The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
147
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structure length |
147
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Chain Sequence |
SNAMSMAYEEYMRQLVVPMRRELTGAGFEELTTAEEVENFMEKAEGTTLVVVNSVCGCAAGLARPAATQAVLQNDKTPDNTVTVFAGQDKEATAKMREYFTGAAPSSPSMALLKGKEVVHFIPRHEIEGHDMEEIMKNLTAAFDAHC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and function of Bacillus subtilis YphP, a prokaryotic disulfide isomerase with a CXC catalytic motif .
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
UPF0403 protein yphP
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Bacillus subtilis
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| total genus |
58
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| structure length |
147
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| sequence length |
147
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| chains with identical sequence |
D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06491 | Disulph_isomer | Disulphide isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4TVE A; 4K0G A; 1FW1 A; 4E8H A; 1Z7R A; 5G5F A; 2WB9 A; 2OJL A; 1T8E B; 3GTU B; 3H8Q A; 4MF5 A; 1EEJ A; 3EYT A; 3KD0 A; 4FIW A; 1GUL A; 3QDN A; 3G7J A; 1A8Y A; 4O32 A; 2P0G A; 3WYW A; 3EIN A; 5KN0 A; 4ZL9 A; 1RW1 A; 3F3Q A; 3M0F A; 1XWB A; 4V2N A; 2GZZ A; 4Q5F A; 2H74 A; 2CZ3 A; 2CVB A; 5HFG A; 1F9M A; 3UBL A; 4EO3 A; 4BWS A; 3LQ7 A; 1AQX A; 3LSZ A; 2HRN A; 5ECP B; 1T4Z A; 2K8S A; 2O7K A; 2VL2 C; 3WGD A; 2OBK A; 4MP4 A; 3F9U A; 2OBI A; 2VD1 A; 2I4A A; 4GST A; 3S9F A; 3IDV A; 3U5R E; 1GSQ A; 3MWH A; 3KH7 A; 3M1G A; 3UL3 A; 4BPY A; 1M9B A; 1X9W B; 4K6X A; 2PVO C; 3G7Y A; 2OE1 A; 4ZB8 A; 2L4C A; 3IA1 A; 5KN1 A; 1A23 A; 3VUR A; 3CYN A; 3P90 A; 5H5R A; 4DSS A; 2H1G A; 2DSA A; 1BQ7 A; 4HS1 A; 1E2Y A; 2YV7 A; 3IE3 A; 1GTI A; 2K8V A; 4EC0 A; 3A3T A; 5IPG A; 2PER A; 3I6A A; 4IVF A; 2X8G A; 2AAW A; 4IQ1 A; 1FVK A; 1BED A; 1YQ1 A; 3IK9 A; 4XRA A; 2GQK A; 3HY2 A; 2MMA A; 5C04 A; 2DC5 A; 3L4N A; 2GQM A; 4ZIL A; 5A5K A; 3UVH A; 2DIY A; 3ZFL A; 4IW9 A; 5ECL B; 2N5F A; 2VLT A; 2WFC A; 1X9M B; 2HXK A; 2YZH A; 2MYG A; 3L78 A; 2HSY A; 3MAK A; 2XPD A; 5IMA A; 2H0I A; 4F2I A; 5CNW A; 2VM1 A; 4I5Q A; 4NAX A; 2BTO T; 2CAI A; 3P8W A; 3BJ5 A; 4WKW A; 2DJK A; 4FYU A; 1W4V A; 4WET A; 