3G0ZA

Structure of s. pombe pop2p - zn2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
b'SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase, gene regulation
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g0zA00
4FXDA 3SPZA 2HHWA 4M42A 3V1QA 4HVJA 3L2VA 4M41A 1S9GA 3HJFA 3F73A 4M45A 3C6TA 3HPOA 1NOZA 3AVCA 3M8QA 3ZSWA 1RDDA 3TWHA 3VQEA 3M8RA 1S5JA 1Z25A 3AVFA 3TAFA 1SL0A 1RT4A 2RN2A 3OS0A 4FZZA 4N41A 1IKWA 3PX6A 4GMJB 3V6DA 2XHBA 2YNHA 4W5NA 2X78A 5HLFA 4OKJA 4M3WA 4RW7A 3QINA 2W42A 3K5NA 3DI6A 2R7YA 5KRSA 4FLVA 4DU1A 4CGJA 4DTNA 1D9DA 3AA4A 1JLCA 5D3GA 4B9LA 4CEZA 4MFBA 2FBXA 2RKIA 1BI4A 3AVNA 1RTIA 1QSYA 1KRPA 4ZHRA 3DLBA 2ATQA 3O4QA 4XIUA 3TR8A 2VWJA 3KTQA 1S6QA 3HP6A 2VG6A 2KQ2A 1BIUA 4K8XA 5SWMA 3MXMA 1JLFA 1S1UA 4FJKA 3T3FA 3QO9A 4DTMA 1SUQA 4E0DA 4DSLA 2A1SA 3KKRA 1VSMA 3L2QA 1QE1A 4CF1A 4AHUA 1YVUA 2F96A 4JS5A 3QERA 3OYHA 3SQ0A 1KFDA 5KRTA 3S9HA 1BGXT 4Z4GA 4YNQA 1L3VA 1Q9XA 2KTQA 3KLEA 1TK0A 5EU7A 3QEXA 4LSNA 2IOCA 4AHSA 2HVIA 4AHTA 3V1RA 2I5JA 3I0RA 3A2FA 1A5XA 3QEWA 2OZSA 3ZT0A 4CEDA 4BDPA 1B9FA 1VSLA 1YTUA 1JKHA 1NOYA 3SZ2A 3OYKA 1RBUA 4DQPA 3QETA 4CEFA 5FRMA 4E7JA 3OYDA 3LAMA 1RCHA 4TSXA 2QKKA 1A5WA 2JLEA 3M8SA 1N6QA 2OYQA 3AA5X 4M3UA 4B08A 3OJUA 3TARA 4CJUA 4EZ9A 5HRSA 3BGRA 4FJNA 1KLNA 1VSJA 4C8OA 2D5RA 1BIZA 1QTMA 2B4JA 3IG1A 3VQPA 1NK8A 3PX0A 2HW3A 2P1JA 2KFZA 4Q0BA 5C42A 4F4KA 3V4IA 1SKRA 4E7IA 4OGCA 3ZSYA 1TKZA 5C24A 3ASMA 4AHVA 3VN5A 4DF4A 4FJ8A 4M3YA 1CZ9A 2Z1IA 3M8PA 4FLZA 1HQUA 3KLIA 2XY8A 2AJQA 2HNZA 1KCFA 5CYQA 5J2PA 3OYEA 3T19A 4DTSA 2DFEA 1SL2A 4B9UA 2IC3A 1I39A 1A5VA 2EHGA 3CG7A 2XO7A 1HNIA 4B8AB 1W0HA 4KTQA 4KI6A 4B3OA 4FJGA 2HHSA 4E19A 4PQUA 5K14A 3THVA 4DTUA 4FJXA 3KIOA 1BCMA 3FFIA 3NGIA 1VSEA 4FJ5A 5HRPA 1NJWA 1NK0A 4W5TA 3OYJA 3MAQA 1HJRA 2OPRA 4LH4A 3O3HA 4M3XA 1NKEA 4DSIA 1IH7A 3MEDA 4KO0A 1XC9A 1RTDA 1LWFA 5J2QA 2OPPA 3QNOA 2WOMA 4B9TA 1Z26A 3SUOA 4L8RB 4BWJA 3AVIA 1WSJA 3WNEA 2XY5A 3SUPA 4NYNA 4FM2A 3SPYA 1TAUA 4DQRA 4H4MA 4CGGA 1RT6A 3CM6A 3HVTA 1EP4A 3LP3A 4CECA 1HYVA 4DU3A 3DOKA 3RR8A 3V1OA 1XI1A 4Z4FA 3LAKA 