The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| publication title |
U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
16
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JJ2 P; 3CD6 Q; 2QA4 Q; 1M1K R; 1VQP Q; 1M90 R; 3CCU Q; 1QVG P; 3CCE Q; 3G71 Q; 1YJN Q; 3OW2 P; 1Q86 R; 1NJI R; 1Q7Y R; 1Q82 R; 1VQN Q; 3CCM Q; 3I55 Q; 2QEX Q; 3CXC P; 1YIT Q; 1KQS P; 1VQK Q; 1VQ6 Q; 3CME Q; 1VQM Q; 1K9M R; 1YIJ Q; 2OTJ Q; 1Q81 R; 3CMA Q; 3CCL Q; 3CPW P; 1K73 R; 1N8R R; 3G6E Q; 1S72 Q; 1VQL Q; 3I56 Q; 1VQ4 Q; 3CCS Q; 1YJ9 Q; 3CCJ Q; 1VQ5 Q; 1KD1 R; 1VQO Q; 2OTL Q; 3CC2 Q; 1K8A R; 3CCV Q; 3CCQ Q; 1VQ7 Q; 1KC8 R; 1YI2 Q; 1W2B P; 3G4S Q; 3CC4 Q; 3CCR Q; 1YJW Q; 3CC7 Q; 1QVF P; 1VQ8 Q; 1VQ9 Q; 1YHQ Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CD6 Q; 2RO0 A; 1QQJ A; 1RUW A; 4QT7 A; 2VV5 A; 2RHX A; 1VQ8 T; 4XAX B; 5KYW A; 4JRK A; 5L23 A; 1K8A R; 1M1K U; 3X28 B; 4C92 B; 2RJF A; 3M0P A; 4ZTF A; 1M2V B; 1SF9 A; 5GAO m; 2DF6 A; 3EGD B; 2V26 A; 1F1B B; 3JCM P; 1G83 A; 1VQM Q; 2LQ8 A; 2QK0 A; 4TVR A; 3OS1 A; 2PQW A; 3M54 A; 1YCY A; 4J7I A; 3A8G B; 1I1J A; 2ED0 A; 2D0N A; 2EQI A; 2MK5 A; 2X3X D; 4Y28 E; 1ZBX A; 4XU2 A; 3VYG A; 4C0D C; 1RAA B; 1OU9 A; 3G4S T; 2AKK A; 2EW3 A; 1K8A U; 2X4Y A; 4M7A B; 4F14 A; 4DEX A; 2FG0 A; 5GAN 6; 4OMP A; 1M8M A; 4QVD A; 3OW2 S; 1M3A A; 5CIU A; 1KQS S; 3VUB A; 4EMK A; 1Q7Y U; 1WQW A; 2ATC B; 3A8H B; 1BCO A; 1W2B A; 1YIT Q; 3EGX B; 2EQU A; 4CC4 B; 3UDC A; 1Q86 C; 3CCM A; 1VQ9 T; 3QII A; 5D6Y A; 4LDU A; 1K4U S; 2FL7 A; 2DZ9 A; 2HSP A; 1KJW A; 4RCC A; 2KYM A; 2FPD A; 3E9F A; 4L6V 5; 4J9E A; 1XNI A; 3CCL T; 3LGL A; 1VQO T; 3P8B B; 2Z0W A; 5LL6 S; 4FM4 B; 2VAS A; 3TSW A; 3I5S A; 1WA7 A; 4PFP A; 3A98 A; 3EG9 A; 1YP5 A; 2A7Y A; 3BDL A; 4JUV A; 2LC4 A; 1TG0 A; 3KUF A; 2G6F X; 3HHT B; 3CCR Q; 4O5V A; 4OMF B; 2JT4 A; 4RTT A; 4KH0 B; 3CC4 A; 1I07 A; 4GLK A; 4XTU A; 4BAC A; 4J9G A; 4M7D E; 3QZ5 B; 1KHC