The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| total genus |
16
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1S72 Q; 1W2B P; 1VQ7 Q; 1YJ9 Q; 1K73 R; 3CMA Q; 1Q86 R; 3CPW P; 1QVF P; 1YIJ Q; 1VQ9 Q; 3CC7 Q; 3CCU Q; 1K8A R; 1KC8 R; 3CCJ Q; 1N8R R; 3CME Q; 1Q82 R; 1M90 R; 1VQ5 Q; 1JJ2 P; 3CCR Q; 1VQK Q; 1VQO Q; 1YJW Q; 2OTJ Q; 3CCS Q; 3CCV Q; 3CCM Q; 2OTL Q; 3CXC P; 1VQ6 Q; 1YJN Q; 1YHQ Q; 1YIT Q; 3I55 Q; 1Q81 R; 1QVG P; 3I56 Q; 1VQP Q; 1VQL Q; 1YI2 Q; 3CC4 Q; 1VQN Q; 2QA4 Q; 1KQS P; 3CCL Q; 3G71 Q; 1NJI R; 1Q7Y R; 3G6E Q; 1K9M R; 1KD1 R; 3G4S Q; 3CCE Q; 3OW2 P; 1VQ8 Q; 1VQM Q; 1VQ4 Q; 2QEX Q; 3CC2 Q; 1M1K R; 3CCQ Q; 3CD6 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IO6 A; 2RJD A; 3JCM W; 1C6V X; 4X1V A; 4IUQ A; 3OYC A; 3A8G B; 4OB1 B; 3S3M A; 2GTO A; 1VQK A; 5IN1 A; 5KE2 A; 2OI3 A; 3UDC A; 1K9M C; 3VRY A; 2ECZ A; 4B9W A; 1ZSZ C; 2BZY A; 3V7C A; 3ER0 A; 6AT1 B; 3NMZ C; 2EQU A; 1K4U S; 1ZUU A; 2EQM A; 3HRT A; 4C92 D; 3VV0 A; 2IVW A; 2RPN A; 1TG0 A; 2QQR A; 4M78 D; 3CC4 T; 1YJ9 A; 3T9N A; 5M9O A; 1T3S A; 2LC4 A; 3QWY A; 2LDM A; 3ZBD A; 1NPP A; 3EGD A; 4C0Z A; 2HDA A; 3MP6 A; 2L8D A; 3OW2 P; 1Y07 A; 2JN0 A; 2CS7 A; 3RER A; 2XDB A; 3CCQ A; 1XJW B; 3JCM d; 3PVL A; 3FC3 A; 2WSE E; 1G3S A; 2EJ9 A; 2DFU A; 4ME7 A; 3URG A; 2GNC A; 2PTK A; 4ZN1 A; 1H3H A; 1YJW T; 1VQN A; 1RAB B; 3RR6 A; 2FB7 A; 2RQW A; 3V7S A; 1Q86 C; 4CC2 A; 4Z02 A; 3ULR B; 3MJX A; 5GMK l; 1QVF P; 5KYU A; 3CC2 T; 4KGV B; 2XU8 A; 2QI2 A; 4KGX B; 5FU6 B; 5GAN g; 1M5Q 1; 1M8M A; 2KDS A; 3CME A; 1YI2 Q; 3VS1 A; 1KJW A; 4M75 D; 2D9T A; 2RM4 A; 3V8K A; 4E7K A; 2RJC A; 3CCM T; 4M7D F; 2CP5 A; 3CCU A; 4M77 D; 4A4H A; 5GAN 3; 4PLI A; 1M4Z A; 3CCV Q; 1E6G A; 2QQ9 A; 5J26 A; 4F7U A; 3L2Z A; 4NS5 A; 1N8R U; 3G71 A; 1VQM Q; 3CD6 A; 3A8H B; 3OQ5 A; 2P0K A; 5EG2 A; 1MMD A; 2HL3 A; 2J05 A; 2KRM A; 2FO0 A; 2XI9 A; 4ELZ C; 1ZSZ A; 2LP5 A; 4XTU