5ECI B; 2YNX A; 5D9W A; 4NV2 A; 4WBJ A; 1G7O A; 2CT6 A; 5E4W A; 1X0R A; 2FUG 2; 5F8B A; 5CRE A; 1YEX A; 2GTU A; 1VF2 A; 3C8E A; 3QFA C; 1QXH A; 2G2Q A; 8GSS A; 3GKN A; 2EC4 A; 3DKS A; 3FKF A; 2V41 A; 4AJ6 A; 4V1A p; 3IAS 2; 5HR2 A; 3Q6O A; 4POM A; 4EE0 A; 2GLR A; 1SD9 A; 4PUA A; 1ERW A; 3TJG A; 2JZS A; 4HJ2 A; 1FG4 A; 1ERV A; 3GNJ A; 4ZL8 A; 4ZBD A; 1MDK A; 2IWT A; 4KSO A; 1GLP A; 1U87 A; 3RAZ A; 1AUC A; 5B6N A; 4GRF A; 1ZMA A; 4RQX A; 2H1A A; 3VWX A; 2MMN A; 5J41 A; 3HDC A; 2PN8 A; 2R3X A; 3D5J A; 5JWR B; 5AN1 A; 3CSI A; 1H4O A; 3G9B A; 3F6F A; 5CP1 A; 2AJQ B; 2NPB A; 1FHE A; 3ZFB A; 3M3M A; 5EY6 A; 1ML6 A; 2WDU A; 3H79 A; 6GSX A; 4TXO A; 2GGT A; 4HDE A; 2CV4 A; 2MMZ A; 2CVD A; 1WWJ A; 2XC2 A; 2TRC P; 2HRF A; 1ZGN A; 1JHB A; 5ENU A; 3CSJ A; 4EXJ A; 1M2B A; 3IAM 2; 4YH2 A; 5B7C A; 3D22 A; 1AAZ A; 4KSM A; 2FGX A; 3TKS C; 4OFN A; 2H1D A; 3IOS A; 1SKR B; 5H5S A; 2MZC A; 1Q98 A; 1OE8 A; 3QOU A; 1ON4 A; 4X43 A; 3ED3 A; 3KZQ A; 1PGT A; 4YQM A; 1FOV A; 5COH A; 2F9S A; 4Q5R A; 3PGT A; 4MH3 A; 1IYH A; 2FNO A; 2C3N A; 3RHB A; 1QK8 A; 6GSS A; 4YAV A; 3GKK A; 1NHO A; 3NZN A; 4G10 A; 1GSF A; 1WE0 A; 1U88 A; 2QKE A; 4EDZ A; 1G6W A; 1N2A A; 2KP2 A; 2CVK A; 1A0F A; 4AJ7 A; 3W8S A; 2YJH A; 3DD3 A; 2WCI A; 3LG6 A; 2P5R A; 1MDJ A; 3D21 A; 2FWF A; 1K3L A; 1XPV A; 2N5B A; 1AQW A; 1SK0 A; 3GKX A; 4ISD A; 5AIV A; 4TXO B; 4NHW A; 3BOA A; 3HVX A; 1XWA A; 4BA7 A; 2IJY A; 2GSS A; 1WMJ A; 1U3A A; 5B8B A; 1FAA A; 4XTS A; 2FWE A; 1KNG A; 2LS5 A; 2NBS A; 3BBY A; 4GQC A; 2B5Y A; 2PBJ A; 2D2Z A; 3A2W A; 5IMF A; 2DMM A; 3TJB A; 1K3O A; 2H1B A; 5GZZ B; 4TR1 A; 1F6M C; 3GSS A; 4MZC A; 2GVP A; 3MSZ A; 1OC9 B; 3TB2 A; 1PL1 A; 2KHP A; 2HT9 A; 2DJ1 A; 1GH2 A; 1XIY A; 3LXZ A; 2O89 A; 2DJ2 A; 1ZZY A; 4NXI A; 1BG5 A; 1LJR A; 4J2F A; 1FVJ A; 2VIM A; 2OAD A; 3CBU A; 1QMV A; 3GX0 A; 4GSN A; 3L9V A; 3DVW A; 3M9K A; 4AGS A; 4V2L A; 3L9U A; 1EWX A; 4G2E A; 2P5Q A; 1YZX A; 2HZE A; 4N10 A; 1OKT A; 1PL2 A; 3M9J A; 4KCA A; 4RUV A; 2ZNM A; 4KDU A; 3GH9 A; 1OC3 A; 1HQO A; 5A4U A; 1DSB A; 4GTU A; 2PGT A; 2H72 A; 2VCX A; 3WT2 A; 2FWH A; 3DRN A; 4L0W A; 4TR1 B; 5KEJ A; 2LTK A; 2BMX A; 3A2X A; 1EOG A; 2VOC A; 1ZL9 A; 2B3S A; 2L4Q A; 3V1W A; 5HFI A; 2YOI A; 1EGR A; 1NHY A; 2TIR A; 1WJK A; 3RPP A; 3ISO A; 3NIV A; 5J3R A; 3GFK A; 3EWL A; 4F03 A; 1R5A A; 3APO A; 3APS A; 1DE2 A; 2DBC A; 2ALB A; 1PMT A; 3BCI A; 2YWO