The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
206
|
sequence length |
613
|
structure length |
601
|
Chain Sequence |
AVWSAWRRAAPAEESRGRAAVVQKMRACLNNGNAVLNVGESGLTTLPDCLPAHITTLVIPDNNLTSLPALPPELRTLEVSGNQLTSLPVLPPGLLELSIFSNPLTHLPALPSGLCKLWIFGNQLTSLPVLPPGLQELSVSDNQLASLPALPSELCKLWAYNNQLTSLPMLPSGLQELSVSDNQLASLPTLPSELYKLWAYNNRLTSLPALPSGLKELIVSGNRLTSLPVLPSELKELMVSGNRLTSLPMLPSGLLSLSVYRNQLTRLPESLIHLSSETTVNLEGNPLSERTLQALREITSAPGYSGPIIRFDMAGAETRALHLAAADWLVPADRWHMFGQEDNADAFSLFLDRLSETENFIKDAGFKAQISSWLAQLAEDEALRANTFAMATEATSSCEDRVTFFLHQMKNVQLVHNAEKGQYDNDLAALVATGREMFRLGKLEQIAREKVRTLALVDEIEVWLAYQNKLKKSLGLTSVTSEMRFFDVSGVTVTDLQDAELQVKAAEKSEFREWILQWGPLHRVLERKAPERVNALREKQISDYEETYRMLSDTELRPSGLVGNTDAERTIGARAMESAKKTFLDGLRPLVEEMLGSYLNV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A family of Salmonella virulence factors functions as a distinct class of autoregulated E3 ubiquitin ligases.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SspH2 (Leucine-rich repeat protein)
|
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Salmonella typhimurium
|
| total genus |
206
|
| structure length |
601
|
| sequence length |
613
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2009-01-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14496 | NEL | C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Shigella T3SS effector IpaH defines | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Horseshoe | Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) | Ribonuclease Inhibitor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3REZ A; 1P9A G; 3O53 A; 3UL9 A; 2WQX A; 4FD0 A; 2RR6 A; 3FXI A; 3E6J A; 3OGL B; 3O6N A; 4BSR A; 2JE0 A; 4U06 A; 1A9N A; 4Z64 C; 1OOK G; 4FHO A; 4PSJ A; 3M19 A; 3TSR E; 3GOZ A; 1FS2 A; 1OTN A; 5IJD A; 4H09 A; 5AWA A; 4C2B B; 5IJC A; 4BSU A; 4LXR A; 3DZE A; 4P8S A; 3RFE A; 2JE1 A; 3OJA B; 3UL8 A; 4PKI G; 1YRG A; 1OTM A; 4R5C A; 4LSA A; 3C6N B; 1GWB A; 4XSQ A; 5B0T A; 3KJ4 A; 3ZYN A; 4R08 A; 3JB9 j; 4CC4 C; 3WPD A; 4M7E A; 1FT8 A; 2P1M B; 4Q3G A; 3WPB A; 1M9S A; 1M9L A; 1P8V A; 4L3A A; 2Z81 A; 3PMH G; 4V2D A; 1OZN A; 2OMV A; 5GQR K; 4BV4 R; 4LSX C; 5IJB A; 3RIZ A; 2O6S A; 4FS7 A; 3RW6 