3FKTA

Crystal structure of human beta secretase complexed with spiropiperdine iminohydantoin inhibitor
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
387
structure length
368
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery and X-ray Crystallographic Analysis of a Iminohydantoin Inhibitor of beta-Secretase
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 368
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fktA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fktA02
2F3FA 5DQ1A 1SP5A 4B00A 3ZMGA 3SKGA 2QHCA 2AIDA 5P23A 3TPRA 5P2RA 3OU1A 4Y3XA 2R38A 2ER7E 1HPXA 2G21A 3AUPA 3TKWA 5COKA 5P0ZA 2QMDA 2AVMA 1D4JA 3BGCA 4WTUA 1XN2A 2ZHRA 1A8GA 4Y3JA 5P4CA 5P8LA 5P05A 2IS0A 2V12C 5P4QA 4Y56A 4YD5A 5P3OA 3RSXA 5P7WA 1NH0A 1W5VA 4Y5EA 1FQXA 3LPKA 4Y3HA 3TLHA 2MIPA 4Y4AA 4F74A 2OHPA 2PYMA 5OZYA 1GKTA 3HBOA 5P78A 3VYFA 4IVTA 3OTSA 2P83A 4CPXA 5OZAA 5P5GA 5OZCA 5P5EA 2FGVA 4ER1E 4YE3A 3HAUA 2QU2A 4DJQA 2OHLA 1EPPE 3QAAA 2WECA 2PWRA 3EKPA 1FMXA 2Q5KA 3TH9A 4ZSRA 4J0YA 1MESA 1HRNA 1N49A 1T6EX 1XE6A 4DI2A 3OUAA 2OHSA 1GNMA 4OBZB 5P7DA 5P7JA 2NTRA 5P2NA 4PHVA 2WEDA 4GJ8A 4HLAA 2VS2A 4L6BA 5P0SA 5P5VA 3O9LA 5OZPA 1IZEA 3S7LA 5P47A 2BBBA 1SGZA 5DR0A 5BWYA 5P5PA 1YM2A 5P3XA 3LHGA 5P42A 5IS4A 5P6PA 3ZKXA 1K6PA 3EL1A 4GIDA 5OZ3A 2OHRA 5P3JA 5P2QA 2FXDA 3UDYA 3Q6YA 1EPME 1ODXA 3PMYA 2VNMA 5B18A 3MWSA 3SA3A 4B1EA 3TOHA 5KR8A 5P1SA 3UDQA 5P0PA 5P0LA 2G1RA 4YDGA 2WF2A 5P4JA 4CPRA 3SAAA 2OHQA 5P68A 4ZSPA 4M8YA 2IENA 5HDUA 2O40A 2QMFA 1K1TA 5P2VA 4YCKA 2AVSA 5P6OA 5P1PA 5P4AA 3ST5A 5P58A 3D1ZA 5P6ZA 5P8RA 5P7CA 2WEZA 4Q5MA 5HE5A 3JVYA 4D89A 1ZAPA 4HE9A 4NPTA 1DMPA 4RVJA 2B7ZA 1PFZA 2QZLA 3DM6A 2WEBA 5P4XA 2OHTA 3BXSA 3LIXA 3SQFA 2O4LA 5P3FA 2FDPA 5OZ2A 3NU3A 4IVSA 5P7IA 4H1EA 2Z4OA 4Q1NA 3LINA 2ZJHA 5P0MA 5P51A 4RGHA 1META 4Y48A 2QHYA 2NMZA 5KR2A 2Q3KA 5P28A 2Q54A 5DR8A 3O9BA 1CPIA 4J1EA 4EJDA 5P12A 5P4DA 4GMIA 1MSNA 4QJ6A 1CMSA 4Y4UA 1HIHA 2OHUA 3CYWA 5OYXA 4DJPA 4Y5AA 2V13A 1T3RA 4DQBA 2PSUA 2HS1A 4WY6A 