3FIRA

Crystal structure of glycosylated k135e peb3
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
DVNLYGPGGPHTALKDIANKYSEKTGVKVNVNFGPQATWFEKAKKDADILFGASDQSALAIASDFGKDFNVSKIKPLYFREAIILTQKGNPLKIKGLKDLANKKVRIVVPEGAGESNTSGTGVWEDMIGRTQDIKTIQNFRNNIVAFVPNSGSARKLFAQDQADAWITWIDWSKSNPDIGTAVAIEKDLVVYRTFNVIAKEGASKETQDFIAYLSSKEAKEIFKKYGWREH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Specificity of Campylobacter jejuni adhesin PEB3 for phosphates and structural differences among its ligand complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Major antigenic peptide PEB3
molecule tags Protein binding
source organism Campylobacter jejuni
total genus 77
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3firA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3firA02
2B3FA 2NOOA 1VFDA 2ESNA 2Y7WA 1OVBA 2H5YA 3USDA 4Q8RA 1ATGA 3VV5A 5EYFA 4OERA 3SEUA 2ZYMA 4GL8A 5KZTA 2D5WA 1A99A 1EZ9A 3D4CA 3O2AA 4NF4B 1A7LA 3B6WA 2V84A 4ZZEA 4LQ2A 4KCDA 1FCKA 1R1NA 2QRYA 3K02A 4KI0E 4EF2A 2P1SA 1CE2A 3M3FA 2Q88A 4EQ7A 4NF8A 4XKNA 2O7IA 5A5XB 3HHGA 3MPKA 2PYYA 1H45A 3PUXE 2A5TB 5KDTA 3E3KA 4MFIA 4LVQA 4NTLA 2DE3A 3T9XB 3VXBA 4DXUA 5I84A 5IKBA 2QPQA 3PUWE 2UYEA 3RY3A 1ZTYA 2QMWA 1NNKA 2I0CA 3BKIB 1B1HA 3RNNA 5ELVA 3PMVA 4YKKA 1N3WA 1D9VA 3TMGA 1FTJA 4Z0IA 1AL3A 2OZZA 3UORA 3SEWA 3UP9A 1US5A 4KD5A 4O3BA 3TFLA 1Y1MA 2FYIA 2O1MA 3U1OA 3L6GA 1Q35A 3SEYA 1Y3NA 5BUUA 1MM7A 4U2RA 4H67A 4U23A 1H3DA 4OESA 4NWCA 3QAXA 3MVYA 1XHYA 4F3GA 4QFLA 5TU0A 4N13A 4P0GA 5ICTA 5HBCA 4I8CA 2F34A 3I3VA 2DP8A 2DXYA 4QFNA 4QFOA 1S9TA 5L9SA 2O1LA 4POXA 3IK6B 1D9YA 2O6AA 2O84X 4HS7A 1A55A 1P1WA 3SERA 1NKXA 3MZ1A 3PPPA 4TOZA 3FASA 3IJXB 4EDPA 2VD3A 3JV9A 4X9TA 5EHSA 1LAHE 3IO4A 4BDQA 3CSGA 4XTCQ 2I4CA 5DVFA 3H4ZA 3IORA 4R72A 