The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
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| total genus |
16
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCS Q; 3CC2 Q; 3CCQ Q; 1S72 Q; 1YI2 Q; 1M90 R; 1K9M R; 1VQ4 Q; 1VQ7 Q; 3CCJ Q; 2OTJ Q; 1VQ8 Q; 1VQO Q; 1JJ2 P; 1VQK Q; 3CCE Q; 1VQM Q; 3CPW P; 3CCM Q; 3I56 Q; 1W2B P; 3CCU Q; 3CCL Q; 2QEX Q; 3CCR Q; 1YIT Q; 1VQP Q; 1QVG P; 1VQ5 Q; 3CMA Q; 1YHQ Q; 1Q86 R; 1QVF P; 1YIJ Q; 2OTL Q; 2QA4 Q; 1YJW Q; 3OW2 P; 1YJ9 Q; 3CME Q; 3G6E Q; 1Q7Y R; 1K73 R; 1N8R R; 1M1K R; 3G71 Q; 3CC7 Q; 3CXC P; 1VQ9 Q; 3CD6 Q; 1NJI R; 3CCV Q; 1YJN Q; 1KC8 R; 1VQ6 Q; 1VQN Q; 1Q82 R; 1VQL Q; 3G4S Q; 1Q81 R; 1K8A R; 3I55 Q; 1KQS P; 3CC4 Q; 1KD1 R; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCS Q; 1QKX A; 1S72 Q; 1M1K C; 2L2P A; 2CRE A; 1VQM T; 1UGQ B; 3G4S A; 2GFA A; 3EG9 B; 3G71 T; 2D8H A; 4E7H A; 2GBQ A; 1RLP C; 5GAO p; 2QA4 Q; 4FU6 A; 1VQK A; 3HRS A; 4Y91 A; 1KC8 R; 2VGN A; 4OB2 B; 2QAZ A; 3VRZ A; 2BIV A; 2ZPF B; 2KGT A; 1N5Z A; 1YI2 Q; 3BE3 A; 3CCL T; 5HY6 A; 2M02 A; 4BB7 A; 1SHG A; 4QVC A; 4O6J A; 2G3R A; 2CSI A; 1AWW A; 2LRQ A; 3CC7 T; 3NGP A; 1IRE B; 2DIL A; 1X6G A; 3FDR A; 1GFD A; 1PG5 B; 2YWW A; 2RH2 A; 1NJI R; 3X20 B; 4HT9 A; 1RAD B; 4JPB W; 1VQ4 T; 1K8A U; 2QXF A; 3EHQ A; 3CCE T; 1BI3 A; 5FLX E; 4C8Q E; 4JJD A; 1D0X A; 2Y90 A; 4Z89 A; 2K5I A; 1BYM A; 2M51 A; 2RHI A; 1IZ6 A; 4OP0 A; 1H3H A; 3RKY A; 1VQ5 Q; 2JJ9 A; 2PUO B; 1YJN T; 5C0M A; 1JEG A; 2XI9 A; 2OTJ T; 3JRZ A; 4ZGE B; 1WNL A; 1B34 A; 5L8R E; 4J9H A; 2L8D A; 2VXE A; 4M78 D; 2A08 A; 1M90 R; 4CC7 A; 3V8K A; 1OUL A; 3S3M A; 2D8J A; 1D1C A; 4XU2 A; 3VUB A; 1LOJ A; 5KYY A; 2F2X A; 1FMW A; 1E6H A; 2HZY A; 5CQX A; 1K9M C; 1YHQ Q; 4M75 A; 3TRE A; 1VQ8 A; 4ZTJ A; 2DL8 A; 4M77 G; 1AWJ A; 3HP9 A; 4A4H A; 4RTU A; 4N0A C; 2KRM A; 4JLG A; 4M4Z A; 1KQS P; 3I35 A; 1GFC A; 2COW A; 1WJS A; 2DYI A; 2L3P A; 1TUG B; 