5P8OA 3EKQA 2NXLA 3QP0A 5P79A 2AZ9A 5F01A 3OQKA 3ZPSA 4EJ8A 5P0AA 3QI1A 1DIFA 5P6EA 3NDXA 2WF0A 3K1WA 1ZPKA 4QJ2A 1M4HA 4Y51A 3RSVA 4PYVA 3O99A 3OK9A 1HSIA 4MC9A 2QAKA 2XFIA 5OZ1A 1BVGA 1M0BA 1UPJA 1ZSFA 5AHBA 3GI4A 5ISJA 4KE0A 3NXNA 1D4IA 4PZXA 5HCTA 5P2XA 2RENA 4EQJA 1PPKE 1IZHA 3HVGA 4D83A 3T11A 2UY0A 3OWNA 4RROA 1MT9A 4YHQA 3G70A 5P5CA 2HAHA 1T6GA 4ZPGA 5JG1A 2WL0A 5P1DA 2JJIA 2VIEA 5P5KA 5P7NA 5P8TA 5P69A 1FQ8A 3GGXA 4I10A 2VIZA 1FFFC 2HIZA 5P60A 3EL0A 2I4VA 4Y3YA 5P4HA 3VFAA 3I2LA 4DJUA 5C9FA 2FXEA 2ZJKA 3NDUA 4RCFA 3L5CA 5DQ5A 2BB9A 3TOGA 3HDKA 4J5JA 3VF5A 3S7MA 5P1ZA 1QRPE 3L5FA 5P2DA 5P2EA 3DCRA 5P66A 1FMUA 1SMRA 2PSVA 5P5TA 5P6SA 5P7OA 5P1WA 5P5DA 4HDPA 3HAWA 3PSGA 4Y36A 5DGUA 3IA9A 3ZPUA 1TQFA 2Q55A 5ENMA 5P7UA 3IXOA 2P3DA 3VYDA 4YCTA 3SABA 3PB5A 2WEAA 2B8LA 3H0BA 4OBGA 4F73A 3HVPA 5P87A 2QZKA 2PMAA 3VF7A 2NXMA 2CEMA 1LYBB 1MPPA 5P4LA 3SA6A 5P7XA 4A6BA 2RMPA 4EHCA 3SM1A 4EPJA 1VIJA 1MIQA 4YBFA 1WBMA 5P35A 4Y41A 3UDJA 2G1NA 3R0YA 5HCOA 5SY3A 3SFCA 2VA7A 3ZL7A 3LNKA 1HSHA 3T7XA 4K4PA 4K8SA 1NSOA 4ZPEA 4FM8A 5P08A 5P01A 1HOSA 2IGXA 3EL4A 4J0ZA 3S53A 4U7VA 1BAIA 2QI0A 2ZDZA 2QNNA 5P64A 1LV1A 2V16C 2P3AA 4R95A 5P38A 4J1HA 4Y5MA 1PSNA 3OADA 1Z1HA 3CMSA 5OZGA 5P8EA 1HVIA 4RZ1A 2G27A 5APRE 2QZWA 5P0FA 5P2BA 3IXKA 4L7JA 2NMYA 1FF0C 1TSUA 3CIBA 4Z50A 5KQZA 4YD4A 5P6XA 3TPJA 1BIMA 1B6MA 1HHPA 2OAHA 4JECA 5P5UA 2ER6E 3SA4A 5P6MA 2I4WA 5OYTA 2R3WA 3B80A 2BJUA 2BKTA 4L1AB 3S85A 1FQ7A 2J9JA 3FNUA 3KMYA 1W5WA 2F80A 2FLEA 3DCKA 5P6FA 4AUCA 1MVPA 5OZFA 4Q1YA 1YT9A 5P0OA 4APRE 5OZ5A 2IQGA 3LZUA 4Y3PA 1D4YA 3KM4A 4QJ8A 3CIDA 5IVQA 3OY4A 1HVCA 1BXOA 3PHVA 2IDWA 3NU5A 3S43A 4GJDA 3FIVA 3KT2A 5P0TA 3VLAA 5SXNA 2I4XA 4DQHA 5P2UA 1SBGA 4I11A 2B42A 1SH9A 2J9JB 5P7PA 3IXJA 4XX3A 5P6UA 5P4PA 5P4ZA 5P1UA 5P3PA 5HDVA 1K2CA 3ZOVA 5P7SA 5P0VA 5P81A 3JVWA 3I6OA 4Y37A 4DJWA 4FRJA 4YD6A 5P30A 5P0HA 2WF1A 3LIYA 5P1TA 2I0AA 3BUGA 3Q5HA 2QI1A 1XL2A 1T7KA 1GVUA 5KQFA 5P40A 4DJRA 2VJ7A 3OGPA 4RRNA 3NLSA 4KUPA 1LEEA 2QD7A 3LZVA 1KJ4A 