3G0ZA

Structure of s. pombe pop2p - zn2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase, gene regulation
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g0zA00
2WOMA 4CEZA 3JYTA 3QEVA 3V1OA 3MXIA 3NH1A 1ZBHA 4CIGA 1SKRA 3DLKA 4FYDA 1SL0A 3LPTA 2O4GA 2HW3A 1S6PA 3LP3A 3WNEA 4CJWA 4ELUA 4FLXA 4B9MA 5SWMA 4DTPA 3ZT0A 5HP1A 1GOAA 3SNNA 4FZYA 2X6NA 3HVRA 1C1AA 3HJFA 2HHWA 4B3OA 1U45A 3V9ZA 4KHNA 4NYFA 5KRSA 2YV0X 1T03A 1LWFA 1BISA 3QETA 4KI6A 4N47A 4DQRA 3C6TA 2FC0A 3LZIA 4NCAA 3KLIA 4CHYA 1NK8A 3HP6A 2OPSA 4CFDA 2PY5A 1DLOA 1JXBA 3P83D 3L2UA 4DQSA 4FLYA 1TK8A 3L2QA 1B9FA 3LP0A 1QQCA 4C8NA 1I3AA 3K5LA 4Z4EA 2OZSA 3V81A 4OPJA 3HPGA 2DFHA 1HPZA 4FJGA 3M8RA 4KKOA 1VSJA 4FJIA 4DSFA 1IKWA 4C8MA 3O3GA 4FM0A 1GOBA 3VQDA 3VQAA 1CXUA 3AV9A 3CG7A 2OYQA 1WLJA 3ALYA 1HQUA 1RBVA 4E7HA 4C8KA 3LAMA 4IFVA 2G8HA 3DI6A 2OA8A 1RT2A 4JRQA 1VSFA 2I5JA 3DOLA 4DG1A 3CM5A 3MAQA 4FXDA 1JL1A 4G1QA 3AVAA 5CZ1A 4AHSA 3OYLA 3KJVA 1FKOA 3RR7A 1RT5A 3QINA 4CEDA 4DU1A 5KI6A 3TAQA 3NCIA 4FJNA 3HVTA 4EP5A 2YNFA 3L8BA 3K5MA 5HRSA 3KIOA 1WSIA 1NJXA 3MXJA 1BI4A 3HSTB 2YKNA 4DFJA 4PWDA 3KLEA 1RCHA 4CJ4A 2IOCA 4CJUA 4O44A 4DLEA 3DLGA 4QOZB 3AVFA 1WNSA 1FKPA 2RPIA 4DSJA 4N5SA 3AVCA 3AA4A 4CJLA 3T3FA 2ATQA 4I2PA 1BIUA 5SZTA 4K8XA 1MU2A 1KVAA 4CJSA 1I39A 4HCBA 3C6UA 3OJSA 4B9VA 4OPKA 1WSHA 4FM1A 3SUNA 4CK2A 3VQBA 1C0MA 2G8IA 2ZQBA 3PUFA 2XHBA 1Q9YA 2QK9A 1XHZA 4B9TA 5J2MA 1BGXT 3OYIA 3ZSWA 4FJXA 1J9AA 1C0TA 2NUBA 3AO3A 3U3GA 4AHCA 1JXEA 2IGIA 4QCLA 3AO4A 1TKXA 5HRPA 4DU3A 3TARA 1UA1A 3VQ9A 3ZSOA 2P5OA 1ZBLA 1KTQA 1TK0A 4NYNA 4CFAA 2DTUA 1EKEA 4CFBA 3QEWA 3LANA 4B08A 3LP2A 5HLFA 1YTAA 3IS9A 4CEBA 2A1SA 1IH7A 4JLHA 4CF9A 4DTMA 2HMIA 2KTQA 1XWLA 1RNHA 2GV9A 2P51A 3QIPA 3NAEA 3OYHA 4DFMA 4KV8A 2HNDA 3TANA 3HO1A 4I9LA 2G8KA 1ZYQA 3ZSZA 2G8WA 4F2SA 4AHRA 4FLZA 4Y1CA 3SV4A 3HPHA 1KSPA 1X1PA 3ITHA 3NH2A 4ELVA 4YNQA 1SL2A 2DFFA 4I9QA 2Z1HA 4CJTA 4DSLA 3PX0A 1W0HA 3DLHA 4HUGA 1U04A 4KI4A 2HNZA 2IAJA 4OVLA 2YNGA 4OGCA 4W5OA 1RT4A 4FJ8A 1XI1A 3MEEA 4I2QA 4LD0A 1CLQA 1X9WA 3V1QA 3SUQA 1ASUA 1RILA 