3G3VA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme (v131r1) at 291 k
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Structural origin of weakly ordered nitroxide motion in spin-labeled proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3g3vA00
2F32A 1L83A 3HT6A 3CDTA 1QT3A 1LYIA 3C80A 247LA 4DAJA 4GBRB 1L28A 129LA 192LA 182LA 1C66A 3F9LA 3HUKA 3HTFA 1G0KA 1L91A 2B75A 1EPYA 1G0JA 3HDEA 3G3XA 2OU0X 1CV1A 2RBQA 1JTNA 1L75A 3SB8A 7LZMA 1QTBA 1LGXA 1D9WA 1L59A 1L79A 4I7RA 1QS9A 1OV5A 246LA 3OE0A 4ARQB 1L74A 169LA 1L95A 1WTHA 2NTHA 1P56A 1G07A 250LA 4YXAC 3SB7A 1P37A 1L99A 201LA 4W59A 3G3WA 212LA 237LA 4I7KA 168LA 235LA 114LA 4AQNA 1C67A 2F2QA 195LA 2OU8A 2RBNA 1L49A 1G0GA 261LA 3C8SA 183LA 1L53A 1L36A 199LA 1L71A 1L03A 1L16A 1OV7A 146LA 1L94A 2OU9A 1CV3A 1L04A 3D4SA 188LA 1CV6A 4W53A 4EKRA 1D3JA 258LA 3SB5A 1L80A 2IGCA 4EXMA 1C62A 3FA0A 1L07A 1L27A 1L50A 1SX2A 189LA 1CV0A 2A4TA 4I7LA 3VW7A 2OE4X 4DKLA 1QUHA 1OVHA 1QT4A 4S0WA 1P46A 1LWKA 2Q9DA 2Z6BA 1LYDA 1L33A 1LI6A 1SSYA 2QB0B 1G1WA 1L44A 1QUDA 6LZMA 244LA 1C6AA 4OO9A 4W54A 1KY0A 102LA 1L11A 205LA 185LA 1L10A 4E97A 1C6QA 1L98A 1C6BA 3GUKA 1KS3A 2LCBA 236LA 4ARPA 1L18A 1SX7A 1L86A 249LA 3DN2A 171LA 1PQMA 1OVKA 210LA 3DN8A 233LA 191LA 1L57A 3NY9A 161LA 3SBAA 1L63A 209LA 1CTWA 1LI2A 3SB6A 1L08A 234LA 4ARMB 166LA 167LA 1C69A 1P7SA 184LA 4I7TA 1QTVA 3HTGA 3F8VA 3SB9A 1L14A 186LA 137LA 178LA 1G0PA 112LA 4W55A 1L96A 1QT5A 3EMLA 1P6YA 3GUJA 1C61A 1KNIA 259LA 228LA 155LA 4EPIA 1L88A 3DMXA 3HDFA 2B6XA 1L02A 170LA 1L51A 119LA 1L92A 1G06A 238LA 3C81A 1CV5A 1L37A 3G3VA 125LA 211LA 4LDEA 1PQJA 224LA 107LA 1DYAA 253LA 1CU5A 3CDRA 1L09A 1OYUA 2RB1X 3L64A 2CUUA 3C7WA 3PBLA 172LA 3GUIA 165LA 1D2WA 4I7JA 110LA 1LGWA 1L17A 1L00A 145LA 1L01A 177LA 1L64A 230LA 3DNAA 3GUNA 3DN1A 1L58A 1C65A 1C6JA 3OE9A 3RUNA 104LA 1B6IA 1QTHA 2QARC 1LYGA 3GULA 1L85A 1C60A 1LYEA 