A; 2K2V A; 3M56 A; 1FMK A; 2JZ2 A; 1PHT A; 1S72 Q; 2E5Q A; 4A53 A; 1WHK A; 2BZ8 A; 4A63 B; 2FPF A; 2DD4 A; 5FU7 B; 4J6W A; 2QAZ A; 3EG2 A; 1X01 A; 1GBR A; 2OX7 A; 2JOY A; 2DKG A; 4WF2 A; 1U06 A; 2O2O A; 1VQ5 T; 3QZ9 B; 3CC2 T; 2QGG A; 4FSS A; 1WXT A; 2KRO A; 3SEM A; 1B34 B; 3VV0 A; 5DLO A; 3EAE A; 2XHC A; 1B7T A; 1K9M R; 1U1T A; 3A8L B; 1QVF A; 1SEM A; 2OAW A; 5GAN g; 1YIJ A; 4IUU A; 4BD3 A; 1AWJ A; 3OA6 A; 1VQ6 T; 1CKA A; 1ABO A; 5A0G A; 3CXC A; 4M7D D; 1WHG A; 1BIA A; 8ATC B; 2E41 A; 1WIE A; 4PJO B; 4XTZ A; 4FIB A; 5GAN f; 4AT1 B; 2DXU A; 3GNF B; 1N9R A; 1VQM A; 3G6E Q; 1K73 C; 1GCQ C; 4KUL A; 4JJD A; 5HK3 A; 1KD1 C; 1JQQ A; 3O5Z A; 3EFS A; 2FZG B; 1I81 A; 1N5Z A; 2GNC A; 2KMT A; 2NUP A; 3G7Z A; 3HRT A; 3JCM d; 3VRZ A; 2K57 A; 2K5I A; 4Y91 A; 2DXC A; 4DEY A; 5M9O A; 2YWW A; 4Z8A A; 4E7L A; 1Q81 C; 5D6W A; 1V29 B; 3CCQ Q; 2ROT A; 3C94 A; 1X6G A; 4XTX A; 5FU7 C; 2M9U A; 3OYL A; 1WI7 A; 2K6D A; 2DER A; 1M30 A; 3JCM b; 3EH2 A; 4F04 B; 4JRI A; 3PT9 A; 1VQ8 A; 4M78 C; 3CCE Q; 5CKE A; 4NOY A; 2O31 A; 1NG2 A; 3SB2 A; 4FYV B; 4D6W A; 1K0X A; 3H0H A; 1YIT A; 4M77 B; 4LXC A; 4PNO A; 3LGF A; 4RMO A; 4J83 A; 1SHF A; 3X25 B; 2AIR B; 1SG5 A; 2QA4 Q; 3OYY A; 3EG3 A; 2W0Z A; 1XOV A; 4PJO C; 3UWN A; 1ZX6 A; 4OVA A; 2KK4 A; 2NUT A; 5KYU B; 1AEY A; 1QW1 A; 1Y07 A; 1TU0 B; 4KRT A; 2RHU A; 1G8X A; 3J7A F; 2BE7 D; 4C0F A; 3GNG A; 2KDS A; 4JPB W; 4PLL A; 4JRQ A; 3G4S A; 3CCR A; 3FEO A; 1VA7 A; 2GF7 A; 3E19 A; 4K11 A; 1UJY A; 4HVW A; 5I22 A; 3L2V A; 2K5L A; 3L2Q A; 3OYH A; 4BUG A; 2EVR A; 2J6F A; 2JUF A; 3ER0 A; 2KY9 A; 1VQP T; 1OZ2 A; 1JJ2 A; 4M78 E; 2GTJ A; 5GAO n; 1RAI B; 4ZGE B; 3OYB A; 2AZV A; 2F69 A; 1IZ6 A; 1MHN A; 1CKB A; 2CKK A; 1RAD B; 1KG1 A; 2VYT A; 2DEU A; 4C92 F; 3ZL7 C; 1NE8 A; 1FWZ A; 2M1H A; 1VQ9 A; 1YJN Q; 2BTT A; 1X43 A; 2LZ6 B; 1WHJ A; 2RF0 A; 3F70 A; 1U5S A; 3RIR A; 1OEB A; 1G3S A; 1OV3 A; 2J05 A; 4PJO E; 3OSV A; 1VQL