3FKFA

Thiol-disulfide oxidoreductase from bacteroides fragilis nctc 9343
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
VTVGKSAPYFSLPNEKGEKLSRSAERFRNRYLLLNFWASWCDPQPEANAELKRLNKEYKKNKNFAMLGISLDIDREAWETAIKKDTLSWDQVCDFTGLSSETAKQYAILTLPTNILLSPTGKILARDIQGEALTGKLKELL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title thiol-disulfide oxidoreductase from Bacteroides fragilis NCTC 9343
rcsb
molecule keywords thiol-disulfide oxidoreductase
source organism Bacteroides fragilis
molecule tags Oxidoreductase
total genus 42
structure length 141
sequence length 141
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.8.4.7: Enzyme-thiol transhydrogenase (glutathione-disulfide).
pdb deposition date 2008-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13905 Thioredoxin_8 Thioredoxin-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3fkfA00
4I2TA 4F0CA 1PL1A 5EVOA 3A2VA 2C3TA 1PX6A 2L6DA 4IQ1A 1VF4A 2GQLA 3DWVA 2LQQA 4YAVA 3V1WA 2F8FA 1YF1A 4E8EA 4V2LA 1C72A 5DDLA 3HA9A 2L5LA 2TRCP 2LJAA 3J7Yk 2ALBA 4XS1A 3LYKA 5GAND 3ZMLA 2CZ2A 1HYUA 5J41A 2C0FA 2H72A 4L8EA 1GSEA 4DSRA 3KEBA 2IMFA 3FZ9A 4F03A 1ZL9A 1B48A 2B6MA 2H1AA 4IHUA 1FAAA 2FGXA 3VI7A 2H19A 4PQIA 4I97A 1E2YA 1V58A 3DRNA 1N8JA 3TKSE 4PNGA 4GQFA 3LWAA 4MZWA 1S3DA 3GKMA 11GSA 2MBTA 2GSQA 3FW2A 5A4VA 4MK3A 5EL8A 4GSTA 4TR4A 2JADA 4BPYA 3EMPA 5J5NA 1I5GA 4EL1A 2LUSA 3MDKA 3Q6OA 3C1RA 2ZNMA 3GNJA 2NDOA 1ON4A 1WOUA 2VAFA 4IGJA 5D73A 1HNBA 1GSUA 2OE0A 2WB9A 3K8NA 3KM6A 5ID2A 3HVXA 1ERUA 3BOAA 1O85A 3QAVA 4TR0A 1M2BA 2YV9A 1OC3A 4DSSA 1RQMA 3HYPA 4JZQA 1F3AA 2RM6A 1X5CA 2WCIA 2OE1A 2LRTA 5D96A 3P90A 1TTZA 5LCZA 1A2MA 2HXKA 3TB2A 3FEUA 2LJRA 4LA1A 2V32A 5ECRB 3FZ5A 3GA4A 1ABAA 