3GKMA

Insights into the alkyl peroxide reduction activity of xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate/ligand complex structures
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
DAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGSTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKSHDNFSAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the alkyl peroxide reduction pathway of Xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate-ligand complex structures
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
total genus 51
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2009-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3gkmA00
1ERTA 1DSBA 1TU8A 1EGOA 4EC0A 4PUAA 1FO5A 3HJMA 1E2YA 4TR3A 4HI7A 4I2UA 4MP4A 1SYXA 1I9DA 1GWCA 4HZ4A 4Q5QA 3UOMA 1AIUA 1JZWA 1Z6MA 1ZGNA 3IHQA 4LA1A 4ZL8A 1T3BA 5ECQB 4MH3A 3CYNA 1SJIA 2R6KA 1U3IA 1XVWA 5F06A 2HRNA 2IJYA 5GSTA 1SKSB 2YPMA 3H8QA 2DJ1A 5JCUA 2HZFA 3D4MA 2AV4A 3IDVA 1CQHA 3IAM2 4F2IA 4HJ2A 1URMA 4OMVA 1IYIA 3UEMA 1LU4A 3L78A 3TDGA 5CP1A 3VPTA 2E7PA 1DBYA 1PX6A 3HXSA 3TKPA 2FWGA 1J0FA 2RUEA 2VCXA 4FYUA 12GSA 2FY6A 3WD6A 3KGKA 1WOUA 1FB0A 3DXBA 3HA9A 2GSQA 4NXIA 2FA4A 2GQKA 1B9YC 1PKWA 2HZEA 1QK8A 3QAGA 3I69A 2IN3A 4K8MA 2LJKA 2VCVA 4F03A 3UJ1A 2DJ3A 5A5KA 4RQRA 1X5EA 1YZXA 3FY7A 2F8FA 2OE3A 2PBJA 4HZ2A 4G2EA 5KEJA 4MABA 3F6DA 4XRAA 1XOBA 4EE0A 10GSA 5HQPA 1T8EB 3ME7A 3E0UA 3QD9A 4WBJA 1Z9HA 2O89A 1ERVA 3HVXA 4GSNA 3KIJA 4XTSA 1SL0B 4MMMA 4AJ6A 2HSHA 4PQ1A 4YQVA 3TRQA 4F9ZA 5DJLA 2X8HA 3UMAA 2DIZA 4ZBAA 1O73A 1Q98A 4IQAA 3DRNA 1SL1B 4K7NA 2IFQA 1F2EA 4TOPA 4ECJA 5LNKe 1AXDA 4QL9A 2V41A 1TOFA 1FHEA 4LMWA 4N11A 4XHMA 3SWLA 5EL8A 5B6NA 4K9ZA 2YJHA 2L57A 4K1FA 4Q5FA 1A8LA 2E0QA 3QFAC 1WPIA 3QOUA 2FWEA 7GSSA 3ZVJA 2RIIA 1GSEA 4EDYA 2F8AA 2FGXA 3IK9A 4QL7A 3RHBA 1X9SB 5KN2A 4KCEA 1XXUA 5EY6A 1NM3A 2DBCA 1ZOFA 2V2GA 9GSSA 3H1NA 3BJ5A 2I1UA 2YV7A 1ZYEA 4MF5A 3DMLA 2B5XA 3LGCA 5HR0A 2OBIA 1K0MA 3Q19A 1F6MC 3Q74A 1F3AA 4IBPA 1Z3EA 2YZUA 2GSTA 