3G0ZA

Structure of s. pombe pop2p - zn2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g0zA00
2G8VA 2I5JA 3QO9A 3ZT3A 2OPQA 1U49A 1FXXA 1W0HA 1RTIA 2F8SA 4FJHA 2RN2A 5HBMA 2XO7A 3NCIA 5HRNA 3LAMA 2VG5A 4KV8A 2R7YA 3SQ1A 3CM5A 2D0BA 4B8AB 3V4IA 4HCBA 4F3TA 1XC9A 4N5SA 5HRSA 4WE1A 2QKKA 1W9HA 2GBZA 2KQ2A 1J5OA 4B9TA 4IFYA 3IS9A 4J2EA 4W5RA 3V9WA 1JLBA 1SL0A 4DSKA 3AVCA 3L3VA 1C1AA 4N56A 3NF8A 2NUBA 1Z25A 3AA3A 1ASWA 3L2VA 3V9ZA 3AVKA 5JS2A 3ASMA 1LV5A 4RW7A 2BANA 4Z4CA 4DFMA 4ZTFA 4DQRA 4IDKA 1TK5A 3CFPA 1D9FA 3QNNA 4B9NA 4DFJA 1CXQA 1KFSA 2KFNA 1Z26A 1RT6A 4I7FA 3SV3A 1U45A 1NJXA 4OPJA 1JLAA 3NGIA 4DU3A 1NK0A 4PUOA 1DLOA 1TKZA 5HRPA 2BDPA 1CZ9A 5FROA 3TAEA 1S5JA 4E7LA 3BDPA 1YTUA 4RG8A 3DLGA 2OYQA 1C0UA 4DG1A 2IGIA 4Z4IA 1HNIA 4CFAA 2YKNA 3U6FA 3HP6A 3DLKA 3NF6A 1HNVA 5CZ2A 4Y1CA 1JLCA 3OVNA 3CQ8A 4M3WA 2YNFA 3SQ4A 2HB5A 4CF9A 3OS1A 4FW1A 1TK0A 5T7BA 3T1AA 4B8CA 3ALYA 1GOBA 3CYMA 4CESA 3WNHA 2E4LA 4HUGA 1VSHA 1WAFA 1TAUA 1TKXA 2BE2A 4DU1A 2XY6A 3PV8A 1QE1A 3G10A 4XIUA 3KK2A 3L2RA 3QEPA 4FK4A 2KZZA 1VSFA 2WONA 4KTWA 3AO4A 1KFDA 2DFHA 3PY8A 1JLFA 3OY9A 4DSLA 1N5YA 4IKFA 3TAQA 1U04A 4CHQA 4LSNA 3DMJA 1ZBFA 4W5QA 4ZTJA 4FLUA 3O3FA 4FZXC 1HYZA 4B9VA 1EKEA 3CG7A 4DFPA 2FC0A 4CGIA 1RDDA 3C94A 1UA1A 4C8LA 3NH2A 4NCBA 3LZIA 3NFAA 3KLGA 3KD1E 3VQAA 4KHYA 2Q3SA 4F2RA 4CE9A 1F21A 1L3UA 2PZSA 5KI6A 4EP4A 3HP9A 2E6MA 4E0DA 1BGXT 4CEDA 1D8YA 4CJRA 4KB1A 2XRIA 3AVBA 3QETA 1RBRA 5J2QA 1RBVA 1RDBA 3AO5A 4CJEA 4CIEA 1SL2A 4BDPA 2KFZA 3FFIA 4DSJA 4AILC 4CK1A 3OYIA 1A5VA 3P83D 4JLHA 3SQ0A 4CJWA 3S3MA 4DS5A 3QLHA 4M3XA 3IAYA 3B6PA 2OPSA 1KVBA 3LP0A 1HMVA 1SV5A 4CJKA 3QNOA 1KRPA 2BGGA 2OPPA 5CY4A 1EXQA 1VSJA 4FJKA 4E7JA 2HNYA 1REVA 4ELVA 3AVLA 3QINA 3V1OA 3LDSA 4KAZA 4H4OA 2Y1IA 1TAQA 2B4JA 4CEOA 4KTZA 4IFVA 4EP5A 3KLEA 1L3TA 2Z1GA 3HYFA 4Z4EA 1J53A 2VWKA 2HHVA 1NK8A 1S1UA 4HUFA 4N76A 3KK3A 4G1QA 2G8HA 1NK6A 4DLEA 1JKHA 4DTOA 3OYBA 3QESA 2WOMA 1TKTA 3HPGA 3AVAA 1QSSA 1JL2A 1FKOA 2HVHA 1QHTA 3O4NA 1WLJA 4KREA 2FBYA 4C8NA 4RW6A 4M45A 3K58A 4N41A 1QSYA 