A; 3ME9 A; 3C0C A; 4JRI A; 4QVC A; 1PHT A; 2ZZD A; 4E7L A; 4IKF A; 2CP3 A; 5GAN 7; 4EMH A; 3KBG A; 2B8A A; 1D1B A; 4J9G A; 5GAN j; 3TVT A; 4DBR A; 2EGC A; 1YHQ T; 1TOV A; 2LNV A; 4B6M A; 2M02 A; 3H9N A; 2CYZ B; 2YSQ A; 1ZX6 A; 1AVZ C; 3OYM A; 4QW2 A; 2V8J A; 4JLI A; 4BDY A; 2ENM A; 4C8Q F; 2DTO A; 1D0Y A; 3P8B B; 2KSS A; 1HD3 A; 2A0F B; 2EVR A; 1W2B A; 1UE9 A; 2HNI A; 3NTK A; 1BBZ A; 2LT4 A; 2AKL A; 3NPF A; 2COW A; 2CZ1 B; 3L2Q A; 3CC7 A; 2P84 A; 1YIT T; 1YIT A; 2MPX C; 1WXT A; 2AK5 A; 4ZGJ B; 3QDR B; 1OUL A; 4ZNX A; 2XID A; 4AFQ C; 4C5E A; 2X51 A; 4ZTF A; 3L2R A; 1K73 U; 4J9I A; 2V8K A; 5C6S A; 4ANJ A; 4J6W A; 3M4Y A; 4X34 A; 1MMN A; 3A8O B; 4J9F A; 8ATC B; 2NUP A; 4EMK A; 1MMA A; 2EPD A; 4FT2 A; 4KUI A; 2EJG A; 1H64 1; 2M51 A; 1RAF B; 2KRS A; 4JRP A; 2G3R A; 3A8L B; 2J6K A; 3VS2 A; 4ATO A; 4IUR A; 1YCS B; 5CIU A; 1YIT Q; 3FEO A; 2GTJ A; 2LCS A; 2E6N A; 3CC4 Q; 1JJ2 A; 2FPF A; 1RI0 A; 2YUP A; 3E19 A; 2O2O A; 5LJ5 e; 1KQS A; 1XNI A; 2KXD A; 3M0P A; 4A54 A; 1SKU B; 3REA B; 3JB9 I; 2YT6 A; 2D0N A; 3VUB A; 2DRM A; 3M0T A; 5GAO l; 3CCR Q; 1HXD A; 4QKU A; 3X20 B; 1WJS A; 3CCL T; 1GCQ C; 3M55 A; 1ZBX A; 3CBP A; 1RAD B; 5GJV B; 3RDV A; 2E10 A; 1N27 A; 4RMO A; 1UGS B; 2DE0 X; 3CCE Q; 2K6D A; 3JB9 J; 3JB9 G; 2QYZ A; 2QXF A; 3PFS A; 4C8Q G; 2J7I A; 1KFZ A; 4XK8 E; 2K9G A; 4EPC A; 1W70 A; 2DJZ A; 3L2W A; 4E7H A; 2DZC A; 2HZY A; 2DL4 A; 2K5F A; 2ZAE A; 2NUT A; 4DOV A; 1KSW A; 2H3J A; 5LJ3 e; 4PNO A; 1I4K 1; 1PRM C; 1SEM A; 2GFU A; 2LVM A; 2LQN A; 2EKH A; 1YI2 T; 1BYM A; 2LNH B; 1VQM A; 1D3B B; 3RMQ A; 2QTV A; 2PUO B; 5L23 A; 4OML A; 1X75 C; 3X24 B; 1BB9 A; 2L2P A; 1N8R R; 2DIG A; 2LTO A; 1ZA2 B; 5FLX E; 3CCM Q; 4OB3 B; 1Q82 C; 4A63 B; 1YNZ A; 2VVK A; 4QQ6 A; 1R8O B; 2M1H A; 2YUQ A; 4F04 B; 3HP9 A; 4M77 C; 1I07 A; 4M75 B; 3FLG A; 3LW5 E; 4AMC A; 1OOT A; 1ABQ A; 1MGQ A; 4M7A A; 4F16 A; 1PD1 A; 4VUB A; 1PNJ A; 2YWW A; 