3GKMA

Insights into the alkyl peroxide reduction activity of xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate/ligand complex structures
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
b'DAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGSTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKSHDNFSAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the alkyl peroxide reduction pathway of Xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate-ligand complex structures
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
molecule tags Oxidoreductase
total genus 51
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2009-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3gkmA00
1WWJA 3QAWA 2LTKA 2MBTA 4WF5A 2L5LA 2X8GA 1Z7PA 3HVSA 3IHQA 1GL8A 3IC4A 2LRCA 1SKSB 3QAVA 3UVTA 5C04A 3EE2A 2PUKC 4PQ1A 3QAGA 1QK8A 4XTSA 4HU9A 3L9VA 1AQXA 3O76A 2IFQB 5IIZA 4WEYA 1SK1A 5IM9A 2I81A 4NAXA 3KH7A 1SYRA 3D21A 3TCOA 4G9HA 3L0HA 1TRUA 2GZPA 2LV3A 1A24A 3N9JA 1OC9A 4EL1A 1GTAA 3PGTA 2OE3A 3A2XA 5IPHA 3H79A 2VO4A 2WJUA 1YF0A 3TKSA 1FHEA 2JZSA 4G2EA 2C0EA 4JEDA 2H71A 2H66A 1H75A 4KAEA 3KXOA 5DQSA 5H5SA 2KP1A 10GSA 3KTLA 3GSTA 2O89A 3P7XA 2B5XA 4MABA 1XWAA 3ME7A 4KH7A 4OMVA 1A2JA 3GNJA 4ZBDA 3APQA 3CSIA 3ZZXA 3E9JB 3L9SA 2H6XA 2YPMA 1FB6A 5G2ZA 4DSQA 3L4NA 5KEJA 3GV1A 1PX7A 4WR4A 2FCHA 1XBSA 3DIEA 2CZ2A 2FD3A 12GSA 3EU3A 2GSQA 2HRNA 3M8NA 2H1GA 3PH9A 4MJBA 3Q6OA 3GTUA 3ZIJA 4BWSA 1K0BA 2O85A 1GTUA 4Q5NA 1TK5B 3GIXA 4KDYA 3ZTLA 1QUWA 3TKSE 2B7KA 1PKZA 4MPFA 3FHKA 1K0AA 2X8CA 4F9ZA 4MZCA 1B48A 1SK0A 4ILFA 2Z9SA 4MK3A 1O8WA 3IBHA 1R4WA 2PBJA 2HSHA 5D96A 3ZFLA 4LL4B 1QQ2A 1K3YA 1MD3A 5J5NA 2WDUA 4TXOA 3RBTA 3E0UA 14GSA 4IJ3A 4EDZA 2DJ0A 2LJRA 5IMDA 4POMA 3ZVJA 4ACSA 4MP4A 2GQMA 13GSA 2H6YA 5ECMB 4DVCA 4N0VA 3ZIVA 1XPVA 4PUAA 2LSTA 2MMZA 4F0BA 2A2RA 1JZWA 2FLSA 3F6DA 2M80A 4GF0A 3VPQA 3O6TA 4HQZA 2RUFA 5F8BA 5G1LA 4ZB9A 3O3TA 2KHPA 4K2DA 2B5EA 3LYPA 3IOSA 1K0MA 1M0UA 2RM6A 2C1YA 2HNLA 3HJMA 4YQUA 1UC7A 2C3TA 1ACVA 1N8JA 