The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
KIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Apoptosis
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Caspase-3 binds diverse P4 residues in peptides as revealed by crystallography and structural modeling.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-3 subunit p17
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| total genus |
19
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2009-03-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DCO B; 2QLJ B; 1BMQ B; 5IC4 B; 3R7S B; 2H65 B; 3R7B B; 2HBR B; 1GFW B; 2P2C B; 1QTN B; 2CJX B; 3R5J B; 2CNL B; 3KJF B; 2XZD B; 1RWM B; 4ZVO B; 3EDQ B; 1I3O B; 2XYP B; 1RE1 B; 2C2M B; 4LSZ B; 2C2O B; 1NME B; 1RWN B; 1RHM B; 1PAU B; 2CNO B; 2XZT B; 2CDR B; 2HBY B; 2H51 B; 5K20 B; 2QL9 B; 1QDU B; 4ZVT B; 3NS7 B; 3RJM B; 1RWV B; 1SC1 B; 2CNN B; 4DCJ B; 2DKO B; 3IBC B; 3SIP B; 1SC4 B; 3D6F B; 3P4U B; 3GJT B; 1I51 B; 2H4Y B; 1RHJ B; 3KJQ B; 2HBZ B; 1F9E B; 3GJS B; 1RWX B; 2QLF B; 4ZVS B; 2XYH B; 3R6L B; 2CJY B; 2C1E B; 2Y0B B; 3D6H B; 3EDR B; 1SC3 B; 1RWO B; 4ZVP B; 1RWW B; 3R6G B; 3D6M B; 4DCP B; 2H5J B; 4JB8 B; 4ZVQ B; 1RWK B; 1RHQ B; 1RHK B; 3KJN B; 1RWP B; 1PYO B; 3GJR B; 2H5I B; 2XYG B; 2H54 B; 1IBC B; 2Y1L B; 3P45 B; 2QL7 B; 3GJQ B; 2H48 B; 1ICE B; 5IC6 B; 2C2Z B; 1RHU B; 3IBF B; 3QNW B; 2HBQ B; 3R7N B; 4ZVR B; 1RHR B; 2QLB B; 2CNK B; 2H4W B; 4ZVU B; 2QL5 B; 2FQQ B; 2C2K B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CLW A; 1HNZ J; 4JOU A; 4QYZ J; 1ZPW X; 4DL5 A; 2YVS A; 1S97 A; 3CJ0 A; 3PX6 A; 4NLV A; 2KXH A; 4R8U B; 1I3O B; 3CCU S; 2XYP B; 1T02 A; 3CCV S; 4LSZ B; 1REV A; 1P9Q C; 2HS3 A; 4WYL A; 1Q7Y T; 3MPU B; 2RML A; 3OTO J; 1VBZ A; 1B64 A; 4EK2 A; 3QQC D; 4UOC A; 4C97 A; 2RNE A; 5HQL A; 1YJ9 S; 1SJF A; 2W24 A; 3DLJ A; 5D4L A; 1X9W A; 1OSC A; 3MTK A; 4ED4 A; 2KI2 A; 3DRS B; 5L9N A; 2MLX A; 3P96 A; 1D8Z A; 5J2N A; 5CYQ A; 3BDP A; 1DTT B; 2BW7 A; 2HHX A; 3R7N B; 1J5O B; 4YHH J; 3PJW A; 1R8P A; 4M5L A; 3UDL A; 4RUA A; 1JLC A; 3SQO P; 2B4P A; 5ETP A; 1LW0 A; 2PEH A; 3W5Z A; 1FDD A; 2W9B A; 3MM5 A; 2KKH A; 3JB9 k; 3Q2T C; 3D9B A; 1URN A; 1HI0 