1HIVA 4GJ9A 3RTHA 3OUDA 5P5BA 1D4SA 5OYQA 2V0ZC 2PH6A 5DQCA 2R8NA 2VIYA 4RVXA 5P6LA 2AVQA 4Y38A 4J0PA 2PWCA 3S45A 2XFKA 3RTMA 2NXDA 1MRWA 3OHHA 1C6XA 2IKOA 5P56A 1KJFA 4Y3DA 5HE4A 5P4SA 3OOTA 5OYUA 2IKUA 1LF2A 4K4RA 4NKKA 7UPJA 4LXAA 5P7EA 4J54A 1G2KA 1YM4A 5P2ZA 5IVRA 4LXKA 4GJCA 4HDFA 3TPLA 4A6CA 3T7PA 5C9DA 5OZZA 3ZKIA 2Q11A 3OUDB 2ZHTA 2PK6A 3ZKQA 5P27A 5DR1A 5P6WA 5P4EA 1EC1A 2WJOA 5P3UA 4Y3RA 3QRVA 4BEKA 3KA2A 5P48A 2AOGA 5P46A 3SA7A 5P41A 4Y3LA 1ME6A 4DH6A 3BC4A 5P10A 5P3BA 5JFPA 3INFA 3PLLA 2JXRA 3FV3A 1K2BA 5KOQA 1FGCC 5P8GA 3VSWA 3DOXA 5ER1E 2QNPA 4ZE6A 4I0HA 1OD1A 6APRE 3KF0A 5P8CA 1AZ5A 3IAWA 5P06A 1D4HA 3D91A 4Y35A 5OZJA 1EBKC 3QROA 5P4NA 5P1AA 4Y4XA 3ER3E 3NXEA 4I0DA 1QBUA 3AIDA 3KDDA 1XL5A 3ER5E 5KR0A 3EKVA 4HEGA 4DVFA 3UDHA 4DPFA 3D1YA 3EM4A 3B7VA 4OBZA 1XDHA 5P0CA 5P11A 2HB3A 1MERA 2HS2A 2ANLA 5ER2E 4K4QA 2QMGA 4WY1A 3BXRA 3QVCA 5DR3A 3OXWA 4FRKA 4Y4WA 2B7FA 5P43A 4B70A 3BGBA 1PSAA 1FB7A 5P77A 4JPEA 2A4FA 4GB2A 3SA9A 3D3TA 2R43A 4YOBA 3FNTA 5P7QA 2EWYA 3TL9A 3EKWA 4TRYA 5P0UA 3Q70A 1ENTE 1JLDA 5AH7A 3K5CA 4FM7A 4EJLA 5DPZA 4DPIA 3SA5A 5P44A 5P3DA 1EC2A 3VUCA 4DJYA 4F75A 4E43A 5KR1A 4MC1A 3O9AA 4CKUA 9HVPA 5P70A 3L58A 4GYEA 4Y54A 5P3MA 5P6QA 3BUHA 5P50A 1KJHA 1KJGA 1AAQA 2I0DA 3EKYA 4NJUA 3KMXA 4D8CA 5P36A 1MT7A 5P6YA 3CKPA 3GGVA 4Q1WA 2IRZA 2ER9E 4EP3A 5P19A 3L5EA 4ZLSA 4TVGA 2QNQA 5P1IA 3PSUA 5P1CA 2G22A 1GVXA 1FEJC 1C70A 4J1CA 3TTPA 6FIVA 1SMEA 1B6JA 4QJ9A 1K6VA 5DR7A 5P1RA 5HVPA 2XYFA 1MRXA 1YTGA 1EBWA 4Y4ZA 1FIVA 1HTFA 3KDBA 3QBFA 3VEUA 5E5JA 3LIQA 1BV7A 5OZDA 3MXDA 2QD6A 3R4BA 1WBKA 2B8VA 2VNNA 1B6LA 4FAFA 3NDTA 3OXXA 3ZKNA 3KFSA 3UDPA 4R93A 2OF0A 5P4KA 4FE6A 1EAGA 4EP2A 3EKXA 1EC0A 3GI6A 3I7EA 4GJ6A 3WSJA 4Y5CA 4OBKA 1YTHA 2FMBA 4Y50A 5OYWA 2WHHA 5P59A 1ZBGA 1YTIA 2BPYA 5P0IA 3WZ8A 5OZ4A 4MC2A 5P2YA 5OZ7A 4LXMA 1BVEA 5T4SA 1FQ5A 4YCYA 1HVSA 5P02A 5AH6A 4JP9A 3T3CA 3GW5A 5P1LA 5P0DA 1MTRA 4Y3ZA 2I1AA 3ECGA 1BDLA 5P0QA 5PEPA 4DUSA 3L59A 4R5NA 5P5MA 5EZXA 5OZLA 4FIVA 1QDMA 4CPSA 