3G0ZA

Structure of s. pombe pop2p - zn2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Schizosaccharomyces pombe
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g0zA00
4DFPA 3ASMA 3O4QA 2Z1JA 4DF8A 4FLZA 3SPYA 4B9SA 2YNHA 1DTTA 3HPGA 3SUQA 3AO4A 1TAQA 4FCYA 1KVCA 5JS2A 3O3HA 1KSPA 1TAUA 2OPSA 4N56A 4B9TA 4FJMA 4YNQA 2NUBA 4QOZB 4DSFA 2ETJA 1J9AA 1ASVA 1BIZA 4O5BA 5KRTA 3QNOA 3DLBA 3T3FA 2FBXA 2KZZA 1BCOA 4ELUA 3C94A 2Z1GA 1ZBFA 2Z1IA 4CJUA 3QEPA 1NJXA 1TK0A 4M42A 2HVHA 3DLEA 1LWCA 4FM2A 1DLOA 1C1BA 4Y1DA 3VQEA 1A5XA 3WNFA 5KRSA 2E6LA 4O55A 3D0PA 3VA0A 2ZQBA 3SQ4A 4B8CA 4FK4A 1IKYA 1VSHA 2WONA 3OS2A 4DU1A 4FK0A 4EP4A 2P51A 4LH4A 1BISA 3SUPA 1TGOA 3U3GA 3S3OA 4KHNA 3QO9A 4OKJA 4JLHA 1BQNA 2JLEA 2GBZA 1GOBA 3OYKA 1CZBA 2P5GA 3L2VA 1TL3A 5KTQA 5KGWA 1HJRA 2PYJA 2G8VA 1RTJA 3K59A 4AH9A 3MEEA 1KVBA 1B9FA 3KLHA 1KFSA 1NJWA 3TANA 4ZTJA 4DWIA 1X1PA 1JLQA 3ZT1A 3NE6A 2QKBA 4BE2A 2QXFA 3QEXA 4Z4EA 3DI6A 3F9KA 3DLGA 1B92A 2YNGA 1RBSA 2FC0A 3AVCA 3I8DA 3TWHA 4E7HA 4DSKA 3KLIA 1T03A 3NGYA 1RT4A 3M8QA 1YVUA 4E7KA 1FKPA 3KIOA 4KTZA 3L2QA 4FJJA 1U04A 1ASUA 1WNSA 3QINA 1S1XA 3KK2A 3S3NA 3VQCA 3K57A 1XC9A 4DQRA 1ZBHA 1WN7A 3OVNA 3BDPA 3SYZA 3RR8A 1ITGA 3DRPA 1DTQA 1JL1A 3V1RA 2FBTA 4KV8A 1X9WA 4KB1A 4FJ7A 1U48A 4OLAA 2EX3A 4CJ5A 3HM9A 2PYLA 3TAFA 3HYFA 4DSJA 2I5JA 2Y1JA 2QK9A 4CERA 1RT7A 1CZ9A 3AVAA 3LAKA 4CEEA 1VRTA 3V9SA 3K2PA 4IFYA 4CJRA 5FRNA 2B5JA 3WNEA 4E19A 2JGUA 1X9MA 3RRHA 3LANA 1JLFA 1U45A 2IAJA 3ISNC 2BDPA 4B9VA 1JXBA 2FBYA 3MECA 5CZ1A 4LD0A 3OS1A 1VSKA 3LWMA 4DTPA 1JKHA 4CIEA 4DLGA 2G8UA 3G0ZA 5FRMA 4CK1A 4FW1A 4AHCA 1WSGA 2IDOA 5DK5A 1HQUA 3VQBA 3MAQA 3QERA 1NKEA 1Q9YA 3BGRA 3OYBA 2XY6A 3LPTA 3JSMA 3MXIA 3OYMA 3TAGA 4PA1A 4LSNA 1LAVA 4CGIA 1W9HA 2YHAA 3ALYA 4KHUA 3HPHA 4R5PA 4BDZA 3OYAA 3AVHA 5E41A 3HT3A 1TVRA 1WSFA 4AHSA 1VRUA 3VQ8A 1CXQA 4BWMA 3MXJA 1IKWA 1HRHA 3D45A 4E1MA 3RR7A 4Z4GA 3HJFA 1EXQA 4DTMA 3NGZA 2PZSA 3P83D 4WE1A 4CEQA 3KD5E 1TKTA 4FJGA 1BQMA 1HNVA 2EHGA 1F21A 3KLGA 4FLTA 2DFEA 5KGXA 4DQPA 4E0DA 4FZZA 1HPZA 1C1CA 4EZ9A 1IKVA 3AO5A 3NH1A 