1G6WA 5DAKB 2YP6A 3RAZA 2HT9A 1GRXA 2H1AA 4XHMA 4IW9A 2GSTA 1TW9A 2GT5A 4J2FA 3A3TA 4X0XA 4FYBA 1EEMA 3F0IA 1FOVA 2PGTA 2XBQA 4NHZA 4GLTA 3K8NA 2WGRA 4K8MA 4NXIA 5KN2A 1O6JA 2R2JA 1A0RP 3KTBA 3J7Yb 5A4VA 4HS1A 4L0WA 3KZQA 3TKPA 2HXKA 4TR1A 2NDOA 1OE7A 4I5QA 4RI6A 5GAND 5H5RA 3ZMKA 2G0FA 3KCMA 2YWOA 3F4SA 2C0DA 4NPBA 3GL5A 3HZ4A 5AGYA 2F51A 1WJKA 2C80A 3DRNA 4RI7A 3W6GA 3SWLA 1B9XC 2OJLA 5ECPB 3UMAA 3TKSC 3US3A 1T7PB 3RHBA 4PQIA 3I9V2 2P5RA 4J57E 2F3MA 2H0GA 3G7JA 2HYXA 1GUKA 2M72A 4KGIA 4F03A 2YWIA 16GSA 1HD2A 4MF7A 3ED3A 4D73B 5HFGA 4MJEA 4IBPA 3MSZA 3M3MA 2BJXA 1JFUA 2OBKA 4EVMA 5ECRB 1R7HA 4OWYA 3CTFA 1HNCA 5J4UA 3NIVA 3G7YA 5A4UA 1GSEA 2K8VA 1PKWA 3CYNA 2EIQA 1SENA 2L5OA 1SYXA 3VK9A 4XS1A 2B1KA 1X5EA 2V1MA 5F05A 4TVEA 2H19A 4AGSA 1EV9A 1LU4A 4JE1A 3J7Yk 2VL9A 1O7UA 1K3LA 4AF2A 3VWWA 2P31A 3TOTA 4X43A 5ID2A 3F4RA 2V32A 2YJ7A 5G30A 3I69A 4F82A 2PVQA 4MZWA 2L57A 2IJYA 1YQ1A 3CBUA 4GCIA 1TK0B 4ML1A 1YY7A 5JWRB 5E59A 1SJZA 3VLNA 5D73A 4HZ2A 6GSTA 3GURA 4WKWA 2YZUA 5JWQB 1HQOA 3BD2A 2PN8A 3OR5A 2VL2C 1LJRA 2DMLA 2K8SA 1E2YA 4IGJA 3ZFBA 1W4VA 2JZTA 4XRDA 3HCZA 3WYWA 2R3XA 1XWKA 5D93A 5CRGA 2LRTA 1EP8A 3HDCA 2IIYA 3WT1A 2H73A 4ZL7A 5AIXA 1BJXA 1K0NA 1C72A 5GZZB 2XC2A 2GLRA 4MA9A 3H93A 1MDKA 2TIRA 1WP0A 4ECIA 1SD8A 2H70A 2LJAA 4K0GA 2H0IA 2I9HA 4IJIA 2F8AA 2FA4A 2E7PA 3UIWA 1EZKA 1NM3A 3IE3A 4AJ7A 2K9FA 5JWOB 2V6KA 2VCQA 3TRXA 4NWYA 5DALB 3HZ8A 5ECOB 2YN1A 1PX6A 1G7OA 4AJ6A 1I5GA 1QMVA 3VI7A 1GSDA 3IXRA 4PGTA 2IMKA 3D6IA 4MCUA 1WMJA 4XS6A 4F0CA 4E8HA 4EE0A 4YAPA 1N2AA 4GWRA 2B7JA 4OO5A 2JL4A 3H1NA 2DIYA 4WF4A 11GSA 18GSA 3BCIA 3CTGA 2C0GA 5LD0A 1GNWA 3ERGA 1U6TA 1PL2A 3WGXA 3MNGA 1GTIA 4IN0A 3I6AA 1SL2B 4V2NA 2H1DA 2YWMA 2GT6A 3FRCA 3IR4A 2JZRA 3A2WA 2VD1A 5D9VA 1AC1A 2YJHA 2VCWA 3WD6A 1ZYQB 4BA7A 3MWHA 3D4TA 4Q5RA 2OADA 3UBLA 1DE2A 3TB2A 2L59A 1U88A 1OC9B 5LNKe 1ZZYA 1EGRA 4CHSA 1A2LA 4K7NA 1M9AA 3KD0A 4DSSA 2L6CA 1M2DA 3P90A 1U87A 5EY6A 4PXOA 4FYUA 1X0RA 1B9YC 2X8HA 2VLTA 5HQPA 3TKRA 2ES7A 3HD5A 2I3YA 2RUEA 22GSA 4K0NA 4NMUA 