1OQK A; 4C92 F; 5GAN 6; 3M53 A; 2JS0 A; 2DIQ A; 1KHC A; 4KUL A; 2OTL A; 1VQN T; 1WGS A; 1AHJ B; 2EGA A; 1IB8 A; 9ATC B; 1QP3 A; 3G4S Q; 1LOJ A; 3CC2 A; 2F1L A; 4M7D G; 3TQ7 P; 4MDX A; 2F5T X; 1UUE A; 2DL7 A; 1BI0 A; 1UJY A; 2CZ6 B; 3JCM b; 2KQW A; 1KK7 A; 5GAO q; 2OTL Q; 3LX7 A; 3MCA B; 1OZ3 A; 3E2U A; 1ZSZ B; 3I55 A; 3C95 A; 2O88 A; 3CXC A; 1X2K A; 4FSX A; 5CO7 A; 2ZPH B; 4HT8 A; 2RN8 A; 1PRL C; 4AT1 B; 1G3W A; 5IXF A; 2M16 A; 5CQY A; 4EIK A; 5AT1 B; 1K1Z A; 1FMV A; 3FB9 A; 3ASK A; 4BE2 A; 2LCL A; 1M2V A; 3EFO B; 2CUD A; 1M3B A; 2NUT B; 2PZ1 A; 1RAE B; 1TXQ A; 3BDL A; 4BAC A; 4M7D C; 2LJ0 A; 4M75 C; 1YWP A; 3AHU A; 1T0H A; 1G5V A; 1AWO A; 3GLX A; 2DYB A; 1CKA A; 4C92 E; 2L3S A; 3M56 A; 3LGF A; 1VQ4 A; 3GBQ A; 2DL3 A; 3E1S A; 1N9S A; 3OMC A; 2Z0W A; 4OB0 B; 2GGR A; 2GBQ A; 2MWP A; 2RK1 A; 4KBM B; 2MWO A; 5J39 A; 3GP8 A; 1NG2 A; 1VQL Q; 4ZGE B; 2JS2 A; 2OJ2 A; 3CC7 T; 1JQQ A; 5LJ3 j; 3CD6 Q; 3TEE A; 1BKB A; 1FXX A; 1WXU A; 2RJF A; 3I55 T; 2FL7 A; 5GMK h; 2RI3 A; 2XK0 A; 1M90 R; 2HSP A; 4M7A C; 5J3B A; 2LQW A; 2DL8 A; 2RHY A; 3FDR A; 2RNA A; 4FYX B; 1AOJ A; 3CCL A; 1OPL A; 2SRC A; 1YP5 A; 3I5S A; 1VQL T; 4FM4 B; 5FWC A; 2V8I A; 2VV5 A; 3NGP A; 1U1T A; 3PGG A; 4LN2 A; 2MF2 A; 1H3Z A; 4N0A C; 1IRE B; 3HKS A; 1OZ2 A; 4GLK A; 2O9V A; 2VWF A; 3PMT A; 1Y71 A; 2V1R A; 3I55 Q; 1QVG P; 2QAS A; 3JCM Q; 3OYL A; 3NTI A; 1UFF A; 2KI7 A; 1HSQ A; 1ZLM A; 3A8M B; 2K2V A; 3JCM h; 2ZPF B; 1N8R C; 2EYQ A; 2R5A A; 1B07 A; 4J6X A; 4M7A F; 3VS0 A; 2FG0 A; 2IG0 A; 1VQ9 Q; 4C8Q C; 1UEC A; 4PJN A; 3GIB A; 1MV3 A; 2CH4 A; 2YLC A; 3RMS A; 3EGU A; 1MND A; 2ABL A; 5CKD A; 2RI2 A; 4DBQ A; 2DNU A; 1MMG A; 1Q7Y R; 2EGE A; 1VQ6 A; 3Q1J A; 1C0M A; 3OS1 A; 5IT9 E; 5DM7 R; 5LJ5 f; 3MEU A; 4J7F A; 1ZBJ A; 3C94 A; 4AFU C; 2V1Q A; 1JB0 E; 1W1F A; 2CT3 A; 3SFM A; 4HVW A; 5D6X A; 1SHF A; 4YTL A; 3EG3 A; 3CMA T; 4RTZ A; 1M3C A; 3C4S A; 4C5G A; 