3G3BB

Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor mutant in complex with a protein antigen
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/immune system
molecule keywords variable lymphocyte receptor VLRB.2D
publication title Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex with a protein antigen.
pubmed doi rcsb
source organism Petromyzon marinus
total genus 48
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3g3bB00
1B5YA 1I56A 1EL1A 1JKAA 3AW6A 4DD7A 1GFUA 1HNLA 2DQAA 2VB1A 1NBZC 1UA6Y 1VEDA 4TSCA 4W96A 5B1FA 1LZ8A 4AXTA 1UIEA 1IO5A 5HNCA 1HENA 1LJGA 4NEBA 3A6BY 4WG7A 3W6EA 1AT5A 4XJGA 2ZYCA 2A7DA 2DQFC 5HQ1A 5DLAA 3TXJA 4W94A 5J7CA 3A90A 3WUMA 1V7SA 2W1LA 1LZTA 2EIZC 1LJEA 1VAUA 3EO5A 4NGKA 154LA 3SP3A 1B7PA 2ZILA 1IWXA 1J1XY 1LCNA 4NGIA 5B05A 1IY4A 1RFPA 2D4JA 2YDGA 1WQQA 3LN2A 2MEHA 2HEFA 2HTXA 1DPWA 2FYCA 5HLLA 1JSEA 2IFFY 5D5CA 4HPEA 1HSWA 1CKFA 2X0AA 1HEPA 1UIBA 2PC2A 4ET9A 1LSZA 1LPIA 2BQIA 5LYMA 1JJ1A 2W1XA 3A96A 2EPEA 1GE4A 4O34A 4H9FA 1MELL 1JEFA 4C3WA 5KJ9A 1BB4A 3RU5A 2HEEA 4NHSA 2H9JA 1WTMA 1QTEA 1REXA 6LYTA 3A6CY 2DQEY 1GFAA 3WPKA 4H1PA 1GFJA 1LHHA 1OP9B 1DPXA 4DD3A 3BKVA 3EXDA 4PJ2C 5FDJA 1NBYC 3OK0A 1JJ3A 3LYMA 1YAPA 2I26L 4WO6A 1GDXA 1JJ0A 1CJ8A 1DI3A 2XJWA 1TEWA 5KXYA 3WW6A 3KAMA 3N9CA 5FHWA 1O23A 1IOQA 1GF7A 1TCYA 1EQ5A 1JHLA 1MLCE 1QIOA 4WM2A 1LKRA 1C45A 2D4KA 1LSDA 1B7NA 1BWHA 2DQJY 1B2KA 4WO9A 4ANRA 4ZIXA 1P2CC 5KKIA 1DXJA 2W1MA 135LA 4R0FA 3QY4A 2BQNA 1D0LA 2HUBA 5HMVA 2CDSA 2H5ZA 3WUNA 2W1YA 1B7MA 3W6DA 5KXTA 3WL2A 4H9EA 2C8OA 3HBEX 1LZNA 1AKIA 1GFGA 1LZ1A 4C5FA 3AZ7A 4GN4A 4NGOA 4PHIA 1LMQA 1XGRC 1B5UA 4RW2A 5I53A 1AT6A 1GHLA 1GF3A 1UBZA 5KKJA 3TMXA 4RLMA 1UIFA 3WU8A 4Z41A 1GB7A 3QNGA 1NDGC 4XJBA 1YAMA 1LSPA 1I20A 4NHPA 4Z98A 1LMPA 3TXFA 3WXTA 4XJIA 1ZVHL 3GXKA 4ETEA 3IWRA 1LZ4A 1RE2A 2YBIA 3ATOA 