The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNIKSTWDKIGGHAGDYGGEALDRTFQSFPTTKTYFPHFDLSPGSAQVKAHGKKVADALTTAVAHLDDLPGALSALSDLHAYKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLACHHPTEFTPAVHASLDKFFAAVSTVLTSKYR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen transport
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| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
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| publication title |
Crystal structure of dog (Canis familiaris) hemoglobin
rcsb |
| total genus |
54
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-03-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4C44 A; 2ZLV A; 2NX0 A; 2GKM A; 2Z8A A; 1A00 B; 3VRG A; 4O35 A; 2ZLU A; 1MLR A; 1Y35 B; 1A6G A; 5ILM A; 1UX8 A; 1YHR A; 2D2N B; 2W72 B; 1MLF A; 1VXG A; 4O4Z A; 3OZV A; 1BIN A; 3HEO A; 4F4O B; 1YE0 B; 1S61 A; 1A00 A; 5CN8 A; 1G0A B; 1Y35 A; 2NSR A; 112M A; 3G4U A; 1RQ3 B; 1XCH A; 3WCV B; 2D2N A; 2G0X A; 4MXL A; 3OZW A; 2W72 A; 4F4O A; 1YE0 A; 3M3B A; 1Y4P B; 1MLK A; 5HAV A; 1NS6 B; 1G0A A; 1YEU B; 2DHB B; 4TYX A; 1RQ3 A; 3WCV A; 1Y8I B; 3KUN A; 1J7W B; 5CNF A; 5EV5 A; 3A9M A; 5JDO F; 1Y4P A; 1G0B B; 1NS6 A; 4F69 A; 1YEU A; 1GDK A; 2DHB A; 3K3U A; 2HCO B; 1Y8I A; 1CH2 A; 2O5M X; 3M3A A; 1J7W A; 1YVT B; 3A59 B; 1UVX A; 2EB9 A; 1BZ6 A; 3ONZ B; 1O1L B; 1NZ2 A; 1LHS A; 4ROL B; 1G0B A; 4NI0 B; 1IWH B; 2HCO A; 1TU9 A; 1JP9 A; 1QSI B; 2FRI X; 1YVT A; 2GL3 A; 3A59 A; 4KJT A; 3RGK A; 3SZK B; 3ONZ A; 1Y4V B; 1O1L A; 4ROL A; 4PQB A; 1IWH A; 1UFJ A; 1Y22 B; 1QSI A; 5CN9 A; 3UHW A; 3VRE B; 3GQG B; 3ZJL A; 3SZK A; 1HLM A; 1EWA A; 2BLJ M; 1Y4V A; 2D2M C; 1DXT B; 1Y22 A; 1U7S A; 3ZJI A; 1Y4B B; 1DWR A; 1Y7D B; 3VRE A; 6HBI A; 3GQG A; 1RTE A; 111M A; 1ASH A; 1Y7G B; 5C6E B; 1XZ7 B; 1A9W A; 1C7B B; 1DXT A; 3E5I A; 1HAC B; 1XZ2 B; 2IN4 A; 1Y4B A; 4N7N B; 1Y7D A; 1LFQ B; 3GOU B; 2MBW A; 3S48 C; 4U8U B; 4G1B A; 1Y7G A; 3K8B B; 5C6E A; 1XZ7 A; 1MLN A; 1CPW A; 1YE2 B; 1C7B A; 4F6G A; 1NZ5 A; 1HAC A; 4TWU A; 1YEV B; 1XZ2 A; 3E55 A; 1YEQ B; 1MLH A; 4N7N A; 1LFQ A; 3GOU A; 3QM8 A; 3OZU A; 4U8U A; 1YEO B; 4XS0 B; 1Y4F B; 3GYS B; 3K8B A; 1OUU B; 1YE2 A; 1V4W B; 1UMO A; 1YEV A; 1LH3 A; 1NWI A; 1YEQ A; 1Y5J B; 5JDO C; 1YEO A; 1RQ4 A; 4XS0 A; 1MBS A; 1Y4F A; 