243LA 1XJUA 173LA 1L56A 1C6DA 4EKSA 111LA 223LA 1L68A 1LWGA 3HU9A 1L12A 214LA 197LA 1KW5A 3GUMA 3PDSA 1LYHA 123LA 3K2RA 3CDOA 1L66A 3HUAA 1L15A 1P2RA 1CVKA 3HT8A 255LA 3HT7A 1QUOA 1DYCA 2RBPA 3HH3A 1C6KA 1ZURA 1LYJA 3FADA 180LA 3LZMA 4ARQA 1T6HA 4W58A 3DN6A 3DN0A 1LPYA 1PQIA 1L45A 2OTZX 1L25A 256LA 1P5CA 127LA 1L0JA 2B7XA 2B6TA 221LA 144LA 3DMZA 4I7PA 4W51A 3V2WA 3DN4A 164LA 3HTBA 1G0LA 3V2YA 262LA 2B73A 1L34A 1C63A 1XJTA 1L0KA 1L32A 1CU2A 3HUQA 1L55A 4W56A 4I7NA 1C6FA 3ODUA 3FI5A 245LA 2OTYX 1P64A 1KW7A 152LA 229LA 1G0QA 1PQDA 218LA 2B6WA 1L84A 1C6NA 3HH6A 1D2YA 4IAPA 115LA 118LA 231LA 2HUKA 1QTZA 143LA 200LA 2HULA 3C8QA 1C6CA 2RH1A 1T8GA 2RBRA 120LA 148LE 1L31A 1NHBA 1QTDA 240LA 2B74A 3HH5A 1L46A 2LZMA 1P3NA 4EJ4A 1L65A 3CDVA 4DJHA 1QT6A 128LA 3HH4A 4EKQA 1C6HA 2B72A 2Q9EA 131LA 1C6LA 1OWZA 1QTCA 1L39A 1L20A 139LA 4W57A 1D3NA 1L77A 1PQOA 3JR6A 4I7QA 1L48A 1SWYA 3GUOA 4ARJA 3C7YA 1L54A 2NTGA 1L42A 1L76A 1QUGA 1C68A 142LA 1CU6A 1C6MA 3C82A 160LA 1L22A 138LA 1LGUA 3DKEX 1L26A 1JQUA 3OE8A 1ZWNA 1CV4A 1L30A 3C7ZA 2HUMA 213LA 4ARMA 2O7AA 4K5YA 219LA 2ANXA 4LDLA 1L35A 242LA 1L60A 3SN6R 1L89A 5I14A 5LZMA 147LA 162LA 1SWZA 126LA 2B6ZA 1L21A 2RAYX 1L70A 151LA 220LA 257LA 3QAKA 113LA 1L47A 1L69A 2LC9A 1DYFA 4LDOA 1QSBA 1T97A 4I7MA 1P36A 1L24A 1L19A 1T8AA 3HT9A 1LLHA 4ZPUA 2RB0X 3GUPA 175LA 222LA 3HTDA 1C6GA 215LA 1DYEA 4YXCA 4I7SA 1C64A 2OE9X 1DYBA 1L43A 1L67A 2RAZX 2F47A 174LA 140LA 225LA 3UONA 4PK0A 130LA 1DYDA 2B70A 4PJZA 4EPFA 232LA 1QSQA 1QT8A 1KY1A 4I7OA 4EKPA 1CUPA 1L06A 1TLAA 109LA 150LA 1DYGA 1L61A 251LA 1L93A 1K28A 241LA 1QS5A 122LA 2OEAX 157LA 217LA 1L97A 1L41A 1PQKA 4YX7C 3OE6A 2RBSA 1L90A 4W52A 103LA 216LA 1CU0A 1G0MA 1L52A 1QT7A 206LA 3DMVA 1L05A 1C6TA 2ANVA 1L38A 149LA 227LA 2O79A 1L23A 1L72A 3C8RA 226LA 181LA 1L40A 156LA 2RBOA 190LA 1T8FA 2B6YA 252LA 1SSWA 2RB2X 1L73A 141LA 1CX6A 2O4WA 1CUQA 3HU8A 