3G25A

1.9 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with glycerol.
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with Glycerol.
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
molecule tags Transferase
total genus 184
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A01
4BRMA 1KAZA 2CGJA 3FZKA 2P9PA 4JD2A 3LM2A 2QWPA 3VETA 3R6MA 5AQGA 3QMLA 3WQUA 2Q2RA 2YHWA 1YAGA 5LJWA 4IJAA 2Q0UA 3VEWA 2A6AA 1HKBA 2A5XA 4IZ9A 5BPNA 3VF6A 1JCEA 1U2VB 3U4LA 3GOIA 2FLOA 3R9PA 4NB4A 3ZEUB 1U2VA 3M1FA 3CJCA 2BUPA 5EY4A 3ZEUA 2YHYA 5AQXA 1DKGD 3U9ZA 3VERA 2FSJA 1XQSC 4H0VB 3VF2A 3L4IA 2NZTA 3LDNA 1T44A 1OKJA 3GL1A 1NBWA 3GDQA 5ELZA 4CBUA 3BF1A 3CETA 3C7NB 1NGJA 2E2NA 5EXWA 4B1UB 3BF3A 3C7NA 4CD3A 4A61A 2P9NB 3SLCA 1LOTB 4E1JA 1IJJA 2E2QA 2P9NA 4BRPA 2V7ZA 2A41A 4BVOA 1NGDA 3VGLA 3CJ1A 5AQVA 5E84A 2Q0RA 3WXIA 4IWVA 5AQRA 1KXPA 4BC4A 4CBXA 3A5OC 2AA4A 4QS9A 5AQOA 3MDQA 5BRFA 2FSNA 1RFQA 4FWNA 2F9TA 1NGIA 2Q36A 3AY9A 3CIPA 4M7YA 4XEIA 4BRAA 3ZETB 4ISFA 4WQ4C 5FPEA 2W40A 3H1VX 4A2AA 3GG4A 3LDQA 3GBTA 3O80A 3VENA 3ZETA 1LCUA 3H1QA 3ENOA 1QQMA 1WOQA 3L6QA 3B8AX 2EWSA 2QM1A 2IVOA 1YXQA 4DHYA 1ESVA 1MA9B 2HF3A 3H46O 4PKGA 3U9DA 3LDOA 5EX5A 4FWMA 4QS8A 3TU5A 5JICA 1J6ZA 4WQ4A 3IFRA 3ZX2A 3UKRB 1Q18A 3A5NC 4BR0A 2V51B 2KHOA 2QWRA 5AQHA 3UKRA 3WQTA 5AQFA 3L0QA 4BRFA 2E20A 3MMVA 2FF3B 5E26A 4BRNA 2ASPA 4BQZA 3CJ9A 2GUPA 5AQSA 2ZWHA 1YUWA 5AZIB 4RWTA 1TUUA 2OANA 1QQNA 2FSKA 3R8EA 3ZX3A 4MLEA 4KBOA 1DEJA 5AZIA 4BRDA 2VCPA 1GLEG 3EKUA 1BA0A 2YJFA 4B1YB 1U6ZA 1XUPO 4O5FA 3MN9A 3A0IX 4JAXA 3WUHA 5F1XA 3O4WA 4FWOA 1GLBG 1BA1A 1XC3A 1Z6RA 2P9SB 5AQTA 1S22A 4F9OA 4IO8A 1WUAA 3QBWA 2QWNA 2QWLA 3CI5A 3IUCA 5FPDA 1NWKA 2P9SA 2HOEA 2YHXA 3EKSA 2IVNA 2CGLA 3LM9A 1KAXA 4MLHA 3VEOA 3CHWA 1GLAG 1NGCA 2I7PA 2A3ZA 3BUZB 5AQYA 5JLFA 4AM6A 3DAWA 1HPMA 3P4IA 2P9LB 4DQ8A 3CJBA 3HZ6A 3JS6A 1GLDG 4DCHA 5JMVA 3SJHA 4BR4A 4FWPA 4NO7A 5JLHA 4FO0A 2YCHA 2P9LA 3J8AA 5FPNA 3DJCA 4CZFA 