3GYS A; 2RAO B; 1GLI B; 5E6E B; 3ZJO A; 1OUU A; 3RJ6 A; 2CMM A; 1MYG A; 1V4W A; 5EU2 A; 3AQ5 A; 2GTL B; 1Y5J A; 3QQR A; 1C7C B; 1KD2 B; 1NS9 B; 3ZJH A; 2RAO A; 1GLI A; 2ZS0 B; 5E6E A; 4YU3 B; 4MXK A; 1DO4 A; 2Z6T A; 3UHD A; 2D6C A; 3OGB A; 2GTL A; 3PI1 A; 2OH9 A; 1M9P B; 1A6M A; 1C7C A; 2ZT1 A; 1KD2 A; 1NS9 A; 2VLZ A; 3NMM B; 2ZS0 A; 4YU3 A; 2ZST A; 1Y7C B; 4AVE A; 1WLA A; 1IRC A; 1MOD A; 1YH9 B; 1FAW B; 4X0L B; 1Y8H B; 2W6V B; 1M9P A; 2VM0 A; 3UHZ A; 3LB1 A; 2NSS A; 4M4A B; 3IC2 B; 3NMM A; 1MYT A; 2HHE B; 1Y7C A; 3A0G B; 1BVC A; 1YH9 A; 1HBH B; 1FAW A; 3EDA A; 4OF9 A; 1RQA B; 4X0L A; 1Y8H A; 2W6V A; 3G4Q A; 1HDS B; 4M4A A; 3IC2 A; 2MGL A; 1Y83 B; 3WTG B; 2HHE A; 2O5L X; 1OR6 A; 3A0G A; 1MNO A; 1HBH A; 3BCQ B; 1JL7 A; 1RQA A; 5HLX A; 3U3E A; 2H8F B; 3ZOL A; 1HDS A; 2WY4 A; 2QSP B; 1Y83 A; 3WTG A; 2OHA A; 1Y09 B; 2D2M D; 2QRW A; 5KKK A; 4WJG A; 2D5Z B; 2Z6N B; 3O7N A; 1YCA A; 3VAU A; 5CND A; 3BCQ A; 4YU4 B; 1BJE A; 1JP6 A; 4FH7 A; 2H8F A; 2QSP A; 3GDJ B; 2O5T X; 3BJ3 B; 2LH1 A; 3QJC B; 1HDA B; 1Y09 A; 1Y31 B; 3SDN A; 1GBV B; 2D5Z A; 2Z6N A; 1GJN A; 1FSX B; 3WI8 A; 4YU4 A; 1MLL A; 3QJD B; 5ILR A; 1J41 B; 3HYU B; 2EB8 A; 3GDJ A; 3BJ3 A; 4L2M A; 3QJC A; 1BIJ B; 3MOU A; 1HDA A; 1CBM A; 1Y31 A; 1YMA A; 1GBV A; 2ZFO C; 3UHQ A; 1BZ0 B; 4HSW A; 3H58 A; 1FSX A; 4ZVA A; 1J7Y B; 3PI4 A; 1DXD A; 110M A; 3QJD A; 1J41 A; 3HYU A; 2FRF A; 1O1M B; 3AQ7 A; 1BIJ A; 5EYJ A; 2R4W A; 1BZ0 A; 1TES A; 1MYM A; 5HY8 B; 4DWT A; 1J7Y A; 3AT6 B; 5F0B A; 2SPN A; 1O1M A; 1MLM A; 2WTG A; 3AQ8 A; 1J7S B; 2GDM A; 5HY8 A; 1XZ4 B; 1GDI A; 1GBU B; 3AT6 A; 3OO5 B; 3OJ1 A; 2G11 A; 1O1K B; 3AQ6 A; 4PQ6 A; 1YOG A; 3GKT A; 1YHE B; 1JL6 A; 1B0B A; 1IBE B; 3QM9 A; 1J7S A; 2VYY A; 2G0Z A; 2SPM A; 1YIH B; 1GBU A; 1JDO A; 3OO5 A; 2EKU A; 1LH2 A; 1O1K A; 2MGB A; 2LHB A; 5HU6 B; 3S66 B; 1YHE A; 3UHU A; 1N9X A; 1IBE A; 4H0B A; 4HHB B; 4F68 A; 3ZJM A; 1N9F A; 2R50 A; 1MZ0 A; 1YIH A; 4DC7 A; 1COH B; 4MPM A; 1A0Z B; 5HU6 A; 3UHB A; 3S66 A; 3BJ1 B; 1YG5 B; 4AVD A; 1NPG A; 1IT3 A; 1A3N B; 2AUR A; 4WJG 1; 1NWN A; 4HHB A; 4HSX A; 3QJB B; 5JGG B; 2DC3 A; 105M A; 1MOC A; 1COH A; 1CLS B; 1A0Z A; 5E29 B; 3BJ1 A; 1YG5 A; 2EVK A; 2ZWJ A; 5CN6 A; 1A3N A; 3GK9 A; 3QJB A; 5JGG A; 1MLU A; 2AV3 A; 1WVP A; 1V9Q A; 1YVQ B; 1CLS A; 4H07 A; 5E29 A; 