The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
57
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structure length |
57
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Chain Sequence |
MEAIAKYDFKATADDELSFKRGDILKVLNEECDQNWYKAELNGKDGFIPKNYIEMKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the Grb2 N-terminal SH3 domain complexed with a ten-residue peptide derived from SOS: direct refinement against NOEs, J-couplings and 1H and 13C chemical shifts.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GRB2
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Complex (signal transduction/peptide)
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| total genus |
8
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| structure length |
57
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| sequence length |
57
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OMP A; 2YSQ A; 2DJQ A; 2RPN A; 1SRM A; 2W0Z A; 1AOJ A; 2D8J A; 4GBQ A; 1ZSG A; 2LP5 A; 5IXF A; 2HDA A; 4AFU C; 1UFF A; 1KSW A; 4AG2 C; 2RN8 A; 4LNP A; 1H3H A; 4AFQ C; 5ECA A; 4ZNX A; 1T0H A; 3ZL7 C; 1AWJ A; 4JZ4 A; 2AZS A; 2JS0 A; 1SHF A; 2DRK A; 1OEB A; 2KXD A; 2AZV A; 3VS4 A; 2ESW A; 5I11 A; 1Z9Z A; 2CRE A; 2GNC A; 2KRM A; 2D8H A; 2ED1 A; 2DBM A; 2I0N A; 4CC2 A; 3M0T A; 2FPE A; 1NLO C; 1AEY A; 4LUD A; 2EKH A; 2RNA A; 1YN8 A; 4JJB A; 1HJD A; 1MV3 A; 3PVL A; 2VKN A; 1JQQ A; 1UHF A; 2DL3 A; 2CSI A; 3JV3 A; 2KRS A; 3O5Z A; 2DIL A; 4K11 A; 1WXU A; 4LN2 A; 5FWB A; 1X6G A; 4JJC A; 1YWO A; 1NYF A; 1UJY A; 4R0K A; 2DRM A; 2FRY A; 2DE0 X; 1U5S A; 2F2X A; 1M27 C; 1K4U S; 2KR3 A; 1WFW A; 2SEM A; 3VS0 A; 2JTE A; 3VS1 A; 1WLP B; 1I07 A; 1PKS A; 1BBZ A; 2J6F A; 3H0H A; 3UF4 A; 2MIO A; 4RTW A; 2VWF A; 1GRI A; 3H0I A; 2ROL A; 1UUE A; 2EVR A; 3EG0 A; 5GJW B; 1EFN A; 1UG1 A; 4CC3 A; 4HCK A; 4OMQ A; 2LMJ A; 2J05 A; 1RLP C; 1K1Z A; 2J6K A; 1ARK A; 3RNJ A; 2YUN A; 4RTX A; 4KRT A; 1ZLM A; 1BU1 A; 4J9C A; 3H0F A; 3TSZ A; 3UAT A; 3I5R A; 2KYB A; 1B3Q A; 1NM7 A; 2DMO A; 4HXJ A; 2L0A A; 