4IG3A 3AVJA 2P5GA 4Y1DA 1U48A 3M8QA 4M41A 1QTMA 4BWMA 4DF4A 2EHGA 1KLMA 4KHUA 3OYDA 4FLVA 1RT7A 1S6QA 3OYAA 4DQPA 4E19A 1X9SA 3QIPA 1BCMA 4W5NA 3ZT0A 3OYLA 1JLQA 1VSKA 2HNDA 2PYLA 1CLQA 5J2MA 3CFRA 2Z1JA 2D5RA 3HM9A 4K8ZA 3TAFA 4ICLA 1S9GA 3EZ5A 4KFBA 2FBXA 4Z0UA 3VQCA 1LW0A 1RNHA 3LPTA 4O4GA 3OYCA 4DF8A 1QS4A 1U4BA 4HUEA 3VA3A 2ZQBA 2PY5A 3P1GA 4DTSA 4E7HA 2X6SA 4LH4A 4OLBA 4CGGA 5SWMA 5J2PA 1C1CA 3K2PA 2EX3A 3K5NA 1J54A 1I39A 3F73A 2DFFA 3HK2A 3G0ZA 4AHUA 2HHWA 3AVGA 2YNGA 5C42A 3VA0A 2FBTA 4FJMA 3ZT2A 3DLHA 4CJ4A 4O5BA 1CZBA 1D5AA 1NKCA 1JLEA 4KHQA 1BCOA 3KK1A 3V1RA 1LAWA 3VQ8A 4CF2A 4CCHA 4CK2A 4DSIA 2HHTA 3C95A 4CEBA 1RTHA 3K59A 4FLTA 3HPOA 1ITGA 4QOZB 3RMAA 4L8RB 3NBPA 2P51A 3HVRA 3DRPA 4OLAA 4BDYA 1YVUA 1UOCA 3SYZA 3KTQA 1RBTA 1BI4B 1Q9XA 4CGHA 1VSMA 4CJSA 3PX6A 1VK0A 1UA0A 3O3GA 3SJJA 3HPHA 3AO1A 4CEFA 4FYDA 3RRHA 3V9SA 3MXMA 4CEQA 2XY8A 4CGJA 4OKEA 4DTRA 4KTQA 4KB0A 4NCAA 1NK5A 1L3VA 4IG0A 1RDAA 3LWLA 4DSFA 2QKBA 4CF0A 3LZJA 4DLGA 3ZSOA 3T3FA 2OPRA 3S9HA 4FJGA 5E41A 4W5TA 4OVLA 4I2PA 4DMNA 4CFCA 4JRQA 3O4QA 2YHAA 1NKBA 2DFEA 3AVHA 1WSJA 3M8SA 2G8KA 4FJLA 4FLYA 3NF7A 2JLEA 4DTMA 2GUIA 3OJSA 1ASUA 1QSLA 3DRRA 4FZYA 3HL8A 1YT3A 3MEDA 5CZ1A 4LH5A 1IO2A 3ZSWA 1NK4A 3NH1A 3WNFA 3K5MA 1C0MA 1WSFA 3KIOA 4LSLA 2HW3A 2IDOA 4M3ZA 5C25A 2ATQA 4B9MA 2RPIA 3B6OA 4C8KA 1RILA 1Q9YA 5HROA 4C8OA 3SZ2A 3PX4A 4W5OA 2QK9A 2IS3A 1SKRA 1JL1A 3ZSRA 3SUNA 3KD5E 1WAJA 4CEEA 4O0IA 4FJJA 3V6DA 2KTQA 4OKJA 4CF1A 1RBSA 3ZSYA 1YTAA 4OKKA 1SUQA 4BACA 2DTUA 1B9FA 2YNHA 4KHWA 1UWBA 3IG1A 5KRSA 3OYFA 1S1VA 3QEVA 1RTJA 3QIOA 4F8RA 1NK7A 1S1WA 1HPZA 4M3UA 4DU4A 3EYZA 3AV9A 4CHPA 3F9KA 4KRFA 4GMJB 1BQMA 4Q5VA 2O4GA 3EY1A 4DQIA 4KI4A 1G15A 2ZE2A 4FM2A 3V9XA 3S3OA 1ZBIA 2G8UA 3DLEA 2IAJA 3VQDA 1T05A 4J2BA 1KCFA 1IG9A 4AHSA 2LSNA 3DLRA 1RTDA 1LWEA 1WN7A 1HJRA 4E7KA 4CFDA 4IBNA 3I0RA 3KLFA 4R5PA 2F8TA 5HRRA 5FRNA 1ZBHA 4FJ9A 5C24A 3ITHA 4CERA 4AH9A 1XI1A 4E89A 2E6LA 3HVTA 3E01A 5J1EA 3ISNC 2DY4A 5DMRA 3M8PA 4DS4A 3QEXA 1KLNA 2X78A 1C1BA 1EP4A 4E1NA 4OGCA 3TABA 4B9LA 1XWLA 