Q; 3CCL A; 2I0N A; 2JS2 A; 3LH5 A; 3A8M B; 1VQO A; 1AZG B; 1YJW Q; 3M4Y A; 3M53 A; 1GXI E; 4M7D G; 2KQW A; 4A54 A; 4AG2 C; 4KGV B; 2CZ6 B; 4Z89 A; 1U8R A; 2L3S A; 4BDZ A; 3M0U A; 3VS4 A; 2JNG A; 3RUX A; 2RI3 A; 3G6E A; 4M7A F; 4J9H A; 2DTH A; 2OTL A; 5L8R E; 3LWH A; 1YWO A; 3JB9 D; 3SWN B; 1QCN A; 1K1Z A; 2ROL A; 3S3N A; 3I35 A; 2DYI A; 4J9F A; 1PD0 A; 3G71 Q; 2DTO A; 1BI1 A; 4MMK A; 3I55 A; 1H64 1; 4HCK A; 4FW2 A; 1TSF A; 4BY6 C; 4ME7 A; 5GAO q; 1H3Z A; 5CCA A; 4LUE A; 1QVG S; 1VQ5 A; 2X4W A; 1B07 A; 3CCQ A; 1KC8 C; 3VS0 A; 2HZY A; 3IQL A; 2EAY A; 2RHY A; 3DLM A; 5J39 A; 4JS5 A; 1WJS A; 3A1P A; 3EGD A; 1N27 A; 3TQ7 P; 3V7R A; 4FYY B; 4E7J A; 2ZPF B; 2NWM A; 5CAI A; 1AWX A; 4KT0 E; 2CT3 A; 3QDF A; 3DB4 A; 2A37 A; 3OYJ A; 3SDZ A; 5KYX B; 3JAM E; 3CCM T; 2XDB A; 3CC7 Q; 3T9N A; 3JCM f; 2KE9 A; 4NL3 A; 2YLB A; 2L0A A; 4XK8 E; 3OMC A; 2R58 A; 1WJQ A; 4ZN3 A; 2QA4 A; 2RQU A; 4QVZ A; 2CH4 W; 2EGC A; 1ZSG A; 1ABQ A; 2K3Y A; 2QEX A; 2QQ9 A; 5GAM e; 2RK2 A; 3DKM A; 3NMZ C; 2RK1 A; 4ZNX A; 3JCM h; 1BK2 A; 3SWN C; 1M9S A; 2CP3 A; 1GL5 A; 3JB9 I; 1QVG P; 1QCO A; 4RTV A; 2HQX A; 2YUP A; 1UG1 A; 3GF5 A; 3CC4 T; 2HKN A; 4OF1 A; 3EGX A; 5AYF A; 1NBE B; 2E65 A; 2NYS A; 4RTX A; 3QWY A; 4QKU A; 1PCX A; 7AT1 B; 2KGT A; 1R0B G; 2EQJ A; 3CCS A; 2YRD A; 2BE9 B; 3HTR A; 3INZ A; 1JU5 C; 2OTJ T; 4ELZ C; 2KVQ G; 4FYX B; 2DRM A; 3OSS C; 4HXJ A; 2DJQ A; 2MPX C; 3EGU A; 3E9G A; 1VQN Q; 4E2F B; 1Y7X A; 4FT4 A; 4XQ3 A; 2KRN A; 2HKQ B; 4GBQ A; 5LJ3 e; 1MMG A; 3MP6 A; 1LOJ A; 1GCQ A; 1VQL A; 1YI2 Q; 3RKW A; 3MEV A; 2RI2 A; 1BBZ A; 3A8O B; 4Y92 A; 2RMO A; 3PGG A; 2M0Y A; 1Q86 U; 1SSF A; 1M3B A; 3A5Z B; 1B3Q A; 3JCM c; 1XTD A; 2JXB A; 5EC7 A; 3QSU A; 2HBP A; 2X9H A; 5LJ5 e; 2E5K A; 2P84 A; 2KAF A; 2SEM A; 3JCM V; 5GMK i; 1ZUY A; 1NYG A; 3U23 A; 2A08 A; 4M78 G; 1RLP C; 4DBR A; 3MO8 A; 1UE9 A; 2MMP A; 2FEI A; 5CQX A; 1VYT A; 3X20 B; 2CT4 A; 2F5T X; 1VQM