA 1OV5A 3HU8A 1L41A 1LI6A 2NTGA 3FADA 1C61A 4I7JA 3G3VA 257LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
244LA 2ZIKA 3C80A 3BKHA 3LYTA 1LJKA 1LYSA 3GUOA 1B5XA 4HP0A 4MCKA 4LYBA 4NGLA 4GBRB 1P2RA 1L22A 1LZ6A 4H9FA 4HJVA 2F4AA 1L81A 2XJWA 3HH4A 1L45A 1PQDA 3F9LA 183LA 5A3ZA 4N5RA 1CJ6A 1LI2A 2EPEA 1LJ3A 1L12A 4L41A 2A4TA 3M3UA 5KXZA 2G4QA 1RE2A 1SX7A 1P37A 2D4JA 4W94A 2MEEA 4LYMA 173LA 1JSFA 5B1FA 107LA 4YEMA 4WMGA 1QTHA 3FA0A 4TSCA 2ZWBA 3RT5X 1DZBX 4LYOA 1FDLY 4PHIA 4H8YA 234LA 4YF2A 3GUJA 4DAJA 4NSJA 1V7TA 3C82A 5LYZA 137LA 1CJ8A 1YANA 3EMLA 3CB7A 5B07A 1CV4A 1IP2A 5L9JA 1AKIA 2EKSC 3QE8A 2HEFA 2OTYX 3F8VA 4WL6A 3F6ZA 1B5WA 3W6BA 1D6QA 1LMCA 1UA6Y 3T36A 5DL9A 1XEPA 188LA 1GE4A 1ZURA 1L86A 1C6NA 1AT6A 4LZMA 1EQ5A 3AGIA 3NY9A 1L65A 3C83A 1IIZA 1LZDA 4ZEEA 1JKCA 4ARMA 3DKEX 195LA 1C45A 4HSFA 1FLYA 3WW5A 5LVHA 1LHJA 1B7QA 4GRVA 3WUMA 160LA 1G0KA 1B9OA 1VDPA 2HEBA 2L78A 3HUKA 4YM8A 3W3EA 3ODUA 120LA 1I1ZA 3HFMY 1XGPC 187LA 4AQNA 1MELL 2OE9X 3A3QA 5E4PA 1JEFA 2RBNA 3HDFA 2BQDA 4X3BA 2Q0MX 4WO6A 3TXDA 1LYJA 2EIZC 4LFXA 4KT3A 2LYMA 3D9AC 1WQOA 4H9HA 3HUAA 1FKQA 1GE3A 1T6VL 1LYIA 1RCMA 1GFHA 250LA 146LA 1NQIA 4J1BA 1HHLA 199LA 1C6EA 1DI4A 193LA 1V7SA 5D5CA 4I0CA 2MEBA 1G1WA 227LA 4EXMA 5JENB 4GCFA 4NHTA 249LA 1L23A 191LA 1LYGA 1HMKA 3N9AA 1RJCB 1LHKA 232LA 1IWWA 1L15A 2ANXA 2D4KA 4PJZA 4D9ZA 1XGQC 1IWYA 6LZMA 5LVIA 1HFYA 1N4FA 2ZYCA 2VB1A 222LA 1JJ3A 2IGCA 1KIPC 4I7OA 2EQLA 3T6UA 1C08C 1OUJA 1LZAA 3AGGG 1SQ2L 4NSIA 129LA 2D4IA 3DN3A 5FSTA 2BLYA 3TMWA 1GEZA 2FBBA 2H9JA 3A93A 2MECA 3C8QA 4B49A 197LA 1GAYA 3DNAA 4ARJA 2Z2EA 1CKCA 4BADA 2RBRA 4ET8A 4DC4A 2LYOA 4NGKA 3HH5A 102LA 3SB6A 1JKBA 1GF0A 5K7OA 1LZCA 1GFUA 1GF5A 1C6BA 3BKVA 1L25A 4KXIA 1LWGA 1TDYA 262LA 1L84A 245LA 3WPLA 5C6LA 1RFPA 4NG8A 141LA 111LA 119LA 1F10A 1ZVHL 1TEWA 4W53A 1TAYA 165LA 2XTHA 4TX7A 4KL7A 1L42A 2MEAA 4RLMA 3WUNA 5KXKA 1L40A 1L77A 3OE6A 1DKKA 1GBSA 1Z55A 2Z39A 3AW6A 110LA 1JTNA 3ULRA 1B5VA 1B5UA 4NWEA 1LJFA 1QQYA 2F47A 3P66A 3HH3A 2HUBA 4DD9A 1J1PY 3EMSA 5KXPA 248LA 1IY3A 3SN6R 3N9CA 1BWIA 5LA5A 5HMJA 5ILCA 1IR8A 243LA 1GB5A 1L56A 1GFAA 2LHMA 3SB7A 240LA 3QY4A 4OWHA 4YENA 2MEFA 2LZ2A 4NEBA 2RB1X 1PQKA 4PK0A 4NHQA 2OE7X 