4KHUA 3FFIA 4CE9A 4JS4A 3TI0A 1Q9XA 4OKEA 1X9SA 1WSJA 3MECA 4K8ZA 5I42A 4FK4A 3KD1E 3ZCMA 3HYFA 1U47A 4IG0A 4CHPA 1C1BA 1KCFA 1VRUA 1SV5A 4FJJA 4CGFA 3HP9A 2HHUA 4CGGA 1RTDA 1WSEA 3KLGA 1HRHA 3QERA 4E0DA 4YFUA 3SPZA 1YT3A 4KHYA 1G15A 1Q8IA 4KRFA 3LALA 3T1AA 3QNNA 2ITGA 2WONA 3VQ8A 1NK7A 3ZSQA 3AVMA 3RRHA 1QHTA 4DS5A 2OPRA 4W5TA 1DTQA 3O4NA 3KLFA 3NGIA 2RN2A 1EX4A 3IRXA 3NBPA 3ZT1A 3TAFA 4Z4IA 1VSHA 1HYZA 5FROA 2OPQA 2HNYA 4I7FA 3OYEA 1BQNA 2D0CA 4HUEA 3WNGA 1EETA 1C0UA 4RW9A 4Y1DA 4O0JA 1JLCA 5JS2A 3QEIA 5KGXA 2KZMA 1CZ9A 1RDCA 2VWKA 4CERA 2GBZA 2VG5A 4AH9A 3EYZA 3DLBA 4O5BA 1BL3A 4BE1A 3SUPA 2HB5A 4RW7A 3PV8A 4B9UA 5J1EA 4JRPA 4J2DA 2X78A 4DSKA 4CJFA 1SUQA 4O0IA 3HT3A 3QEPA 4FZXC 1VK0A 2X74A 4N41A 1QSSA 3ZT2A 1UOCA 3V4IA 1NJYA 1QTMA 4CJKA 1UAXA 3KLHA 1HNVA 4CK3A 4Q5VA 2JGUA 4CF2A 3SI6A 1LAVA 3RMBA 4ELTA 1S1XA 3U3YA 3AVKA 3VQQA 1L3TA 3O3FA 4M3XA 1XHXA 4DQPA 2B4JA 1QSYA 3HPOA 1N5YA 3D0PA 1R0AA 4M3WA 2P1JA 4CECA 4Z4CA 2A1RA 3SUOA 4XIUA 1RT1A 3QO9A 3K58A 3ZSYA 4LH4A 1HMVA 4FJ9A 3DM2A 4ID5A 1VSKA 2X6SA 4CJEA 4DQIA 1S9GA 4ZTJA 4CFCA 3PX4A 1LAWA 1NJZA 3ASMA 4BWMA 1D8YA 3AVHA 4KTQA 1HYVA 1S1VA 3NF7A 5CYMA 2Q3SA 3SQ4A 1ITGA 1JLQA 2O4IA 4O55A 4CIEA 3DLRA 3JSMA 5KGWA 3PO4A 1S6QA 2AJQA 4FK0A 3F73A 3K2PA 3NF9A 1L3SA 5CZ2A 1RDDA 1RTIA 3NF8A 3G0ZA 1KRPA 4FLWA 1NKEA 4DSIA 1RDBA 4IG3A 4AHUA 4CJVA 3LZJA 5C24A 1S9EA 4H8KA 3HK2A 4FCYA 2PZSA 4DWIA 4MQ3A 3TAEA 1TKTA 3K59A 3M8QA 3QIOA 3TAMA 3V9WA 4CGJA 4IFYA 2G8UA 4CJ5A 3NE6A 1NK5A 4AILC 4CK1A 3RMAA 2XO7A 4CEOA 4LSLA 4HTUA 1U48A 3NDKA 3THVA 1NK9A 4HUFA 4M45A 1J54A 4M3UA 2XY8A 1KVBA 4BDZA 4DLGA 1QE1A 3SQ0A 1BCMA 3OYNA 4FLVA 1RT7A 4CGIA 3SCXA 1LW0A 4B9SA 3VQ5A 1D9FA 3AVIA 3C95A 3PY8A 4HCCA 2W42A 4B9LA 1RDAA 3QESA 3A2FA 1HJRA 3TABA 1TL3A 4CEAA 4FVMA 4DTUA 1JLAA 4GW6A 3AO2A 2YHBA 4CHNA 1IO2A 2ETJA 3AVBA 3TR8A 4EZ6A 4N56A 4KAZA 2KW4A 4R5PA 3MEGA 4OKKA 4W5QA 1UA0A 2FBXA 4LY7A 4C8LA 2DFEA 4QAGA 2YNIA 2KFZA 4DTJA 2XRIA 3SJJA 4ID1A 4DTRA 3T19A 4CESA 1KLNA 1TL1A 3WNHA 2F8TA 4DF4A 1L3VA 4IBNA 4CEQA 3PX6A 3P5JA 4GVMA 4CEFA 4WE1A 1TVRA 