2EGA A; 1UTI A; 1M3B A; 1Y57 A; 2CT4 A; 1ZUK A; 2NWM A; 3NGP A; 2KRN A; 1WA7 A; 4HVW A; 3H41 A; 2KNB B; 4LE9 A; 3UA7 A; 1J3T A; 2YUP A; 1VYT A; 2KRO A; 2RQU A; 1M3C A; 4ESR A; 1NEG A; 1E6H A; 3U23 A; 1CKB A; 2LX7 A; 2GBQ A; 2V1R A; 3KFV A; 1W6X A; 1M8M A; 2AK5 A; 2ED0 A; 2CH4 W; 1OPL A; 4CC4 B; 1GCP A; 2D0N A; 1I0C A; 2HBW A; 2L3P A; 2X3W D; 1ABQ A; 2FG0 A; 2EYZ A; 1X2Q A; 2MOX A; 1WXT A; 3C0C A; 2EYX A; 5IHK A; 2JMA A; 4AFS C; 4ORZ A; 4RTZ A; 4RUG A; 2DVJ A; 1NG2 A; 2EYW A; 1NEB A; 4RTY A; 4RTU A; 2L3S A; 1AWO A; 2AKK A; 2EGE A; 1K0X A; 1K9A A; 1GBR A; 2LNH B; 4D8K A; 1S1N A; 5L23 A; 5IHI A; 2MCN A; 2DF6 A; 4F17 A; 3VS2 A; 2KE9 A; 3EG2 A; 2DL4 A; 1Z9Q A; 2F2W A; 1YWP A; 2K3B A; 2CT3 A; 2ENM A; 3THK A; 3EHQ A; 2O88 A; 1PKT A; 1G83 A; 4CC7 A; 2RQV A; 3A98 A; 1T3L A; 2LCS A; 3VS5 A; 1T3S A; 2V1Q A; 1SPK A; 2BZ8 A; 2KGT A; 1KIK A; 1PRM C; 1OPK A; 3IQL A; 3REB B; 5I22 A; 1X6B A; 2LJ3 A; 2CSQ A; 3NPF A; 1WI7 A; 1AZE A; 2JW4 A; 2X3X D; 1OV3 A; 3M0P A; 4A63 B; 1AWX A; 1CSK A; 2OI3 A; 1JXO A; 1YNZ A; 2O31 A; 1BB9 A; 2DL7 A; 1VYV A; 2ECZ A; 1SRL A; 5HCK A; 3VS7 A; 2DA9 A; 1TUC A; 2DLP A; 1CKA A; 2H8H A; 3NHN A; 1AZG B; 1M30 A; 2DNU A; 1KJW A; 1QWE A; 3M0Q A; 2RMO A; 4OML A; 2BZY A; 2M0Y A; 4Y92 A; 4Z89 A; 2A37 A; 2DBK A; 3QWX X; 3UA6 A; 1SSH A; 1E6G A; 1JXM A; 1G2B A; 1AWW A; 1PHT A; 1VYU A; 2M51 A; 2FPF A; 2RF0 A; 2DL8 A; 1ZUY A; 2C0I A; 3CQT A; 2C0T A; 3PE0 A; 2DYB A; 4HVU A; 4J9I A; 1QKW A; 1QLY A; 1H8K A; 4J9E A; 2O2O A; 2F2V A; 1U3O A; 1IO6 A; 2D1X A; 1ZX6 A; 2VVK A; 3VRY A; 4QT7 A; 1WXB A; 1K76 A; 2J06 A; 2RQW A; 1GL5 A; 2GGR A; 2GQI A; 2A36 A; 1TG0 A; 1JO8 A; 2FRW A; 2LZ6 B; 4DEX A; 5IXB A; 5FWC A; 1VA7 A; 2IIM A; 2PZ1 A; 1ABO A; 4LUE A; 1PNJ A; 1XOV A; 4M4Z A; 4RTT A; 3PVQ A; 2NUZ A; 2JT4 A; 2LQW A; 1PWT A; 2J7I A; 2EYY A; 2CDT A; 4IIM A; 1U06 A; 2JXB A; 1UE9 A; 1K0S A; 1QKX A; 3EG3 A; 2W10 A; 1AD5 A; 2KT8 A; 4RTV A; 2L3Q A; 3FJ5 A; 2KBT A; 2EQI A; 1GBQ A; 2HEQ A; 2A08 A; 4OMM A; 3VS3 A; 2K6D A; 4D8D A; 2KEA A; 1Y0M A; 4J9D A; 4EIK A; 1YP5 A; 5FW9 