3GBAA

X-ray structure of iglur5 ligand-binding core (s1s2) in complex with dysiherbaine at 1.35a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
GANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Full Domain Closure of the Ligand-binding Core of the Ionotropic Glutamate Receptor iGluR5 Induced by the High Affinity Agonist Dysiherbaine and the Functional Antagonist 8,9-Dideoxyneodysiherbaine
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 85
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbaA02
2I4BA 3HHGA 1R6ZA 2XXVA 4PQJA 4H8JA 3T9HB 2RC7A 4QFOA 1D4NA 4GWOA 2VOZA 3IX1A 4GL0A 5LOMA 3QUFA 2A5TB 3JYRA 4M4GA 1P1UA 1J1NA 3MZBA 1MXUA 2G93A 3R26A 1Y20A 1FQDA 5ITPA 3K1PA 4WKMA 2F7BA 3OOAA 1ZLQA 4R6HA 1B7UA 2OBGA 4MLQA 3K02A 2ONRA 5K2YA 3K1NA 2DS9A 3KGCA 1B6HA 3TTMA 3QK6A 1PB8A 5F7VA 3K6VA 4QFLA 1B4HA 1LBBA 3CVGA 4EXLA 3RN8A 1JW4A 1OVTA 3SDFA 2Z8FA 4G77A 1PDAA 2UVGA 1B7HA 3USDA 3LSXA 1B4ZA 2X7PA 4IO5A 2OZZA 4U23A 2OCUA 3IOUA 5FTHA 5FHNA 3B6WA 1FTOA 3RT8A 4U2RA 3G3KA 2D3IA 3G3HA 1LAFE 3PD8A 4FEDA 3IO4A 3RPWA 3H6VA 4TLMB 4NMYA 1UTBA 3FJ7A 5JTYA 4UACA 3B7DA 4JWOA 2I49A 1N3XA 2FYIA 2RKMA 1ZIUA 1FQCA 3T93B 5I56A 5A5XB 4PFUA 3VE1B 3ZKKA 3FXUA 4H65A 3KSXA 1SI0A 1MS7A 1JVXA 1JNFA 1GGGA 3E4RA 1MPDA 3FJMA 3K6XA 3I6VA 3UN6A 3RGYA 4GOTA 3R7XA 1LAHE 3H7MA 3FXRA 3O2AA 5DVJA 1MH3A 4RA1A 1DPPA 2XX8A 4F1YA 2H5YA 1I69A 3CG1A 4U21A 5I2NA 4QFNA 2QS4A 1AH5A 1USYH 1LBCA 4RJZA 3ZS6A 1MQHA 2XX7A 2F97A 3BKIB 3D4CA 3FVNA 3OSQA 4C1UA 3N94A 3IB0A 4H0WA 3OEKA 3CR9A 4ND9A 1MQGA 5KDTB 5KZTA 4GF8A 1QKAA 5DYHA 3KN8A 2YJPA 1HSJA 5I84A 1LB8A 4OFOA 2Z8EA 4LATA 2F36A 3VLVA 1SYHA 3K6UA 2ZMBA 4ZZEA 3HPIA 5CBRA 1MH4A 4Q8RA 1S7YA 1RYXA 3OXNA 2Y7PA 1VE4A 3VVEA 