3FXQA

Crystal structure of the lysr-type transcriptional regulator tsar
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
MLKLQTLQALICIEEVGSLRAAAQLLHLSQPALSAAIQQLEDELKAPLLVRTKRGVSLTSFGQAFMKHARLIVTESRRAQEEIGQLRGRWEGHITFAASPAIALAALPLALASFAREFPDVTVNVRDGMYPAVSPQLRDGTLDFALTAAHKHDIDTDLEAQPLYVSDVVIVGQRQHPMANATRLAELQECRWAFSSAPRGPGAIIRNAFARYGLPEPKLGLVCESFLALPGVVAHSDLLTTMPRTLYERNAFKDQLCSIPLQDALPNPTIYVLRRHDLPVTPAAAGLIRWIQHHAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription regulator
molecule keywords LysR type regulator of tsaMBCD
publication title Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold
pubmed doi rcsb
source organism Comamonas testosteroni
total genus 95
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fxqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA03
1NHAA 2PMSA 1SD5A 3DF8A 3VXCA 2LF7A 1FQAA 4A0XA 5DEXA 3TQNA 4G8XA 1ON2A 4MF3A 4TOZA 5TRDA 4U4SA 3IJXB 4I9DA 4LB5A 1ZLQA 2IEEA 2VE9A 1Y9UA 5FFZA 1U78A 5AONA 1GTKA 1L0OC 3G3ZA 4BHCA 2F34A 1IXIA 2QS3A 4KCDA 4C1TA 4ESXA 2JTVA 3H6UA 4OINF 2H4IA 5BS6A 4HOBA 3MZYA 4DXUA 4X9TA 4F2OA 3SZTA 2M8CA 5DYMA 2VBZA 3DP7A 3CSBA 3O2PE 1KQ8A 2F7CA 3BFUA 3W9WA 1MGTA 2VD3A 2X7PA 1H76A 1JVYA 3P9CA 4O3CA 4E70A 5J6XA 4EQ9A 1KYZA 2DT5A 3M8EA 4G2ZA 2VXZA 2VT2A 2Q8JA 3IOVA 4L5JA 4A5MA 2HCAA 4GL8A 3MP8A 3KP3A 4LUBA 5ICFA 4KIFA 2CFXA 4ZZDA 4WXHA 4Z7EA 2M45A 4BDOA 3HSFA 4FATA 1R36A 2EA2A 1P2FA 4EF2A 3SEXA 4A0YA 3RPQA 4U22A 2DP8A 2L54A 2PG4A 5K5QA 1A40A 3L6HA 2FE3A 4CDGA 1JEUA 4OYVA 1KA8A 2M30A 2O7IA 5L9MA 1Y0UA 3EETA 3H06B 2EV6A 5EEGA 1W4MA 5LGUA 1OPCA 5E17F 3ECHA 3ZQ7A 2FQ3A 3L7WA 4RPOA 1SD3A 3Q9VA 1B46A 3MZHA 4P96A 1MXUA 3GZ6A 5ILUA 5I59B 4R9GA 1B1BA 4XKPA 3K2ZA 1B52A 5HS7A 1FNNA 4M71A 2GXBA 4QSEA 2DS9A 4H6DA 4PGHA 1Z05A 4OOIA 2XXQA 3B7DA 4JBAA 2DVCA 4GQOA 2GAUA 3T5XA 4YFNF 1EV7A 4RB0A 2F6PA 3TKYA 2ACJA 2A69F 1KU2A 4YKKA 1HKQA 1FY7A 1G4DA 2XXIA 2JPBA 2F5CA 3VB2A 1QUIA 4I8CA 3OV8A 4WXJA 3BY6A 3K01A 4QFNA 5H8HB 4N0BA 2ANJA 3ECRA 3LSFB 4GOTA 4IY6A 3L00A 1EH3A 1TW2A 3DP8A 3ZN0A 3EHSA 3I53A 1B05A 3TFLA 5D4RA 4LQ5A 1AMFA 4FEBA 1FBSA 4BLAA 2E0SA 3CFXA 4HTGA 2NNNA 3JW4A 3TTNA 1IZ1A 3COAC 2HZKA 1B1HA 3E9XA 4X1BA 3I54A 4F1UA 3ISPA 1CGPA 1PB8A 5CYVA 2ZYOA 4A0ZA 3OO6A 2XAGA 1FOKA 5ITPA 2HFBA 1YW7A 2FNPA 4ZEDA 2V84A 1YFHA 4L17A 4PQJA 4D0PA 3HRTA 1IQ7A 2WTEA 3FASA 1W5TA 3JSOA 2MA3A 3IHUA 4M6XA 2TDXA 5LHGA 4B8XA 1OIBA 3GZGA 2LDUA 2PMHA 4PDKA 1MQHA 2V6CA 3E6BA 3HRMA 1QZYA 2EFQA 4R1HA 4DQ2A 2CYYA 2EV5A 5CBRA 4RYAA 3N6UA 4LA9A 1IW7F 5K5OA 3WTXC 1B40A 2HKXA 2QLZA 4UVBA 3J7AO 2P4WA 4TQUQ 1FX7A 4WXDA 1SQYA 3RKYA 3MZ1A 5DUIA 3QP6A 4HDVA 2V1DA 1BC7C 1B6HA 2OWSA 4MLVA 4IPAA 3FATA 4ENMA 2RCBA 2VOPA 4JK1X 3CR9A 4ELQA 5L8DA 3S4UA 1B51A 2OA4A 3N4MA 5I2NA 1BN5A 3DKWA 5I2KB 4LJZF 1JW5A 1R1TA 2GA2A 1IXGA 1IUDA 3RKXA 2RCAA 5BWJA 1YW8A 4U7BA 3RTFB 1R6ZA 3LQRA 3G7WA 2LKPA 4KI0E 5BOXA 2HYFA 5I56B 5HLGA 3U1OA 3HRUA 4I7HA 2GHAA 3R6UA 3HN0A 5BQTA 3HTSB 3LA7A 1VE4A 3UIFA 1HW5A 2FBIA 2DE2A 1Y20A 4DZ1A 4QHQA 1RUOA 3F22A 2QWWA 5CVJA 4U0VA 3O97A 2VGQA 4NF8A 5KZTA 1MDMB 4LP2B 1NFTA 3F8CA 4HX8A 4CHUA 2MH2A 2QSXA 1WQ2A 2Q88A 3T9UA 2QYOA 2FXAA 1DPEA 4H5GA 1A8FA 1QNTA 5JK4A 3EPEA 3P7IA 4NWDA 3VFJA 1ULYA 3HRSA 3T8RA 4GWOA 2F7AA 1IN6A 4EUOA 1H3DA 4O3MA 3KFWX 1N7XA 5CVRA 1DPPA 1UTBA 4EM0B 1B3EA 5D4SA 3OO9A 1PDAA 2OCUA 2A68F 2ZFWA 1OVTA 5F6FA 3HSTA 3E4RA 3K6UA 1DOTA 3LC8A 4E0XA 2PLYA 1MXYA 4ZEFA 1S7AA 3IL1B 3TUSA 1EH6A 1DPRA 2DWIA 1GVCA 5IKBA 4ZYDA 5J8CA 3REOA 2FRHA 3JTGA 2CQKA 5IT9K 2YX4A 1YCJA 3FJMA 2O6AA 4FE8A 3FM5A 3QU6A 1SYHA 3OXNA 1SI0A 4UXNA 3T9VA 1ELJA 4RB2C 2OWTA 2FOKA 2DAOA 3R61A 2ZYMA 2ISZA 2QVOA 1JQFA 1Y3PA 3TCFA 1MQDA 1R1VA 1RYXA 4QFLA 3RT8A 1DTGA 2DK5A 2D5WA 3GLBA 5D8LB 3C31A 3FJ7A 4G6DA 2Z99A 4HX4A 4QLCU 3KFMA 4FECA 1XGOA 4IRHA 2PN6A 1FTKA 4Q8RA 1I6AA 5CC2A 4M9XA 5KCJA 5LEKA 3QAHA 4WCGA 4POWA 3VVEA 4F22A 3F23A 1ZG3A 1G3WA 4HW0A 3U2RA 5H8FA 4XTCQ 1WRJA 4R6HA 1JVXA 5IT9Z 1FWZA 3LR1A 3IJOB 4KN4X 1XDUA 3CO7C 2OLBA 1J0RA 3OMBA 1VR5A 2DWHA 1KWHA 2Y7WA 1ZGJA 4OXVA 5JTYB 5H8QA 2JZYA 1KYWA 1L3LA 5E1WA 4ZECA 1Y3QA 2REGA 3PUXE 2YU3A 2I3VA 3HOSA 3U92A 2XX9A 