1MDP1 5I57B 1LFGA 3IB1A 3MWBA 3UIFA 4F31B 3VLUA 2I48A 2F7BA 3PUYE 2HQ0A 4RK9A 4F3PA 3OMBA 4IY6A 1MG1A 4DLDA 4IO2A 3VE1B 1M5BA 4ZEDA 4FATA 5JEIA 2Y7PA 3H06B 3T9HB 2X26A 3TPAA 4FJPA 2X7QA 3E9XA 3S9MC 4DCXA 3VXCA 4LONB 1LGBC 3HPIA 1OLAA 4MLQA 4BDLA 5ISUA 3DLNA 1ELJA 1M5FA 2NXOA 2XD2A 1H44A 1BKAA 3LUYA 1P99A 3K6WA 1TFDA 1GVCA 2ONKE 2V3QA 3K1PA 4BDMA 1SDXA 1YTVA 3QIMA 1JEVA 4BLAA 4RK2A 4YMAA 3LR1A 3ZKLA 1N0TA 1KWHA 4LATA 1MM6A 3OENA 3CFLA 1DPEA 1N7WA 4N6PA 3MJNA 1LAXA 4R6HA 5I2KA 2ZMBA 4H5GA 3CG3A 4YAHX 3FJGA 3H6TA 1Y4CA 1FQEA 3PUVE 3EN3A 3MC2A 2XXYA 2UVGA 3PD8A 3PPRA 3RUMA 4ESWA 3C36A 3C34A 2I4BA 4DE8A 5H8QA 4OETA 1MQDA 3E4RA 3UN6A 3KSJA 4F1UA 5HM4B 2DVCA 3EPEA 1SD3A 4OEVA 2ONRA 4YICA 1B3HA 1MPBA 4U22A 4IO6A 2Y7RA 2Y84A 3F11A 4KFQA 3TZAA 1URSA 3U94A 1OIBA 1RYOA 1MH4A 4I1DA 1AOVA 1D4NA 5TP9B 4KHZE 2DQVA 1Y20A 3TTRA 4U1ZA 3FATA 1IIWA 4OTEA 5I2NB 2XHDA 1SBPA 3G3KA 1P1OA 3A3CA 4NEDA 5I2NA 5FHMA 5I56B 3BBRA 4QFKA 1PBPA 2HFBA 4YB5A 2XX7A 4ZE9A 1DSNA 1LBCA 1WVJA 4BDOA 3C33A 1IEJA 1JW5A 3RT8A 3VLWA 1NH8A 4IY5A 3DELB 3FUZA 3Q28A 4C0RA 4E0XA 4LP2B 2HZKA 4F1VA 2Z23A 4ND9A 2Q8JA 3K01A 3EF7A 2HCAA 1R6ZA 1XOCA 2RC8A 3TCHA 2F78A 4RA1A 2DVZA 1R9LA 3KZGA 4H8JA 4ZEIA 1IXCA 3QK6A 4G68C 5DT6A 4R2FA 5TPAB 4F18A 1AIVA 2FNCA 3V5AA 5AA4A 2XXHA 2V93A 1B9JA 1B7HA 1QVSA 1I6AA 3A3UA 1LFHA 4GL0A 1OVTA 4OHNA 3V8XB 4F19A 5K2XA 3WAEA 4JWYA 3TODA 4IGRA 4OENA 3MZ9A 4X1BA 2DWAA 3O9PA 1B46A 1B4HA 3TQWA 3B7DA 1NNTA 3KJ7A 1B52A 2WKYA 2REGA 2V3UA 3CG1A 2ZNTA 2XXTA 4OYVA 4N07A 5CBSA 4JB7A 2OWSA 3IOTA 2M8CA 1LAFE 4DCYA 5ITPA 2I0BA 3SDFA 1BP5A 4I62A 1SVXB 3CSBA 3OSQA 3OO7A 4OEUA 3PMXA 4GRKA 1B4ZA 5H8FA 4LZ5A 4JBZA 1TXFA 5AA1A 3N6TA 4U1OA 1B05A 1FTOA 1A8EA 4P11A 2UVJA 1H76A 2VGQA 4XKQA 3G3GA 5FHOA 3FXRA 1TFAA 4WKMA 2YJPA 2GFEA 3RTFB 