3G10A

Structure of s. pombe pop2p - mg2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Schizosaccharomyces pombe
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g10A00
3VA0A 1KFSA 3EY1A 4ID5A 4DS5A 1IKXA 1WSJA 2BANA 2YHAA 1C1AA 3AVJA 1U4BA 1QE1A 4KHNA 4O0JA 2HNDA 4NYNA 1J54A 4UQGA 3HPHA 3UIQA 4AHSA 1WSIA 2Z1IA 3V4IA 4IFYA 4KHQA 3O4QA 3HVRA 3KTQA 4FJ5A 4DF4A 1ASVA 1Q8IA 1A5WA 3VQ9A 3PUFA 1KVAA 4KKOA 4IBNA 3LP0A 4PA1A 2ZE2A 4Q5VA 4M3UA 1XWLA 1N5YA 1TGOA 5KGWA 1JXEA 1WLJA 2Q3SA 3LP3A 4ICLA 4CEEA 4CK1A 4CEAA 1IKYA 4CFCA 4CIGA 4EP5A 4E3SA 2OPQA 4TSXA 4DQRA 1KVCA 4QAGA 3M8RA 3ZSWA 2ETJA 1WAFA 4FLVA 3LP2A 1NK5A 1X9WA 4KHYA 3OJSA 3LAMA 4CJQA 3LPTA 4BACA 1NJYA 1SKSA 4FLZA 3K59A 4E89A 3QEWA 3V9WA 3HL8A 3KK2A 1RTJA 2Z1HA 4FVMA 1RDDA 3TWHA 4DSFA 1NKEA 4Z4FA 3K5MA 4M3YA 3OYMA 3ZSQA 4RG8A 1S1TA 3OYHA 4OGCA 3CQ8A 1LW0A 4MQ3A 2YNFA 5HBMA 3B6PA 1X9SA 3NGZA 1RILA 4IDKA 1L5UA 1C1BA 4FLWA 3RMCA 3E01A 2YKNA 2PY5A 3OYDA 1HPZA 3NFAA 4CJPA 4FLUA 4B9VA 4R5PA 4FJMA 1L3VA 2YV0X 5J1EA 1ZYQA 4DTUA 3TAFA 3O4NA 4CK2A 4DFJA 2G8WA 3CFRA 3HXMA 1U45A 2OPSA 3KLHA 2VWJA 4Z4HA 1YVUA 4DFPA 4O0IA 5JS1A 1RDAA 3VQ4A 1TK8A 4OVLA 1RT5A 4LH4A 1BCMA 3ALYA 1L3TA 3PX4A 4PQUA 1FXXA 3PY8A 3K5OA 3B6OA 5HRPA 3V9UA 5I3UA 1TKTA 1RT7A 3NE6A 4E7KA 3RWUA 2F8TA 2X6NA 1U48A 3TAEA 4KB0A 2HW3A 4O4GA 2E6MA 1YTAA 5D3GA 4J2BA 4BDPA 1RT4A 5C25A 1QSLA 3BDPA 3VQDA 4CJUA 1ASUA 1DTQA 4LH5A 3QEPA 3QEXA 4DF8A 4M3WA 4ZTFA 3ZT1A 2VG6A 1HYSA 1CLQA 3AO3A 1JLFA 5DMRA 4CHYA 4JRPA 3AVNA 4RW6A 3DRPA 4KO0A 3M8QA 3U3GA 3V1QA 4CFDA 3QNNA 3NF8A 4E7JA 1HQUA 3AO1A 1Y97A 1S1WA 4NYFA 5HRNA 3OS2A 5CYMA 1WAJA 1TK0A 1BGXT 3K58A 2KQ2A 1QHTA 3MXJA 5J2MA 1WSEA 1QS4A 2G8KA 3ZT0A 4BWMA 1W0HA 1JLEA 1VRUA 3TARA 3S3NA 3S9HA 3ZSVA 2YKMA 3TI0A 1RBSA 3PX6A 1SL1A 1YTUA 3NAEA 3SJJA 3THVA 4DQIA 2IC3A 2HVIA 4C8OA 2OPRA 3LZJA 2XY8A 1S6PA 3EZ5A 4C8LA 4OKJA 1C0TA 4RW9A 4CEFA 2HNYA 4DMNA 4CJRA 2OPPA 4B8CA 2XO7A 3FFIA 4C8KA 4FJNA 2BDPA 1TV6A 3TAPA 4BDYA 3DI6A 1S9GA 4FZYA 2HHVA 3JSMA 3SCXA 1VSMA 1WSGA 3ZSRA 3L3VA 3DOLA 4EP4A 3LWMA 2G8UA 4N76A 4O44A 1VSKA 