2H1AA 2HZEB 2K8VA 2C4JA 5B8BA 4H86A 2XPDA 4KB3A 2C80A 2GZYA 2LRCA 4L0WA 2VAFA 2F51A 5D93A 1WP0A 1TDIA 2ON7A 3GRXA 1XWBA 3F3RA 2IMKA 4HQZA 3ZZXA 3F4RA 3HYPA 3GV1A 3I9V2 2HNLA 1A8YA 4ECCA 5G30A 3GN3A 1DE2A 3MWHA 1OE8A 1ZZYA 2J9HA 2H73A 2K6VA 5HFIA 3M8NA 3MNGA 4PUFC 1GSFA 3ZMLA 3ZIJA 3NZNA 3CSHA 1O85A 5IOXA 1FB6A 2YANA 2WJUA 3HZ8A 4EVMA 2DJJA 2IFQB 5JWRB 3LEFA 3KEBA 4XS4A 1FVJA 4PGTA 4LMVA 2JACA 3NIVA 1YF0A 3D0ZA 3APQA 3ERWA 2MMOA 3LXTA 1DE1A 4IQ1A 4JR6A 4BWSA 3D4TA 4O7HA 1XW6A 5HR3A 2FCHA 2MZCA 19GSA 2OJLA 1ACVA 3GURA 3ZITA 3A2WA 3BBYA 1FW1A 2OE0A 1THXA 1YF1A 1Z5YE 1TRVA 1NHOA 2ZNMA 3Q18A 3EMPA 5ECKB 4WEYA 1TK5B 3R2QA 1TRWA 4MZCA 4IW9A 5INYA 1U6TA 5ECIB 4YH2A 4HEA2 1K0DA 3GA4A 1HNBA 1QUWA 1TTZA 5CRGA 4N30A 1XZOA 3FZ4A 3C71A 4ILFA 5G31A 3RBTA 4PURA 2YNXA 4KDUA 4Q5RA 1ON4A 1SK0A 2PUKC 1BEDA 1I5GA 1YJ6A 2FHEA 2GGTA 4IGJA 2EIOA 2VL9A 1MEKA 1TK0B 2VLVA 3TOTA 2LQOA 5DCHA 2MMNA 1A0FA 4EDZA 5DCGA 4TW5A 3O76A 4IJIA 2AAWA 2DJKA 4F0CA 1V57A 3CMIA 2IPAA 1ZYQB 5GAPD 2H6ZA 2CVDA 3I43A 3DKSA 1XWCA 1BAYA 2RM5A 4IP1A 5AGYA 2L5LA 4RI7A 4J57E 5J9CA 3GX0A 3LORA 1A23A 2IIYA 4GRFA 5IMCA 1H75A 1E6BA 4Q5NA 2GQMA 2OA7A 4MZWA 2X64A 4N10A 4DSQA 2B5YA 3IOSA 3TJJA 5LCZA 2KLXA 3TKRA 5DALA 4GSTA 1Y6EA 4XS4B 3WYWA 2ES7A 4D73A 5AIXA 1VF1A 1H4OA 1XWGA 3FEUA 4XS6A 4BL7A 2IMDA 2EC4A 4YAPA 1GRXA 1RK4A 1XWAA 3TUEA 5C04A 4KX4A 3ZIVA 5E4WA 3UVHA 1K0CA 5ECSA 4N0ZA 4JU5A 3EU3A 2DSAA 1ZCPA 1BQ7A 1NHYA 4KNDA 3IXRA 3K8NA 4LL4B 3GYKA 3U5RE 2CA8A 1QQ2A 1GH2A 2AHEA 2IMFA 1O8WA 1Z6NA 2VLUA 2RUFA 1ZL9A 3ZTLA 5D73A 2H0GA 3CXGA 1K3LA 2O85A 2YWNA 2QSIA 5IMAA 5FHIA 5F0GA 1K3YA 1X5DA 4HDEA 4KAEA 5JWOB 1GLPA 2AUVA 2BMXA 1O6JA 3VFIA 1BG5A 1XOAA 3KJYA 2GZZA 1GSYA 1XIYA 2VL2C 6GSWA 4IN0A 4TR4A 2BTOT 1BX9A 4ZBBA 1XW5A 2O8VB 4JEDA 4WXTA 2C0DA 2HE3A 1G7EA 3C8EA 1M2BA 4OFNA 3WGDA 4MJBA 4KGIA 3QDNA 5AN1A 4MZBA 5HR1A 3V1WA 3G7JA 4TXOA 2VIMA 4PNFA 1T1VA 2X99A 4HUAA 1B4QA 2LQQA 3KD0A 3ZFBA 1YKAA 2VCWA 1M2DA 4BA7A 2MMZA 4FIWA 3MAKA 4HU9A 2LRTA 5DALB 1K0AA 1MDKA 2LNTA 1U3AA 3TCOA 1OKTA 