3G0ZA

Structure of s. pombe pop2p - zn2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g0zA00
1QE1A 1BISA 1SV5A 2HHVA 4M42A 2Z1JA 4LH5A 1RT6A 4CGDA 3B6OA 3OJUA 3KIOA 4Z4GA 3QEIA 1WSJA 1JLBA 3HO1A 2Z1IA 4DG1A 3EZ5A 1TKXA 3ASMA 4FLTA 2HHQA 2WOMA 1RCHA 3HL8A 1NJXA 5FROA 1IKVA 1RTHA 1NOZA 1VSLA 3WNFA 4ELVA 1BIZA 1QSYA 2AJQA 3RMAA 3U6FA 3ZSOA 1S6QA 3RMCA 4CJTA 3TAEA 2ATQA 4JRPA 1RNHA 3SPYA 4IG0A 5KTQA 1DTQA 2GV9A 3LPTA 3SPZA 4QCLA 4KHYA 4W5TA 1BI4B 4CF1A 1IO2A 1IKXA 3TAPA 3PV8A 1EXQA 2E6LA 4CJ3A 4CIGA 4CIFA 5SWMA 3AA2A 3LP3A 1U48A 4KTWA 2PZSA 1RT1A 1NK6A 3V4IA 1Q9XA 4FJMA 1HNIA 2PYJA 2Z1GA 2X6SA 3DRSA 1C0MA 3KJVA 4DTUA 1NK8A 3S3OA 2P5OA 2ITGA 2HNYA 2VG7A 3AVBA 4C8KA 5FRMA 3VQ7A 2GUIA 4ICLA 4R5PA 4DLGA 3VQ6A 5J2NA 3V6DA 1NK0A 1NOYA 3C94A 3AA3A 3G10A 3TAGA 2P1JA 2A1SA 2VG6A 3QEVA 4DSEA 3NF8A 3OS2A 3ZSQA 3SYZA 3V9UA 2KFZA 1NJWA 1A5WA 4DFMA 4DF4A 4C8LA 1UA0A 1IH7A 3CYMA 3KLGA 4OKKA 1TK5A 3VA0A 1WN7A 2HNZA 4DTXA 4CCHA 1LW0A 4N5SA 1HPZA 1T05A 2Z1HA 3U3GA 1HJRA 4FM0A 4H4OA 1NKCA 1ZBUA 2YKNA 2G8UA 4DU4A 1VSKA 1C6VA 3OS0A 1L3UA 1KLNA 5EU7A 4EP5A 1NK9A 3HT3A 4QAGA 1JLEA 2W42A 4RW6A 2DTUA 4CF8A 2OPQA 3AO2A 4OKJA 1CZBA 3LZIA 4FJ7A 2PY5A 4IDKA 1RBUA 1QQCA 5HP1A 4CJFA 3JYTA 4KAZA 4M45A 4BE0A 1SUQA 1C0TA 4AILC 3TAQA 3F73A 3AVGA 4GVMA 1T8EA 3OYMA 4B9NA 1RDCA 3AO1A 1VSFA 3MECA 3OYIA 5JS2A 4CEBA 4YFUA 4GMJB 4FM1A 3MXJA 1HMVA 3ZSXA 1A5XA 3L3VA 4CK1A 3DLEA 5C25A 1TL1A 1LV5A 3HPHA 5J2PA 3DLHA 2XY8A 2ZQBA 2G8VA 4J2DA 4NCAA 2VWKA 3KK3A 4DTPA 3O4NA 5KI6A 4WE1A 2YNFA 5SZTA 2XY5A 2QXFA 3O4QA 4E89A 1KVCA 3PUFA 3K59A 3V81A 3VQBA 4I9QA 3ZT2A 4FJJA 1S9EA 4KB1A 3OS1A 3HM9A 1U45A 4DQIA 1Q8IA 4CJUA 4BE1A 3SV3A 3LP1A 4CECA 4Y1CA 1BCOA 1HYSA 3MXIA 3D0PA 1NK5A 3AA5X 1X1PA 3RRGA 2IDOA 4ZTJA 1S1VA 3L2RA 4O55A 4FJXA 1GOAA 4M3YA 3DYAA 3SUNA 2Q3SA 3DLKA 1YTUA 1EETA 5JS1A 4CEEA 1VSJA 4CGIA 2VWJA 1NK7A 3M8RA 3AVAA 4CHZA 2KZZA 2FC0A 1RT3A 3VQ5A 1JLCA 4HCCA 4W5RA 4FJ9A 5C42A 4FLUA 1XHZA 4OJRA 4E1MA 2HVIA 1YT3A 4Q0BA 3MEGA 2OPRA 5CZ1A 3NF7A 1R0AA 1WSEA 3ZCMA 1KSPA 4QOZB 1RDBA 