3GBAA

X-ray structure of iglur5 ligand-binding core (s1s2) in complex with dysiherbaine at 1.35a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
GANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
publication title Full Domain Closure of the Ligand-binding Core of the Ionotropic Glutamate Receptor iGluR5 Induced by the High Affinity Agonist Dysiherbaine and the Functional Antagonist 8,9-Dideoxyneodysiherbaine
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 85
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbaA02
1D9VA 1NNKA 4M4GA 5CMBA 4POXA 1MH3A 2DXRA 4ZE8A 4O3BA 5JTYA 5DVIA 4F39A 2PVUA 4FAJA 3MWBA 2RINA 4F3PA 3IOTA 1IXCA 5AA1A 2XXTA 3MZBA 4ONYA 1ZU0A 3KSXA 2O1MA 3ODBA 1DMBA 2F35A 1M5CA 4ECFA 1B4HA 3MVWA 4GLIA 1SW2A 1USYE 4XKNA 4KCDA 3K6XA 1PC3A 1POTA 5F7VA 5JEIA 1D9YA 1MY4A 4WKMA 3O28A 1SBPA 2PT2A 2Z8EA 2VHAA 3O2AA 2R9JA 5KDTA 4K3FA 4BDNA 4KR5A 5DEXB 1EZPA 2Q8JA 4I8CA 4R9GA 5L9OA 1PB8A 4RK2A 5M2VA 3W15C 2IA4A 3HCQA 2AIXA 2NVUB 4C1UA 4KYSA 1O63A 4P11A 1SW1A 1L5TA 3JV9A 1XVYA 4EF2A 3QUJA 2B3FA 4RPOA 4OEUA 2DSFA 2QS1A 5I56B 5ISUA 4NF6A 4YKIA 5HPQA 2DOJA 3V8XB 1NL5A 1B32A 1UQWA 3B6WA 1IXGA 2PYYA 3I5OA 1M5BA 1XT8A 3RT8A 2UXAA 3KEIA 3Q29A 3V89B 3HV1A 4F22A 2G93A 1A40A 5AA3A 4QSEA 3FD3A 5BWJA 3C32A 3TEPA 4FIMA 4F29A 1WVJA 4RK9A 1CB6A 3LBSA 2DXYA 1JW5A 3IOVA 1GR2A 5L9MA 3TPAA 4HCWA 1B3EA 3TTNA 2I0CA 2CMOA 2XXRA 1NNFA 4U23A 3PPRA 1A99A 5I58B 3KSJA 2HFBA 1JW1A 1NH8A 3IORA 2I49A 1B7HA 3GLBA 2F34A 2Y7PA 4YB5A 4JWOA 5ELVA 3C36A 5TU0A 3TZAA 3IOUA 3KN7A 3LC8A 3RN8A 2DWJA 4GD5A 1B5IA 2ONKE 3O97A 1ELJA 3KZGA 1JETA 1DPPA 4OWDA 3SDFA 5B7DA 4HS7A 4BDOA 4OENA 3KOSA 3PUZE 3THIA 3O29A 1Y20A 1LLSA 4ZZEA 1Z7ME 2X7QA 5JTYB 3PPQA 3SESA 3I3VA 1P99A 1XOCA 3DELB 4F3SA 2F7BA 4LQ2A 2V93A 3C9HA 3LR1A 5CBRA 3C34A 4JB7A 3SEYA 4F1YA 3QXMA 4IO6A 3SERA 5ITOA 4LA9A 2Y7IA 3O9PA 5KDTB 2QPQA 2PBWA 1N04A 1MY2A 1AMFA 3ONMA 1A55A 3OO9A 2Z23A 1LCTA 3K0VA 1Q35A 3KN8A 