A; 1UVZ A; 4TW5 A; 1PN9 A; 1J9B A; 4HUA A; 3M8N A; 1YF1 A; 3LOR A; 1EV4 A; 3TJK A; 3D6I A; 1WOU A; 5EVO A; 2VUP A; 4K7O A; 4PNG A; 1GTA A; 2IME A; 4QL9 A; 3EU4 A; 3ZIV A; 1AW9 A; 3PH9 A; 5IO0 A; 4GQF A; 2C3T A; 4ILF A; 1OYJ A; 1G6Y A; 3IK7 A; 2L57 A; 4K2D A; 2DLX A; 4MPF A; 5DVB A; 1WRY A; 2XBQ A; 1VF1 A; 3UJ1 A; 4JED A; 5DCG A; 4O5R A; 1U3I A; 2VM2 A; 2V6O A; 1ACV A; 5F06 A; 3ZML A; 1GSU A; 1Y25 A; 2C1Y A; 3CSH A; 2JL4 A; 5H5Q A; 1TJD A; 1G7E A; 3TOT A; 5ELA A; 4HZ2 A; 1GUK A; 2YWI A; 3ZRD A; 4E8E A; 1XWC A; 3KJY A; 2VCZ A; 1G0T A; 1H75 A; 3BCK A; 3D4T A; 4X1U A; 5DQY A; 3RBT A; 5AIS A; 4QL7 A; 4DSR A; 3FRC A; 2JAC A; 1PX6 A; 1B4Q A; 2CZ2 A; 3DEX A; 2PUK C; 5A4W A; 4CDO A; 3MDK A; 2FA8 A; 2FD3 A; 1J08 A; 5DAL A; 3TUE A; 4OO4 A; 1O7U A; 2OA7 A; 2DIZ A; 2GT6 A; 1O73 A; 2GS3 A; 3GV1 A; 2QGV A; 4JR4 A; 5ECQ B; 2DJ3 A; 2J9H A; 3KTL A; 1TK0 B; 3OR5 A; 4PXO A; 5EPF A; 3KP8 A; 3ZYW A; 2ON7 A; 4ZIJ A; 5J9C A; 4HJM A; 3FW2 A; 1OC8 A; 4NV5 A; 2K18 A; 2VAF A; 3EMP A; 4IJ3 A; 2IFQ B; 5HFK A; 3ZIJ A; 5DCH A; 4O7H A; 1USB A; 1GP1 A; 3DWV A; 1GSY A; 3UAP A; 1THX A; 2B5X A; 1M0U A; 1KBN A; 2NVL A; 3K8N A; 3AY8 A; 3FR9 A; 3R2Q A; 2KP1 A; 4EL1 A; 4F0C A; 1F3B A; 1ZYQ B; 5IOX A; 3CRU A; 3GN3 A; 2H71 A; 3BD2 A; 3VLN A; 3I9V 2; 5E59 A; 5ID2 A; 2R6K A; 2J23 A; 3GX8 A; 3TGZ A; 3LEF A; 3HVV A; 6GSU A; 2HYX A; 3GL5 A; 2B1L A; 2RM6 A; 4NPB A; 1FB6 A; 5F0G A; 3HCZ A; 3F4T A; 1PSQ A; 4N0V A; 1Z6M A; 6GSW A; 3EE2 A; 3RDW A; 1ZCP A; 2JAD A; 5CRH A; 4FYB A; 2VL3 A; 10GS A; 4Q5Q A; 3ERW A; 2K6V A; 4I8B A; 5FT3 A; 2L59 A; 1TK8 B; 4XS4 A; 3O6T A; 4JZQ A; 1TP9 A; 4F9Z A; 3F4S A; 5HR3 A; 2LJK A; 4WF5 A; 4BWQ A; 2GDR A; 2FLS A; 4XS1 A; 1B9X C; 4ML1 A; 3CRT A; 2KUC A; 4N30 A; 5J5N A; 2E0Q A; 3ZL5 A; 4PQ1 A; 1TRU A; 2REM A; 3CTG A; 4KCE A; 2P31 A; 4EF0 A; 2C80 A; 5ID2 B; 3QCP A; 4YQU A; 1JZD A; 1XZO A; 2YWN A; 2GQL A; 3F0I A; 2I9H A; 4DSS B; 5IMC A; 1THO A; 1T00 A; 2M46 A; 4POL A; 5HR0 A; 1B4P A; 2ZCT A; 5JCU A; 1DE1 A; 5CO3 A; 2H76 A; 5DJL A; 3FZ9 A; 5ECH B; 2FY6 A; 2VL9 A; 2ES7 A; 2GZP A; 4MA9 A; 4F82 A; 1CQG A; 4ECB A; 1WP0 A; 5G31 A; 5LCZ A; 3HZ8 A; 2C4J A; 3H93 A; 3H1N A; 4EVM A; 2X99 A; 4HEA 2; 4RI7 A; 5DQS A; 2CA8 A; 2X64 A; 1BYE A; 2XPE A; 2DJ0 A; 5FWG A; 1Z5Y E; 5LNK e; 4XS4 B; 1JZR A; 2ON5 A; 2YZU A; 3GMF A; 3HZ4 A; 4ECC A; 5CRW A; 3RHC A; 3CTF A; 4HZ4 A; 4LA1 A; 1E6B A; 1GUH