P; 5CYM B; 4DPW A; 1NB2 A; 3U02 A; 1ZET A; 3OL9 A; 4QYZ K; 1QJH A; 3SCL E; 2UZA A; 2JWN A; 5BR8 F; 4DHV A; 1X5S A; 4DFP A; 3CF5 Q; 3NG8 A; 3MM9 A; 1U25 A; 4K4Z A; 1VQN S; 5F41 A; 4FXW A; 1D0E A; 2C2N A; 4IG3 A; 3GJS B; 4WFX A; 1W2B R; 3SBM A; 2J7U A; 1RTJ B; 2DBB A; 1YG0 A; 3ISZ A; 1UWB A; 5DM6 Q; 1EAR A; 1K44 A; 2YWK A; 2WW8 A; 2I5J A; 1S9G A; 3JYT A; 3KK3 A; 3W7B A; 3W2V B; 2FD2 A; 3WC2 A; 4DWI A; 2HWH A; 1M90 T; 2DNK A; 1C0T A; 4WTY A; 1UL3 A; 1FHT A; 2V4Q A; 1RHR B; 2R7U A; 1LWE B; 1TK8 A; 1X4D A; 2GHV C; 3VGT A; 4O3S A; 3AXK A; 3CDU A; 4F2R A; 2QO3 A; 3P5B P; 3HO1 A; 1XER A; 4FYY B; 3V6D A; 1V6H A; 2AGO A; 1ZBT A; 1X5T A; 4DR1 F; 5HAT A; 5CHC B; 1VHI A; 2CVE A; 1RWM B; 3EZ5 A; 1ITP A; 2HK2 A; 1SL2 A; 1WI8 A; 3Q8Q B; 1S79 A; 2OEM A; 2R7X A; 4OLO A; 1UVK A; 4C8Z A; 4LR7 A; 1S6P B; 3IBC B; 1HHT P; 4M8L A; 4LF7 F; 2LLZ A; 3HVR A; 4LVO P; 3AB2 B; 1FFW B; 5C25 B; 1S1U A; 1WUU A; 4IRK A; 4N76 A; 4OZN A; 1BQM B; 2BJ7 A; 9RUB A; 1FJC A; 3HD2 A; 4ZP6 A; 1N33 F; 1Q95 G; 3OHB A; 5F9L A; 4ID5 A; 3MI7 X; 2BW2 A; 1FVS A; 2Y1L B; 3VR1 A; 4HR2 A; 1JJ2 R; 4C2M A; 1X5P A; 2HBQ B; 3PW5 A; 1RTI A; 3SDE B; 3MOZ A; 4JI5 J; 3D5M A; 5IOL A; 3RU0 A; 2V8V A; 3C6T B; 4I69 A; 4AUK A; 1RT1 A; 1XBW A; 2VG5 B; 2WSC C; 1F9H A; 2MJU A; 5HJY A; 4CT8 A; 3EVM A; 1CVJ A; 2IFX A; 4TY8 B; 5J2Q A; 3BSC A; 1BLU A; 3N9U C; 5J1P A; 3GFY A; 2HBY B; 3AOD A; 1DLO A; 4Y0F A; 3LUY A; 4IRD A; 2VD3 A; 1WHW A; 4WIQ A; 3RJM B; 1SCJ B; 5KFD A; 2E29 A; 4GKJ J; 2OPP B; 5HO4 A; 3C14 B; 2VQE F; 3K5L A; 1GX6 A; 2KU7 A; 2IDL A; 5HMX A; 4AFF A; 4BS2 A; 3CC4 S; 3Q24 A; 2B9Y A; 4ED7 A; 2GVZ B; 3SMZ A; 4ECX A; 4MIB A; 5JMN A; 2EFQ A; 3T9Z A; 4QCL A; 3MFI A; 3TQ1 A; 3WZ0 A; 2QFJ A; 2O5D A; 3MAA B; 2DD8 S; 2PII A; 3CD5 A; 3OBI A; 1IKW A; 3D67 A; 3OLA A; 3TW0 A; 2FVC A; 4OZ0 A; 1FE0 A; 1XNR F; 5KFO A; 1LWF B; 2DHX A; 3M8Q A; 4O3O A; 2RDI A; 3BGF A; 1LFP A; 4DV1 F; 2UUB J; 5ETT A; 3HHL C; 1S59 A; 3R5A A; 2HPU A; 3JQJ A; 4K4V A; 3GG0 A; 5L1K A; 2RF2 A; 1SH3 A; 5B0A A; 1HBO B; 5CQG A; 4KGZ B; 4B9N A; 4DMZ A; 4KV8 B; 2NPI A; 4DR2 F; 3NOG A; 2OPR B; 4RNF A; 1MWY A; 5E0O A; 3AT1 B; 3A8I A; 2V4J B; 5KFI A; 4DG1 B; 1WHY A; 3FMW A; 5GAE U; 