1L13A 3NY8A 1JTMA 1C6PA 1LYFA 3DN3A 2OE7X 1P2LA 3L2XA 1L87A 159LA 176LA 1CX7A 1LI3A 1XEPA 254LA 1L81A 1L62A 3C83A 1I6SA 1OVJA 1L29A 3RZEA 158LA 1C6EA 1D3FA 196LA 3CDQA 1ZYTA 108LA 3NYAA 198LA 187LA 1L82A 248LA 1CU3A 4LZMA 3SBBC 1G1VA 260LA 4ARLA 1C6IA 239LA 1LW9A 1OWYA 1D3MA 163LA 2L78A 4GRVA 3HWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIDA 2LYOA 1QT3A 3TXFA 1GBWA 2Z2EA 3N9CA 5DN4A 4PJ2C 5C6JA 2MEEA 1GBSA 192LA 1LSYA 4J1BA 2BQCA 1C66A 1G0KA 3QNGA 2DKVA 1L91A 2RBQA 4OWEA 4OWBA 1B7SA 1WQPA 1LZAA 4I7RA 1YAMA 5HMVA 246LA 3RZ4A 2I6ZA 1L74A 2HEDA 169LA 1WTHA 4DD9A 4DDAA 1P56A 4H90A 4YXAC 4OOTA 3SB7A 3G3WA 212LA 237LA 5M1YA 3N9AA 3WW5A 1XEIA 2EIZC 183LA 1L36A 2CDSA 4RLNA 3G3AB 2BQGA 146LA 1LJNA 1L94A 1LJHA 1QTKA 1OUIA 1VATA 188LA 4W53A 193LA 1D3JA 1L07A 2XBRA 4HPIA 1L50A 1SX2A 1C7PA 3VW7A 2OE4X 1FDLY 2MECA 1P46A 2HEAA 1QTEA 1LI6A 1L44A 6LZMA 1C6AA 1KY0A 1C6QA 3GUKA 3AW6A 1VDTA 2LCBA 236LA 3WVXA 1LZBA 171LA 1XGRC 3DN8A 4CHXA 1FLYA 233LA 1L57A 3NY9A 161LA 1L63A 1LZ1A 1LI2A 2FYDA 3SB6A 234LA 4ARMB 3LYZA 5KXRA 3A90A 186LA 5LVGA 1BWHA 3EMLA 2DQCY 4ET9A 2W1YA 4G49A 1IP1A 4PRQA 1FKVA 4WG7A 3RT5X 4H9IA 4EOFA 3DMXA 1YAQA 170LA 1GFTA 2YSSC 3F6ZA 1B5YA 1LZYA 238LA 5I53A 3WW6A 1L37A 3EBAB 3AJNA 5LAFA 1GB0A 2H9JA 4WLDA 4NGVA 3L64A 4ETBA 3C7WA 4Z3MA 165LA 4E3UA 3BKVA 1JITA 1L17A 1L00A 2DQEY 5LA8A 3WMKA 4MR1A 177LA 1GFKA 230LA 3WPLA 1L58A 4NHIA 1JSFA 4H92A 5IELA 1B6IA 1OUBA 3GULA 1JTPL 3AZ4A 1XJUA 1LMNA 1YL1X 4CFPA 1IOQA 1C43A 214LA 1XGTC 1KIPC 1LYHA 123LA 1GAYA 3WULA 5IDDA 3GXKA 3RW8A 1ALCA 4QGZA 1P2RA 1CVKA 3A34A 1DPWA 1LMOA 1QUOA 2CGIA 3J6KA 5KKIA 180LA 3LZMA 1OP9B 3DN6A 1LSFA 1PQIA 256LA 4II8A 3WPJA 4QDNA 1CJ7A 1BB3A 3A6CY 1B7OA 164LA 1G0LA 1JTOL 4GCFA 2D91A 4GN4A 1GFAA 1XJTA 1L0KA 1HEPA 4I7NA 1C6FA 3FI5A 2BQOA 153LA 1LJFA 1FN5A 1BQLY 2LZ2A 2AUBA 4G9SA 3WVYA 4CJ2A 4LYMA 1D2YA 231LA 5JENB 2BLYA 1QTZA 200LA 4H8ZA 