3FHKA

Crystal structure of apc1446, b.subtilis yphp disulfide isomerase
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
b'SNAMSMAYEEYMRQLVVPMRRELTGAGFEELTTAEEVENFMEKAEGTTLVVVNSVCGCAAGLARPAATQAVLQNDKTPDNTVTVFAGQDKEATAKMREYFTGAAPSSPSMALLKGKEVVHFIPRHEIEGHDMEEIMKNLTAAFDAHC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and function of Bacillus subtilis YphP, a prokaryotic disulfide isomerase with a CXC catalytic motif .
pubmed doi rcsb
molecule keywords UPF0403 protein yphP
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 58
structure length 147
sequence length 147
chains with identical sequence D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06491 Disulph_isomer Disulphide isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3fhkA02
5L71A 3S9FA 3TRQA 2R37A 3F8UA 3GFKA 3CSIA 3EURA 3GKNA 3SBCA 1M9AA 4DSQA 4EC0A 3TJKA 4IHUA 2H8LA 2HYXA 20GSA 2VUPA 4PNFA 2FWEA 2C3QA 3LEFA 2HXKA 5HR1A 3F9UA 2DBCA 1A0RP 4KSOA 3BOAA 4IJIA 3LSZA 1BYEA 3DRNA 1SU9A 4TW5A 1DE1A 1OC9A 2H30A 18GSA 2OBIA 3CBUA 1O73A 2KLXA 5IOWA 5DAKB 2VLTA 1WIKA 1C72A 4MZBA 4NHWA 4N30A 5HR2A 1PKZA 2K18A 3IAM2 3ZLPA 5IO0A 4IVFA 1THOA 3RHCA 1GL8A 5CRHA 2XBIA 4KCEA 5IM9A 1TDIA 1K0AA 2RM5A 2LKUA 3APQA 1MD3A 4LMVA 4IELA 5HFGA 3O6TA 5B6NA 3D5JA 3VK9A 3GL3A 2WFCA 5HR0A 2LS5A 1ACVA 1AQVA 3IBHA 2MMNA 4IQ1A 5ELGA 2VL9A 2TRXA 1VGLA 1AQXA 4NXIA 4KAEA 3P7XA 1M2AA 5EY6A 2EC4A 4HJ2A 4HU9A 5IMAA 2A2SA 6GSVA 1SD9A 1GTAA 2CAQA 2LV3A 5CYYA 1YEXA 5DQSA 3CYNA 3LGCA 4G19A 2M46A 2XPDA 3TJJA 3VWXA 2JADA 4I2TA 1OYJA 4ZB9A 4D73B 4TR1B 4OCFA 3ZL5A 5GSSA 4K7NA 1U6TA 4WETA 3VPTA 2R2JA 1K0NA 3KXOA 2OE3A 4K2DA 3OR5A 4MZWA 3VPQA 3QMXA 2VCTA 2RIIA 3ZMLA 2F51A 1XIYA 4JZQA 