3QXMA 5DVIA 2Y7IA 4IO5A 3SKPA 1R9QA 4R73A 3N94A 1BTJA 3OELA 4NF8B 3CRBA 1SW5A 2V25A 4ECFA 3HHFA 3O97A 1USYE 4IB2A 1N04A 3L6HA 1B7UA 1UIVA 5KDTB 3MVWA 4EQBA 1ZIUA 2ANJA 3H6VA 3PV0E 3ZS6A 2H25A 1MH3A 4GXSB 4G8HA 1Z7NE 2QS1A 1F9BA 4LQ5A 3VVEA 3HSTA 4LZ8A 1TT1A 4GXAA 2D3IA 2DWIA 3N6UA 1DPPA 1OMPA 3FXUA 3FIRA 3MBPA 3FVGA 1JW1A 4DXCA 4YKJA 5H8SA 3KFMA 3RN8A 2X7PA 3CI8A 2XXRA 1PB9A 4WEDA 1LSTA 3RLFE 3MP8A 2F7AA 3THIA 1FTLA 2VHAA 3K00A 4H65A 1NL5A 3OEMA 2Z8FA 1USYH 3U93A 1NMUA 3WAFA 3MPLA 3HN0A 3R7XA 3IB0A 1JNFA 4OZ9A 4PP0A 2RC7A 4YB6A 4ISUA 1Y4TA 3KOTA 1MXZA 5AA3A 1CB6A 4H1XA 3TEPA 4AQ4A 2ZYKA 1MXWA 4OVJA 4MLVA 3FGSA 4GVOA 4ZDMA 4YU0A 3MP1A 2E1SA 4OFOA 2QS4A 2DE2A 3IR1A 2GRVA 4KYSA 1POTA 1MQJA 4XKPA 4ELRA 4NE4A 1BIYA 1IITA 1B1XA 3TQLA 4R75A 1O7TA 4X48A 1P1UA 5ITOA 2R71A 3O28A 4KYEA 1PB7A 3DP8A 4R6KA 3QYTA 5K2YA 4G2ZA 3JYRA 3B6TA 1M5DA 3R6UA 1O64A 5M2VA 4DDDA 3OEKA 1XC1A 2PT2A 2RKMA 3Q26A 2OLBA 1SI1A 1LLSA 1QULA 3OOAA 1GGGA 2AL5A 2I49A 2UVHA 4IO7A 4Q30B 2OWTA 4RXLA 3UA8A 2LAOA 3BFTA 3JZJA 3ILTB 1NH7A 2PX1A 3TYHA 4OFLA 1FQBA 2G29A 2GHAA 1GR2A 4F1YA 3C4MA 2ZNSA 2PMSA 4ZEKA 5B70A 4NF5B 2F8DA 3FVOA 2HXWA 4F22A 4NF5A 2R9JA 1ANFA 5I2KB 2XXIA 4YKPA 3IOUA 3KBRA 1URGA 3OO6A 4E0WA 3D4GA 4GQOA 2XXPA 4TQUQ 4KR5A 1XVYA 1HSEA 5H8QB 2H99A 5CM6A 5CMBA 5CBRA 4QRZA 3TELA 3S9NC 4XKRA 1B5JA 5I58A 4PFUA 2NUVA 1II5A 4DXBA 1LB9A 4M4GA 4F29A 1AMFA 3K1NA 1GV8A 3K6UA 3QUJA 2HZLA 5B7DA 1YPNA 3O6GA 3GBAA 1B3LA 3PMWA 3DP6A 4RPOA 3T93B 1QUKA 2ZXTA 3TTMA 3HV1A 3ZSFA 5F7VA 3KG2A 3VDFA 3CVGA 3K6XA 1B32A 1DTGA 3H3GA 1QUJA 3TAJA 3U72A 4I9DA 4IO4A 4Q0CA 2I58A 3RT6B 3LSLA 1EU8A 4NWDA 4F3SA 3KEIA 1DMBA 2E0SA 4THIA 3VVFA 2ZNUA 4JXIA 4EF1A 2AYSA 1FQDA 4O3CA 3OO9A 2F35A 3K6VA 1PC3A 4R2BA 4PFTA 2HAUA 4G68B 2ONSA 4JWOA 2QS2A 4G68A 4MH5A 