3FSMA

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [l-ala51,d-ala51'] hiv-1 protease molecule
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIAGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords COVALENT DIMER [L-Ala51, D-Ala51'] HIV-1 PROTEASE
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
total genus 40
structure length 191
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fsmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fsmA02
5P7OA 1CMSA 5P61A 1T3RA 3KMYA 3ZKQA 1W5VA 5P1IA 5OZCA 2AOFA 4R92A 2I0DA 3URIA 3OXCA 5P0YA 2PSVA 1A94A 4EQ0A 4DI2A 4Q1YA 4Y5EA 1MSNA 1F34A 5P26A 3UDQA 3L3AA 1FF0C 4NPTA 1ZSRA 2B7FA 2I0AA 4A6BA 5P5HA 3EM3A 4DJYA 6FIVA 4L6BA 3TL9A 4OBGA 3GI5A 1MRXA 3IXJA 3T7XA 5P53A 1FMUA 4Y3JA 5P07A 1T6EX 5P6QA 3TPPA 4RRNA 1FQ6A 4J5JA 3BGBA 4FAEA 1PSNA 3PJ6A 5P78A 2QZKA 3DUYA 1MT8A 3SFCA 2XFIA 3L5EA 5P66A 1LYWB 1YTHA 4COEA 4KE0A 3BXRA 2I4WA 5P8GA 1BIMA 4LC7A 5P4EA 4BFBA 3L5BA 5P2TA 5P2UA 1SIVA 1EC2A 4H3GA 3OWNA 5COPA 2QI5A 3EL4A 1D4YA 4Y4ZA 3O99A 5P4GA 5P0FA 4FS4A 2CEMA 2WKZA 4J0TA 5P46A 3UHLA 4Y3SA 4K4QA 2QP8A 3SA3A 5P87A 1ZBGA 5ENMA 4DQHA 5P1VA 2ZJJA 1A8GA 5P7VA 4YE3A 3ZPTA 4FM6A 2WEZA 5BS4A 3QVIA 2WF4A 5P5UA 3WB5A 3CKRA 4J0PA 2B42A 1K6CA 3VV8A 1RPIA 4EJDA 3UDKA 3APRE 4Y3RA 2PC0A 4GJ5A 4J1CA 2QI4A 1GVUA 1GVWA 4R8YA 5CONA 5KOQA 3K5CA 5OYSA 4L1AA 5P1KA 5HCOA 3SA5A 5HE7A 5P64A 2WEAA 5DQCA 4EJ8A 2G1RA 2AZCA 2P3BA 5P4BA 3ECGA 5ENKA 4Y5KA 2AZBA 5P2NA 2PH8A 4RYCA 4TVHA 3OQ7A 5P7YA 2G22A 5P3QA 5P4YA 5HDXA 2QNQA 1EPME 3K4VA 5P1LA 3KM4A 5P52A 2OHPA 2IL2A 4Y45A 2F8GA 5OYQA 4LXMA 5P8IA 5P3XA 5AH9A 1FMBA 5OYWA 4Z2ZA 5BWYA 2Q63A 2O4LA 4WY1A 4YOAA 3CMSA 2Q54A 5APRE 4L1AB 4D85A 1UH8A 3NYGA 5P1AA 2P3BB 5P0PA 3EBZA 3O9HA 3Q6YA 2A4FA 2HS1A 1ZPKA 3VCMA 3TOHA 1YG9A 