3G0ZA

Structure of s. pombe pop2p - zn2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase, gene regulation
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g0zA00
4WE1A 2WONA 3KD1E 3O4QA 5J2NA 1T03A 4G1QA 2WOMA 2IAJA 3DOLA 1A5WA 4IBNA 4CEDA 4B9UA 4M3UA 1HYSA 1JLAA 4I2PA 1FKOA 1NJZA 1BL3A 1UOCA 2IOCA 3OYFA 3HXMA 3LWLA 5C25A 4KI6A 1EKEA 2FBVA 4O55A 1JKHA 3L2VA 3S3NA 1SL2A 3G10A 5JS2A 2VWJA 3KTQA 1IKVA 2F96A 3IS9A 4KREA 1S1TA 4HVJA 2HW3A 4I2QA 3OYKA 5CY4A 1TGOA 4EP4A 3NGZA 3V81A 1BCMA 1WSJA 4DQRA 2YNFA 5HRNA 3SUQA 1WSHA 3AVJA 2G8IA 3LZIA 5HP1A 4FLVA 5DMRA 4CGGA 3BGRA 4F2SA 4W5NA 2XO7A 4OKEA 2YNHA 3RMBA 4FLUA 1QSYA 4YNQA 3PX4A 2B4JA 3CG7A 1R0AA 1UA0A 1D8YA 3K58A 3ISNC 3SUOA 3NDKA 4OJRA 1RBRA 3LALA 4H4OA 4CEEA 3RR7A 1C0UA 1VK0A 4DTSA 3BDPA 4DSKA 3NAEA 1HNIA 1X1PA 2BE2A 3AVNA 2NUBA 4FLTA 1RBUA 2ATQA 3AV9A 3RR8A 2VWKA 1J5OA 4JS5A 4OKJA 3P5JA 1NOZA 1S9GA 4OVLA 3HT3A 3S9HA 1XHZA 1UAXA 3E01A 2KW4A 3K59A 4K8XA 2FBTA 4Z4FA 1TV6A 3MXJA 4OLAA 4J2AA 3QEIA 2IS3A 3SQ1A 4H4MA 2EHGA 2FC0A 2VG7A 4HUEA 1U48A 5CYQA 3CFPA 1RILA 1C6VA 3QIOA 1U47A 1EX4A 3O4NA 1DTTA 4BWMA 4CHQA 1NKCA 4DQIA 3UIQA 4RG8A 1VSLA 2KFNA 3V9ZA 3H08A 2I5JA 1Q8IA 1VSHA 3TR8A 4W5QA 1N6QA 3OS0A 4Z4EA 1WLJA 2OPPA 4KV8A 4AH9A 4EZ9A 1BGXT 1J54A 2ZE2A 4FLXA 1RT4A 1RTIA 1C0MA 1QS4A 1ZBLA 5KRSA 2KFZA 2JGUA 1TKTA 2HHTA 1A5VA 5C24A 2Z1HA 1KVCA 1HQUA 1KCFA 2IC3A 1ITGA 1ZYQA 1WSEA 1XI1A 1NK6A 1L3SA 3TAFA 4C8OA 1HYVA 4FJNA 1J53A 3V9XA 4ELUA 1BISA 3LDSA 2RF2A 1EP4A 4E19A 1SKSA 3NFAA 2QK9A 3TAGA 2RKIA 4DF8A 5FRMA 1RDAA 3CYMA 4HTUA 4PQUA 1LV5A 2P51A 1JL2A 2P5OA 5FRNA 3V9UA 3RMCA 4O44A 1BCOA 3DLGA 3WNEA 4GMJB 4NYNA 4O4GA 4PA1A 5CZ1A 4CF0A 4ID5A 3ZSOA 3ULDA 4NYFA 3NH1A 3I0RA 1WSGA 4KFBA 2PYJA 1HPZA 3SUNA 4C8KA 4FJMA 1XHXA 4B3OA 3IAYA 3KD5E 3C94A 3TABA 1ZBFA 3EYZA 1U4BA 2Y1JA 4KTZA 1NK7A 4FJJA 1YT3A 3AO4A 2E4LA 4M45A 2D5RA 4CJSA 1NK4A 2EX3A 4H8KA 4DTOA 3DLEA 4CJWA 3HO1A 4DSIA 4KHNA 2GUIA 4KRFA 5FROA 3HL8A 1LWFA 1JLCA 1RTDA 3AVBA 1B9FA 3AVGA 2Q3SA 4YFUA 1IKWA 4HUFA 4CJVA 1ASVA 1SV5A 2QXFA 4CF2A 4ZHRA 4C8LA 4ELVA 