1HNBA 3WYWA 4L5LA 1PRXA 4GLTA 2L59A 4PXOA 2NDOA 2NBSA 1SK1A 4AF2A 4WBRD 3CTGA 1J9BA 1GRXA 1HQOA 5CAXA 5JWOB 3W6GA 2VCZA 5DBQA 4IP6A 3KMNA 4KCAA 5F8BA 2GZZA 1SK0A 3FKFA 3EE2A 2B5YA 3DMLA 4OO4A 3ZMKA 1M2DA 2CVBA 1M0UA 1M2BA 6GSWA 4DSSA 2REMA 4BWQA 2VAFA 1K0DA 2LQOA 3TKSA 1WJKA 1U88A 4TXOB 2XBQA 6GSUA 1QXHA 2D2ZA 3PGTA 3IOSA 5ECLB 2XHFA 6GSSA 1YKAA 4O5RA 3FZAA 3UBLA 4GSNA 2L4CA 3G9BA 1K3OA 1WRYA 1PN9A 3F6DA 1R5PA 4YAPA 2GSTA 4LMWA 1BG5A 3TRXA 3MDKA 1THXA 2YZUA 4J2FA 5AIXA 4FO5A 3Q18A 1O7UA 4FYBA 1ML6A 2GDRA 2QSIA 3KM6A 4PQHA 1S3AA 1TU7A 3WD6A 2EIRA 2C0EA 1M7TA 1T00A 3DVWA 5LNKe 1XZOA 3C7MA 1OC9B 5KEJA 1XVQA 4TVEA 1PGTA 1GSYA 4WR4A 4KE3A 4J57E 3TKRA 3ZIVA 3HVSA 5F07A 3E0UA 4X1UA 4F0CA 3GN3A 4EVMA 4K0NA 1GSQA 3BBYA 1H75A 5ECOB 3GH9A 1YY7A 3M3MA 4IJ3A 2CT6A 2F8AA 2ZCTA 2GSQA 5CRWA 1A2LA 3EINA 1XXUA 4E8HA 3GA4A 5ELAA 4KX4A 3A3TA 4EO3A 4POLA 4F9ZA 4MDCA 4ZBAA 4XS4A 2VLUA 1O8WA 1UN2A 2JZSA 3L9UA 3O76A 3GKKA 1Y6EA 1R4WA 2OE0A 3C71A 1A2MA 2GT5A 1TK5B 3FEUA 1XWBA 1A8YA 1HYUA 1PA3A 1B9YC 2M72A 1EP8A 2GQKA 3D4MA 4NAXA 4IKHA 5G5FA 2WJUA 1J08A 2R6KA 3DKSA 2VM2A 2B3SA 4L8EA 2RUFA 1SJ6A 1YEPA 3APSA 3D21A 1ERTA 2F8FA 5F05A 2FD3A 4XCSA 5G1KA 3H93A 4MZCA 2JZTA 3UVTA 2H71A 3VI7A 2LUSA 2DLXA 5J3RA 1K0MA 2YZHA 2AAWA 2O85A 2K9FA 1GNEA 3ZYWA 2H72A 2I3YA 2X8CA 3GYKA 3VWVA 4V2LA 5ECSA 1SYXA 3HD5A 1XOBA 5DQYA 2CX3A 2O7KA 5D9WA 1RK4A 1V58A 4GCIA 4MPGA 2HRFA 1SKSB 3IHQA 19GSA 2MMAA 3HJPA 4TR4A 2YWOA 3GL5A 2PERA 3M1GA 2WULA 3QR6A 5H5QA 2LEGA 4MPFA 2CA8A 5C00A 3AY8A 1O81A 4V2NA 1B4QA 2H6YA 5CRGA 1R5AA 2E2GA 2L5OA 1EEMA 3DD3A 5G2ZA 4DSSB 1ZYQB 1JZWA 2GLRA 1GH2A 3NZNA 2PGTA 1PKWA 2P31A 1HD2A 4MLYA 2IJYA 3EMPA 2H0GA 4WKWA 3C73A 1Z9HA 5DCHA 3L0HA 