1Z5YE 1U3IA 3DVXA 1A24A 1XZOA 3MNGA 3UMAA 3QR6A 3WT2A 3APOA 3KGKA 4HUAA 4PNFA 5F0GA 4G9HA 2WDUA 4J57E 1S3CA 1WWJA 4ILFA 5JCUA 5HR3A 2BJXA 2FNOA 3TKQA 3UAPA 4WXTA 2O85A 2YJHA 5IIZA 1EP7A 2K18A 1GSDA 5IPHA 1X5EA 2K9FA 5GAPD 1PA3A 1KBNA 1FB6A 4LL1B 2BMXA 4LMWA 3GURA 3UIWA 2WFCA 3IAM2 3ZFBA 1YDKA 2WJUA 5DAKB 1TP9A 2OKAA 1PL2A 3F4TA 4ZB9A 2FA8A 2MMOA 1ERVA 2B1LA 1OE7A 1NW2A 5IQYA 2DMMA 1KTEA 2LNSA 3KTLA 4V2NA 5B7CA 5J9BA 4GSNA 1RK4A 1SK0A 2GZYA 2JZRA 2QSIA 3TCOA 3ZMKA 2JL4A 1X9MB 2IJYA 1F37A 5H5SA 2VIMA 3O6TA 3EU3A 5DBQA 2YWMA 2FUG2 3LORA 1MTCA 3TRXA 4OD7A 5IMDA 1BQ7A 3IAS2 1GTIA 2PVOC 4GTUA 2HRNA 3ZVJA 1GH2A 2GGTA 1EOGA 2HSYA 3WGEA 4OMVA 4K9ZA 4O92A 4MPFA 2C8UA 5HR0A 1QK8A 2ZUPA 2PERA 4V2MA 1WPIA 3IDVA 1M9AA 1K0OA 8GSSA 4IVFA 2FHEA 5L71A 1XW9A 3TRPA 2PGTA 3KH9A 3KP8A 2R3XA 3FKFA 5G31A 5CRGA 1RW1A 4OCFA 1TRVA 4NXIA 4XCSA 3APSA 4F82A 4P3YB 4ID0A 1K0NA 1CQHA 2DIYA 3CTFA 5IPGA 2V6KA 1B9YC 3BCKA 2IMIA 4AJ8A 1X5DA 5D9TA 4IQAA 4IW9A 2H76A 2E2GA 3H8QA 1H75A 2MZCA 3QFBC 1Y25A 1UA5A 3TDGA 2CV4A 2XBIA 1SL2B 1NSWA 1FW1A 1IYIA 4WETA 4TW5A 3GX8A 2GLRA 2C0DA 2VL3A 4BA7A 2EIOA 1GULA 2AV4A 3KTBA 2H1BA 3IBHA 3IK9A 4KAEA 1AUCA 3M9KA 4TR1A 1O7UA 2RIIA 1QXHA 5KN1A 5EY6A 2YWNA 4IJ3A 3TJKA 3KMOA 4G19A 1GSQA 2V6OA 3LJRA 1VF3A 2FCHA 1YZXA 1K3YA 2KHPA 3A5WA 4ZB8A 4XS4B 2OADA 2IFQB 2PMTA 4MF6A 4RUVA 6GSVA 1TK0B 2LJKA 1M99A 5AN1A 3R2QA 1YY7A 2X64A 4KA0A 2L59A 3F3RA 4Z7XA 1WJKA 1SU9A 3EU4A 1O8WA 4TRXA 2NPBA 3TUEA 4MZBA 1ZCPA 2GVPA 1SJ6A 1TW9A 4BL7A 2HYXA 4ZL9A 3LYPA 4ECBA 1OAZA 2DJ0A 3CSIA 2LV3A 2GS3A 3AY8A 5CRDA 3F6DA 4KB3A 5D93A 2GTUA 1HQOA 2B7KA 3DYRA 5DQYA 5JWRB 3BD2A 1E6BA 4FH8A 3G7IA 3LXTA 4TXOA 2IIYA 2KOKA 2C0GA 2X8HA 4LMVA 2L4CA 3KJYA 3FY7A 2MMNA 