2OAW A; 1RUW A; 5KYY A; 3CME T; 1VQP Q; 1YI2 A; 1GRI A; 3G71 Q; 3CCS T; 1EZZ B; 3OYG A; 2K2M A; 2M9U A; 4IIM A; 1WPY A; 3A1P A; 5KCH A; 2F69 A; 3G4S T; 1YIJ Q; 3CCU Q; 4F7U E; 1GCQ A; 1U06 A; 3OYJ A; 1Q81 C; 1OI1 A; 1YJN Q; 3M57 A; 3VKI A; 2LZ6 B; 1MUZ A; 4JRK A; 1UGP B; 1OPK A; 3L42 A; 4PLL A; 3OYI A; 1KC8 U; 2MIO A; 4JJB A; 5GAN f; 2DKG A; 4LXC A; 3L2U A; 4ZN3 A; 3OYH A; 3E9F A; 2K5L A; 3QYH B; 2BZ8 A; 2E3I A; 2O9S A; 3V8J A; 3EGX A; 8AT1 B; 2VGN A; 2D8J A; 1WHL A; 4N0A A; 2C0T A; 3OW2 S; 2X3W D; 5CQX A; 2EAY A; 1SF9 A; 3FRN A; 3GNG A; 4HCB A; 2A28 A; 3LGL A; 1YFN A; 1YJW Q; 2RF0 A; 5KYW A; 1D3B A; 3QBY A; 1WHJ A; 2DBM A; 4J9E A; 1V1C A; 4QVD A; 3JCM P; 1Y96 A; 4F7U B; 1JXO A; 1VIE A; 5IHN A; 1BIB A; 2AKK A; 3CXC S; 2ROT A; 3OY9 A; 4J8O A; 4M7A G; 3CC7 Q; 2PVO B; 3RES A; 4V2S A; 5GAN 2; 2DXC A; 2EKO A; 2R57 A; 1VQO A; 5KYW B; 4KGZ B; 3VUZ A; 1JU5 C; 3QWX X; 1NEB A; 2A08 A; 2DEU A; 2DAQ A; 1BIA A; 4MML A; 5L8R E; 3J7A F; 1VQ4 Q; 4PFZ A; 4L6V 5; 1NM7 A; 3S3O A; 1SHG A; 1GFD A; 2QGG A; 1TUC A; 5FRN A; 2XHC A; 3CCV T; 4BY6 C; 4OMP A; 3J80 E; 2FRY A; 3CCJ Q; 2YHT A; 1LNX A; 3PE0 A; 1KG1 A; 1A0N B; 1LJO A; 5KE3 A; 1RAA B; 4B9X A; 4IIO A; 1X43 A; 1X6B A; 1JRI A; 3CPF A; 5IHK A; 1XTD A; 2GQV A; 4EMK C; 3M58 A; 1Q82 U; 2JW4 A; 2QDL A; 1WDX A; 1BCO A; 2GQI A; 3OYN A; 3EG2 A; 2A37 A; 1N5Z A; 2JM8 A; 2QAZ A; 1SG5 A; 5GMK i; 1M2O A; 1SRM A; 3AT1 B; 1VQ9 T; 3WVE B; 2SEM A; 4XTW A; 4PFO A; 3CCJ A; 1VA7 A; 4J5Y A; 5GAN h; 2RH2 A; 4BUG A; 2GFA A; 3EHR A; 2KY9 A; 1VQP A; 1WJR A; 4P5N A; 3HHT B; 2KE9 A; 2A3L A; 3EFR A; 4BD3 A; 4D8K A; 4RG8 A; 3LWH A; 4RTX A; 3TSZ A; 5DLO A; 4HXJ A; 4PJO F; 3GOX A; 1AT1 B; 4KT0 E; 2FPD A; 1M3A A; 4M78 C; 1QVF A; 2RQR A; 2E1H A; 3I35 A; 4XQ3 A; 1K8A U; 1QCO A; 1KQS S; 3L1A A; 5HY6 A; 1TUG B; 2RHU A; 2LMJ A; 2DTI A; 1YJW A; 4IUT A; 3QXE B; 5IAY A; 3CCM A; 1YIJ T; 1VQ6 Q; 4DBH A; 4PJJ A; 2X4W