The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
b'PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| publication title |
U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
16
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQP Q; 1N8R R; 1KD1 R; 3CCV Q; 1M1K R; 1KQS P; 3CCE Q; 1YI2 Q; 1NJI R; 1VQ9 Q; 1QVF P; 1VQM Q; 3CCQ Q; 3I55 Q; 1VQ4 Q; 1Q81 R; 3CCR Q; 3CME Q; 3CCL Q; 1K8A R; 1YJN Q; 3CMA Q; 1QVG P; 2QA4 Q; 3CPW P; 1JJ2 P; 1VQ5 Q; 1VQ6 Q; 2QEX Q; 3CC4 Q; 3CCU Q; 1W2B P; 1VQ8 Q; 1VQL Q; 3CCS Q; 1YIT Q; 1YIJ Q; 2OTL Q; 1VQN Q; 1K73 R; 1M90 R; 3OW2 P; 1Q82 R; 3G71 Q; 1Q86 R; 3G6E Q; 3CD6 Q; 3I56 Q; 1YHQ Q; 1VQ7 Q; 1VQK Q; 3CC7 Q; 3G4S Q; 1VQO Q; 1KC8 R; 3CC2 Q; 3CXC P; 1YJW Q; 1Q7Y R; 3CCM Q; 1K9M R; 3CCJ Q; 2OTJ Q; 1S72 Q; 1YJ9 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CKD A; 3N5B B; 4MZT A; 4ZGJ B; 2JJ9 A; 2CSI A; 2DD4 A; 3CEY A; 3VV0 A; 4V2S A; 3V8J A; 2V26 A; 2H3J A; 1PD0 A; 2YRV A; 3SB2 A; 1WHJ A; 3NTK A; 4OMP A; 2RI3 A; 4ME7 A; 1U1T A; 2GTJ A; 4HVU A; 1PD1 A; 2RF0 A; 1WZO A; 2Y4X A; 5GAN 7; 4PLI A; 1S72 A; 4E7I A; 4RCB A; 3E2U A; 1Y57 A; 4LDU A; 3NFC A; 2RMO A; 2RQR A; 4CI0 C; 2YT6 A; 2FRW A; 2QDL A; 1VIF A; 1BYM A; 1SPK A; 1SEM A; 4M7D B; 4XTV A; 1NYG A; 4J9D A; 1SSH A; 3JB9 D; 1KSW A; 1EZZ B; 4C92 E; 4M77 B; 5HK0 A; 4RTU A; 4M75 G; 3G6E T; 3CC7 Q; 1OOT A; 1VQ5 A; 1X2K A; 4M78 B; 4JLG A; 4M7A F; 1W2B A; 1UJY A; 2P4T A; 1JBM A; 3PVQ A; 2RHX A; 2DJQ A; 1VQO T; 2DX1 A; 5GAM e; 1QMC A; 3FJP A; 4BI8 B; 1G3T A; 2K5I A; 4RTX A; 2XG8 D; 3V8L A; 4JRI A; 2PVD B; 1KD1 U; 1AD5 A; 4FSX A; 4PK4 A; 2W0Z A; 4C92 C; 1TWB A; 1VQM T; 3CC4 A; 5GAN 5; 4PJO D; 4C8Q D; 3M4G A; 2DL3 A; 3L2W A; 2JM8 A; 3OYH A; 3A1P A; 4J7F A; 3CC7 T; 4QW2 A; 1NPR A; 1WQ7 A; 2DFU A; 1G3W A; 3G4S A; 2A08 A; 4KGZ B; 7AT1 B; 1WLP B; 1KG1 A; 1AHJ B; 1Q82 C; 3UAT A; 5LJ3 f; 1S72 T; 2M51 A; 2KDS A; 4OP0 A; 2CP0 A; 2OAU A; 2LJ3 A; 1XTD