3GYKA 1OC9B 3FZ4A 1F3BA 1A8LA 1OKTA 2M72A 3KMNA 4ECCA 5DCHA 2DIZA 2MBSA 6GSWA 1R5AA 2NTOA 1PD21 4KW6A 4WKWA 1A2JA 1NM3A 2V41A 4KCAA 4EO3A 5H5QA 2M80A 3HVSA 2VD0A 4RQXA 4YQUA 2VM2A 2PVQA 4TR3A 5AIVA 2AB6A 2K8VA 1LBKA 3Q19A 3WGDA 1ML6A 2DJ2A 4D73A 4G2EA 1B4QA 2H75A 1T3BA 1GL8A 5DJLA 2VCTA 1N2AA 5G5FA 3O3TA 4N30A 4ML1A 2B5EA 1T7PB 2QKEA 5C04A 3L9VA 4FIWA 3DD3A 3LFLA 3CSJA 3TOTA 2LS5A 3NIVA 2F51A 2IMEA 1EV9A 1YKCA 1K3LA 2VL2C 4IP1A 2E7PA 4JEDA 1MDKA 2GQKA 5A4UA 4EDYA 4ZBBA 2H30A 5IMFA 3D22A 3VPQA 3FR3A 4K0NA 5CREA 1A23A 1Z7PA 3RHCA 3ZTLA 4L0WA 2PN8A 3GTUA 3GX0A 1YJ6A 4Q5NA 3CMIA 1WMJA 1EWXA 1MDIA 4NAXA 3TKPA 2LKUA 3KCMA 2Z9SA 2R5GA 3GRXA 3VK9A 3DXBA 2CVBA 4HU9A 1T4ZA 2NVLA 3A2WA 1YEXA 1SYRA 3KXOA 3TJJA 1OYJA 3WGXA 3KD0A 3VWWA 3M1GA 4XRAA 3VWXA 5KN0A 2H73A 2KUCA 2H8LA 2JSZA 1V2AA 3P2AA 1X9WB 2YWIA 2MYGA 5KN3A 4K7IA 1TOFA 4KGIA 2WGRA 4MP4A 2F3MA 1PKZA 1ERWA 2OACA 3D5JA 4H86A 3KH7A 4N10A 1ST9A 5ECMB 3D21A 1Z6MA 4NMUA 3EURA 2PUKC 2VM1A 1GSYA 1GTAA 3CTGA 4ML6A 1Z9HA 2ES7A 4X1UA 2J23A 2RM5A 2H1DA 3QD9A 3D4TA 1PRXA 4JBBA 1AQXA 3J7Yb 2VCWA 1DSBA 4HEA2 2LSTA 1JLWA 1MDJA 4L5OA 2IN3A 3BCIA 1QFNA 6GSSA 1NHOA 4EF0A 9GSSA 1SENA 5D9XA 20GSA 1BAYA 1ILOA 2H74A 5ECSA 4X43A 2DJ3A 1SYXA 2L4QA 1XWCA 2ON7A 3ZREA 2I81A 3GH9A 4XS6A 3UVHA 3F8UA 1A0FA 3EYTA 1YQ1A 2VCQA 2CAQA 1URMA 3L0HA 2OBKA 1ZMAA 1FG4A 2OE3A 3UBLA 3IK7A 4V1Ag 1EGRA 5CRHA 5G30A 1PQNA 5IOWA 4CHSA 1G6YA 2YN1A 5D9WA 1M0UA 4ZBAA 3FZAA 3G7YA 5FHIA 5G1KA 2H0HA 3PR8A 3FRCA 4WF5A 2PPTA 3ERGA 2GQMA 2YZHA 2HFDA 2V1MA 2R2JA 3APQA 2GT6A 2C3QA 3TKSA 3CBUA 4FYCA 2FA4A 3QOUA 2HE3A 4OO5A 3C8EA 3IXRA 1V40A 2A2SA 1T00A 4NV2A 4K7NA 5F06A 3L9UA 2P31A 1O81A 2VCVA 3IRAA 2RUEA 4NWYA 1DE1A 1BEDA 1Q4JA 3QCPA 4AF2A 