4RNSA 2DP8A 2F6GA 5L9MA 2F35A 3H4ZA 2F8DA 3TTKA 4GLIA 1MY0A 4XXUA 3MBPA 3MWBA 1B52A 5TP9A 2O1LA 4QSCA 3HSTA 2ALUA 2DXRA 1EZ9A 4OENA 5BWJA 2GRVA 1KWHA 4P0GA 5AA2A 4H1XA 2H25A 1B2HA 1MM7A 1YAEA 2O84X 3SEYA 4EUOA 5ISUA 4IO2A 1MDQA 3S9NC 4KR5A 1ZKBA 2OJTA 4KYSA 4DXBA 5H8NB 5I2KA 4F1VA 1PB7A 3PMVA 1OQHA 5EHSA 3OEMA 1UIVA 1AMFA 4PETA 4RYAA 4XKPA 2O51A 2UVHA 3K00A 4KCCA 3QIMA 3IJXB 3ILTB 1TWYA 3W9WA 1WVJA 2XXRA 4LP2B 4JWXA 5CRYA 1LFGA 1R9QA 3T22A 3LSFB 1MXXA 4TQUQ 3UIFA 4HTGA 1DMBA 4QF9A 4NF4A 5L8DA 2HZKA 3CG3A 3IR1A 3MZ1A 1MQIA 5I58A 3U92A 2DQVA 4X9TA 2PYYA 1IITA 1LGBC 3BFUA 3QXMA 3IOTA 4JSDA 4BLAA 3PGFA 4F29A 5CBSA 2WKYA 2F34A 3K1MA 2XX9A 1UTBB 5JTYB 2V3QA 5I59A 3OO7A 1I6AA 5FHMA 1P1QA 1IIWA 3TUSA 5AA2D 3MPLA 3UA8A 3WAEA 2Q89A 5ELVA 1SQYA 1FQBA 1MXVA 1NNPA 1SW2A 3PMXA 2O6AA 4PE5B 5H8FA 2H98A 4EQBA 1MRPA 4JXIA 2NXOA 2VD2A 3M8UA 3TCHA 3VXCA 1OMPA 4OVJA 3OO8A 4XKNA 1N76A 2KLFA 1PB9A 4Q5TA 2XXUA 4ESXA 3U1OA 1LFIA 4FATA 1XHYA 4YKKA 4C0RA 3VVDA 4QSDA 2X26A 3S4UA 4YB7A 3A3UA 1DTGA 4UA8A 5I2NB 3U94A 2DWAA 3LSWA 2Z8DA 4I9DA 1HSEA 3GZGA 2XD2A 2QS2A 1LFHA 3SKPA 2E0SA 1IXCA 4NF5A 4JB7A 3I3VA 4OXVA 4EXKA 4OFLA 1A8FA 1QW0A 3FVOA 4O3AA 3GBBA 3DELB 1SBPA 5AA4B 3TPAA 1EH3A 3MVYA 5CMKA 1A55A 4ELPA 3HV1A 3FV1A 4I8CA 2O7IA 3VXBA 1AOVA 1B1XA 4DIGA 3KZGA 1AL3A 1S50A 1JVYA 5H8QA 2AIXA 1XC1A 3KOSA 1FTJA 3IL1B 1I6BA 2NUVA 3MP6A 2ZNUA 2B65A 1POTA 1IEJA 5CMCA 1UTHB 2GFEA 1B51A 2GHBA 1SW1A 1A7LA 2O1MA 5TP9B 1Y4CA 5F1QA 2HAVA 4LONB 3PMWA 1IXIA 4IB2A 4OERA 4YB6A 3C32A 1Y3PA 3IJOB 2DWHA 4Z0IA 3SEUA 4FAJA 3B6TA 5AA2B 1JEVA 2XXXA 3C31A 4DXUA 2HFBA 3TODA 4F3PA 1Q35A 4TLLB 3KN7A 1MPBA 3DP6A 2ZNSA 3PPRA 5I2KB 1DPEA 1Y3QA 3KN3A 2CZLA 1BKAA 1MG1A 3UORA 3T66A 3HN0A 4HW8A 3O6IA 1MXYA 