3G25A 2QWQA 3CERA 2E8AA 2QXLA 1Y64A 4FL9A 3KVGA 1QZ5A 1TUYA 3EN9A 4FOEA 3VGKA 4BR5A 1BUPA 1H1VA 4WYBA 3VEVA 4H0TB 4EHUA 4K42A 2CH6A 3ZX0A 5ADXH 1GLFO 5AQPA 1HX1A 2FF6A 3O1WA 3FZLA 2GEMA 3IMXA 4PKHA 2HF4A 1T6CA 5AQKA 4MO5A 5EVZA 4H5WA 2GWKA 3VEXA 1C0GA 2BTFA 3F9MA 4RCHA 4BRHA 4M63C 5BRHA 1RGIA 2J4RA 3ATVA 4CZLA 1X3MA 1Z05A 2E2PA 3LDLA 2UYTA 3FR0A 1SQKA 2A42A 4L3QA 1ZXOA 3VOVA 3O8MA 4H0OA 4A62A 2D0PA 4IXCA 2PAVA 1ATNA 1C0FA 3H3NO 1RDWX 3JXUA 3MN7A 2ZF5O 4BRGA 5FPMA 3SMPA 2P9KB 1R59O 2GELA 4BR7A 2E1YA 3O6WA 2CGKA 1NGBA 2P9KA 1E4FT 2D4WA 1GLJO 4HWIA 4K41A 3RSEB 2W41A 4ISEA 3AAQA 3MN5A 5LY3A 3RSEA 4C23A 1BWFO 1JCFA 4EHTA 2E1ZA 5ADXA 5AQJA 4H0XB 4BQLA 4BR9A 4H5TA 3D7EO 3FZMA 3HTVA 1BU6O 2YJEA 3AARA 2QWMA 4J8FA 2CH5A 3BEXA 4Y0WA 1S3XA 3ATUA 3TPQA 3H6EA 1HLUA 3GE1A 4FWRA 5AQUA 5KQ8A 4K25A 5AQWA 3QICA 2ASMA 3H45C 3M3ZA 4FOIA 4CZHA 5BPMA 4BC5A 4BRIA 1BG3A 3DWLA 4LC9B 2IIRA 1TYQB 4B1WB 4FPBA 1NGHA 5BN9A 4CBWA 3FZHA 4H5VA 4JNEA 3D2FB 1T6DA 2GTDA 1TYQA 3CQXA 1HKGA 4H5RA 3BP8A 3D2FA 5AFUH 4WQ5C 3AAPA 2V52B 4BG9A 4K43A 3QBXA 4CI6A 2I7NA 3DXMB 5B8HA 3MK6A 4GY2B 5BRDA 2Q31A 3WT0A 4BR2A 3D2EB 1G99A 3DXMA 1ATSA 2IVPA 5LJVA 5BR9A 3D2EA 5TKYA 2Q1NA 3MCPA 1ZC6A 3W3DA 4PKIA 4BRKA 2HMPA 4B1ZA 3ENHA 1HJOA 3FGUA 1GLCG 4WQ5A 4XH4A 3EL2A 5KPRA 5AR0A 3WXLA 4B9QA 2VYPA 3ULEB 1BOTO 1V4SA 1MWKA 3U8XA 3A8YA 3ULEA 4GNIA 4RTFD 3CJ7A 3VGMA 3LL3A 2Q97A 3A5MC 4QS7A 1HKCA 2VWBA 4O8KA 4FWLA 3S41A 5AFUA 1QZ6A 2D0OA 4I6MB 2E2OA 4JN4A 4BG8A 2V7YA 3FZFA 1BDGA 2P9IB 4XH1A 4I6MA 5KPZA 2P9UB 3UB5A 3UKUB 2P9IA 3HM8A 2P9UA 4Z94A 4BC3A 5AZJB 3UKUA 2F9WA 4FWSA 1SAZA 3VESA 3O5BA 4FWQA 5AQIA 3QFPA 1NLVA 1KAYA 2E88A 4CZIA 5AZJA 5AQQA 5BN8A 3MN6A 3M6GA 1K8KB 4BC2A 2AP1A 3FE1A 3C0BA 4HTLA 1K8KA 2ZGYA 1SZ2A 4PL8A 1NMDA 1HUXA 1E4GT 1NM1A 1X3NA 3HI0A 1QQOA 3QDKA 1NGFA 4FPAA 3HBTA 4CZEA 2GWJA 1NGEA 4B1XB 4CZMA 3A5LC 4M7XA 3LDPA 5KPTA 1GLLO 2ASOA 2PBDA 2D1KA 3VEZA 4EAHD 1CZAN 2A40A 4B1VA 3SK3A 4H03B 4BRCA 