1GP1A 5CNWA 6GSXA 1SD9A 1BYEA 2YANA 3VWVA 4N11A 4HQSA 22GSA 3G9BA 4TN8A 5CAXA 2X8CA 2GSTA 3NZNA 1KNGA 3GKNA 1W4VA 1XXUA 2CX4A 1DE2A 3F4SA 2VD1A 2N5BA 2JACA 2B7JA 3G7JA 4POKA 5ECOB 3H93A 3FHKA 3GMFA 3E3EA 5ABRA 1GWCA 3VFIA 2DJKA 3UVTA 2JZSA 2L57A 4O7HA 5HFIA 14GSA 3FR9A 2B5XA 2FWGA 1XWGA 4XRDA 3LQ7A 1X9SB 4N0VA 5IMZA 1GNWA 2B5YA 4ISDA 1K3OA 4GRFA 4GF0A 4IN0A 2H71A 3KIJA 1V98A 3ERWA 1AW9A 4HZ2A 4Q5RA 3GH6A 1XWKA 3IHQA 7GSSA 5E4WA 3UJ1A 3WT1A 2PU9C 4MABA 4K7OA 2P5QA 3US3A 2DBCA 2D2ZA 1UC7A 1MD3A 2HLSA 3D0ZA 2LRNA 4NV5A 3LSZA 5HR2A 1JZDA 1V57A 2GZZA 2BTOT 4HQZA 4ZIJA 3H4KA 2LEGA 4PGTA 1ERTA 1A2LA 1T8EB 2YV7A 2N5FA 3ZIVA 2LTKA 2CX3A 2MMZA 4HS1A 1AQWA 4YQVA 2CZ3A 2H0GA 4PURA 3JCML 4PXOA 1EEMA 3F9UA 2P0GA 12GSA 2YJ7A 4KX4A 4Q5QA 1XCCA 4ECIA 5DAKA 1HD2A 17GSA 3ZL5A 3ME7A 5IO0A 4PQHA 4KE3A 1SJZA 2CA8A 4KSMA 2DJ1A 4CDOA 5IO2A 3HJOA 5DQSA 1XIYA 3DVWA 5ELAA 4WBJA 4QQ7A 4KDUA 3HCZA 3TRQA 4D73B 2XPDA 2FWEA 2LQOA 3CRTA 5AGYA 5ECQB 5F05A 1EOHA 3WD6A 1GRXA 4OFTA 1U6TA 3F0IA 2REMA 3H1NA 2G0FA 3HJMA 1FHEA 5CYYA 3ISOA 4HOJA 1XWBA 1XW5A 2EIRA 3DMLA 5J3RA 5DVBA 4MJAA 4K1FA 3IC4A 4AJ7A 1R26A 4WF4A 1LU4A 5G2ZA 5B6NA 3N9JA 4ZB6A 1ZOFA 5AISA 2GDRA 1VF2A 3W8JA 1JLVA 4EKZA 2HZEB 2JU5A 4JRRA 4E8HA 3TJFA 3L4NA 2OA7A 3BBYA 2E2MA 3TOUA 1F9MA 5JWQB 4MJEA 1AAZA 2AUVA 2H6YA 2H1GA 5IM9A 3CXGA 1SKSB 2E0QA 4XTSA 1JZOA 3W8SA 4CW9A 5KEJA 4AJ6A 1OVNA 5B8BA 5JWOB 3KZQA 2AYTA 4KDYA 4MJCA 1FOVA 1ZZYA 2K6VA 2XC2A 3ZFLA 3BJ5A 3C71A 1B4PA 2XPEA 3GSTA 3U6VA 4KCEA 4L5LA 1TJDA 2IL3A 2YP6A 2HSHA 2V2GA 5ECHB 1TKDB 3M3MA 4XS4A 1A8YA 2AJQB 2JSYA 3F3QA 2IFQA 4OFNA 2K8SA 1WP0A 3F63A 1JHBA 1F2EA 4MPGA 1YKAA 1SK1A 5FWGA 1SKRB 3F4RA 1USBA 4EDZA 1GSSA 3HHVA 1K0DA 4G10A 2EIQA 2L5OA 1R4WA 