3FE0A

X-ray crystal structure of wild type human lysozyme in d2o
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Site-specific softening of peptide bonds by localized deuterium observed by neutron crystallography of human lysozyme hydrogen
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fe0A00
2FYCA 1D0LA 1LZYA 1B0DA 2F4GA 4IATA 4PJ2C 3TXHA 1H87A 4PRUA 1NQIA 1IY3A 4WO9A 5AMYA 2Z2EA 1GFHA 5LIOA 4KPMA 5KXZA 4CFPA 3D9AC 1GFEA 1LSAA 1D0MA 1LZ6A 3GXRA 4X3BA 4NHQA 9LYZA 1JHLA 4XJBA 3MGWA 2DQFC 1HNLA 3CT5A 4B0DA 1HMLA 2BQMA 1IP2A 2CWIA 2D4JA 2H5ZA 5IHGA 1B7MA 3A34A 3WL2A 2XTHA 4BAFA 4H9FA 1UIBA 5C6LA 3RNXA 5KXXA 1JSFA 5L3IA 4H94A 3P65A 2MEGA 1IR7A 1LKRA 4XJIA 1LSNA 1HMKA 4GN5C 5HNCA 1RE2A 4Z3MA 1HFXA 4GN3A 3ATOA 3AGHA 3A3RX 4HPIA 4CFOA 154LA 1XSFA 4C5FA 1G7JC 1LJ3A 4NIJA 1IWTA 3TMWA 1GB0A 2BAAA 1LHJA 1LMNA 1AZFA 5F9UA 3HBEX 4N0JA 3W6CA 4TSBA 1IWYA 3D3DA 2BPUA 1LSZA 4ETDA 1ZVHL 1QTKA 5LA5A 1H6MA 4H8YA 4H91A 1CKFA 1LJJA 1F6SA 1GB5A 4GCDA 1B9OA 3P4ZA 1LZRA 3TXEA 1IP5A 1LZ1A 1YAOA 1HSWA 1Z55A 1IOCA 1B7RA 3IJVA 4LT3A 1OP9B 1AKIA 2FBDA 4G9SA 2MEBA 1GF6A 4H92A 1GD6A 3QNGA 1AM7A 1A4VA 1GPQC 1UUZC 2EKSC 2ZYPA 1JTPL 3W6DA 1GBYA 4II8A 1YANA 3WU7A 1OUDA 1GAZA 2YBHA 1IOSA 1WVUA 1EQEA 2LYMA 5KXKA 2Z2FA 1DKJA 3LYZA 3WXUA 1LZ9A 3CT1A 4LYOA 4HJZA 4LT2A 4M6DA 1FLUA 4EOFA 4XADA 1GF5A 1GF9A 1LSBA 5LAFA 1J1XY 3AW6A 3P64A 4RW2A 1G7LC 1GE2A 1REXA 1LPIA 3LYTA 1DZBX 1YL0X 1JTOL 1V7SA 3W6FA 1DPXA 4G4CA 4QDNA 5KXNA 1D6PA 1UIDA 6LYTA 3EBAB 4HPEA 5KXMA 4NGWA 1QDRA 1HENA 1LHKA 3G3AB 4NFVA 4DC4A 2YDGA 1T6VL 4H9EA 1C10A 1LZBA 5KXPA 3CSZA 4NEBA 1GAYA 1UBZA 1KIRC 2YVBA 5E9RA 5I54A 193LA 1LMOA 2YSSC 1FLYA 3WVYA 5KXSA 1VEDA 1YKYX 1ZV5L 4DDBA 3WVXA 4MCKA 1LTMA 1RI8B 1YAPA 1XEKA 4PRQA 4LFXA 3LHMA 4HV1A 2Z39A 4PGJB 3TXFA 1IX0A 4B4JA 1T3PA 3TXKA 1ALCA 1JJ1A 1LZTA 2G4QA 2YBJA 3A6BY 3F6ZA 3CSQA 4OWEA 5HMJA 3RT5X 4KXIA 4OWHA 4NG1A 4NGLA 4WOAA 2C8PA 4GLAA 1GF7A 3WU9A 1GFRA 2DQDY 1OUCA 1LYYA 2CGIA 4WM2A 4DDCA 1CJ8A 4HP0A 3SP3A 3TXDA 4H93A 1NBZC 2YBMA 5C6IA 1NDGC 1W6ZA 5I53A 