A; 3MHX A; 1KQS P; 5CO7 A; 3Q1J A; 3PIO A; 4X9C A; 4OMQ A; 2E4H A; 3J7A F; 3DB3 A; 3CCV A; 2KT1 A; 1K73 R; 3ZEH A; 2HL3 A; 2E64 A; 1IHW A; 4EPC A; 4CC2 A; 5GMK h; 2DRK A; 1WX6 A; 2LCS A; 3VS5 A; 2RNA A; 5IAY A; 1YHQ T; 1BB9 A; 1YN8 A; 3CD6 T; 3UDC A; 3VRZ A; 1ZSG A; 2RHZ A; 1Q95 G; 3CD6 A; 2NUZ A; 4FYV B; 1MHN A; 4PJJ A; 5AYF A; 5DY9 A; 2H3E B; 4XTX A; 4M78 A; 4ZTJ A; 2LC4 A; 5GAN e; 2C06 A; 4J7I A; 1SRL A; 3PNW C; 1GXI E; 1XJW B; 1QKW A; 3EG9 A; 3P8B B; 3OSS C; 1K1Z A; 1WHL A; 1SSF A; 4M75 D; 2NUT B; 4C8Q E; 5D6Y A; 1RL2 A; 4M77 A; 5IN1 A; 4F17 A; 1N5Z A; 1RLQ C; 5HY6 A; 3FDR A; 3X25 B; 3OYB A; 1VQN A; 2YHT A; 1YJN Q; 2LTO A; 2VUB A; 3TEE A; 1KC8 U; 2QQR A; 4KH1 B; 4M7D G; 2VAS A; 2M1H A; 4NL3 A; 3O8V A; 2YUP A; 3TCJ A; 3QXE B; 2DIQ A; 3L2V A; 2JNG A; 3V8K A; 2COZ A; 1LOJ A; 1IGQ A; 1H8K A; 4Z89 A; 1ZQ1 A; 4Y92 A; 1K8A C; 1M2V B; 4EMK B; 2KVQ G; 3DLM A; 3RMS A; 3ASK A; 1FMV A; 2XDB A; 2K2V A; 2DIL A; 4JRP A; 1M3C A; 2CT4 A; 3WVE B; 3CXC A; 3PT9 A; 2L5Q A; 3URG A; 2RJE A; 1KHI A; 1VQ5 T; 2LDM A; 3CCM T; 1WNL A; 4ZN1 A; 2P0Q A; 2P0K A; 1NZ9 A; 1JJ2 S; 2O88 A; 2DRM A; 1NPP A; 1VYT A; 2BE7 D; 2ZPI B; 1RAA B; 4OML A; 2JM9 A; 1PRL C; 3DKM A; 4LD9 K; 1OPL A; 4EMH A; 4IUP A; 1OUL A; 3G71 A; 1UDL A; 2CH4 A; 1RAG B; 3M57 A; 3CCR T; 2LT4 A; 3A5Z B; 3DB4 A; 3G71 T; 1HJD A; 3REA B; 1V1C A; 5LJ5 e; 1T0H A; 1ZBX A; 2ECZ A; 3EG0 A; 1IRX A; 1PKT A; 1U8R A; 2AT1 B; 1EX4 A; 2F2X A; 5GMK j; 3SEM A; 4M75 C; 4L5G A; 2IPO B; 1S72 Q; 5KYW B; 1RAF B; 1VQ7 A; 4C8Q A; 4J9H A; 5GMK i; 4B6M A; 2DVJ A; 3OYY A; 2CZ6 B; 2HMA A; 5GJV B; 3VS7 A; 3QBY A; 2SEM A; 1IO6 A; 1M2V A; 4EMK A; 1VQ7 T; 1JB0 E; 3A8H B; 1Q7Y U; 4A63 B; 4DBH A; 3BDU A; 4NL2 A; 1YWO A; 4J9C A; 3CCQ T; 1M30 A; 3GOX A; 2V1Q A; 1QP3 A; 2EFI A; 2DAQ A; 1U3O A; 2J6O A; 4BUG A; 4ELY C; 1G5V A; 1GCQ C; 1QVG S; 3CCV Q; 1SF9 A; 3L2Z A; 3CC2 A; 2X9H A; 3M0Q A; 4Q5W A; 3CME Q; 2RPN A; 2K79 A; 4XQ3 A; 