3FX5A

Structure of hiv-1 protease in complex with potent inhibitor kni-272 determined by high resolution x-ray crystallography
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
publication title Structure of HIV-1 protease in complex with potent inhibitor KNI-272 determined by high-resolution X-ray and neutron crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fx5A00
3PM4A 3UDPA 2AVSA 2CENA 1D4KA 1NPAA 1HPXA 1EC0A 5P3CA 2FDEA 1AM5A 3QVIA 2O4LA 2XYEA 5P08A 1SMRA 1NPWA 4GJ8A 1GVUA 3OU1B 3DOXA 2I4XA 5P26A 2P4JA 4YCKA 1ER8E 3EKPA 3ZLQA 3OAGB 5AGZA 2ZJLA 5P7RA 2QHYA 4Q1YA 2IL2A 1MIQA 1G35A 3D91A 3OWNA 4U7QA 5P27A 4YHQA 1AJVA 1HVIA 4ZLSA 1W5XA 2P3BB 5P0HA 5P68A 3ZPUA 3LNKA 3L5FA 5P18A 4I0IA 3O9BA 4GZFA 2AVOA 3HDKA 1GVVA 1LYAB 4D83A 5P1CA 1HSHA 3KN0A 2VA5A 3FNUA 4HDPA 2Q63A 5P2QA 5P6NA 3T7PA 4DQEA 2HPFA 3UQWA 2FGUA 5P1RA 3S45A 2QMPA 3PWMA 4GYEA 2FXEA 3A2OA 5AHAA 5P1KA 5P86A 5DQ2A 5P8SA 3URIA 3VYDA 3SKGA 4AZYA 5P1MA 3KMYA 5P4TA 2I4QA 1ODXA 2A4FA 5P23A 5OYWA 4XX4A 5P4NA 3FSMA 5P5VA 2QZKA 3RVIA 4EJKA 5P72A 2AZBA 4J0VA 5P3EA 3QBHA 3KFSA 5T4SA 1AXAA 5J25A 4FRSA 1APTE 5P4HA 3TOFA 4Q5MA 4EXHA 4R92A 4X2LA 4FM7A 2FGVA 2BPZA 2WF2A 5ENKA 3QRMA 1DAZC 1WBKA 3NYGA 3RU1A 5P28A 4PZWA 1T7JA 1FQ5A 1Z1HA 4I0ZA 4BELA 1BVGA 1EEDP 5P5YA 5COOA 4R93A 5I3WA 3WZ6A 1MESA 2QNQA 2BJUA 3OGQA 3ZKSA 1K6CA 4M8YA 1OD1A 5P3SA 3OU3A 1T7IA 3DCKA 5P4LA 3IAWA 5P34A 3I25A 5IS4A 3U6AA 2QP8A 2ER7E 3BXRA 1B6KA 2FNSA 3OAGA 4ZIPA 4GJBA 1ZJ7A 3LIYA 4DQBA 3QN8A 4ER2E 5AHBA 5IVSA 1SBGA 1W6HA 5P04A 1C6YA 3DM6A 2B7FA 5P6WA 4B77A 4YOAA 2P3BA 3EKTA 4GIDA 5P66A 4Y56A 5P2YA 2PK6A 5P81A 1OEXA 4I0DA 6FIVA 1LYAA 5OZQA 3OXWA 4WY1A 5P5JA 3VFAA 5OZ5A 4CPTA 5P76A 1BXQA 5P6MA 2JJIA 2JYSA 3PWRA 4D88A 2NMZA 5P20A 5P5RA 1KJ7A 5P2JA 