3PMUA 1D4JA 2ZGAA 5P0WA 2VKMA 4J0ZA 5OZXA 5P6CA 3QPJA 1IZDA 4Y4GA 2G69A 3QVCA 3LIVA 5P4WA 5P0QA 3OTSA 1VIKA 5P50A 3G70A 3R1GB 5P7EA 5I3VA 5P1YA 5P0CA 3S54A 3NDXA 2P3DA 1XL5A 2NPHA 5P3BA 1ZSFA 1KJ7A 3R4BA 3HVPA 1HPVA 4DQFA 3OUCA 4OBFA 5P76A 2FGUA 3LITA 4NJUA 2VJ6A 5P1UA 1HVRA 1NPAA 5I3WA 1DIFA 1ZP8A 3FKTA 2VS2A 3OHHA 5P25A 5HCTA 1HVSA 1HWRA 5OZ6A 2BJUA 2Z4OA 4H1EA 3HBOA 4RRSA 3O9IA 3EM6A 4K4PA 3TPJA 4B1EA 3VFAA 3PM4A 3D1XA 4YD6A 1ZAPA 5UPJA 2VNMA 3VYDA 5P5VA 3H0BA 5P74A 3Q3TA 4I0GA 4F76A 2SAMA 2ANLA 5P3TA 4HZTA 4XX3A 1TW7A 4Y48A 5PEPA 1FQ8A 4EWOA 2RMPA 1AVFA 1ODWA 4M8XA 4GJ9A 4FSEA 3M9FA 1PPME 5P6TA 3ZKIA 4CMSA 2FXDA 2QHCA 5P6BA 5P2IA 5P7PA 2OHTA 1UH9A 1G35A 1APTE 1VIJA 2WF2A 4LHHA 4AA9A 5P6LA 1HPXA 3OXWA 4M8YA 4QJ2A 5OZOA 4KE1A 4Y4XA 5P2SA 1Q9PA 1XE5A 5P5AA 2I4DA 4IVSA 2J9JA 3MSKA 2I4UA 1K6VA 3EKVA 3B80A 5DR7A 3PSYA 3ZKSA 3EKPA 5DGWA 2O40A 5P32A 3ZPUA 1CZIE 5P7FA 5P4SA 5P1EA 1LF2A 2RKFA 4R91A 6UPJA 4Y58A 1HSIA 3KT2A 4Y3GA 5HDVA 1YTJA 5OZAA 5P3MA 1OD1A 4QJAA 2OAHA 4Y47A 5I3XA 2IQGA 4Y3EA 5P16A 4LAPA 2QZLA 3I2LA 2JJIA 5CLMA 3BHEA 3DJKA 4MC1A 5P89A 1IVPA 5P2GA 5P13A 4Q1XA 5P20A 5P0UA 4KB9A 1EPQE 2B8LA 4U7VA 2J9JB 3KF0A 4GYEA 3RU1A 3D3TA 1HXWA 2AIDA 5P3VA 2R5QA 4JPCA 5SY3A 1IZEA 1G2KA 2I1AA 5P4NA 3KT5A 1ZLFA 5P6IA 3L5FA 4Y4UA 3NLSA 2IEOA 1SDVA 5P84A 1WKRA 1YTGA 1QBSA 3LIQA 5P4VA 2VNNA 1XN2A 3CYXA 2WL0A 5DQ4A 3KFNA 3SPKA 3PBZA 5P8DA 1SGZA 2G26A 5OYTA 5DGUA 5P0JA 5P4IA 5P65A 5P81A 2PWCA 4B05A 3K5DA 2NMZA 5P63A 3OXXA 5OZ2A 4APRE 4RYGA 5P2EA 4EQJA 1BXQA 1EPNE 3MSLA 5P6ZA 3EKWA 3SA4A 1F7AA 4YD4A 1PFZA 5P7JA 3TH9A 3FSMA 2PK5A 2UXZA 5OZSA 2WF0A 5P3OA 5OZNA 2V11C 2HB3A 5P0AA 2IKUA 3OU4B 1BV7A 1K2BA 3TTPA 2IRZA 3A2OA 4YBIA 2BPWA 4XXSA 5OYUA 1EBZA 3EC0A 3ER3E 5T4SA 5OZPA 5P4ZA 4Y53A 1FB7A 5P0ZA 2ZHUA 1FLHA 