3GDM | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	261
structure length	261
Chain Sequence	KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFEDRRFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRRC

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Crystal structure of the K93R mutant of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Saccharomyces cerevisiae. rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	95
structure length	261
sequence length	261
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3gdmA00

1K7EA 4GBUA 3G1XA 1F6KA 2AGKA 1LOLA 2UV8G 1OFRA 1RQBA 3L21A 4YCPA 3LTSA 1KLZA 2OJPA 3W7PA 2LLEA 5H91A 3GDMA 5A8GA 4OBTA 2CZEA 3LDVA 4JEQA 4S1FA 4QM1A 3SZ8A 5D32A 2Y7DA 3G1HA 1OFQA 4ADSA 2CW6A 4JX6A 4JY9A 5BMXA 1VYRA 2TRSA 1FXQA 1XDLA 1FBAA 3UWUA 4NZJA 2RHGA 3N9RA 3TMQA 1KBIA 1NSJA 1KW1A 3UPWA 1VHCA 3HGRA 2R91A 2ISWA 2D73A 3N73A 4UMAA 5K7JA 2ZZ2A 3SGUA 1N55A 4JTFA 4JTEA 4TIMA 1KFLA 1VLWA 2ABAA 3KRSA 2QCCA 5L6UA 1QPOA 4FF7A 5HUOA 4MLRA 4MFEA 1JULA 1GVSA 5EA9A 4IMDA 4L4LA 3T55A 1KBJA 4P2VA 4N9DA 4IXXA 1TJRA 3HGSA 2TPSA 1YXCA 3NDOA 2PCQA 2W0UA 3WJSA 1I45A 2NX9A 3IVUA 1W1ZA 4PCFA 3B4UA 4JY8A 3IIZA 4BI7A 3W1NA 2DU2A 2ALDA 2FPTA 3WK3A 5DCDA 2RH9A 4NJKA 3G0SA 3HOJA 2VOMA 1IXOA 3FS2A 1KFCA 3HB9A 4DELA 4JX5A 1XDMA 3QC3A 2FPYA 3T78A 2BLEA 4JXCA 4X3ZA 3ATYA 4DO4A 3E02A 1ICQA 2GVGA 2YXGA 1ZY9A 4H6KA 2BXVA 2C13A 3DHFA 1K02A 2ZZ5A 1XKYA 1FWWA 3CEUA 3W1UA 2CU0A 1H62A 3EWBX 2WNQA 3S9YA 2EKCA 3EXRA 4JDYA 1EIXA 3B05A 1FX6A 3P81A 4UTJA 1XUUA 3G0UA 2NV2A 4OHQA 5EPDA 4WXYA 1XBZA 5DXXA 4UCGA 3STEA 3TFXA 3C8FA 4N4PA 3KRZA 3LTYA 1OFOA 1SZNA 1E51A 1UUMA 2NXHA 4HKPA 3W7HA 4GXMA 3A21A 1ZALA 2A7RA 3GX9A 2I14A 1GOXA 2V5LA 4HHPA 2JKEA 4ADTA 2TMDA 1XXXA 4NVTA 3GR8A 4O4WA 4R7JA 2V9DA 3C56A 2ZTKA 3P82A 1R47A 1A53A 3NQCA 4QISA 1KTBA 1KTCA 2J9XA 4IMEA 4BWLA 2E09A 1PCKA 4JYEA 2Z1BA 1LROA 3W7RA 4M6VA 1WDWA 2ZCGA 2HSAA 3P62A 4AHPA 5LNVA 4AF0B 3PB2A 3RLVA 5HR7A 2G96A 4YCOA 