A; 2HLS A; 1TRW A; 5IO2 A; 3FHK A; 5B8A A; 4MF6 A; 1DUG A; 1V9W A; 2A2R A; 4ULX A; 2F51 A; 5JCG A; 4MDC A; 5CRG A; 1MTC A; 13GS A; 4MCU A; 5JCW A; 3Q19 A; 4PUF C; 1QQ2 A; 2GSQ A; 2FA4 A; 2LJR A; 3FY7 A; 1GNE A; 1NW2 A; 4K8M A; 4GCI A; 2HI7 A; 1XBS A; 1R5P A; 1S3A A; 1SJZ A; 1SKS B; 2LRN A; 2XHF A; 4L0U A; 1PKZ A; 2GSR A; 1YEP A; 2H30 A; 1ZOF A; 1AXD A; 1TTZ A; 1GRX A; 1GUM A; 2VCV A; 1A0R P; 1S3C A; 2AB6 A; 5JWQ B; 1MD4 A; 5DDL A; 2HSH A; 2ZUP A; 2H0G A; 5AGY A; 3LYP A; 3QMX A; 3LFL A; 1C72 A; 1ILO A; 5C00 A; 3GUR A; 3GL3 A; 5D96 A; 4KDX A; 4EUY A; 1BJX A; 2H6Z A; 4MPG A; 4HQZ A; 1GSD A; 1SL2 B; 2PMT A; 2K9F A; 1A2L A; 4PX1 A; 2OE0 A; 2B1K A; 1Q4J A; 14GS A; 1MD3 A; 3I69 A; 4OFT A; 2VCT A; 1S3D A; 4I97 A; 2CAQ A; 1KEB A; 3ERG A; 2JZT A; 2L5L A; 4H86 A; 18GS A; 4XRD A; 3DML A; 4WR5 A; 2VCQ A; 3Q74 A; 4TRX A; 4ZL7 A; 2X8H A; 1TOF A; 4RI6 A; 4DSQ A; 1XOA A; 2FHE A; 2L6D A; 3QR6 A; 4D73 A; 2H75 A; 1XOB A; 3L0H A; 3O76 A; 2YN1 A; 3VPQ A; 5D73 A; 4KE3 A; 1MEK A; 1OKD A; 4MJA A; 4JU5 A; 1PA3 A; 4YAP A; 4LL1 B; 4TKY A; 4TN8 A; 4GF0 A; 4I2T A; 3ZRE A; 3UBK A; 1TRS A; 5B6M A; 3RPN A; 11GS A; 1Y6E A; 5INY A; 2IMF A; 1PQN A; 4ZBA A; 3IRA A; 2YPM A; 1K0O A; 4FYC A; 1XVQ A; 1X5E A; 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4KND A; 6GSV A; 4MK3 A; 1OVN A; 3TDG A; 3UOM A; 2IMK A; 2X8C A; 3C1S A; 22GS A; 2Z9S A; 2KLX A; 4OCE A; 5CAX A; 1TRV A; 2XBI A; 3KXO A; 4DEJ A; 2KOK A; 3O3T A; 3TOU A; 1HNC A; 1R7H A; 2C0F A; 4MJB A; 3U6V A; 2FWG A; 5G2Z A; 2PU9 C; 1B8X A; 1HNA A; 5DAK A; 4HU9 A; 3E0U A; 5IMZ A; 1YY7 A; 2IMD A; 4X0X A; 2WS2 A; 3C71 A; 3P2A A; 4MF7 A; 1VF3 A; 2O85 A; 1XFL A; 9GSS A; 2GZY A; 3FR3 A; 3UEM A; 1R4W A; 3TKS A; 2H73 A; 2R4V A; 5CYY A; 1A2M A; 4OFM A; 4KDY A; 2WUL A; 3J7Y b; 4POK A; 3EC3 A; 3QFB C; 4IJI A; 2LRT A; 4Z7X A; 1JZW A; 3KCM A; 1F3A A; 5D9T A; 2VD0 A; 1UN2 A; 2OE3 A; 1F2E A; 3HYP A; 1V2A A; 3GHA A; 3A5W A; 1M2A A; 2JU5 A; 5IPH A; 5ABR A; 1SYX A; 1EOH A; 5DAK B; 5DBQ A; 3IC4 A; 1SJ6 A; 1M99 A; 4KB3 A; 3MNG A; 1SYR A; 5IQY A; 5A4V A; 4KAE A; 1GL8 A; 3LXT A; 3WD6 A; 5D9V A; 3FR6 A; 2C0G A; 4MJE A; 2YV9 A; 5DAL B; 1EP8 A; 3F8U A; 3TJF A; 2YJ7 A; 2H19 A; 3FZA A; 2VO4 A; 1O6J A; 4K1F A; 1GSE A; 4XHM A; 4K7I A; 1SK2 A; 3ZMK A; 1TW9 A; 1DBY A; 4KUN A; 5G1L A; 2RUF A; 1GSS A; 1KTE A; 4AJ8 A; 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