1S1UA 1CZ9A 4CJ5A 4FYDA 4FJKA 1S6QA 1KLNA 4B9UA 4DSJA 4K8XA 5DK5A 4M45A 2NUBA 3V1RA 4CJ4A 2HHQA 4CJLA 5KRSA 3AA4A 4DTOA 4B9LA 1VSFA 1TK5A 1KSPA 3KD5E 4AILC 2G8IA 4FJIA 3RRGA 2YNGA 3WNEA 4GMJB 3L2RA 3QNOA 3SUPA 3HYFA 3RMDA 2HHTA 4O55A 3TANA 2YHBA 5FRMA 2XHBA 1KRPA 3QERA 2YNIA 3T1AA 3OS0A 4FJ8A 1CXUA 5EU7A 2DY4A 1SKRA 1WN7A 4CJFA 1EETA 5KGXA 4CEZA 2KZMA 3ZSYA 4N56A 2KFZA 4FLYA 3SQ0A 4FCYA 3TABA 3KLEA 1S9EA 4DSEA 1IKVA 4IG3A 1F21A 4Y1CA 5C42A 2R7YA 3AO4A 4KTWA 4I9QA 5J2PA 4QCLA 4F3OA 1WNSA 3RMAA 3NH2A 1LWEA 3ASMA 3SYZA 4OPKA 4ELTA 3HO1A 1JL2A 4Z0UA 3OYBA 3AA5X 1XHZA 1IG9A 2FBVA 4K8ZA 3AVFA 3PO4A 1O1WA 1A5XA 2X78A 3DLRA 4DWIA 4F4KA 1C0MA 4FZZA 4N47A 5KTQA 3SUQA 4DSKA 1C1CA 3VQQA 3O3HA 3RRHA 4CJVA 3NH1A 4ELVA 5CZ1A 2A1SA 4CGHA 2WONA 4ZTJA 1BI4A 1LWCA 1DLOA 3AVIA 3O3GA 2PYJA 4KHWA 2HHUA 1NK8A 4W5NA 1ZBIA 4CIFA 3C95A 4RW4A 3ISNC 4CHZA 3V81A 2HNZA 3DLHA 2F96A 1HYVA 3DRSA 5HROA 3NF7A 3D45A 4CE9A 4NCAA 1RBUA 1X9MA 2GUIA 5FROA 4YFUA 2X6SA 4DQPA 4M3TA 3CFOA 1JLBA 1X1PA 2X74A 4CJSA 1XHXA 5KRTA 1U47A 4N41A 2O4IA 2ITGA 4DLEA 3IAYA 3P5JA 4Z4GA 3I0RA 1WSFA 4BE2A 1NJXA 4HCBA 2HVHA 1BIUA 1EX4A 4OJRA 4AHUA 1SUQA 2W42A 4LSLA 3OY9A 3HP9A 3MEDA 3OYEA 2VWKA 3NGIA 5C24A 4M41A 4G1QA 3RMBA 4FK0A 1B92A 3VQ7A 1TL3A 1ASWA 3KLGA 3QLHA 4QOZB 3AVAA 2KFNA 5T7BA 2IDOA 3OYFA 2P5OA 4CEBA 2HMIA 1NJZA 3HM9A 4FJLA 4BE1A 1D8YA 4KV8A 4CEDA 1NOZA 1BHLA 1TKZA 4F2SA 1IKWA 1T05A 4HUGA 4FM2A 1LAVA 4CJEA 4DLGA 3OYLA 1RT6A 4CF1A 4B9NA 4YNQA 3OYKA 4E7IA 4CGJA 2EX3A 1JL1A 1VSHA 4CJ3A 3AVCA 4CFAA 3KK3A 1UA0A 3CM5A 2AJQA 3SPYA 4CF2A 1LWFA 3KIOA 3EYZA 4ZHRA 1Z25A 1KCFA 4CECA 5HP1A 2QK9A 1XC9A 3O3FA 1HMVA 3AO5A 4OLAA 1N6QA 4OKEA 1NKCA 2G8HA 2KTQA 1D9DA 3LALA 2ZD1A 3C6UA 2WOMA 2YNHA 1DTTA 2KZZA 1HJRA 4DTXA 3K2PA 4DU1A 2Y1IA 1KVBA 3CFPA 5JS2A 2E6LA 3V1OA 2QKKA 3VQBA 3K5LA 1KTQA 3MEGA 2I5JA 1G15A 3ZT2A 4GVMA 1BCOA 1ITGA 1IH7A 2GV9A 3IG1A 4I2PA 4FJGA 3A2FA 1RBTA 4CJKA 4F3TA 3WNGA 3OYJA 1LW2A 3HSTB 3V9ZA 4MFBA 2FBTA 2ATQA 1EKEA 4JRQA 4B08A 4BWJA 1Q9YA 2FC0A 1IO2A 4BE0A 3SV3A 2JLEA 3DM2A 3VQ6A 2QKBA 1GOBA 5J2QA 