2E5DA 1SSDA 1SPQA 2RKXA 1TB3A 2GJLA 2DZUA 2A5HA 1X7FA 4AB4A 5CSRA 5IBXA 1M7PA 2P10A 5T26A 1SFLA 4O11A 1Q6OA 3CIWA 3W6YA 1DOSA 4FNPA 4K7YA 1LRNA 1GT8A 1AK5A 1H7PA 3FIGA 4E38A 4QITA 3QQ0A 3BO9A 5AHEA 3R5EA 4GWEA 3BG3A 3OVQA 1SQ7A 1T99A 2QAFA 3HF3A 4R34A 3MP3A 4GUIA 3IVSA 5KITA 1LDCA 1MEWA 4PC8A 1GWJA 5CPOA 5DN1A 2NWRA 3LB0A 2Q8ZA 3UWYA 4BR1A 4WD0A 4D2JA 1L6SA 2QAPA 3ZWTA 2QF7A 3S5YA 1HTIA 2QCNA 4O4VA 3F4WA 5D09A 2DJLA 1Q45A 2X30A 4UIOA 4JTJA 1THFD 1TPFA 4JYDA 1ML1A 2QUUA 3EWWA 3TC6A 1OK4A 4DF0A 4UTMA 4X2RA 3C4UA 4LS2A 2PRLA 2VEKA 4WUIA 2FIQA 2QJIA 4O15A 3VKJA 1HO1A 2G95A 2V81A 4ZVJA 4JTGA 3R13A 1Z41A 4MYAA 1LP6A 1JCJA 3WK1A 3PUEA 1OYAA 3C61A 5HWMA 1H50A 4LVGA 1LZOA 1H7OA 1PV8A 3P80A 3TXZA 2J6XA 2C16A 2BTMA 3P67A 3QMRA 2DZWA 3AO0A 4M19A 3M1ZA 3S1VA 2CLOA 3W3OA 3HJZA 4U28A 2W6RA 3UZJA 1M7OA 4IXHA 3C52A 1WYIA 2A7NA 4N02A 3W07A 3W85A 5G1TA 3WJXA 3LI1A 4UC5A 4ZQRA 3W1PA 1JJKA 1QWGA 4OU1A 1YXDA 1WBHA 3BW4A 1EP3A 4IQLA 3LCGA 3GR7A 1R2SA 4UTWC 5AHMA 5EL1A 3HG2A 4LW7A 1H7RA 3D0CA 1SO4A 3DH7A 3TW7A 3R12A 8TIMA 5CZSA 2VEMA 1ICPA 1B9BA 2ZQ0A 3NL3A 3WJYA 3O05A 5J5RA 5HJLA 3RNDA 1H7NA 4A2SA 5K9DA 2FDSA 2WO5A 5I3FA 3A22A 3DFSA 1LBFA 3H53A 2YW3A 3LBCA 3HMJG 3ZFHA 4LVBA 5HUPA 3OVRA 2A0NA 1IXPA 3BPWA 2C15A 5DBTA 3I7SA 3C6CA 2HS8A 5LHEA 2DORA 2JKAA 3N9SA 4NUWA 3W72A 3GXTA 1R2TA 4NT0A 1WA3A 3TJXA 4E0CA 3LHWA 1U5JA 1XL9A 1Y0EA 3NVTA 1A50A 1KV5A 4EF8A 2PC4A 4HNTA 3UQNA 2WQPA 4FNUA 3RFAA 3LHUA 3BG5A 1X8FA 3DFTA 3NL6A 1IXNA 5F4XA 1ZENA 2A4AA 1OJXA 1J4EA 1GG1A 1B57A 3L5LA 3HGOA 3PC0A 5F1VA 1YTDA 1F5ZA 4UNLA 4XKYA 2OT1A 3KX6A 3TJLA 5AYYA 3F03K 2PRHA 3W74A 3G22A 3S5NA 3PUOA 3PG9A 4RXGA 3IIVA 3PWAA 3STGA 4K38A 2ZZ3A 4AHQA 1I2OA 3O1NA 5HMSA 4UR8A 1H1ZA 4FNQA 5DLCA 3TDFA 1EX5A 1AL7A 4XTDA 3DGRA 1I2RA 4ONVA 1LTDA 3N2MA 3G1YA 3TX9A 3Q2DA 1K7FA 2CZDA 2WNZA 5E93A 2NUXA 2VFGA 1FWNA 3BLEA 2P0OA 4FX7A 3GNDA 3W76A 3LI0A 4BK9A 4OE7A 5TIMA 3TXVA 4UNKA 2GJNA 3K30A 2ZA3A 4MIMA 2TSYA 1JR1A 4JTTA 4ZQCA 3F1QA 4WOZA 3W2JA 