3FIVA

Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
111
structure length
110
Chain Sequence
TTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLNTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
publication title Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 27
structure length 110
sequence length 111
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fivA00
2G69A 1MSMA 5OYWA 5P0LA 3VG1A 5P35A 2HM1A 3K5DA 2WEDA 1K6TA 2AVSA 3I6OA 5P1RA 4DQHA 2FXEA 1AM5A 5CONA 2IRZA 1QDMA 4Y5LA 1HPSA 3FNUA 5P3SA 5P4GA 3EKWA 2R3TA 3QI1A 3LIVA 3TOHA 4OBGA 1D4JA 1NPVA 3OXWA 5P5PA 5P63A 3NDUA 2WECA 5ISKA 3QN8A 2AOIA 1IVPA 4FCOA 3UDNA 4YCTA 3OUDA 3PBDA 4DFGA 1FQ6A 5OZLA 4DJPA 2AZ8A 3HBOA 3NU3A 4NJSA 1IDAA 4Z4XA 4EJLA 1ZSRA 3HDKA 2QMDA 5P0NA 5P08A 1BVEA 3UDPA 4RRNA 1ODYA 1SIPA 5P7MA 5P3GA 3LIZA 5P0PA 3VUCA 4OC6B 1EPRE 5P5GA 3KN0A 1JLDA 1HEGE 3KFPA 3IVIA 4DQFA 4EXHA 2QI5A 3NU9A 1GVTA 2MIPA 2G22A 3RTNA 4AA8A 4KUPA 5P3YA 2ZJIA 5P73A 5P3VA 1MSNA 3TPRA 4LC7A 4K8SA 3VYDA 2QD8A 4Y53A 1A94A 4J5JA 4DJRA 4KE0A 3K1WA 5P5FA 3S53A 3Q4BA 3NDXA 5AHBA 4Y6MA 5IE1A 5P7GA 3TLHA 4B70A 5KQZA 5P1SA 4I8ZA 4OD9B 2QI0A 3NU6A 3T7QA 1DW6C 4Y39A 4B0QA 3EC0A 2VA5A 4AA9A 1BIMA 3EXOA 5P5VA 5BS4A 3L5DA 1PPME 5I3VA 5P4JA 5HDXA 2VJ9A 1YTJA 4EQJA 1MVPA 4HE9A 5P3RA 4DQCA 4AUCA 3VYFA 3URLA 5P2RA 2R5PA 3N4LA 5P06A 1NH0A 2JXRA 1IZDA 4E43A 3OU1A 2F3KA 1YG9A 1META 1OEXA 2VIEA 3GW5A 4HZTA 5P8OA 5P2HA 3O9AA 2QCIA 5P8GA 5HE7A 3NUOA 5P5WA 3B7VA 4YDFA 5P2AA 5P2SA 6APRE 4YBIA 5IVRA 2I0DA 3QVIA 4PHVA 4ACUA 4F73A 1EC2A 1Q9PA 5P0EA 5P46A 4FRSA 4Y5AA 4RVIA 4DJXA 2XFJA 2O4KA 3TKWA 1Z1HA 5P1TA 5P58A 3VCMA 2P3CA 1HTEA 1IDBA 2AQUA 4TVGA 5OZKA 4Y9WA 5P00A 5P86A 1B5FB 2IEOA 3R1GB 1HBVA 1A30A 1HVJA 3WZ8A 3LIQA 2PSUA 5P52A 3D1ZA 