5LJ5 h; 4KRT A; 3I56 T; 2H8H A; 1PC0 A; 4M77 E; 3G7Z A; 4N0A C; 3MEU A; 2BUD A; 3EFO A; 5GAM j; 5KYY A; 4IUR A; 3CXC P; 4WF2 A; 3JB9 J; 1Y07 A; 3L2Q A; 5I21 A; 2XU8 A; 3AHU A; 4C8Q F; 4KGX B; 2XMF A; 3HHT B; 2KSS A; 3CXC S; 4Z88 A; 2L8D A; 2LX7 A; 2LQN A; 2RK1 A; 2XD0 A; 2E5K A; 2X3W D; 2QGF B; 2RN8 A; 5IXF A; 1JQQ A; 3TSW A; 2XDD A; 2M16 A; 4FYY B; 4XTW A; 2L0A A; 5HCK A; 4E47 A; 1D1B A; 1VQL A; 1NM7 A; 4M77 C; 2V8J A; 1YJW A; 2CZ1 B; 2K2M A; 4PJL A; 2GF7 A; 2QG9 B; 2FYK A; 2ZPH B; 2YUQ A; 3EGD A; 5EC7 A; 3A8G B; 3BDL A; 1VQO Q; 4AG2 C; 5CKB A; 5KCO A; 3R6O A; 2RQV A; 3LWH A; 2CSQ A; 2P0P A; 2DMO A; 2AZV A; 1C6V X; 2AHJ B; 1B34 B; 1YJ9 T; 4JJC A; 1HSQ A; 2LCC A; 4C0D C; 4II1 A; 1YIJ A; 5KE3 A; 5GAM d; 3S3M A; 3EH1 A; 1PSE A; 2HBP A; 1YFN A; 3L2U A; 2IIM A; 3ER0 A; 3NPF A; 1TH7 A; 5GAO n; 2R58 A; 1IRE B; 4OB3 B; 1KQ1 A; 4C5H A; 5FLX E; 1B3Q A; 2RJD A; 2D0N A; 3MEV A; 3QYH B; 1VOM A; 3X24 B; 2XK0 A; 1BK2 A; 4DBF A; 1U1S A; 5GMK m; 2Z0W A; 1AWJ A; 1M5Q 1; 1GCP A; 1KQ2 A; 3EFR A; 4M75 E; 3C95 A; 1VYV A; 4J9F A; 4F16 A; 2QEX Q; 4JZ3 A; 1AWX A; 3C4S A; 5LJ3 h; 5CCA A; 3CPW A; 3CC4 T; 1M3A A; 1M3B A; 3UT1 A; 3OYC A; 1I07 A; 5FU6 C; 1YP5 A; 1QLY A; 5L8R E; 3JCM f; 1VQP Q; 3QYG B; 2DF6 A; 3VKI A; 3QWY A; 4X34 A; 2LX9 A; 3V7R A; 3RUX A; 4WCI A; 5GAN 4; 2ESW A; 3CQT A; 2MCN A; 3EHQ A; 3MP6 A; 2VGN A; 5FWC A; 1BKB A; 2DTH A; 2VC8 A; 4BB7 A; 2PU9 B; 1SHG A; 1ZUY A; 3TSZ A; 1LPL A; 1ZA1 B; 1VQ9 T; 4FT2 A; 2LZ6 B; 4R0K A; 1EIF A; 4X1V A; 3FRN A; 1M8V A; 2RK2 A; 2F69 A; 2G6F X; 3CCV T; 3G6E A; 4XAX B; 4BE0 A; 4PJO A; 1E7O A; 3X26 B; 1X2Q A; 2R5M A; 2K5L A; 3CCS T; 2HNI A; 2X4X A; 1X43 A; 2XDP A; 5GAM h; 2HL5 C; 1V29 B; 1G8X A; 4PFO A; 2X4Y A; 4BY6 B; 1QVF P; 1VQM Q; 2FZK B; 2Y90 A; 5A0L A; 2EKH A; 4GLK A; 4IIO A; 4C92 B; 3ZL7 C; 4PJO E; 5FU7 C; 2E65 A; 1VQ6 Q; 3VS6 A; 4PJM A; 1YIT Q; 2LQ8 A; 3M55 A; 3OSV A; 1QKX A; 2KE9 A; 5CKH A; 5D7U A; 4IUT