3LC8A 4G77A 1A40A 4GF8A 2ZYNA 5F1QA 5FTIA 5I59A 1PDAA 3OSRA 3EQ1A 4RNSA 3TKDA 4BDNA 3SETA 3GZGA 2R6GE 2G93A 4R74A 4DIGA 3O66A 2B65A 1SW4A 4ZECA 1ZJLA 2Q2AA 2XX8A 5H8NA 4MBPA 1FW0A 5L9MA 4P0IA 2GH9A 5AA4B 4GLIA 2XXWA 2DWHA 1P1QA 3SESA 1POY1 3AXFA 3TDJA 3PPNA 4R9FA 3M3KA 4HCWA 4HW8A 4R6YA 3VFJA 3IOWA 3FD3A 1UIUA 3FZVA 5KCJB 1XS5A 2Y7KA 5KCJA 4ZS9A 2AIXA 1A8FA 1FQCA 3I5OA 4ONYA 3I6VA 1P1NA 3G7WA 2RINA 1BLFA 3HCQA 4KQPA 1IXGA 1MXXA 3C32A 2UYFA 3MVZA 3IO6A 3PU5A 3B6QA 1B5IA 1LB8A 3V89B 1JQFA 5HPQA 4GFRA 4QSCA 4TLLB 1ZBMA 4MF3A 1NNFA 3K1MA 1RYXA 5JTYA 2REJA 3PGFA 5H8FB 4AB5A 3GXAA 3H6WA 1SYHA 4YZZA 3S4UA 3IOVA 1VFEA 2H98A 3H7MA 4H6DA 4F2QA 1N3XA 1MY0A 4FAJA 2QMXA 1LCFA 4OFJA 3EHTA 2FA7A 2I3VA 4TLMB 4G4PA 3IX1A 2BJJX 1N84A 2QS3A 5J1DA 1M5CA 3CIJA 4IGTA 3UK4A 3TTNA 3MVXA 4RY1A 2XX9A 1EZPA 4HCYA 4PQJA 2RF1A 4OMBA 2D21A 4XIGQ 4ZE8A 3U8QA 4ELOA 3CFXA 1GTKA 5DYHA 3Q25A 3FXQA 1MPDA 2O69A 5CMMA 1Y9UA 4LUBA 4F39A 2O7UA 5CRYA 4NF4A 3BFUA 2W7YA 4U4SA 5DEXB 1MY1A 5CMCA 3TUSA 2DE4A 5DEXA 2UXAA 3FV1A 4FECA 2PVUA 1MS7A 2YPNA 1JETA 5FTHA 1Y1ZA 3P7IA 3T9UA 4C1UA 5A5XA 4RPNA 4Q5TA 1AH5A 3DP4A 1H43A 1ZMGA 2A5TA 3KJTA 2B3BA 2UVIA 1B0HA 2V3TA 5AA2D 2PT1A 3KSXA 4H5FA 2XXQA 4FEBA 4U4XA 2CZLA 1IQ7A 2A5SA 4YMBA 3M8UA 3QUFA 4L17A 4GWOA 3W9VA 4EXKA 1EZOA 2Z8EA 4G8MA 3T22A 2H9BA 3LSFB 1MRPA 2OK2A 3FJMA 3A09A 4K3FA 3T66A 5L9OA 3OO8A 1B40A 1S7YA 1VR5A 4JSOA 3ZKKA 5AE4A 4LA9A 1URDA 4ZEFA 1IZ1A 3ECRA 5AA2B 1LBBA 2PBWA 2Z22A 4U21A 2F6GA 5AA2A 3RQTA 2NWJA 1FTKA 3G3HA 1B58A 1N76A 4GIZA 1YCJA 3OXNA 3O6HA 1ZLQA 1O63A 4YB7A 3RGYA 1SI0A 2RCAA 1NFTA 4OQOA 3MP6A 4RYAA 3C9HA 2IA4A 4PE5B 3IL1B 3S2VA 3ONMA 2VD2A 3LBSA 1I6QA 4UA8A 2Q9TA 1TWYA 4R9GA 5L8DA 3PUZE 3LSXA 2IEEA 4FORA 1S50A 3MAMA 4HTGA 3W15C 4KPTA 4EQ9A 4EUOA 4RJZA 3SEXA 1FQAA 