3A2FA 4B9UA 4N47A 1QQCA 4HHTA 3JYTA 3RMCA 1RT4A 1S6PA 4FJ7A 3AVFA 3SPYA 1LWCA 2QXFA 3C6UA 3DOKA 4B08A 4CHNA 1EX4A 1MU2A 4OPKA 3HO1A 4B3OA 4O44A 3RMDA 4M42A 1RDCA 3LWMA 1T03A 3SPZA 1IKVA 1TGOA 3NE6A 2Z1IA 4FJXA 4Z4FA 1KVAA 1R0AA 4FJIA 4NYFA 3OYNA 3OYHA 3MXJA 5JS1A 4CK3A 4CJLA 3K57A 3TAPA 3D45A 4ELUA 1JLGA 4C8MA 3SCXA 2AJQA 3DRSA 1X9WA 1T8EA 4HCCA 2ITGA 5KGXA 3SNNA 4M3TA 1VRUA 5DK5A 4BDZA 1C0TA 3QEIA 1VSIA 5EU7A 4CJFA 2RF2A 3LP2A 4H4MA 4CJ3A 3MEGA 4PA1A 4CECA 5HP1A 2G8WA 4F3OA 1IKWA 2HVIA 5I42A 1ZYQA 3LP3A 3QEWA 4DTPA 3AA2A 3AVNA 4CHZA 1A5WA 1BIZA 5CYQA 4I9LA 4FCYA 1NOYA 3CM6A 3U3GA 4QAGA 2PYJA 4Q0BA 4QCLA 1TK8A 2B5JA 1KVCA 1X1PA 4CIGA 1SKWA 4BE2A 4J2DA 1JXBA 1IKXA 5KGWA 3V9UA 4CJUA 4DSEA 3HSTB 1TKDA 4FJ8A 2OA8A 2KW4A 1CXUA 4TSXA 4Z4HA 3VQ6A 3ZCMA 4GVMA 1HYVA 3DOLA 2OZMA 1L3SA 1NK9A 2P1JA 3AA4A 4EZ6A 5CYMA 4KPYA 1Y97A 2B6AA 1ZBUA 4NCGA 3DYAA 4CGFA 1O1WA 5HLFA 1RT5A 1EETA 4JS5A 4ELTA 4JRPA 1NKEA 4E7IA 2VWJA 2KZMA 3ZSXA 4ZHRA 5D3GA 3LPUA 3AA5X 1GOAA 3AVIA 4E1MA 1N6QA 4OJRA 3S3NA 2HNZA 3WNGA 3NGZA 2YNIA 1T7PA 3MEEA 1BISA 4DTXA 2Y1JA 4JS4A 3VQBA 4PWDA 3SUOA 1VSDA 4CHYA 4PQUA 4F2SA 3AO2A 1HRHA 1Q8IA 3IRXA 1BQNA 3VQQA 3OYJA 3RTVA 3L8BA 1WSEA 4KI6A 4EZ9A 1WNSA 2X6NA 1HQUA 4K8XA 5SZTA 1X9MA 4CJ5A 4KKOA 3LAKA 3RMBA 2G8FA 3VQ7A 2ETJA 4FJ5A 3AO3A 3V81A 2F96A 4BWJA 3VQ9A 1RT2A 4HVJA 1B92A 3RR7A 3L3UA 3TANA 3SQ2A 5I3UA 3DM2A 2HHQA 3OS2A 3DLBA 2IOCA 4O55A 4BE1A 4CJQA 1NJZA 2D0AA 4FK0A 3SUQA 4FK2A 2GV9A 3THVA 3O3HA 4MFBA 4FLXA 3TI0A 3TARA 4YNQA 4CJVA 4DTUA 1UAXA 5FRMA 3MXIA 3VQEA 1LAVA 1S1XA 1VRTA 3ZT4A 3RRGA 3H08A 2OZSA 1SKSA 1NJYA 2W42A 4KHNA 1KTQA 3HT3A 3WNEA 3AVMA 1TV6A 1ASVA 2FBVA 3HXMA 4DTNA 4E3SA 4B9SA 1RBUA 1DTQA 4DWIA 3ZSZA 4LD0A 3DI6A 4CHOA 3P5JA 3LALA 3JSMA 2A1RA 3VQ4A 1C6VA 3ZT1A 2RKIA 3PO5A 4PY5A 1TVRA 3KJVA 2VG6A 3TWHA 3L2QA 4KO0A 2A1SA 4FM0A 4CIFA 1VSEA 4NYNA 4BE0A 4I9QA 3HJFA 2HHUA 1J9AA 1TL3A 1VSLA 3OYGA 1TL1A 3SV4A 4FXDA 1HQEA 1XHXA 4GW6A 3CFOA 1BHLA 3TAGA 4FVMA 3ZSVA 4UQGA 1BI4A 3NF9A 1ZBLA 3SI6A 4AHVA 2YKMA 4J2AA 1S1TA 3V1QA 4MQ3A 