A; 3EGD B; 1D1A A; 4BAC A; 3SWN A; 3G4S Q; 4Z8A A; 5A0G A; 1NBE B; 4EMG A; 1LVK A; 4A4G A; 1OV3 A; 5GAN f; 1ZSZ B; 4DOV A; 4J9B A; 6AT1 B; 2GQV A; 4ORZ A; 5GAN 6; 3QDR B; 5GAM g; 2PTK A; 2ZZD A; 4RTT A; 5AT1 B; 5GJW B; 3CCJ Q; 1VQ8 A; 4JRK A; 3QKJ A; 1JU5 C; 2GNC A; 2QTX A; 2RB6 A; 5CIU A; 2O31 A; 3WVD B; 4QT7 A; 2EYY A; 1K8A R; 3CMA Q; 2JN0 A; 1WXB A; 3O5Z A; 4TVR A; 4X9D A; 4J6Y A; 4F7U F; 2D1X A; 2DD5 A; 2KXC A; 5A0D A; 1KHC A; 1NEG A; 3DLL A; 4O5V A; 1WI7 A; 4QVC A; 1ACM B; 2YSQ A; 2JTF A; 2EJG A; 2MWO A; 1VQ6 A; 3E1S A; 1M1K C; 1GBR A; 4BY6 C; 2KQW A; 1KD1 R; 2DYB A; 1VQO A; 3H0H A; 2LNH B; 4N4G A; 3S3O A; 4YTL A; 2OI3 A; 3QJY A; 4C5I A; 3QSU A; 2KRM A; 1WDX A; 2E1H A; 4JJD A; 2RD1 A; 3MKD A; 2QEX T; 2F5T X; 5CKE A; 1YJN A; 1RAE B; 4RG2 A; 3LLR A; 3M0P A; 1ZX6 A; 2DPP B; 3CPW P; 4QVD A; 2QAZ A; 5KCH A; 3FEO A; 3JB9 F; 4KUI A; 2X3X D; 4Y91 A; 4HT8 A; 3A8L B; 3TU4 K; 1N9S A; 1BBZ A; 1NEB A; 1K9M U; 2B8A A; 3JCM X; 3L42 A; 1PHT A; 3OS0 A; 2MPX C; 2QXF A; 1LJO A; 3OB9 A; 1ZLM A; 3OBY A; 4HCK A; 5IXB A; 1Z9Z A; 5KYY B; 1H64 1; 4M7D E; 2KMT A; 4M7A D; 2QQS A; 1WXT A; 2EYQ A; 2M9U A; 1PCX A; 1UG1 A; 2NWM A; 4J9G A; 5LJ5 j; 5KE2 A; 2QA4 T; 1Q82 U; 2K3X A; 2DL5 A; 1X6G A; 4C0F A; 2JUF A; 1M1G A; 3G71 Q; 1WGS A; 2BKD N; 3LYI A; 1KC8 C; 3CC2 Q; 4O6J A; 1U5S A; 1WQW A; 3CCQ A; 1D0Y A; 4PLL A; 1K0X A; 1D1C A; 4C92 D; 4BE2 A; 2EIF A; 1ABQ A; 3ZFJ A; 3UA7 A; 1VQ4 T; 3CC2 T; 4LXC A; 1J3T A; 2VGM A; 2YXY A; 3CCL A; 1KC8 R; 2CDT A; 2EQJ A; 4AG1 C; 4R56 A; 5FW9 A; 4M7A B; 4A4K A; 5GAO m; 1C1A A; 3SWN C; 1KQS A; 3UPU A; 1I1J A; 3KUF A; 2A7Y A; 3VS0 A; 4PFP A; 2HQH A; 5GAO q; 1IXD A; 1UEB A; 2CP2 A; 3MP1 A; 4GLM A; 4XTZ A; 4CRI A; 3CCU Q; 3MO8 A; 3PIP A; 4J83 A; 5IHK A; 1R8O B; 1MMD A; 2LJ1 A; 4MDX A; 2EJ9 A; 2ZPG B; 3C0C A; 3JCM d; 1YCY A; 3EG3 A; 3QDF A; 2OX7 A; 2VV5 A; 2GBQ A; 1E6H A; 1HK9 A; 1WIE A; 1QWE A; 2E5Q A; 3SWN B; 3CCU T; 1ZUK A; 