3G25A

1.9 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with glycerol.
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with Glycerol.
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
molecule tags Transferase
total genus 184
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A01
2E2NA 4EHTA 3WXKA 2QWRA 5BRDA 2YCHA 3WT0A 1BDGA 3O08A 3VENA 4BVOA 1RFQA 5E26A 3CJBA 4H5RA 5BN8A 2CGJA 2GEMA 4DCHA 3MN5A 3A5OC 2P9UA 1J6ZA 2D4WA 1TYQA 3VESA 3FZHA 1GLJO 4B1VA 4FWOA 1HKBA 4BC5A 3A5NC 5AR0A 3WEEA 4DHYA 2ZGYA 2Q36A 3ENHA 3VF4A 4BR9A 2P9UB 1BA1A 2QWPA 4IJNA 1TYQB 1OKJA 4A62A 1ZXOA 3SJHA 2KHOA 4CZGA 3WEEB 1QQNA 3VF6A 1X9JA 3M3ZA 3BP8A 4QS8A 2QM1A 5KQ8A 3O1BA 3MN6A 4F9OA 2E2OA 1BOTO 5AQIA 3SMSA 3UKRA 3ENOA 4CZJA 1EQYA 4BVPA 4H0VB 1NGDA 4B1XB 2FSKA 4WQ5A 4H0PA 3SLCA 3GOIA 1KAXA 5EX5A 3WQTA 5AFUA 5KQDA 5BPMA 1GLEG 2P9LA 3CJ9A 3UKRB 2BTFA 1GLAG 5AQRA 4MO5A 1Y64A 2Q0RA 4KBOA 2V7ZA 4XH5A 3BF3A 4YDUC 5E84A 3HZ6A 4H0OA 1NGEA 2ASMA 3CQXA 4O5FA 3ZEUA 3HSCA 1E4GT 5BPLA 4CD1A 4BRHA 4BRAA 3H3NO 3LDLA 2P9LB 3L6QA 2J4RA 5FPDA 1NMDA 4CZMA 3O6WA 3DJCA 5BPNA 3D7EO 4BR5A 4JHDA 1IJJA 3CQYA 2I7NA 3VEXA 1NBWA 3O5BA 3ULEA 2A5XA 2GWJA 2P9NA 3ZEUB 1YAGA 3BEXA 5AQHA 5BRFA 4A61A 2HF4A 3DXMA 1HX1A 1NM1A 4QS9A 4JHDB 4BG9A 2AA4A 2F9TA 4RTFD 3ULEB 4PL7A 4B9QA 5JLFA 5EOYA 1MWKA 3HBTA 2GUPA 4YDUA 2VWBA 4CZHA 4BC2A 1QZ5A 3QFUA 4EAHD 2A3ZA 3DXMB 2PBDA 1Z6RA 4H0XB 3TU5A 3W3DA 4BRIA 3FFKB 1C0GA 3O80A 3O1WA 3VEVA 3KVGA 3AARA 3U8XA 4BQZA 3AAPA 2P9IA 1T44A 4B1ZA 4PKHA 1MA9B 1MWMA 4FWPA 3U9ZA 3CERA 1JCGA 5JICA 4H5TA 1ZC6A 1XUPO 3ATVA 4H5VA 3B8AX 3H1VX 3LDPA 5AQNA 3CJ7A 1ESVA 4O8KA 2P9IB 3FE1A 3WUHA 5JMVA 3IDHA 4FWLA 2A42A 4WQ4C 1GLBG 3H1QA 1V4TA 3H6EA 3VEWA 4K25A 4CBUA 3H45C 4GY2B 2E1YA 3U9DA 5AQPA 3S41A 1KXPA 3A5MC 5FPNA 1KAYA 3VEYA 3WQUA 4IWVA 4Z94A 3GE1A 4FWNA 4HTLA 4WYBA 3ZX3A 3GG4A 3CJ1A 3CETA 1BO5O 3H3OB 3QBWA 1U6ZA 2HMPA 5B8HA 2CGKA 2P9SA 4CI6A 2IIRA 3LDOA 2E88A 4RWTA 4B1WB 3EKUA 