2G1YA 3K5FA 3QI1A 5P71A 4OBHA 3SLZA 1E82E 2AQUA 5P2DA 3UQPA 1ZPAA 2Z54A 2AVMA 5P6FA 1RQ9A 2AOHA 4ZSPA 2PMAA 2AOGA 4Y39A 4AMTA 1SH9A 5P11A 3UCBA 3UDJA 1HVLA 5P24A 5P8LA 4I0FA 3VF3A 2HM1A 1BILA 5P0TA 1APWE 5P62A 3NXEA 2PYNA 1EEDP 2QU2A 5P51A 5P34A 3U6AA 3QS1A 5HE4A 5P1SA 5P7AA 2ER0E 4OC6B 3OQKA 3TPLA 1PSOE 2FS4A 4ZPFA 2FDEA 3QAAA 5P0BA 5P06A 5P7CA 3RSVA 3L58A 1CPIA 4U7QA 4J1KA 1EPRE 2Q55A 3LZUA 4DJWA 3KDBA 4TRZA 3VUCA 3VSWA 2FLEA 2AVSA 4MC9A 5HU1A 4FE6A 1W6IA 4YDGA 1A30A 3EL9A 3IA9A 5ER1E 5P0SA 3HD8A 5P7RA 1QS8A 3INDA 3SA6A 2UY0A 5SZ9A 4K4RA 4GJ6A 3VLBA 2BKSA 3QRMA 3Q4BA 5OZ3A 5OYRA 2HB2A 1C70A 1IIQA 2I4QA 4FAFA 3DK1A 5P8UA 2WF3A 2FMBA 5P60A 3WZ8A 3APPA 1IDBA 2OF0A 3SACA 2OHLA 4HDPA 1FEJC 3S43A 1XDHA 2HAHA 4GMIA 5P5QA 4Y50A 1IDAA 3S45A 3FIVA 5P27A 5DR0A 5P1JA 3T3CA 5AH6A 5JG1A 1ZJ7A 2ZJIA 2HIZA 3QBFA 5P3LA 5C9FA 2AOEA 3UQXA 5IS4A 2OHSA 1LYWA 3NUJA 3PGIA 3QRVA 3JVYA 5P7QA 1W6HA 3PLLA 5OZMA 1KJFA 4PHVA 3T11A 3EMYA 4HDBA 4RLDA 2IENA 2NNKA 2Q5KA 2QI6A 2IGYA 3O9CA 2WECA 1MRWA 2PQZA 3QBHA 1BWAA 4X7IA 5P72A 5OZ0A 4AA8A 2P83A 3S43B 5P85A 5ISKA 4Y5AA 5P2VA 3OAGA 5P3HA 2I4VA 2I4XA 3BUFA 4ZPEA 4AZYA 3FNTA 5P3NA 2ASIA 5KQFA 4Q1NA 3VSXA 2G27A 2FDDA 1EBYA 5P29A 4Z50A 1FGCC 4JOOA 4DPIA 4YD5A 4CPQA 4Q1WA 1HHPA 3ZLQA 5P3JA 2WEDA 3Q5HA 2IDWA 1KJGA 4OD9A 4YOBA 5P3RA 1EBKC 1SDTA 4CPRA 1B6KA 5OZGA 1RV7A 4RVXA 3CYWA 1EC3A 1TSQA 5ER2E 1DMPA 3OAGB 4Y51A 3PI0A 1XL2A 5E5KA 1W50A 2FXEA 4EPJA 3SA7A 2QNNA 1IBQA 1QBUA 4H3FA 4R5NA 4I11A 1D4IA 3PSUA 4Y5PA 5P5MA 5P6EA 5P6UA 1LF4A 3QRSA 3IGBA 4UPJA 1HVJA 5P2QA 3SA8A 2IS0A 5P7DA 5OZQA 4DUSA 3SA9A 1C6ZA 4CPXA 2OHRA 4Y3NA 5IVSA 4OBDA 3KA2A 1D4KA 5P69A 3LIZA 4OD9B 4I8WA 3T6IA 5P8SA 5JFUA 4HLAA 2PYMA 3EKQA 4B1CA 4ZIPA 2RSPA 2NXDA 4ER1E 2B8VA 1HTRB 2QCIA 2V12C 3OU3A 4LXAA 5P68A 5AHCA 