3G25A

1.9 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with glycerol.
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with Glycerol.
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 184
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A01
1U2VB 3O8MA 1BOTO 4CZJA 3AARA 1MA9B 5ELZA 1ATSA 3I8BA 1XC3A 4BGBA 4M7XA 2A41A 3QMLA 3ENHA 1NWKA 3ZETA 1RDWX 3BUZB 3P4IA 2I7NA 3TPQA 1XUPO 2V51B 2CGLA 2GUPA 3LDLA 3C7NB 3LDQA 3CHWA 4K43A 3U8XA 4MO4A 1JCGA 4A62A 4PKHA 4AM7A 2PAVA 4BG8A 1GLLO 1QQMA 4GNIA 4CI6A 1XQSC 5KPRA 2E1ZA 1IG8A 1TYQB 2P9NA 3FZFA 4IXCA 3A5OC 2QWOA 4IWVA 1YVNA 1S22A 4H5RA 3H1QA 1TUYA 3VESA 5KPTA 3JXUA 4BRPA 3R8EA 1QQOA 4ISEA 2J4RA 4IJAA 4EIAA 3EO3A 1H1VA 2KHOA 4BR0A 1EQYA 1NGJA 1NGAA 4KBOA 4B1YB 3DXKB 1NGBA 5AQHA 4H03B 2YHWA 3FLCO 4WQ5C 4PKGA 2QWPA 5FPDA 1K8KA 3WUHA 3KVGA 2Q0UA 2E1YA 3ZEUA 3LM9A 2NRHA 5AFUH 5TKYA 1T6DA 4EFHA 2E2OA 4FO0A 5KQ8A 4BGAA 1T44A 2CH5A 3CETA 4BR2A 4FWSA 4BRHA 4JAXA 1KAYA 4HTLA 1G99A 1ZXOA 1QQNA 3L4IA 1HKGA 2QWRA 3L0QA 3EL2A 4DCHA 4FWRA 4BC4A 1P8ZA 2HOEA 2QWMA 1V4TA 4HWIA 4RCHA 3WXKA 4FPBA 5JICA 4BREA 3ATUA 5AQJA 3I33A 1YAGA 5AZJA 3L6QA 1YUWA 2P9UA 3EKUA 2QWLA 3O08A 2UYTA 2Q1NA 4PKIA 5CE3A 3HBTA 1ATNA 4RTFD 3CIPA 2D4WA 2FF6A 3CJAA 1TUUA 3G25A 5AQNA 4BRLA 2YCHA 4BRDA 2BUPA 3LM2A 2YJEA 3VEVA 3W0LA 2CGKA 4MLHA 3GDQA 1X3NA 1JCFA 3BF1A 5AQKA 4H0PA 3MCPA 2W41A 2FSKA 4XEIA 1RGIA 3SJHA 2QWNA 4JN4A 2HF3A 1T6CA 2ZGZA 4CD3A 4H5WA 4K41A 1C0GA 3ZEUB 1HUXA 4CZIA 2QWQA 1BA0A 3VETA 4L3QA 1MDUB 4BRGA 1Z6RA 5JLHA 3AAPA 4BQZA 4BRNA 3OHRA 1QZ5A 3HSCA 4H0OA 4JD2A 5AQTA 5AQUA 5BR9A 2VYPA 4O8KA 1BG3A 5F2RA 1BWFO 4H0YB 2CH6A 5AZIB 3QBWA 3SMPA 5AQXA 1IJJA 5AQIA 5FPMA 3R9PA 5AQRA 5AQZA 2ASOA 3D2FA 2OANA 4BR4A 2A5XA 3IUCA 1QZ6A 3IFRA 4FOEA 2IVNA 4H0XB 3DXKA 3U9ZA 3O6WA 3VGLA 3CJCA 3CJ9A 4B9QA 4CBUA 4H5VA 3VERA 3VENA 3O4WA 4J8FA 4WYBA 4AM6A 1C0FA 3A5NC 3EZWA 2YI1A 3ZX3A 3M3ZA 4FWKA 4FWMA 4A2BA 1DEJA 5LJVA 2V52B 2D0PA 