4LZTA 2H9JA 1RJCB 1IWXA 1DI3A 1NDMC 1VAUA 1WQQA 1ZVYB 4WLXA 1BB3A 5EBHA 5FELA 1BWHA 1QTEA 3CT0A 5F81A 4D9ZA 2W1XA 4LYMA 1FKVA 4LFPA 1HERA 4QGZA 1GFVA 4J0LA 1IWWA 1B7QA 4NGKA 1JKAA 1LSPA 1LJHA 1LSYA 2I26L 2MEDA 1A2YC 1GXXA 1N4FA 2W1MA 3OK0A 1JITA 4OOTA 4OWCA 1I20A 1LSDA 3W6AA 1GF8A 1OUEA 1UIEA 3AW7A 4NSJA 1OQMA 1BB7A 1GDWA 1LMQA 3A93A 5T3FA 4C3WA 1BWJA 4HV2A 2C8OA 2I25L 3WYHA 3TMUA 4RLMA 3B0KA 4LGKA 1CJ9A 1J1OY 1VDPA 1C43A 4RDSA 3ZEKA 1HEMA 3K3TA 3KAMA 2LYZA 1IVMA 2HTXA 2YBIA 1JJ0A 3TXJA 4B49A 4GLVA 3TMVA 1UC0A 1HFZA 1IC7Y 1LAAA 1SQ2L 1YIKA 2N5ZA 2Z38A 3N9EA 3W6BA 4KT3A 5HQ1A 3HBDA 5KXYA 4N9RA 2DQAA 4XENA 1YILA 3AZ4A 3RU5A 1W08A 3WH1A 1IC4Y 4WM4A 2Z19A 4YENA 3AGGG 2YBLA 1DI4A 4HTKA 2WARA 3AGIA 4NSHA 4TX7A 1C45A 2H9KA 4HTQA 2ZWBA 4OW1A 4NHPA 4H9HA 5B05A 3AZ5A 1KXXA 5HLLA 1QQYA 1NWGA 1F10A 3E3DA 5KKIA 4N1EI 3OJPA 5B1FA 2HUBA 1GE0A 1YKZX 3AJNA 2YBNA 1DKKA 1KXYA 1IP1A 1GE3A 2HEDA 3EMSA 3QY4A 2ZIKA 4DWXA 4NGZA 3WW5A 4WM3A 1LZGA 1O23A 2MEIA 1OUHA 2BQGA 4H9IA 132LA 1LKSA 4I8SA 5I5QA 4YF2A 4YM8A 1B5YA 4DT3A 5F14A 2DQGY 5DLAA 1BB6A 4L41A 134LA 1GB6A 5I4XA 1HHLA 4WLDA 1REZA 3W3EA 4BS7A 1VDTA 1YQVY 4HSFA 2BQHA 4N8ZA 4R6CA 1IR9A 3AB6A 1LZAA 2LZTA 3A91A 1J1PY 5I4YA 2DQJY 1FDLY 1VDSA 1REYA 5M1YA 2W1LA 1HEPA 4LYZA 1GF4A 4WM1A 1NKHA 2A7DA 4TSCA 5D5CA 2Q0MX 3N9AA 1GB2A 1B5UA 1TCYA 1LHIA 2CDSA 3ZVQA 1CKGA 4HJYA 4GCFA 4XJFA 2D91A 4CHXA 5ILFA 4XN6A 4OOOA 4DD9A 2BQJA 2XBRA 4P2EA 3A96A 2DKVA 207LA 3AYQA 1IP4A 2DQHY 5LYMA 4G4BA 1GFTA 1OUAA 1GHLA 1SLYA 1YAQA 2BQNA 2EIZC 1LMPA 2HU1A 1LCNA 4NHSA 1NBYC 1CNSA 1UIFA 4H8ZA 5LYTA 4TTDA 1LSEA 2MEHA 4OWBA 4UWNA 4NGJA 1IORA 1OUGA 1XGRC 2HECA 133LA 1GBXA 2VB1A 4PPOA 2MEAA 2AUBA 4PHIA 2LYOA 4DD2A 5LVGA 4E3UA 3B72A 1I56A 4YEOA 2EQLA 3N9CA 1UICA 2HEEA 4NGOA 4DD7A 3RZ4A 4ET9A 4H1PA 3IWRA 1LHMA 4W94A 3WW6A 4WO6A 1C46A 1WQMA 3TXBA 4HTNA 1KIQC 5JENB 5KXRA 4ETAA 1CKHA 2F30A 2BQEA 5L9JA 1HELA 1D0KA 2BQKA 1IC5Y 1UACY 4LYTA 1LZEA 2PC2A 4WL7A 4XJHA 4DYGA 1GFUA 2CJLA 3VWOA 1AT6A 1FN5A 194LA 1GBWA 5K7OA 4DD3A 1BVXA 7LYZA 5B06A 1BGIA 