A; 2A28 A; 1WIE A; 4JJD A; 1X69 A; 1NLP C; 2RQR A; 1MUZ A; 1QWF A; 1HD3 A; 1SHG A; 2XMF A; 3I9Q A; 5IHN A; 3NMZ C; 2OAW A; 2YUO A; 3R6N A; 1KFZ A; 2O9V A; 4Z8A A; 2K79 A; 3GBQ A; 2K7A A; 2CUB A; 3SEM A; 4FSS A; 1GFD A; 2C0O A; 4AG1 C; 3EG1 A; 2P4R A; 3SHW A; 1UDL A; 3I35 A; 3M0S A; 4X1V A; 4DEY A; 1X43 A; 2YUQ A; 2J6O A; 3TVT A; 5EC7 A; 4AFZ C; 2DX1 A; 2JS2 A; 2KT1 A; 1GCQ A; 4WCI A; 2EGC A; 1V1C A; 1X27 A; 1E7O A; 1BK2 A; 4OMO A; 2EBP A; 4IIO A; 1OOT A; 2ROT A; 2CH4 A; 3I5S A; 2PNI A; 2EPD A; 2CUD A; 2HCK A; 4E6R A; 3RBB B; 1QCF A; 3QWY A; 1MV0 B; 2RQT A; 3VS6 A; 4F16 A; 2SRC A; 1W1F A; 1JEG A; 2G6F X; 2FO0 A; 1A0N B; 1YCS B; 1SEM A; 4Z88 A; 2BTT A; 2YT6 A; 2GTO A; 2AKL A; 2QDL A; 3TSW A; 2HSP A; 1FYN A; 1GFC A; 1I1J A; 1ZUU A; 3EGU A; 3M0R A; 3VRZ A; 4J9F A; 4J9H A; 1LCK A; 2YDL A; 3EHR A; 1W70 A; 2FPD A; 1WYX A; 2GTJ A; 2LJ0 A; 4JZ3 A; 2ABL A; 4F14 A; 1RUW A; 1X2K A; 2B86 A; 2K9G A; 5IH2 A; 2JM9 A; 2L2P A; 1RI9 A; 2K2M A; 1UHC A; 3ULR B; 1UGV A; 2OJ2 A; 1WDX A; 5GJV B; 4J9G A; 1AVZ C; 1H92 A; 1FMK A; 1TUD A; 1ZBJ A; 2JM8 A; 1UEC A; 2LJ1 A; 1GCQ C; 1NYG A; 3REA B; 2O9S A; 1PRL C; 3LH5 A; 2DM1 A; 1RLQ C; 2BZX A; 4JPB W; 2FEI A; 2JMC A; 4GLM A; 1T0J A; 2KXC A; 1N5Z A; 4OMN A; 1M3A A; 3M0U A; 1UJ0 A; 1HSQ A; 1JU5 C; 2LQN A; 4J9B A; 2KYM A; 2DL5 A; 2E5K A; 4HVV A; 1WX6 A; 2PTK A; 2EW3 A; 1B07 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2M1H A; 2W0Z A; 3L2W A; 2D8J A; 4KBM B; 1ZSG A; 2LP5 A; 1VQO A; 3RKY A; 1UFF A; 3QSU A; 5DLQ E; 4AFQ C; 2OX7 A; 4NS5 A; 4C92 B; 2RM4 A; 2VXE A; 3VS4 A; 2ESW A; 2GNC A; 2MWP A; 1K9M C; 4CC2 A; 2FPE A; 1I81 A; 1NLO C; 5KCH A; 2VXF A; 1AEY A; 2QQR A; 2EKH A; 3RIR A; 1YN8 A; 1VQN Q; 4MML A; 2DL3 A; 1AT1 B; 2DIL A; 1X6G A; 1RI0 A; 3CCR Q; 1NYF A; 4HCC A; 2EJG A; 4R0K A; 5D6Y A; 3PMT A; 2DE0 X; 2RJF A; 1M27 C; 4J83 A; 1WFW A; 3KXT A; 2SEM A; 2GQV A; 1EZZ B; 2JTE A; 2FB7 A; 4FU6 A; 2C06 A; 1WLP B; 1O9S A; 1Q95 G; 4QVD A; 2RI5 A; 1XQH A; 2CKK A; 1QVP A; 3OW2 A; 2MIO A; 2VWF A; 3SWN A; 1GRI A; 2FZC B; 2PU9 B; 2QAZ A; 1JJ2 S; 2QQ9 A; 1PSE A; 1UUE A; 5GJW B; 2EQU A; 3I56 T; 4HCK A; 2LMJ A; 2J05 A; 4QVZ A; 3V8L A; 1RLP C; 2DD4 A; 1ZBX A; 2WSC E; 4C8Q E; 1WHG A; 2RA2 A; 2HSE B; 1IZ6 A; 1BIA A; 2YUN A; 4J9C A; 1BU1 A; 3JB9 I; 5GAO p; 3J7A F; 2P0K A; 1KD1 C; 4J5Y A; 4LD6 A; 2VV5 A; 1N9R A; 1UTI A; 1MGQ A; 1M3B A; 2JZ2 A; 4M7A B; 1ZUK A; 2OAU A; 4OB3 B; 1BKB A; 1Y96 A; 3E9F A; 3TCJ A; 1WA7 A; 2MK5 A; 3MHX A; 3OYK A; 4BDY A; 2HQX A; 4A54 A; 1M3C A; 1M1K U; 4ESR A; 3CBP A; 1IRE B; 1M8M A; 4OGE A; 2CH4 W; 3DKM A; 1MMD A; 1C6V X; 1GCP A; 2D0N A; 3A1P A; 1RL2 A; 2X3W D; 2MOX A; 1WXT A; 3A5Z B; 2DZC A; 2EYX A; 1D09 B; 5IHK A; 4RMO A; 4JRK A; 4RTZ A; 8AT1 B; 4RTY A; 1R8O B; 1MHN A; 3OYE A; 2L3S A; 1AWO A; 2AKK A; 2CGH A; 2E3I A; 1KG1 A; 3SFM A; 2A3L A; 1S1N A; 2MCN A; 2L89 A; 3EFS A; 2X4W A; 5LJ5 e; 1HYO A; 3SD4 A; 2DL4 A; 3CCJ T; 2R57 A; 1YJW A; 1NJI C; 3CXC P; 1VQM Q; 1K9M R; 1T3S A; 3OSS C; 5M9O A; 5D6X A; 5FRN A; 3REB B; 5I22 A; 2LJ3 A; 1WI7 A; 3CD6 T; 1AZE A; 2JW4 A; 2X3X D; 4FM4 B; 2YLC A; 7AT1 B; 1VOM A; 1AWX A; 2O4X B; 3OW2 P; 1CSK A; 1OI1 A; 5CK9 A; 1JXO A; 2K3X A; 5DY9 A; 3LWI A; 4LDX A; 2CP6 A; 2ZGW A; 3OS5 A; 4PJN A; 1VYV A; 2DFU A; 1SRL A; 3QHS A; 2DA9 A; 2DLP A; 3HTR A; 1CKA A; 1V29 B; 2H8H A; 3NHN A; 3S3M A; 2KAF A; 2EIF A; 1KJW A; 1QP2 A; 3RMS A; 4M7D G; 3M0Q A; 2BE9 B; 4Y92 A; 4Z89 A; 1X75 C; 2DXT A; 3UA6 A; 1WJS A; 1R77 A; 1G3Y A; 4JRI A; 1JXM A; 4M75 G; 5AYF A; 2E3H A; 2M51 A; 3JCM b; 2FPF A; 4M77 F; 3LWH A; 4J9I A; 3OS0 A; 4X9C A; 4PJL A; 2F2V A; 4J6X A; 1U3O A; 4MDW A; 5C6S A; 1K76 A; 1KD1 R; 1TH7 A; 1WHK A; 2E12 A; 2J06 A; 2RQW A; 2XK0 A; 5LJ3 f; 1JO8 A; 1FXX A; 4BAC A; 4IUT A; 1VA7 A; 2IIM A; 4LUE A; 4M4Z A; 3GNF B; 4RTT A; 3JB9 F; 1G3T A; 3SB2 A; 1VQ9 T; 2NUZ A; 1QMC A; 1PWT A; 4EDU A; 2EYY A; 4PJO G; 3OYC A; 1UE9 A; 1S72 A; 4EMH A; 4MMK A; 3FJ5 A; 3X20 B; 5GMK h; 5GMK i; 2KBT A; 4XU0 A; 3RDV A; 3Q1J A; 3VJP A; 3C12 A; 1VQ8 A; 4OMM A; 3CPW A; 3SDZ A; 4MZT A; 1Y0M A; 4OB1 B; 4J9D A; 4RCC A; 4GY5 A; 4C92 A; 1KHI A; 1X69 A; 5L8R E; 1NLP C; 1MUZ A; 