2K86A 3LA2A 3GWZA 5E1ZB 3GFIA 1MJAA 1R1NA 2O68A 3CIJA 5EHMA 1P4AA 5E20A 2VC0A 3R6SA 1B5IA 4GYGA 1SW4A 2Y84A 3MW0A 3T1BA 2UYEA 3CUQB 1IN8A 1TTYA 2Y7IA 2Z9OA 2DE4A 3GFJA 4NF5A 4S05A 4IO3A 1TNSA 3TO6A 1BJAA 2G7UA 1LAXA 2MLKA 4NF6A 4YG2F 1J7KA 1FTJA 1IIWA 4ZZAA 2HR3A 2RC4A 3QPHA 3KJ7A 4OENA 3VE1B 4YIFA 3V7CA 5BPDA 2PT2A 4JB7A 3ROUA 3W6KB 1Z6RA 1WVJA 3ILTB 4RY1A 4ENKA 2J5PA 2MBFA 1ZRCA 2F7BA 3F6VA 2O6GE 3BDDA 5AA1A 1POY1 4L0ZB 1MXWA 5LBQA 2CO5A 3HPIA 4HA8A 3U94A 2AS5F 4AIHA 4RAZA 3T8TA 1B9NA 1ZAOA 2I49A 3JZJA 4R2BA 2M87A 3LWFA 2ZNTA 4P11A 1I6XA 4L18B 3IB1A 5EYFA 1MJBA 3K0LA 3EQ1A 3FMRA 2FA5A 5FTHA 2L3DA 2F5EA 2CGPA 3MEXA 5JI6A 3H3GA 1CE2A 2B65A 5KDTB 1W7PA 1OQGA 1VSOA 5IT3A 2FF4A 3RY3A 1H43A 4H5FA 1XMKA 3PPRA 1AOVA 2F5XA 5A2QK 3RIRA 1XN7A 3N6TA 4EQQA 1Z7UA 2A3SA 4YB6A 4UVAA 1K78B 2OQGA 3MWBA 2HFHA 1GV8A 1ONVA 1RYOA 2QQ9A 2XAHA 5I58B 4MHGA 4IO6A 3HV1A 2CWEA 2KJBA 2H5YA 1MH4A 4YZZA 4U0WA 1P99A 2ZMEB 3G3HA 4XIGQ 4UVCA 3M3LA 4G8NA 1O7FA 4MTEA 3OO7A 3KBRA 1C0WA 3M9AA 1PUEE 4GXSB 3M8FA 2XXXA 2KIFA 2JSCA 3HOTA 4H1XA 3DEUA 2EWNA 1WKMA 3BJOA 5HLIA 1NL5A 1PBPA 4I02A 2FMYA 4LG0B 1FZPB 2UVJA 1N0TA 1WI9A 3KZGA 5E18F 2HS5A 5AA2A 1BIYA 5A2QZ 2RN7A 1O3SA 3JSPA 2UXXA 2ZYKA 1XVYA 3F72A 3NQOA 3K4UA 2OJTA 3ZKKA 1B6AA 5DUKA 4WK8F 1PDNC 3Q28A 3PQKA 1RIOH 3V8LA 2HXWA 4L9VA 4F29A 4F1VA 4WWCA 2ESHA 2WV0A 1SD7A 3RQTA 2OBPA 4OZ9A 3B6TA 2DQRA 4IVNA 2COMA 4EJUA 3S9EA 2D2WA 1XGNA 5DTBA 4U7DA 1URDA 5A5XA 3Q27A 1HW2A 3K6XA 4R73A 4HF1A 3I59B 4MNUA 3MP1A 2GZWA 1A54A 4KD5A 2OD5A 1NH8A 1XB4A 2R9JA 3WGGA 3VVFA 5F1QA 4R75A 3VXBA 3UGWA 4S04A 2QBYB 3I4PA 4OERA 4MGRA 6PAXA 2OZUA 4THIA 3VVDA 3V8XB 3OD7A 3W9VA 1QUKA 3E5UA 5ISUA 4G8HA 4F2QA 3FUZA 3AXFA 3MVXA 1XC1A 4KYDA 5AA4A 5JVTA 1JW1A 3SXYA 2BV6A 1I6QA 3CI8A 1MG1A 4KMFA 1HKTA 5ILSA 2Z8EA 1JHFA 2UXNA 4XKRA 4ELRA 5CJ9A 2DQVA 1FP1D 3FZVA 3HO7A 4PE5B 1ZG1A 1USYH 5ILVA 3BFTA 2GH9A 3PD8A 5FTIA 4EDPA 3QP5A 3L6GA 1ZHFA 3BOQA 4YB7A 3ZN1A 3WTWC 3DFGA 3IKVA 3QSLA 2V79A 3MWMA 2ESNA 2V1XA 1K6OA 4EXLA 1AWCA 3CLOA 2A6EF 5CVUA 4EGYA 3C1DA 4ZYHA 