3TJGA 5B6NA 2P5QA 4ML6A 5A4WA 1HYUA 1SK2A 2B6MA 4MF6A 2VLVA 2CA8A 3PINA 5B7CA 1GUMA 4TN8A 1XIYA 5IPGA 4HOJA 4IQAA 4KE3A 1O73A 3H8QA 1TDIA 3DEXA 1NSWA 2B5YA 5JCWA 2IL3A 1XVWA 5G1KA 1OAZA 1MTCA 3C8EA 3Q74A 1URMA 4OD7A 3LG6A 5DJMA 4ZXGA 4IELA 5ABRA 1JZDA 2IMIA 3WGEA 3GTUB 4O92A 2EC4A 2WULA 3GMFA 2DSAA 2FGXA 3UBKA 1EGOA 4OCEA 3QPMA 3NOFA 4FH8A 4KSOA 1M7TA 2VOCA 2D2ZA 5DDLA 1SL1B 4BWQA 4KCEA 4K6XA 1OC3A 2N5FA 1S3AA 1BYEA 3LQ7A 1PD21 3V1WA 1GSUA 2FY6A 2E2GA 3A2VA 1ABAA 1IYHA 5IQYA 1BG5A 1Z6NA 1XWCA 3ERWA 4I6XA 2FHEA 4PNGA 3FZ5A 4TXOB 4ECCA 2GGTA 5ECKB 4I2TA 1EWXA 4XCSA 1AQVA 1OKTA 2DJJA 1XOAA 2VLUA 4Z7XA 3QFBC 1TI1A 1ERWA 1TK8B 2RIIA 2PPTA 2LJKA 2MYGA 1ZMAA 4GQCA 2CV4A 3UL3A 2KLXA 3FY7A 2LNSA 1VF1A 3DMLA 3KEBA 1RK4A 4QQ7A 5CP1A 3F63A 4HI7A 5B8BA 1PA3A 1V57A 3DD3A 2XPDA 4E8EA 2M46A 2VCTA 1THXA 4ZB6A 2CVKA 2K6VA 3HHVA 3M9JA 4GSTA 3UJ1A 4WXTA 5ELAA 1S3DA 2PU9C 2VCXA 4FO5A 1O81A 1TU8A 1ZOFA 3IAM2 2MBSA 2AYTA 5DCGA 5AISA 1Z3EA 1AQWA 2YANA 2OKAA 3GKXA 4BL7A 1T4YA 2VM2A 5G5FA 2PWJA 4TR1B 1Z5YE 2NTOA 1FO5A 1S3CA 1KTEA 2LRNA 2V41A 3S9FA 4RUVA 4EDYA 1WIKA 3MAKA 4OFNA 1TU7A 1PL1A 2CT6A 1SKRB 1MD4A 4DEJA 1QXHA 4EF0A 3LJRA 2H0HA 2GSSA 5GSSA 6GSXA 4MJAA 1W89A 2JU5A 3QOUA 4G19A 2FA8A 3GX0A 2CX4A 3GL3A 4NV2A 1VRSD 3LFLA 2OE0A 1V9WA 4OCFA 3KJYA 3EYTA 3TRQA 5D8IA 6GSWA 4PUFC 1ON4A 2MMNA 3UOMA 3FZ4A 3GSSA 1TI3A 4N11A 2LQQA 1V2AA 1JLVA 3LSZA 2ON7A 2WRTA 5L71A 4HEA2 3HA9A 1SKWB 1OVNA 4N30A 6GSVA 4TKYA 3KH9A 4IS0A 1ERTA 1XW6A 3IK7A 1OKDA 2ALBA 5FT3A 3M1GA 3GHAA 1ZYEA 2N5AA 3IRAA 7GSSA 3CSJA 4K9ZA 4L5OA 4BVXA 1HNBA 2J9HA 2KUCA 5ECSA 3GKNA 2FUG2 3TJKA 3A5WA 2VUPA 5HFIA 3W8JA 2FWGA 1GSFA 4OFMA 1WRYA 1SL0B 5G5EA 1K3OA 1A8YA 4NHWA 2GDRA 1MEKA 3ISOA 2WB9A 4JU5A 5HR2A 1J9BA 5ID2B 1O85A 1FAAA 1A23A 3KMNA 3IDVA 1UA5A 1K0CA 3QD9A 3QMXA 3N5OA 2XBIA 1WOUA 1VF4A 1R5AA 5IO0A 4JR4A 2H01A 4ISDA 19GSA 2DJ1A 4LMWA 4GTUA 3R2QA 5IMZA 3ZRDA 1GP1A 2YZHA 4I97A 1ZL9A 3ZLPA 4JZQA 1AXDA 2ON5A 1X9WB 3ME8A 5INYA 1YZXA 2QKEA 1FVJA 2GQLA 2MMOA 1G0TA 4ZL9A 1FVKA 3C1SA 4XS4B 2JSYA 