T; 1RAH B; 5AT1 B; 4E7H A; 1GRI A; 4ZTJ A; 2COZ A; 3JB9 G; 2IG0 A; 4M78 A; 3GBQ A; 3Q1J A; 1UDL A; 1EFN A; 2FYK A; 2DRK A; 4JZ4 A; 1WHM A; 5GAN 5; 1B34 A; 2CYZ B; 4X9C A; 5A0D A; 2NLU A; 4PJO G; 1X6O A; 1MMD A; 1VQ4 Q; 5KCO A; 5GAN d; 4M77 F; 1OUL A; 4A4H A; 1PD1 A; 1JRI A; 2KBT A; 4F7U B; 2F2W A; 4II1 A; 5CKF A; 3EG1 A; 1MUZ A; 1W4S A; 3I9Q A; 4PJO A; 4CC3 A; 1MND A; 2JTE A; 2DEQ A; 1VQK Q; 4ORZ A; 3CME Q; 1UGS B; 1K73 R; 3ASK A; 3VYH B; 3OYG A; 2QI2 A; 1KD1 R; 3VRY A; 3MKD A; 4JRP A; 1P92 A; 1YIT T; 1X2K A; 2FHD A; 2AT1 B; 2LJ3 A; 3DB3 A; 3CC7 A; 1W1F A; 4F17 A; 5CO7 A; 1WXU A; 4DQ2 A; 1VIF A; 1EIF A; 2KT8 A; 2LJ1 A; 3EG0 A; 4A4K A; 2OI3 A; 3QUI A; 2CP6 A; 1Q81 R; 3BW1 A; 2B8A A; 1W6X A; 2AK5 A; 4OB3 B; 1NPR A; 3M0R A; 2X3W D; 3UT1 A; 5CR2 A; 2EBP A; 1YJ9 A; 1IGQ A; 2WSE E; 1QLY A; 4XU0 A; 1RI9 A; 2D8H A; 2LRQ A; 1VUB A; 1KSW A; 1K73 U; 3D7S B; 5KYY B; 3ZFJ A; 1HK9 A; 1K9A A; 3OBY A; 2DFU A; 2HEQ A; 3QG1 A; 3NGP A; 3CCR T; 1D3B B; 1W2B S; 1KD1 U; 3TVT A; 3E1S A; 2CZ0 B; 2E64 A; 4J9D A; 1TUG B; 3CEY A; 2DIL A; 3JB9 H; 1D0X A; 2WSF E; 2H8H A; 3H0I A; 3MEA A; 1E7O A; 3OS0 A; 2L5Q A; 2LCS A; 4XTW A; 2GFU A; 2EYY A; 4M75 B; 1Y96 B; 1S72 T; 4LUD A; 4X9D A; 4E7K A; 5GAM g; 1M90 C; 5KYU A; 2HSE B; 1VQN A; 4JJN K; 4DOW A; 1UB4 A; 3AHU A; 1RI0 A; 2LNV A; 3M4G A; 5ECA A; 4C92 C; 4OB0 B; 4WCI A; 3I5R A; 1UGV A; 2QXF A; 4HA8 A; 4MML A; 2AKL A; 3JCM X; 1LJO A; 3QPH A; 5I21 A; 1IHV A; 4IUV A; 2BZY A; 3WVE B; 1T3L A; 4C8Q B; 3MPU B; 4PKC C; 4FU6 A; 3OYD A; 4CC2 A; 2K3B A; 1JXM A; 1VQ7 Q; 1GCP A; 3EHQ A; 1R8O B; 4RTY A; 2K2M A; 3PIO A; 2DPP B; 4RTU A; 1YHQ Q; 2C0T A; 4PFZ A; 2KXD A; 3G6E T; 5I2M A; 3FB9 A; 5LJ3 g; 3RMS A; 2OTL T; 3OW2 P; 1OQK A; 1KQS P; 2A36 A; 4HCC A; 1EX4 A; 2RQT A; 1BU1 A; 4M7A C; 1WDX A; 1QVF S; 1X75 C; 3MP1 A; 2OTJ A; 3M0S A; 3TEE A; 3UA7 A; 3VS7 A; 1QKX A; 1MV0 B; 5LJ5 g; 3OYA A; 3I55 T; 4L59 A; 1MGQ A; 