A; 4R07 A; 3G3A A; 5GMH A; 4L3F A; 4ECN A; 4GLP A; 5CMP A; 5AWD A; 4KT1 A; 3WPI A; 3VQ1 A; 4K17 A; 4FCG A; 3VQ2 A; 4FMZ A; 4C2A B; 3ZYJ A; 4MN8 B; 3WPC A; 2V9T B; 4ARR A; 4R6G A; 4RWT C; 3RGZ A; 3C6O B; 4LSC A; 4TZH A; 2CA6 A; 3C6P B; 4Z8G A; 2XOT A; 2JQD A; 1FQV A; 1XWD C; 4LI2 A; 3OJA A; 2A0Z A; 2RA8 A; 2WFH A; 4R58 A; 4OQT A; 3A79 B; 2Z64 A; 3UL7 A; 1O6V A; 4Y61 B; 1PGV A; 1H6T A; 2OMT A; 1FO1 A; 1KOO A; 1K5G C; 3RFJ A; 2Z62 A; 4PEQ B; 1WWL A; 4QC0 A; 1XKU A; 2ELL A; 1K5D C; 2Z7X A; 4CC4 A; 1JL5 A; 4XOS A; 5AWB A; 2Z66 A; 3ULA A; 1D0B A; 2V70 A; 5CMN A; 4CP6 A; 3ZYO A; 4U7L A; 4PER A; 1O6S A; 2AST B; 2Z65 A; 3RFS A; 2Z7X B; 4IM6 A; 4U09 A; 3G39 A; 4R6A A; 3W3M A; 5A5C A; 2FT3 A; 5B4P A; 1P8T A; 4FDW A; 4B8C D; 1SQ0 B; 4G8A A; 4I6J B; 3CVR A; 4LSX A; 5GMF A; 2ASS B; 3ZYI A; 4R6F A; 4Z61 C; 4HQ1 A; 3W3J A; 5GS2 B; 3WPF A; 4J0M A; 2BNH A; 4KNG A; 4J4L A; 2O6Q A; 4Q3I A; 2UZX A; 2Q4G W; 2WQW A; 1OGQ A; 3P72 A; 3WPG A; 3CKD A; 4V2E A; 1XEC A; 5IYX C; 3ULV A; 1XCD A; 2OMZ A; 5GS0 A; 2P1O B; 2Y5Q A; 3CIG A; 4PQ8 A; 3WPH A; 3L3P A; 4P91 A; 3RW7 A; 1DFJ I; 3M18 A; 4LI1 A; 2P1Q B; 2R9U A; 4R0A A; 1U0N D; 2XWT C; 2Z63 A; 5D3I A; 1O6T A; 5AWC A; 4LXS A; 2IFG A; 4GT6 A; 3ULU A; 2V9S A; 4Q62 A; 3WPE A; 5B0N A; 4RCW A; 2ID5 A; 2Z82 A; 2OMY A; 4QXE A; 4R6J A; 3G06 A; 3G04 C; 1H6U A; 1DCE A; 2UZY A; 4R09 A; 4Z94 G; 4XGO A; 3G3B A; 3W3N A; 2OMX A; 3OGK B; 2WQU A; 1W8A A; 4Z79 A; 2OMW A; 3BZ5 A; 3E2J A; 2WQV A; 4CNM A; 5HDH A; 1KOH A; 4R5D A; 3OGM B; 1QYY A; 4WP6 A; 4QBZ A; 1G9U A; 4EZG A; 2OMU A; 4M7E C; 3W3K A; 3RJ0 A; 4AW4 A; 4NKH A; 2O6R A; 4RCA B; 4AY9 X; 4CIL A; 3RGX A; 4U08 A; 5FTT B; 4UFR A; 1IO0 A; 1DS9 A; 1M10 B; 3WN4 A; 4MQW X; 4CNC A; 2BEX A; 1M0Z A; 1XEU A; 2P1N B; 3E3Z A; 3W3G A; 1Z7X W; 1ZIW A; 4YEB B; 5LFN A; 4KXF B; 3CIY A; 2P1P B; 4ARN A; 4BSS A; 4V2C A; 5GMG A; 1LTX A; 5HZL B; 3W3L A; 3SB4 A; 3UN9 A; 3E4G A; 4WYK A; 1A4Y A; 4ECO A; 1OTO A; 4NKG A; 5AZ5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YD8 G; 4LML A; 2UXD T; 3RPU A; 3K8P C; 3C4X A; 4IL4 A; 3UUL A; 2RR6 A; 1ZV4 X; 3KIN B; 3PUQ A; 4DV6 T; 4P09 A; 2YEV C; 3OGL B; 3O6N A; 1A9N A; 5JVD E; 4GYR A; 2SPC A; 2XAQ B; 4LF6 T; 3RYH E; 1CUN