3KZBA 2ZGZA 4CJ7A 1MWMA 1ZBSA 5EOYA 3VF4A 2DPNA 2QWOA 4YDUC 3DXKB 1DGKN 4MO4A 5AQZA 2NLXA 1EQYA 3ID8A 5F2RA 1BO5O 3DXKA 1P8ZA 3EO3A 1D4XA 2YI1A 4ISGA 4BREA 5I9EB 3O1BA 1QHAA 1YVNA 3H3OB 3W0LA 3WEEB 4EIAA 5BPLA 4JHDB 4H0PA 4CZKA 3I8BA 4AM7A 4YDUA 3VEYA 3WEEA 5AQNA 4JHDA 1V4TA 1NGGA 3FLCO 1ATRA 3WXKA 4A2BA 3UE5A 5BREA 4BRQA 4H0YB 4CZJA 3OHRA 2H3GX 1X9JA 5AQMA 2ITMA 4PL7A 3EZWA 2FXUA 4BROA 4XH5A 3IDHA 3O08A 3CQYA 4EFHA 3VPZA 5AQLA 5KQDA 5F0XA 3QFUA 3CJAA 1NGAA 1IG8A 3QB0A 4BVPA 2WUSA 3WXJA 3HSCA 1JCGA 4DB3A 1MDUB 2QW9A 3FFKB 2NRHA 4FWKA 4H5NA 4IJNA 4BGAA 3SMSA 3KHYA 4FSVA 2P9PB 4CZGA 5CE3A 4CD1A 4BRLA 4JD2B 4BGBA 3I33A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGJA 3FZKA 4BACA 1B92A 1K73O 3TAEA 4AHTA 1RTIA 4YORA 1W9HA 2BH1A 3AO1A 2XHBA 2YHWA 3CCLN 1NJYA 1TKZA 3LPUA 3K5OA 4IJAA 5CR4A 3VEWA 2A6AA 1NJZA 2A5XA 3VF6A 1JCEA 4E7KA 3BDPA 2WTUA 4YOYA 5TKWA 2FLOA 3HT3A 3JAMO 2OTLN 4N41A 2QEXN 3CJCA 3ZEUA 4FW2A 5AQXA 3VQEA 4AHUA 5C10A 5CYQA 4Z0UA 4DQRA 2XO7A 1T03A 2OZSA 3L4IA 1RT5A 3CC4N 2FBYA 1NBWA 3GDQA 4A59A 3BF1A 3RMCA 5GAHP 1S9EA 2QA4N 2XY5A 4O55A 1G15A 3BF3A 2ZJRL 3MX2A 3C7NA 1TGOA 1LW2A 1YJ9N 5DM6L 2YKNA 2ITGA 1X9WA 3C94A 1Q81O 3HP6A 3TAQA 4BRPA 2P9NA 3KLIA 4CFAA 3O9QA 2A41A 1MU2A 2JWKA 5SWMA 3TTFA 4KHQA 4Q0BA 1HJRA 1EP4A 4LSNA 4E7LA 4LFAK 4BC4A 1I39A 3A5OC 4FM1A 4UY8O 1Q9YA 1W97L 3NGYA 4ID1A 1N6QA 5KRSA 3HPOA 2Q36A 3CIPA 4ISFA 4WQ4C 2W40A 3GG4A 3O80A 3KD5E 3H1QA 1QQMA 5HRSA 3DLBA 1HYSA 4B3OA 1RDCA 3IAYA 1ESVA 1MA9B 2LSNA 4W5RA 4IBNA 4QS8A 4WQ4A 3SUNA 3UKRB 3T1YK 2KHOA 4DF8A 3E66A 3CFRA 1IO2A 4EP5A 2VWJA 1N8RO 3CCMN 4JI6K 3VQQA 2OPPA 3PIPL 3VTHA 2ASPA 1RBUA 3THXB 4AHVA 1VHXA 4CJTA 3KK2A 3ZX3A 3PX4A 1F21A 3LP3A 3QINA 4KBOA 3AA5X 5AZIA 1TKXA 3DMJA 1GLEG 4B9UA 2ZE2A 3DLHA 4O5FA 4C8NA 3MN9A 3A0IX 4JI3K 5I3UA 5F1XA 1U04A 2HVHA 3T19A 2O8BB 3LP0A 4CHZA 3T1HK 4RW4A 2E6LA 2X74A 3VTIA 4CF1A 1NWKA 2P9SA 2YHXA 4FJLA 1ITGA 3V1QA 1L5UA 2CGLA 2X6NA 2VWKA 3CHWA 4LF4K 