5P70A 2ZHVA 3OU4A 4OBZA 2JJJA 5COOA 2V10C 2F3EA 3ZLQA 5P5XA 4XX3A 5P1FA 5C9DA 2QAKA 4M8XA 5P80A 3RSVA 3ZL7A 3LZUA 3MXEA 1LV1A 5P81A 1BWBA 5P31A 5P5KA 2FDDA 2OHTA 5P05A 1PROA 2V00A 3NU4A 2ZJMA 3PEPA 5P42A 4EP2A 4Y38A 3OQKA 5P6IA 2AOJA 3KFSA 2ZHRA 4LXMA 5P3MA 5P26A 5P6YA 1XN3A 2BJUA 2HIZA 2R3WA 3SLZA 5P7YA 5OZQA 5P4IA 3WZ7A 1EPLE 4Y4AA 1NPWA 3R0WA 4GJ5A 5ISJA 5P3BA 3LPIA 4DJVA 2QZLA 2UXZA 2I4WA 3Q6YA 5P0KA 3UQPA 5I3XA 5P4AA 5P34A 4JECA 4TVHA 2JJIA 3PSGA 4R93A 2AVOA 5HCOA 1MTRA 5P6SA 2ZDZA 4A6BA 5DR8A 5P6BA 1HVKA 5P88A 3GI0A 5DQ2A 5P2LA 3S7MA 3NUJA 2P3BB 3BGBA 5P1WA 4RCEA 3KFRA 2P3DA 4JPCA 4MC2A 3S85A 4Y4ZA 5P5MA 1HTGA 4Y3ZA 1OEWA 5P5NA 4J0TA 2RSPA 4YA8A 5P7NA 2ZGAA 4Q1WA 3KA2A 1G35A 5P6NA 2OHRA 2QHYA 2IKOA 4I0GA 3INHA 1KJ7A 2G27A 4PPHA 4ACXA 5P3KA 3FX5A 4QJ2A 1AAQA 5P11A 2ER0E 1ZPAA 4TRWA 4AZYA 2WF3A 5P4BA 1BDRA 4YOBA 1BDLA 2RENA 3LZSA 1SDUA 1T6EX 5P67A 4GJ8A 3QIHA 4RGHA 2J9JA 3URJA 3T6IA 4J0ZA 4WTUA 1AVFA 5OZHA 5P5HA 1HVLA 5P5QA 2QD7A 5P3IA 1W5YA 3QBHA 5OZJA 4S1GA 1LF2A 1FLHA 4Y3NA 4Y3DA 1WBMA 3SA9A 3OUCA 5P61A 3CIBA 4CKUA 1HXWA 3S54A 2O4SA 3SKFA 3TPLA 4Y43A 2A1EA 5P1EA 2V0ZC 3BXSA 5P20A 5OYVA 2B8VA 5P7SA 2VKMA 4Y4EA 5ER2E 1HRNA 3PHVA 3VEUA 3O9IA 5P0UA 3OK9A 2FDPA 3PCZA 5P0RA 1UH8A 3PMYA 2OHLA 3UDYA 1GVXA 1MPPA 5P7JA 1LYWB 4YD6A 4FSEA 4QGIA 3KT2A 4J54A 4LL3A 1K1UA 5P0TA 5SY3A 3SA3A 5P54A 1HPOA 3CICA 1AIDA 5P7VA 2CEMA 5P0DA 3I8WA 3D20A 2PQZA 2AZ9A 1SDTA 2BQVA 3NSHA 5P8MA 5P0HA 5P5TA 2PC0A 3APRE 2R43A 4B77A 5P03A 5OZ6A 4Y4UA 3L59A 3S45A 5P1ZA 5OZ2A 2QI1A 4LP9A 1SIVA 2AIDA 3IXJA 1A9MA 4L1AA 2ZHSA 4RCFA 2OHKA 4BFDA 2AOGA 3U71A 3UCBA 3RU1A 5P1MA 5P49A 1HPVA 5OZZA 3GI5A 3N3IA 4FAEA 2G1OA 2QI6A 5HCTA 4FM7A 5KQXA 5EZZA 7UPJA 5P0BA 4H3JA 2FNSA 5P2IA 3S56A 1FQXA 4Y37A 5P72A 1BDQA 1APTE 