3GGVA

Hiv protease, pseudo-symmetric inhibitors
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords V-1 protease
publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ggvA00
4EXGA 2G1NA 1ZPAA 4KUPA 3PB5A 1HSHA 5P3UA 2H6SA 2I4WA 2OHSA 1IBQA 3HAUA 4FRJA 3EKPA 5ISKA 4FRIA 1FKNA 5OYXA 1M0BA 1FGCC 5P0EA 3HDKA 4H1EA 3KDDA 3EL1A 1PSAA 2WF1A 4Y54A 1HVIA 3DM6A 3Q5HA 5DR7A 4RVXA 1B6JA 4UPJA 2Z4OA 4B70A 5P4MA 2NNKA 5JG1A 4Y43A 2FNSA 4J0ZA 5P46A 5P4PA 5C9FA 2OAHA 4RLDA 5P01A 2P3BA 3NUOA 3TTPA 2G94A 1OEWA 2AVMA 1EBZA 5P7KA 4D83A 3DK1A 3OGPA 5P6YA 3SABA 4F75A 2RKGA 2ER9E 1HTGA 4LXMA 5P3RA 3TL9A 5OZYA 3EXOA 2BB9A 5OZ1A 4FGXA 4Y5CA 5P4YA 5P8AA 1HHPA 4HA5A 4Q1WA 2J9KA 1EPME 9HVPA 5KQZA 3K4VC 5KR1A 5COOA 3S43B 4Y58A 1HBVA 5P3PA 3OAGA 6FIVA 2AOIA 5OZ4A 1GKTA 3QPJA 1RNEA 1T6EX 1UH7A 4D85A 4S1GA 1PFZA 4YBIA 3ZPUA 1MTBA 1AVFA 1EAGA 1D4YA 3KDBA 4J0YA 3K5GA 5HE7A 4PPHA 4Y4TA 3FIVA 3L5CA 5P5PA 2ZHRA 2BPZA 3EKXA 4U7VA 1G35A 1EPRE 2FXEA 3OUDB 2P3BB 3C9XA 5P6QA 3MXDA 4Y51A 3UQUA 4I0JA 1BWAA 5P73A 1RPIA 5P5UA 5IVSA 5P56A 5P4VA 4I11A 4Y5MA 3OHHA 2PWCA 4B1CA 4OBKA 1OHRA 2BQVA 4B77A 3OUAA 1EPQE 3I7EA 5HTZA 1HIHA 4CKUA 5P2VA 1GVXA 1MEUA 5P3YA 5P5TA 5P12A 4DQEA 3OU4A 5DR3A 3VV6A 3OAGB 2IGXA 5OZWA 5P59A 3IAWA 5P4AA 5P19A 1APTE 4B05A 1OEXA 3AIDA 1HXBA 4RZ1A 3TH9A 4RVJA 5P3HA 5DQ2A 3NLSA 4Z2ZA 4I0FA 3HVGA 4DJVA 4QGIA 1ZSRA 4JOOA 1TSUA 3NUJA 1SDTA 2G21A 2AODA 2CEJA 3LINA 5P6OA 3RSVA 2FLEA 4DVFA 4LC7A 4NJUA 5P4CA 1MERA 4Y3RA 1MSMA 5P0SA 5OZ5A 1HXWA 2BJUA 3SKFA 4A6BA 1E5OE 2BPYA 1N49A 2FGVA 1YTJA 3M9FA 3S85A 4B0QA 1HPSA 2ZHSA 2B42A 1W6HA 3D20A 3KMYA 5P8RA 1MTRA 1W6IA 3CIBA 4NPTA 4U8WA 5P2AA 4J1KA 5P2GA 1FMUA 3TNEA 5P27A 5P6BA 4U7QA 4Y3QA 2PMAA 1BXOA 3OGQA 3SFCA 