2Y7WA 2OZZA 3TMGA 3SEVA 1AH5A 2F7AA 3CG3A 4M1VA 4OXVA 3U92A 3OXNA 5CBSA 1QKBA 1RKMA 4RJZA 2H5YA 4YKKA 3A09A 4YB6A 3T9VA 4OTEA 3SEUA 1B40A 3TODA 4BDLA 3KGCA 3TCGA 2H98A 5DEXA 4X1BA 2IEEA 1B4ZA 1LAGE 2LAOA 3FV2A 1MQGA 4NF6B 3T22A 1FTKA 1T0KA 4NF8B 2E1SA 3IO4A 3T9UA 3LSXA 2QMWA 1FQAA 1P1OA 5K2XA 4N07A 3OSRA 3TYHA 3AXFA 4RYAA 3H6WA 2W7YA 3O6GA 3D4CA 1ZIUA 1B51A 2QSXA 3A3CA 1LAXA 4HTGA 2O68A 4ZEDA 3T93B 5EHMA 4XTCQ 2XXUA 1PB9A 1MXYA 5DYHA 2ONSA 3TELA 4DDDA 2RCAA 4ELOA 4GL8A 1LFIA 3PPOA 1SI0A 4F1VA 4PETA 3N6UA 4GFRA 2O84X 3H3GA 3PUYE 3C33A 3HHGA 2OJTA 4AB5A 4OERA 2HZLA 1KWHA 4PFWA 1IQ7A 2HZKA 1EZOA 1MM7A 2I48A 3IK6B 4GXAA 2X7PA 2PX1A 2FA7A 1LB9A 2P2AA 4IO5A 3EQ1A 5ICTA 4H5GA 2ESNA 4H5FA 2GHBA 2QS2A 2V25A 4G2ZA 4LP2B 4ZDMA 4OYVA 4DE8A 3FGSA 4GF8A 4OETA 1MPCA 3DP4A 2DE2A 3FASA 4H67A 1R9LA 3N94A 2A5TB 1SD3A 2F97A 1MRPA 4YAHX 1FQDA 3TFLA 4Q0CA 1H3DA 3EN3A 1MQJA 4I62A 5I2NB 1MXXA 3KG2A 4R6YA 1LAHE 4U1ZA 4H1XA 4IO4A 1DPEA 3EHSA 1IEJA 3KFMA 3ILTB 4F1UA 5B70A 2YPNA 2B65A 3MVYA 2ZNSA 2QRYA 4YZZA 3K01A 3RTFB 3MPKA 3FATA 2ZYNA 1YPNA 4NEDA 1H76A 4EQ7A 1P1UA 2I3WA 1BIYA 4R74A 3SEXA 4Q8RA 4DIGA 3R26A 4F3BA 4JWXA 3QAXA 4GVOA 1II5A 3DM0A 5TP9A 1TWYA 1PDAA 1FTJA 3FXUA 2YLNA 4U1OA 4H8IA 5FTHA 4ZECA 4LZ8A 2XXQA 3LSFB 4ISUA 4OFJA 4I1DA 5AE4A 2O1LA 1SYIA 3F11A 3N6TA 3OOAA 3H06B 3RNNA 3KJ7A 3M3FA 4ZEIA 3UP9A 1OQGA 1BKAA 4KCCA 2HAVA 3JZJA 3TTMA 2WKYA 2THIA 3IO6A 4NF5A 4ZEFA 4OEVA 1ANFA 4MLQA 1J1NA 2PT1A 5CMKA 3OO8A 4KI0E 3H4ZA 4X48A 4Q30B 1DTZA 1VR5A 3MUQA 3K4UA 3IL1B 3USDA 2ZNUA 1URGA 3HO7A 1CE2A 3IB0A 3EF7A 5AA2D 1B52A 4G8HA 1D4NA 3FVNA 2DE3A 3MPLA 3K2DA 4DXCA 2VP1A 2O7UA 3Q27A 4NF8A 3RUMA 5H8FB 3MQ9A 2QJEA 4TLLB 3IR1A 1A54A 1ZBMA 4ESXA 1MS7A 1FQEA 3H6UA 1N0TA 3B7DA 2ZXTA 4FECA 4F3GA 4R9FA 1N3XA 4F2OA 1B1HA 5I57A 3H7MA 3SKPA 2VD2A 1JVYA 5K2YA 4AQ4A 1M5DA 4XIGQ 2QL3A 3UORA 3VVEA 1O7TA 1AL3A 4I9DA 2F6GA 3PV0E 2NXOA 1MM6A 3UA8A 4QFKA 5ICQA 1DSNA 1B46A 3FVOA 4Z0IA 3FV1A 