4LLRA 3TRPA 4NV2A 3ZZXA 5INYA 2JL4A 3TGZA 4ZBBA 2IFQA 3RDWA 1PX6A 5FT3A 4ML1A 4ZB6A 3FR9A 2G0FA 3RPPA 3EMXA 2FY6A 1GP1A 3DXBA 1T4ZA 2OJLA 2GZYA 2GSRA 4OWYA 2FGXA 1BQ7A 3Q19A 1OAZA 2H1AA 3U6VA 3F63A 2PMTA 5J41A 2F3MA 17GSA 3GKMA 2B1LA 5A5KA 4EDZA 2V2GA 3UAPA 5CNWA 3FY7A 2HFDA 3TCOA 3L9VA 4HDEA 1A8LA 1F37A 1TW9A 2IN3A 5ECRB 4TOPA 2PVQA 1G7OA 4CDOA 2O8VB 1NM3A 1AC1A 3TOUA 5J5NA 4MJEA 1GLQA 2DC5A 3EC3A 2HRNA 5G31A 4TR3A 4F03A 2OADA 3KGKA 2VL2C 1X9MB 2CZ2A 3H1NA 2MMZA 1S3DA 2RLIA 2DMMA 4LL1B 4N11A 2AYTA 5A4VA 3KZQA 1KNGA 1XW9A 3IPZA 2HLSA 3TJBA 4TRXA 3BJ5A 4E8EA 1M9BA 3HVVA 2OE1A 3IK9A 1FG4A 3LQ7A 1UVZA 2QC7A 1OE8A 3IRAA 4XS4B 4TXVA 4I8BA 4POMA 4L0UA 2AV4A 4MMMA 1Z5YE 5JWQB 2B7JA 1GUKA 1EGOA 14GSA 2L4QA 1LJRA 5D9VA 2HI7A 1X5DA 2VIMA 2VCQA 2YV7A 4GTUA 2ES7A 3CTFA 1X5CA 2DJKA 2DJ0A 1EGRA 4ML6A 1MD4A 2BMXA 3ZRDA 2KUCA 2BTOT 16GSA 1TK8B 2B5XA 2YNXA 4GQCA 4PQ1A 4HEA2 3DVXA 1SENA 3GX8A 2J23A 4EKZA 2HZFA 2IWTA 2ON5A 4RQRA 3TJFA 2V32A 2H75A 5JWRB 3APOA 4ZBDA 2HSHA 3HA9A 2KOKA 22GSA 1F2EA 3RAZA 4MJCA 1VRSD 2KP2A 5ECMB 4XIHA 2R3XA 5E59A 2V1MA 3HZ8A 2IIYA 3LFLA 1JZRA 1Z7RA 3DYRA 2EIOA 2GS3A 4POBA 3M0FA 4EXJA 2X8GA 1R26A 2FUG2 1AUCA 2LNTA 5F0GA 1OKDA 2GSSA 2FWGA 1GWCA 4KH7A 4X0XA 5D9TA 2I1UA 2ALBA 2YANA 3FK8A 5ECHB 4AJ8A 1TK0B 2LSTA 3KP9A 3WGXA 4PUFC 4FIWA 1GTIA 4AGSA 4WBJA 4EUYA 3HVXA 1A23A 2WGRA 4IN0A 2VLVA 1YJ6A 2QGVA 4WR5A 4PX1A 4FH8A 3ZFLA 4GQFA 1U87A 5ABRA 2GQMA 3L78A 1W89A 4WXTA 1XW6A 2DIZA 2IFQB 1TTZA 5D96A 2WB9A 1ABAA 4KGIA 4ID0A 1ZL9A 1SL1B 2H6XA 1TOFA 1GULA 2AJQB 1GUMA 2B1KA 1H4OA 1JZDA 4BVYA 4K6XA 2WZ9A 2GVPA 2A4VA 5EPFA 2PBJA 1USBA 1U3IA 1B4PA 5H5SA 2LRCA 2AUVA 1B48A 5FWGA 4DEJA 1FB6A 1MDIA 4ECBA 4XHMA 1TRUA 3U5RE 