5P4CA 5P61A 4B72A 3B7VA 5SY2A 1F7AA 5B18A 5P5AA 3QAAA 5OZLA 5DQ4A 2VJ9A 5P54A 5P6DA 2J9KA 2Q15A 2G1RA 1LF4A 1ZTZA 2R3TA 3IXOA 5P2IA 2G27A 2NXMA 3HVPA 5P63A 5KR8A 4L1AA 1GNMA 4J1EA 4MC1A 2AOIA 2EWYA 4FRJA 3LPIA 1TCXA 3PMYA 2IENA 1OHRA 2PWCA 3SA4A 5HU0A 3UDKA 1IVPA 3NXEA 5P8NA 1ME6A 5P47A 5BRYA 5P7LA 4DQFA 5I70A 3QIHA 5P03A 4CPXA 4B0QA 5P0ZA 1CMSA 1ZLFA 1IIQA 4XXSA 2NPHA 2PQZA 1K2CA 3S43B 2PSGA 3K1WA 2BPWA 3LZSA 5P7BA 5P50A 4CKUA 1GNOA 3OADB 5P69A 1LF2A 3K5CA 2RKFA 2F3EA 5DQ5A 5P84A 5P80A 5OZ1A 5P4DA 1NSOA 3KDDA 5P89A 3R0YA 3TOGA 5P6XA 5P1XA 5P7NA 2VJ6A 4J17A 3BHEA 1APVE 5APRE 1TQFA 4ZEAA 2HB4A 5P1EA 3OQDA 1PSOE 2OHTA 1HVSA 4D89A 4YD5A 5TOLA 1K1TA 2FXDA 4F73A 4RGHA 2V0ZC 1MUIA 2QMFA 2Q64A 4DPIA 5P1TA 3O9LB 3B80A 3N4LA 3IN3A 4MC6A 4EHCA 4CMSA 4YBIA 3NDUA 1RNEA 5P8JA 1B6LA 5DR8A 2J9JB 3AIDA 5P0KA 5P0UA 2WHHA 3QS1A 1MTBA 5P5DA 4NPTA 1W5WA 5P1WA 2V13A 3NR6A 5P3OA 3TL9A 1K6TA 3GI0A 1W5VA 3NLSA 5OYXA 2FNTA 1NPVA 3K4VC 5P6UA 2O4PA 1SDTA 5HE7A 4KUPA 1GNNA 5OZ3A 4K4RA 5P1LA 4BEKA 1FFIC 5P6KA 3GI5A 1Z1RA 4Y4UA 3UQPA 5P01A 1AVFA 1IBQA 4FRKA 3MSJA 4R91A 1IZEA 1QRPE 4OBFA 5P7KA 4F76A 1D4HA 1IDBA 4NPUA 5P8AA 2WF4A 2IEOA 3IN4A 3Q3TA 3OADA 5P3TA 3OK9A 5P3UA 3OHHA 5P46A 1M4HA 1QBTA 2Z54A 5P1FA 1PSNA 4J1IA 1SMEA 1XN3A 2QAKA 5P8KA 1DMPA 3O9CA 4FRIA 3SA9A 5P38A 3L5DA 3ZKMA 5P24A 5P0GA 2V12C 2G1OA 5P8DA 4J0YA 4B70A 7HVPA 4J0TA 3L58A 3AUPA 4H1EA 2QMDA 4FL8A 5E5JA 1HEFE 2HPEA 1B6JA 3EBZA 3SA8A 1HVLA 4DI2A 3ZKQA 1G2KA 5P5EA 3CYXA 4CPUA 3KDBA 4R5NA 5P1BA 3O9LA 5P44A 3T7QA 1M43A 1MRXA 3PSGA 4DQCA 5P5CA 4BFDA 2PYNA 1HTEA 3H5BA 5P1YA 5P87A 4GJ5A 3OXVA 1IVQA 3SPKA 5P7IA 2J9JA 3LZUA 1B6MA 3VLBA 3LZYA 3INHA 5P4JA 5OZSA 1XE6A 2SAMA 3MSKA 3S2OA 1DP5A 2AOJA 5DR0A 4U7VA 1D4LA 5P79A 5ENMA 1TZSA 2IQGA 3FNSA 4TRZA 