1RT6 A; 3R6L B; 4DSL A; 4NRU A; 1FJ7 A; 3ET6 B; 1OIA A; 2YY3 A; 3KLF B; 1MN9 A; 2PFD A; 3NMA A; 4DDF A; 4JI4 F; 1UP1 A; 4RNH A; 3BGO P; 1EET A; 1AZS B; 3T5K A; 3KLG A; 1GAO A; 1SJR A; 1IR1 A; 1CJT B; 2AP6 A; 3M8R A; 4Q8E A; 1HR0 J; 5GAH U; 3ZTS A; 1U45 A; 1AYE A; 3E3X A; 3OXF A; 2ZH9 A; 5F8L A; 5EUH A; 1R31 A; 1PC4 A; 2W25 A; 3PRB A; 2VQF F; 2PN6 A; 2POK A; 4DPX A; 5ETQ A; 2VFT A; 5ADZ A; 3N5F A; 3TOQ A; 2AWZ A; 3R7B B; 2VKR A; 2C3U A; 3D0H E; 3TRG A; 1P9Y A; 4K4U A; 3TEH B; 3W2W B; 2JSX A; 2PSZ A; 4UZC A; 2MY8 A; 3AD8 C; 2XS5 A; 4F4K A; 2Z4P A; 2DIU A; 3MUV P; 3OL7 A; 3UQS A; 4NYO A; 2MLY A; 3A13 A; 2VV5 A; 1CJK A; 2AF6 A; 1QD1 A; 3ZZP A; 3PX4 A; 2KHD A; 3MMC B; 2FB0 A; 4B9S A; 4IYQ A; 4RO0 A; 2HUR A; 4JV0 A; 1FXL A; 3BF4 A; 4NLR A; 4ZPC A; 4QR0 A; 2LXU A; 3C6U A; 2PDA A; 4CLL A; 4K0K F; 3TAM A; 2MYF A; 3CCW A; 1V3S A; 1IXK A; 1KQF B; 4RW7 B; 3V6K A; 4RX6 A; 4QQB A; 4UOH A; 4DCO B; 1FO1 A; 4RW9 B; 4ZPA A; 3N28 A; 1CUL B; 4USM A; 1RA6 A; 1AUS L; 4O4G A; 1XR6 A; 1YZ6 A; 2XY6 A; 4WKR A; 5B0E A; 1N34 J; 3BO2 A; 3JQM A; 4B17 A; 1HI8 A; 2BE9 B; 1SJ4 P; 1U26 A; 2H51 B; 2B8P A; 1QM9 A; 2ILY A; 2BRK A; 2D3Z A; 1WOR A; 1XMO J; 4DLG A; 1CQN A; 2F63 A; 2DNP A; 1VQY A; 3BYR A; 4X62 F; 1EP4 B; 3CJS A; 2ZC3 A; 4WFB Q; 3MMA B; 3N01 A; 4B9U A; 2W4C A; 2ZM6 F; 2J7K A; 1U0H A; 5B08 A; 2E7W A; 2IDE A; 2YNG A; 3DYA A; 4OYP A; 2LU2 A; 1TFY A; 3N5B A; 4KFB A; 1HPZ A; 1L3K A; 3NAH A; 2FJX A; 3PRV A; 1UVN A; 3UD5 A; 3HFV A; 2EW9 A; 1NJW A; 4AT1 B; 1U0S A; 3CCM S; 3PEH A; 4ILL A; 2C3Y A; 1SB6 A; 3ENQ A; 1Y5I B; 2MMY A; 4QR2 A; 3RB4 A; 4PQU A; 3BGL A; 2ZWO A; 1N0U A; 1NU4 A; 1RT7 B; 5DG9 A; 2FHK A; 4EZ9 A; 1SH2 A; 2WCX A; 3HDS A; 1S4F A; 3PAC A; 2WOM B; 1U8S A; 2R8G A; 2DGT A; 1BGX T; 2ZH4 A; 4DV7 F; 4AE5 A; 1AFJ A; 3ETM A; 2R42 A; 2XC9 A; 4FZV A; 2KM8 B; 3PFE A; 1KLN A; 1C4C A; 1U4B A; 1HWJ A; 2V2V A; 4FYV B; 5FLX Y; 1G3O A; 3VAG A; 4NAS A; 2WW4 A; 3BGU A; 4B3M J; 2J9D E; 1AA1 B; 2DR8 A; 2AEF A; 3DDK A; 1NSQ A; 2BJ1 A; 4ZPV R; 1TV6 A; 2KFZ A; 3QAT A; 3UO0 A; 2QV6 A; 1I94 F; 4C98 A; 4RU9 A; 3AA9 A; 4I6A A; 4H54 A; 1WOO A; 3LP2 A; 3M32 B; 3H98 A; 1JXV A; 4ZN1 A; 3LP0 A; 3FCV A; 4CCH A; 3UD3 P; 