1LZRA 2XBSA 1OUGA 2BQLA 2YVBA 3P65A 5KXRA 4XJFA 2XTHA 2YSSC 3B6LA 1SQ2L 1LJHA 3TXKA 5M1YA 1REMA 4CGEA 2F30A 1GF9A 4WOAA 1LZCA 1YL1X 4HP0A 1GB9A 1XGPC 4TWSA 2BQBA 2BQJA 3P66A 1UIHA 3AYQA 1B0DA 1XSFA 2ZNWY 3TXDA 4NHIA 4N1EI 5E4PA 2LYOA 2BQEA 1IWZA 3N9EA 4NGJA 1JTTL 2MEIA 1GFTA 4EMNA 1HMKA 4NWHA 1QDTA 2D91A 2F2NA 4HTNA 2Q0MX 4CFPA 5I4XA 4NG8A 1IOSA 5LVKA 1JKBA 1A2YC 3HBDA 5APDA 3LHMA 1BWJA 3WPLA 1UICA 5F9XA 4QY9A 1GXXA 4A7DA 4WLDA 1LJIA 1WVUA 4U3XB 1B5VA 3CB7A 4G9SA 1D6PA 2HU1A 1IR8A 1JIYA 4DDCA 4QGZA 1DZBX 2HEAA 4KL7A 4WM5A 3P4ZA 4LT2A 4MR1A 4LT3A 2I25L 3A95A 4KT3A 3D3DA 1UUZC 1GPQC 1NWGA 4LYOA 1UIDA 2ZNXY 2FYDA 1JKDA 1WQOA 5EBHA 4DYGA 4LT0A 1LZ6A 3TXBA 5ILFA 4HJVA 3A34A 1GFVA 1FLQA 4B4EA 2LYMA 2IHLA 1IWTA 4WLTA 4QDNA 4WG1A 1AM7A 3TXEA 4BS7A 4AGAA 1GAZA 1GFKA 1YAQA 4H90A 3CT0A 1GE3A 1C46A 1GEVA 1IC7Y 3LYOA 1IP4A 2LYZA 4GLVA 2ZWBA 1LTMA 4DD0A 3G3BB 1LZYA 1JTPL 4WMGA 2BLXA 4ETAA 1T3PA 1QTKA 2Z19A 5E9RA 5LAGA 1JPOA 1C7PA 1OUDA 3AJNA 4WL6A 4PRUA 1LZ9A 2Z38A 3AGGG 1D6QA 3MGWA 4N9RA 4D9ZA 4DC4A 1FBIX 1LZAA 1UIGA 5KXZA 4B1AA 1BVXA 1UC0A 5K7OA 1LZDA 194LA 4UWNA 133LA 4QEQA 3WPJA 2G4PA 2Z2FA 1IP5A 2H9KA 1B7QA 1Z55A 1LOZA 2FBDA 4II8A 1WTNA 5B06A 1EQ4A 1LHJA 4H94A 1OUAA 3A91A 4BADA 4LYCA 4YEMA 5LVHA 4OWBA 1VDPA 1GBXA 1GBWA 1PS5A 1LSNA 1W08A 1LMOA 2GV0A 4RW1A 1LSAA 5AMYA 3LZTA 1IR7A 4XN6A 1WQPA 1VATA 1OUHA 4NSJA 1B5WA 1I1ZA 3EBAB 1GE2A 1QUSA 1HHLA 4M4OA 2MEEA 1GB6A 5KXMA 2ZQ3A 5C6JA 4HSFA 1FN5A 3WULA 3A92A 2LHMA 1CJ7A 1HFZA 1IP2A 3W3EA 4GN3A 5LVIA 3LYTA 4HJZA 4NIJA 4WLYA 4RDSA 5L3IA 1HEQA 1QDRA 1IWUA 3CT5A 2BAAA 1TAYA 4GLAA 1NKHA 1FKVA 1J1PY 4H9BA 4NSIA 3WVXA 4CFOA 1OUIA 2I6ZA 4B49A 1YIKA 4H8XA 1GBZA 1BB7A 1IR9A 9LYZA 5D5FA 5FSTA 1BB5A 1IP1A 1IP7A 5LA8A 3WMKA 7LYZA 3CQLA 3WU9A 5KXXA 4ZEEA 2DQHY 1GF0A 1VDSA 1REZA 3CSRA 4OWAA 4PPOA 5B1GA 5KXNA 5L9JA 208LA 3A67Y 2YBJA 