135LA 1GEVA 4ZIXA 2X0AA 5DM9A 1IOTA 1YAMA 1YL1X 2GV0A 4BADA 4NY5A 1LHLA 1OUJA 3LZ2A 4Z41A 5E4PA 1GFJA 1GDXA 1KXWA 4MSTA 1GF3A 1JKDA 1QSWA 1B7PA 4NGYA 1HEWA 4RW1A 1LYSA 3WUNA 4IJ4A 1GB3A 3HBHA 1GB8A 5IDDA 1GWDA 3FI7A 4N1CC 5L3HA 1B7NA 1MLCE 4WLYA 5KXOA 1IIZA 2XBSA 1D9UA 1IO5A 1BVKC 1IWZA 1NMMA 4H90A 1LJEA 1ZMYL 1CKCA 3T36A 1F0WA 2DBTA 1LHHA 2MECA 1FKQA 4M4OA 4FJRA 2BQIA 5KXWA 2HEAA 153LA 4DD0A 1XGPC 1LSGA 3TXIA 1V7TA 4XYYA 5LVIA 8LYZA 1LOZA 1GBOA 1GE1A 4CJ2A 3EXDA 3A3QA 4WM5A 1LZNA 1WTMA 2D6BA 2Z18A 1CJ6A 2FBBA 1B7SA 3P66A 4B1AA 4QEQA 4TUNA 5B1GA 1QUTA 1CJ7A 2HEBA 4W96A 3LYMA 4WM6A 4NWHA 1FLQA 1G7IC 5FSTA 1LZCA 1IP6A 1NF5A 4QY9A 3CB7A 1YROA 5KXLA 1GF0A 1XFPL 2G4NA 4ETEA 4NSIA 1C7PA 1KIPC 3AZ7A 2B5ZA 5KXTA 4WG7A 1HC0A 1RCMA 1UCOA 4LYBA 4G49A 4GCBA 4ZFPA 1WQOA 1GFAA 4NHTA 2LZ2A 1FLWA 3AZ6A 1LZDA 1G7MC 3A95A 1INUA 3GXKA 4LYCA 1EQ5A 2DQEY 1LJGA 5LVKA 4NWEA 1JKCA 5D5FA 5B59A 3WPKA 1JSEA 3W6EA 3M3UA 1B7OA 4NGVA 3WUMA 2RSCA 3M18B 6LYZA 1TBYA 2Y8PA 4WMGA 3LN2A 5B07A 2D4IA 1HEOA 1PS5A 4NGIA 1TDYA 1XEJA 4BAPA 1GFGA 4U3XB 5KKJA 3B0IA 4EMNA 3WUAA 1VATA 5APDA 2I6ZA 5IELA 2BQBA 1B5VA 5APCA 2BQOA 2BQLA 3ZVQB 5FDJA 1B5WA 5F9XA 1WQPA 2F2NA 4ZEEA 1D6QA 2ZILA 3HFMY 4TWSA 3BKHA 4LT1A 1LJNA 2ZNXY 2DQCY 4NHIA 1LZ5A 5A3ZA 3WMKA 4AGAA 2BQDA 2ZNWY 2ZYCA 1BB5A 4H9AA 5FEKA 1P2CC 1WQRA 1JUGA 3A6CY 1LZSA 1XEIA 4NG8A 4H9CA 1BWIA 4J1AA 2HU3A 1UIHA 3LYOA 3RW8A 5LVHA 1GBZA 1GBSA 1WTNA 1LYZA 4OWAA 2IHLA 1UA6Y 4MR1A 4B4IA 2HEFA 2BLXA 3CSRA 4HJVA 4ANRA 1MELL 1HFYA 5KY1A 1JPOA 1EL1A 3WPJA 4WL6A 5LINA 5LAGA 1GB9A 5DN5A 5A3EA 4ETCA 2IFFY 2MEFA 2XJWA 3B6LA 1E8LA 4XJDA 1GE4A 3IJUA 1TEWA 1BQLY 1OUIA 1B5ZA 2Z37A 4J7VA 5HNLA 3T6UA 1XGUC 3P68A 4FDYA 2MEEA 1QUSA 1HSXA 1DXJA 4GCCA 1XGTC 4H9BA 3A8ZA 2ZQ3A 1QIOA 1RFPA 3BKVA 1IP7A 1REMA 1G7HC 1JKBA 5DL9A 4GCEA 4R0FA 2FYDA 1UIGA 3LZTA 3WPLA 3WULA 4UWUA 1B7LA 1PZYA 1IWVA 1OUFA 2A7FA 5FHWA 5II3A 5DN4A 1FBIX 1UIAA 4UWVA 1EQ4A 1YKXX 1LMTA 1LYOA 1LJIA 4N5RA 4IASA 5LVJA 3ULRA 1OUBA 1B5XA 2EPEA 2G4PA 1F6RA 1NHEA 1LSMA 2BQCA 4GN4A 5C6JA 1QSAA 