4OKEA 2LSNA 4KHSA 3V1OA 4DTJA 4EP4A 3HPOA 4B9SA 1RBVA 5CY4A 4F8RA 1VSMA 1ITGA 3K2PA 1EP4A 2XY7A 4BDPA 1U47A 1KLMA 2FBVA 3P1GA 3F9KA 4FJGA 1RBTA 1S1UA 4CGHA 4FZXC 2Y1IA 3PX0A 3ZSRA 1WNSA 1B9FA 4RW4A 3JSMA 1UAXA 4CFBA 5HRSA 3TWHA 3EY1A 1TK8A 4KO0A 3NF6A 4MQ3A 3ZT4A 4FVMA 4B9LA 4CJRA 2XO7A 4E0DA 4HTUA 3ZSYA 3OYGA 1JLAA 4CE9A 1RDDA 4LSNA 4KB0A 4O0IA 4B3OA 4B9UA 4PA1A 1JL2A 3VQPA 3QNNA 4M3XA 4CEDA 3OYLA 4CJ4A 1HQEA 4CHPA 1JXEA 4FJKA 4JS4A 1EKEA 1ASWA 2FBYA 3AVKA 1NJYA 2HHSA 4YNQA 1D5AA 4FJNA 4LD0A 4OPKA 3K5MA 2BDPA 4KI4A 2D5RA 3ULDA 1VRTA 4B08A 1CXQA 3QESA 5C24A 3ZSZA 3DLRA 1S6PA 2VG5A 4AHVA 3SNNA 2X6NA 3TI0A 4ID5A 4RW8A 3NH2A 3NH0A 3OYHA 1S5JA 1KVBA 4FJLA 2XHBA 4DTRA 4IFYA 3IAYA 1T03A 1D8YA 4DSLA 4E7KA 4L8RB 4AHTA 4H4MA 3MXMA 3LPUA 3DOKA 2YHBA 3OYAA 3RR7A 4N41A 3O3FA 2G8HA 3TABA 3EYZA 4M3WA 1RT2A 1BQNA 3C6TA 2YNIA 4DMNA 4FLVA 3IS9A 3O3HA 3NAEA 2RPIA 4DTSA 4DTNA 2ZD1A 1SKWA 1BGXT 1IG9A 1RTDA 3LP2A 3NGYA 3S3MA 1J9AA 2X78A 3V9SA 4E3SA 3PO4A 4Z4HA 4DF8A 3HP9A 5HBMA 3IRXA 3S3NA 5KGWA 2R7YA 3D45A 4NCGA 4CF0A 2I5JA 1FKPA 3V1QA 4K8ZA 3AVLA 3SI6A 4F2SA 3L8BA 3VQDA 3I8DA 3L2QA 1GOBA 2HHXA 1HQUA 4CGJA 4DQSA 4ZHRA 1TK0A 4KREA 2FBXA 4B9MA 4CHNA 1UA1A 4PY5A 1G15A 1D9FA 1IKYA 4CHOA 1BI4A 1TKZA 2BGGA 5CZ2A 1SL2A 4O4GA 1WSGA 2EX3A 4Q5VA 3ZT1A 3ISNC 2WONA 4CIEA 4FCYA 4E7JA 4OLBA 1VSDA 2BE2A 3HVRA 1QHTA 4CFAA 3DLBA 4C8MA 2O4IA 4KHUA 3LANA 2B4JA 2E6MA 1DTTA 4OVLA 1J53A 3FFIA 4CEOA 3KKSA 2O4GA 3LZJA 1VRUA 4FK2A 4N47A 3VQ4A 5HROA 1L5UA 4Z4EA 3NDKA 4JS5A 4M3TA 3AVMA 3HJFA 1QSLA 4CHQA 2OZSA 4IFVA 4Z4IA 4FJ8A 2KZMA 1B92A 1CLQA 3LALA 4NYNA 1TKDA 4HHTA 3KKRA 2ZE2A 4N76A 1TGOA 1VSEA 2OPPA 2DFEA 3ZSWA 3OVNA 2F8SA 4CHYA 1KCFA 2F96A 1LWFA 1WSFA 4DLEA 3ZT3A 3C95A 2XRIA 4AHRA 2DY4A 1L3VA 3AVCA 4I2QA 1W0HA 1CXUA 1NK4A 3KK1A 3QIPA 4CJVA 3VQ9A 4HUGA 2OPSA 1YVUA 2HHWA 4KHWA 4OGCA 1D9DA 2HB5A 3TR8A 1YTAA 3G0ZA 3RMDA 3DI6A 1TV6A 1Q9YA 4M3ZA 2RF2A 3V9XA 1DLOA 4I2PA 4CJLA 3SJJA 4DQPA 3OJSA 3SQ4A 1KFSA 4EZ9A 1NKEA 3CFPA 3I0RA 3K58A 1RTJA 1JXBA 4Z0UA 4CJQA 3HP6A 3NE6A 3V9WA 3QERA 