2BPVA 1D4YA 3Q3TA 3Q5HA 5P71A 5OZ4A 4YDGA 4YD7A 1YTHA 5P2BA 4L7JA 3ST5A 5P2TA 4R92A 5P36A 2VNMA 4Z2ZA 5P60A 3DOXA 5C9BA 2ZJKA 4ZSMA 5P4YA 3JVWA 2OAHA 2WJOA 4Y5KA 4RYGA 3ZKNA 1MT7A 2RKGA 5P53A 2NMYA 2ANLA 1G0VA 3K5GA 5P6CA 4GYEA 1FQ7A 4EP3A 1FKNA 2G1SA 3OOTA 5P12A 5FIVA 5P79A 5AH8A 4CPUA 3PBZA 5P0GA 4XX4A 3FNTA 3LHGA 3R4BA 2OHPA 2FGVA 5P07A 5IVQA 3WZ6A 4FGXA 3A2OA 5OZNA 2I4DA 4F74A 4I12A 2FS4A 2G1YA 5P85A 5DGWA 3FV3A 5P1KA 3BUHA 4EQ0A 5P7EA 3PLDA 3R0YA 1NSOA 1TQFA 4LXKA 3O99A 5P6TA 1K6PA 2VA7A 4Y4JA 1RV7A 1W5XA 3L58A 3EBZA 1W6HA 3KDBA 4YD3A 2O4PA 3IN4A 2FMBA 3QRVA 5P5CA 4D83A 2QNQA 5P78A 1SBGA 3OADB 2R8NA 5P68A 2NXLA 3S7LA 1MRXA 3SM1A 1B6KA 4X7IA 5P3XA 3CKTA 5P8EA 4GJAA 1AJVA 5P7LA 4U8WA 3K4VC 2J9KA 1IBQA 2H6SA 5P51A 4Y3XA 2HAHA 1CPIA 4HDPA 1T7KA 3R2FA 1YTIA 4JP9A 1T7JA 3VFAA 4GJCA 4FRKA 1QBUA 5P7HA 1PSNA 4Y3PA 5P23A 2G1RA 1AXAA 1VIKA 3KM4A 5DQ1A 4YD5A 4ZE6A 1GVVA 1ENTE 1FFIC 5COKA 3ZKMA 4I0HA 1YX9A 3UDRA 4OBKA 4RVJA 5CLMA 2B8LA 1YTGA 4J1FA 4ZPEA 1SH9A 4DQGA 2QP8A 4NJTA 3I2LA 1EBWA 3OHFA 1EPOE 3VV8A 5P7DA 4FL8A 5P3ZA 4Y5MA 5P4KA 1C70A 3S43B 2NR6A 2OHUA 5P66A 1HIHA 5P37A 4KE1A 1QBRA 2WF1A 3OOZA 5P7BA 5BRYA 4F75A 4DQEA 3INFA 1TSUA 1UPJA 3OWNA 1FG6C 5P4WA 4L6BA 5P15A 3LPJA 3SQFA 1K6VA 3NWXA 3GGVA 1EC1A 4RCDA 2AOCA 5P64A 5OYUA 1HVIA 2PYMA 2OHSA 3TL9A 2VA6A 5P65A 5P2GA 4NPTA 4DJWA 3VV7A 4Y4GA 4Y3TA 3SA8A 2FDEA 1LYBA 5OZDA 5SY2A 1APWE 4MC6A 5OZVA 1B6LA 3JVYA 3G6ZA 1FMBA 2O4LA 2VIYA 3OAGB 3VF5A 3ZKXA 4Y3GA 2I4XA 4QJ6A 3DCRA 5P0JA 3K4VA 5AH7A 5P3AA 5P8KA 3QBFA 2Q64A 5HDUA 2PH8A 1E5OE 4NJVA 4EJ8A 3GGXA 3KMXA 5P8NA 5JFPA 3EKYA 3OXXA 3RTHA 1IZHA 2OF0A 3UFLA 5DR3A 5P2XA 1DMPA 1SP5A 1YM4A 2HB2A 2UPJA 5P6WA 1YT9A 1ME6A 4ER2E 2XYEA 3DK1A 1ZJ7A 5HE5A 3T11A 5JG1A 4FM6A 4HVPA 2VNNA 4Y4WA 4RRSA 