3NHGA 3ZSQA 3QERA 3T19A 3NGYA 5K14A 3OYMA 3K5LA 4H8KA 3KKRA 3NH0A 4DFKA 4KHSA 1IH7A 4YFUA 2Z1HA 1BIUA 5KTQA 3MAQA 2YV0X 3VN5A 4RW4A 4CF8A 1FK9A 4RW8A 1HYSA 4I2QA 4CJTA 4CFBA 1RT1A 3MECA 1SL1A 3VQ5A 3KLIA 1FKPA 1NOZA 3C6TA 4OGEA 4RW9A 4M3RA 4CEAA 1LW2A 2JGUA 3I8DA 4FW2A 4M3YA 4LY7A 3U3YA 2ZD1A 1L5UA 3OJUA 4CJPA 2P5OA 1XHZA 4FZZA 4CGDA 3KKSA 1LWFA 3L2WA 1U47A 3UIQA 1S9EA 4FLZA 5J2NA 4F4KA 4DQQA 1GOCA 3L2UA 4FLWA 3TAMA 1A5XA 4DTJA 2XY5A 3PX0A 1KSPA 1RCHA 4ID5A 3SUPA 3BGRA 4O0JA 3TR8A 3LP1A 3OYEA 2D0CA 3NAEA 1D9DA 4FJNA 4FM1A 3D0PA 4AHCA 3I0SA 3LANA 4Z4GA 1RT3A 3VQPA 2XHBA 4AHTA 3PUFA 4CEZA 1B9DA 2IC3A 3OS0A 2HHSA 3K5OA 1WSHA 2YHBA 3OYKA 3KLHA 3NDKA 3RWUA 1IKYA 1WSGA 2O4IA 1I3AA 1NJWA 3ULDA 2VG7A 2G8IA 2HHXA 1DTTA 1BL3A 1K6YA 1WSIA 2X74A 4ID1A 5KRTA 5FDLA 4DQSA 4HTUA 4AHRA 2XY7A 2HMIA 3PO4A 3RR8A 3M8RA 1JXEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QO9A 3ENBA 3ENOA 2OPQA 1NGBA 1FXXA 2I7NA 1RTIA 3MCAB 2F8SA 5AQNA 5HRNA 3LAMA 3SQ1A 4B8AB 3EZWA 4X65K 4CZMA 3FZHA 4JD2B 2QKKA 2GBZA 2KQ2A 5GINA 4IFYA 5E84A 4J2EA 3CPEA 3H3NO 4YOYA 4BGBA 1DT9A 1MDUB 5F0XA 5I9EB 3L2VA 2YI1A 2JWLA 2V51B 4RW7A 4DFMA 4BC3A 4ZTFA 3CFPA 2HSTA 4B9QA 3H3OB 3SV3A 4OPJA 4PUOA 1NK0A 2UXDK 4DV0K 1HKGA 2HOEA 4MO4A 4FWKA 1KAXA 1Q82O 2ASOA 5FROA 4RG8A 3QFPA 2FF6A 4DR4K 1T6DA 1HNVA 5AQTA 1JLCA 4DR7K 4CF9A 1WOQA 1YVNA 4C1NI 4WFAL 4G9ZA 5T7BA 1Z6RA 4B8CA 4DKWA 3C6HA 2NRZA 4JKGB 4CZHA 1VSHA 4PL7A 3CCMN 5JLHA 2KZZA 3THYB 1KFDA 3VGMA 1N5YA 4LSNA 4H0VB 5M1KA 1BOTO 1YJWN 3CCQN 4W5QA 1FJGK 3HTVA 4JAXA 1VQLN 4B9VA 3CJ1A 4LFBK 4CGIA 3C94A 4C8LA 3TU5A 4NCBA 2YX6A 3VQAA 2PZSA 2Q97A 1W2BM 5H1SQ 5ELZA 1E4GT 3VPZA 4E0DA 1BGXT 4CEDA 4KB1A 2XRIA 1NMDA 3AVBA 1QVFM 1RBRA 2KFZA 4JI7K 4FOEA 4PL8A 3OYIA 3IAYA 2OPSA 3LDQA 4CJKA 3ZLJA 1LCUA 1Q86O 4E7JA 4ELVA 3AVLA 3QINA 3VEXA 3CQXA 1TAQA 3C0BA 4EP5A 4K42A 1J53A 2VWKA 2ZGYA 4YOVA 3MN5A 3VEYA 1S1UA 4IFEA 4HUFA 3KK3A 4DLEA 5TKWA 2J4RA 2GELA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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