1REPC 3HYIA 4M73A 3RTRA 3VOEA 4ZYEA 1FCKA 1LGBC 4IO2A 1B3HA 2AYSA 1Y3NA 4GXAA 5I57A 1KU9A 4OVJA 1MM6A 2I6EA 2FNAA 1XDSA 5E1XA 1LBBA 4LK0F 5D6FA 5CBSA 3USDA 4DCXA 1ZTYA 3R4KA 3W6JB 4EF1A 3S9NC 1ODDA 1P6RA 2K4JA 5ED4A 1U8RA 2VOZA 3KOSA 5DCMB 2Q9TA 2JT1A 2RQPA 2C6YA 3PFIA 4DDDA 2DWJA 3N97A 3KP5A 2O1MA 4BHBA 4DNCA 4QWQA 3WGHA 1E2XA 3QIMA 1QULA 3PMVA 1G3YA 3BJ6A 1M5FA 5JHUA 2ZNSA 1YG2A 5TP9B 1D8KA 1I1GA 4BAYA 2DU9A 1TWYA 5CM6A 4LONB 1MY1A 3I64A 3MBPA 5HPQA 5ICTA 1VTNC 2RF1A 3EHTA 1OYYA 4R74A 1IN5A 3EHUA 3P7NA 1LVAA 1LDDA 1ZMGA 1LCTA 4U21A 4KDPA 1UTHB 1EZPA 2KJCA 3ML6A 4M1VA 3FX3A 1PP7U 3TPAA 2WWYA 5H8NB 1MDQA 3FIRA 4EM2A 1M5DA 2KLFA 1GR2A 1H9GA 4G68A 4ONYA 2QS1A 3UK4A 1WWXA 3ONMA 4NEDA 5HDKA 4ON0A 3BJAA 3EQLF 5HDGA 1I69A 1SFEA 1RNLA 1FW0A 1QGPA 2RNJA 5DYHA 1JEVA 4L5IA 2H6CA 4L9TA 3D5LA 5L9OA 2P2AA 2HQRA 2EFPA 5ICQA 3RT6B 4YMBA 1LAHE 4DIGA 4FIMA 1O57A 1KQ9A 3FWEA 1CB6A 3QOPA 3ERED 2V3TA 3LUYA 1HW1A 2O03A 4RA1A 1O3TA 2FBHA 4KHZE 3TTLA 4A2UA 3QUFA 2PX1A 3FVOA 2V9VA 4RS8A 2IRFG 4MH5A 3TTKA 1SD4A 1FTOA 5LRRA 3PMXA 2PBWA 3BPXA 1D3YA 3HSRA 3OELA 3TCHA 4YKIA 2H94A 1ZN2A 1GHCA 3R26A 4IB2A 3KP2A 3MJNA 1T6SA 4KCCA 1JNFA 1WSUA 3HHGA 2A5SA 4DXCA 2AL5A 2VP1A 1HQCA 1FTMA 4ENNA 2RKMA 2O7UA 4GRKA 1V3FA 1M5EA 5L9SA 4Y13A 2CZLA 1HSTA 4IO5A 4RGSA 1LFGA 4FT8A 3OOPA 4PFTA 4BDMA 3HIFA 2IJLA 1R9LA 3V5AA 5JR3A 2E7WA 3T0YA 4ESWA 3J81K 1TLHB 3DELB 4M4GA 4LGWA 1N84A 2Z3YA 4EQ7A 1HKSA 1USTA 1YS6A 5H6RA 1PBQA 1XS5A 1XCBA 2D45A 1WODA 4LLGF 4M6YA 4FX0A 3GBBA 1P1WA 1FYKA 4IO4A 5L3GA 3V89B 3TO9A 1U5TA 1I5ZA 2PVUA 3ELKA 1AL3A 5EEHA 3C36A 2KIUA 1YO5C 2X26A 3GVAA 4WX9A 1BI3A 2H6BA 5F7VA 2XXVA 2YLNA 3RJPA 3MQ9A 5H8QB 3E6MA 5CMKA 3KEOA 3DV8A 5L3DA 3CSGA 3JTHA 3J81Z 3VODA 4BDRA 3GLXA 3TCGA 1N3WA 1SW1A 1ZREA 1LFHA 4NTLA 1FQDA 3N5LA 1SMTA 2GRVA 4FEDA 1MS7A 3QUJA 3WAEA 1SW5A 1M5BA 4A6DA 2ZBKA 4O6JA 2P5VA 1S7OA 1OMPA 4NF5B 3BROA 4ZEBA 1IXHA 4KICA 4P0IA 2X4HA 4A12A 3ZSFA 3SFZA 4OMZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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