3C8QA 4HP0A 2RH1A 4ETCA 1L31A 1NHBA 2B74A 4KL7A 1GF6A 1L46A 1OUJA 3TXJA 1V7SA 1DQJC 1IEEA 131LA 1QTCA 1DZBX 139LA 1L77A 2IFFY 1LZRA 4AXTA 4I7QA 1L48A 3C7YA 1L54A 2MEHA 1L42A 1QUGA 1QDRA 1CU6A 1E8LA 3OE8A 1ZWNA 2PC2A 213LA 4K5YA 1HSWA 4H8XA 2ANXA 3SN6R 4B4IA 1WTMA 1IOCA 1L89A 5I14A 1F6SA 1SLYA 1L21A 1L70A 4NIJA 1FLUA 1L47A 3TMWA 2LC9A 1DYFA 4WM3A 1P36A 1GF0A 4ZPUA 5I5QA 3HTDA 1C6GA 1OUFA 4GN3A 3N9EA 3W6CA 1BVKC 5FSTA 2G4NA 1DYBA 1L43A 1GF9A 4OW1A 2BQEA 2DQDY 130LA 1DYDA 4PRUA 2HECA 1GEZA 1HEOA 2XBSA 1QT8A 1KY1A 1EL1A 4I7OA 1TLAA 4D9ZA 2D4JA 150LA 5ILCA 1LZNA 1J1OY 3OJPA 1QS5A 1IOSA 2BQNA 157LA 4XN6A 217LA 1L41A 1C08C 1LSZA 1IY3A 2RBSA 1YROA 1LJ4A 4W52A 4A7DA 1GDXA 103LA 216LA 4G4CA 3CT1A 1L05A 1C6TA 4KPMA 2NWDX 1LZ9A 2Z2FA 2O79A 1UBZA 2Z18A 1L40A 5L9JA 2B6YA 2LZTA 5DL9A 2YVBA 3ZVQB 1IP3A 1OUHA 4WL7A 3DN3A 3FE0A 5KXZA 2OE7X 4OWCA 4NSJA 1P2LA 4AGAA 3ATOA 1B5XA 4DD3A 1CX7A 1LI3A 1L81A 4QY9A 4ET8A 158LA 1C6EA 196LA 5E9RA 3BKHA 108LA 1CU3A 3SBBC 260LA 4NHSA 1C6IA 1LW9A 4GRVA 3AGGG 4Z41A 1JKBA 4DYGA 3CDTA 3AZ7A 4H94A 1HSXA 2Z38A 1WQNA 247LA 1I56A 4NG8A 4WM1A 1IORA 1RFPA 4GBRB 4XJIA 5KXXA 129LA 5ILFA 3HUKA 5T3FA 2B75A 2W1LA 1DKJA 1EPYA 1JWRA 3HDEA 2OU0X 3AW7A 1B5VA 4PGJB 1FBIX 3P66A 4RDSA 1LGXA 1D9WA 1L79A 3KAMA 2ZIJA 4QEQA 1OV5A 4EMNA 4X3BA 2NTHA 4TTDA 4WO6A 1G07A 4H9FA 5KXYA 1HMKA 1CKGA 114LA 1C67A 1IR8A 1J1PY 3T36A 5F14A 1NDMC 1G0GA 3B0IA 3QE8A 5KJ9A 1L71A 1L03A 1VAUA 1L16A 1OV7A 2D4KA 1LSEA 2MEAA 3P64A 1L04A 3D4SA 1TCYA 3AZ5A 1C10A 258LA 5LIOA 2LHMA 2D6BA 1GXV2 1IVMA 4DKLA 1ZV5L 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UID A;  2LYO A;  1QT3 A;  3TXF A;  1GBW A;  2Z2E A;  3N9C A;  5DN4 A;  4PJ2 C;  5C6J A;  2MEE A;  1GBS A;  192L A;  1LSY A;  4J1B A;  2BQC A;  1C66 A;  1G0K A;  3QNG A;  2DKV A;  1L91 A;  2RBQ A;  4OWE A;  4OWB A;  1B7S A;  1WQP A;  1LZA A;  4I7R A;  1YAM A;  5HMV A;  246L A;  