4D73B 3US3A 4EXJA 2VL2A 1M9AA 1W4VA 4BPYA 2OKAA 3FZ9A 2L5OA 4ECBA 4K7OA 3KTBA 3TRXA 2L4CA 2NPBA 1GUHA 2B7KA 3L9UA 2C8UA 5JWQB 3DVWA 1PL2A 5GZZB 5J9BA 2H1BA 4NHWA 4K6XA 4IELA 4CW9A 2P5RA 3EC3A 4V2NA 4K2DA 2XBQA 4KSOA 1USBA 3KXOA 4AJ8A 3IC4A 1FOVA 2WGRA 2AB6A 4WETA 3DYRA 2JL4A 3QCPA 2VL3A 3M3MA 2PMTA 2HT9A 1WE0A 4EL1A 1NSWA 2D2ZA 3KMNA 2CAIA 2XHFA 3IAS2 5KN3A 1PSQA 1A2MA 5AISA 3QFBC 1ERUA 4G10A 2LTKA 13GSA 5ECPB 3A5WA 4PNGA 2HRFA 2K8SA 2PN8A 1FG4A 2WRTA 2LJRA 4NHZA 8GSSA 5A4VA 5H5SA 2EIQA 4K7IA 2V32A 2CV4A 1N2AA 1IYHA 1XBSA 3EE2A 5GSSA 3P2AA 3OR5A 3ZL5A 2LUSA 1S3DA 4X43A 1V98A 4E8HA 2GSRA 2H75A 4MF6A 3EWLA 4ECIA 3CTGA 3W8JA 2H72A 4KDXA 4TXOB 3FYGA 4NPBA 3CRTA 5FT3A 3VI5A 4ZB6A 2NBSA 3APSA 2P31A 2GLRA 4P3YB 4IP6A 3E3EA 4KSMA 1GLQA 5IO0A 1VF2A 5A4UA 3HCZA 1EWXA 2C0GA 1A2LA 5ECMB 4TRXA 2OBKA 3GKXA 5DVBA 3IBHA 1MD3A 2G0FA 3BD2A 1QGVA 3EURA 3VWXA 5IMZA 2R37A 1WWJA 2EIRA 4I8BA 3BCKA 4FH8A 2J23A 3GSTA 4POBA 2DJ2A 4KH7A 1EP7A 3FHKA 3DEXA 3F9UA 1PX7A 4YAVA 4HU7A 2FD3A 3NOFA 2LS5A 2CZ3A 3KMOA 4IJ3A 14GSA 1JZOA 3PR8A 2R4VA 2GVPA 3A2XA 4RI6A 3KP8A 5IOWA 1SD9A 1KNGA 5LD0A 1JZRA 2K9FA 4O92A 1OC8A 3VWWA 3VWVA 1MDJA 2IWTA 2I81A 5G5FA 1CQGA 5DBQA 3RPPA 5CNWA 3GNJA 1B48A 5D9TA 2LNSA 2C3NA 3H4KA 3ZVJD 4I2TA 2IL3A 4ZILA 3F63A 2A2SA 1AQWA 3J7Yb 3LYPA 4KUNA 1OC3A 4NV2A 1GTIA 4POMA 1X5CA 2F3MA 2VD0A 1PGTA 4YQMA 2ZUPA 1SENA 1ERWA 2KP1A 3TJFA 3WGEA 2GDRA 1KTEA 3RDWA 5D9VA 2N5BA 2V6OA 2HXKA 3DD3A 4X0XA 5D8IA 4FO5A 4DVCA 4MLYA 2C3QA 2VLTA 1B9XC 1R5AA 2E2MA 2H8LA 5J3RA 4ZIJA 4ML1A 1A24A 1LBKA 2FWFA 2P5QA 5COHA 5ENUA 6GSTA 3M1GA 3P90A 2FUG2 2E2GA 1OC9A 1TKDB 4GTUA 1XW9A 3ISOA 4GF0A 17GSA 3QMXA 1FAAA 2C0FA 2CX3A 4ACSA 1SJ6A 1NW2A 3LG6A 3VI7A 1J9BA 2OACA 3EVIA 3W8SA 5B8AA 1Q4JA 1R4WA 2M72A 3GX8A 3J7Yk 2ON5A 4ZL9A 3HD5A 1GULA 3W6GA 4F0BA 1FVKA 3VWUA 6GSYA 3A3TA 5DDLA 3EINA 3I6AA 1TI3A 1XFLA 4QQ7A 4BVYA 2B3SA 4IHUA 3FK8A 2I4AA 1OVNA 5IM9A 3KH7A 1WRYA 5KN1A 2DJ0A 1YEPA 2M46A 2C0EA 3QAWA 5F07A 5G1LA 1GTUA 3EMXA 1PRXA 1UA5A 4FYCA 1JFUA 5ABRA 2CZ2A 4G9HA 