5BN9A 3CJ7A 4CZFA 4NB4A 4BQLA 2F9WA 3DWLA 5EY4A 3VEWA 4FOIA 3FFKB 4YDUA 2NLXA 3H6EA 1NGDA 3LDPA 3WXIA 3MN9A 3A8YA 3UB5A 3U4LA 3UE5A 4XH1A 5LY3A 3UKRA 4H5TA 1D4XA 4M63C 1GLBG 4BC3A 4JHDB 5AQFA 4EHUA 3C7NA 3ENOA 3LDNA 3UKRB 3ZX2A 3WXLA 3C0BA 2E8AA 1NGCA 1E4GT 4FWLA 3MN6A 4CZGA 4DQ8A 5I9EB 4B1XB 5BRFA 5EX5A 5LJWA 5E84A 3O1WA 3VF4A 4K25A 1V4SA 4BG9A 4IJNA 1ZBSA 1GLEG 2IVOA 5AQGA 1GLFO 4PL8A 1ATRA 1HKBA 2P9KA 3WT0A 2FLOA 5AQWA 4EHTA 3CJBA 3BEXA 1BU6O 4QS7A 1KXPA 4BRMA 3CQXA 1HKCA 1MWMA 2FSNA 3H45C 3R6MA 1ZC6A 2P9KB 3CI5A 3D2EB 3HTVA 1NGEA 2FXUA 4K42A 4CZLA 2ASMA 3B8AX 1S3XA 2A40A 3O80A 4BVPA 2ASPA 2HMPA 2Q0RA 5EOYA 1DKGD 2AP1A 5E26A 1R59O 3EKSA 2NZTA 4FWQA 5BPMA 4BRFA 3H3NO 3S41A 4FWOA 3D2FB 2GELA 3WXJA 4CBWA 3VEXA 3UKUA 2PBDA 5AQMA 5BN8A 2Q97A 2Q36A 1NGIA 3WQTA 4BRIA 2EWSA 4EAHD 4IZ9A 2P9UB 5AQOA 1SAZA 3GBTA 3FE1A 4WQ5A 4LC9B 3QB0A 5JMVA 3FZHA 3HZ6A 3KZBA 1HJOA 3IMXA 1DGKN 1WOQA 2P9SA 1GLAG 4XH5A 3O1BA 4WQ4A 5F0XA 1Y64A 2Q31A 4FSVA 5AQSA 4JNEA 1Z05A 3VF6A 4Z94A 4B1UB 4CBXA 2ITMA 4A2AA 1RFQA 3DAWA 3TU5A 2E20A 1NGFA 1E4FT 1KAZA 3WQUA 5EXWA 3H46O 4XH4A 5AQLA 5FPNA 3FZLA 3VEYA 4DB3A 2QM1A 2WUSA 1LCUA 1WUAA 4BRKA 3MDQA 4FL9A 3IDHA 3D2EA 3HM8A 3QICA 4FWPA 3QBXA 1YXQA 3CQYA 1GLJO 1HX1A 3U9DA 3VEOA 4A61A 4F9OA 1BO5O 2GTDA 5EVZA 2D1KA 5KQDA 2AA4A 1K8KB 3MMVA 5AQVA 4BRQA 5B8HA 3MN5A 3KHYA 3A0IX 3A5LC 1TYQA 2P9NB 2E2PA 2H3GX 4O5FA 3VPZA 4JD2B 5BREA 3CERA 3MK6A 2P9LB 2A6AA 3LL3A 3GL1A 4M7YA 3BP8A 2ZGYA 5JLFA 3ATVA 3LDOA 3UKUB 1GLDG 2GWKA 3W3DA 3J8AA 4GY2B 2CGJA 3EN9A 4CZEA 3QFPA 2F9TA 3RSEA 3ZX0A 2BTFA 4CZKA 2HF4A 4H0TB 2DPNA 3DJCA 2QW9A 2YHYA 4JHDA 4BRAA 1NGHA 5AQPA 1QHAA 1Q18A 2GEMA 1HPMA 5ADXA 4I6MB 4DHYA 1X9JA 1NMDA 2P9IB 2IVPA 1MWKA 1NLVA 2IIRA 3FR0A 3VGMA 4BC5A 2QXLA 5AFUA 1U2VA 3FZKA 3H3OB 4MO5A 2ZF5O 3VGKA 3M6GA 1NM1A 1SQKA 1CZAN 2P9IA 3HI0A 3VEZA 3WEEB 3FZMA 3AY9A 1BDGA 3VF2A 3CJ1A 4B1VA 3ZETB 3ID8A 5ADXH 5BPNA 2E2QA 1BA1A 3DXMA 3F9MA 4QS8A 3ULEB 