A; 4GYS A; 3ONX A; 3M19 A; 4WW0 A; 3FBZ A; 4YLH A; 4CI3 B; 2HN1 A; 5L2L A; 1FS2 A; 3GWH A; 4NZR M; 1X9B A; 3ZJ2 A; 4H09 A; 4MHC A; 3VHL A; 3KDS E; 2R6G F; 2JQ9 A; 3B57 A; 5AWA A; 2WB5 A; 1HG2 A; 4UEL A; 4C2B B; 2YN6 A; 4KHZ F; 4KMC A; 4P8S A; 3RFE A; 3PUR A; 5HEG A; 4IHJ E; 5AQQ B; 2N2N A; 1VCT A; 4PKI G; 4IE5 A; 4XAX B; 4R5C A; 1G73 A; 5C3J A; 4LSA A; 5A1L A; 2XAG B; 4BJM A; 3TKL B; 1QLB A; 4A5X A; 3OKQ A; 5L3B B; 2E2A A; 2MPK A; 3PUA A; 5DJQ C; 3JB9 j; 2OV9 A; 3WPD A; 2CMR A; 2YDS A; 4YHJ A; 2V1D B; 4EV6 A; 3CX7 B; 2P1M B; 3AEC A; 4Q3G A; 1WR0 A; 3EDV A; 1M9S A; 2K24 A; 4MFR A; 1ZP0 A; 3AEB A; 2KSR A; 1HCI A; 2ACX A; 4H63 V; 1Y64 B; 4JUY A; 5LJM A; 2Z81 A; 3PMH G; 3AAA B; 1KEY A; 2CXD A; 1D1B A; 3ZYL A; 1MMG A; 3PU3 A; 4IDZ A; 2V7K A; 4IE7 A; 3CQG B; 3KVB A; 5IJB A; 2XQ5 A; 2O6S A; 4U7I A; 1J5W A; 3RW6 A; 4L3F A; 5LOV E; 4TV9 E; 2YK0 A; 4K17 A; 4JI7 T; 5CB4 E; 3AE5 A; 1YQ3 A; 3VQ2 A; 4C2A B; 4U33 A; 3ZYJ A; 2V5D A; 2CM0 A; 2V9T B; 4O4I E; 1T8B A; 4MAL A; 3RYC E; 1MNE A; 2CA6 A; 3C6P B; 4BAY B; 2XOT A; 4YSX A; 4ZXL A; 2BVL A; 3VRA A; 4C91 A; 5IHY A; 1UX5 A; 2UXN B; 3MZK B; 4R58 A; 4IE6 A; 4UXN B; 4YSZ A; 4OQT A; 5JDG A; 3AEF A; 2ZM2 A; 2Z64 A; 2WDQ A; 3RQU A; 2K9A A; 2EHO C; 2KXP B; 2XAH B; 4A56 A; 3UTK A; 2RA1 A; 2NOX A; 1KOO A; 1WFD A; 3RFJ A; 4PK4 A; 3CQC B; 4U3C A; 4HWD A; 2BDE A; 3PUX F; 4DV0 T; 1O3X A; 3PUW F; 4CC4 A; 4ISS A; 4JBW F; 4UIG A; 4XOS A; 3X1D A; 1D0B A; 5CMN A; 5FNV E; 3CWZ B; 4U7L A; 2XZE A; 4IM6 A; 5J1G A; 4U31 A; 3OVU A; 4ILU A; 3G39 A; 2EHO D; 2KZ7 B; 2LOS A; 3ZYK A; 4YT0 A; 2D0T A; 5TAO A; 4ZI2 C; 1L0V A; 5H6Q B; 2A3D A; 2CBI A; 2Z6E A; 3W3M A; 5B4P A; 3O1H A; 4G8A A; 4CZZ B; 2W62 A; 3HA4 A; 4X64 T; 4LFC T; 1H7C A; 1IZN B; 3RI5 A; 1LRZ A; 3AEG A; 4F6R C; 2XTL A; 4NUV A; 2I0M A; 4J0M A; 3N5L A; 1OXZ A; 4Q3I A; 3ANW A; 2VQE T; 3GMI A; 1FJG T; 1HF8 A; 4LF4 T; 2Y8D A; 4P0A A; 3P72 A; 3HL6 A; 3CKD A; 4ZI2 D; 5LP6 E; 1XEC A; 5FXZ A; 4EXT A; 2V7M A; 5IYX C; 5GS0 A; 4UV9 B; 3ANW B; 4K0K T; 4PQ8 A; 1BR2 A; 2CXF A; 3I0O A; 2FJA A; 4MLK A; 3VR8 A; 4PJM A; 3V5U A; 2YU1 A; 1ZOY A; 4TWF A; 3NZP A; 2P1Q B; 4IRE A; 5LNK A; 5KMG P; 4CQI A; 3M65 A; 3UU8 A; 3Q2M A; 1D1A A; 4HGA A; 2J62 A; 4DBR