1QKBA 5CMMA 3SEXA 1QUKA 1NNTA 3H6UA 4WEPA 1EZOA 1RKMA 1FQFA 4OWDA 1NMUA 2HXWA 4ECFA 1HSLA 5AE4A 3IO6A 1LLSA 3Q28A 2V25A 3HCQA 3TFLA 1UQWA 2ZYOA 1ZBMA 3PD9A 4YKJA 5DVFA 3M3LA 4E0WA 4NF6B 5CMBA 1SW5A 2VHAA 2P0SA 1II5A 1BP5A 3FATA 1JQFA 2O68A 4GQOA 1NH7A 4ESWA 1MY3A 1M5FA 2HEUA 1M5DA 2D21A 4OETA 3U8QA 1N84A 1Z7ME 4O3BA 5I58B 1SI1A 4GL8A 4ISUA 1TT1A 5L9SA 2XXTA 4GXSB 3Q29A 1WODA 5CC2A 2QPQA 3C34A 3THIA 3ECRA 1ZTYA 5I59B 1R9LA 1LAXA 2UYFA 4RPOA 1OLCA 2OWTA 4P0IA 3DP4A 3SEVA 5FTIA 2R9JA 1TXFA 4RK9A 2DWJA 3EQ1A 5KCJA 1B05A 5L9OA 2I0BA 4LUBA 4ZEIA 2HCAA 2IA4A 2OK2A 4R9FA 1DOTA 3BFTA 2F7CA 4YMAA 1S9TA 4F2OA 4N6PA 5JK4A 2NOOA 4FEBA 1BTJA 4FORA 1EU8A 3C4MA 1P1OA 5DTBA 4R73A 4YKIA 1NL5A 1MY1A 4OFJA 3GLBA 4AB6A 5DEXA 3A09A 4H5FA 1B0LA 2OWSA 3MVZA 4R2BA 3W9VA 5H8HB 5ITOA 4ZE9A 3CI8A 4BDRA 3V89B 3G3FA 2Q9TA 4NF5B 1Y4TA 1CE2A 2NWJA 2PX1A 5IKBA 2YLNA 4OEUA 3E3KA 3N26A 3G3JA 3OENA 1XVXA 3SESA 1ZJLA 1I6QA 3TTRA 1OQGA 3UGWA 1XVYA 1AIVA 2I3VA 1URGA 3DM0A 4DZ1A 1M5EA 4Z7EA 3Q25A 3E9XA 2P1SA 4KHZE 4X48A 2VGQA 4BDOA 4QRZA 2Y84A 3DLNA 4MFIA 1JW1A 1B40A 1XOCA 2BJJX 4G2ZA 3O97A 2F7AA 2UVIA 4YZZA 2X7QA 3U72A 1H45A 4LZ8A 3K2DA 1FCKA 4ELRA 5TPAA 1NKXA 3RQTA 1RYOA 3T96B 1POY1 2DOJA 4R75A 1VFEA 4JSOA 1MQDA 3H6TA 1IXHA 5B70A 3R6UA 1H3DA 1FQEA 1IZ1A 1B58A 3C33A 3FZVA 4DCYA 3IB1A 1MXZA 2F5XA 5K2XA 3FJGA 1GTKA 3HHFA 3V5AA 4ZDMA 4F2QA 3VV5A 3MP8A 1CB6A 1B0HA 3AXFA 2I6EA 1FTLA 4JBZA 1XS5A 2PVUA 3C9HA 3IORA 4F3BA 2Z22A 3LR1A 3FV2A 3IAZA 4JDFA 2UXAA 4MBPA 5ICQA 1B1HA 4LA9A 4EQ9A 3ODBA 3PUWE 3TMGA 3LSLA 1Q1KA 4KYDA 5DT6A 4OEVA 3RUMA 3RTFB 1YPNA 2DWIA 2H4IA 1FTMA 3TQLA 2ABHA 2QSXA 1D3KA 4IO4A 1SD3A 1OLAA 4HS7A 4QFKA 3SEWA 4N13A 2VP1A 2GHAA 1Y1ZA 2I3WA 1Y9UA 4ELQA 2THIA 4ONYA 