1SJZA 2CX4A 1TJDA 2WB9A 3KH9A 1YQ1A 3F6FA 3VK9A 1AAZA 1VF4A 4EKZA 2LV3A 1VGLA 4N0VA 5J4UA 2CQ9A 4JE1A 3E9JB 2C1YA 1GSDA 3FR3A 3ZLPA 3RHCA 2NTOA 3UL3A 1O81A 6GSSA 2AJQB 1J08A 4E8EA 1SK2A 4GXZA 3LXZA 1MTCA 5CRWA 3LFLA 3IE3A 3L9VA 2KP2A 3TKQA 22GSA 2PPTA 3M9KA 5IQYA 2GT5A 4NV5A 3KP9A 3C73A 4J2FA 1TI1A 3N9JA 1ZMAA 2P0GA 5DQSA 18GSA 2DMMA 2TIRA 3WGXA 1OC9B 2H0HA 3UBKA 1A2JA 2H19A 2MYGA 4TVEA 1AC1A 2DLXA 3L9SA 1YDKA 3D5JA 4KW6A 3C7MA 1XCCA 3ME8A 3BCIA 1K0OA 2H30A 5A4WA 1JZDA 5B7CA 3HY2A 1G6YA 2XPEA 3C1SA 5CYYA 3JCML 1JLVA 1ILOA 2PVQA 3GKMA 3TJGA 2NVLA 3ZYWA 3LWAA 2H76A 5D9XA 3EYTA 2GQLA 1TRUA 1BYEA 2OADA 3CRUA 1SYRA 3ZFLA 3TOUA 1GP1A 2VCTA 2HI7A 2YWOA 3M0FA 1VF3A 5JCGA 4OO4A 3VURA 3LQ7A 5EPFA 1Z7RA 2REMA 3PGTA 4TR0A 4EUYA 2DIYA 3GIXA 3DIEA 4OCEA 4WBRD 2YWMA 3FRCA 4HJMA 20GSA 2LEGA 3GKKA 3KTLA 4IVFA 2FLSA 1R26A 4BWQA 5KN0A 5JCWA 1GTAA 2MMAA 1F3BA 3CTFA 5G2ZA 1MDIA 2X8GA 4XCSA 4MK3A 1VRSD 3EU4A 1GNWA 3IK7A 3KCMA 1X0RA 1Y25A 3QAVA 2NDOA 2CT6A 2HLSA 2CAQA 1M9BA 2N5AA 4MH2A 2HYXA 5H5RA 1KBNA 3FZ5A 1G7OA 3IRAA 1M2AA 1XVQA 2TRCP 4V1Ag 1AQVA 3D22A 2MBSA 2G2QA 5CAXA 1DUGA 4V1Ap 4POLA 4KCAA 3ERGA 5IPGA 1C72A 3TJKA 1KEBA 4TN8A 2FNOA 2R5GA 3ED3A 2FA8A 2RLIA 2HSYA 4CDOA 2GZPA 3HZ4A 3FR9A 3LYKA 3VPQA 2YZHA 1QFNA 3UBLA 3F4TA 3GH9A 3GHAA 5F05A 3G7IA 4PXOA 3H93A 2O87A 4ZBDA 2WS2A 1EOHA 3HVVA 3HVSA 3F8UA 5CREA 1RQMA 1TW9A 2GTUA 1PMTA 1O8XA 4MPGA 2CVBA 3GKNA 2XC2A 3UVTA 1T4YA 3N5OA 4PQHA 2GT6A 3PH9A 1ML6A 4LLRA 2H66A 3MDKA 3Q6OA 1GSSA 1BJXA 4POKA 1N8JA 3CSJA 4HS1A 2H01A 1B4PA 4MPFA 1T4ZA 4MJCA 1WMJA 2CVKA 5FWGA 3FW2A 2QC7A 6GSUA 5D9WA 1HQOA 3AY8A 2KHPA 4L8EA 3ZREA 2KUCA 2WFCA 3LJRA 3ZRDA 2IMEA 1YEXA 2YN1A 1EOGA 5IMFA 3TKSE 1XWKA 1SD8A 4BVXA 1SK1A 3IV4A 3KZQA 5IMDA 2H6XA 4TXVA 3FZAA 3GL5A 2ZCTA 4TR1A 4MF7A 2M80A 3GFKA 1JHBA 4MCUA 1OE7A 1ABAA 1AW9A 4L0UA 3LSZA 1A0RP 2IMIA 3HJPA 11GSA 1PN9A 5ECHB 4XRDA 2JADA 5DAKA 2N5FA 5ELGA 5ECRB 3BOAA 4FYBA 1EP8A 5G1KA 4V2MA 1SKWB 1HD2A 2H1GA 2L59A 4KA0A 3UAPA 3F3QA 1MD4A 1OAZA 2ALBA 3H79A 2RM6A 2H6YA 4X1UA 