2RO0 A; 1VQO Q; 1QVG A; 2O4X B; 2FRY A; 5IT9 E; 2CUD A; 1U3O A; 4BE0 A; 4IIM A; 3OBY A; 2YUO A; 5I2S A; 5KYW B; 1QCO A; 3L2R A; 3EGX B; 4BUG A; 4M7A C; 4XAX B; 2L89 A; 3M58 A; 1YJ9 T; 3KUF A; 3FC3 A; 1GCP A; 1OEB A; 3I5R A; 1KFZ A; 4M78 B; 1WFW A; 4J9F A; 3RER A; 2XMF A; 2WAC A; 2YHT A; 4KRT A; 4J9B A; 4N4G A; 1WXT A; 2GF7 A; 4HVU A; 4KGZ B; 4C8Q D; 4BE2 A; 5CIU A; 4XU0 A; 4BY6 B; 2ZGW A; 7AT1 B; 3M0U A; 1EIF A; 2D0Q B; 2ZPG B; 2ZZD A; 3AT1 B; 3CCV Q; 4FSS A; 2K6D A; 2XHC A; 3M59 A; 2DK3 A; 2EWN A; 3T9N A; 4FYX B; 4JUV A; 3L2U A; 4A4G A; 2XD0 A; 2V1Q A; 2XG8 D; 4DEX A; 3CCU T; 3CPW A; 2DL7 A; 5CAI A; 4QQ6 A; 2DKG A; 3PIP A; 1W70 A; 2GCX A; 2DRK A; 3BW1 A; 1EZZ B; 3SWN C; 2RQW A; 2EYZ A; 5GAO q; 1LJO A; 4RTY A; 3J81 E; 2LJ0 A; 1VQN Q; 3A8M B; 1BIA A; 3V8L A; 4C92 F; 2AZS A; 2C06 A; 1WJQ A; 2C0O A; 5CR2 A; 2HKQ B; 2LZ6 B; 3PFS A; 1X69 A; 3OS1 A; 2V8J A; 5GAM f; 4PJO A; 1YIJ T; 1YWP A; 3UA6 A; 2ZPI B; 3JB9 J; 4PJN A; 2A37 A; 4J9D A; 3CD6 Q; 3SDZ A; 1KSW A; 2GFU A; 4VUB A; 5IAY A; 3CCJ T; 2QAS A; 4R56 A; 5IXB A; 2PNI A; 4FT4 A; 1QP3 A; 4RTT A; 2EJ9 A; 3UWN A; 1JBM A; 2IVW A; 3G7Z A; 4XQ3 A; 3CCS A; 1S72 A; 2LNV A; 4XK8 E; 2LQW A; 1GBR A; 1VIE A; 2XDB A; 2ROL A; 1BI2 A; 2ENM A; 1KC8 U; 1QKW A; 3HPW A; 2QA4 A; 3A1P A; 3TSZ A; 1M1F A; 2GTJ A; 3EG3 A; 1JRI A; 2RHX A; 2CZ7 B; 1YN8 A; 3CCR T; 2RK2 A; 4C8Q G; 5GAM d; 3FB9 A; 3ZEH A; 3GOX A; 3CMA T; 2RN8 A; 2OTL T; 2KXC A; 1PC0 A; 1KJW A; 1YI2 A; 4LD6 A; 2MOX A; 3J7A F; 4M7A E; 3QDF A; 1GXI E; 4E7L A; 2EQU A; 2QDL A; 4ATO A; 1NJI U; 1YIT A; 1IHV A; 3TEE A; 1ACM B; 2E10 A; 4FIB A; 2QTV A; 2RJD A; 5FU6 B; 4P5N A; 4WF2 A; 2FPD A; 2EYX A; 1D09 B; 3E2U A; 4R55 A; 2LX7 A; 2J6O A; 2JVV A; 3QWY A; 1WHG A; 3UF4 A; 1I5L A; 2RHZ A; 2SRC A; 4DQ2 A; 1QVG P; 1AOJ A; 5HK3 A; 3HKS A; 1X2K A; 4HCC A; 4J6W A; 2AIR B; 1B34 B; 2JTM A; 1VQ5 A; 3NHN A; 2LQK A; 1Y7X A; 2F5K A; 2ROT A; 4J9C A; 1RAB B; 