5F2RA 4WQ5C 4WQ4A 2CH5A 3KHYA 2YJEA 2QWQA 3C0BA 4JN4A 4IXCA 1BG3A 2P9SB 4DB3A 5ADXA 3IFRA 1ATNA 4M7XA 3MK6A 3H46O 5AQSA 2UYTA 1Z05A 2Q31A 4XH1A 4BRMA 3ZX2A 4BROA 5ELZA 4IZ9A 1YXQA 2E1ZA 1NGIA 3W0LA 2E8AA 2YJFA 1BUPA 5TKYA 2V7YA 4A2AA 4XEIA 3ZETA 1GLFO 1S3XA 4ISGA 5KPTA 1SAZA 3FZMA 1DEJA 1XC3A 5AQYA 5BREA 1NGJA 4H5WA 4J8FA 4C23A 3DAWA 4BREA 1WOQA 4K41A 4QS7A 3ATUA 1G99A 1GLLO 4E1JA 2FF6A 1ATSA 2QWOA 3ZETB 2PAVA 1BWFO 3M1FA 3O8MA 3MN7A 1YUWA 5F0XA 2GELA 4FWQA 1T6CA 2IVPA 5AQOA 3GBTA 2A40A 4CBWA 4BGAA 4FWRA 2IVNA 4MLHA 2E20A 5KPZA 3MDQA 3L0QA 3IMXA 3F9MA 1DGKN 4BRKA 3R6MA 5KPRA 5CE3A 2QWNA 5I9EB 4I6MA 1NLVA 3HM8A 3R9PA 4BR7A 4FOIA 3VGLA 2V51B 1NGAA 3VF2A 2Q0UA 1NWKA 4BG8A 4IO8A 4CZKA 4FWSA 3JS6A 4BRDA 2FF3B 1CZAN 1TUUA 2VCPA 5AQZA 1C0FA 5AQVA 2HF3A 4I6MB 2DPNA 3WXLA 2YI1A 3WXIA 3CHWA 1QHAA 4K42A 3VGKA 4BGBA 4CBXA 1X3NA 3EO3A 4FWMA 2CGLA 4FWKA 4JD2A 1NGGA 2FXUA 5AQFA 5JLHA 3UKUA 2D1KA 1GLDG 3VETA 5LJWA 2ZWHA 3HI0A 4EIAA 5EVZA 2YHYA 2ZGZA 4RCHA 1QZ6A 3SMPA 2CH6A 4CJ7A 4CZLA 4JD2B 3FGUA 3A5LC 3UKUB 3QFPA 4BRFA 2A41A 3VEOA 3GL1A 4B1YB 4PKGA 5AFUH 1LCUA 2E2QA 3FR0A 5AQLA 1HKCA 1SQKA 2QWLA 1HLUA 3EL2A 1S22A 2P9KA 4K43A 2AP1A 1HKGA 4BQLA 4IJAA 4FL9A 3J8AA 4H03B 4CD3A 3L4IA 4FSVA 1E4FT 3CJCA 1R59O 1WUAA 3I8BA 3KZBA 3M6GA 5AQMA 1XQSC 2P9KB 5AQUA 4FOEA 3VOVA 1BU6O 1RGIA 3ZX0A 3AY9A 3FLCO 4BC4A 4MO4A 2I7PA 3DWLA 2WUSA 5LY3A 3A8YA 3HTVA 3MMVA 5AZIA 1Q18A 4B1UB 1JCEA 1ZBSA 2YHXA 3VPZA 4H5NA 4ISFA 2A6AA 2V52B 4PKIA 5AQGA 3I33A 5AQQA 4BRCA 1KAZA 3C7NA 4BC3A 4ISEA 2ASPA 1HPMA 5AZIB 1QQOA 4DQ8A 2FLOA 2NZTA 4GNIA 4BRPA 1NGHA 1K8KA 3C7NB 1HUXA 3JXUA 4H0TB 3U4LA 2GTDA 3EKSA 3VEZA 1MDUB 1K8KB 4L3QA 3UE5A 2E2PA 1V4SA 2D0OA 1X3MA 2P9PA 3DXKA 4PL8A 2YHWA 5AQJA 3FZKA 3BF1A 4BRQA 4MLEA 1LOTB 5F1XA 2IVOA 4FO0A 1BA0A 5EY4A 3FZFA 3EZWA 2NRHA 4M63C 2FSJA 1D4XA 2OANA 2P9PB 3DXKB 4JNEA 3CI5A 2W41A 1H1VA 4M7YA 4BR2A 3GDQA 3LL3A 1U2VA 3A0IX 3QBXA 2F9WA 4LC9B 4BRNA 3R8EA 4AM6A 4BR0A 