1YROA 1CKHA 4LYZA 1KIQC 1NHEA 5II3A 5JENB 4TSBA 2NWDX 3WW5A 1FKQA 1IC5Y 4YENA 3FE0A 3G3AB 1GE0A 3TXHA 1B5ZA 1C43A 1LSMA 4J1BA 4DDBA 4OWHA 4HJYA 4LYTA 5C6IA 132LA 1LMNA 4NWEA 5F9UA 1OUBA 3VWOA 1FLWA 2BQOA 4H92A 1D0MA 5LVGA 1E8LA 3A3RX 4OWEA 1IOCA 1LJ4A 2BQKA 2YBNA 1J1OY 5I54A 5DN5A 4X3BA 3TMVA 3F6ZA 1ZMYL 3BKHA 3K3TA 4MCKA 3AZ5A 2MECA 3IJVA 1RJCB 1H87A 1RI8B 1GF5A 3ZEKA 2DQDY 1HFXA 1NF5A 1CKCA 1IEEA 1LMTA 1JSFA 4KXIA 1GBSA 4NGVA 4NGYA 5DM9A 5LINA 2B5ZA 2Z12A 4ET8A 5IHGA 1GB0A 1GFHA 2A7FA 3P68A 3B0KA 1WQRA 1LZEA 1YAOA 3D9AC 1CKGA 4IATA 1GB8A 3WVYA 5ILCA 1VFBC 5KXWA 1GB5A 2N5ZA 4FDYA 1DKKA 4WL7A 1VDTA 3B0IA 4ML7A 2RSCA 4N5RA 5IELA 5KXOA 5DL9A 4YF2A 4LYBA 1WQMA 1BGIA 1HEMA 1VDQA 4NFVA 1F10A 5FELA 4ETDA 1INUA 4J0LA 5B59A 1LHIA 2WARA 1G7IC 1HEOA 2DQCY 2LZ2A 1KXXA 1SLYA 1A4VA 2G4NA 1LYYA 3CSQA 1LJKA 1IWYA 5L3HA 1B7OA 3CSZA 1GBYA 3RW8A 1YQVY 1UIAA 1YKZX 1LJFA 3TMUA 2YBMA 8LYZA 3RNXA 4B4JA 5FCPA 1BQLY 1KIRC 2DQGY 3IJUA 4UWUA 1BVKC 4LYMA 1IORA 1JITA 2XBRA 1IX0A 5I5QA 2BQAA 1HFYA 3A3QA 4DD9A 2CWIA 4NGZA 3W6FA 2CJLA 4G49A 4I8SA 4TX7A 5KXKA 5HNLA 1GF8A 1HELA 1D9UA 4P2EA 1LZ5A 1G7HC 4OW1A 2Z18A 2D4IA 1PZYA 1GXV2 4WM1A 1GD6A 2F4AA 4CHXA 1NMMA 4WM3A 1NQIA 1YL0X 1OUEA 3CT1A 4YM8A 1QSAA 4H91A 4PRQA 2MEBA 4BAPA 4M6DA 3HBHA 1CJ6A 2MEDA 1QQYA 1GDWA 1DKJA 1B7SA 1IC4Y 1LJNA 1DI5A 3AGHA 2HU3A 3AGIA 1IP6A 4HV2A 1OUCA 1LZGA 4XADA 4GCDA 5F81A 1JISA 1LMAA 1XEIA 1V7TA 4G4HA 1KIPC 1HSXA 1WQNA 3W6BA 1XFPL 1QUTA 3N9AA 4ZFPA 2FBBA 5LVJA 3WU7A 3LZ2A 4ETBA 4TUNA 1G7MC 1UCOA 1IOTA 3WXUA 1LHLA 1B7LA 1WVVA 134LA 1LYOA 3RT5X 2BQHA 1ZVYB 5LYZA 1FDLY 1LSYA 4XJDA 1LJ3A 4LZTA 3T36A 4LFPA 4Z46A 4GCCA 3P64A 3ZVQA 5A3EA 2YBLA 3FI7A 6LYZA 1W6ZA 1GBOA 3B0OA 1LSCA 2ZYPA 3LYZA 4OOTA 4XENA 3A94A 2Z2EA 4IJ4A 2ZIJA 4NY5A 2DQIY 4OOOA 4H9IA 1CJ9A 3RZ4A 1UACY 4GCFA 1TDYA 1C08C 1JUGA 1LAAA 3HFMY 1IP3A 1OUJA 1XGQC 