4J0VA 3UDNA 5P3HA 5P4RA 3TOFA 4OD9B 1HPOA 5P3WA 3FNSA 2WF4A 4UPJA 3LITA 3FSMA 2PC0A 5OZ9A 5P14A 1A9MA 5P75A 5OZVA 5P2JA 4J17A 1EBZA 5P1XA 1ZP8A 3VLBA 1B5FA 3UQPA 2AZ8A 5P4MA 5I3VA 4B05A 5P07A 1HBVA 3EL5A 2AOCA 1HTGA 1VIKA 5P7YA 5P5YA 3TKGA 3R0WA 5P24A 5P09A 3WB4A 3URJA 5P84A 2ZHVA 1HVLA 4FSEA 1SGUA 2R3TA 2ASIA 1BDRA 3S8IA 4CMSA 1LYBA 2QD8A 5P8SA 1B5FB 4NJSA 2AZBA 5P1HA 5P37A 3BVAA 3G72A 5P2CA 5P6TA 1OHRA 2P3BB 5P8BA 5P4VA 5P4IA 5P0YA 1LZQA 1EPRE 4Y9WA 3ZKGA 3NU6A 5P3YA 4Y5GA 1TCWA 3U6AA 4Y58A 5P73A 4DFGA 2Z54A 3DJKA 3O9DA 2FS4A 5P25A 3JW2A 5HU0A 1C6ZA 4Y3GA 4ER4E 3VYEA 4F76A 5OZEA 1TZSA 3LZYA 1OEXA 1UH7A 1MSMA 5FIVA 4J55A 1W5XA 2ZJIA 3VFBA 4FS4A 5P34A 3CKTA 5P7LA 5P4TA 1G35A 4Y5KA 3OQFA 5P3TA 5P31A 1YTJA 2IGYA 5P3AA 5P39A 3GGUA 4FAEA 4LAPA 2QP8A 2O4PA 1K6TA 5P5HA 5DR4A 1IVPA 3EM6A 3DUYA 4LC7A 5P8KA 4N00A 4D88A 5P1KA 5P7FA 5OZRA 5P1QA 3GI0A 4L1AA 5P6NA 4I0FA 4YD3A 3I25A 4X2LA 2AQUA 3UFNA 3MSLA 2H6SA 2G24A 1FFIC 5SZ9A 4NJTA 2G94A 5P7GA 4OC6B 5F00A 3OXCA 2FDDA 2QI7A 3PMUA 3PWWA 4S1GA 5IVSA 1W6IA 4PPHA 5P6AA 2F3KA 2UXZA 2B60A 4B0QA 4GZFA 4PEPA 1NPVA 2PK5A 1APWE 2G1YA 5OZQA 1W6HA 4GJBA 5P8FA 4DQEA 2QZXA 3APPA 1BILA 3N4LA 4TRZA 3CYXA 3PJ6A 5OZIA 5P0XA 3CICA 2HPFA 1QBSA 1GNNA 3PM4A 2AVOA 1E81E 4H3JA 5P2AA 4M8XA 2G1SA 1Z8CA 1HWRA 3L5DA 5P71A 4Y4DA 2O4SA 5P62A 3EL9A 4RRSA 5E5KA 1SDVA 4A4QA 1FQ6A 5P83A 5P80A 5BRYA 4QJAA 1LYWA 3EXOA 5P3SA 5P8PA 5P6HA 3HLOA 5P1MA 5P1JA 3SM2A 3UQWA 3RVIA 4HVPA 4ACXA 4Q1XA 1OEWA 3HD8A 1RQ9A 5P1EA 4Y4JA 4FCOA 5UPJA 5P2KA 2H6TA 4I12A 4J0TA 3UDRA 3DV5A 5P6JA 3KYRA 2R5QA 4J1IA 3Q3TA 1LYWB 5P18A 1M43A 4Y5LA 5SY2A 1FG8C 1KZKA 1PROA 2J9KA 3OGQA 3TPPA 3VV8A 5P5LA 1E82E 1T7IA 4GJAA 5I3YA 5KQXA 1APTE 4EQ0A 2QMPA 2XFJA 4Y5NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2F3F A;  5DQ1 A;  1SP5 A;  4B00 A;  3ZMG A;  3SKG A;  2QHC A;  2AID A;  5P23 A;  3TPR A;  5P2R A;  3OU1 A;  4Y3X A;  2R38 A;  2ER7 E;  1HPX A;  2G21 A;  3AUP A;  3TKW A;  5COK A;  5P0Z A;  2QMD A;  2AVM A;  1D4J A;  3BGC A;  