4OCEA 4TXVA 3C73A 2VCZA 5IMVA 3DKSA 3WYWA 3VI5A 6GSUA 3HD5A 3PGTA 18GSA 2YNXA 2WZ9A 4KDXA 1EV4A 1UN2A 3VWUA 3TJBA 3CYNA 4PX1A 2DSAA 4ZL8A 2F8AA 3F6FA 5ID2B 3IOSA 1XW6A 1TRWA 1R5PA 4EVMA 4GQCA 3LEFA 1XOBA 2X8GA 3M8NA 4DSSB 2VL9A 3L78A 2O7KA 2R4VA 2O89A 3ME8A 1OC9A 2HRFA 1TI3A 2CAIA 3UL3A 2C80A 1O8XA 4ZL7A 13GSA 5INYA 5FT3A 1OE8A 1FVJA 5HFKA 1BG5A 4QL9A 2GT5A 1TRUA 2J9HA 2VLVA 16GSA 4WR5A 5C00A 1SJIA 4JR6A 1J0FA 3GL5A 3NOFA 4I6XA 4LL4B 1EP8A 5A5KA 2I3YA 1V9WA 1PGTA 2LRCA 3M9JA 2FY6A 2OBIA 3QFAC 4XHMA 2VLTA 2NBSA 5DALA 3UARA 1S3AA 4POLA 2LNTA 3QAWA 1IYHA 1JZWA 1UVZA 4ECJA 3GUSA 4MMMA 1O73A 3EC3A 5G1LA 5JCWA 1XVQA 5J9CA 5GSSA 1B9XC 4K8MA 4EXJA 4MLYA 4KNDA 3EE2A 1M2AA 3EMXA 4MA9A 4X0XA 3A3TA 4KUNA 3QAGA 19GSA 4MCUA 4BVXA 2TIRA 3FYGA 4MJBA 1M9BA 1DUGA 3D6IA 2IPAA 1ZYEA 1AC1A 4NHZA 2WS2A 4HU7A 1U3AA 1A0RP 4V1Ap 3RPPA 2WRTA 1PN9A 2H70A 2ON5A 3GKXA 1U88A 3GV1A 5G5EA 4DSQA 4JR4A 3ZYWA 2QC7A 2C4JA 1FB0A 1Z7RA 2VCXA 2YWOA 3W6GA 5ECPB 3KP9A 1BJXA 3I43A 3CSHA 4J56E 5ECNB 2DLXA 3DEXA 4WR4A 3ED3A 4I8BA 3I6AA 3P8WA 1TK5B 1YF0A 5ELGA 1XFLA 4PQ1A 1PX7A 2VL2A 4JE1A 2KP2A 4K2DA 2YOIA 3ZIJA 1M7TA 4MF7A 4GWRA 1WE0A 2AHEA 4WEYA 5D8IA 3Q18A 5HQPA 2A4VA 1GTBA 4IS0A 4TOPA 2PBJA 4EE0A 5ECLB 5H5RA 4EUYA 4O32A 4ZXGA 3UBKA 2HT9A 2G2QA 4MH2A 1Z3EA 3GN3A 4ZILA 5E59A 2CT6A 1K0MA 2VO4A 3FK8A 2H66A 4J2FA 3U5RE 3ZITA 1TDIA 4F0BA 5D9VA 4HI7A 3ZLPA 3LG6A 1ACVA 1O6JA 1VF1A 3LXZA 1SL0B 1U87A 3IE3A 1G7EA 4GCIA 4TR1B 1TXXA 4BWQA 3OR5A 2IWTA 3IA1A 1T1VA 3GFKA 4OFMA 3HVVA 3PH9A 1DBYA 1W89A 1M2DA 4WBRD 1MD4A 2RLIA 1THOA 3N5OA 4ULXA 2GSRA 3HDCA 5KN2A 4PUFC 2EC4A 5JCGA 2JZTA 2OJLA 4DVCA 3D4MA 2R37A 5CP1A 1HNCA 1GUHA 5CO3A 2XBQA 3ZVJD 1AIUA 3E0UA 4QL7A 3IV4A 4TKYA 1G0TA 2GZPA 