2G8VA 2ZD1A 4OGEA 1HRHA 2B6AA 2HB5A 4HHTA 4DFPA 1DTQA 1SKWA 1BIZA 1CZBA 2E6LA 4F3OA 3SPZA 2X78A 3SCXA 3CFRA 4Y1DA 1VSKA 3TAPA 1S1WA 2IGIA 2D0AA 3V1QA 1TL3A 2OPQA 2YNIA 2LSNA 5DK5A 4NCAA 5D3GA 1I39A 3LP3A 3OYEA 3AA5X 4O0JA 1NK5A 4O5BA 2HNDA 3M8QA 4F8RA 4IKFA 3HK2A 1U45A 1KVBA 2XY7A 4W5RA 2PYLA 4FJLA 1QE1A 3SZ2A 1LWCA 4FLZA 4ID1A 4NCGA 3VA0A 1BIUA 1WAFA 3PUFA 4Z0UA 3DLHA 2OA8A 1D5AA 2Z1IA 3AA4A 1RDDA 4IG0A 1CLQA 2A1RA 4FYDA 3PO5A 2HHWA 4Z4HA 4F3TA 5K14A 3TANA 2DFFA 3DRSA 3ZT3A 4DQQA 4CFAA 3I8DA 3QO9A 3NH0A 3ALYA 4RW8A 3OYIA 1TK8A 2RPIA 4LSNA 4B9MA 4PY5A 1D9FA 3HPOA 4J2DA 1A5XA 1S1VA 4CIEA 3OYCA 3HM9A 4KO0A 1DLOA 1ASUA 4FLYA 3K5OA 3NF8A 3VA3A 3VN5A 1JLBA 1WSIA 1Z25A 2IDOA 3P83D 3QIPA 3LZJA 3PO4A 3SYZA 1S6PA 1RT3A 1TKZA 3VQ8A 4N56A 2Z1GA 4IFVA 4EP5A 1RDCA 4CGHA 2XRIA 4BE0A 1LW0A 4MFBA 3OYMA 4DS5A 1YVUA 4DTMA 2X6SA 3SQ2A 3OYAA 4BE1A 4DFMA 1C1CA 2XY6A 1X9MA 3DOKA 1T05A 4FJHA 5KGWA 4E1MA 3VQ7A 4CJ4A 1ZBIA 1BI4A 3RRHA 3HJFA 2DFHA 4CJRA 4DLEA 4JS4A 4FJGA 4XIUA 4CE9A 1IO2A 1U49A 4CJ3A 2KQ2A 1L5UA 4E89A 4KB0A 4OLBA 3D45A 3U3YA 3OVNA 4HCBA 4FZZA 3O3GA 2OZMA 4RW7A 1FKPA 1LAVA 3LP2A 2G8HA 4FVMA 3AO3A 3WNFA 4CFDA 1MU2A 1RT1A 3JSMA 1RBTA 1RCHA 2X74A 3QETA 4ZTJA 3LANA 4CHOA 5I42A 1JLQA 1HQEA 2OZSA 4Z4IA 1RNHA 4CHZA 4DSEA 2B5JA 4CFCA 4M3YA 3VQPA 4B8AB 4B08A 4FLWA 4M3WA 4FK2A 4CJKA 3I0SA 4DG1A 2PZSA 4CJ5A 2R7YA 4CF9A 3PY8A 1VSFA 4B9TA 3HVRA 3CQ8A 4BDPA 4E7IA 1NOYA 2BANA 1QHTA 4LH4A 3HPHA 1XWLA 4CK1A 4RW6A 1BHLA 4C8NA 4N47A 4DTPA 1WAJA 4OPJA 4F4KA 4CJTA 3HSTB 5HROA 4RW4A 4AILC 3NHGA 1D9DA 5KTQA 1RDBA 3NF7A 1BQMA 3ZSRA 1QSLA 5T7BA 1UWBA 1SL1A 3VQBA 4DTUA 4DTJA 3QEXA 2VG6A 3NGIA 4CFBA 4FJ7A 1RT6A 3KKRA 3VQ4A 3KK1A 1KRPA 2YKMA 3O3FA 4GVMA 4CJLA 4LSLA 2D0BA 3AVCA 3OYBA 4E3SA 4DTRA 1L3TA 3OY9A 4L8RB 1NK8A 3T3FA 3KJVA 1RBVA 1JLEA 3A2FA 4CESA 4CHNA 4HUGA 1L3VA 3K5MA 3ZSQA 3EZ5A 5E41A 4KPYA 3QNNA 1VSJA 3TI0A 3RMAA 3V4IA 1NJXA 3HYFA 3LPTA 4AHTA 3HP6A 3AA2A 1B92A 3AVHA 2XY5A 1VSEA 1RBSA 4CF8A 3ZT2A 3QEVA 5HLFA 4BWJA 2VG5A 4OGCA 4FJXA 4LH5A 3NH2A 1B9DA 1NJWA 3K5NA 4DSFA 4DU1A 3G0ZA 