5P7IA 4Y5GA 1IVPA 5P4IA 1ZTZA 3OU4B 2AVQA 2IS0A 2R8NA 4AA9A 5OZ3A 2AOGA 3RTNA 3INHA 1OD1A 2ZJKA 1YG9A 1GVTA 4Y3WA 4Y47A 5P85A 1KJGA 2AZ8A 4ZEAA 4Y6MA 2QI3A 1M43A 3KT2A 5P2NA 4PZWA 4JPCA 5P87A 5OZXA 3ECGA 5FIVA 4FSEA 3LHGA 5EZXA 2ANLA 4YD3A 1MVPA 5P8PA 2P8HA 3K4VA 2HPFA 2B7FA 3NDTA 1IZIA 1HIVA 3KFRA 4XX4A 1EC3A 5I3XA 3TKGA 3QS1A 2IEOA 5P4WA 5P6RA 5P5BA 2G1RA 5P1HA 4E43A 5HDZA 2NMYA 1HVCA 2F81A 5P5LA 4I0HA 5DGUA 5OZKA 1K6VA 1T7IA 2WF4A 4Y4XA 5OZDA 4NJTA 5P55A 2ZJMA 1MT8A 3VLAA 2WEDA 5P36A 4L6BA 2VJ7A 3UF3A 1A94A 5IVRA 4Y5PA 3UQXA 4ZLSA 5P04A 1EPLE 1HVSA 4Y4GA 4Y3HA 3TPLA 5OYRA 4IVTA 5OZJA 1C6XA 1D4JA 4RRSA 3OQAA 5P05A 2ER6E 3EL5A 4ER1E 2ZHVA 3UFNA 5P7MA 3MSJA 2V16C 5OZVA 5P3VA 1CPIA 1LYAA 5DQ4A 2QMPA 2I0AA 5I3WA 2VIJA 2IGYA 1ZSFA 5BRYA 2I4VA 1FFIC 5P1SA 1HIIA 3ZKIA 5P8HA 2ZHUA 3SA8A 3MWSA 5F00A 3IGBA 1SDVA 5P6UA 5P8OA 2QI4A 4ZSQA 5P5QA 5P0DA 5P70A 5P51A 4FLGA 3SAAA 5OYUA 1BV9A 5CONA 4ZPGA 3OOTA 4FAEA 2ZJJA 3T3CA 2JXRA 5HU1A 3EM3A 4Q1NA 4B72A 4B1DA 1BBSA 1SDUA 5P6LA 1ZBGA 5P20A 4DJYA 3L59A 1A9MA 3H5BA 2QD7A 1IIQA 4FRSA 4RRNA 4I0DA 5P7WA 4I0GA 5P1MA 3K1WA 2R3WA 1AJVA 5P1TA 4WTUA 4R8YA 3PGIA 5P81A 5P7FA 4KE1A 1META 3TPJA 5DQ5A 2PQZA 5OZSA 3QVCA 2F3EA 1DW6C 5P6AA 1SGZA 3DV1A 3VV7A 4ER4E 5P7QA 2BBBA 1LYAB 5P4DA 1XDHA 1BV7A 4DQCA 2QI5A 3R1GB 5P8EA 2OHQA 4QJAA 3S45A 5P0MA 2FNTA 1G0VA 1PPKE 3BVBA 3PM4A 3LZVA 1Q9PA 5P2CA 3KT5A 5SY3A 3PBDA 3UDJA 5P7NA 2P83A 2XFKA 2RKFA 2WL0A 1FQ5A 7HVPA 1BDLA 5P0VA 3GGAA 3NU5A 1FFFC 3HVPA 5P03A 3BGBA 5P4JA 1JLDA 1MIQA 4TRWA 5OZQA 3UQPA 3FX5A 3UTLA 2AIDA 3ER5E 5OZAA 1QBUA 3GW5A 3HLOA 3IN3A 5OZEA 4ACUA 4AMTA 2EWYA 4Y3TA 3N4LA 2O40A 2G27A 4YBFA 1SGUA 4PZXA 1LYWA 1DP5A 5P6MA 2QP8A 5P6JA 5P4OA 2UPJA 3QBFA 1A8GA 5P3QA 2JJIA 