2HEBA 1JKCA 4GN5C 1G7LC 5LIOA 5F16A 5APFA 207LA 4R6CA 1FLUA 1JWRA 3AB6A 1IIZA 4J1AA 4LFXA 4I0CA 4OWCA 5FEKA 4DD1A 1YANA 4NSHA 4XYYA 1IVMA 2BQGA 3E3DA 1KXYA 4H8YA 3AW7A 4EOFA 4N0JA 153LA 4PGJB 2G4QA 3B72A 4WM6A 2Z37A 5HMJA 1ZV5L 1YKXX 1XGTC 1BB3A 2EKSC 5IDDA 1F6SA 4L41A 5I4YA 2DBTA 5KY1A 1QSWA 1HEWA 1GB2A 1XEJA 4KPMA 1D0KA 4UWVA 2D6BA 5B07A 1GF4A 5A3ZA 4ETCA 2ZQ4A 1XEKA 4GCBA 1F0WA 1BWIA 2BQFA 1IWVA 2DKVA 5F14A 1HF4A 4N1CC 1JTOL 4TTDA 5C6LA 1T6VL 2CGIA 1LZBA 3M18B 1KXWA 5LA5A 2HEDA 1LSBA 1LSEA 2LZTA 2F4GA 4LT1A 5LXWA 193LA 2HECA 4RLNA 4BAFA 1XGUC 1DQJC 3W6CA 5KXLA 2BQDA 4HTQA 1LJJA 4N8ZA 3WUAA 2BQCA 1LYZA 1LSFA 5LAFA 1GFEA 4DD2A 3TMWA 2ZIKA 1ALCA 4FJRA 4HV1A 3T6UA 1LSGA 1OUFA 1GAYA 1G7JC 1REYA 4HPIA 4DDAA 2YBHA 4H9HA 2MEFA 4NG1A 4NGWA 4NHQA 1B9OA 5I4WA 1EQEA 1BHZA 2AUBA 4H9AA 3J4GA 1LHMA 1B5XA 1GFRA 1LYSA 3AZ4A 4H9CA 1C10A 5DN4A 4J7VA 1CNSA 1GF6A 1NDMC 1RCMA 4XJHA 3ULRA 4E3UA 1IY3A 4H93A 1BB6A 1OQMA 3WYHA 1LMCA 1HC0A 4WLXA 2C8PA 5KXSA 4NGLA 2EQLA 1YKYX 4LGKA 2MEAA 5APCA 4Z3MA 1FLYA 1HMLA 4DT3A 1IWWA 1F6RA 1B7RA 1LZSA 1CKDA 4IASA 3M3UA 5APEA 1HERA 3TXIA 2Y8PA 1H6MA 3A93A 3QE8A 2MEGA 1GB3A 2Z39A 2BQMA 3J6KA 4B0DA 1LHKA 1YILA 4CJ2A 2BLYA 1N4FA 3ZVQB 5LYTA 1DI4A 3AZ6A 1GEZA 1TBYA 4G4CA 5KXPA 4MSTA 4WM4A 1GWDA 3WH1A 1AZFA 3A8ZA 4G4BA 4NHTA 4YOPA 4YEOA 5T3FA 3GXRA 3TXGA 4GCEA 4H8ZA 2BPUA 3OJPA 1GE1A 3W6AA 3ATNA 4HTKA 3EMSA 4NSGA 4DWXA 1LKSA 4B4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5YA 147LA 3AW6A 1HNLA 1OWYA 1NBZC 4AXTA 198LA 1HENA 3W6EA 1AT5A 3TXJA 1L91A 1V7SA 4NGKA 190LA 2ZILA 3NY8A 1LCNA 1SWZA 2RBSA 2YDGA 3LN2A 2F47A 5HLLA 1JSEA 4HPEA 2PC2A 3L64A 5LYMA 3FADA 1JJ1A 3GUNA 1PQJA 5KJ9A 3V2WA 2HEEA 1C63A 3WPKA 1GFJA 2RAYX 1SX2A 5FDJA 3EXDA 137LA 1YAPA 4WO6A 1CJ8A 3N9CA 1T6HA 1IOQA 1GF7A 1EQ5A 1MLCE 1OVJA 2D4KA 1LSDA 4ANRA 219LA 1DXJA 220LA 135LA 