3TELA 5I56B 1Z7NE 3TAJA 3SERA 2RC8A 5I57A 2W7YA 3VFJA 5BUUA 4F3SA 4R2FA 3F11A 1B9JA 4R6YA 1FQAA 4IY5A 2XHDA 3O28A 4KI0E 3IOWA 4EQ7A 4POWA 1D9VA 4EDPA 4AB5A 1Y3NA 4ZS9A 1H44A 3MQ9A 2FA7A 1LAGE 1MDP1 2D5WA 3RNNA 2O7UA 4M1VA 2H99A 1B5IA 2Q8JA 1FTKA 2DYXA 4KYEA 5AA1A 3M3KA 3TTNA 4F22A 1NNKA 2XD3A 3SETA 4G68C 1P1WA 4IGTA 3GXAA 5EYFA 3K4UA 3KJ7A 4GXAA 5B7DA 1SDXA 4YKPA 3MAMA 3KEIA 3W15C 3CRBA 2HZLA 5DEXB 4RK2A 4G8HA 3PPNA 5HBCA 1PBQA 3FIRA 3T9XB 4IO3A 2DVCA 1LCTA 4NWDA 3N6UA 4NEDA 3K01A 4N07A 1URDA 5J1DA 2QJEA 4GRKA 3DP8A 5H8SA 2REGA 1ZU0A 3Q26A 2XXWA 4YU0A 2AL4A 1MM6A 3ZKLA 2B3FA 4ZEBA 2G29A 2V3TA 1B3EA 4DE8A 4G8NA 3OMBA 4RPNA 3OO6A 3S9LC 3TEPA 2QL3A 2QMXA 1B3LA 1LSTA 3FVKA 5M2VA 4YB5A 4F18A 3VLUA 2E1SA 4AQ4A 2RCAA 1SW4A 1H76A 2Q2AA 3FASA 2Y7KA 3CSBA 1B5JA 3MW0A 1JETA 2ZYNA 4OESA 4U1ZA 3IB2A 3OO9A 4MLVA 2XXPA 4G8MA 5ICTA 5H8NA 4BDLA 3CFZA 1URSA 3O6GA 2I0CA 5TPAB 2M8CA 1IUDA 4BDQA 4ELOA 2QS1A 2FNCA 2H9BA 1DTZA 2RCBA 5AA3A 4P11A 1N7XA 1EZPA 4PFWA 1B3FA 3PUZE 2LAOA 1BIYA 1NNFA 1T0KA 2DSFA 2QMWA 1LB9A 2R71A 2B3BA 5TU0A 1VFDA 4YAHX 4R74A 4G4PA 3FUZA 4LQ2A 4PFTA 2ZXTA 3S9MC 3QAXA 1D9YA 3S9EA 1NH8A 1IQ7A 1OIBA 4NF8A 3OD7A 2DXYA 4NF4B 4THIA 2A5SA 4OQOA 4I1DA 4F1UA 3HO7A 2CMOA 3N5LA 4MH5A 5FHOA 3EF7A 3L6HA 1A99A 2F78A 1GR2A 4QFPA 2PBWA 1ATGA 2GH9A 2R6GE 3PUYE 4KFQA 3TTLA 1PBPA 4I62A 3MJNA 3RTWB 4ZE8A 3TCFA 4HCYA 1A8EA 1N04A 1VR5A 3IOVA 3CSGA 1NFTA 4F3GA 4H6DA 1P1NA 4RXLA 4R6KA 1UIUA 2HAUA 2REJA 3WAFA 1QVSA 2YPNA 3CIJA 5I57B 5H8FB 3TCGA 3MPKA 4GIZA 4POXA 1VSOA 3IK6B 2ZNTA 3PPOA 4ZZAA 3LBSA 4LQ5A 4ZEKA 1H43A 2Q2CA 4FIMA 3MVXA 2Y7WA 3MZ9A 4XKRA 2PT2A 3L6GA 1TFDA 3B6QA 4G68A 4IO6A 3KBRA 3KJTA 4LVQA 2UVJA 2XXIA 1QUIA 3ZSFA 5AA4A 1A54A 2F6PA 4DLDA 2DE3A 