5P3MA 2VJ6A 5P88A 2WEZA 5P8SA 4LL3A 4NKKA 5P5IA 1XE6A 1TQFA 5OZ6A 5P1UA 5P1FA 5P5RA 5P5SA 2CENA 1IDBA 5OYQA 4LXAA 2QK5A 1XN2A 3GGUA 5P6TA 3NU9A 1HTEA 4OD9A 4DPIA 5P3GA 5P6EA 2P3CA 3WZ7A 1B6KA 4R92A 1IVQA 1KJ7A 2HB4A 1TW7A 5ISJA 3KA2A 4Y5KA 5P3JA 4I0ZA 1IDAA 2G22A 3TLHA 3UDHA 5OYYA 4FM6A 3NDUA 2QCIA 5P41A 1BILA 1FQXA 3L5DA 5P0JA 3O9EA 4CMSA 1DPJA 3PSUA 4I8ZA 5P2EA 3UCBA 5P89A 3K5DA 2OHTA 1Z1RA 3KN0A 3UQWA 3OU1A 1LYWB 4Y4ZA 3HW1A 5P3OA 5PEPA 4YD7A 4QJ6A 2QAKA 3S43A 3CMSA 3VF7A 5P0BA 4EJKA 3OQKA 5OYZA 2SAMA 5AHBA 4RROA 5P6WA 4Y3SA 4Y5BA 1W50A 2HS1A 5P06A 3UDMA 5HVPA 4Y3EA 5P02A 4GJ5A 4PYVA 3I8WA 3TOGA 5ER2E 4Y5EA 2HM1A 5P5YA 3AUPA 5P7XA 1A30A 5P4XA 1ODXA 1BVEA 2WF3A 4OD9B 5P16A 3OQDA 5P32A 5P43A 1FG6C 2Z54A 5P4GA 5P1OA 3TPPA 5P2OA 5P2DA 3NXEA 1RQ9A 1YTHA 3OUDA 1Z1HA 3EKVA 2F3FA 4Y39A 2NMZA 4GJDA 3NDWA 2G20A 3SM1A 5P5FA 5P2FA 5HD0A 5P2MA 3UDKA 5P4TA 5P3ZA 3PBZA 1B6MA 5OZ2A 2IRZA 2ER7E 5OZ0A 2ZGAA 4M8YA 5P5DA 5COKA 4Y38A 4FL8A 2B8LA 5P5JA 4FS4A 2NXDA 4M8XA 5P6XA 3D91A 5P78A 2PSGA 2WF2A 3EM6A 5P7BA 1B6LA 2Q15A 4EXHA 3OU1B 4Y53A 1SIVA 3D1YA 3F9QA 4HEGA 6UPJA 5I3VA 4J1EA 4F74A 4R91A 2AOCA 5P11A 1T3RA 1XS7D 3QIHA 1QDMA 3SLZA 2OHUA 4R95A 5DPZA 4Y3XA 2VKMA 4D8CA 4TVGA 5P2LA 1LF2A 2APRA 2UXZA 3O99A 3QI1A 4D88A 1SBGA 5OYVA 2WKZA 4YDGA 4HVPA 1GNNA 1D4KA 3PLDA 4YCKA 4K4RA 2FMBA 5P15A 3BC4A 5P5EA 5OZ7A 3RTMA 5P08A 3B7VA 1LF3A 5P44A 2PC0A 5OYTA 4A4QA 3BXRA 1APVE 5ENKA 4YDFA 3DCKA 1ODWA 2OHMA 1B5FB 4MC1A 5P7JA 3VF5A 4YA8A 3CKTA 4DJRA 1ZJ7A 5P47A 3VEUA 5P8VA 1MRWA 5P0PA 1APWE 2R5QA 4EHCA 5P7UA 1GNMA 4CPRA 2OHPA 2NTRA 3HD8A 1BXQA 3Q70A 5SY2A 2Q63A 4J1FA 3O9DA 2A4FA 2QMFA 5P4ZA 3NXNA 1BIMA 1NPWA 2HIZA 5P1ZA 4JECA 5P6FA 5P2ZA 3T6IA 2P4JA 3PWWA 5P2WA 5P2RA 