1G1X A; 2UVR A; 3L9Z A; 2YKM A; 2WVC A; 2HFV A; 4C8N A; 4WP9 A; 2V6A A; 1WTB A; 1YKW A; 1U48 A; 2CJX B; 2B51 A; 1LWC A; 3QRP A; 4OJG A; 1FJG F; 4Q7A A; 5FLX U; 1RHM B; 1NK7 A; 3JSR A; 2ASY A; 1QDU B; 1PIL A; 4EYH B; 1LW2 A; 4AYB D; 3VAK A; 4UZB A; 3ITH A; 2HQ3 A; 4OI0 A; 2LVW A; 5C2G A; 2HYI B; 2O1P A; 2FLO A; 3W9I A; 4LVN P; 2KRR A; 1ZH5 A; 3RR8 A; 4JYA F; 3VWS A; 3BB5 A; 4NYZ A; 2DH9 A; 4URQ U; 3NGK A; 3M1V B; 3PW2 A; 2F7V A; 2ZC4 A; 1ZZN A; 4QWC A; 3QPI A; 4L72 B; 2BZ2 A; 3ICL A; 3V81 A; 1O0P A; 3GII A; 1VJW A; 2DNM A; 3NCQ A; 2OMO A; 4ZVR B; 1T95 A; 3OFH A; 3Q2S C; 3UDC A; 2CNK B; 5KT4 A; 5D0G A; 1IQT A; 4OJ1 A; 5ETK A; 3R2C J; 2E44 A; 3GR1 A; 4YUD A; 1UW9 A; 2HHS A; 2DNN A; 2GIR A; 4DSJ A; 2HEK A; 2HMI B; 4DV4 J; 2AKW B; 2CWX A; 4DSK A; 4LQ9 A; 3GIR A; 1VC0 A; 3TJA A; 5CD4 A; 4CZC A; 2GA7 A; 1VBX A; 4HI2 A; 2M2B A; 1H74 A; 1HNW F; 3O8W A; 5DRK A; 4RBV A; 1BWE A; 1VQ9 S; 5I4M A; 5AXK A; 3EVO A; 1XN9 A; 2XLK A; 1KEK A; 4ID8 A; 2DT9 A; 5GVQ A; 3BQ1 A; 3HKW A; 2DXE A; 3GWC A; 1H73 A; 1FA0 A; 1W2I A; 4CYU A; 4A46 A; 4B3S J; 3NXZ A; 2ZHA A; 3VGS A; 1H2V Z; 1KVK A; 2MKH A; 1RHK B; 3LAK A; 3TUP A; 2V8P A; 3N6M A; 1CC8 A; 3BBB A; 4PUO B; 1R7I A; 4DU8 A; 3Q23 A; 1SL0 A; 4JUZ A; 1CLF A; 4EMD A; 3K17 A; 2UUA F; 3PW7 A; 3N0V A; 4DV6 F; 5ETM A; 4F67 A; 4PXE A; 2XB2 D; 2VG7 A; 1D09 B; 4NZ6 A; 2ZBI A; 4JI6 F; 3TJ8 A; 3Q83 A; 1Y3K A; 1X4F A; 5I3U B; 2HAF A; 1RTD B; 2I9S A; 1SV5 B; 5FDL A; 1IKY A; 2IM1 A; 3I5C A; 3J7Y U; 4K4W A; 1IWA A; 5D4P A; 3KG4 A; 3T6J A; 4U7C A; 4X4Q A; 3QWU A; 4F04 B; 1H7X A; 4MT1 A; 5KG5 A; 8ATC B; 3OR1 B; 2KXF A; 5IV3 A; 4OYB A; 1CEZ A; 3ULH A; 4TYA A; 2XG8 A; 2ROG A; 1SJ1 A; 2CYY A; 4U9R A; 1S12 A; 2X7I A; 5A2Q Y; 1VC5 A; 3CCZ A; 3FVY A; 4I56 A; 3EZU A; 4OZ5 A; 1F5C A; 3FC9 A; 3CDA A; 3PO5 A; 1FT8 A; 2MLZ A; 2HFS A; 4RW4 B; 4DV0 F; 4NPO A; 1HAR A; 5HL7 Q; 3NLC A; 2FTR A; 3FQL A; 2F4V J; 5K8O A; 2JDJ A; 2QSF A; 2B7C B; 4W90 B; 3OPK A; 2RU9 A; 4GVB A; 1L5U A; 2HNZ A; 3S7R A; 1JIH A; 3FSX A; 3Q8S B; 2MDA A; 2RRA A; 2ZVI A; 3QT5 A; 1NDL A; 1NSK L; 3EIC A; 4JV5 F; 4B9V A; 3TZX A; 2AYB A; 2WON A; 4P9S A; 1T03 B; 2JHE A; 3KNA A; 3O3L A; 5THW A; 1PKU A; 4NXM F; 1NH7 