5P1GA 4PPHA 2FS4A 4K8SA 1ODYA 2H6TA 4Y6MA 3PLLA 1PPKE 1AAQA 4J55A 3KMXA 5OZOA 1UH8A 1GVWA 3LINA 5P6QA 1T7KA 3SKFA 2OF0A 3NDTA 4Y4TA 5AH9A 4KB9A 5P07A 4RCFA 3M9FA 1YT9A 1E81E 2F80A 1RPIA 4GJCA 4L6BA 1PPME 3OGPA 4J54A 5HD0A 4HEGA 2WJOA 5P6HA 4ER4E 5COKA 5P4WA 2V11C 2WECA 5P3JA 4EXGA 5P0NA 4QJ6A 3WB5A 5OZ0A 5P5PA 2HB2A 5P8RA 2QHCA 3IGBA 2ER9E 4X7IA 4RVIA 4XX3A 1BWAA 4YDGA 4JPCA 4FAFA 3PWWA 1HVCA 4ZSPA 3T3CA 2G24A 4Y3TA 5OZ4A 4Y3NA 5P3YA 1A9MA 5P5ZA 3IXKA 4GJ6A 2R9BA 1KJ4A 3QVCA 3O9HA 3K5FA 3ZPSA 5OZGA 2VS2A 2F81A 2ZJNA 3MXDA 1BDQA 4K4PA 4Y3RA 3KT2A 4F74A 5P75A 1N49A 1EC2A 3WZ7A 1RL8A 3CYWA 4YDFA 5OZJA 3BUFA 4A6CA 5P43A 5P5TA 4YD3A 5P6FA 4HDBA 2WEAA 1WBMA 5P25A 2IRZA 5P00A 5P3DA 3ZKGA 4OD9B 4D85A 2QD8A 5P3MA 2UXZA 2AVMA 5P35A 4Y3FA 4I11A 5JFPA 3OQ7A 2IGXA 5P83A 3UDYA 3GW5A 4DJWA 4Y41A 3QI1A 4GJDA 4YE3A 5P3QA 5SZ9A 4YBFA 2FMBA 4CPWA 5KR2A 5P5UA 4Y35A 4Y4DA 1QBRA 3N3IA 5P4XA 1VIJA 1MVPA 2OHMA 4TVGA 1MERA 3UQRA 2ASIA 4Q1XA 4J0ZA 3VLAA 3PCWA 5I3VA 3CKTA 1A30A 5P4AA 5P6GA 1ZP8A 5P7ZA 1UH9A 3G6ZA 1SGUA 5HTZA 5C9FA 4OBDA 1ODWA 5P8EA 1LEEA 4EP2A 2AODA 3ECGA 5P5LA 5DR3A 2NNKA 2FIVA 5P4EA 2OHUA 2PWRA 5P45A 1EBWA 6APRE 4OBJA 3URJA 5P7YA 3SACA 3NDXA 4B1DA 2WL0A 4MC2A 4EPJA 1B5FB 5P6EA 4ZPGA 4CPSA 2QZXA 5OZVA 3SO9A 1PPLE 2AOEA 5P3LA 2Q54A 1BDRA 5BS4A 4GJ7A 5P4MA 5P1OA 1M0BA 5P53A 2QI7A 5P5OA 5P51A 5P3WA 1MPPA 3NWXA 3UDJA 1MSMA 5P0OA 2QK5A 4DJOA 5P5HA 5P77A 4ZPFA 4I0GA 4OD9A 5P7PA 1T6EX 4H3GA 2AVVA 4I0JA 3VF5A 3OXXA 2QI0A 2FDDA 5P8VA 3O9DA 2G22A 4H3IA 4OBZB 5P6TA 2NXLA 3VYFA 4Z50A 3OU1A 3NUOA 1BV9A 5P0DA 5P4VA 1EPME 3FX5A 5P3PA 5P6PA 1FQ4A 3PLDA 2HS1A 1A8KA 3MSLA 1HRNA 1W5YA 5ISKA 3HW1A 1EAGA 5P8UA 5P5KA 5P7VA 4XKXA 5P19A 1HVKA 5P6OA 1AIDA 5P4GA 2VA6A 1LZQA 5P16A 1EPNE 2NXDA 3PB5A 3NSHA 3KFPA 