3EN3A 4IO7A 1YCJA 3BBRA 3O6HA 3PPPA 1PC3A 2I48A 4K3FA 3EHTA 4KQPA 3D4GA 4OTEA 1PEBA 3T9UA 4R9GA 2PT1A 1O7TA 4LZ7A 4OYVA 4DDDA 2Y7IA 4RY1A 3T9VA 1P99A 3MVWA 3U93A 5DVIA 3H6WA 3M3FA 3OSRA 1B32A 1QULA 5H8QB 4FJPA 3A3CA 2NVUB 3I5OA 2ZYKA 1MY2A 1UTHA 5EHMA 2V3UA 3C35A 4U22A 3TYHA 2ONSA 3TZAA 1GVCA 4F39A 2A5TA 1JEUA 4FE8A 2HQ0A 4OMBA 2ESNA 3E13X 4BDMA 4MF3A 4PFYA 1IXGA 3JV9A 3VDFA 4PP0A 3RT6B 2XXYA 2Y7RA 2QRYA 1N0TA 4WXJA 1Y1MA 3V83A 4IGRA 3PUVE 4Q0CA 1XT8A 3KOTA 3PV0E 4OZ9A 3G7WA 2P2AA 3TDJA 4C1TA 3N6TA 3FGSA 4EF2A 4H5GA 3EPEA 2AL5A 3V8XB 4TOZA 4NWCA 4YICA 1R1NA 1L5TA 4H8IA 1N3WA 2ONKE 4R72A 2Q88A 4ZEFA 1MY4A 2DVZA 4NF6A 3MC2A 2Z23A 2AYSA 3CFXA 3KG2A 4YMBA 4NF8B 1B46A 1M5BA 2O69A 2I58A 3PUXE 4L17A 3S2VA 3VVFA 5JEIA 3KSJA 3UK4A 4JWYA 4U4XA 2I4CA 3RLFE 1JW5A 4XTCQ 3G3IA 5A5XA 3FD3A 1N7WA 2V84A 4H67A 4OHNA 1TFAA 2ANJA 1ZMGA 1B3GA 4XIGQ 2PMSA 4KD5A 2IEEA 4KPTA 1US4A 3TQWA 4IY6A 3H06B 3VLWA 3O29A 4GFRA 1MPCA 1B7ZA 1F9BA 4X1BA 3K6WA 5CI5A 2UYEA 3P7IA 1WDNA 3JZJA 2V93A 4WEDA 4QHQA 3LC8A 3LUYA 1B5HA 4XKQA 3EHUA 3MUQA 5KCJB 1DSNA 3FVGA 1MXWA 3QUJA 2XXQA 4F31B 4KCDA 4HCWA 1B3HA 4GD5A 4NE4A 4LZ5A 4EF1A 3PPQA 4U4SA 4DCXA 1M5CA 2XXHA 4QSEA 3O66A 3O9PA 4F19A 1YTVA 5KDTA 1O63A 4Q30B 2DE4A 5H8HA 4ZECA 1SYIA 1A40A 5CM6A 5HM4B 3PU5A 2VD3A 4O3CA 2ZYMA 4G68B 4DXCA 3QSLA 5HPQA 4BDNA 4U1OA 3OELA 3EHSA 3QYTA 3C36A 2QS3A 4NTLA 1USYE 1FW0A 1ELJA 2RF1A 4FECA 3ONMA 3MP1A 3CFLA 3GBAA 4X1DA 1O64A 1GV8A 1LCFA 3H3GA 4E0XA 3FXQA 3Q27A 1QJMA 2OLBA 1QUJA 2RINA 3K0VA 3UP9A 3G3GA 3RY3A 2DE2A 3TKDA 5IAIA 1OVBA 4ZEDA 2RC9A 1MQJA 1SVXB 3KFMA 1BLFA 1US5A 3H03A 1ANFA 4GVOA 3ILUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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