5LYZA 2Z12A 3TMXA 2BLYA 3CQLA 4H8XA 4DDAA 5LXWA 1LJ4A 1DPWA 1XGQC 5LA8A 1LZ4A 4YEMA 4A7DA 1GB7A 1B2KA 1IY4A 1IOQA 1VDQA 4YOPA 3TXGA 1C08C 2D4KA 208LA 1JWRA 4WLTA 4WG1A 3A90A 5FCPA 3A94A 5ILCA 1TAYA 1DQJC 1LMAA 4B4EA 1DI5A 2NWDX 1BB4A 2ZQ4A 3J6KA 5F16A 2LHMA 1WVVA 2W1YA 3EO5A 4ETBA 1JTTL 2BQFA 3QE8A 4ML7A 1GXV2 1IR8A 3FE0A 5APFA 3G3BB 5HMVA 5J7CA 5KJ9A 4J1BA 2BQAA 1IP3A 5APEA 1JIYA 1QDTA 3WU8A 1LJFA 3A92A 3A67Y 4O34A 4ET8A 4Z98A 4XJGA 1JISA 3ATNA 3J4GA 1LSFA 5I4WA 4LT0A 4KL7A 1VFBC 4NSGA 1IWUA 1GFKA 1LJKA 1WQNA 1HF4A 4Z46A 1JEFA 1BHZA 4AXTA 1AT5A 4RLNA 1HEQA 4I0CA 3WXTA 1IEEA 2ZIJA 4G4HA 1I1ZA 1CKDA 2DQIY 1LZ8A 4DD1A 4CGEA 1LSCA 1GEZA 3B0OA 1JJ3A 1LMCA 2F4AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NQIA 1IY3A 3SB7A 2Z2EA 1L23A 1L08A 5LIOA 4KPMA 3D9AC 166LA 1D0MA 3GXRA 4X3BA 4NHQA 9LYZA 4XJBA 3MGWA 1P37A 3GUOA 3SBAA 1OWYA 4ARMA 4H9FA 3RNXA 1IR7A 4XJIA 150LA 1I6SA 159LA 3AGHA 109LA 3C82A 3HU8A 4C5FA 1LJ3A 1D3FA 2BAAA 1LHJA 181LA 3D3DA 1PQJA 1QTKA 4H8YA 1QT8A 3TXEA 191LA 1YAOA 1Z55A 4LDOA 4G9SA 259LA 1C6TA 1L41A 1A4VA 1WVUA 1EQEA 2Z2FA 3WXUA 1L38A 1L0JA 4LYOA 1ZURA 173LA 1FLUA 257LA 1L11A 1GF9A 4EKQA 1LSBA 216LA 3AW6A 3P64A 3L2XA 1L50A 1YL0X 1L26A 3EBAB 4HPEA 1LHKA 1C10A 1LZBA 3CSZA 1GAYA 1UBZA 193LA 4EKPA 4I7KA 4W52A 4DJHA 222LA 3SB6A 233LA 4PRQA 3LHMA 4I7LA 1LZTA 2G4QA 1XJTA 2YBJA 4OWEA 4KXIA 4WOAA 4WM2A 4DDCA 1CJ8A 3SP3A 2OE9X 2YBMA 1L0KA 1CUPA 1W6ZA 4LZTA 1G0JA 1BB3A 5EBHA 234LA 1QTEA 3GUPA 2W1XA 3OE0A 1ZYTA 225LA 4QGZA 3V2WA 4J0LA 1IWWA 213LA 1JKAA 1LSYA 3W6AA 1L83A 1GDWA 5T3FA 2C8OA 4RLMA 3B0KA 4LGKA 1CJ9A 3ZEKA 1HEMA 2LYZA 1G0MA 2HTXA 142LA 1UC0A 1YIKA 3N9EA 3W6BA 4KT3A 5HQ1A 3RU5A 1P46A 110LA 2Z19A 2YBLA 4OW1A 1F10A 3AJNA 1QS5A 1YKZX 1IP1A 1GE3A 1L40A 2HEDA 1CU3A 4DWXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FYC A;  1D0L A;  1LZY A;  1B0D A;  2F4G A;  4IAT A;  4PJ2 C;  3TXH A;  1H87 A;  4PRU A;  1NQI A;  1IY3 A;  4WO9 A;  5AMY A;  2Z2E A;  1GFH A;  5LIO A;  4KPM A;  5KXZ A;  4CFP A;  3D9A C;  1GFE A;  1LSA