1QSSA 3IG1A 1S6PA 1K6YA 4ELTA 4F8RA 4B9LA 2D0CA 4CFDA 2HNDA 1RTDA 3K5NA 4TSXA 4CHNA 3DRRA 1RNHA 2VWJA 2HHVA 1HMVA 1RT3A 1Q8IA 4GMJB 3KJVA 3EZ5A 3ZT2A 2P1JA 2X6NA 2KFZA 1N5YA 5JS1A 4JS5A 1VSJA 1BL3A 1VK0A 4JRPA 2G8WA 5HRNA 2OZMA 2IGIA 3SUNA 1L3SA 3NAEA 1BI4A 2HHTA 3QLHA 3AA3A 1KRPA 3DM2A 4E7LA 1A5VA 4DQIA 1NOYA 1A5WA 4C8MA 1L3VA 3VQDA 2G8FA 5CYMA 3RMAA 4ZHRA 3OYJA 2IS3A 2YNFA 4DTSA 1YT3A 3ZSXA 5C42A 1JLGA 4CF8A 4M3XA 3SNNA 5HLFA 2HHXA 4CEZA 2XO7A 1QE1A 3RWUA 3CFPA 1WAFA 3HPOA 3VQPA 1NJYA 4F2RA 3M8SA 2FBVA 4DU4A 1JLAA 1S1UA 3DLRA 4DS5A 1JLCA 1RT6A 4DS4A 3PX0A 3KLFA 1S5JA 4AHRA 4CFCA 5I3UA 2KZMA 2VG6A 4I2QA 4KHQA 4DQQA 3U6FA 1D9FA 1O1WA 3HP9A 5T7BA 4LH5A 4KO0A 4M3TA 1KTQA 4J2BA 2XRIA 4CIFA 1X9SA 4OPJA 4HUEA 3L2RA 1NK8A 3C95A 2RPIA 2F96A 1BGXT 2KQ2A 4CGFA 1WAJA 4M3RA 4HTUA 2PY5A 4C8OA 1RBVA 1TKXA 3NDKA 4E7JA 3KKRA 1RTIA 1RDAA 4BWJA 4ELVA 3H08A 1ZBIA 3OYDA 4IFVA 1REVA 4M3YA 2HHUA 1GOCA 1KLNA 1IKXA 5C25A 2LSNA 1TV6A 4FLYA 4E89A 2ZD1A 4N47A 2HHWA 1SV5A 4IDKA 3CG7A 4RG8A 3K58A 3V9XA 4C8LA 3S9HA 4KRFA 3PV8A 3LPUA 3NF8A 4CFAA 3OYGA 4ZTFA 3VQ6A 4FZYA 3ITHA 4L8RB 3AO3A 2E6MA 2OZSA 1UWBA 1S1TA 3AVJA 4M45A 3M8RA 3NF9A 4KTWA 4FLXA 3HVRA 2XY5A 4RW6A 1ASWA 1G15A 4E7IA 3QNNA 4FJ9A 3QEWA 3ZT3A 2OYQA 4DFMA 3VN5A 1NKCA 3G10A 4CEFA 1D9DA 2BE2A 4MQ3A 2X78A 3T1AA 3AVBA 4Q5VA 4FLUA 1IO2A 2B4JA 4GVMA 4KKOA 4ICLA 4NCGA 4UQGA 3O3GA 1RDBA 3KK3A 4E3SA 4KB0A 3NFAA 3LALA 1J54A 3VQ4A 1D5AA 5HBMA 2HNYA 4C8NA 4OPKA 3KK1A 3SV4A 3QETA 2RF2A 1N6QA 2YKNA 3OYFA 4FLVA 1RT2A 1WLJA 2BANA 4CGDA 3NHGA 2X74A 3TABA 1VSLA 4ID5A 4CGGA 4I9LA 3LZJA 4CEDA 1EX4A 4H4OA 1RDDA 3TAMA 4KI4A 1RT1A 3SQ2A 3VQ5A 4I7FA 4KI6A 3V4IA 1TK8A 4NYFA 1RBTA 3O3FA 3LWLA 3SI6A 2A1RA 1QHTA 1ZBLA 4OGCA 4N76A 3RMBA 3SZ2A 3NH0A 2F8SA 4W5RA 3SUOA 4CJKA 4DMNA 1UOCA 2IC3A 5J2PA 3SQ0A 1BCMA 3PUFA 1NK6A 3L3VA 3VQQA 3O4NA 2VWKA 1S1VA 4M41A 4CK2A 2DY4A 1NK5A 5HROA 1L3UA 4DU3A 1JXEA 2HNZA 4B08A 4JS4A 4IKFA 3PX4A 4RW8A 3K5LA 4KAZA 1NK9A 2G8HA 5K14A 2R7YA 1VSDA 1LW2A 4AHTA 1T8EA 4NCAA 3OY9A 3ZSRA 4CESA 4CF1A 2HB5A 5HRRA 4H8KA 4NYNA 5HRPA 