1X0RA 5GSTA 2IMKA 3TKRA 4FO5A 1I9DA 4MZCA 5DJMA 4K0GA 4NPBA 2M46A 3RDWA 2FD3A 1TK8B 1R7HA 2HNLA 5COHA 3O76A 1G6WA 1PMTA 3RAZA 1F6MC 5ENUA 4L0UA 4GXZA 6GSYA 3GIXA 4XIHA 4Q5FA 3ZRDA 1VRSD 4TXOB 3QDNA 3QPMA 5J4UA 2TRXA 4POBA 1SL1B 1GLQA 4MF5A 1B8XA 1XWAA 2VLUA 1ZYQB 1EGOA 1K0CA 2MMAA 2HI7A 3SWLA 1SK2A 1TU7A 3DGQA 3EVIA 1JFUA 3RBTA 1ZGNA 2YZUA 2YCDA 4NHWA 1SD8A 2F9SA 4GLTA 1G7OA 2H6ZA 1TRSA 2I9HA 2XHFA 1OKDA 4KSOA 1QGVA 3UOMA 4DEJA 2P5RA 2O87A 2C0EA 3RHBA 1FO5A 3IR4A 3I69A 1GNEA 3GL3A 1WRYA 5B6MA 5B8AA 3TGZA 4LLRA 1AQVA 4ACSA 4YAPA 2R6KA 3E9JB 2N5AA 4BWSA 2CVDA 3Q74A 1GSFA 1CQGA 1Z6NA 1FVKA 1NHYA 1YEPA 5DCGA 5CRWA 2B3SA 6GSTA 2PWJA 3GSSA 1K0AA 1TU8A 5ECIB 1QUWA 3ERFA 1EZKA 3MWHA 2AAWA 1WIKA 5GZZB 3QMXA 2KLXA 2B1KA 4RI6A 1Y6EA 1J9BA 1GUKA 2I4AA 3C1SA 4OO4A 3PINA 1KEBA 1T4YA 4FYUA 1XVWA 1BX9A 4MDCA 1GLPA 3GTUB 2C3NA 4N0ZA 4ZBDA 1LJRA 1QMVA 2FLSA 2VOCA 4YH2A 3VLNA 4PUAA 1QQ2A 3HJPA 3HZ8A 1PKWA 1MEKA 2CQ9A 2H6XA 4HZ4A 1K0BA 5EPFA 1OC8A 3ZZXA 2X99A 2L6CA 3EWLA 10GSA 3HKRA 4IKHA 1Q98A 4RQRA 2H0IA 5LD0A 5F07A 1JZRA 3I9V2 4IP6A 4AGSA 2DJJA 2RUFA 1XBSA 1EEJA 4F9ZA 3H79A 5A4WA 3IPZA 4IJIA 3GKKA 4POMA 4RI7A 1VGLA 3FR6A 3VURA 3LGCA 3C7MA 2WULA 4MH3A 5IMCA 3VPTA 5F8BA 2KP1A 3MAKA 2ZCTA 4EC0A 3MSZA 3L9SA 3DIEA 3UEMA 4KH7A 1J08A 5DALB 1PSQA 5IOXA 2QGVA 2DC5A 2YPMA 2A2RA 1GTUA 3P7XA 1H4OA 1XPVA 5LNKe 2I1UA 4HJMA 3SBCA 3TKSC 1THXA 2C1YA 4IELA 3GHAA 1GUMA 3HZ4A 4JU5A 4OWYA 3CRUA 3M0FA 3S9FA 3A2XA 2H01A 4F2IA 5HR1A 5IMAA 4K6XA 3HXSA 2HZFA 1SKWB 3HY2A 4HDEA 1TI1A 4O5RA 2DMLA 3EINA 4I2UA 1HNAA 3RPNA 2IMDA 1AXDA 2HZEA 5ECKB 2CVKA 4HJ2A 4TVEA 5AIXA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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