3G10A

Structure of s. pombe pop2p - mg2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
b'SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule tags Hydrolase, gene regulation
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g10A00
3S3OA 3WNFA 4CIEA 3NH0A 4CEAA 4DS4A 1VRUA 3E01A 1T8EA 4FJ7A 4O4GA 4LH5A 2RF2A 4LH4A 3DOLA 3VQ6A 3QEIA 3LP2A 3S3MA 3AVGA 1W9HA 4M45A 2BANA 4IDKA 1L3TA 4CJLA 4BE0A 1G15A 1IKWA 1RDCA 3SCXA 2G8IA 3VQDA 1ZBHA 2VWKA 3QLHA 2IS3A 3DRSA 2QK9A 4KFBA 4PA1A 3SYZA 2OPSA 2XY8A 3RRHA 1K6YA 3V1QA 3EZ5A 3ZT3A 3SV4A 2XY5A 1NJXA 4LSLA 1DTTA 5I3UA 4HUEA 4M3WA 2Z1JA 3C95A 4OKEA 3DRRA 4CHOA 1FKOA 2ZD1A 4O5BA 3QNOA 1BHLA 1DLOA 1KSPA 3VQPA 3HVRA 4G1QA 4Y1DA 3VN5A 1O1WA 1CXQA 1SKWA 4AHTA 5J2MA 3LP1A 2PYLA 5C24A 2P5GA 4FJ9A 2VG7A 4EZ6A 4I2QA 3CM6A 4CGHA 2HB5A 4DQQA 1B92A 2QKBA 3IG1A 3KLFA 4ZTJA 3P1GA 2X6SA 3HXMA 4DU3A 3HPHA 5C25A 1S1XA 3AVKA 4ELUA 4BWMA 1NOZA 2B6AA 2HHSA 3F73A 1U04A 1L5UA 4FJGA 3DOKA 4CJKA 1JKHA 1JL2A 3SV3A 4FJXA 4M41A 3DYAA 4CEZA 3SZ2A 1HQEA 4YNQA 2I5JA 2F96A 1ITGA 3QEVA 4YFUA 1YVUA 4DMNA 1NK4A 2YKNA 3L2UA 3RTVA 4JLHA 1S9EA 4CE9A 1LWFA 1WNSA 1S1WA 4CHPA 3HO1A 4FLUA 1SUQA 4DWIA 4DU1A 4OVLA 1T03A 4CCHA 3AO2A 1TAQA 4DG1A 5HRSA 3OJSA 1NK7A 2HMIA 1TL3A 1IH7A 1WSEA 4XIUA 1I3AA 4AHCA 4E1MA 1RTIA 3LP0A 1BCOA 4O55A 4R5PA 3I8DA 2F8SA 3WNHA 4F3OA 2YNGA 4B9VA 1C6VA 4DFJA 3NHGA 3L8BA 4FLVA 1D9FA 1MU2A 3AA5X 2D0AA 4J2AA 4FM2A 4N47A 4HVJA 2VG5A 1QQCA 3NH1A 3NGYA 1ASVA 4JS5A 2G8FA 4C8MA 1BIUA 3CFOA 5FDLA 2Q3SA 4E19A 1R0AA 2GV9A 4KHSA 3O4NA 5J2PA 4FZXC 1J54A 1U4BA 1KVCA 2Z1GA 3QINA 4CJRA 4FLWA 1T7PA 4Z4HA 2HNZA 3HT3A 2FBXA 3CFPA 4L8RB 3V6DA 1C1CA 2A1SA 4RW8A 2KTQA 4DSKA 4Q0BA 4OGEA 2IGIA 4DFKA 3T3FA 1UWBA 5EU7A 3MXMA 3DLKA 3KKRA 4IBNA 2ATQA 4CGIA 1X9MA 1T05A 5JS2A 3L2VA 4B9MA 1BI4A 1RBUA 2YNFA 1WLJA 1TK8A 1EXQA 3HVTA 1HQUA 2YV0X 1NKBA 3KKSA 4B9NA 4Z4FA 1BQMA 1RNHA 3OYMA 4O0JA 1NK9A 4IFYA 4B3OA 1HYSA 2DFEA 3QERA 3MEDA 3AVIA 1FXXA 3TAFA 4DSIA 2DFFA 4ID5A 1S6QA 3D45A 5I42A 4CIGA 1JXBA 4BDZA 3QESA 4GVMA 1NJZA 3AO4A 4FCYA 1GOAA 4N41A 4M42A 3AVBA 3ASMA 4CEQA 