2VC8 A; 4M75 C; 3CXC S; 4JLG A; 3E2U A; 3CD6 A; 4PJN A; 3ULR B; 2COW A; 3CCQ T; 1BIB A; 4ZGD B; 2XID A; 4C92 E; 2CH4 A; 2HAX A; 3O8V A; 1VQK A; 1GFD A; 2K7A A; 3JRZ A; 2DNU A; 2EIF A; 3QJ6 A; 3SWN A; 2XD0 A; 2EJG A; 1AHJ B; 2C0O A; 4C5E A; 5GMK e; 4C8Q C; 2QA4 T; 5HY6 A; 2LT4 A; 4LD9 K; 1K76 A; 4UC4 A; 1KC8 R; 2QEX T; 3PFS A; 4M7A E; 3JV3 A; 1Q95 G; 3VS5 A; 2W10 A; 5GAN h; 4C92 D; 2J7I A; 5GAO l; 4HVV A; 1K9M U; 4FT2 A; 1BI3 A; 2WSC E; 1NJI C; 5KYW B; 5IT9 E; 3CMA Q; 3OYN A; 4XTY A; 2KNB B; 4PFO A; 1BI2 A; 3RKY A; 4XU3 A; 4IKF A; 4CI0 C; 2ZPI B; 2QDY B; 5KYX A; 2DET A; 5GMK m; 3HFO A; 1UGP B; 1LCK A; 1PRM C; 2LTO A; 2O9S A; 5IHK A; 3M59 A; 4KGZ B; 1TH7 A; 4HKE A; 1ACM B; 2E12 A; 4LE9 A; 4AFQ C; 2Y90 A; 3CCS T; 2CUD A; 3FLG A; 1SRL A; 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1ZUU A; 2DX1 A; 5FWC A; 3LYI A; 2E3H A; 1I4K 1; 2BUD A; 4Z88 A; 1AT1 B; 3FJP A; 1NPP A; 3CPW S; 1YJ9 T; 3X26 B; 4C92 G; 4M75 F; 1PSE A; 2MOX A; 2NUZ A; 2CZ7 B; 2P0Q A; 2EGE A; 2XU8 A; 1ZBJ A; 4PJO D; 1S1N A; 3PIP A; 1FXX A; 2ECZ A; 3CMA A; 5C6S A; 3NTI A; 1KK7 A; 4B9W A; 5IN1 A; 2D0Q B; 2L2P A; 1C0M A; 4J6X A; 3FDR A; 3RR6 A; 4C92 A; 2LVM A; 2VGN A; 2L3Q A; 1UHF A; 3HFN A; 4M77 E; 5J26 A; 1MV3 A; 2L3R A; 1M2V A; 2YT6 A; 3P8H A; 1AD5 A; 1TUD A; 2A3L A; 3KBG A; 2PUK B; 4Q5W A; 2DLP A; 3CCE A; 2KEA A; 2LNH B; 2L89 A; 4J7F A; 5IH2 A; 1JEG A; 2QAS A; 1BCM A; 1WGS A; 3V7C A; 1OX8 A; 3PVL A; 1RAB B; 2QGF B; 3NPF A; 4C8Q F; 3LW5 E; 1VQN T; 5KYN A; 4N4G A; 1I5O B; 4M7A G; 3S3O A; 2MI6 A; 2XMF A; 4VUB A; 4J8O A; 2RQW A; 1E6H A; 2NUP B; 5D7U A; 3CCU A; 4RTW A; 1YI2 T; 4J9C A; 1ZQ1 A; 4AFS C; 3HPW A; 4E47 A; 1ZA2 B; 5FRN A; 3PMI A; 3CPW P; 1YNZ A; 4M7A A; 3QDR B; 2MYS A; 4XU1 A; 4LDY A; 1QVG A; 2FB7 A; 1NEG A; 1UJ0 A; 2RN8 A; 3V8L A; 3GLX A; 4M77 D; 2D8J A; 4C0Z A; 1HJD A; 1FMW A; 3G1J A; 1O9S A; 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