1XEIA 3FI5A 1GB3A 4WLYA 4XJDA 171LA 4HJYA 1PQOA 4QY9A 132LA 2BQKA 1LSFA 1L10A 1LZ9A 1OUCA 1GBXA 1GDWA 4NSHA 4H93A 3V2WA 3TMVA 1DYGA 2OEAX 1OUBA 4NIJA 2YBNA 4B4EA 1CV3A 4ETDA 1G7IC 1XGRC 1B7RA 5IDDA 4ARMB 1QSAA 154LA 3SB5A 1VEDA 5C6JA 174LA 1L93A 2Z37A 4ETBA 4W58A 3A92A 3RW8A 1IOTA 4DWXA 1LSYA 3HT9A 1YKXX 1JTTL 231LA 2O4WA 4ARQA 163LA 4EPFA 1BWJA 2H5ZA 1C6FA 4WO9A 2XBRA 2Z38A 4O34A 1JUGA 3FI7A 157LA 5APEA 1KS3A 2B70A 3C7ZA 4I7PA 4OO9A 150LA 1L69A 1L02A 3LYOA 2RH1A 4GLAA 145LA 1OYUA 4G4HA 5I4YA 212LA 1CJ7A 5F81A 3FE0A 5LIOA 1L31A 1P6YA 1TBYA 4RLNA 4YX7C 1LHMA 1WQQA 184LA 1OV5A 1C61A 3G3VA 3HT6A 1C6TA 1H87A 1CV5A 3AW7A 5F9XA 1L48A 1HEMA 148LE 3WXUA 1ZYTA 1CU5A 1L34A 1UIBA 1CU0A 205LA 1GFVA 2RSCA 1L50A 1L71A 4QDNA 5KXOA 3J6KA 133LA 2F2NA 1L66A 4WOAA 1REXA 1DYEA 3GUNA 2FYDA 4YEOA 1GBWA 5HQ1A 246LA 156LA 2D91A 1PS5A 5APCA 3E3DA 1UUZC 253LA 4Z46A 4DT3A 1LSBA 1L24A 2BLXA 1ZVYB 1NHEA 1QUOA 1I6SA 4N8ZA 1FLQA 1REYA 4I7RA 1IWUA 1L59A 2LC9A 3DN6A 4ARPA 4YOPA 1QUTA 3TMUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 244L A;  2ZIK A;  3C80 A;  3BKH A;  3LYT A;  1LJK A;  1LYS A;  3GUO A;  1B5X A;  4HP0 A;  4MCK A;  4LYB A;  4NGL A;  4GBR B;  1P2R A;  1L22 A;  1LZ6 A;  4H9F A;  4HJV A;  2F4A A;  1L81 A;  2XJW A;  3HH4 A;  1L45 A;  1PQD A;  3F9L A;  183L A;  5A3Z A;  4N5R A;  1CJ6 A;  1LI2 A;  2EPE A;  1LJ3 A;  1L12 A;  4L41 A;  2A4T A;  3M3U A;  5KXZ A;  2G4Q A;  1RE2 A;  1SX7 A;  1P37 A;  2D4J A;  4W94 A;  2MEE A;  4LYM A;  173L A;  1JSF A;  5B1F A;  107L A;  4YEM A;  4WMG A;  1QTH A;  3FA0 A;  4TSC A;  2ZWB A;  3RT5 X;  1DZB X;  4LYO A;  1FDL Y;  4PHI A;  4H8Y A;  234L A;  4YF2 A;  3GUJ A;  4DAJ A;  4NSJ A;  1V7T A;  3C82 A;  5LYZ A;  137L A;  1CJ8 A;  1YAN A;  3EML A;  3CB7 A;  5B07 A;  1CV4 A;  1IP2 A;  5L9J A;  1AKI A;  2EKS C;  3QE8 A;  2HEF A;  2OTY X;  3F8V A;  4WL6 A;  3F6Z A;  1B5W A;  3W6B A;  1D6Q A;  1LMC A;  1UA6 Y;  3T36 A;  5DL9 A;  1XEP A;  188L A;  1GE4 A;  1ZUR A;  1L86 A;  1C6N A;  1AT6 A;  4LZM A;  1EQ5 A;  3AGI A;  3NY9 A;  1L65 A;  3C83 A;  1IIZ A;  1LZD A;  4ZEE A;  1JKC A;  4ARM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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