3GE1A 5F1XA 3SLCA 1NGGA 4H0VB 4BROA 1ESVA 4H5NA 4BRCA 4RWTA 2VCPA 2P9PB 4B1WB 2V7ZA 2P9LA 2FF3B 2E88A 4QS9A 1KAXA 4MLEA 3WEEA 4YDUC 2GWJA 3D7EO 3M1FA 4CZHA 1J6ZA 2YJFA 2P9PA 4ISFA 1SZ2A 3QFUA 4WQ4C 2E2NA 1X3MA 3QDKA 5AZIA 4C23A 1LOTB 3JS6A 4IO8A 3ULEA 2V7YA 4B1ZA 4I6MA 1OKJA 3SMSA 3BF3A 1GLCG 3GOIA 3O5BA 2FSJA 3MN7A 1NBWA 3H1VX 2D0OA 3A5MC 1HLUA 4PL7A 5BPLA 4FPAA 5KPZA 4Y0WA 2W40A 3SK3A 4BR7A 1BUPA 2I7PA 1U6ZA 5BRHA 4CD1A 4E1JA 4BC2A 2ZWHA 5AQQA 4BR5A 3AAQA 2Q2RA 5AR0A 3DXMB 4BR9A 4CZMA 5AZJB 2YHXA 4BVOA 3RSEB 4FWNA 5BRDA 2A42A 5FPEA 2P9SB 4ISGA 4NO7A 4CJ7A 3FGUA 2A3ZA 3GG4A 5AQYA 3VOVA 2VWBA 1JCEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W97L 4M45A 3CG7A 4C8KA 1KVBA 3I8BA 1NU0A 1RT2A 1RDWX 4B9NA 4IFVA 2HNDA 3TPQA 4CJ4A 2V51B 2QKKA 3TAGA 3C7NB 3CHWA 4KB0A 4K43A 4JI4K 3AO1A 4JKAA 1TAUA 2ATQA 4AM7A 3K59A 3RWUA 4CI6A 4GNIA 4J2AA 4FZXC 2NRWA 2OTLN 4IXCA 4KAZA 3A5OC 2QWOA 1ZBLA 5GAEP 1YVNA 4CEAA 1S22A 4IFEA 2HSTA 1TUYA 3VQBA 3OYDA 1S6PA 1ZBFA 4E0DA 4CHZA 4OKEA 1NOYA 2J4RA 2YKMA 4CGGA 4WFBL 1EQYA 4ID1A 3VQ6A 1EETA 4IDHA 3NAEA 3CMEN 2HMIA 4AHRA 3TABA 1NGBA 3WXMB 1J5OA 3VTHA 3CPEA 3FLCO 2QWPA 1NOZA 1L3TA 3ZCMA 2DFFA 1IKWA 4CHPA 3OY9A 4CFBA 2Q0UA 5AFUH 4CJQA 5KQ8A 4DR3K 4BR2A 3ISNC 1YTUA 4BRHA 4JAXA 4JI8K 3AO3A 3SQ1A 1X9WA 5GAGP 4KHUA 4N76A 4B9SA 2P5GA 4E1NA 4FWRA 4BC4A 1BI4B 2E6LA 4RCHA 4FPBA 3THYB 4BREA 4GKKK 3O9SA 5AZJA 4LD0A 1YAGA 1VQ9N 1BGXT 2W42A 3DRRA 4BACA 1GOBA 2UYTA 3KK7A 4PKIA 3I55N 1Q7YO 3HBTA 4I7FA 5C25A 1ATNA 3BZCA 3CIPA 3SPZA 5KRTA 1TUUA 3G25A 5AQNA 4BRDA 1VSFA 3LM2A 3VEVA 4CGFA 2YKNA 1CXUA 2YHBA 4JYAK 4ELUA 1TKTA 1Q9XA 3LPTA 4MLHA 4DSIA 4CF2A 4CECA 1S1TA 1JCFA 2FBTA 2XY5A 2Y1IA 3PX0A 1RGIA 2ZJRL 4JN4A 5D3GA 2UXDK 3CFOA 2ZGZA 3RRGA 4CD3A 3C6TA 3ZEUB 1HUXA 4W5TA 3QERA 4N47A 4FCYA 1BA0A 1IKYA 4BRGA 3O3GA 4CHOA 1XHXA 3E01A 4O55A 1QZ5A 3HSCA 4BRNA 1HRHA 1VRUA 5F2RA 2KLAA 4FJKA 4I9LA 3BZKA 3EEQA 2CH6A 2B6AA 5AZIB 3QBWA 4Z4FA 5AQXA 