1WSHA 2FBYA 4QAGA 5KI6A 4CFCA 1T8EA 1IO2A 1D9FA 4AILC 4DSJA 1HRHA 1LWCA 3ZSXA 3DLKA 4CF0A 3NDKA 2HVHA 2HB5A 4KI4A 4ID5A 2E4LA 3D45A 4B8CA 1VSDA 2KZMA 3F9KA 5CY4A 4DG1A 1F21A 3RRGA 1RDAA 1LAWA 4CESA 3HM9A 3SI6A 3U3GA 4AHRA 4FM1A 2DFHA 1ZBIA 4JRPA 4JS4A 4HHTA 3P83D 3NH1A 4DTPA 1EETA 5FDLA 3QEVA 1S6PA 4WE1A 4J2AA 4J2DA 4CEAA 2HHTA 3IAYA 1FKPA 4BE2A 3BDPA 1C6VA 1C0MA 4DWIA 3RRHA 3DRRA 5T7BA 1S9EA 4C8KA 5CZ2A 1FXXA 1T03A 3ISNC 4R5PA 4FLYA 4H4OA 3AVJA 3PO5A 2QKBA 5HRRA 2YKMA 1LW2A 4PA1A 3VQ4A 1KVCA 3HP9A 4CEBA 1VSFA 4RW9A 4DF8A 1S1VA 3AVBA 4DMNA 4DQIA 5HROA 4J2EA 2RF2A 1RT2A 4IFVA 3AA3A 4HUEA 1EX4A 3RMAA 2GBZA 1W9HA 4CIEA 4B9MA 1Y97A 5HBMA 1N5YA 4JRQA 4N76A 3K2PA 2ZE2A 4UQGA 4KHYA 2FC0A 4N5SA 4G1QA 3O4NA 4KV8A 1ZBUA 1D8YA 1CXQA 4CGFA 2GUIA 3ITHA 1IG9A 1YTAA 4IFYA 4C8NA 3VQCA 1WSEA 3O3FA 3NE6A 1C0UA 2FBVA 2X6SA 3OYNA 4CFBA 3SYZA 2YNFA 1U48A 4KHSA 3C95A 3MECA 2G8IA 3C94A 4PY5A 4KTZA 4DSKA 1RDBA 3KK1A 3L8BA 3NGZA 2F8TA 3SCXA 5JS1A 4CHYA 3TAQA 3AO2A 4BWMA 1DTQA 3VQBA 3OS1A 3HVRA 1NJXA 4BE0A 1RT5A 2BDPA 3HK2A 4FYDA 3TAEA 4O0IA 4K8ZA 4BDZA 4Q5VA 3ULDA 1WAJA 3NF6A 3L3UA 1NJYA 4OLAA 3LALA 3ZSRA 3ZSOA 4F2RA 1BCOA 1RBTA 3C6UA 4IG0A 5I42A 4FJHA 3ZSQA 1WSFA 2VG7A 4KKOA 4KHUA 3TAPA 2D0CA 1ZBFA 3KKSA 3AVGA 3OJSA 3NF8A 3NF7A 2PYJA 4CHOA 3PUFA 4C8LA 1REVA 4CJVA 1FKOA 1RBRA 3ZSVA 4HCBA 1TKXA 1S1TA 2RPIA 2YHBA 2FBTA 3P1GA 1T05A 3VQ9A 1NK9A 1QSLA 4F3TA 3K59A 1U47A 5DK5A 4OKEA 4CF9A 1SV5A 1JLBA 3ZT3A 3NH0A 1IKXA 1SKWA 5J2MA 2IGIA 2HMIA 4N47A 4I2PA 4Y1DA 1NK7A 3E01A 1BHLA 1EXQA 5SZTA 3SQ4A 1TV6A 3SV4A 1C1AA 1TGOA 2YNGA 3TANA 4B9NA 4ELTA 3KLFA 1ASWA 4FJ9A 1RT7A 1VRUA 2B6AA 4NYFA 4CK1A 4CJ4A 5I3UA 4I7FA 1J53A 1BQNA 1KTQA 2OPSA 3VQ7A 3KLGA 3EZ5A 4ID1A 4DTJA 1RT3A 2HHXA 3G10A 2DFFA 4O0JA 4BDYA 1FK9A 2B5JA 3CYMA 4OPJA 3OYBA 1KLMA 1LV5A 3ALYA 1WAFA 4E7LA 3DLRA 3PO4A 1WLJA 1UOCA 2KFNA 4CGHA 5KGWA 4EP4A 3LWMA 1NJZA 1HPZA 1S1WA 1TKTA 4KHQA 2O4IA 3KK2A 4LD0A 1WSIA 3U6FA 1KFSA 3LP1A 3I0SA 4IG3A 1C1BA 4CJPA 4E89A 1GOAA 2QXFA 1X9SA 1BL3A 1KVAA 2OA8A 3L2RA 3IRXA 4PWDA 3H08A 2PYLA 3ZT4A 2X6NA 2QK9A 1HYSA 4KTWA 