3AVFA 4ICLA 1FK9A 3DYAA 4J2BA 4QAGA 2G8WA 2YV0X 1BQNA 4CHPA 1ASWA 3SNNA 1NK0A 4FK0A 3DRPA 3C95A 1S1UA 4OKKA 3K57A 3ZSYA 2HVIA 3O3HA 3MAQA 2A1SA 1ZBUA 3ZSXA 1Q9XA 4KB1A 1S9EA 4FK4A 2HHSA 4M41A 3PX6A 2QKKA 3AO5A 4CJFA 4FM0A 2FBXA 1Q9YA 2GBZA 4GW6A 1U04A 1VSMA 3IRXA 1RT5A 3MECA 4M42A 1L3UA 2E6MA 4UQGA 3KLFA 4FM2A 3V9WA 4DWIA 4E1NA 1NKEA 3VQ9A 4M3RA 4DFJA 1KLMA 4DTNA 3EY1A 3DLKA 2O4GA 4M3ZA 4IDKA 2PY5A 3OYNA 4KHWA 4FCYA 1SL0A 1W9HA 3VQ5A 3L2UA 3SQ0A 3VQQA 4CHYA 1SUQA 4CEBA 4CJPA 1Y97A 2YKNA 3ZSVA 1N5YA 1C0TA 4I9LA 3KK3A 3SQ4A 4DQSA 4W5TA 3QNOA 3QERA 1SKRA 2OYQA 2DY4A 4O0IA 4JRQA 1NK9A 5CYMA 3U3GA 3RWUA 4N41A 1VSDA 4FJ8A 3SV4A 2YHAA 1GOBA 3HVTA 3M8PA 2JLEA 4FM1A 1JXEA 3L3UA 3OYGA 3KLEA 4FJKA 2KZZA 4CEFA 1BI4B 4CJEA 4LY7A 3SUPA 1CXUA 3SI6A 4KHQA 2HHUA 3C6TA 4OPKA 4BE2A 3TAMA 4CERA 3VQEA 4IG3A 3ZT4A 3LPUA 4CECA 2ITGA 3NGYA 3K5LA 4E7HA 4DSJA 5HRRA 4C8MA 3SV3A 3MEEA 4I7FA 2P5GA 1CZ9A 3AVLA 3MXIA 1S5JA 3L2QA 2HNZA 3F9KA 3DLBA 4DSLA 1TL1A 3RMDA 1F21A 3KLHA 2HMIA 4FZXC 4CEQA 3AVIA 5J2PA 3VQCA 3IG1A 4FJ9A 3LWMA 3MEGA 2G8FA 5JS1A 4B9VA 3MXMA 2HHVA 4DU4A 4AHCA 3AO1A 5HRPA 2HHQA 3P1GA 1IKXA 3OYHA 1EXQA 4JLHA 3SPYA 5EU7A 5J2QA 1NJYA 1KFDA 4E7LA 3L3VA 3L2RA 4CGJA 3KLGA 1W0HA 2KTQA 3V6DA 3B6PA 3V1OA 4KKOA 4CEZA 4PUOA 4Q0BA 3FFIA 4ELTA 4J2EA 1VRTA 3NF6A 2Z1JA 3MEDA 4CEAA 3QEPA 4PWDA 2HHXA 3QINA 3TAQA 2ZQBA 4FZYA 1C1AA 1LW2A 1QSSA 4M3XA 2O4IA 2W42A 3ZT1A 5KI6A 1TK5A 3CM6A 1YTAA 2FBYA 3AO2A 3DRRA 1IG9A 4BDYA 3V1RA 4CEOA 3OJSA 3ZT0A 1KVAA 1C1BA 1JXBA 4FW1A 4Q5VA 1TAUA 2F8TA 1T7PA 3KK2A 3LAMA 5KGXA 1LWEA 3LP1A 1TKDA 2XY8A 3WNHA 4B9LA 4CK2A 3M8RA 3L8BA 1K6YA 4B9SA 4FW2A 4KI4A 4MQ3A 3ZSZA 1VSIA 1S6QA 2Y1IA 1G15A 3VQAA 4KHUA 3K2PA 2KZMA 1J9AA 3DMJA 3RTVA 1RTHA 1TKXA 4AHVA 3NBPA 4E7JA 3B6OA 4F2RA 2P1JA 4Y1CA 5SZTA 3S3OA 1JL1A 4CK3A 1TVRA 4CJUA 1X9SA 5HBMA 3THVA 4Z4CA 4JRPA 1TAQA 4R5PA 4FXDA 2YHBA 3CFOA 4DTXA 2F8SA 4CCHA 3ASMA 1EETA 2QKBA 3OYDA 3NF9A 1O1WA 3T1AA 3OYJA 4KHYA 3WNGA 4Z4GA 3M8SA 3KLIA 2BDPA 3VQDA 3DI6A 4CGFA 4CGIA 2ETJA 5SWMA 4QCLA 2XHBA 1X9WA 2DTUA 1I3AA 3HPGA 1CXQA 