4JS4A 1ZYQA 2IC3A 5KI6A 1SL1A 3VQ9A 2ZE2A 4KRFA 3B6OA 1JLEA 4I2PA 4KI6A 3DLRA 3QEXA 3ITHA 4NYFA 2ITGA 3LAKA 4FJLA 3WNGA 4W5TA 4CFDA 1J9AA 4ELVA 3VQCA 4KPYA 3TAMA 4Y1CA 3KD1E 1VSEA 1C0UA 2QKKA 4KI4A 4OGCA 4F2RA 1WAJA 1J53A 1BL3A 3NF6A 4OKJA 3OYCA 1NJYA 2XY7A 3IS9A 1RBSA 1Q8IA 1TGOA 1RBTA 1VSIA 2D0BA 3LAMA 3JYTA 3OS0A 4FK0A 3NGZA 4CJFA 4EZ9A 4HCBA 4DLEA 2XRIA 4CIFA 3ULDA 3OYEA 3OYNA 3L2QA 5K14A 3CM5A 3ALYA 4KTZA 1Z26A 3JSMA 1NK8A 3TI0A 4CGDA 2IOCA 2KQ2A 4HUFA 1SL2A 3V9XA 4F8RA 3HK2A 5DK5A 1L3UA 1BISA 4FM0A 3DI6A 4CF0A 2OA8A 2DY4A 1XC9A 3NGIA 5CYMA 3QEWA 4WE1A 3ZSVA 3AVHA 4I9LA 5FRNA 3ZSQA 3O3HA 3HPOA 1RT2A 2RN2A 4FJMA 2VG6A 2DFHA 3VQBA 4KB1A 3H08A 3AVAA 3IRXA 4NYNA 1S1VA 1C1AA 1I39A 5HRNA 5HP1A 1SKRA 3P83D 4NCBA 1HYVA 4B8AB 1HMVA 1LAVA 4C8LA 1BCMA 2WOMA 3IAYA 4FZZA 2HHXA 2YHAA 1U49A 1BQNA 4AILC 4UQGA 4F2SA 3VQEA 4FZYA 1TAUA 4OPKA 3NF8A 4N5SA 4Z4GA 3QNNA 4FJ5A 4J2DA 1QSYA 2FBVA 2Y1JA 2XHBA 4GMJB 3TR8A 2G8UA 3ZSRA 1RTDA 1NK0A 3T1AA 3NH2A 5FROA 2RKIA 1QSSA 1YTUA 2G8WA 1XHXA 1QSLA 3K5LA 3V1RA 3BDPA 1EP4A 1EETA 4FJIA 4J2BA 4BE2A 4FW2A 4FK4A 3RWUA 5SWMA 4IFVA 1RT5A 3ZT2A 4CHNA 4DSJA 5FRMA 4CEBA 4DSLA 3ZCMA 2O4IA 1L3VA 4J2EA 3OYAA 1REVA 3SPYA 3MEGA 3CYMA 1RDDA 1BIZA 1IG9A 4FJNA 1RT7A 2EHGA 2QXFA 4DQSA 3CG7A 4ELTA 4LD0A 4W5RA 3K59A 3TANA 3SUOA 3KK3A 1QTMA 2PZSA 4KHQA 3QEPA 4CESA 3AO3A 3LANA 3MAQA 2HVHA 1JLAA 5HROA 1S5JA 3MEEA 3U3YA 4RG8A 4M3RA 3OS2A 4CGGA 2AJQA 1KCFA 2D0CA 4O44A 3OYFA 3AA4A 3B6PA 3ZSOA 5CY4A 4FYDA 2P51A 3M8QA 1RBRA 2IAJA 1FKPA 1W0HA 3P5JA 4CFBA 4HHTA 4C8NA 2IDOA 4RW7A 2Z1HA 1TL1A 3TARA 1RTJA 3HJFA 3L3UA 3SQ2A 4KHUA 4CFAA 3QETA 4DS5A 2FC0A 1ASUA 3AVMA 4DQIA 2KFZA 3LWLA 2HHQA 4CJQA 1KLMA 4H8KA 4FXDA 1JLFA 3RMBA 3SUQA 4B9LA 1YT3A 1VSKA 3LPUA 1LWCA 3L3VA 3K57A 3TWHA 3V9SA 1NK6A 5HBMA 2YHBA 4CJ5A 4CEOA 2D5RA 1KFSA 3LZIA 4H4MA 3T19A 3DM2A 5KGXA 4BDPA 1SL0A 1NK5A 4B9UA 3ZT0A 3NCIA 3AO1A 3C6UA 4IKFA 4DU4A 1TKZA 1RT4A 2O4GA 4FLTA 4E7HA 3PUFA 1S6PA 3PX4A 4KKOA 4M3YA 3O3FA 3RMCA 1WSGA 1VSJA 4CEEA 4E1NA 1RDBA 1Q9YA 2G8HA 5E41A 4OJRA 4FLZA 4DTNA 4KHNA 4M3UA 3ZSYA 1HRHA 4KHWA 