2Q5KA 1B5FA 1K2BA 5P3HA 5P89A 1HIIA 4LHHA 3SO9A 3TPJA 5P5SA 4Y35A 4Y45A 5P8CA 3ZOVA 5JODA 5P22A 3RTMA 5P4DA 3VFBA 1EC3A 5P5JA 2R38A 3HW1A 3SM2A 1D4KA 3Q70A 4Z50A 2PK5A 3APPA 1PSAA 4OBZB 3UQXA 5J25A 4YD4A 2Q3KA 1W5VA 4QJ7A 5P8QA 5P01A 4Y4XA 2BKSA 5P1CA 2BBBA 4Y56A 1MEUA 3OTSA 3HAWA 3T7PA 1ZLFA 3UDJA 4DJQA 5OYSA 1SGZA 3UQWA 2JE4A 2ZJNA 5P4ZA 4RROA 5OZBA 4FAFA 1PPLE 3OUBA 4Y48A 5P1QA 4LBTA 2RMPA 1LZQA 2F81A 2BPYA 2QK5A 5P8FA 1OHRA 1KJFA 4YE3A 5HE4A 4EXGA 3S8IA 3O9LB 4APEA 3I25A 3DJKA 5P0WA 2AODA 3HZCA 3LZVA 1FQ4A 3QVCA 4DQBA 3EL4A 4I0IA 1LYAA 3TOFA 1ZP8A 1KJGA 1IIQA 2RKFA 5P5LA 5P5OA 5OZ7A 1GVUA 1ER8E 4L7HA 1EBKC 5P6DA 4HEGA 5OZPA 3NDWA 1SDVA 3RVIA 1LS5A 2QI3A 1U8GA 2P4JA 4Y3SA 2OHQA 2XYFA 3PWRA 2BPZA 5AHAA 5P28A 1HXBA 4CP7A 5ENMA 4B1EA 5P7CA 3IN3A 5P5BA 1RQ9A 3D91A 1EC0A 5P3CA 5P7ZA 3OY4A 4ZPFA 5P1PA 3KDCA 4HA5A 5P6AA 5P84A 2QU3A 5OZ8A 4H3IA 4M8YA 1HHPA 5P0FA 5P1BA 5B18A 5E5JA 5P19A 2CEJA 1ODXA 2AZCA 2R9BA 2Z54A 3DUYA 2QMFA 1GKTA 5KR8A 3OQAA 4DPFA 4I8WA 5OZRA 3GGUA 4ER4E 5P4LA 4F76A 3T3CA 4ZPGA 1HVRA 4QJAA 2PWCA 3JW2A 4Y51A 4U7VA 3L3AA 5P30A 2VS2A 1K2CA 2NXDA 5P7PA 3ER5E 5P6JA 6UPJA 2ER9E 3S2OA 5P6LA 2G20A 3ECGA 3L5EA 1K6CA 1DP5A 3L38A 4OBJA 4ZIPA 5OYRA 5P2ZA 2AVVA 1FMUA 3LZYA 4LXAA 4I10A 5DQCA 4YOAA 5P40A 1E82E 3SA4A 3OUAA 4ZSPA 5P6FA 5P3LA 5P8SA 4Y3RA 5P6HA 4J1HA 4Y36A 3EL0A 5EZXA 3BC4A 4J55A 3LIXA 5P1OA 3L5CA 4I0ZA 4ZSRA 3TKGA 1SMEA 5P29A 3O9CA 5P1AA 4CPRA 4EYRA 1XL5A 3SPKA 1B6PA 3F9QA 5P8TA 7HVPA 5P7AA 5DQ5A 3GI4A 3H0BA 5DQ4A 4GZFA 3SAAA 5HDZA 5P87A 3I7EA 3NWQA 5P14A 5P83A 3OQDA 5P1VA 3NDTA 5P7FA 5P4TA 3OHHA 4TRZA 2A4FA 5P4QA 5SZ9A 3UDQA 1B11A 4R95A 5P2WA 5P7WA 1NPAA 4DPIA 5P4EA 1AZ5A 3INEA 5P2UA 1IZIA 4EJKA 5I3YA 5P77A 4A4QA 3G72A 1GNMA 1TW7A 3NR6A 3HD8A 2B60A 1HVSA 2NPHA 