1Y1ZA 4G68A 3BFTA 1FCKA 1BP5A 3FJMA 3WAFA 4L17A 2RF1A 1B6HA 1JEVA 4GXSB 3RQTA 1QW0A 1XVXA 2NUVA 4QSDA 1QUIA 3B6TA 2M8CA 2UVGA 1Z7NE 3QK6A 4QHQA 1UTHA 1MXWA 2ZYMA 3O6IA 3HPIA 1SDXA 3ZKKA 4EQBA 1I69A 1H43A 1SW5A 3VVDA 4R6KA 4H8JA 4QSCA 1HSEA 2OBGA 1POY1 2Q2CA 4HCYA 3OO7A 2ZMBA 4XXUA 2XHDA 3HHFA 4G4PA 2Z22A 2A5TA 2I58A 3RT6B 4C1TA 1USYH 1QUKA 1B1XA 3GBBA 1MPBA 2Y84A 3BBRA 3C31A 4MFIA 2HEUA 3E3KA 1FW0A 3G7WA 3QIMA 4DLDA 1Y3NA 2ZYOA 5I2NA 1N7WA 3TTKA 4R2BA 5TP9B 4WEPA 2F5XA 4BDRA 1H44A 3U8QA 1JNFA 3KJTA 2XX8A 2UYFA 1LBBA 2DVCA 2DE4A 2PMSA 4YICA 2HQ0A 1QKAA 1BLFA 2AL5A 1NH7A 5L8DA 3G3FA 1ZTYA 2GFEA 3Q25A 3QYTA 1B7UA 3TKDA 3C35A 3PMXA 3K6WA 3L6GA 1NFTA 1YCJA 2VOZA 3QUFA 3E9XA 3CRBA 1MY3A 3CFLA 3TCFA 1FTLA 1QJMA 2B3BA 5ITPA 2I4BA 1LGBC 4NF5B 2CZLA 4YB7A 3BKIB 4GOTA 1LFHA 1ZLQA 3MAMA 4LONB 4X1DA 3LUYA 3LSWA 1B9JA 4QF9A 3RGYA 4R2FA 2F8DA 1OLAA 4IO7A 2UVJA 3HSTA 3G3HA 4FATA 3FZVA 5KCJB 2GHAA 2O69A 1HSJA 2Z8FA 2OWTA 3JYRA 1SYHA 3T9HB 1N84A 2V84A 3D4GA 1TT1A 3OEMA 2HXWA 2YJPA 1ATGA 4PFYA 3IOWA 1VSOA 4YU0A 3G3KA 1NNPA 3FXQA 2XXWA 3TTRA 3RPWA 1OIBA 1EU8A 1US4A 3ZKLA 1FQFA 4KD5A 3OELA 3CVGA 5I57B 2OLBA 1JQFA 3BFUA 5H8NA 2Q9TA 3K6VA 3DLNA 4Z7EA 1B7ZA 2RC7A 4U21A 3PGFA 4H6DA 3MC2A 2I4CA 1S9TA 1N7XA 4AB6A 2DVZA 5H8FA 3S9NC 3VLUA 4QFPA 5AA4B 2OCUA 4G68B 1MQHA 4TOZA 5J1DA 2XD2A 3U1OA 2XXXA 1B3LA 4FE8A 1NNTA 1VE4A 3V5AA 2E0SA 1B58A 1P1QA 3T9XB 4OFLA 4NWDA 2DS9A 1UTHB 1JEUA 5H8SA 2RC8A 1LSTA 1D3KA 4KPTA 2DQVA 5I2KB 4NTLA 5CMMA 1IXHA 1US5A 3H03A 3U72A 1YAEA 4THIA 3VVFA 5DTBA 3R6UA 3IAZA 4C0RA 2OK2A 3TAJA 3EHTA 3UK4A 2DWHA 4JSDA 4QRZA 2F36A 3UIFA 3KN3A 4IO3A 1UIUA 3RLFE 3MVZA 4JDFA 2REGA 4ELPA 1RYXA 4IY5A 4FEDA 2GH9A 1DOTA 3CR9A 2ANJA 4YKPA 1BTJA 4XKPA 2ZYKA 1A7LA 4R75A 1Y3PA 4DCXA 5FTIA 1RYOA 1Q1KA 4IY6A 3DP8A 1OQHA 3LSLA 4KYEA 4OVJA 2UYEA 1B3FA 1QVSA 3KOTA 3VXBA 4DXUA 4DCYA 1LBCA 1MH4A 2DYXA 4O3AA 2XX9A 4ZE9A 3U94A 1SW4A 5DVJA 3OD7A 4R73A 1IITA 4PE5B 1MG1A 1B0LA 4ELRA 