3QUI A; 3QBY A; 1BKB A; 5GAO l; 1M90 U; 4E47 A; 2LCC A; 2K5F A; 1VQM Q; 2I2L A; 4OB1 B; 2DXB A; 4M75 B; 1VQ7 A; 1PSE A; 4LNP A; 1Y96 A; 2E70 A; 4JS4 A; 4KBM B; 3G71 Q; 3KBG A; 3SD4 A; 1YHQ A; 2DD4 A; 2ED0 A; 2VB6 A; 2VGM A; 3E9F A; 3DB4 A; 2QK0 A; 2O2O A; 1U06 A; 2LQ8 A; 2NUT A; 2M9U A; 3CPW P; 3CCL Q; 3OMG A; 4JRP A; 3JB9 H; 2AZV A; 1VQO A; 3OYY A; 1VQL T; 1K1Z A; 4M7A D; 3QXE B; 3EFS A; 3CC7 Q; 3I56 A; 3R6N A; 2JW4 A; 1WZO A; 1FX7 A; 4ELZ C; 3UAT A; 4L5G A; 3PMT A; 2DJZ A; 2R58 A; 3DLL A; 1CSK A; 2YUQ A; 1SHF A; 3M4G A; 1AD5 A; 3CCE Q; 1B3Q A; 2L5Q A; 1WQW A; 2OI3 A; 1OZ2 A; 4LXC A; 3EG9 A; 3M53 A; 1U8R A; 2W10 A; 3I55 T; 4AFQ C; 2EYW A; 2JS0 A; 2D1X A; 2DVJ A; 1SEM A; 2RPN A; 1ZLM A; 2DZC A; 2NUZ A; 1Q86 C; 2OTJ Q; 1I4K 1; 4N4I A; 2CS7 A; 1K0X A; 1KQS S; 3CCV A; 5LJ5 g; 1PSF A; 2P0P A; 4EMK B; 4Z02 A; 1KHC A; 3FEO A; 4RTX A; 5GAN j; 3CME T; 2E5Q A; 4XTY A; 1Y0M A; 3GNG A; 4IUU A; 4M77 A; 1Q95 G; 2P84 A; 4LDV A; 1N8R C; 3PTA A; 3GPL A; 1VQN A; 3I5S A; 3A5Z B; 4PJO B; 3JCM h; 4A4E A; 1YCS B; 4X9D A; 1WX6 A; 5DLO A; 3JSC A; 2MWO A; 4J83 A; 3CCQ T; 5J39 A; 3H6Z A; 4HCK A; 3VJP A; 3V7S A; 1J3T A; 1I0C A; 3CD6 A; 9ATC B; 1OX9 A; 3E1S A; 3MP8 A; 4DA4 A; 1B07 A; 4PLL A; 6AT1 B; 1SRM A; 4M7A G; 3H0H A; 1Q7Y R; 2EYY A; 3CBP A; 1C0M A; 2PUK B; 1I5O B; 3EFO A; 4RCC A; 4Z88 A; 2GQV A; 1VQ6 Q; 4RG8 A; 1TWB A; 1N9R A; 4MZM A; 1IRX A; 4BD3 A; 2OAW A; 4A4F A; 2EQK A; 1VQP T; 5IXF A; 1WJR A; 2COY A; 4IKF A; 1M3B A; 4KH0 B; 3CCU Q; 3X26 B; 4ZN3 A; 3M0Q A; 1IO6 A; 1K0S A; 1M1K R; 1TU0 B; 5KYW A; 3KFV A; 1QVF A; 2W0Z A; 3MET A; 2EPD A; 4RCB A; 3REB B; 1OV3 A; 2CYZ B; 1PWT A; 4M78 A; 3G6E A; 4CI0 C; 3X25 B; 5D6W A; 4FM4 B; 2DL5 A; 2MCN A; 1D1B A; 3OW2 A; 1TOV A; 3MHX A; 3P8B B; 1YIJ Q; 3M0T A; 1ZA2 B; 5GAN 2; 2Y4Y A; 3ME9 A; 3OYA A; 3ER0 A; 3D7S B; 4ZNX A; 1TH7 A; 2EBP A; 5KE2 A; 3CCM T; 2B86 A; 3SFM A; 4E7I A; 3PIO A; 3MEU A; 4J7I