5HR2A 5H5QA 2B1LA 3U6VA 3HDCA 1W89A 4OD7A 1GSUA 4Z7XA 1X9WB 1WIKA 5IIZA 4ISDA 1K0NA 2HFDA 3DGQA 4I5QA 4K0GA 4RUVA 3TGZA 4I97A 1V40A 2H71A 2Z9SA 2QGVA 3DVXA 2VCZA 4ZL7A 1O7UA 1PKZA 5CRHA 2WDUA 3TJBA 1EGRA 1XPVA 3L4NA 3D6IA 1PD21 1B8XA 4GLTA 2K18A 4CHSA 5B6MA 3GL3A 4GWRA 2X8CA 1TP9A 6GSVA 2PU9C 2LSTA 1QXHA 1GL8A 2C3TA 3FR6A 2OE1A 1TK8B 1TRSA 2L4QA 1R5PA 1R7HA 4TKYA 4I6XA 5IPHA 1UC7A 2XBIA 1M99A 2JZTA 4ML6A 3P7XA 4ZXGA 2H70A 2B6MA 3GMFA 4EO3A 2VO4A 4EF0A 4DSSA 2DMLA 3TKSC 4L5LA 1V58A 2V1MA 3WT2A 4DSRA 2O7KA 2WCIA 4O32A 4XIHA 4TR1B 3IA1A 4ID0A 5ID2A 5IO2A 1YKCA 2JU5A 2YJ7A 1G6WA 3GTUA 3F4SA 4LL1B 1EEMA 4GQFA 4MJEA 3KM6A 2VUPA 3GSSA 3O3TA 5ECLB 5ECNB 3ZMKA 3CBUA 4PX1A 1HYUA 3UARA 1QMVA 5DAKB 5DJMA 4OFTA 4DEJA 2GS3A 1YY7A 3G9BA 2KOKA 2LRNA 1OYJA 4V2LA 1T00A 4G19A 1S3AA 1V2AA 2I9HA 3WT1A 1AUCA 1GUMA 4ZB9A 1M7TA 2PGTA 1ST9A 1SL2B 5ELAA 2A2RA 1HNAA 4WKWA 4WR5A 5E59A 3C1RA 2YV9A 1GSQA 4PQIA 3L0HA 3TKSA 1F37A 1PQNA 2PERA 3S9FA 3UIWA 5L71A 4MJAA 4JZQA 2L6CA 1U87A 4AJ7A 2B7JA 2H74A 2R2JA 2VCQA 4IS0A 4GQCA 2F9SA 2VM2A 2JSZA 4WF4A 1WJKA 5F8BA 2JSYA 4MA9A 3FKFA 4GSSA 1SU9A 2QKEA 1UN2A 4JBBA 1U88A 1GNEA 4KDYA 2JZRA 3TRPA 3RAZA 3G7YA 1UVZA 4NWYA 1THOA 1Z7PA 4YQUA 4MDCA 6GSXA 2VOCA 1K3OA 2AYTA 1S3CA 2B5EA 2PWJA 5CO3A 5J5NA 5AIVA 1M0UA 1F9MA 1AQXA 5C00A 1G0TA 3ERFA 3GH6A 1HNCA 2BJXA 3IR4A 4L5OA 2YOIA 4DSSB 2JZSA 5IMVA 2MBTA 1EV4A 1SKRB 1EV9A 4GCIA 4HOJA 3DWVA 2VD1A 3QPMA 4OCFA 2A4VA 5ID2B 16GSA 3TB2A 2YWIA 3GTUB 1PA3A 5HFGA 4RQXA 4HQSA 2GSSA 2LJAA 3HKRA 3O6TA 4WR4A 1LJRA 4JR4A 2V6KA 1GTBA 4KE3A 4OFMA 4ULXA 5EVOA 3PINA 1EEJA 4OWYA 3P8WA 2R3XA 5J41A 3HJOA 4O5RA 4IKHA 5D96A 2H0IA 2PVOC 1X9MB 4F82A 4J56E 3A2VA 4NAXA 3SBCA 4XS1A 1V9WA 3RPNA 1TU7A 2VM1A 1PL1A 2TRXA 4AF2A 4WF5A 5GAND 3F0IA 3GUSA 2LKUA 1OKDA 5ECOB 2DC5A 3CSIA 3D21A 4AGSA 4OO5A 2WULA 2YCDA 1TXXA 2FWHA 3VLNA 4NMUA 1EZKA 2I3YA 2L6DA 1RW1A 3M9JA 2H1DA 2WZ9A 3HHVA 1K0BA 2YP6A 1T7PB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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