1K6CA 4B1EA 1SH9A 5P38A 3SA5A 3IVHA 4NJVA 5AH8A 3O9GA 5P50A 5P6PA 4X7IA 3KYRA 4OBJA 2QI6A 3INFA 4HDPA 4LHHA 4Y4DA 2WHHA 5DR4A 1W5WA 4DQGA 4KB9A 5P84A 2JE4A 4J55A 5OYSA 4DFGA 4TRYA 2QHYA 3DCRA 3NDXA 5P1YA 5P4QA 2AOJA 5AH6A 5P8LA 4YHQA 5P75A 5IE1A 3IVIA 3UHLA 1FEJC 3I6OA 3ZKQA 3L5FA 4GJ7A 5AH7A 2ZJNA 4YCTA 3CYXA 2CEMA 5P71A 5P58A 3QN8A 5P3LA 4Y48A 1NH0A 2XYFA 5E5KA 5P1IA 4NJSA 4DJUA 1EC1A 3Q3TA 3URJA 2PYMA 5P5ZA 3RSXA 1D4SA 3OU3A 3SA6A 5CLMA 3N3IA 3APPA 4YOBA 5P8NA 2G1OA 1MT9A 3L38A 4TRZA 5AHCA 1HTRB 3PCZA 5P52A 3PJ6A 4QJ8A 4I0EA 4LAPA 1SIPA 2A1EA 2H6TA 2VIZA 5OZCA 1W5YA 3NU4A 1FLHA 4RCEA 3EKYA 3ZKNA 4K4QA 1FQ4A 2FGUA 1D4HA 3S2OA 3DOXA 5P13A 1EBKC 4XX3A 4APEA 3NSHA 5P0RA 3ZKGA 1D4IA 5OZGA 2AZ9A 5P54A 5OZRA 3UDYA 4Y3NA 4AUCA 4Y5AA 3T7XA 5F01A 2R38A 3JVWA 3O9CA 5P48A 5P1VA 5HCOA 3DJKA 3QRVA 3VUCA 4RYGA 5P1QA 3OK9A 2XFJA 3HBOA 1KJHA 2FXDA 4CPUA 2XFIA 3OXWA 2QNPA 3VYFA 5P8MA 5P5MA 5P00A 3D1ZA 2QI1A 3PI0A 4HLAA 5P2HA 2MIPA 4PEPA 5OZ9A 4GYEA 3RU1A 5P3CA 2XYEA 3B80A 5P62A 2FDDA 2IL2A 5APRE 2PH6A 4YD6A 5DR0A 5P3IA 1MRXA 1XL2A 1FIVA 2BPXA 2Q3KA 5OZUA 5P2YA 3WZ6A 3LZSA 4EJ8A 4J54A 4L1AB 4GJBA 1ZLFA 4YCYA 3SACA 5P5CA 2I4DA 3LIYA 3SA7A 3DUYA 3PHVA 5P1XA 1A8KA 2P3DA 2G1YA 4Y3LA 4K9HA 5DR8A 1PSOE 2R43A 3QRMA 4ER2E 3QRSA 3HZCA 5KOQA 4ZPEA 5P57A 3FKTA 4FRKA 7UPJA 3K5CA 2PSVA 5P3NA 1AIDA 5P1NA 5P63A 3PMUA 3O9LA 5P5GA 2I0DA 5SZ9A 4RCDA 5P8GA 3SKGA 1PPME 2BKTA 5P5NA 5T4SA 2Q5KA 5IS4A 1IZHA 1MESA 3GI6A 5P4NA 4DJPA 1ZP8A 1HVLA 3I25A 3LPIA 3BVAA 3VFAA 3UDNA 2R5PA 1K1UA 2UY0A 3INDA 5P4KA 1K2BA 1QBTA 5UPJA 4A6CA 3T11A 2V10C 1ZAPA 5P42A 5JFPA 2VJ9A 2I1AA 3IA9A 2NXLA 3S7MA 5P49A 5DGWA 3OTYA 5P39A 1NPVA 1GNOA 5P7GA 1SP5A 3GI5A 4Y3ZA 4Y9WA 5P0YA 1YX9A 4OBHA 2HS2A 