3CFZA 2I3WA 2RC9A 5I57A 2ZYOA 1DOTA 3DM0A 2F5XA 1XVXA 4ZZAA 3FVKA 5DTBA 2OCUA 5EHMA 4WXJA 1SW2A 5CMKA 1B0LA 4NMYA 1MY4A 1IUDA 2Q2CA 4AB6A 2NVUB 1JEUA 2GHBA 3IAZA 1MQIA 2OJTA 2F7CA 1MXYA 3IB2A 1B7ZA 4BDRA 1SYIA 2YLNA 3KOSA 3Q29A 3H03A 3OD7A 3VLVA 1N7XA 4O3AA 4YKIA 3G3JA 1ZKBA 1I6BA 1Q1KA 3T9VA 3KN3A 1PBQA 3C31A 3O6IA 3CR9A 3K0VA 3ILUB 4POWA 3G3IA 3KGCA 1ZU0A 4FEDA 2OBGA 4GD5A 3S9LC 1MY3A 3M3LA 4OXVA 1B3EA 3RPWA 2I6EA 1JVYA 3N26A 4QSDA 1LCTA 4NF6B 4NF6A 3KN7A 1XT8A 1QUIA 2DSFA 4QSEA 3R26A 4C1TA 5JK4A 3K4UA 2HEUA 3MUQA 4ESXA 5I58B 1B2HA 3O29A 2QJEA 1US4A 3V83A 1IXIA 1SQYA 2F97A 2Z8DA 3LSWA 4IO3A 1JW4A 3TCGA 1MQHA 1QW0A 1EH3A 1VSOA 3H6UA 2XXVA 4UACA 3PD9A 1YAEA 1A54A 4PFYA 1FQFA 4H0WA 2HAVA 1HSLA 4OWDA 1MDQA 2F36A 3GLBA 4ELPA 3QSLA 4QHQA 4PFWA 1NNPA 1MXUA 3KN8A 1RKMA 1LAGE 3TTKA 3MZBA 1DTZA 3GBBA 2XXUA 1OQGA 1WDNA 5TP9A 4JSDA 4ELQA 1SW1A 5DVJA 3FV2A 2QSXA 2XD3A 4F3BA 3IJOB 1OQHA 1OLCA 4GOTA 5I56A 5I59B 2DYXA 3K2DA 5LOMA 3VVDA 5CI5A 1HSJA 1D3KA 1J1NA 1LFIA 1UTBB 4F2OA 4KYDA 1UTHB 3FVNA 5FHNA 5H8NB 1UTBA 1B6HA 1T0KA 4KCCA 1UTHA 1UQWA 1WODA 3MQ9A 2XXXA 4WEPA 3RTWB 2KLFA 4M1VA 1B3GA 4JDFA 1Y3PA 2DOJA 2DXRA 3FJ7A 2H4IA 3EHSA 1I69A 2ABHA 4X1DA 2Q89A 1QKBA 1MPCA 1Y3QA 3Q27A 4EXLA 4ZEBA 3EHUA 2O68A 1B51A 2RCBA 3N5LA 1MXVA 2CMOA 2P0SA 4XXUA 5TPAA 3UGWA 5ICQA 4QF9A 4Z7EA 1VE4A 5BWJA 3W9WA 3PPQA 1MQGA 2AL4A 5IAIA 1M5EA 1PEBA 5CC2A 3C35A 3U92A 2THIA 2ALUA 1MY2A 1L5TA 2DWJA 4JWXA 3SEVA 4FIMA 2QL3A 4QFPA 3T96B 2O51A 4LZ7A 1B3FA 5H8HB 3S9EA 5JTYB 3HO7A 5H8HA 3TTLA 2VP1A 2DS9A 4DZ1A 2F6PA 1JVXA 1QJMA 1FTMA 1B5HA 1PB8A 3ODBA 3G3FA 1Z7ME 4G8NA 2VOZA 3E13X 1QKAA 2P2AA 4PETA 3TCFA 4H8IA 3PPOA 4FE8A 3MW0A 1IXHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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