5FRNA 3L2UA 4AHRA 3SI6A 2XRIA 3HT3A 2IOCA 3TAMA 3OYIA 1L3UA 3OYCA 2B6AA 1D9FA 3ZT3A 4W5RA 1QTMA 2OZSA 4JS4A 3DLEA 3VQ8A 5CZ2A 3IS9A 5SZTA 4CGDA 2XY6A 4GW6A 4FK4A 3QEVA 4FW2A 4DFKA 2RN2A 4Z4CA 3RR8A 4PWDA 1S1VA 1TKXA 1RCHA 2B4JA 4ID1A 1TAUA 3DLKA 5HLFA 1RBRA 2D0CA 3DYAA 3QO9A 4C8NA 4E19A 3H08A 4DTRA 2BGGA 1HNIA 2Z1GA 3C94A 1FKOA 4DTPA 4E7LA 3DOKA 4CGGA 1D5AA 4CFBA 5HRSA 1EXQA 4DU3A 4J2AA 1S5JA 1ZBLA 4C8MA 4NCBA 4NCGA 4CEOA 1JLQA 1LV5A 3HVTA 4H4OA 2Z1JA 3CM6A 3NH0A 3LWLA 3NGYA 4B3OA 1CXQA 1JKHA 2HB5A 4CHPA 1HNVA 4DS4A 1RTDA 3U3YA 2E4LA 3WNFA 4DU4A 2G8VA 1GOAA 4W5QA 5E41A 3NHGA 4KHSA 3LPUA 1NJWA 1R0AA 4IKFA 1EP4A 4I9LA 3VQCA 3SQ4A 1NKBA 2EHGA 1RT1A 3ITHA 3L3UA 4HUEA 3OJUA 2O4GA 3DLBA 1T03A 4CIEA 4E0DA 3L8BA 4I2QA 3PX0A 3ZSOA 1NK7A 3M8PA 1RT2A 3KLFA 3QESA 2IAJA 4CF9A 4FW1A 1I3AA 4OGEA 3ULDA 4KPYA 4E1MA 4CESA 3VA3A 2OZMA 1WSHA 3CYMA 3TAQA 4JLHA 2OYQA 1ZBUA 3CG7A 4DSIA 3RR7A 1ZBHA 4AHVA 5J2NA 4HCCA 3AV9A 1VSLA 4LSNA 3VN5A 3MAQA 1REVA 3MEEA 4AH9A 4FZXC 1SV5A 5I42A 2QXFA 4B9TA 2Y1JA 4BDZA 4F2RA 3LAKA 1VSEA 4WE1A 4EZ9A 2RKIA 4FJ7A 2P51A 4B8AB 3SQ2A 2PYLA 2P5GA 3F9KA 5KI6A 3SQ1A 3VQAA 2VG5A 3QETA 2DTUA 1C6VA 1SKWA 4B9MA 2DFHA 3AA3A 4OPJA 1HRHA 4HVJA 3HK2A 3KD1E 1RTIA 3KKRA 3VQPA 3S3MA 1MU2A 4FJJA 1HYZA 3HPGA 1RBVA 3NCIA 3T19A 2D0BA 2JGUA 4DTNA 1Q9XA 4PY5A 4KREA 3OYGA 1SL0A 3LZIA 4DTMA 4FJHA 3NF9A 3LP1A 4KTQA 4KRFA 1VSDA 3M8SA 2D0AA 3V9XA 2ZQBA 5HRRA 4IG0A 4CEQA 1NK6A 3NF6A 1I39A 4CF8A 2RF2A 3AO2A 3V9SA 1T7PA 3K57A 5SWMA 2HHXA 1UAXA 4CHOA 4O5BA 1QSSA 4KI6A 3ZCMA 4KB1A 1CZBA 4RW8A 3G10A 4Y1DA 1TL1A 3L2VA 1K6YA 4DTSA 3AVGA 2XY5A 1KFDA 1YT3A 4Z4EA 3NDKA 4FLTA 3P1GA 3HPOA 4W5OA 1BL3A 1KLMA 2B5JA 1FK9A 2OA8A 4Z4IA 4FXDA 4JS5A 1L3SA 2DFEA 1W9HA 3SUNA 1C0UA 1BIZA 3LANA 4KHUA 4PUOA 1TVRA 4LY7A 4FM1A 4E7HA 1LAWA 4N5SA 3RTVA 3C6TA 1Z26A 1NK9A 2A1RA 1BISA 2RPIA 3D0PA 1VK0A 4KI4A 1T8EA 3ZT4A 3SNNA 3VQ5A 1TKDA 4FK2A 1JXBA 1B9FA 4E1NA 4HTUA 3AVKA 2D5RA 1TAQA 2FBXA 3DRRA 2P1JA 3AVMA 3DMJA 3OVNA 3IRXA 3F73A 3MXMA 3S3OA 1ZBFA 1UA1A 4FLXA 3QEIA 1NK0A 4DSLA 2VG7A 4LD0A 3ZSXA 3QIOA 