1HD3 A; 3CC7 A; 2XMF A; 1OZ3 A; 5IHN A; 3L2V A; 3NMZ C; 2OAW A; 4IUQ A; 1KFZ A; 1LJO A; 4F7U B; 2RO0 A; 2K7A A; 5CIU A; 5CVI A; 1NJI R; 4E7Z A; 4FSS A; 5GMK j; 1Q86 C; 3OMG A; 1MNE A; 4C8Q C; 3F70 A; 1QQJ A; 2XKO C; 2P4R A; 1WHH A; 1UDL A; 3I35 A; 1X43 A; 2ZPB B; 2YUQ A; 3TVT A; 4C8Q D; 1K8A U; 2H3J A; 5EC7 A; 4AFZ C; 2XDB A; 2JS2 A; 2MF2 A; 3E19 A; 1I5L A; 2EGC A; 2RI3 A; 2LDM A; 4ELY C; 4OMO A; 1I5O B; 1VQ6 Q; 4RG2 A; 4IIO A; 1D1C A; 3RMQ A; 1VQ9 Q; 3I55 T; 2EPD A; 2QTX A; 2R5A A; 1LNX A; 2CUD A; 2EQM A; 2HCK A; 3CCM Q; 4E6R A; 4EPC A; 3RBB B; 2RQT A; 1YJW T; 4F16 A; 2SRC A; 4M78 G; 3S3O A; 3UDC A; 1A0N B; 4FYX B; 5GAN d; 4UC4 A; 3BDL A; 4Z88 A; 2BTT A; 5I2S A; 3CCR A; 2YT6 A; 1QW1 A; 2AKL A; 1TUG B; 2RHY A; 2CZ6 B; 3INZ A; 2EQJ A; 4JS4 A; 1I1J A; 1ZUU A; 1JB0 E; 4A53 A; 5KYW B; 1QP3 A; 2QK0 A; 4J8O A; 3TQ7 P; 4M7A E; 2HQE A; 1TWB A; 1WZO A; 2YDL A; 4C92 G; 3GP8 A; 1WHL A; 1WYX A; 4J7I A; 1VQP T; 2GTJ A; 4M7A A; 4EMK C; 1M1F A; 4F14 A; 4N4H A; 2ZPE B; 4XAX B; 2LRQ A; 5GAN g; 1K9M U; 2B86 A; 5KYY B; 1VQL T; 1YHQ Q; 2L2P A; 4C8Q B; 4A4E A; 1RI9 A; 2K2M A; 3ULR B; 2MAM A; 5A0L A; 3G71 T; 1VQ7 Q; 1FMK A; 1ZBJ A; 1QCN A; 3RUX A; 2NLU A; 2P0P A; 3OB9 A; 1RAF B; 1PRL C; 2MMP A; 1VQK Q; 1RLQ C; 2B8A A; 2EJ9 A; 2DAQ A; 4DBH A; 4ATO A; 2FEI A; 2JMC A; 4GLM A; 4OB0 B; 1KQS A; 2KDS A; 3PNW C; 4C0D C; 1M3A A; 1YJ9 A; 1TTH B; 3QZ9 B; 2RB6 A; 1M2V A; 2HKQ B; 3WVE B; 2YSQ A; 2DJQ A; 3I55 Q; 2QEX Q; 1SRM A; 1D0X A; 2O01 E; 4GBQ A; 3J81 E; 2DTO A; 5C0M A; 3OA6 A; 2HDA A; 3LX7 A; 4ZGJ B; 3OW2 S; 1HXD A; 4LNP A; 4FSX A; 5ECA A; 4ZNX A; 1T0H A; 4IUP A; 3ZL7 C; 4IKF A; 1H3Z A; 4JZ4 A; 1SHF A; 1OEB A; 4BE1 A; 3LGL A; 2KXD A; 2AZV A; 2DKG A; 5GAM h; 1Q86 R; 2AHJ B; 2YRV A; 2VC8 A; 1S72 T; 2DZ9 A; 2HZY A; 4L6V 5; 3PTA A; 2QQA A; 5GMK l; 2D8H A; 5KYX B; 2ED1 A; 2RD1 A; 1YCY A; 5EG2 A; 3M0T A; 1KD1 U; 4EMK B; 4LUD A; 1VQ8 T; 1HJD A; 1VQP Q; 4BB7 A; 1XTD A; 3JV3 A; 1UEB A; 1OU8 A; 1YJN A; 1M9S A; 2HMA A; 1YWO A; 1M5Q 1; 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