A; 4HVV A; 4J8O A; 3NFC A; 2KAF A; 5LJ3 j; 1GCQ C; 3G1J A; 2MF2 A; 4XU3 A; 2RQV A; 4IUR A; 3QDR B; 1V29 B; 2YLB A; 5LJ5 e; 2J6K A; 1VQM A; 4FYV B; 3JCM J; 2E3H A; 2WSF E; 4XTX A; 3VU3 C; 2AKL A; 2MI6 A; 2DPP B; 5CK9 A; 4DBR A; 1TTH B; 5A0D A; 3G71 A; 1AHJ B; 4PK4 A; 3VKI A; 4C8Q A; 4RTW A; 2NUT B; 1PHT A; 5FRO A; 3OMC A; 2X51 A; 4J9G A; 3CCR Q; 2CZ0 B; 3JCM V; 2GQI A; 3CMA Q; 4JZ4 A; 2OTL Q; 1QVG S; 2DA9 A; 2RF0 A; 4FW2 A; 3CCL A; 2MIO A; 4ANJ A; 5GAO n; 1G2B A; 3RMS A; 2RJC A; 2XIC A; 3CC7 A; 5LL6 S; 3VS1 A; 1QLY A; 2M0O A; 5DLQ E; 1K9M R; 3MJX A; 2DER A; 1UGS B; 2H8H A; 2HKN A; 2L0A A; 1VQ4 A; 2JUF A; 1G3W A; 3CCE A; 2ZPH B; 1M2V A; 1NPP A; 3OSV A; 2LCL A; 2XKO C; 3OY9 A; 3MEW A; 2FZC B; 1YJN A; 2OTJ A; 1JU5 C; 4C0D C; 3HFN A; 3H0F A; 4JDS A; 3CPW S; 1W1F A; 1RAG B; 4M77 B; 1WHJ A; 3CC4 T; 1VQ9 Q; 1E6G A; 3CBM A; 4C0G A; 2C0I A; 2EGE A; 3MP1 A; 2BZX A; 2KQW A; 1FXX A; 2HMA A; 1BBZ A; 2DO3 A; 4IUV A; 3UPU A; 1JJ2 A; 2DTH A; 3NTI A; 1ZX6 A; 2E6N A; 1QCF A; 4FSX A; 2HNI A; 2OAU A; 2DYB A; 4O5V A; 5LJ3 e; 4K11 A; 3OYL A; 3MO8 A; 2QQB A; 1YJW Q; 2KEA A; 1CKB A; 3VS2 A; 4JRI A; 3DKM A; 4KUI A; 1VQL Q; 1O75 A; 1BU1 A; 2YUP A; 1QVF P; 1UE9 A; 3CC2 Q; 3S6W A; 2KRO A; 1K73 C; 4M7D C; 4BI3 A; 2X3X D; 4E2F B; 1UUE A; 3OS5 A; 2DNU A; 3NPF A; 3QPH A; 1NZ9 A; 1YJ9 A; 3VS0 A; 1KK7 A; 1RLQ C; 1N6A A; 1GRI A; 1PD0 A; 2L3R A; 3OW2 P; 3EFO B; 1NPR A; 1Q7Y U; 3BY7 A; 2EJG A; 3DLM A; 3JCM f; 1XOV A; 2E6Z A; 3OA6 A; 3I55 Q; 2DJQ A; 4V2S A; 1NYG A; 2JZ2 A; 1KIK A; 1QWE A; 1Q81 C; 4M7D F; 3A8L B; 2GTO A; 4OF1 A; 2CP0 A; 2PVO B; 3QO3 A; 3FJ5 A; 3QII A; 5ECA A; 1WYX A; 1M1K U; 3EFR A; 3CME Q; 2QQR A; 2JTE A; 3ZFJ A; 1AZE A; 3CCU A; 1G3Y A; 1IB8 A; 2QI2 A; 2LTO A; 5I22 A; 1NE8 A; 4GBQ A; 5CQY A; 2VXF A; 4PLI A; 4GLK A; 3V8J A; 3OYN A; 2HBW A; 3OYJ A; 5GAN 6; 3EAE A; 2DF6 A; 3CEY A; 2DD5 A; 3WXM B; 5GAO m; 3QJ6 A; 1ZBJ A; 2F2W A; 2RQR A; 3H41 