A; 2X68 A; 2IIU A; 3R84 B; 4YTM A; 2X0L B; 2XUE A; 4ZOL E; 2C5K T; 5HEU A; 4AKL A; 5L3E B; 4V1A v; 5FL0 A; 3TLU A; 5LCY A; 2G0U A; 2V9S A; 3WPE A; 3UU6 A; 4QXH B; 4QXE A; 1H6U A; 1DCE A; 2JMK A; 3G3B A; 3PJA A; 1ZHC A; 2OMX A; 4EZH A; 2OMW A; 3I1A A; 3UU3 A; 3RIU A; 3E2J A; 2C0S A; 1BR4 A; 2WQV A; 5AQS B; 3OYX A; 4CNM A; 5FXW A; 1G8X A; 3LK3 B; 4X1Y E; 1MND A; 3TLS A; 1G9U A; 4EZG A; 2LSG A; 2X9Y A; 4DV4 T; 3C4Z A; 3W3K A; 4LMJ A; 4HN9 A; 3Q5E A; 1U5P A; 4AY9 X; 3LJC A; 4CIL A; 5JR9 A; 5FTT B; 3C98 B; 1IO0 A; 2CEA A; 1FMV A; 4HFI A; 3WN4 A; 3GN5 A; 3N9N A; 5LG4 A; 2VKH A; 4CN4 A; 4MQW X; 2QRX A; 4YXD A; 2WWU A; 2VB6 A; 3W3G A; 3FXE B; 4U72 A; 3ZMT B; 5JR9 B; 5LFN A; 5LHG B; 3TLT A; 4ARN A; 4BSS A; 1LVK A; 4HFC A; 2QVA A; 4V2C A; 4DV7 T; 2KT9 A; 1LTX A; 3BK9 A; 3GN5 B; 3FZL B; 1I94 T; 3SOL A; 3SB4 A; 2V6X A; 3SFD A; 4ZI3 C; 1LKX A; 2W2U A; 4DBQ A; 2LT3 A; 3DJB A; 3O53 A; 4CN1 A; 1HNZ T; 4DR7 T; 1IJ6 A; 2CLY B; 3RYF E; 3RX6 A; 1D0X A; 4IDN A; 3MXZ A; 5AQK B; 4ZHQ E; 5FVK A; 3E6J A; 4DVD A; 4YHH T; 2X9H A; 3AE6 A; 4TNV A; 2WWV A; 4PSJ A; 4EEB A; 2X66 A; 3AEE A; 3TSR E; 2M6I A; 5IJD A; 4FJO A; 5AQH B; 3O1I A; 3P7I A; 4QXC B; 4KBM B; 5AQV B; 5AQG B; 2J4G A; 2E9X C; 4LXR A; 4HE8 A; 1HNX T; 3DZE A; 3K1S A; 4U74 A; 4HEA A; 3K3N A; 3N9O A; 5AQL B; 2OLT A; 3OJA B; 4LFB T; 2UUA T; 5JH7 E; 4O2A E; 5FL1 A; 4YSY A; 1YRG A; 5JDM A; 4TZ4 C; 3QB5 A; 3C64 A; 2V7J A; 3Q5D A; 3Q5W A; 5HYA A; 3AA1 B; 1KNR A; 1WCR A; 1NAF A; 2P9B A; 3KJ4 A; 3ZYN A; 3PJA J; 4JI6 T; 2KIN B; 3UQ7 A; 2WQY A; 3IA3 A; 4AIS A; 1ZEE A; 3KV6 A; 3J9X 1; 3UUM A; 2IC6 A; 5C8Y E; 4DV5 T; 1D1C A; 2BBJ A; 2VL8 A; 1Y01 A; 3UU4 A; 1MIV A; 1M9L A; 5LGU B; 2CPT A; 2JQK A; 2E9X D; 3H3M A; 5FXV A; 2XJ7 A; 1WR6 A; 4WBO A; 2LRK A; 5M4Y A; 4YJ3 E; 4PFP A; 1N36 T; 2VVS A; 3EAM A; 4PJJ A; 4AQF C; 2W67 A; 1XNQ T; 2CHN A; 4O4H E; 3LK4 2; 4UVB B; 3VR9 A; 2CHO A; 5ABH A; 5HWY A; 2NP9 A; 5H6R B; 5GMH A; 1E2A A; 2LKG A; 3AVS A; 2VKD A; 4ILA A; 3EUH A; 4DR2 T; 3F2E A; 2HPJ A; 4MN8 B; 4AQY T; 3WPC A; 4JYA T; 3BQI A; 3AAI A; 3FZF B; 2K48 A; 3QB5 K; 2IAK A; 4OYJ A; 3RGZ A; 5JDH A; 1OED E; 4LSC A; 2CRB A; 2A9U A; 5IYZ E; 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