3D5JA 4POBA 2YNXA 4WBRD 2IMDA 1F3AA 6GSUA 1T8EB 4I2UA 2QC7A 4LMVA 4ECBA 5IOWA 3VWVA 1KNGA 2HZFA 4HZ4A 2VAFA 2E0QA 1F3BA 5CYYA 1WE0A 5DJLA 2G2QA 4V2MA 2BMXA 4XS4A 3U6VA 3HVXA 1F9MA 1YKCA 1M2AA 4KUNA 5AIVA 4KDUA 2PVOC 4TR3A 1AUCA 5J9CA 5IO2A 1VF2A 1Z6MA 1Z9HA 3FR6A 1JZRA 3DVXA 4KB3A 3L9UA 5ECIB 5AN1A 2HFDA 5FWGA 4BVYA 3VURA 4TW5A 2DJ3A 2LKUA 1R5PA 3IPZA 2R37A 1TRVA 4O7HA 5GSTA 1V98A 2A2SA 4GSSA 2FWHA 1USBA 5DBQA 1KBNA 2L4QA 3KMOA 1PGTA 4V1Ag 5ECHB 2WFCA 3FR3A 1JLWA 4KA0A 3CXGA 4ZBBA 1NW2A 4MH3A 1UN2A 2AV4A 3QDNA 3NZNA 3DVWA 3LGCA 4MLYA 1TKDB 5J9BA 1Q4JA 2IN3A 3C71A 4MJCA 1AAZA 1A2MA 3DXBA 5F06A 1U3AA 1X9SB 3DWVA 4G10A 1BEDA 3HKRA 1YDKA 5A5KA 3KP8A 4I8BA 3KP9A 2L4CA 1E6BA 3KIJA 8GSSA 3LORA 1G6YA 4TXVA 2FNOA 4JRRA 4ZL8A 1UVZA 1MDIA 1Y6EA 6GSYA 1RW1A 5EL8A 1YKAA 2YCDA 3C73A 2OA7A 4L8EA 4KDXA 4WBJA 2O87A 2WCIA 4DSSB 3LYKA 3D22A 2VL3A 4MF5A 4JBBA 1X5CA 4NV5A 3GYKA 2H74A 1VF3A 3FZ9A 1THOA 1YEXA 1WPIA 4TOPA 2VIMA 4YH2A 4IVFA 5LCZA 1TRWA 3QR6A 2TRCP 1BQ7A 1FW1A 3ZL5A 2B1LA 2LS5A 4K7OA 3SBCA 3RHCA 2HZEB 4FIWA 5JCUA 2IMFA 3GFKA 4JR6A 2CVDA 2E2MA 4YAVA 2AAWA 1FG4A 4BPYA 3H4KA 4V2LA 3GA4A 2AHEA 2DLXA 2H30A 4N0ZA 3F6FA 2JSZA 1T1VA 3CRTA 3CMIA 2HZEA 3U5RE 2L6DA 1LBKA 2C8UA 1X9MB 2H72A 3BCKA 3LXZA 2ZUPA 2IFQA 3APSA 2N5BA 3EMPA 5HR0A 1AW9A 3FZAA 4QL9A 3EU4A 3CRUA 1HNAA 4LL1B 1G7EA 3BJ5A 5D9TA 5B6MA 3GRXA 1TJDA 3GUSA 2X64A 4GQFA 4K1FA 4HJMA 5ECLB 2P0GA 1T3BA 2DMMA 4ZIJA 1DBYA 3EC3A 5F07A 3FYGA 5G31A 3DKSA 4KNDA 2PMTA 4POLA 1KEBA 2GTUA 5DCHA 1TXXA 2V6OA 5IMFA 1U3IA 1YEPA 5HR3A 1DUGA 2RLIA 2DBCA 3FR9A 4H86A 1AIUA 1XWBA 2HSYA 4ID0A 2CVBA 2XPEA 6GSSA 2FWEA 1SJIA 2C0FA 3I43A 1XW5A 4KCAA 2ZNMA 1YF1A 1ZCPA 2LUSA 2VCVA 4N10A 2OACA 2LEGA 1V40A 4XRAA 5H5QA 3TJJA 1B4PA 3ZVJD 4WETA 5KN3A 5KN1A 5IMVA 1NHYA 2DJKA 4MPGA 3VWUA 3F9UA 3ZREA 1JZOA 1XCCA 3RDWA 2R5GA 5CO3A 2F9SA 4ULXA 4K7IA 1PSQA 2GSRA 3P2AA 1A8LA 4HDEA 3GN3A 4TR0A 5KN0A 3EMXA 1GSQA 3EINA 5ECNB 2JACA 1BAYA 4IKHA 4OFTA 4L5LA 1ILOA 4LLRA 5CAXA 3ERFA 4PNFA 2VL2A 5J41A 4DSRA 1MDJA 3C7MA 3HYPA 4XIHA 