3HL8A 3K5OA 3AVNA 3OYCA 2QKKA 4Z4GA 3DRRA 4BE0A 4CCHA 3QLHA 3OS2A 3O4QA 4NCGA 2VWJA 1C6VA 1KVCA 1K6YA 5DMRA 4KHSA 4LH5A 4Z4HA 4DS4A 3OVNA 3K57A 2VG7A 3AVLA 1EP4A 3V1RA 4KPYA 1WN7A 3L3UA 2HHTA 3DRPA 5D3GA 4CIFA 2E4LA 4B9NA 4DTOA 5J2NA 5FRMA 2DY4A 1NK4A 1X9MA 4ICLA 3IAYA 1S1WA 3S3NA 4DTXA 3K5NA 4DQQA 5T7BA 3DYAA 3O3HA 5J2QA 4CF1A 2D0BA 3ISNC 4DF8A 3RMCA 4OJRA 4C8OA 3OY9A 4KFBA 1HYSA 3CM6A 4M41A 3SQ2A 3RR8A 2BDPA 2PYJA 1WAJA 3VQ6A 1W9HA 4DMNA 3KK3A 2E6LA 3OYBA 3LAKA 1S1UA 3LWLA 1BQMA 3LWMA 4TSXA 4FM2A 3VA0A 1JLBA 4DFPA 1TKDA 4W5RA 4FLTA 3L2RA 3QEXA 3AVJA 1Z25A 3NFAA 2R7YA 3OJUA 4DFKA 1NOYA 2EX3A 4Z0UA 5C42A 1REVA 2Z1GA 1LV5A 1VSMA 5KRTA 3BDPA 1IKVA 2XY7A 2P5GA 4F3OA 4E1MA 3KD5E 4F2RA 1D9DA 4Q0BA 3BGRA 2FBTA 2HHVA 1LWEA 3AO5A 4E89A 5HROA 3V9XA 4F3TA 3ZSRA 1VSIA 3VN5A 1NKCA 4M3RA 3S9HA 4RW4A 2YKMA 2E6MA 1TKZA 3IG1A 4CHOA 4UQGA 2RF2A 4KO0A 4KHQA 4KHWA 4H4MA 4L8RB 4B8CA 5K14A 4E3SA 1SL1A 2LSNA 4E7KA 1J53A 4ZTFA 1J5OA 2KZZA 2EHGA 2JLEA 3OYJA 4FK2A 1Z26A 2PYLA 4E7IA 3ULDA 3S3OA 4W5NA 4H4OA 4B8AB 3AA2A 4O4GA 3OYAA 1F21A 5HBMA 4BE2A 3OYGA 1ZBIA 3CFOA 4FLUA 4J2AA 3L3VA 1SKSA 4M3TA 3B6OA 2GUIA 1NK0A 5JS1A 2OPPA 3ZT3A 1B92A 1RBTA 3NGZA 2BE2A 1RBSA 3VQ4A 1T7PA 1RTHA 3TWHA 5HRNA 3OYFA 1NK6A 4BACA 4CHQA 1S1TA 3SV3A 2XY6A 4OLBA 4OLAA 4MFBA 5EU7A 1BI4B 4J2BA 3WNFA 3MEDA 4EP4A 1N6QA 4KB0A 4FJ5A 2D0AA 4KTWA 4PQUA 3VQ7A 4FJ7A 3LPUA 1ASVA 4PUOA 3KK1A 5FRNA 3M8PA 3B6PA 4CF0A 1T8EA 4AHTA 4DSEA 3KKSA 1FK9A 4CGDA 4J2EA 2FBVA 1DTTA 3ZSVA 2IC3A 3DRSA 3VA3A 1L3UA 4CHZA 3AA5X 1WSFA 3NF6A 2IS3A 1QSLA 5CYQA 1KFSA 3UIQA 1ASWA 2B5JA 2VG6A 3KKRA 2HHSA 1VRTA 5FDLA 2QXFA 4FZZA 3TAPA 1IG9A 1RT3A 1JKHA 1JLGA 2YHAA 2F8SA 3EY1A 1RTJA 1TV6A 4OKJA 4ZHRA 2Y1IA 1U4BA 3U6FA 5J2PA 4LSNA 4KTZA 1HNIA 1LW2A 1QS4A 4DTNA 4BDPA 3NH0A 4RG8A 4E7LA 4NCBA 3MXMA 4OGEA 1O1WA 3SPYA 1L5UA 3I8DA 3V9SA 4M3YA 3M8SA 3RMDA 1FXXA 2IDOA 4E1NA 1A5WA 1A5XA 4M42A 2G8FA 4AHVA 3HM9A 5HRRA 3OYDA 3DLEA 3VQCA 4CJ3A 1VSEA 4IDKA 4JS5A 2ZD1A 4RW6A 4CJRA 1JLEA 3EZ5A 3SZ2A 1SKWA 4M3ZA 1Y97A 3AO1A 3L2VA 4F8RA 3OYMA 4DTSA 3RTVA 3P1GA 