1GLAG 2E6MA 1NGCA 2O4GA 1VK0A 1VSHA 1RBRA 4WFNL 3AVAA 1UOCA 3CMEN 1D5AA 3CJBA 3SJHA 4CK2A 3G10A 4NO7A 1UAXA 1EXQA 5FPNA 3DJCA 3G25A 4E7JA 3HVRA 2G8FA 4FL9A 4QCLA 5GAGP 4FOEA 1BCMA 3VGKA 4IOCL 3C65A 2O8DA 1BUPA 2P1JA 4EHUA 4H0TB 5ADXH 4Y1DA 2FF6A 4A5BA 1JXBA 3AVFA 3FZLA 4DR2K 1LAWA 1LAVA 1BQMA 3L2UA 2HVIA 3LANA 3THWA 2BTFA 4BRHA 4M63C 1IG9A 4IOXA 2J4RA 4CEAA 2E2PA 2UYTA 4ELUA 4FK0A 1ZXOA 4H0OA 4O0JA 3OYMA 3RTVA 4DTSA 3L2QA 3WNFA 1C0FA 1RDWX 3MN7A 5FPMA 2UUCK 2P9KB 1VSEA 3O6WA 4NXNK 2UXDK 1E4FT 3RSEB 1NK9A 4JKEA 4K0KK 4W5TA 4KHUA 5ADXA 4OO1J 1JCFA 1TK8A 1IKWA 4BR9A 2HSTA 4DG1A 4DSFA 3MEEA 4B9LA 4I9LA 3SUPA 1BU6O 3E9OA 4C8KA 3SAHA 2YKMA 4FLTA 3CC2N 5KQ8A 1L3TA 4K25A 4E7IA 1YTAA 2ASMA 3H45C 1J5OA 1W0HA 3DYAA 1LV5A 4GKJK 4CGJA 2P5GA 4WE1A 3MWPA 1NU0A 4LH5A 3ISNC 4KFBA 3MWTA 4I2QA 3VQ4A 1O1WA 1XWLA 3C6HA 4FPBA 5BN9A 1QQCA 1RT2A 3OYFA 4JNEA 1Q82O 2IS3A 5HOOA 1OH5A 1HKGA 3AVBA 2WONA 4H5RA 4NLBA 2Z1IA 3RRHA 1OH6A 3D2FA 1N36K 5AFUH 1RTHA 3RMBA 3DXMB 4GW6A 3D2EB 2IVPA 3HXMA 4CERA 2Q1NA 3MCPA 1ZC6A 3CXCM 3CCUN 4FLXA 4PKIA 5K14A 4BRKA 2HMPA 3SNNA 1HJOA 3FGUA 1YJWN 2HHQA 3TAGA 5KPRA 3TSQA 2D0AA 4CJVA 2DFHA 3WXLA 3NE6A 3BGRA 2VQEK 1HRHA 1BQNA 4DTOA 3U3GA 4IG0A 1V4SA 1MWKA 5LMUK 3U8XA 3ULEA 3CJ7A 4KHYA 2Q97A 3DRPA 4E3SA 1BGXT 1NK4A 3C95A 4E89A 2P5OA 2Y1IA 3PSFA 4WFAL 4HVJA 5AFUA 3RMDA 3FZFA 1BDGA 4RG8A 4CEZA 3ZSVA 2P9IA 4V19S 4CECA 1KVBA 1ZBFA 1S1UA 3SBTA 5AZJB 2BDPA 4FWSA 1SAZA 4CJ5A 1NLVA 4ZTJA 2E88A 1WSEA 3MXMA 1TAQA 4DS5A 1YITN 1K8KB 3RWUA 3CFOA 3OS0A 4I2PA 3LWLA 2UXCK 2KW4A 1HUXA 1KFSA 1NM1A 1QQOA 1BI4B 2OPRA 5H1SQ 3KD1E 1WSHA 2HB5A 2GWJA 4B1XB 1OVYA 2VG7A 1WN7A 3A5LC 3LDPA 5C25A 2ASOA 3O3GA 3K2PA 1CZAN 3ZT3A 3KTQA 1K6YA 2X6SA 2XY6A 2NUBA 1ZBSA 5EOYA 4NLCA 3UIQA 2QWOA 4YDUC 3DXKB 2GV9A 4CEOA 2NLXA 5F2RA 3EO3A 4O4GA 1D4XA 1SL2A 5I9EB 3O1BA 4KTZA 3K5LA 1VQ9N 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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