3DYRA 5ENUA 4MMMA 2C3QA 4QL7A 2A4VA 4HUAA 2EIRA 1M2BA 3IAS2 1CQGA 2LQOA 4WR5A 4OO4A 2I4AA 5C00A 3ZITA 1Z7RA 5ELGA 1R26A 1XOBA 3GKKA 2FWFA 4ZBAA 3DGQA 2PERA 5DVBA 1OC8A 1QGVA 2CAIA 2YV9A 4MDCA 4F2IA 3LWAA 2CZ3A 2NVLA 2OBIA 5IMCA 4J56E 2DJ2A 2REMA 1F2EA 1A0FA 5CRWA 2O7KA 1GWCA 1SD9A 2C4JA 1XW9A 2VCZA 3VWXA 1GULA 3ZMLA 3RPPA 3LXTA 2HLSA 1NHOA 1ST9A 4LA1A 3M9KA 1OYJA 5CRHA 3HXSA 1GLPA 4EC0A 2HI7A 2VM1A 5DAKA 1GSSA 9GSSA 2WZ9A 5E4WA 5F0GA 4GSNA 1SJ6A 5EVOA 2LNTA 5CREA 1PQNA 1GUHA 4GXZA 5D9WA 3IA1A 2B3SA 2GQKA 3P8WA 3M0FA 2MZCA 4GRFA 1TOFA 3BBYA 3TDGA 3QFAC 3G9BA 1T00A 3FEUA 4ZB8A 3FW2A 1YJ6A 4HQSA 1ZGNA 1BX9A 3EURA 3AY8A 2DC5A 4IP1A 4ECJA 4POKA 3C1RA 5FHIA 1JHBA 1IYIA 4IQ1A 2R4VA 4HJ2A 4EXJA 2JADA 3Q19A 2H76A 1QFNA 1XWGA 1DE1A 4X1UA 3G7IA 1XXUA 1Q98A 2IPAA 4Q5FA 4PX1A 4IHUA 3F3RA 3FK8A 2BTOT 3BOAA 2VD0A 5HR1A 4RQRA 3W8SA 4EO3A 2GVPA 2O8VB 3CSHA 2I1UA 4V1Ap 3VI5A 4D73A 3HJPA 2GZZA 4KX4A 3D4MA 4IP6A 1CQHA 4FYCA 3UARA 4AJ8A 4L0UA 2QSIA 2F8FA 2GS3A 5JCGA 3UEMA 4YQMA 1ERVA 3F3QA 3TKQA 5COHA 3L78A 3TRPA 3HJOA 1I9DA 20GSA 2X99A 2H75A 2ZCTA 2WS2A 4KSMA 1PN9A 1B8XA 4HU7A 1Y25A 3JCML 1TRSA 4MH2A 5J3RA 2YV7A 3GH6A 2IMEA 2TRXA 2H1BA 1OE8A 3GX8A 4CW9A 2CQ9A 5CNWA 3TOUA 2V2GA 3RPNA 2AB6A 4EKZA 1J0FA 2HRFA 3TJFA 1V58A 3MDKA 3EWLA 5B8AA 2J23A 1EOGA 1EV4A 1M99A 1SU9A 3IV4A 4ZILA 2YWNA 4RQXA 1K0DA 4EUYA 2C3NA 1H4OA 2H6ZA 4Q5QA 4O32A 2HE3A 3D0ZA 2IWTA 2NPBA 3HVVA 5IMAA 5CRDA 1EOHA 5DQYA 4TRXA 3VPTA 1GNEA 1ML6A 2KP2A 3KM6A 3VFIA 1PRXA 5HFKA 3WGDA 1RQMA 2MMAA 1K0OA 3ZYWA 5ECQB 2AJQB 2YOIA 2K18A 3GKMA 4PQHA 4CDOA 4TR4A 1B4QA 1GTBA 1ERUA 4YQVA 2CX3A 4MZBA 3LEFA 1VGLA 5EPFA 5D9XA 1EEJA 4PURA 4P3YB 2OE1A 1GSYA 1T4ZA 3QCPA 2GZYA 3TGZA 3UVHA 5IOXA 1X5DA 4KW6A 17GSA 3GH9A 5GAPD 3KGKA 2R6KA 2XHFA 3Q18A 1EP7A 1XZOA 2DIZA 2EIOA 3F8UA 3UAPA 5DALA 3WT2A 1TTZA 3TUEA 1XFLA 4O5RA 1F37A 3F4TA 3FKFA 3PR8A 1O8XA 3E3EA 3IK9A 2CAQA 3HY2A 2QGVA 2KOKA 2H8LA 1DSBA 1J08A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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