4Y3EA 1FMBA 4DUSA 4ER1E 1EBYA 4Y50A 5OZFA 4QGIA 1LYWB 1MT8A 1GVTA 2P3AA 1FEJC 5P3HA 5P0QA 2I0AA 4I0HA 5P2GA 4YCTA 1FMUA 5P5XA 7UPJA 2QI4A 3INEA 5P5NA 4HLAA 3SA6A 4QJ7A 3TH9A 3PSYA 3PBZA 2ZDZA 5OYUA 1GVXA 3VEUA 4HDFA 3VG1A 3UQUA 9HVPA 1HXBA 1B5FA 4B1EA 2BKSA 5P3IA 1A94A 3LPKA 2ZHSA 4ZSRA 3S54A 5P12A 1IZIA 2MIPA 3EM6A 3OUAA 1SGZA 4DQGA 5IVRA 5I3XA 3VSXA 5P48A 5DGUA 3CKPA 3C9XA 4K4QA 4DVFA 1YTHA 4FSEA 1HTFA 3VF7A 4Y37A 5E5KA 2OHPA 2APRA 3OQAA 4RCDA 3LPJA 5F00A 3UDNA 5AHCA 5IVQA 2AOHA 1K6PA 3NUJA 3TNEA 4S1GA 3RTNA 4Y3SA 4EYRA 5P1HA 5P4OA 4OBZA 4F75A 4OC6B 2V16C 1B6PA 1SIPA 5P1SA 5P2WA 4GJAA 3KT5A 1FQ8A 5P30A 5P4IA 4YOBA 4Y53A 5P6BA 4Y3PA 5P4UA 5PEPA 5P85A 3EL5A 5P1PA 4Y3XA 1APWE 5P1DA 4TVHA 4Y48A 5OZCA 2B8VA 3CICA 1BVEA 3O9IA 4J1KA 3OHFA 4HA5A 3R4BA 4IVSA 3EKVA 3BUHA 1YTGA 1AZ5A 5OZXA 3UDMA 3TKGA 3UCBA 4DJPA 5AH7A 2I4VA 2ZJKA 1HPSA 5P2FA 5DGWA 4Y9WA 5P3KA 3NWQA 4Y39A 4FSLA 4J5JA 5P6RA 3UHLA 2JJJA 2OHKA 2NR6A 3DUYA 3EKQA 5P17A 4UPJA 5P3RA 4E43A 1LYWA 4Y4AA 4Y4BA 3O99A 4RROA 3RSXA 4GMIA 5P36A 4AUCA 4Z2ZA 2BPVA 1FMXA 1C6XA 4AA8A 1IZHA 5P4KA 3ZPTA 1XS7D 3BGBA 5P64A 4LXKA 4R8YA 4Y5CA 5OZMA 4APEA 5SXNA 4K9HA 4H3FA 5P8MA 4Y4ZA 5P0WA 2VA7A 3T6IA 3BUGA 3VYEA 5P0IA 1J71A 2PSUA 2F3FA 5DR1A 3EL1A 1C6ZA 1EPPE 2P83A 5KR0A 4TRYA 2AZ9A 1WKRA 5P2LA 2R5QA 1FQ6A 3EL0A 5P2AA 1RV7A 2UPJA 1FB7A 2ER6E 3K4VA 1FF0C 2G94A 5KQZA 1F34A 4Y58A 1BAIA 1YM2A 4OC6A 5P5SA 3PSUA 2AZCA 5P3ZA 2IKOA 5P8GA 2UY0A 4WTUA 3NU3A 3S43A 1KJHA 2NNPA 1A8GA 3LIVA 1FLHA 4Y3ZA 5P49A 1W6IA 3RTHA 4U8WA 5P8TA 5P60A 2FLEA 1KJGA 2ZHUA 5OZKA 5OZBA 5P7AA 4PHVA 5HU1A 2VNNA 3BVAA 3VUCA 1ZPKA 4DJVA 2V00A 5JODA 2G26A 2G1NA 5P59A 1QBSA 5OZTA 3HZCA 4LXMA 5P7FA 3L5EA 5JFUA 5P0FA 4I0FA 4FGXA 1FQXA 1Z8CA 2OHLA 1HHPA 2PH8A 3KF0A 3EKWA 3EL4A 