4E3SA 4M3XA 1Y97A 4PY5A 4OLAA 1VSMA 4B8CA 4O0IA 3SI6A 1X9SA 5CZ2A 3AVFA 1IO2A 5T7BA 3CFRA 3MXIA 4OLBA 1JLCA 3AV9A 1C0MA 4DQRA 4FK2A 4AHSA 1KLNA 3K58A 1U48A 2JLEA 3NAEA 3HP6A 4N76A 2LSNA 1ASWA 2Y1IA 2DTUA 1B9FA 3DMJA 4C8OA 2W42A 3SQ0A 2X74A 4H4OA 3VQ8A 1HNVA 1UA0A 3D0PA 4KAZA 1C1BA 3VQ5A 2BDPA 3THVA 2XY6A 4BACA 1LWEA 3V9UA 4DFPA 3TAPA 3DLHA 1HJRA 1LV5A 2KZMA 3HL8A 3HPGA 3V81A 4KHYA 3MXJA 3V4IA 3VQ7A 3M8RA 3K5MA 3TAGA 3SJJA 4PWDA 4CJWA 1UAXA 3ZSWA 2OPQA 1VSHA 2KW4A 3I0RA 3LPTA 4CK3A 1IKXA 4FM1A 1WAFA 3SNNA 4E7KA 1RILA 4E7IA 1LW0A 2HHUA 1WSFA 3LP3A 4K8ZA 2HNYA 4CHQA 4CF8A 4B08A 3EY1A 2OZMA 4CEFA 2YNIA 4E89A 1BGXT 2RPIA 4AHVA 2EX3A 4QAGA 1TKDA 4E0DA 3MECA 3QO9A 2E6LA 1A5XA 5J1EA 3SUPA 1XWLA 1VSDA 1ZBFA 3OYKA 3U6FA 1EKEA 2B4JA 4CF9A 4KV8A 4CJ4A 1ZBIA 4OKKA 4PUOA 3V9WA 5KGWA 2HHWA 4E7LA 1IKYA 1HNIA 3LALA 4HCCA 3OS1A 3QIOA 3V1OA 4DSEA 3NF9A 4AHUA 3RR8A 2E6MA 3A2FA 1FK9A 2BGGA 4EP4A 3KLEA 4CECA 1J5OA 1VK0A 1D9DA 1L3SA 2HHVA 3S9HA 3LWMA 3KD5E 3L2RA 3AVJA 2OYQA 1A5VA 2GBZA 3ZT4A 1B9DA 5J2QA 2HW3A 1RDAA 4GW6A 3PO5A 4Z0UA 3C6TA 3HYFA 4ZHRA 4CJEA 3V9ZA 2FBTA 2BE2A 4RW4A 3VQQA 4BE1A 4B9SA 4DSFA 2G8KA 4CERA 3OYBA 1XHZA 1JLBA 1RCHA 3O4QA 3DRPA 3NFAA 4AHRA 3WNEA 3OY9A 2HHTA 4RW9A 3KJVA 2HNDA 5HLFA 3U3GA 4M3ZA 4CK2A 1KRPA 3SPZA 4K8XA 1CXUA 3K2PA 1U45A 4DFMA 3PX0A 1X9WA 4CF1A 4ICLA 1C0TA 4DF8A 1UA1A 4NCGA 1TK0A 4FJHA 3KLIA 3C94A 2ETJA 4JRQA 4KB0A 3AA3A 3AVLA 4W5OA 4FJKA 4FJJA 1TKTA 3OYJA 5J2NA 2R7YA 4QCLA 1LW2A 2XO7A 3G0ZA 4Z4CA 1VRTA 1ZBUA 3RMDA 4KTQA 1A5WA 3AVNA 3HM9A 2NUBA 4TSXA 5CYQA 2OZSA 3NBPA 1GOBA 1QE1A 4PQUA 1RT1A 4W5NA 4IG0A 4KTWA 4C8KA 2VWJA 2KZZA 1TV6A 3KK2A 3CQ8A 4FLYA 3OYDA 4EP5A 4DTXA 2P1JA 4I9QA 1JXEA 3DLGA 4JRPA 1GOCA 2YKMA 4LSNA 3KLHA 1VSFA 4W5QA 3ZSZA 1U47A 3OYLA 3OJUA 4M3TA 4KREA 2HVIA 3VQAA 4FLXA 3PX6A 3VA0A 3TABA 4ZTFA 4DTUA 2B5JA 1JLGA 4DTOA 3VQ4A 3DLBA 1N5YA 4CFCA 5HRRA 3K5OA 2GUIA 1Q9XA 4RW6A 4AH9A 3PV8A 1Z25A 2F8TA 4IG3A 3KK1A 3NE6A 1CZ9A 3KIOA 1EX4A 1JLQA 3NF7A 1TVRA 3HP9A 4OPJA 4DTMA 1XI1A 3I0SA 4DTPA 3PO4A 4F3TA 4DTJA 1HPZA 1LAWA 4DLGA 4DTRA 2G8VA 3M8SA 4CGFA 1KVAA 