2KRO A; 4CC3 A; 3UWN A; 5GAN d; 4BI4 A; 2NUP B; 2JZ2 A; 1NLO C; 2PUO B; 5GAO l; 1WJQ A; 2LCL A; 1FYN A; 3OYK A; 1K76 A; 1P92 A; 3FIF A; 4JS4 A; 4HCB A; 2CP6 A; 1VQ7 Q; 1WHK A; 1MNE A; 4LDW A; 4DBQ A; 2JMA A; 4DA4 A; 1MGQ A; 1QWF A; 2CZ7 B; 2VWF A; 1AT1 B; 1G3S A; 4QKU A; 1SHF A; 1YHQ A; 4R55 A; 3JCM J; 2OTL A; 2DL7 A; 1OQK A; 2L3R A; 1WHH A; 4M75 B; 1JJ2 P; 1OX9 A; 4C8Q C; 1WHG A; 2KBT A; 1KD1 C; 3QZ9 B; 4FW1 A; 2C0I A; 2DXC A; 4C0G A; 3P8D A; 3HKS A; 2KI7 A; 2DM1 A; 3LW5 E; 2R5A A; 4BI3 A; 4UC4 A; 3H9N A; 4M7A C; 4AMC A; 4RTV A; 1PWT A; 2DTI A; 4B9W A; 4DEY A; 2WSF E; 2K57 A; 3X28 B; 1OI1 A; 2VXE A; 1JXM A; 4LDV A; 3LX7 A; 2EYZ A; 1RLP C; 1UHF A; 4M78 G; 3OBW A; 1AWW A; 2JXB A; 2RHY A; 2O9S A; 3OS1 A; 1UE9 A; 3EG9 B; 1YJW T; 2KAF A; 2E10 A; 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2XIC A; 3I56 Q; 1TTH B; 5L23 A; 4C5E A; 4N4I A; 1IHV A; 5CR2 A; 2AIR B; 4BE1 A; 2FO0 A; 2DBK A; 4HVW A; 2C0O A; 1M1K U; 3EGU A; 4E7L A; 4LN2 A; 1YCS B; 4F7U B; 2J6F A; 4OMM A; 1WJS A; 2QQ9 A; 2J05 A; 4J9E A; 2HKQ B; 2OTJ T; 2EW3 A; 3FLG A; 4KBM B; 2RO0 A; 4M75 A; 2RJC A; 3QZ5 B; 4DEX A; 4PL6 A; 5I11 A; 3J81 E; 2YRD A; 1CSK A; 4E7J A; 3RBB B; 2PUK B; 2R57 A; 4M7A A; 5I2S A; 2KEA A; 1AOJ A; 2YWW A; 4B9X A; 1VQ8 Q; 1JEG A; 3BY7 A; 2OTL Q; 2ROT A; 2FZG B; 2HSP A; 2J6K A; 3OYI A; 1QVF S; 1X01 A; 2D8H A; 3EFO B; 2K5F A; 3CCQ Q; 1KIK A; 2F5K A; 1VQP A; 4AFS C; 3RER A; 3I55 T; 4WTO B; 1G3Y A; 3OS5 A; 3KBG A; 4ZTF A; 1Q86 U; 3BW1 A; 4KH0 B; 1M9S A; 1Q7Y C; 2PZ1 A; 2IVW A; 2ZGW A; 2YUN A; 1N8R R; 2CKK A; 2MI6 A; 2KR3 A; 3JCM Q; 4M4Z A; 2DZC A; 4JPB W; 1OPK A; 4BDY A; 1GFC A; 2FEI A; 4M7A G; 4L6V 5; 3OYF A; 4P5N A; 1N6A A; 1XOV A; 1YJ9 A; 3V7S A; 3HP9 A; 4J9I A; 4XU0 A; 1Q86 R; 1BI1 A; 1NLP C; 2A36 A; 2J7I A; 4NOY A; 1TG0 A; 4OB0 B; 1O75 A; 3VS1 A; 1N8R U; 5GAN 2; 3CCE T; 3THK A; 3RMQ A; 1H3H A; 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