3T19A 4AHUA 2HNYA 2OPRA 4CGDA 4KTWA 4CJQA 1HYZA 4CF1A 1KFSA 1GOAA 1RT2A 1QQCA 1IKYA 1IH7A 2G8KA 3AVMA 4AHRA 3TARA 4KAZA 4KHSA 1UA1A 4DQPA 1YTUA 1S1XA 1RT7A 3CM5A 3F73A 4DF4A 3KKSA 1KLNA 4M3TA 1JLGA 1REVA 2BGGA 1FXXA 2D0CA 3AA3A 1ZBHA 5J1EA 3NE6A 1LAWA 3U6FA 1QTMA 3TWHA 4B8CA 3DM2A 5HRSA 3OJUA 1HNVA 3HP9A 4LD0A 4BDZA 4DFKA 3VQ6A 3S3MA 1WNSA 3DLRA 1TK0A 2G8UA 1GOCA 3AVAA 3C6UA 4E7KA 3PX0A 3ZCMA 4FJ5A 1JLFA 4NCBA 4BACA 3LAKA 5KRTA 4ZTFA 3ZSWA 5CZ2A 4DMNA 2YNGA 1T8EA 1HJRA 3OYLA 3TAEA 4IFYA 3OS1A 1XC9A 3L2WA 3SJJA 4B9NA 4TSXA 1NKBA 4I9QA 4W5OA 5I3UA 3V9SA 3PV8A 3LP0A 3ITHA 4FJIA 2DFEA 3RRGA 1Z26A 2X6NA 3QEWA 4CIGA 4CIFA 3AVKA 3KIOA 3NCIA 1KSPA 4EZ6A 4DS4A 2AJQA 3D0PA 1VRUA 1WSFA 4DLGA 5FDLA 4AHSA 3QESA 3JYTA 3OS2A 2OPSA 4QOZB 2GV9A 1RTJA 1WN7A 5J2MA 5C42A 1HMVA 3QLHA 4N5SA 4KTQA 4N76A 2RN2A 1KTQA 4E0DA 4HCCA 2HVHA 4K8ZA 4RW9A 4DU3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E1YA 4WE1A 3WT0A 4ISGA 2WOMA 1A5WA 4B9UA 1HR0K 4M3UA 4IWVA 1NBWA 1NJZA 2IOCA 3HXMA 1EKEA 2FBVA 3S3NA 1JKHA 3L2VA 4BR7A 2DPNA 1SL2A 4JI2K 1N33K 2UUCK 4KREA 3GOIA 3SK3A 3J80O 4EP4A 2P9IB 3SUQA 5HRNA 4HTLA 1EO1A 3LZIA 4FLVA 4DR4K 1VQLN 2XO7A 5EY4A 3SAHA 2B4JA 1R0AA 1T3VA 3SUOA 3CPWM 3VGKA 3LDQA 4OJRA 1RBRA 2UUBK 4H4OA 1C0UA 1VK0A 2GUPA 3NAEA 4BVOA 1HNIA 2BE2A 5BR8K 4FLTA 4EIAA 1X9JA 3D2FB 5EX5A 1S9GA 2W6LA 4JKBA 3OTOK 4WQ4A 4K8XA 4H0TB 3MXJA 4J2AA 5GIPA 3KWGA 3QEIA 3MWTA 3MMVA 3SQ1A 2FC0A 1OH6A 1BU6O 2W6KA 1U47A 3O4NA 4BWMA 1NKCA 4RG8A 4JNEA 4Z4EA 1WLJA 2OPPA 1Z6RA 1BGXT 1ZBLA 2A42A 1TKTA 5AQJA 4IEIA 1KVCA 1HQUA 2IC3A 4BRNA 1ITGA 1XI1A 1JCFA 4C8OA 1HYVA 3TSUA 4JKFA 1WUAA 3R6MA 5FRMA 4YDUC 3NVKA 2P5OA 1YXQA 2VWBA 2GELA 3V9UA 3RMCA 3WNEA 2HHHK 1ESVA 4NYNA 4O4GA 4ID5A 4NYFA 4KFBA 5E84A 3UB5A 2PYJA 3IAYA 3C94A 3EYZA 5FPDA 2Y1JA 4KTZA 1YT3A 3AO4A 2E4LA 3WXLA 4BC4A 3OHRA 4H8KA 4CJWA 3HO1A 4OPAA 2GUIA 4BRFA 4B3MK 2Q3SA 4HUFA 4CF2A 3MDQA 4C8LA 4ELVA 4OGEA 1HRHA 1YJ9N 2VQFK 5BPLA 1FW6A 1CZBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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