1YDKA 2N5FA 3HJMA 2K8VA 5LD0A 4AJ7A 4OFNA 3Q6OA 1AIUA 2B7KA 1MDJA 2VCXA 2H0HA 3F4SA 4ECJA 4EE0A 3F4RA 2GT6A 3KJYA 3W8SA 3ME7A 3ZVJA 4YQVA 2H1DA 4OCEA 8GSSA 5HFIA 1FVKA 1G6WA 4MF5A 4ECCA 3VWWA 5COHA 3CSJA 3SWLA 2C0GA 1QK8A 1DBYA 3FZ9A 1PX7A 3EU3A 1EP7A 3UMAA 2K8SA 1MTCA 3QD9A 3EU4A 6GSTA 3WGDA 3RHBA 3LWAA 3HKRA 5DJLA 1ZOFA 2DSAA 4ZB8A 3JCML 2PN8A 5B6MA 3NIVA 1FOVA 1E2YA 3EVIA 4XRDA 3ZREA 1GSSA 1V57A 3M9KA 4HJMA 4Q5FA 4TN8A 2YWNA 2WCIA 1SKWB 1T4YA 3ED3A 1RQMA 2H1GA 1URMA 3ZVJD 1Z6NA 4POKA 1YZXA 4BPYA 4MJBA 3GTUA 3LYPA 1A24A 3HJOA 2E2MA 3KIJA 2OA7A 1WOUA 4ZL8A 2CAIA 2CV4A 3P90A 3VI5A 4NV5A 1TRVA 2C3NA 1B8XA 1PD21 1OKTA 2PPTA 5ECIB 1QQ2A 2YP6A 3V1WA 5G1LA 2VL2A 3GV1A 3PH9A 3ERWA 3D4TA 1ZYEA 3GRXA 4BWSA 4JR6A 5IQYA 2ZNMA 2X64A 4Z7XA 1SL2B 4NHZA 3WT1A 5D93A 1TP9A 3EWLA 1TU8A 1TI1A 13GSA 5AN1A 1KEBA 4GSSA 4GWRA 5J9BA 5J4UA 3TKSE 3IXRA 3FR3A 2MMOA 1NW2A 2GQLA 5IOXA 2C0DA 2LRNA 2YJHA 2CX4A 2VCWA 2RM6A 3ZFBA 2NPBA 3GH6A 2VD1A 5JCGA 2A2RA 3DWVA 1RW1A 4KUNA 1XCCA 1T3BA 2YN1A 4MABA 1N2AA 4XS1A 2E0QA 4I2UA 4ACSA 3FYGA 1K3LA 2DIYA 4N0ZA 1PSQA 2L57A 1OC8A 4YH2A 1TRWA 1PQNA 3GMFA 1BEDA 3FHKA 4FYCA 3ZTLA 3ZITA 2K6VA 4YQUA 3GNJA 1JZOA 1FO5A 2YWIA 2DJ2A 1AXDA 1FW1A 3TKQA 4F0BA 2OACA 1LU4A 1AAZA 1W4VA 3K8NA 1UA5A 5GAND 2WRTA 4IGJA 3C1SA 4CHSA 3NOFA 4O92A 3G7JA 3IK7A 1EV9A 3VWUA 2IMKA 2AB6A 3CMIA 1NSWA 4MH2A 1Y25A 4RI7A 1O6JA 2CVDA 3IDVA 3IV4A 1U3AA 4J56E 1DSBA 5B8BA 2CVKA 5HFKA 1XVWA 4K9ZA 1V98A 6GSYA 1FAAA 3KMOA 3UIWA 5A4UA 1WP0A 4KDYA 1E6BA 3H4KA 1VF4A 1K3YA 5LCZA 2YJ7A 4ZILA 3F3QA 2TIRA 4OFTA 4EDYA 1ON4A 2IMEA 3I9V2 4KA0A 2VD0A 2YV9A 1F3BA 4K0GA 2JZRA 3KD0A 3ERGA 3I6AA 1DUGA 1SJIA 1YQ1A 5ECQB 4IBPA 1BJXA 3CRUA 3O3TA 5DALA 1PMTA 