2Z1IA 3OYKA 1UWBA 1NKBA 2KFNA 5C25A 1KFDA 4FJKA 1C1CA 2HVHA 2ZE2A 3NGYA 5CY4A 3DMJA 1ZBUA 3S3MA 4FJMA 3VQEA 3SQ1A 3CYMA 4HHTA 1HQEA 2KQ2A 3D45A 4FW1A 1CZBA 1VSDA 3F9KA 4CGHA 4E7JA 1XC9A 3RRGA 4EZ9A 3VQPA 3KK2A 2HHQA 2QKBA 3I0RA 3PO5A 1BIZA 4KREA 3DOKA 3KTQA 5KTQA 1LWCA 4CEEA 2B6AA 1JL2A 1IKXA 1WAFA 3CQ8A 1B9DA 1ZBFA 1RBRA 4PA1A 4N76A 3H08A 4FW2A 4FJHA 1S5JA 3RWUA 2FBYA 4KB1A 1CXQA 5DK5A 5E41A 2G8VA 2HHXA 1YVUA 1VSLA 2BGGA 2Y1JA 1WSGA 2D5RA 3QNOA 1RT6A 5I3UA 3LP1A 3V9UA 4BDYA 4E19A 4DU4A 3V6DA 1T05A 3G10A 1JLFA 3AVGA 3OS1A 1TAUA 1NOZA 3ZT4A 1TGOA 3TAGA 4PY5A 4FJLA 3LDSA 4GMJB 3L2WA 4Z4FA 1TAQA 2OZMA 1YTUA 3E01A 1NJWA 2F96A 1IKYA 2YNHA 4HVJA 2HVIA 2Z1JA 1GOCA 1BHLA 3C94A 3I0SA 3ZSXA 3OS0A 2XY5A 4F4KA 3HXMA 1RBUA 2BANA 4CJPA 4CJQA 3AA3A 3SYZA 1U49A 2RKIA 1A5VA 3CFPA 1BCOA 4CF8A 4BWJA 1KLMA 4IKFA 3CFRA 1TK5A 1EXQA 3NHGA 1D5AA 4RW8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WOMA 4NLCA 1ZBHA 4CIGA 1S6PA 3LP3A 3WNEA 1ZBSA 4DTPA 5HP1A 3LL3A 3SNNA 2NRHA 3I33A 3VEYA 4B3OA 4DKWA 5KRSA 2YV0X 1T03A 1BISA 3O80A 3LZIA 1JJ2M 1OH5A 2OPSA 3QBXA 3CPEA 3H45C 1ZXOA 3HTVA 3WXKA 1HNWK 1B9FA 4AM6A 4C8NA 3IDHA 3K5LA 4Z4EA 1KQSM 4NXMK 1HPZA 5C12A 1VQKN 3A5OC 3HOSA 1VSJA 4DSFA 1GLBG 3O3GA 3VQDA 4CJ7A 3AV9A 3O9TA 3S41A 5JICA 1HQUA 4BRDA 3CJ7A 3E1YA 2OA8A 1IV0A 3SAHA 2P9PA 2VCPA 4H5TA 4IFEA 3MX5A 2F4VK 1JL1A 3QINA 3KVGA 2P9KA 2YI1A 2P9UB 1FW6A 3HVTA 2YNFA 3KIOA 3C6HA 2YJFA 1NJXA 5AZIB 4PWDA 5JLFA 4QOZB 3JS6A 2RPIA 4H5RA 4JEPA 3T3FA 1BIUA 1HPMA 4H0TB 4B1YB 4OPKA 4HWIA 4FM1A 3SUNA 4CK2A 2G8IA 2ZQBA 2XHBA 1Q9YA 1NG9A 1BGXT 3OYIA 3CIPA 4AHCA 1JXEA 2IGIA 5HRPA 3CCEN 5M1OA 2P5OA 1X3NA 4NYNA 3PSIA 1HUXA 3QEWA 4FWRA 3LANA 1M1KO 5HLFA 3IS9A 2HMIA 5GADP 4DTMA 3QIPA 1RNHA 3OYHA 3MK6A 4I9LA 5AQQA 3OBWA 4AHRA 4Y1CA 3SV4A 4FWOA 2DFFA 3HI0A 1GLJO 4CJTA 3GL1A 3CQYA 2D0PA 4KI4A 3U9DA 4OGCA 1VQ9N 3QB0A 2WBNA 4I2QA 4LD0A 4KHUA 4M63C 3FFIA 4OKEA 3MECA 5I42A 4WQ4C 3ZCMA 3CC2N 3VENA 1SV5A 2NZTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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