A; 4WK1 A; 4Y34 A; 4M5M A; 2XO7 A; 4L6V 3; 2Y1R I; 4E0D A; 4XPC A; 3BS9 A; 2CPH A; 1AW0 A; 4J5O A; 5HVF A; 4KH1 B; 1TKZ B; 2ZWP A; 5HP1 A; 4GO7 X; 2XGP A; 3LPY A; 3HK2 A; 2MKI A; 1PGZ A; 4LSN B; 4GKK F; 1BE4 A; 4D3H A; 2J0X A; 3C46 A; 1OYD A; 4PXC A; 2LQ9 A; 1TKT A; 2RKI B; 2PGC A; 1NB7 A; 4NML A; 3POT B; 3LP1 A; 1RI7 A; 2IA0 A; 1RKJ A; 2DTJ A; 1WEL A; 2GIQ A; 1VRQ C; 3T1A A; 1HIY A; 2GVD B; 2CZ9 A; 4QWE A; 3MTJ A; 3OQ2 A; 2M7S A; 2MZQ A; 2DR9 A; 3M7V A; 2Y0B B; 1N56 A; 1YX2 A; 3OFG A; 1ZAX A; 4UW2 A; 3W60 A; 3O2I A; 2A0F B; 3FSY A; 2HVI A; 2ZDP A; 4BC9 A; 3PHE A; 1EX8 A; 5BR8 J; 3I55 S; 2DRD A; 4Q45 A; 1FI4 A; 3M2V A; 4M5D A; 2K3K A; 2FLP A; 2CDQ A; 1N32 F; 1UAW A; 2FYX A; 3GP9 A; 4DV3 F; 1HQU A; 1VK3 A; 1JLF A; 3PNI A; 3M8P A; 3HXM A; 2IY5 B; 2HRY A; 3ENV A; 4Y2A A; 3HSZ A; 3H2L A; 5DDQ C; 3DRY A; 4YR0 A; 3LQV A; 2UVU A; 1WC5 A; 4G3I A; 1SVD A; 4LUB A; 3NWG A; 5F8N A; 1PAU B; 3CDW A; 1KN6 A; 2CJA A; 3W63 A; 1Q53 A; 3H7H B; 5D3G A; 1U1R A; 4J7C A; 3PEJ A; 1RJJ A; 1E6Y A; 1N6Q A; 5K8P A; 2EK1 A; 2W9A A; 1J2V A; 3GSI A; 2MQP A; 3C16 B; 4ZIT A; 2E7V A; 3FRY A; 4LRD A; 1HA1 A; 1FF2 A; 3U1M A; 3PO4 A; 3Q8V A; 3R27 A; 5IS2 A; 1F9F A; 1JXE A; 4P6Q A; 3EXC X; 2HVH A; 2IC3 A; 3X3U A; 1FRX A; 2YNF B; 3RRK A; 1KQS R; 4PXD A; 2EBE A; 4OV6 A; 2DJW A; 3H20 A; 2VG6 A; 3TO8 A; 2ASL A; 1ZOT A; 3IRX A; 3IS9 B; 4M1K A; 5KT5 A; 3JS9 A; 2C2K B; 2L41 A; 4DU7 A; 1RBO B; 2E9R X; 3O5T B; 3WX8 A; 4KKO B; 4ZCK A; 3SQG B; 2IM2 A; 1MU2 B; 2ZZN A; 4IO1 A; 1JQG A; 3CJ2 A; 1PYS B; 2HHT A; 4OJ3 A; 4ED3 A; 4RW6 A; 2IVM A; 3T5J A; 3I31 A; 5KOW A; 5DGB A; 2XZT B; 1CG2 A; 1PJ7 A; 1WWH A; 1ULR A; 3CJQ A; 2LEB A; 2N4C A; 3M9M B; 1ELO A; 3MEG B; 1SJQ A; 3AJD A; 4ELU A; 5K14 B; 1QUP A; 4DZ6 A; 3D2W A; 1RWX B; 3HKZ D; 1REV B; 2CPJ A; 4Q2L A; 3QIP A; 8AT1 B; 4ZCL A; 3QBC A; 3VQT A; 3NNC A; 1S1X A; 5K5M A; 3QT7 A; 4Z7C A; 1FRL A; 3THV A; 4DQR A; 2YKQ A; 4J90 A; 4ILR A; 4JV2 A; 3SXL A; 1LFW A; 4RBU A; 1RUS A; 4I2Q A; 5D15 A; 1H7W A; 3HI9 A; 3I32 A; 5HK4 A; 1OYE A; 2QLB B; 3DGV A; 3M6X A; 4C8K A; 5A6P A; 3GLJ A; 3QGI A; 2EBG A; 3PR4 A; 4OX7 A; 2QSW A; 5CYQ B; 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