3ZCMA 1CZBA 3AV9A 4IDKA 1YT3A 3DLEA 1C0TA 4IKFA 3RR7A 3MXIA 1Q8IA 1U4BA 5C25A 1JXBA 1VSKA 2XRIA 4W5QA 3VA3A 3SQ1A 4Z4EA 4O5BA 4CF8A 2P5GA 2DTUA 1WNSA 1D5AA 3VA0A 3HXMA 3SUNA 4E1NA 3QEPA 1JXEA 2PY5A 4KPYA 4M3ZA 3QNNA 4N56A 1UWBA 3OYGA 4E3SA 4DFJA 1NK5A 1LWEA 2BE2A 3O3GA 1JLQA 1TVRA 3RMDA 4OKKA 4JLHA 4CIFA 4FLXA 4CJTA 5JS2A 3TAGA 1ZBHA 2IAJA 4NCGA 1KVBA 1S1XA 3MEGA 4ELUA 3QEIA 1R0AA 4NCAA 1UAXA 3WNGA 4KHWA 3AVHA 5HP1A 2Z1HA 1HYZA 4CK3A 5E41A 2F8SA 1XHXA 1NK4A 4CCHA 1TAQA 5CYMA 4CK2A 4OLBA 4ELVA 1NKBA 3TAMA 4CEEA 4BE1A 1VRTA 2HHQA 1RBVA 4DSEA 1CXUA 4HUFA 1WN7A 4DS4A 3DMJA 1JL1A 3OY9A 3OYIA 4ICLA 3K58A 1U49A 3KD5E 3LPUA 4I9LA 4RW4A 4GVMA 2PZSA 5KTQA 3I8DA 3SJJA 3HSTB 3T1AA 4CJSA 4AH9A 4Z4IA 3QLHA 4QOZB 4M3TA 4CGDA 2D0AA 1VSIA 4FJJA 3IS9A 3V81A 1HQEA 3TI0A 3S3MA 3NHGA 4CHNA 3SUQA 3QIOA 2G8WA 4KHNA 1GOCA 3NCIA 1ITGA 1CLQA 2G8UA 4FJLA 1ASUA 2BGGA 5FROA 4NCBA 3AO3A 3PX4A 1J9AA 3L2UA 3NH2A 1B92A 4LSLA 2E6LA 4OJRA 4LH5A 3V9ZA 4DFMA 1J5OA 1SL1A 4B9SA 1QSSA 4KB0A 2IS3A 3SNNA 4FZYA 3DRSA 3OYFA 2LSNA 3NF9A 1RT1A 5J2NA 3S3NA 1C1CA 4FW2A 4I2QA 4E7KA 3LANA 3K57A 1B9DA 1X9WA 1G15A 1LW0A 2NUBA 3EY1A 1KSPA 2XY6A 4DFPA 1RNHA 4E1MA 1U45A 1VSHA 4CEOA 4CF2A 1NKCA 3KLHA 1RTJA 4DTXA 2A1RA 4BACA 4O4GA 3V9XA 3NBPA 2GV9A 3L3VA 3LZJA 4HUGA 3UIQA 1LAVA 3OVNA 3DM2A 2Y1IA 1DLOA 1VK0A 2IDOA 4CFAA 2VG5A 2KZZA 3HPGA 4FJ7A 1ASVA 4Z0UA 4CGIA 4DU4A 3HPHA 2X74A 1UA0A 3WNHA 3TABA 1T7PA 2VWKA 3RMCA 2XY7A 1JLEA 3LPTA 4F2SA 4Y1CA 4J2BA 1O1WA 4W5OA 4CHQA 3CQ8A 2G8KA 2G8VA 2DY4A 4F3OA 3JSMA 2OPQA 2ITGA 4KB1A 4HCCA 4KAZA 1QQCA 3VQQA 3RTVA 3V9WA 4E7HA 4DQQA 2HHUA 5CZ1A 4O55A 4RW6A 3NAEA 3QIPA 2D0BA 3AO4A 1TL1A 3LZIA 4DTOA 4CHPA 1SKSA 1ZYQA 2YHAA 4CJKA 1IKVA 3PV8A 4DLEA 3HYFA 1GOBA 4F8RA 3VQ5A 4CJWA 1K6YA 1QHTA 3DRPA 3CFRA 3ZT1A 3SQ2A 2G8FA 3KK3A 3OYLA 4FZXC 2EX3A 2YNIA 4DSFA 4I9QA 3AO5A 2ZD1A 2KW4A 4CERA 4FJMA 4ZTFA 4OGEA 1XHZA 3HL8A 3K5LA 1X1PA 2O4GA 4M3RA 1BQMA 4CJ3A 3VQDA 3CM5A 4MQ3A 3D0PA 4Z4CA 4FJIA 4KRFA 1XWLA 3U3YA 1HNVA 1BISA 3VQ6A 2HNDA 2P5OA 4CE9A 4FK4A 2Z1JA 2ZQBA 2P51A 1UA1A 2Z1GA 4YFUA 3PY8A 4OPKA 