3FZLA 5EXWA 1NGBA 5LJVA 1NGCA 3EN9A 2NLXA 3P4IA 5FPMA 2EWSA 1U2VB 2GWKA 3SK3A 1P8ZA 3LDQA 2ZF5O 1T6DA 4CZFA 1RDWX 1GLCG 3CIPA 5ADXH 4A2BA 5FPEA 5AZJA 4FPBA 2W40A 2HOEA 1YVNA 5BRHA 3O4WA 4EFHA 1JCFA 1NGFA 5AQXA 1TUYA 2VYPA 2D0PA 4FPAA 5AZJB 2QW9A 4NB4A 4BRLA 2Q2RA 1HJOA 3QDKA 4NO7A 3AAQA 3CJAA 3OHRA 4BRGA 2P9NB 3D2EA 3WXJA 2ITMA 3MCPA 3LM9A 1DKGD 5AQWA 3D2FA 4BR4A 3BUZB 3LDNA 4H0YB 2QWMA 4XH4A 3LM2A 4AM7A 2FSNA 3G25A 4Y0WA 3QB0A 3IUCA 4HWIA 3D2EB 3VGMA 1ATRA 5AQTA 3QMLA 2H3GX 5AQKA 3MN9A 3VERA 2Q97A 3D2FB 3UB5A 3RSEA 1SZ2A 4JAXA 3TPQA 1IG8A 2BUPA 4CZIA 4EHUA 5BR9A 1QQMA 2QXLA 2Q1NA 5BN9A 3ID8A 3RSEB 4CZEA 3QICA 2ASOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VGMA 4OKKA 4DTPA 1YIJN 5BRDA 3KK3A 3EY1A 5JVGL 1RFQA 1LW2A 1KRPA 2G8FA 1J9AA 5BN8A 2A1RA 2CGJA 1YHQN 2QKKA 4Q0BA 3MN5A 5EU7A 4DR1K 4DR2K 1J6ZA 4M3ZA 1TYQA 4CW7B 4JK8A 4FJIA 3ZCMA 4AHRA 4KHSA 2HBKA 3O3FA 3K5NA 4FM2A 4IJNA 1OVYA 4DFMA 2P1JA 1VQPN 3L3VA 2PFUA 5FROA 2X6SA 3ZSOA 4CZGA 4RW4A 4B3MK 4M45A 5M1FA 4NYFA 2NRWA 3THVA 1CLQA 4RW8A 1L3TA 2E2OA 4Y1CA 3L8BA 1X9SA 2QXFA 3M8PA 1EQYA 4BVPA 4H0VB 2D5RA 3CPWM 3L2QA 3CFOA 3K59A 5EX5A 2JWKA 4DTSA 4AH9A 1VSFA 3CJ9A 5C24A 3UKRB 1JL1A 4CHZA 4MO5A 1Y64A 4O55A 4DR6K 4YDUC 1VQLN 3ZEUA 4JI7K 4BRHA 3B6PA 3LDLA 4B3OA 3I0SA 3L6QA 2IS3A 1Q7YO 4CZMA 2HVHA 1VHXA 5M1QA 3DLKA 2WC9A 1NBWA 4KHQA 3ULEA 4JRQA 2A5XA 2P9NA 3CYMA 1K8AO 1W7AA 4RW6A 4I9LA 4E7JA 1WSFA 3BEXA 5BRFA 1HMVA 2DFHA 1HX1A 4AILC 3RRHA 1Z26A 1ZBLA 1VSLA 4BG9A 2F9TA 3ZSQA 1YTAA 5EOYA 1HNVA 5M1KA 5IWAK 2GUPA 4EAHD 1BHLA 3HPGA 4J2EA 4GV3A 2PBDA 3EZ5A 1M1KO 3CXCM 3O80A 1NKEA 3ZT3A 2DFEA 1CXQA 2NRZA 4DTRA 3VQEA 1FJGK 3U8XA 3O9RA 3AAPA 2X78A 3C94A 1S6QA 3SAFA 4NCAA 1VQ6N 1JCGA 3E1YA 4G9ZA 4FZXC 1XUPO 3ATVA 5LMNK 4H8KA 4PWDA 3LDPA 3TAPA 1ESVA 4ILGB 3S9HA 1A5VA 4DV5K 4PHTX 4GV9A 4WQ4C 3H1QA 3H6EA 4CBUA 1X9MA 3NGYA 5KGXA 3TI0A 2E1YA 1RDAA 3QESA 4FXDA 1KXPA 2XY5A 4QCLA 3ZT1A 4DTUA 3WNFA 4CK3A 5CZ1A 4IWVA 3O9QA 