1S1TA 2OPPA 1CLQA 4DQPA 3ZT1A 2JGUA 1KFDA 3LZJA 3AVCA 3EYZA 1UOCA 3K5NA 2X78A 4FW1A 4E7JA 3RR7A 4DTSA 4CGJA 4MFBA 2PY5A 4CJ3A 1RTHA 5D3GA 4QOZB 1WSIA 1NOYA 4CJVA 1VSLA 2YNHA 4CJSA 1RT3A 4DF4A 3SQ1A 4Q5VA 2ZQBA 3AA2A 4KO0A 3OYIA 1BI4B 1JL1A 1KTQA 1SV5A 1RT6A 1TKXA 1WSHA 4MQ3A 3KLGA 3OYGA 3NDKA 1NJWA 4FVMA 4CJPA 3L2WA 1IKVA 1F21A 4I7FA 5SZTA 1HYZA 3SQ4A 4F4KA 1D5AA 3TAQA 3SUNA 3M8PA 3BGRA 4ID1A 5C42A 2KFNA 1WSJA 3FFIA 4FJ8A 3F9KA 1NKCA 4B9TA 4BDYA 3HSTB 4N56A 3O3GA 4HUGA 4Z4IA 5JS1A 3G10A 4LY7A 2E4LA 1ZBLA 1S9GA 5CZ1A 5KRSA 4CJUA 5DMRA 1NKEA 4CK1A 1QHTA 4Z4EA 2FBYA 3QIPA 3RRGA 3PY8A 1WN7A 2Z1IA 4HTUA 3VA3A 1RBVA 3OVNA 4CJTA 3OYHA 1QS4A 1DTQA 3ZSXA 4CHZA 3LDSA 2P5OA 3RMAA 1N6QA 3S3NA 2WONA 1TK5A 1S1UA 4BWJA 4CEDA 5HRPA 1SKSA 4CHYA 1KVBA 2PYJA 4CF2A 5KTQA 1D8YA 1CZBA 2X6NA 4NCAA 2OPRA 3DLEA 3ISNC 5KRTA 3TAEA 3UIQA 1YTAA 1X1PA 3AO5A 3KTQA 2A1RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1V4SA 4CIEA 4H0TB 2UXCK 3ULEA 1VRUA 3DWLA 1NGBA 4O4GA 1HX1A 3LP2A 4M45A 1T44A 3H45C 1KXPA 4BE0A 1W97L 2QK9A 3RRHA 3VGKA 3ZT3A 2QA4N 1QVGM 1DTTA 3RSEA 3PSIA 3SBGA 3CJ7A 3J7YP 1Q18A 3M6GA 3H3OB 4KH5A 2YCHA 4O5BA 1NGEA 3HOSA 3QNOA 1KSPA 3BZCA 4G1QA 4M7YA 1CXQA 2PYLA 5A2QO 4DR6K 2HB5A 2E2NA 3IG1A 3P1GA 1C0GA 4EIAA 2B6AA 3J81O 1U04A 4YOXA 3SV3A 4FJXA 2F96A 4DMNA 3E1YA 1S9EA 1S1WA 4FLUA 1SUQA 4CCHA 4DG1A 5HRSA 3OJSA 1NK7A 2PBDA 5AR0A 1JCFA 2A5XA 4R5PA 4EAHD 3LP0A 3OBYA 3I8DA 1ATNA 3WNHA 4DFJA 5GAGP 3NHGA 3SMSA 2D0AA 4WQ4A 4FM2A 4B3TK 4HVJA 4JS5A 2G8FA 4IZ9A 4GV3A 4KHSA 3NVMA 3AGRA 3GOIA 1R0AA 3T1HK 2Z1GA 3QINA 2YHXA 3UKRA 2FBXA 4H0OA 3V6DA 1XMQK 1C1CA 4RW8A 4CZEA 4B3SK 4OGEA 2IGIA 4DFKA 4JI8K 3DXKB 4LFCK 3T3FA 1UWBA 3FZKA 4BRAA 4IBNA 2O8CA 3W3DA 2NRRA 3DXKA 4B9MA 4B1XB 2YNFA 2YV0X 4B9NA 4B3OA 1RNHA 1NK9A 2DFEA 3QERA 4ID5A 1JXBA 2A3ZA 1N8RO 4L3QA 4M42A 3THXB 3AVBA 4CEQA 1ATSA 2IC3A 3HSCA 2ZJPL 3VF2A 3THXA 4ILHA 3D2FA 4NXMK 3E9LA 1XMOK 5DM6L 1Q81O 2ITGA 4IDHA 4CFDA 3R3LA 2F9TA 4KPYA 3TAMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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