A; 1VQ6 T; 2Z0W A; 3H8Z A; 2DMO A; 2KYM A; 2LJ3 A; 4C92 C; 5GMK l; 3JCM d; 4JRK A; 4N0A A; 3MKD A; 4BI4 A; 3LGL A; 1TUC A; 3A98 A; 1YIJ A; 1Q82 U; 2CP5 A; 3LWI A; 1PD1 A; 2EIF A; 3CCQ Q; 2K2V A; 2VC8 A; 1I1J A; 4KGV B; 4HT8 A; 2H3E B; 2KI7 A; 4EMK A; 1QW1 A; 5IN1 A; 2KMT A; 2LVM A; 4QKU A; 3VS4 A; 3CCJ A; 5GAN f; 4M7A A; 4TVR A; 1HK9 A; 5I11 A; 1C1A A; 4QVZ A; 1GBQ A; 4L6V 5; 4AMC A; 1QCN A; 1R0C B; 1ZSZ C; 2K57 A; 1X75 C; 3HRT A; 4C8Q B; 4DBH A; 5HKC A; 3L42 A; 4ELY C; 2LT1 A; 5IHK A; 1VYV A; 1VQP Q; 2JMA A; 2MPX C; 3GBQ A; 2PTK A; 3CCR A; 3LYI A; 3N5B B; 4JJC A; 3CMA A; 2OTL A; 4M7D E; 4CC3 A; 3URG A; 5A2Q E; 4C0F A; 4F7U F; 1WHL A; 3NMZ C; 1JJ2 P; 1NEB A; 3TVT A; 2CH4 W; 2O88 A; 4EPC A; 1FWZ A; 1SF9 A; 5GJW B; 3L2W A; 1X2Q A; 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1G5V A; 3ZL7 C; 1YJW T; 1YBY A; 2JXB A; 2CKK A; 1WHM A; 1AWO A; 1MMD A; 2DET A; 4CC2 A; 3OBW A; 3CC2 T; 3EH1 A; 2E12 A; 3HFO A; 1MMA A; 1UEC A; 3CC4 Q; 3OQ5 A; 4XTV A; 3RR6 A; 3CME A; 2BZY A; 2QQS A; 1QVF S; 3WVD B; 2YXY A; 2P0Q A; 3DB3 A; 2IPO B; 2EKO A; 2JT4 A; 3RES A; 2FPE A; 1MV0 B; 1PRM C; 1TG0 A; 4NOY A; 2NLU A; 4NS5 A; 2KVQ G; 5IHI A; 4B9X A; 4C92 D; 3JCM W; 3OW2 S; 4EMH A; 4QQD A; 2JM9 A; 3MCA B; 4BE1 A; 3I9Q A; 3OS2 A; 2J06 A; 2D9T A; 3PVQ A; 1SRL A; 1QMC A; 1NG2 A; 1VQK Q; 5GAO r; 2ZPE B; 2PVG B; 1WHK A; 4XTU A; 3CCQ A; 4ME7 A; 4PFZ A; 1EX4 A; 2KT8 A; 2RQU A; 4M7A B; 1ZBX A; 2E64 A; 3O8V A; 3UT1 A; 5GAM g; 2RHY A; 2CP6 A; 3HRU A; 3GF5 A; 3VUZ A; 4EMG A; 3O5Z A; 3PE0 A; 1D3B B; 4M7D G; 4Q5W A; 1BCM A; 5D6Y A; 1WXU A; 1K9A A; 4ZTF A; 1U1S A; 2FZK B; 4L59 A; 5IH2 A; 2HL5 C; 3VS5 A; 1YP5 A; 5GMK e; 5LJ5 j; 3JAM E; 3A8O B; 4AFZ C; 1TS9 A; 2E5K A; 1M8M A; 5KCO A; 2ZAE A; 1VQP A; 5GAN 3; 2FEI A; 1OPL A; 1RI9 A; 1WPY A; 1LVK A; 2VWF A; 1HYO A; 4HXJ A; 4IIO A; 5CKF A; 5FRM A; 3OS0 A; 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