1UTBB 1N3WA 1OMPA 1TXFA 3E13X 3MJNA 1DTGA 2NOOA 2V3TA 4FORA 4MH5A 2Y7KA 1B0HA 3MW0A 3M3LA 4BLAA 1Y9UA 2G29A 3PUXE 4N13A 1P1NA 3T96B 5I59A 3IJOB 4WXJA 4DXBA 4NWCA 3TTLA 4IB2A 2O7IA 4H65A 3Q26A 3CFZA 2Z8DA 3FJGA 1MY1A 2NWJA 4BDMA 1VFDA 3R7XA 4ZEKA 4N6PA 1Y4CA 3PD8A 2H25A 3H6VA 2QS3A 3FIRA 4O3CA 3K00A 3SETA 3PUWE 4TLMB 1B3GA 4YMAA 4POWA 1S50A 3CG1A 1IZ1A 3VDFA 5KCJA 4EXKA 4OESA 5H8NB 4U2RA 1MQDA 1XS5A 2O6AA 2HAUA 3FXRA 4F19A 1ZMGA 3P7IA 1AIVA 1MXZA 3E4RA 4P0IA 4MLVA 3EPEA 4GL0A 4EQ9A 1MDP1 3N26A 4NF4B 4KFQA 5KZTA 1NKXA 2QS4A 4OFOA 4ELQA 2F7CA 3M3KA 5H8HA 1MXUA 4ZZAA 5AA2A 5FHOA 4MBPA 5DVFA 1FTOA 3W9VA 3K6UA 1SQYA 3W9WA 4EF1A 4MF3A 3C4MA 1HSLA 2D21A 1N76A 1TFAA 4UACA 1MQIA 2I6EA 3CIJA 3MBPA 3PU5A 5FHNA 3S9MC 2XXHA 3ZSFA 2AL4A 4QFOA 1WDNA 5AA4A 2XXYA 5EYFA 2RC9A 1PEBA 3PMVA 3DP6A 4GWOA 5IKBA 4KHZE 3ILUB 1OVBA 3U93A 3GBAA 3RY3A 3VXCA 4F18A 2P0SA 3HN0A 5LOMA 2I0BA 2A5SA 3G3JA 5HM4B 3SEWA 1P1WA 5TPAA 3PPNA 5BUUA 2H99A 5I2KA 3A3UA 5FHMA 1A8FA 4PFTA 4RXLA 1GV8A 4YKJA 2UVHA 3IX1A 1I6AA 1QULA 4FEBA 4RPNA 1R9QA 4KYDA 2V3UA 4G68C 1B5JA 1SVXB 4LQ5A 4R72A 4ESWA 3RTWB 2O51A 4U4XA 5H8QA 4LVQA 2QMXA 1GGGA 3ZS6A 4OQOA 2V3QA 2ALUA 3TDJA 3MP1A 3FVKA 5IAIA 4GQOA 3IJXB 1F9BA 2ZNTA 2Y7RA 1Y3QA 2I3VA 5A5XA 1URDA 3PMWA 3VV5A 4G8MA 1JVXA 1I6BA 1IUDA 1URSA 1ZKBA 3GXAA 3FVGA 5JK4A 4OZ9A 4LZ5A 4XKRA 4E0XA 4YMBA 1Y1MA 2F6PA 4F31B 1MY0A 4RA1A 4G8NA 4OHNA 3OSQA 5I59B 3UN6A 5F1QA 4RY1A 3VLWA 1QUJA 4DZ1A 4EDPA 4EXLA 3PUVE 3VFJA 3S9EA 4JXIA 1UIVA 2RCBA 1I6QA 3O66A 2BJJX 3L6HA 2D5WA 3MZ9A 4JBZA 2D3IA 2XD3A 1UTBA 4WEDA 3MZ1A 1LFGA 1M5EA 1B2HA 3S9LC 1IIWA 4U4SA 1PB7A 4LZ7A 4IO2A 1FTMA 4FJPA 1MXVA 4TQUQ 2UVIA 4F2QA 1SI1A 3I6VA 4KQPA 3CSBA 1WODA 2OWSA 4Q5TA 3S2VA 2R6GE 1AOVA 2XXVA 4QFLA 4NMYA 3K1NA 1OLCA 5I84A 3EHUA 3TUSA 1LCFA 3T66A 1B05A 4U22A 1Y4TA 1XC1A 1VFEA 4PQJA 1EH3A 5CMCA 3FUZA 4X9TA 1A8EA 1LB8A 3G3GA 5H8HB 5AA2B 2XXIA 3QSLA 4IGTA 3VLVA 2Q88A 3PPPA 3GZGA 4LUBA 2H9BA 2GRVA 3CSGA 