4CGHA 4DFKA 3U3YA 2G8KA 4F3OA 4FK2A 2OA8A 3K5MA 5CZ2A 1NJZA 1EKEA 4M3ZA 3SCXA 1LW0A 3HO1A 3HP6A 4FZXC 4M3UA 4ID1A 4I2PA 5C24A 4PY5A 2WOMA 4H4MA 4BE1A 4CHYA 3E01A 1U4BA 4DTJA 1Z26A 2X6SA 4M3WA 1RT5A 2ZE2A 1TK5A 3IAYA 4W5OA 1NK7A 3NF7A 3RRGA 3S3MA 3ZCMA 4O0IA 4BE0A 4N5SA 4CHZA 3AA4A 4YFUA 5HRSA 4BDPA 4DSIA 3SQ1A 3I0RA 3ZSOA 1RTHA 4FJ8A 4CE9A 2OPRA 3C6TA 4FJIA 3M8PA 4CJQA 1NKBA 4KREA 2Z1HA 2D5RA 3HK2A 3WNGA 4DG1A 1BI4B 4PWDA 3V6DA 1CLQA 1RBUA 1LAWA 3ULDA 3A2FA 4OKKA 4F3TA 1FKOA 1Y97A 4Z4HA 1T05A 3AVIA 4DSLA 2XY8A 4FJLA 4FJNA 4EZ6A 2KW4A 3VQAA 3RTVA 3DRSA 1SL2A 1KCFA 4G1QA 2GV9A 4CEAA 1WSEA 3P5JA 3MXMA 3L2UA 1XHZA 4QCLA 3C6UA 2OPPA 4Z4IA 1VSMA 2KFNA 3AVLA 2W42A 1VSIA 3AA2A 4O0JA 2HHSA 4DTRA 4PQUA 3OYCA 4BACA 1JLEA 3SV3A 3NH2A 3KKSA 4AHVA 1UA0A 1QSYA 3KLEA 1HYZA 4FJKA 3ZSQA 1MU2A 1S1WA 2YHBA 2OPQA 3V9UA 4O4GA 4NCBA 3LDSA 2HHQA 1QSLA 3ZT0A 3SJJA 4EP5A 3OJSA 4CF2A 4JRQA 4CJFA 3IS9A 3JYTA 4DSEA 5KI6A 3CFOA 4CHQA 1NOZA 3VA3A 1T7PA 3OYEA 3CM6A 4KHYA 2BGGA 2AJQA 4HUGA 4FVMA 1VSFA 4HVJA 1C0UA 3K5OA 1IH7A 4FM1A 4DTUA 4GW6A 5I42A 1SKSA 4N41A 4KHSA 3HL8A 4B9MA 3IRXA 3TAEA 4LY7A 1WSHA 4QAGA 2Q3SA 4J2EA 4CK3A 3L3UA 1LV5A 1R0AA 4CCHA 5D3GA 3PY8A 3OJUA 1EETA 1EP4A 2XY7A 4CJLA 2Y1IA 4I9QA 2DFHA 4FLWA 5CY4A 3SPZA 1QTMA 4CF9A 3HVTA 4W5QA 3AVMA 5FDLA 2A1SA 4B3OA 3AA5X 4J2AA 1RCHA 3LP1A 4CJTA 2YV0X 3NCIA 3B6PA 4HHTA 5J2QA 3RMCA 1SL1A 1L3TA 4K8ZA 5SZTA 2F8TA 3VQ9A 1FK9A 3MEDA 5J2NA 1L5UA 4OKEA 1IG9A 3PO4A 5J2MA 3AVKA 4CJWA 2D0AA 3OYNA 4CGJA 4Z0UA 4CHPA 3WNHA 1ZBUA 1S9GA 1Q9XA 1SUQA 4IG0A 3ZSYA 3AV9A 3QESA 3QIPA 3V1QA 1XWLA 4O44A 3DLHA 1U49A 1I3AA 4FJXA 4KHWA 3THVA 1UAXA 1VSEA 3QIOA 4OJRA 1ZYQA 1NK4A 2RKIA 2ATQA 2B6AA 4CJVA 4FJHA 1SKRA 1C0TA 4MFBA 3PX6A 4DF4A 4CJSA 4FXDA 2RN2A 1XHXA 4CJEA 1XI1A 1S9EA 4CEBA 1B9DA 3TI0A 3EY1A 1GOAA 3AO2A 3DMJA 5HP1A 1BHLA 1KLMA 1LWEA 3DOLA 4HCCA 1I39A 4B9UA 3L8BA 3UIQA 4DTXA 4DTNA 4F2SA 4HUFA 3HSTB 4CECA 3AVFA 1FXXA 4RW7A 3LAMA 3ZSZA 4IG3A 3LP0A 2HMIA 3EYZA 2KTQA 1JLBA 1QQCA 3P1GA 3TR8A 3RMDA 3V9WA 3CQ8A 4OVLA 1C0MA 5CYQA 4RW4A 4KPYA 3NF6A 1RILA 