5P2HA 3L59A 5P33A 5P1UA 1SIVA 3G70A 8HVPA 4EWOA 4PYVA 3QRSA 1XN2A 3SA5A 5P3AA 5P6SA 4Y3QA 3D1XA 5P2XA 2XFJA 4Y5BA 3GGXA 5P6ZA 1CZIE 5P6LA 3D3TA 1CPIA 1QBUA 4Y3WA 4B05A 1APUE 5P2DA 5OZYA 1SDUA 5P8LA 3VSWA 3TOHA 5P57A 5P55A 3T7XA 4FCOA 1YTJA 1QDMA 1ZAPA 4DFGA 5P52A 4I12A 4A4QA 2OHSA 3PRSA 5P09A 3F9QA 1G0VA 5P82A 1E80E 4EJLA 5P2UA 3BVBA 4DV9A 5P10A 3ER5E 5UPJA 4Y5NA 5P5FA 5P2MA 1BXOA 5P7GA 4YD6A 5OZ8A 2BBBA 4I8ZA 3OTYA 2H6SA 2OHQA 2I4DA 3CKRA 5P5BA 4I10A 5SY3A 2ZJMA 2G20A 3QRVA 4L7JA 2BKTA 3PMUA 5OZ7A 1LYBB 1W51A 2A1EA 1HIHA 3S7MA 5P65A 4Y3JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PM4 A;  3UDP A;  2AVS A;  2CEN A;  1D4K A;  1NPA A;  1HPX A;  1EC0 A;  5P3C A;  2FDE A;  1AM5 A;  3QVI A;  2O4L A;  2XYE A;  5P08 A;  1SMR A;  1NPW A;  4GJ8 A;  1GVU A;  3OU1 B;  3DOX A;  2I4X A;  5P26 A;  2P4J A;  4YCK A;  1ER8 E;  3EKP A;  3ZLQ A;  3OAG B;  5AGZ A;  2ZJL A;  5P7R A;  2QHY A;  4Q1Y A;  2IL2 A;  1MIQ A;  1G35 A;  3D91 A;  3OWN A;  4U7Q A;  5P27 A;  4YHQ A;  1AJV A;  1HVI A;  4ZLS A;  1W5X A;  2P3B B;  5P0H A;  5P68 A;  3ZPU A;  3LNK A;  3L5F A;  5P18 A;  4I0I A;  3O9B A;  4GZF A;  2AVO A;  3HDK A;  1GVV A;  1LYA B;  4D83 A;  5P1C A;  1HSH A;  3KN0 A;  2VA5 A;  3FNU A;  4HDP A;  2Q63 A;  5P2Q A;  5P6N A;  3T7P A;  4DQE A;  2HPF A;  3UQW A;  2FGU A;  5P1R A;  3S45 A;  2QMP A;  3PWM A;  4GYE A;  2FXE A;  3A2O A;  5AHA A;  5P1K A;  5P86 A;  5DQ2 A;  5P8S A;  3URI A;  3VYD A;  3SKG A;  4AZY A;  5P1M A;  3KMY A;  5P4T A;  2I4Q A;  1ODX A;  2A4F A;  5P23 A;  5OYW A;  4XX4 A;  5P4N A;  3FSM A;  5P5V A;  2QZK A;  3RVI A;  4EJK A;  5P72 A;  2AZB A;  4J0V A;  5P3E A;  3QBH A;  3KFS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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