3QY4A 1D0LA 3WUNA 2W1YA 5KXTA 150LA 4H9EA 2C8OA 1XGRC 1UBZA 115LA 1NDGC 4XJBA 1LSPA 1LZ4A 1RE2A 2XBSA 4XJFA 2YSSC 1SQ2L 1REMA 3OE9A 1YL1X 1UIHA 1XEPA 1B0DA 4N1EI 2BQEA 1L93A 228LA 4EMNA 3PBLA 1L22A 3C82A 225LA 1IOSA 3WPLA 1JKBA 1T8FA 1BWJA 3SBAA 1GXXA 1L02A 1L63A 1WVUA 1B5VA 3VW7A 4QGZA 1DZBX 2HEAA 2ANXA 4WM5A 3P4ZA 4W51A 4LT3A 3D3DA 1UUZC 1NWGA 184LA 2FYDA 2CUUA 4LT0A 4HJVA 1C62A 1QUDA 2LYMA 3TXEA 2RB1X 5LZMA 1JTMA 4H90A 3CT0A 1C46A 1IC7Y 1IP4A 1LYFA 140LA 1LZYA 3G3BB 1JPOA 4PRUA 1LZ9A 3AGGG 3MGWA 1KY0A 1LYGA 4W54A 1L17A 5KXZA 1LZAA 1UIGA 4DC4A 4B1AA 1BVXA 194LA 1DYDA 1L57A 4EJ4A 2H9KA 3HUQA 4S0WA 1B7QA 1EQ4A 1LHJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B5Y A;  1I56 A;  1EL1 A;  1JKA A;  3AW6 A;  4DD7 A;  1GFU A;  1HNL A;  2DQA A;  2VB1 A;  1NBZ C;  1UA6 Y;  1VED A;  4TSC A;  4W96 A;  5B1F A;  1LZ8 A;  4AXT A;  1UIE A;  1IO5 A;  5HNC A;  1HEN A;  1LJG A;  4NEB A;  3A6B Y;  4WG7 A;  3W6E A;  1AT5 A;  4XJG A;  2ZYC A;  2A7D A;  2DQF C;  5HQ1 A;  5DLA A;  3TXJ A;  4W94 A;  5J7C A;  3A90 A;  3WUM A;  1V7S A;  2W1L A;  1LZT A;  2EIZ C;  1LJE A;  1VAU A;  3EO5 A;  4NGK A;  154L A;  3SP3 A;  1B7P A;  2ZIL A;  1IWX A;  1J1X Y;  1LCN A;  4NGI A;  5B05 A;  1IY4 A;  1RFP A;  2D4J A;  2YDG A;  1WQQ A;  3LN2 A;  2MEH A;  2HEF A;  2HTX A;  1DPW A;  2FYC A;  5HLL A;  1JSE A;  2IFF Y;  5D5C A;  4HPE A;  1HSW A;  1CKF A;  2X0A A;  1HEP A;  1UIB A;  2PC2 A;  4ET9 A;  1LSZ A;  1LPI A;  2BQI A;  5LYM A;  1JJ1 A;  2W1X A;  3A96 A;  2EPE A;  1GE4 A;  4O34 A;  4H9F A;  1MEL L;  1JEF A;  4C3W A;  5KJ9 A;  1BB4 A;  3RU5 A;  2HEE A;  4NHS A;  2H9J A;  1WTM A;  1QTE A;  1REX A;  6LYT A;  3A6C Y;  2DQE Y;  1GFA A;  3WPK A;  4H1P A;  1GFJ A;  1LHH A;  1OP9 B;  1DPX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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