4HTLA 4AHVA 4YHHK 1VQON 5DMRA 3H3OB 3QBWA 1I39A 3O3GA 1U6ZA 4JK7A 3CC2N 2CGKA 3VQPA 4OLAA 2E88A 5GINA 4RWTA 4B1WB 3ZSYA 1I94K 3PO4A 3KHYA 4JKBA 1VSEA 3T3FA 2E6LA 1N33K 3MX5A 2ZE2A 3IFRA 4DV3K 1N8RO 1ATNA 4M7XA 4I2QA 2BGGA 5FLXO 3MK6A 3KLEA 2UYTA 1D8YA 2R7YA 1VQ7N 5HRSA 3S3MA 5A2QO 1WAJA 4FJLA 4ILHA 3CCRN 1XMOK 2YJFA 1BUPA 4CHPA 4KB0A 5TKYA 4JYAK 4JKGA 1EWRA 5FDLA 3UIQA 5DM7L 4CF8A 3FZMA 3OW2M 1DEJA 3MX2A 1XC3A 4CEAA 3HJFA 4IDHA 5BREA 4H5WA 4JKFA 2OTLN 4J8FA 1EWQA 1P90A 4BREA 4K41A 4QS7A 1BQNA 4EZ6A 5DK5A 4DV2K 1ATSA 2QWOA 1XWLA 2PAVA 1BWFO 1YUWA 5F0XA 5D3GA 1T6CA 1IG9A 2A40A 4NLCA 4CBWA 4BGAA 4MLHA 2E20A 4F2RA 5KPZA 3MDQA 2Z1GA 3FFIA 1DGKN 4BRKA 3HK2A 5CE3A 2P51A 5I9EB 4I6MA 4RW9A 1IKWA 3MEEA 4DV7K 4FLYA 1KVCA 3QEPA 4HCCA 3A2FA 4OPHA 4FWSA 2G8WA 4AHTA 2KZZA 3OYDA 5KRTA 2DPNA 4E1NA 3WXLA 2YI1A 3WXIA 3K9JA 3CHWA 4CBXA 4K42A 3SBTA 3G0ZA 4FWKA 2HNYA 2FXUA 3AO5A 3CD6N 1ASWA 5EVZA 3LP1A 2ZGZA 3KK7A 4CJ7A 1XMQK 2A1SA 4JD2B 4CJTA 2VQEK 1B9FA 3FGUA 4FK4A 3A5LC 3TAFA 4BRFA 4M3YA 2A41A 3VEOA 4B1YB 5HRRA 3V9SA 1NK7A 4PKGA 1JLFA 4KRFA 5AQLA 4R79A 3EL2A 3HL8A 1S22A 3HVRA 4DLGA 3ZSRA 1HKGA 1WSIA 4BQLA 4IJAA 4JS5A 3SUNA 3HM9A 1KC8O 4M41A 3CJCA 4CFDA 5HROA 1DTQA 4B9LA 4KREA 2P9KB 4CIFA 4YY3K 4FJHA 1NK0A 1DTTA 2IOCA 1RGIA 3I56N 3FLCO 3LAKA 1U04A 5LY3A 4BE2A 3SQ2A 3HVTA 1ZBSA 2Z1HA 4ISFA 4PKIA 2G8KA 3IRXA 4I2PA 4GVEA 4BRCA 3C7NA 2GBZA 4BC3A 4J2AA 4LF6K 4YOXA 2ASPA 1D9DA 4TSXA 5FRMA 1LV5A 4LY7A 1VRTA 1VRUA 5KRSA 3VQ7A 3KK1A 4GMJB 3OYHA 3NF9A 1K8KA 2NNWA 1VSJA 3LZIA 2OPRA 2HHVA 4KTQA 1GOBA 1IBLK 3TTDA 4KI6A 1T7PA 3PSIA 2E2PA 2O8FB 1MU2A 1V4SA 3AVGA 2YHWA 2WOMA 2X6NA 3LALA 3AVJA 3EE8A 1S72N 3HP9A 2IVOA 4FO0A 3CC4N 3OVNA 1HJRA 2NRHA 3DMJA 1I3AA 4M63C 2RPIA 1RT1A 1YVUA 1H1VA 1KTQA 3K5OA 2FBYA 3QBXA 4XIUA 2F9WA 4LC9B 4MDAA 4DTMA 3R8EA 4AM6A 4LH5A 1NGBA 1NGCA 1FKPA 2UXBK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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