1LF3A 5KQXA 2QNPA 3BVAA 5OZHA 1TCXA 5P35A 1QBTA 3NSHA 2NXMA 1W5XA 4Y4JA 2FDPA 2R43A 3G6ZA 3FNUA 1B6PA 4APEA 4EXHA 5P1CA 4TVGA 1MESA 3LPKA 4Y3WA 4J54A 4Y38A 4X2LA 3DV1A 3LZYA 4RROA 4YCKA 5P3KA 5P7XA 4DQEA 2V16C 2AZ8A 3ZMGA 5HE5A 4Y3TA 4QJ8A 1Z1RA 2BPYA 4FLGA 5P59A 1YT9A 1K2CA 1FG6C 1AIDA 5P31A 3Q70A 4Y4DA 6APRE 5KR0A 1PSAA 4LBTA 5P6VA 5P4HA 3D91A 4QJ7A 2F3KA 3PCWA 2R38A 3CICA 5P5JA 4EHCA 1SP5A 1M0BA 5F00A 4Y3MA 5P49A 1GKTA 1J71A 1MPPA 5AHAA 2PH6A 5P7LA 4JP9A 5P5PA 1Z8CA 3IN4A 3INEA 5P1NA 3OK9A 1MT7A 3S85A 2NNPA 3OADA 3HLOA 3B7VA 3GGAA 1FMXA 4J1IA 1HSHA 5KQZA 3FNSA 3S7LA 5P4UA 4I0IA 2Q3KA 3OGQA 5P67A 3WB4A 2V00A 3DV5A 5OZYA 5P0VA 3VFBA 5P09A 5P88A 5P2LA 1K6PA 5P8CA 4FCOA 2ZDZA 5P6JA 5P3EA 3IAWA 5P5DA 3WZ7A 5HDUA 4DH6A 1HIHA 1YM4A 2APRA 3ZKXA 4A4QA 1JLDA 1QDMA 3EXOA 5P8PA 5KOSA 2OHMA 5P5KA 3OADB 4QGIA 5P8VA 4CPUA 4FIVA 5OZDA 4Y43A 3GGUA 4Z4XA 3L5CA 5P2OA 1TSUA 8HVPA 1BVEA 1MTBA 2ZE1A 3UFNA 5P1HA 5P7BA 5HTZA 3NU5A 5P5YA 1SIPA 3EKTA 3ZKGA 5P2RA 5OZRA 1W51A 5P6WA 4CPWA 1NPVA 2G20A 3RTNA 4NJSA 1META 4DV9A 1HVCA 2BB9A 4GJDA 3PMYA 5P86A 3QP0A 3SM1A 1T7JA 1OEXA 2F80A 2BPXA 4Y3PA 1ER8E 4B70A 2PSUA 1DAZC 2P3CA 5P6GA 5P4PA 5P04A 2OHQA 5P0IA 4AUCA 5HVPA 3OQDA 1DW6C 4A6CA 2P8HA 3ZPSA 5DQ2A 4GJ8A 5P5NA 4Y4TA 4Y5LA 5P48A 5EZXA 2RKGA 5P3CA 2QMPA 2WF1A 2QMGA 4YHQA 4GJCA 5P19A 3ER5E 1NSOA 3DCRA 5P7HA 3VV7A 5P8EA 5P4XA 1HVIA 3LHGA 5COOA 2P4JA 5P57A 4Y54A 4I0JA 2IKOA 1FQ5A 3AUPA 3GI4A 1G6LA 4B77A 4GIDA 3LPIA 3PRSA 3IVIA 3EL1A 4ZLSA 2WHHA 3UPJA 4Y3DA 4ZSQA 1HPOA 2VJ9A 3U71A 4Y44A 1SMEA 5P6KA 5P56A 2QD7A 4L7GA 4J17A 5OZEA 2QK5A 3OU4A 1FFIC 1OHRA 4N00A 1XN3A 4EP2A 2VJ7A 1E81E 5P1TA 4J0YA 3UTLA 4F75A 4I8ZA 4EJLA 4Y41A 5P40A 2XFKA 1TCWA 3MWSA 1BXOA 2FNTA 1AM5A 5P5OA 3BVBA 4PYVA 1GVVA 2AOCA 3PHVA 3LZSA 1D4HA 3URJA 