4HU7A 5GAPD 3FR6A 4GRFA 1GTBA 3VLNA 3QAGA 1A0FA 2DJ1A 1WE0A 2X8HA 1FB0A 3HY2A 3TDGA 1LBKA 2PUKC 2OKAA 4MH3A 1T8EB 3QOUA 3KCMA 4RI6A 4BA7A 4JU5A 1EZKA 3ZIJA 3MSZA 1X0RA 1FVJA 1T1VA 3BCKA 1CQGA 2C80A 5CO3A 2FWHA 1TKDB 4HOJA 2L6CA 5EL8A 2TRCP 4XS6A 3UARA 4RUVA 2EIQA 3GSTA 2P0GA 3QFBC 4N10A 2H19A 3N9JA 2M80A 4PUAA 3BCIA 4ZL7A 2MBSA 4ISDA 4WF5A 1F3AA 2LNSA 5DJMA 3VFIA 4K7OA 2V6OA 3EYTA 3GTUB 3LYKA 2PU9C 2YCDA 4F82A 4YAVA 3TUEA 4K1FA 2PVOC 3QAWA 2HZEA 1F9MA 3C1RA 3ME8A 5CREA 3VURA 2FNOA 1GNWA 3L9SA 1Z6MA 3MAKA 5AISA 1SYRA 2V41A 5IPHA 1SL0B 4O7HA 4V1Ap 4TKYA 4G2EA 4CW9A 4KW6A 2CZ3A 1VF3A 4IQAA 2HT9A 3L4NA 3LXZA 1XWGA 4Q5NA 4HZ2A 2H0IA 9GSSA 4MF7A 1NHYA 4H86A 1JHBA 2CQ9A 1A2JA 2VCVA 3D6IA 5G5EA 2I4AA 1K0CA 1S3CA 3CRTA 5B8AA 5ECPB 5F06A 3IC4A 6GSXA 10GSA 1PL2A 1GTUA 2MZCA 2P5RA 2FA4A 2N5BA 3QPMA 4NMUA 4V1Ag 1MDKA 2WS2A 5D8IA 1GSDA 1J0FA 4ZIJA 1M99A 2H73A 5DDLA 2VM1A 1SK2A 4NPBA 2ON7A 2J9HA 2H1BA 4I6XA 1X9WB 3H8QA 2L6DA 3RPNA 4Q5RA 2JU5A 1EV4A 4HI7A 2C8UA 5CRDA 1ILOA 4MA9A 3TKPA 4PURA 4MK3A 5ENUA 1NHOA 5G30A 3TJGA 1I9DA 3HHVA 2OBKA 2LJRA 12GSA 1HNCA 2I81A 3FZ4A 2C4JA 1EEJA 4QQ7A 3ERFA 3KP8A 2NVLA 3A2VA 3MWHA 3BD2A 2DMLA 1OE7A 3F3RA 3HDCA 1GLPA 3F6FA 2PWJA 5GZZB 4QL7A 3RBTA 3DIEA 4K8MA 1VF2A 3DGQA 2JSZA 2YOIA 1CQHA 1TXXA 1V40A 1PL1A 4DSRA 1TJDA 2F9SA 4XTSA 5EVOA 2FHEA 4F2IA 5HR3A 5ID2A 3C8EA 2HNLA 1XWCA 1ZGNA 3I69A 4KNDA 2DJ3A 1ERUA 1V2AA 5FHIA 2FCHA 4JR4A 4HS1A 1OC3A 4HQSA 2L5LA 5DALB 4K7IA 3HZ4A 1XPVA 4KB3A 1X9SB 4NWYA 4JRRA 2IMIA 5ECKB 5IMDA 1GSEA 3R2QA 1JLVA 5J9CA 4BVXA 4TR0A 3KH9A 4HUAA 3UL3A 4PQIA 3QAVA 3A5WA 3A2WA 2VO4A 2VOCA 4IP1A 1HNAA 3IR4A 3N5OA 2N5AA 2DJJA 4LA1A 3FZ5A 2GTUA 3QCPA 2YPMA 3HXSA 4MCUA 3UVHA 4KSMA 