5TOLA 3K5FA 3EKPA 3ZPUA 3O9FA 1MERA 5COPA 5P3WA 3U7SA 4Y47A 2IS0A 2NNKA 3ZPSA 1ZBGA 3EKQA 5OYXA 5P18A 5P2NA 3SFCA 5P6GA 2NNPA 4JOOA 3FKTA 4CPXA 5DR1A 5KOSA 1EBZA 3BUGA 3EM3A 3SA6A 3INDA 5ENKA 3EL9A 2F3FA 5P2MA 2AZBA 2PH6A 3IA9A 5OZGA 5P0MA 5OZWA 3ZPTA 4Y5CA 4Y3LA 3LNKA 3WB5A 5OZUA 5P3JA 1MESA 3EL1A 3EM4A 2G24A 5P7TA 4Q1XA 3AUPA 3TPPA 2WHHA 5P0ZA 5P4MA 1RPIA 2QZKA 2H6TA 5P32A 5P82A 1LF3A 5P74A 1IVQA 4Z22A 5P8UA 1SGUA 3QPJA 4XKXA 5ER1E 4D89A 3KFNA 1APUE 2I1AA 5P1YA 2WF4A 4Y57A 4APRE 3O9EA 4Y4DA 4U7QA 2ZJLA 5P5EA 3U6AA 5IS4A 5P4RA 3UPJA 5P1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G69 A;  1MSM A;  5OYW A;  5P0L A;  3VG1 A;  5P35 A;  2HM1 A;  3K5D A;  2WED A;  1K6T A;  2AVS A;  3I6O A;  5P1R A;  4DQH A;  2FXE A;  1AM5 A;  5CON A;  2IRZ A;  1QDM A;  4Y5L A;  1HPS A;  3FNU A;  5P3S A;  5P4G A;  3EKW A;  2R3T A;  3QI1 A;  3LIV A;  3TOH A;  4OBG A;  1D4J A;  1NPV A;  3OXW A;  5P5P A;  5P63 A;  3NDU A;  2WEC A;  5ISK A;  3QN8 A;  2AOI A;  1IVP A;  4FCO A;  3UDN A;  4YCT A;  3OUD A;  3PBD A;  4DFG A;  1FQ6 A;  5OZL A;  4DJP A;  2AZ8 A;  3HBO A;  3NU3 A;  4NJS A;  1IDA A;  4Z4X A;  4EJL A;  1ZSR A;  3HDK A;  2QMD A;  5P0N A;  5P08 A;  1BVE A;  3UDP A;  4RRN A;  1ODY A;  1SIP A;  5P7M A;  5P3G A;  3LIZ A;  5P0P A;  3VUC A;  4OC6 B;  1EPR E;  5P5G A;  3KN0 A;  1JLD A;  1HEG E;  3KFP A;  3IVI A;  4DQF A;  4EXH A;  2QI5 A;  3NU9 A;  1GVT A;  2MIP A;  2G22 A;  3RTN A;  4AA8 A;  4KUP A;  5P3Y A;  2ZJI A;  5P73 A;  5P3V A;  1MSN A;  3TPR A;  4LC7 A;  4K8S A;  3VYD A;  2QD8 A;  4Y53 A;  1A94 A;  4J5J A;  4DJR A;  4KE0 A;  3K1W A;  5P5F A;  3S53 A;  3Q4B A;  3NDX A;  5AHB A;  4Y6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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