3RTMA 4B0QA 1BWBA 5P79A 5P82A 3S53A 2XYEA 5P10A 4Y5CA 3OUAA 4I10A 5DR4A 3KFRA 3VV6A 3HW1A 1K1TA 5BRYA 5P44A 3U7SA 4PZXA 5AH8A 4D83A 1MUIA 3GI6A 5OZJA 3D20A 4FRSA 2G21A 5P3SA 4D88A 2B60A 1B6LA 2G24A 5DPZA 2R5PA 3LIXA 4DQBA 4OC6A 3FX5A 1N49A 3FV3A 5AH7A 5P4CA 2G1OA 4ZEAA 5OZWA 5AHBA 5OZBA 2Q15A 4TRYA 4FRKA 3NU3A 2QAKA 2OHNA 1EBWA 4R93A 3HDKA 1LYAB 1B5FA 1YM2A 4YDFA 3ZKNA 3R0WA 4FRIA 3PLDA 4TRWA 2AZ9A 3INFA 3BXSA 5HU0A 1G0VA 3O9AA 1W5WA 5P7UA 5P0DA 5P5GA 1EPOE 5P8HA 1C6XA 4Y5NA 4OBKA 4CKUA 1IZHA 3QROA 3UF3A 3KFSA 2CENA 1U8GA 5P0XA 3OQAA 5P80A 1APVE 2OHUA 5P36A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7O A;  1CMS A;  5P61 A;  1T3R A;  3KMY A;  3ZKQ A;  1W5V A;  5P1I A;  5OZC A;  2AOF A;  4R92 A;  2I0D A;  3URI A;  3OXC A;  5P0Y A;  2PSV A;  1A94 A;  4EQ0 A;  4DI2 A;  4Q1Y A;  4Y5E A;  1MSN A;  1F34 A;  5P26 A;  3UDQ A;  3L3A A;  1FF0 C;  4NPT A;  1ZSR A;  2B7F A;  2I0A A;  4A6B A;  5P5H A;  3EM3 A;  4DJY A;  6FIV A;  4L6B A;  3TL9 A;  4OBG A;  3GI5 A;  1MRX A;  3IXJ A;  3T7X A;  5P53 A;  1FMU A;  4Y3J A;  5P07 A;  1T6E X;  5P6Q A;  3TPP A;  4RRN A;  1FQ6 A;  4J5J A;  3BGB A;  4FAE A;  1PSN A;  3PJ6 A;  5P78 A;  2QZK A;  3DUY A;  1MT8 A;  3SFC A;  2XFI A;  3L5E A;  5P66 A;  1LYW B;  1YTH A;  4COE A;  4KE0 A;  3BXR A;  2I4W A;  5P8G A;  1BIM A;  4LC7 A;  5P4E A;  4BFB A;  3L5B A;  5P2T A;  5P2U A;  1SIV A;  1EC2 A;  4H3G A;  3OWN A;  5COP A;  2QI5 A;  3EL4 A;  1D4Y A;  4Y4Z A;  3O99 A;  5P4G A;  5P0F A;  4FS4 A;  2CEM A;  2WKZ A;  4J0T A;  5P46 A;  3UHL A;  4Y3S A;  4K4Q A;  2QP8 A;  3SA3 A;  5P87 A;  1ZBG A;  5ENM A;  4DQH A;  5P1V A;  2ZJJ A;  1A8G A;  5P7V A;  4YE3 A;  3ZPT A;  4FM6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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