A; 5LJ3 f; 2HEQ A; 7AT1 B; 3G6E Q; 2EYX A; 4RCB A; 4KRT A; 5HK0 A; 1BCM A; 2K3B A; 2JUF A; 4J9C A; 4DEY A; 3MPU B; 3MP1 A; 1M2V B; 3EFO A; 2DVE A; 3QKJ A; 4DQ2 A; 3BDU A; 1S1N A; 2ZCF B; 2CZ7 B; 1YWO A; 2CGH A; 2CH4 W; 1M1K U; 4M78 B; 2QA4 T; 2QQA A; 4X9C A; 2ZPE B; 4OMF B; 3MP8 A; 1RAH B; 4PJO A; 1PSE A; 3EG9 B; 3QDF A; 3X28 B; 4C5H A; 1S72 Q; 4JPB W; 3G6E T; 2OTJ T; 2HL5 C; 3OA6 A; 4KH0 B; 2RK2 A; 3CCR T; 1YBY A; 4LDW A; 1YJN A; 1BU1 A; 5IHI A; 3KFV A; 1HJD A; 4PJO B; 1X6G A; 4OMM A; 3CCE T; 3TSW A; 1Q86 U; 1JO8 A; 3M54 A; 1M8V A; 2CUB A; 1PWT A; 4E47 A; 4XTV A; 1X01 A; 3MKD A; 3L2V A; 1IRX A; 3LWI A; 4A4K A; 3VS4 A; 4C8Q E; 1S72 T; 5CVI A; 2RJE A; 4BY6 B; 4OGC A; 2K7A A; 1XOV A; 1EX4 A; 3QJY A; 3VYH B; 1M1F A; 4FW1 A; 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1BI2 A; 4KH1 B; 1N9R A; 2CP6 A; 3WXM B; 1VQ6 T; 1MV0 B; 2JTF A; 3OBY A; 5GAO p; 4Y91 A; 5GAM h; 4JLG A; 4LUE A; 5I21 A; 4F17 A; 3OYE A; 4RKU E; 2COZ A; 4XU3 A; 4MZM A; 3CCR A; 2YUO A; 1WFW A; 5ECA A; 4MMK A; 3M0R A; 5GAN 8; 3I56 Q; 1W2B S; 2QA4 A; 1AZE A; 2M0Y A; 2QA4 Q; 4Q5W A; 3RKY A; 1JEG A; 2KGT A; 3ZFJ A; 2ED1 A; 3MEW A; 2LCC A; 2CSI A; 3G4S A; 1QCF A; 2JT4 A; 4M75 F; 2FZK B; 4LUD A; 3OS0 A; 2D1X A; 4M75 E; 3M5A A; 4DBF A; 5GAM f; 1UDL A; 5GAN d; 4BI4 A; 2OTJ Q; 2DM1 A; 1QQJ A; 4C92 B; 4QQD A; 1H8K A; 1NYF A; 4M77 E; 1XQH A; 2RHI A; 2X4X A; 5C0M A; 1M90 U; 4E7J A; 1OX8 A; 1GXI E; 1M1K R; 3JB9 D; 4C92 G; 2HQE A; 3H0H A; 2CZ0 B; 4GLM A; 4IUV A; 2HAX A; 3A5Z B; 2R5M A; 3QZ5 B; 2DZ9 A; 3JAM E; 3PT9 A; 4HA8 A; 2VXE A; 1YIJ A; 2Y4X A; 3GNF B; 1PC0 A; 2F2X A; 1K0S A; 2ED0 A; 3BY7 A; 3VS6 A; 1QWE A; 2D0Q B; 3CXC P; 4HT9 A; 1VQ8 A; 2RHX A; 3D7S B; 2MK5 A; 1M1G A; 2I2L A; 3THK A; 3RUX A; 3CMA A; 2VYT A; 5FWB A; 4NL3 A; 1K0X A; 3VU3 C; 4BDZ A; 5KCO A; 1ARK A; 1QWF A; 1WLP B; 1FMK A; 2DX1 A; 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