1JL2A 4EP5A 1L5UA 2OZMA 4B9VA 3K5OA 2ETJA 1QS4A 3B6OA 4RG8A 3B6PA 1NK6A 3AA2A 4OVLA 3OYCA 4DTRA 1J54A 3CFPA 4FCYA 4C8MA 2E6MA 4ZTJA 4IBNA 4CJ5A 3AVKA 4LY7A 4W5RA 1TKDA 3VQ8A 3QESA 1HMVA 3NFAA 4AHCA 1X9MA 1MU2A 3LP2A 3MEEA 4FM0A 1U04A 4FLUA 1BI4B 2YKNA 1Q9YA 3G0ZA 3V9SA 5DMRA 3ZSZA 3LWLA 4CJRA 5FRNA 3WNFA 3L2WA 1I3AA 4Z4HA 3OS2A 1DTTA 4DQSA 4QCLA 1TK8A 5HRNA 2HNYA 1TL3A 1L3SA 4KREA 3AVMA 3NGYA 4FVMA 1JLAA 3ZT2A 4DFKA 4FK0A 3DLGA 2JGUA 4PUOA 2HHVA 4KFBA 3LP0A 2Q3SA 1JLGA 3AVAA 2Y1JA 5J1EA 4H8KA 4FW1A 3KJVA 3P5JA 4HTUA 3OYAA 3S3OA 4GW6A 3OYMA 1WSGA 3LDSA 4RW8A 4FLTA 1IKYA 5KGXA 4DS5A 3V9UA 4CJEA 1RDCA 2YV0X 4CJQA 4CHZA 3SV3A 2G8HA 3HO1A 4CJFA 3JYTA 3CFOA 1RBSA 4EZ6A 4CEQA 3HT3A 4O44A 4CFDA 3DLHA 2BANA 4DLGA 3MXJA 4FLWA 1RILA 3K5MA 4FK2A 4CIGA 3EYZA 3VQAA 1L3UA 3KD1E 3RWUA 3AO1A 3DYAA 3DOLA 1EKEA 3RMBA 1ZBLA 1L3TA 4CJLA 1RTHA 1TK5A 2WONA 3AVLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FXDA 4M42A 3V1QA 3HPOA 4A62A 3D2FA 4QS9A 1W7AA 3VQEA 4B1ZA 3M8RA 3TAFA 2RN2A 3ID6A 4N41A 1IKWA 4NXMK 2O8BA 2X78A 4OKJA 1VQON 3FZMA 5KRSA 2R7YA 1T44A 4JI7K 4CBWA 2RKIA 3AVNA 1VQ4N 1KRPA 3DLBA 3O4QA 3TR8A 1S6QA 2VG6A 4MDBA 4U7BA 4FJKA 3T3FA 4JHDB 3KKRA 3L2QA 1QE1A 2F96A 1VQKN 5GAGP 5AZIB 3S9HA 2CGLA 4YNQA 2EWSA 3C6AA 5FPNA 3KLEA 5EU7A 4LSNA 3THXA 3A2FA 1A5XA 1QHAA 3ZT0A 1N8RO 1VSLA 1OKJA 3AGRA 1FJGK 3CCSN 2UXCK 4DR2K 1RBUA 3QETA 4MLEA 4EAHD 3OYDA 2AA4A 5JVGL 4CBXA 1J5EK 3M8SA 5EOYA 3TARA 3A0IX 1KLNA 1VSJA 4C8OA 2B4JA 3PX0A 2KFZA 4Q0BA 5C42A 1TUUA 1SKRA 5BRHA 3ZSYA 1TKZA 5C24A 4M3YA 1S22A 1OVQA 1KAZA 1M90O 1KCFA 5J2PA 1QQNA 4B9UA 4HTLA 1A5VA 1WUAA 4AF1A 2XO7A 1HNIA 4B3OA 1QVFM 4PQUA 3WXKA 3HOTA 1JJ2M 3P4IA 1NJWA 4FOEA 3UKRA 4W5TA 3OYJA 3VEYA 4A5BA 3O3HA 4DSIA 4KO0A 3FFKB 4AM6A 2P9PB 2F4VK 4PL7A 1Q7YO 5J2QA 2WOMA 3O8MA 4L8RB 2QWRA 3WNEA 3AVIA 2XY5A 3BZKA 3A8YA 3CM6A 3C0BA 4CECA 3KWGA 5IWAK 2IVNA 4CZHA 4DU3A 2GWJA 2NRWA 5AQOA 3RR8A 3V1OA 3J7ZO 1XI1A 5KI6A 3THYB 4YDUC 3VEZA 1IO2A 1D9FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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