3ZSZA 2ASOA 2KFZA 1UOCA 4BR4A 2A5XA 4DFMA 2UUAK 1QZ6A 3M5RA 2HHXA 2PZSA 2GBZA 3U9ZA 3VGLA 3HYFA 1BIZA 5M1FA 5CYMA 4CF1A 3CJ9A 3VERA 4FJHA 2P1JA 4KHYA 4AM6A 4LH5A 3ZX3A 3CFPA 2E5LK 1TL3A 1DEJA 4CEBA 1RTHA 5BN9A 4ELTA 3CJ7A 1TGOA 4JI6K 3QIOA 3C6AA 1CZ9A 3DWLA 1WSEA 1TKZA 4A59A 4HHTA 3C6HA 4CEDA 1NGDA 4DR1K 1ILYA 3S9HA 1NK5A 4JKEA 4OO1J 3UKRA 1D4XA 4M63C 4H8KA 1GLBG 4DTPA 1RT3A 5AQFA 3SNNA 4NCAA 3ENOA 3UKRB 4HCBA 3WXLA 2JWLA 4DTNA 3VQ8A 4LH4A 2JLEA 3AA4A 3TTDA 3VF4A 4BG9A 2O4IA 4CIGA 3TTCA 1GLEG 4J2EA 3WT0A 5HRRA 1JLGA 3BEXA 5MLCQ 1BU6O 1KXPA 1WB9A 1S1VA 1HKCA 2QA4N 2FSNA 2YNGA 5I42A 4EZ6A 3R6MA 2ZD1A 1R0AA 1IH7A 2FXUA 3D45A 4K42A 1N8RO 4X62K 1KCFA 3PIOL 1S3XA 4FJ7A 2A40A 4BVPA 4CEFA 4CJSA 3OTOK 2HMPA 3CFRA 3I0SA 1DKGD 2AP1A 2HBLA 1GOAA 2NZTA 2ZM6K 1S1WA 1LWCA 3KKSA 4FWOA 3EZ5A 4CBWA 3KJVA 1Q82O 1UAXA 1T7PA 2PBDA 2WBNA 2IDOA 2ZJPL 5AQMA 2BANA 3NF6A 4BRIA 4DR7K 3QEVA 1DLOA 3SV4A 4FVUA 4OGCA 3CCUN 4CFCA 4Q5VA 3QB0A 4XIUA 3FZHA 3AVAA 5J2PA 3HZ6A 4BWMA 2P9SA 4W5QA 3V9WA 4FJ9A 3THXB 3L2QA 2W6KA 3J7AP 4LF4K 5TKWA 1VQ7N 3AVMA 5C24A 3NF9A 3QEWA 2ITMA 4A2AA 1C6VA 1RFQA 4NCBA 3V9ZA 3P83D 4JK8A 1LCUA 5J1EA 3LALA 4C8MA 1YXQA 3CQYA 4KI6A 3V1RA 1HX1A 3QEXA 4MQ3A 2GTDA 2HHWA 4DU4A 2D1KA 5JVHL 1X9SA 4E1MA 5KQDA 4ID5A 3B6OA 5AQVA 2HB5A 5B8HA 3MN5A 3KHYA 1TYQA 2E2PA 1QVFM 1O1WA 3VPZA 3NGYA 3MAQA 4M3ZA 3CERA 4DTMA 4W5NA 1REVA 3PX6A 3GL1A 3D6RA 1VQ5N 4CGDA 4JKFA 5I3UA 3TR8A 3UKUB 3W3DA 4JEPA 3J8AA 1DTQA 2CGJA 5LL6Z 2DTUA 3TSPA 4O8UA 3QFPA 3NGIA 1BCOA 4DQIA 3ZX0A 1L3SA 3OYBA 4DV0K 4LF9K 2PFUA 4BDPA 5FRNA 4CJEA 1JL1A 4JHDA 3SAHA 3ZSVA 3I8DA 4EP4A 4HTUA 3TTFA 4DQPA 1SUQA 1HPMA 2P9IB 4B08A 4DU1A 1HQEA 1MWKA 4B9TA 2QXLA 2F8SA 1U2VA 1XI1A 1NMNA 3FZKA 4E89A 3AO4A 4JKHA 3VQDA 4E7KA 1CZAN 3KLFA 3AA2A 3VEZA 2FBVA 1NKCA 3DLLL 1J54A 4Y1CA 4B1VA 3CJ1A 3PSFA 1OVQA 3ID8A 1NJWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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