1NK0A 1SL0A 4Q0BA 5SWMA 4F4KA 2HW3A 1CXUA 1S6QA 3FFIA 2DFFA 2VG7A 4CEOA 2XHBA 1UA1A 4J2DA 4BDYA 4IBNA 2VG5A 3ZT4A 4CF0A 4Z4FA 3DYAA 1Z25A 1KVAA 3DOKA 4XIUA 1HQEA 1U47A 3CM5A 4AHUA 3CYMA 3KTQA 3KD1E 1C1AA 3ZSWA 2E4LA 4C8KA 1W0HA 4W5TA 4FM0A 2IOCA 3AVGA 3HXMA 3LZIA 2YNIA 4Y1CA 3VQ7A 2QKKA 2G8IA 4CFBA 1LWFA 1RBRA 1HNIA 3OS0A 3DLKA 4CJ4A 2ITGA 1YTUA 3I0SA 4CJ3A 4OGEA 5DMRA 4DLEA 3CFRA 1TL1A 1KFDA 3B6OA 1QS4A 3QEVA 1J53A 2HVIA 1BIUA 3V1OA 1SKWA 3TAQA 2DTUA 1WSIA 3OYLA 1HYVA 3TARA 3TAPA 5EU7A 2P5OA 1JL2A 4HCBA 4KTQA 4DTOA 4Z4CA 4K8XA 4DFJA 3MEGA 1HYSA 3L2WA 3QEIA 1TKZA 3ZSVA 4FJ5A 1C6VA 4RW9A 2O4GA 3V9ZA 3NBPA 1J5OA 3OYHA 3PO5A 4FYDA 3LP3A 1RDCA 2D0BA 3AO1A 3AVNA 2YKMA 3OYIA 4W5NA 4E1NA 4CHOA 1YTAA 4B8AB 3V81A 1WSJA 4DQSA 4KFBA 3NGIA 3LP2A 1D8YA 4PUOA 4LSLA 4CIGA 5J1EA 3T19A 4B9NA 3F73A 5FROA 4CJPA 2O4IA 2GUIA 1TKDA 4OLBA 4FW2A 4AILC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BQZA 4B9SA 4Z4FA 1T6CA 4FLZA 1DTTA 4JKFA 4FCYA 1K9MO 5JS2A 3O3HA 1TAUA 4N56A 3M3ZA 4JNEA 4H0PA 3GL1A 1J9AA 5C10A 1ASVA 3MCPA 4PKIA 3I33A 3DLBA 3WUHA 3WXIA 1BCOA 4NO7A 4M42A 3QEPA 1TK0A 2HVHA 1LWCA 1HKCA 5AQNA 1DLOA 1W97L 4Y1DA 3WNFA 1A5XA 4BR0A 5KRSA 2E6LA 3VA0A 5LY3A 4B8CA 4H0XB 5GINA 4DU1A 4DV4K 4FK0A 4EP4A 3S3OA 5JVGL 3QO9A 3LDLA 3KWIA 3EO3A 1U2VA 1CZBA 1TL3A 4K41A 1RDUA 1RTJA 4BVOA 5AQOA 1KFSA 4DWIA 3TANA 2NLXA 2GTDA 3I8DA 3F9KA 4B9VA 1B92A 4KBOA 4A2AA 1T03A 4B3TK 3FZFA 1RT4A 3CETA 3M8QA 4BRFA 4KTZA 4IOXA 3QB0A 1ASUA 1TYQB 1WNSA 2PBDA 3VENA 3QINA 3KK2A 4QS7A 4DQRA 1ZBHA 1WN7A 2EWSA 3OVNA 3BDPA 1ITGA 1KAXA 1DTQA 4RCHA 3V1RA 3CMAN 2RE2A 1U48A 2EX3A 3HM9A 4JKGB 2QK9A 4CERA 3LAKA 1YUWA 3K2PA 4E19A 2JGUA 1X9MA 1JLFA 5BRFA 2PFUA 1JXBA 5CZ1A 3OS1A 1VSKA 4DTPA 3EN9A 4I6MA 4AHCA 3I56N 5JMVA 3THWA 2IDOA 3VQBA 2UUCK 4IO8A 5BPLA 3MXIA 4LSNA 1LAVA 3ALYA 4BDZA 3CCLN 1VQ8N 4EIAA 3GOIA 1HRHA 4JI3K 3P83D 2Q0UA 3KD5E 4FLTA 3E66A 5KGXA 3SAHA 1C1CA 4EZ9A 1IKVA 3AGKA 3NH1A 2UXBK 4GV9A 3IG1A 1S6PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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