4DG1A 4CHNA 1S1XA 3SPZA 1QSYA 1BQMA 1VSJA 4KFBA 3PO5A 4I7FA 2KW4A 3OYAA 4KTZA 3OYNA 3V6DA 1JLAA 4IFVA 4DTJA 4RW7A 4L8RB 3SUOA 4FJXA 1FKPA 4CK3A 2HHSA 2LSNA 1NK4A 3P83D 5FDLA 3I8DA 1QQCA 1RNHA 1JLGA 3G0ZA 4M3RA 1B9DA 3AA2A 1RDBA 4H8KA 3TR8A 4AHCA 3SV4A 4DQSA 3T3FA 3QIPA 4W5TA 4CF0A 2IGIA 3KKSA 4XIUA 3HP6A 1XI1A 4CERA 4EZ6A 4M3XA 3KLIA 2GBZA 1NOYA 4FM0A 4DQQA 3L2QA 2HHWA 3QINA 1UOCA 3WNHA 3LDSA 2G8FA 5K14A 1VSIA 3AVHA 4H4MA 1BQNA 2FBYA 4Q0BA 4F8RA 4KAZA 3MXIA 4M42A 2BE2A 1SL2A 2PZSA 1J9AA 3AVLA 4AHTA 4FJ9A 4DFMA 3SZ2A 1RTHA 3PV8A 1GOCA 1A5VA 4CHQA 4CJWA 1HQEA 3K5NA 3OS1A 3MECA 1U49A 3U6FA 1J5OA 3KJVA 4CCHA 4OKKA 5CYQA 4B9SA 3JYTA 4M3ZA 3HJFA 1JLCA 2DFFA 2IS3A 1J53A 1RT3A 1U04A 3NBPA 4CJTA 4ELUA 3DLGA 3I0SA 2F8SA 4HHTA 4CGFA 3ZSZA 4CGIA 1RDCA 3VQEA 3L2WA 4OLBA 3AVBA 1BI4B 3TAGA 3KK1A 4J2EA 2XY7A 4J2DA 1UWBA 3BGRA 4HUFA 5CY4A 1VRTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EY1A 2HOEA 4ID5A 1ESVA 1C1AA 1U4BA 1MA9B 1QE1A 4WQ4A 4O0JA 4NYNA 2W6LA 3CCMN 5M1NA 4AHSA 1WSIA 2P9UA 3O6WA 4IFYA 1YJWN 5LMUK 1HKBA 1Q8IA 4CW7B 3VQ9A 1EO1A 1Q7YO 1XWLA 4M3UA 4YHHK 5GAHP 4CFCA 4CIGA 4E3SA 4DQRA 4GY2B 3DXKB 1WAFA 1X9WA 4EIAA 1NGBA 3LPTA 4BACA 1NJYA 2PBDA 1GLCG 4BGAA 4BRLA 4FLZA 2A3ZA 4FVMA 4DSFA 4G9ZA 2W6KA 4M3YA 3ZSQA 4RG8A 1X3NA 4OGCA 2OTLN 3CQ8A 1LW0A 5LY3A 1IBKK 1RILA 1JJ2M 3U8XA 1HPZA 4CJPA 4R5PA 2QWLA 5J1EA 3O4NA 4CK2A 2G8WA 3CFRA 3HXMA 1U45A 5C15A 2VWJA 3THYA 4O0IA 2ASMA 3TSQA 4BG9A 1N33K 4H0OA 3PY8A 5AQVA 4E7KA 3NE6A 3RWUA 4UY8O 2FSNA 5F1XA 4CZHA 4MO4A 5D3GA 1E4GT 3EKUA 4MDAA 3VQDA 1DTQA 4LH5A 2UXDK 3ZT1A 1XMQK 1HYSA 5DMRA 2ZJQL 1T44A 3AVNA 4RW6A 3QNNA 4IXCA 4E7JA 5HRNA 4XH4A 4XH5A 5HOOA 1GLDG 3E9PA 3MXJA 3O5BA 4BWMA 1VRUA 1BOTO 3BZCA 4BROA 3WXLA 1RBSA 1NGJA 4C8OA 2OPRA 2XY8A 1S6PA 3VF4A 3CC2N 4RW9A 2OPPA 3OTOK 4X65K 3GL1A 3TAPA 1S9GA 3JSMA 2G8UA 3LWMA 3DOLA 3QB0A 1VSKA 4FYDA 5KPRA 4YOXA 3DAWA 3FE1A 4B9UA 4DSJA 2YHYA 3BZKA 5M1KA 3V1RA 4JN4A 4CJLA 3AA4A 4DTOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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