4Y4WA 3GI0A 4F73A 2IKOA 4EYRA 4EWOA 3JW2A 4EP2A 5OZLA 4OBFA 3KFSA 3QAAA 5B18A 1B6PA 1PPLE 5P3XA 2NNPA 5KR2A 3Q4BA 3TOFA 5ER1E 5E5JA 1EPPE 1W5XA 1HSIA 5OZFA 1E80E 1T7JA 1YT9A 2G26A 3SQFA 3O9LB 2HB2A 2G1SA 4YD4A 1EC2A 3T7PA 3PEPA 5P53A 2AVVA 4OC6A 4Y4BA 4TVHA 2AOFA 4GIDA 5P1LA 2OHLA 4H3GA 5P5OA 4GJ9A 1QBSA 2VIYA 4GJ6A 3LIXA 4Y3YA 5P28A 5OZZA 5P1KA 5P1RA 5I70A 5P5HA 5OZMA 3FNSA 5P0FA 5P3WA 2AOHA 3QBHA 5P4EA 5P6HA 1KJFA 3LIVA 4XKXA 4QLHA 5DQCA 5P1CA 3RVIA 5P0ZA 1AM5A 1FF0C 2Q54A 3D1XA 1HWRA 2ZJHA 5P7OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EXG A;  2G1N A;  1ZPA A;  4KUP A;  3PB5 A;  1HSH A;  5P3U A;  2H6S A;  2I4W A;  2OHS A;  1IBQ A;  3HAU A;  4FRJ A;  3EKP A;  5ISK A;  4FRI A;  1FKN A;  5OYX A;  1M0B A;  1FGC C;  5P0E A;  3HDK A;  4H1E A;  3KDD A;  3EL1 A;  1PSA A;  2WF1 A;  4Y54 A;  1HVI A;  3DM6 A;  3Q5H A;  5DR7 A;  4RVX A;  1B6J A;  4UPJ A;  2Z4O A;  4B70 A;  5P4M A;  2NNK A;  5JG1 A;  4Y43 A;  2FNS A;  4J0Z A;  5P46 A;  5P4P A;  5C9F A;  2OAH A;  4RLD A;  5P01 A;  2P3B A;  3NUO A;  3TTP A;  2G94 A;  1OEW A;  2AVM A;  1EBZ A;  5P7K A;  4D83 A;  3DK1 A;  3OGP A;  5P6Y A;  3SAB A;  4F75 A;  2RKG A;  2ER9 E;  1HTG A;  4LXM A;  5P3R A;  3TL9 A;  5OZY A;  3EXO A;  2BB9 A;  5OZ1 A;  4FGX A;  4Y5C A;  5P4Y A;  5P8A A;  1HHP A;  4HA5 A;  4Q1W A;  2J9K A;  1EPM E;  9HVP A;  5KQZ A;  3K4V C;  5KR1 A;  5COO A;  3S43 B;  4Y58 A;  1HBV A;  5P3P A;  3OAG A;  6FIV A;  2AOI A;  5OZ4 A;  1GKT A;  3QPJ A;  1RNE A;  1T6E X;  1UH7 A;  4D85 A;  4S1G A;  1PFZ A;  4YBI A;  3ZPU A;  1MTB A;  1AVF A;  1EAG A;  1D4Y A;  3KDB A;  4J0Y A;  3K5G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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