4O0JA 1ZBLA 3AVNA 3WNEA 4FZYA 3LDSA 2YNGA 3NCIA 2E4LA 4B9TA 4XIUA 1S1TA 4O44A 4C8OA 3LAMA 3QETA 3AO3A 3CG7A 3AA4A 4JRQA 3HPGA 4F4KA 4CJWA 1WAFA 4DFKA 4CJPA 1KFDA 1I39A 3AVHA 4FLYA 4DS4A 4UQGA 1I3AA 1RTIA 4IG3A 1W9HA 1K6YA 3OYNA 2IC3A 4DFPA 1VSIA 3PX6A 4KI6A 4CERA 1VSHA 4FJ5A 3OYFA 4NCBA 3OYKA 3SV4A 1MU2A 3CM5A 5CYQA 3RRHA 1HRHA 3B6PA 4BE2A 1UOCA 4CJEA 2IS3A 1ZBIA 4PWDA 3AVJA 1BHLA 1LW2A 2YNHA 2IOCA 3QO9A 1TL3A 1TAQA 1REVA 3K5LA 4DS5A 3ITHA 4FW2A 1Y97A 4AHSA 4FLWA 2G8IA 4AHCA 4CEAA 4FK0A 1QSSA 2KFNA 3WNGA 5KGXA 3WNHA 1TVRA 3DRPA 4KFBA 3O3GA 1U4BA 1EX4A 1NJZA 4GW6A 1JLGA 1KTQA 3OYJA 2HMIA 4B8AB 3TARA 1N6QA 3TANA 1B9DA 2QK9A 4FXDA 1RT5A 1WSHA 4NYFA 4DFJA 4PUOA 1BIUA 4PQUA 3UIQA 4FYDA 5D3GA 1ZBHA 3NH1A 4CJKA 1U49A 2KTQA 1WSIA 3M8QA 5DMRA 3KLEA 1S1WA 3MAQA 2OA8A 3DM2A 3VQQA 4CGGA 1X9MA 4HUEA 3QEPA 4BDZA 2D0CA 4MFBA 4CK2A 4W5QA 4CEFA 3OYBA 4AH9A 4KV8A 2DFFA 4C8NA 1WLJA 4CK3A 4E7LA 2Y1JA 1TAUA 2YHAA 4KTZA 1TKTA 3MEDA 4JLHA 5J2MA 4ELTA 2RKIA 4LY7A 1LAVA 2NUBA 2BANA 2F8TA 3P83D 3AVFA 4CESA 4H8KA 3QNOA 4G1QA 4I7FA 3CFOA 3OYDA 3SQ2A 3T19A 4CFCA 5HLFA 1SL1A 4EZ6A 4DSFA 4FJHA 3TAMA 3LWLA 1HNVA 3ALYA 3PO5A 4CF9A 5T7BA 2GBZA 1ZYQA 2A1RA 5KRSA 4DTMA 4DQRA 1ASVA 3RR8A 2D0BA 3NF9A 1Z26A 1RT7A 3KD5E 3K5OA 3V9ZA 1F21A 4E7IA 4DTOA 4BWMA 5K14A 4AHUA 3SUQA 1FXXA 2IGIA 4DWIA 1Z25A 4F3OA 4CFDA 2FBTA 4IBNA 2HNDA 5I3UA 4J2BA 4FK4A 3T3FA 4DSKA 1C1AA 3E01A 2HHTA 3SUOA 4DSIA 4W5NA 2B5JA 3M8PA 1IKWA 4OPJA 3KD1E 4CJSA 3VQ8A 1BQMA 4IKFA 3QLHA 2HHUA 1L3TA 4KRFA 3HVTA 4KHQA 3ZSVA 4FM2A 2YKMA 2JGUA 4B8CA 3NGIA 3RWUA 3AV9A 3SCXA 4Z4FA 3AO4A 4RW7A 4HUFA 4E7HA 5FRNA 4FZZA 3LAKA 5DK5A 3A2FA 5HRRA 3DOLA 3BGRA 1RT4A 4KTQA 3THVA 4ID1A 4CEZA 2G8FA 3SUPA 2IAJA 1XC9A 2G8KA 3HSTB 4CEQA 3KLIA 3C6UA 3LP0A 3M8SA 3NFAA 1CZ9A 4M41A 3K57A 5FDLA 1S1XA 3DRRA 3NBPA 2HVHA 3P5JA 3KK2A 1J5OA 3QEWA 2QKKA 4E19A 1XWLA 3PY8A 3L3UA 1BCMA 2KQ2A 3CQ8A 3LWMA 3QEXA 2G8WA 5J2QA 3L2VA 1WAJA 3DMJA 2DFHA 3KLFA 4N56A 3VQAA 1FK9A 4FLXA 4CJ5A 3VN5A 3OYCA 3VA3A 3KTQA 3NGZA 1HYZA 4BWJA 3V1RA 3S9HA 1NKBA 4FW1A 