3MVXA 3O6HA 4H0WA 4HW8A 1MPDA 3MP8A 1FQBA 3PD9A 1R1NA 4P0GA 1H45A 4LATA 5CM6A 1LAFE 3KBRA 2VGQA 5I56A 1B5HA 3MP6A 1NMUA 2R71A 2F78A 3TCHA 3IB1A 4NF4A 5CRYA 3VE1B 3H6TA 4E0WA 4ND9A 2FYIA 1GVCA 4IGRA 4QFNA 4XKQA 4BDQA 4PP0A 5TPAB 2DWAA 4GRKA 4JSOA 2KLFA 3B6QA 1S7YA 1JW4A 1PBQA 2DWIA 5L9SA 3OO6A 1EZ9A 3CFXA 4RNSA 3N5LA 2AYSA 1FQCA 3K02A 1R6ZA 2REJA 4G77A 1B3HA 2FNCA 1GTKA 4PFUA 2DP8A 1TFDA 3UGWA 1IXIA 5CC2A 5EHSA 3K1PA 3K1MA 3M8UA 3ECRA 1XHYA 2Q89A 5H8QB 2XXPA 4R6HA 3OMBA 3CI8A 5I58A 3OENA 3Q28A 5CI5A 2RKMA 4GIZA 2ONRA 3S4UA 2Q2AA 2P1SA 3TQLA 2VD3A 1O64A 3TQWA 2ABHA 5DT6A 2H4IA 1YTVA 5A5XB 4OMBA 3G3IA 4ZS9A 1OVTA 4NE4A 2HCAA 3OEKA 4UA8A 1MDQA 4JWYA 3V83A 4ZEBA 1ZJLA 3IB2A 1M5FA 4EUOA 1PBPA 3WAEA 3FJ7A 5HBCA 2X26A 2XX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9VA 1NNKA 4M4GA 5CMBA 4POXA 2CEYA 1MH3A 2DXRA 4ZE8A 5T3JA 4O3BA 4JVDA 5JTYA 5DVIA 2V4CA 4F39A 2PVUA 4FAJA 3MWBA 2RINA 5IZZA 4F3PA 3IOTA 1IXCA 5AA1A 2XXTA 3MZBA 4ONYA 1ZU0A 3KSXA 2O1MA 3ODBA 1DMBA 2F35A 1M5CA 4PE3A 4ECFA 1B4HA 3MVWA 2VT5A 4GLIA 1SW2A 1USYE 4XKNA 4KCDA 3K6XA 1PC3A 4QXDA 1POTA 5F7VA 5JEIA 4PFRA 4O8MA 1D9YA 1MY4A 4WKMA 2CZHA 3O28A 1SBPA 2PT2A 2Z8EA 2VHAA 3O2AA 3QMFA 5EQAA 2R9JA 5KDTA 4K3FA 4BDNA 4KR5A 5DEXB 1EZPA 2Q8JA 4I8CA 4R9GA 4N8GA 5L9OA 1PB8A 4RK2A 5ET5A 5M2VA 1IMAA 4MIJA 3W15C 2IA4A 3T0JA 3HCQA 2AIXA 2NVUB 4C1UA 4KYSA 1O63A 4P11A 1SW1A 2OWZA 1L5TA 3JV9A 1XVYA 4EF2A 2F3DA 4GX6A 3QUJA 2B3FA 4N91A 4RPOA 4OANA 1FBEA 4OEUA 2DSFA 2QS1A 5I56B 5ISUA 4NF6A 4YKIA 1FPGA 5HPQA 1FBGA 4DI3D 2DOJA 3V8XB 1NL5A 1B32A 1UQWA 3B6WA 1IXGA 3I5OA 2PYYA 2FHYA 1M5BA 1XT8A 3RT8A 2UXAA 3KEIA 3Q29A 3V89B 1RDZA 3HV1A 4F22A 2G93A 1A40A 5AA3A 4O94A 4QSEA 3FD3A 5BWJA 3C32A 3TEPA 4FIMA 4PGPA 4F29A 1WVJA 4RK9A 5IZ3A 4I3YA 1IMDA 1CB6A 2PFYA 3LBSA 2DXYA 4I3EA 1JW5A 3IOVA 1GR2A 5L9MA 3TPAA 4HCWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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