5I3HA 4DPPA 2ZFAA 3IVTA 1GJPA 1H5YA 2NV1A 4O54A 4O0KA 2PRMA 6ALDA 4AAJA 1A5CA 4A2RA 1FWTA 1JCMP 1IIHA 3CEPA 3L5AA 4N6EA 3BW3A 1FQ0A 4NXKA 3N14A 2ZZ4A 1XCFA 1RPXA 1AMKA 4RK8A 4O14A 2NX1A 1ZAHA 4AF0A 1GEQA 3C2EA 2TYSA 4GFSA 2DZVA 3FOKA 2CLKA 3CWOX 3FJLA 2JKPA 1C9DA 1DV7A 3ZWSA 2B0MA 1O94A 3UZ5A 3B06A 2B7QA 5F4SA 2GUUA 4QQ3A 3W2LA 4JYFA 4DF1A 4NJGA 1SW0A 3QQ1A 1FCUA 3M9YA 3CHVA 5BNKA 3P61A 4K36A 2RDWA 4FX6M 4HPXA 1XBXA 3P7YA 5C6MA 1WV2A 2OX1A 3LCIA 3M16A 4RX0A 3RU6A 3TC7A 2G97A 4POCA 3LV5A 4UFJA 3NNTA 3RK8A 1JCXA 3TUUA 1X6UA 5HWNA 4JIQA 5FESA 5BOOA 1GVRA 3LCWA 1MEIA 4IWWA 4MZ1A 3TFCA 3PR2A 2NXIA 3DZ1A 2EF9A 3GXNA 4NU7A 4A29A 4Z08A 3BLFA 3W7CA 5DY3A 3IEBA 3G1FA 1RR2A 2ISSA 3CTLA 2WNNA 3S42A 5CGQA 5LKYA 1B4EA 2ZRVA 2BZNA 4RR4A 4FB7A 4A21A 4JICA 3B04A 3NQGA 3TCEA 2O7QA 2ZRYA 1ICSA 5I3GA 5LNUA 4XWUA 1FCVA 1X1ZA 4MYXA 4AXKA 4N9CA 3W2UA 5CPMA 4J9JA 3CIXA 2A85A 3LHTA 5KZMA 4Z0JA 2V30A 4EOUA 1VS1A 3FKKA 3SR7A 1W5QA 1TPVA 4PL1A 2V2CA 3ABSA 3NR0A 3PAJA 4UTTA 5KSWA 3JR2A 1KLYA 2CFFA 4UTKA 2DJXA 2G5WA 1ALDA 3R8RA 3QPYA 1EPXA 1GTEA 3KFTA 3W84A 3DAQA 2VFHA 1I2QA 3PSVA 1MEHA 1F05A 1VHNA 3WK2A 3W70A 2GQAA 3CM4A 3HQ1A 5D04C 1Q6RA 1S5VA 2V0TA 1TIMA 2DZXA 3A9IA 2ZA1A 4MPQA 3GDKA 3LGEA 3O15A 3A23A 3NQVA 3S5OA 4LC8A 1JRCA 1OFEA 2QDHA 3LLFA 2C18A 1V5XA 3SECA 4NZFA 2QCMA 3L68A 4M5PA 1KFJA 3T7VA 1JUBA 2VENA 2E68A 1RD5A 2P1FA 1HFBA 2QCLA 3NG3A 4LY8A 1QFEA 2QDGA 1WOAA 1O5XA 4Z0SA 2Z2UA 2V8ZA 2V2DA 3OIXA 3M5YA 3WJWA 2CLMA 4ML9A 1TSIA 4PTNA 1W5NA 3SIZA 1SR9A 1BTMA 3GK0A 4LWWA 2NZLA 1ZFJA 5KZEA 3EB2A 3UWZA 1IF2A 1F7BA 4NJIA 1DJNA 5I3IA 2H8XA 2J9YA 4WQ6A 3NZRA 4RV8A 1QO5A 2ZYFA 4TX9A 3STCA 3W22A 2J88A 3M44A 4DO6A 5F4WA 1DBTA 3LLDA 6TIMA 5EKYA 4O12A 2ZA2A 2ISVA 3S1WA 3W23A 3PS7A 3GB6A 1DORA 2GPTA 2X1UA 1XBVA 3MP5A 2CLEA 2E5CA 5DY2A 1U83A 3UWVA 4MVAA 3QMSA 5AYXA 1W0MA 3LRLA 1SUXA 4XKYB 2AQWA 3I7RA 1VCFA 5KMYA 1OVDA 5EY5A 1XI3A 4EVZA 1DQWA 4JTHA 5F1UA 1I2PA 4UFIA 3DKJA 3UXAA 1G4SA 3QJAA 5K2ZA 1FWRA 1LBLA 1B4KA 