4WTU A;  1XN2 A;  2ZHR A;  1A8G A;  4Y3J A;  5P4C A;  5P8L A;  5P05 A;  2IS0 A;  2V12 C;  5P4Q A;  4Y56 A;  4YD5 A;  5P3O A;  3RSX A;  5P7W A;  1NH0 A;  1W5V A;  4Y5E A;  1FQX A;  3LPK A;  4Y3H A;  3TLH A;  2MIP A;  4Y4A A;  4F74 A;  2OHP A;  2PYM A;  5OZY A;  1GKT A;  3HBO A;  5P78 A;  3VYF A;  4IVT A;  3OTS A;  2P83 A;  4CPX A;  5OZA A;  5P5G A;  5OZC A;  5P5E A;  2FGV A;  4ER1 E;  4YE3 A;  3HAU A;  2QU2 A;  4DJQ A;  2OHL A;  1EPP E;  3QAA A;  2WEC A;  2PWR A;  3EKP A;  1FMX A;  2Q5K A;  3TH9 A;  4ZSR A;  4J0Y A;  1MES A;  1HRN A;  1N49 A;  1T6E X;  1XE6 A;  4DI2 A;  3OUA A;  2OHS A;  1GNM A;  4OBZ B;  5P7D A;  5P7J A;  2NTR A;  5P2N A;  4PHV A;  2WED A;  4GJ8 A;  4HLA A;  2VS2 A;  4L6B A;  5P0S A;  5P5V A;  3O9L A;  5OZP A;  1IZE A;  3S7L A;  5P47 A;  2BBB A;  1SGZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P85 A;  2Q63 A;  2VIJ A;  4HZT A;  1BDQ A;  3GGA A;  3PLD A;  3O9E A;  4XKX A;  3L5B A;  5I3W A;  3HW1 A;  5P5N A;  1FQ4 A;  3RU1 A;  1F34 A;  1PPL E;  8HVP A;  3PVK A;  5OZM A;  4EYR A;  4J1K A;  4DJX A;  3MXE A;  5P04 A;  1RV7 A;  1HXB A;  3LZS A;  5BS4 A;  5KOS A;  4Y4B A;  3NSH A;  5OZN A;  1EPL E;  3QIH A;  5P17 A;  5P2L A;  2V11 C;  5P6R A;  5P8H A;  5OZ0 A;  2G1O A;  2VJ9 A;  4Y5B A;  5P5J A;  4YDF A;  1DAZ C;  2G69 A;  2FNS A;  3EM3 A;  1G6L A;  2I4D A;  1SDU A;  4Y39 A;  5OZK A;  3LIZ A;  2AZC A;  3OAG B;  3KFP A;  4ER2 E;  3R2F A;  5P22 A;  3URL A;  4YA8 A;  1AXA A;  2Q64 A;  1IDA A;  2ZJJ A;  5P7Z A;  3INH A;  1YX9 A;  2NR6 A;  4Y3W A;  2OHK A;  3WZ7 A;  3ZLQ A;  1APV E;  1MUI A;  3L3A A;  4BFB A;  2OHN A;  4NPU A;  3PCZ A;  4DQC A;  2RSP A;  2HB4 A;  3OU1 B;  5P3L A;  1F7A A;  4ZSM A;  2JJJ A;  5AH8 A;  3QS1 A;  5P3Q A;  1DPJ A;  4Z2Z A;  2QCI A;  4OBD A;  1BV9 A;  5P16 A;  1B6P A;  5P1B A;  4MC6 A;  4Y3M A;  1ZLF A;  5KAO A;  2QHZ A;  1DW6 C;  4FM6 A;  1EC3 A;  2AOH A;  3IN4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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