3QINA 4DQQA 4I9LA 3ZT0A 3L2UA 2B6AA 4DSJA 2QKBA 1U04A 5KRTA 3OYEA 2X74A 4CF2A 3OY9A 4ELUA 4M3RA 4OLAA 3VQEA 4LSLA 1LWCA 1HYVA 1A5VA 5E41A 4DU1A 3U3YA 1T7PA 3PX4A 3SQ1A 1L3SA 2OZMA 1RBRA 4W5OA 1S9GA 3KLHA 1LWEA 1O1WA 4KHNA 1C0UA 1QS4A 1KVAA 2YV0X 3H08A 4ZTFA 3RTVA 4B9VA 4KPYA 5I42A 1SL0A 4LH4A 3MEEA 4Z4CA 4J2EA 1SKRA 3SQ0A 1SKSA 4FLZA 3HK2A 1GOCA 1JLQA 5CYMA 1X9WA 4HCBA 1QTMA 3BDPA 4TSXA 4RG8A 4Y1DA 5J1EA 2XY6A 3QIOA 3AO5A 3K5NA 4E1NA 5HRPA 4BACA 2P5GA 1JKHA 4F2RA 4J2AA 2EHGA 3RMBA 2D0AA 2HW3A 1JL1A 1VK0A 2OYQA 1XHXA 1RBSA 3HYFA 4K8XA 3HXMA 3NHGA 4M3UA 3CM6A 3I0SA 4BDYA 4O5BA 3AVIA 4DU3A 1FKOA 3VQCA 3T1AA 1JLFA 2PYLA 1ASUA 4RW9A 2KW4A 4FJIA 4CGFA 1C1BA 1UWBA 1ZBFA 3TAFA 3IG1A 2RN2A 1X9SA 1N5YA 2ETJA 4F3TA 2JLEA 3DLGA 3L2WA 3CFRA 5HRNA 4OGEA 1LAWA 1RDAA 4KKOA 4HVJA 3SZ2A 1XI1A 1KRPA 1RILA 2P51A 1C1CA 1BL3A 1J54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHVA 1BISA 1SV5A 2Z1JA 3F5TA 3B6OA 3OJUA 5GAEP 3KIOA 2J4RA 1VQ6N 2Z1IA 4DG1A 3EZ5A 4A2AA 4YDUC 1BA0A 4BR0A 1IKVA 1RTHA 1VSLA 2KHOA 3GE1A 2AJQA 2E5LK 2UYTA 4JV5K 3RMCA 4CJTA 2QWPA 2QW9A 4V19S 2PFUA 3D2FA 5KTQA 4DUZK 2GV9A 3CJ9A 1ZC6A 3TAPA 2E6LA 3BP8A 4KTWA 4LC9B 1RT1A 1Q9XA 4FJMA 1BDGA 2X6SA 1QZ6A 4I6MB 3EZWA 3VQ6A 3J80O 4KBOA 2VG6A 3QEVA 1YUWA 1S72N 3ZSQA 2A3ZA 3ZETA 3ENHA 4BC3A 3R1XA 1IH7A 1TK5A 2HNZA 4DTXA 4CCHA 4N5SA 2E8AA 2Z1HA 4FM0A 2QEXN 2G8UA 3J7AP 1VSKA 1C6VA 4EP5A 3RSEA 3VETA 4DV3K 4RCHA 3FZLA 3CC2N 2W42A 3VOVA 2VGMA 2ZJRL 4B1WB 4JEPA 4PKHA 2FSNA 2WBNA 4CD3A 5HP1A 3JYTA 2KKZA 2ZJQL 1SUQA 1C0TA 2CGKA 3R6MA 1C0FA 2QWMA 3OYMA 1VSFA 4C23A 4A62A 1HMVA 1LV5A 1K73O 1X9JA 4J2DA 3A5MC 3KK3A 3EN9A 4DTPA 3K0SA 2QXFA 3PUFA 3V81A 4I9QA 2W41A 4FWKA 1S9EA 5GIOA 4JI3K 1NK5A 5BPLA 3SLCA 1S1VA 4O55A 1GLDG 5M1NA 2Q3SA 1EETA 1NK7A 2VWJA 3IFRA 4CVNE 1OVQA 4W5RA 5C42A 1XHZA 4ISGA 4Q0BA 2OPRA 3GOIA 4H03B 5CZ1A 1R0AA 5F2RA 4LF7K 1KSPA 4QOZB 1RDBA 1RFQA 2YJEA 4B3TK 4DTJA 4EP4A 5FPEA 1RBVA 1VSMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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