5AGYA 2JSYA 2E7PA 3E9JB 1AW9A 4EF0A 4HQZA 1ZMAA 1V9WA 4I97A 4L5OA 3A2XA 3M9JA 4OMVA 11GSA 2LJKA 4ILFA 3UBKA 5D73A 5A4WA 4ULXA 4XRAA 1XOAA 3J7Yb 3GX0A 5AIVA 2C1YA 2HZEB 1YKCA 2R4VA 3FW2A 3GIXA 3IA1A 2JACA 1KBNA 4MJAA 2H70A 2H01A 4O32A 3US3A 4X43A 1ZZYA 4GSTA 2V6KA 4P3YB 4I5QA 4GF0A 3TOTA 5GSTA 1ERVA 2LTKA 3G7IA 4DVCA 4PGTA 2RUEA 4QL9A 2H76A 5CP1A 3J7Yk 1R7HA 2YWMA 4OFMA 5KN1A 4MF6A 1Z7PA 5C04A 2AHEA 3IAS2 1B9XC 1Q98A 3GURA 1XBSA 1QUWA 2KP1A 1XWAA 1XFLA 1DE2A 5DAKA 2LJAA 4YQMA 1SD8A 2FA8A 2IL3A 4RQXA 5HQPA 4KDXA 1TRSA 2HE3A 4G9HA 1AQWA 2XPEA 2MBTA 3HYPA 2LQQA 1WMJA 5IPGA 1OVNA 4L0WA 1FHEA 1BAYA 1TI3A 3F4TA 3QDNA 1T7PB 4EL1A 2I9HA 3Q74A 3WGEA 1QMVA 5DCGA 7GSSA 3CSHA 2G2QA 3D0ZA 3KEBA 5JCUA 2GZPA 4ZL9A 4BL7A 3CXGA 2C3TA 1ZCPA 1G6YA 2B5EA 3LORA 1IYHA 3QFAC 2QKEA 3GUSA 5H5RA 4FYUA 1GUHA 5KN3A 1JFUA 3KH7A 5IMCA 3ISOA 4IS0A 5ECNB 4PNGA 3LXTA 3TKSC 3KTLA 1G0TA 2MYGA 5DVBA 3WT2A 3G7YA 1SKRB 1MEKA 1SJZA 2WDUA 1Z3EA 2B6MA 3D22A 1O85A 4JEDA 1ST9A 4WF4A 4OD7A 2NTOA 5IO2A 1XW5A 1K0BA 3PR8A 2H74A 1BX9A 5JCWA 1KTEA 3LG6A 3GHAA 1YF1A 2C0FA 3W8JA 3UJ1A 4D73A 4TR1A 4WEYA 3I43A 4JE1A 5ID2B 5KN0A 3TB2A 4ECIA 1QGVA 1X5EA 2GGTA 1XWKA 2P5QA 2O87A 1YF0A 3E3EA 3M8NA 3UOMA 2HSYA 2X99A 3MNGA 4OO5A 4G10A 5IMFA 3FRCA 1JLWA 1EOGA 1K0OA 3PINA 2BJXA 1G7EA 2LRTA 4MP4A 5KN2A 1I5GA 4KDUA 1Q4JA 1IYIA 2O89A 1VF1A 2IMDA 1N8JA 3LJRA 3P2AA 1WPIA 2H66A 5E4WA 4HZ4A 3KTBA 1GSUA 3DEXA 5IIZA 5IMZA 3HCZA 5IMVA 1QFNA 3GKXA 5B7CA 4N0VA 2IPAA 3UEMA 3IE3A 3F0IA 2R5GA 4AJ6A 2KHPA 2FLSA 4JBBA 2XC2A 2VL3A 3P8WA 1WWJA 2H6ZA 1ERWA 3GSSA 4TXOA 4LL4B 4ZXGA 4IW9A 1O8XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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