1AW5A 3NPWA 1HO4A 3PB0A 3S1UA 1DQXA 3FEMA 2Y7EA 5E0KA 1W8SA 4PEKA 4I7VA 4QJ1A 1TREA 1VR6A 4H3DA 3W9ZA 5C55A 2XN0A 4LU0A 1QCWA 3UWWA 2ZDRA 4OWGA 4TR9A 3G1DA 3S5ZA 2H90A 1WBJA 3NL2A 3GAKA 2X2GA 4LVAA 4MUZA 4A22A 4K37A 3W1LA 4YMZA 3RF9A 3GDLA 1P5BA 1SW7A 3KHJA 5KTLA 1DKWA 1C8VA 1KM3A 3NM1A 4BWLC 5D2VA 1TV5A 3NYZA 4GC4A 2VFEA 4R53A 5CG7A 1QO2A 1GVOA 2NUWA 1LRQA 2YPIA 3LRKA 5AHIA 4LOCA 3O6DA 1A5BA 1UJPA 1VPXA 1UUOA 1SO6A 5EYWA 5D05A 1VCGA 3L5MA 1KTNA 3WJZA 3NGJA 4AHOA 3W1AA 1D3GA 2YFNA 3C2OA 3LCFA 3MI2A 3BLIA 3TQVA 4KWVA 2A2IA 2ZTJA 2ZRXA 1S5TA 1O95A 1X1OA 4KFOA 1LORA 5IBXC 4Y90A 3LXCA 3E12A 1P1XA 4OV9A 1VC4A 3NPVA 3PM6A 4NNBA 4WX2A 3MI3A 5G4WA 2Q3OA 3DU0A 4UFKA 3MYOA 3G1AA 3TE9A 1G4TA 1TJPA 1TV8A 3VFLA 4QSHA 1F6PA 3TAOA 5D2XA 3L66A 2Y85A 3MP4A 3TSBA 2HTMA 3O6CA 4O17A 2ZZ7A 1TV7A 4MLJA 4KFPA 2JGYA 1TTPA 2CZFA 3N19B 3LHYA 3O63A 3EXTA 5CKSA 2Y70A 3TROA 4ZZ9A 4ALDA 4TO8A 4DBEA 5D38A 3MBFA 3NQ8A 1I8JA 3KVJA 2VKZG 2XN1A 4GNJA 2VC6A 1Q6LA 3PF3A 3I6RA 4OQVA 3IGSA 3DXIA 2QJGA 1JCNA 4IPJA 1C29A 5HULA 3G8RA 1L2UA 1TPWA 3U6WA 1R46A 3C2VA 3C2FA 2X1SA 1EWDA 5ABTA 5AB3A 5CZ0A 4FXRA 2V82A 2CLFA 2VFFA 1SU5A 4FEZA 3UD6A 3S6DA 3BGGA 3VNDA 4UTLA 5FF4A 4JX4A 1G6CA 4GE8A 1RVGA 3EX3A 1IXQA 1BKSA 1FY6A 5HQEA 4O16A 1UCWA 3KVLA 3N3MA 2XN2A 3NXFA 5L9FA 2A7PA 3FJ6A 4DBDA 1K8XA 3C2RA 1OYBA 4JN6A 1CI1A 4LNYA 4LRTA 1OFBA 1KFBA 1ONRA 3THAA 1W54A 3TA6A 1NF0A 2OZ0A 5C2XA 1Q6QA 3CB8A 1Z44A 1LCOA 1OX6A 5IM51 2QCDB 1GYNA 4LS0A 4O28A 1FDJA 1YTEA 3W7DA 4JNMA 3QSTA 4M6QA 2ZZ6A 3M41A 2E6YA 3F4NA 4IGHA 4LV9A 3G3MA 1ME9A 3CWNA 3R2GA 2X16A 1W5OA 3W88A 2Y7FA 1W31A 3JRKA 1EA0A 5AHFA 1PCWA 4AVFA 3HGJA 1P0KA 1SFJA 3GXPA 2VEIA 3TW6A 3BGJA 1WAUA 2QCHA 2X1RA 5A5WA 3OA3A 4LVFA 3W7JA 5AFDA 5E1QA 2ZRZA 3SJ3A 4WJEA 4IJBA 1GZGA 5D2WA 2NUYA 1J2WA 3TK7A 2QJHA 2YGYA 3DI1A 3W73A 1P0NA 3L67A 1NFBA 2A6NA 4JGDA 4RZ5A 2FB3A 4O13A 1FDYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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