A;  1D0M A;  1LZ6 A;  3GXR A;  4X3B A;  4NHQ A;  9LYZ A;  1JHL A;  4XJB A;  3MGW A;  2DQF C;  1HNL A;  3CT5 A;  4B0D A;  1HML A;  2BQM A;  1IP2 A;  2CWI A;  2D4J A;  2H5Z A;  5IHG A;  1B7M A;  3A34 A;  3WL2 A;  2XTH A;  4BAF A;  4H9F A;  1UIB A;  5C6L A;  3RNX A;  5KXX A;  1JSF A;  5L3I A;  4H94 A;  3P65 A;  2MEG A;  1IR7 A;  1LKR A;  4XJI A;  1LSN A;  1HMK A;  4GN5 C;  5HNC A;  1RE2 A;  4Z3M A;  1HFX A;  4GN3 A;  3ATO A;  3AGH A;  3A3R X;  4HPI A;  4CFO A;  154L A;  1XSF A;  4C5F A;  1G7J C;  1LJ3 A;  4NIJ A;  1IWT A;  3TMW A;  1GB0 A;  2BAA A;  1LHJ A;  1LMN A;  1AZF A;  5F9U A;  3HBE X;  4N0J A;  3W6C A;  4TSB A;  1IWY A;  3D3D A;  2BPU A;  1LSZ A;  4ETD A;  1ZVH L;  1QTK A;  5LA5 A;  1H6M A;  4H8Y A;  4H91 A;  1CKF A;  1LJJ A;  1F6S A;  1GB5 A;  4GCD A;  1B9O A;  3P4Z A;  1LZR A;  3TXE A; 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 2FYD A;  1UIG A;  3LZT A;  3WPL A;  3WUL A;  4UWU A;  1B7L A;  1PZY A;  1IWV A;  1OUF A;  2A7F A;  5FHW A;  5II3 A;  5DN4 A;  1FBI X;  1UIA A;  4UWV A;  1EQ4 A;  1YKX X;  1LMT A;  1LYO A;  1LJI A;  4N5R A;  4IAS A;  5LVJ A;  3ULR A;  1OUB A;  1B5X A;  2EPE A;  2G4P A;  1F6R A;  1NHE A;  1LSM A;  2BQC A;  4GN4 A;  5C6J A;  1QSA A;  5LYZ A;  2Z12 A;  3TMX A;  2BLY A;  3CQL A;  4H8X A;  4DDA A;  5LXW A;  1LJ4 A;  1DPW A;  1XGQ C;  5LA8 A;  1LZ4 A;  4YEM A;  4A7D A;  1GB7 A;  1B2K A;  1IY4 A;  1IOQ A;  1VDQ A;  4YOP A;  3TXG A;  1C08 C;  2D4K A;  208L A;  1JWR A;  4WLT A;  4WG1 A;  3A90 A;  5FCP A;  3A94 A;  5ILC A;  1TAY A;  1DQJ C;  1LMA A;  4B4E A;  1DI5 A;  2NWD X;  1BB4 A;  2ZQ4 A;  3J6K A;  5F16 A;  2LHM A;  1WVV A;  2W1Y A;  3EO5 A;  4ETB A;  1JTT L;  2BQF A;  3QE8 A;  4ML7 A;  1GXV 2;  1IR8 A;  3FE0 A;  5APF A;  3G3B B;  5HMV A;  5J7C A;  5KJ9 A;  4J1B A;  2BQA A;  1IP3 A;  5APE A;  1JIY A;  1QDT A;  3WU8 A;  1LJF A;  3A92 A;  3A67 Y;  4O34 A;  4ET8 A;  4Z98 A;  4XJG A;  1JIS A;  3ATN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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