3RZ4 A;  2I6Z A;  1L74 A;  2HED A;  169L A;  1WTH A;  4DD9 A;  4DDA A;  1P56 A;  4H90 A;  4YXA C;  4OOT A;  3SB7 A;  3G3W A;  212L A;  237L A;  5M1Y A;  3N9A A;  3WW5 A;  1XEI A;  2EIZ C;  183L A;  1L36 A;  2CDS A;  4RLN A;  3G3A B;  2BQG A;  146L A;  1LJN A;  1L94 A;  1LJH A;  1QTK A;  1OUI A;  1VAT A;  188L A;  4W53 A;  193L A;  1D3J A;  1L07 A;  2XBR A;  4HPI A;  1L50 A;  1SX2 A;  1C7P A;  3VW7 A;  2OE4 X;  1FDL Y;  2MEC A;  1P46 A;  2HEA A;  1QTE A;  1LI6 A;  1L44 A;  6LZM A;  1C6A A;  1KY0 A;  1C6Q A;  3GUK A;  3AW6 A;  1VDT A;  2LCB A;  236L A;  3WVX A;  1LZB A;  171L A;  1XGR C;  3DN8 A;  4CHX A;  1FLY A;  233L A;  1L57 A;  3NY9 A;  161L A;  1L63 A;  1LZ1 A;  1LI2 A;  2FYD A;  3SB6 A;  234L A;  4ARM B;  3LYZ A;  5KXR A;  3A90 A;  186L A;  5LVG A;  1BWH A;  3EML A;  2DQC Y;  4ET9 A;  2W1Y A;  4G49 A;  1IP1 A;  4PRQ A;  1FKV A;  4WG7 A;  3RT5 X;  4H9I A;  4EOF A;  3DMX A;  1YAQ A;  170L A;  1GFT A;  2YSS C;  3F6Z A;  1B5Y A;  1LZY A;  238L A;  5I53 A;  3WW6 A;  1L37 A;  3EBA B;  3AJN A;  5LAF A;  1GB0 A;  2H9J A;  4WLD A;  4NGV A;  3L64 A;  4ETB A;  3C7W A;  4Z3M A;  165L A;  4E3U A;  3BKV A;  1JIT A;  1L17 A;  1L00 A;  2DQE Y;  5LA8 A;  3WMK A;  4MR1 A;  177L A;  1GFK A;  230L A;  3WPL A;  1L58 A;  4NHI A;  1JSF A;  4H92 A;  5IEL A;  1B6I A;  1OUB A;  3GUL A;  1JTP L;  3AZ4 A;  1XJU A;  1LMN A;  1YL1 X;  4CFP A;  1IOQ A;  1C43 A;  214L A;  1XGT C;  1KIP C;  1LYH A;  123L A;  1GAY A;  3WUL A;  5IDD A;  3GXK A;  3RW8 A;  1ALC A;  4QGZ A;  1P2R A;  1CVK A;  3A34 A;  1DPW A;  1LMO A;  1QUO A;  2CGI A;  3J6K A;  5KKI A;  180L A;  3LZM A;  1OP9 B;  3DN6 A;  1LSF A;  1PQI A;  256L A;  4II8 A;  3WPJ A;  4QDN A;  1CJ7 A;  1BB3 A;  3A6C Y;  1B7O A;  164L A;  1G0L A;  1JTO L;  4GCF A;  2D91 A;  4GN4 A;  1GFA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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