1Y5F B; 1MBN A; 1XYE B; 2MYA A; 3H57 A; 5D5R A; 3RJN B; 1Y0A B; 2FRK X; 1YVQ A; 4TWV A; 2BNL A; 1MLG A; 1Y5F A; 3MJU B; 1H1X A; 1CG8 B; 1ECA A; 1XYE A; 2HBD B; 3ECL A; 1FCS A; 1NPF A; 2GKN A; 1HLB A; 3UHR A; 4G51 B; 3QZX A; 3MJU A; 2D5X B; 2HBD A; 5CN4 A; 1QXE B; 3WCU C; 2PGH B; 2ZFO D; 2QFK A; 4N7P B; 1K0Y B; 2AUQ A; 4G51 A; 1KFR A; 1B86 B; 3UHK A; 2IG3 A; 2DN3 B; 1DM1 A; 1Y0W B; 2D5X A; 3ZH0 A; 1QXE A; 2PGH A; 2MB5 A; 4N8T B; 1MGN A; 1BZR A; 4N7P A; 1IOP A; 1CO8 A; 3ED9 A; 1K0Y A; 1JY7 B; 1NGK A; 2D2M B; 4NK2 A; 1B86 A; 1XZV B; 3QM7 A; 2R80 B; 2DN3 A; 101M A; 1UC3 A; 4DC8 A; 1Y0W A; 1DUO A; 1MBD A; 5EYS A; 2H8D B; 3HXN B; 3UHE A; 1DKE B; 4N8T A; 4KMW A; 1Y2Z B; 106M A; 1X46 A; 1JY7 A; 2V1G A; 2D2M A; 1XZV A; 2R80 A; 2G0V A; 2W6X A; 3ORD A; 1SPG B; 1YEN B; 5IKS A; 1FSL A; 1VXB A; 2H8D A; 3HXN A; 1DKE A; 3GLN A; 1Y2Z A; 1HBR B; 3ZHW A; 1VXE A; 2MGJ A; 1JPB A; 1SPG A; 1YEN A; 1MWC A; 1VXH A; 1HBR A; 2XKG A; 3WFW A; 1M6C A; 2H35 B; 3MBA A; 2V1F A; 1ECO A; 2ZSZ A; 1MNJ A; 3MYM A; 4JYQ A; 4NI0 A; 2YRS B; 1XZ5 B; 1MYI A; 1N9I A; 3D7O B; 2VEB A; 5E83 B; 1MNK A; 2QMB B; 1LJW B; 2H35 A; 1O1P B; 3AG0 A; 2R4Y A; 5D1V A; 2VEE A; 2MYC A; 4FWX A; 4MQC B; 1CIO A; 2ZLT B; 3S65 B; 2YRS A; 1XZ5 A; 3UHH A; 3M39 A; 3MVC A; 1MWD A; 2V1E A; 3D7O A; 5E83 A; 2QMB A; 1LJW A; 1CO9 A; 4KMV A; 5CNG A; 1O1P A; 2WTH A; 4MQC A; 2ZLT A; 3ARJ A; 3S65 A; 3CY5 B; 1X9F C; 1G08 B; 108M A; 1Y4R B; 3G52 A; 1MTJ A; 5HLQ A; 1OFJ A; 3UHY A; 109M A; 1VXA A; 3UHN A; 1V5H A; 3CY5 A; 3K9Z A; 1G08 A; 1Y4R A; 3OVU C; 1SWM A; 2MHB B; 4L7Y B; 1HGB B; 3G53 A; 1R1X B; 2MGA A; 5MBA A; 3E4N A; 3WCU D; 2ZLX B; 1K1K B; 1HRM A; 1HGC B; 1YHU C; 5AZQ A; 2Z85 A; 2MHB A; 4L7Y A; 1HGB A; 1RPS B; 4MQH B; 1Y5K B; 1R1X A; 2MYE A; 1YOH A; 5EET A; 2LH6 A; 5JOM A; 1YMB A; 1MYF A; 2MGE A; 2ZLX A; 1K1K A; 5KDQ B; 3QQQ A; 1Y8W B; 4XDI A; 1HGC A; 1RPS A; 4MQH A; 1Y5K A; 1YMC A; 3UHS A; 1PMB A; 1S69 A; 2E2Y A; 1DWS A; 2DN2 B; 4HRT B; 5KDQ A; 1Y8W A; 2OH8 A; 2ZSS A; 1DXV B; 3UHC A; 2BMM A; 1U7R A; 2VLX A; 1Y85 B; 2FAL A; 1MTI A; 4DWU A; 3WFT A; 3AQ9 A; 1CP5 A; 2DN2 A; 4HRT A; 2MGM A; 2ZSY A; 2LH2 A; 1GDL A; 1DXV A; 1BZP A; 2ZFO B; 1LHT A; 2VYZ A; 2Z6S A; 1FLP A; 3LR7 A; 5CMV A; 1Y85 A; 1URV A; 1SDL B; 3EU1 B; 3ARK A; 3HHB B; 2ZFO A; 1OR4 A; 2QSS B; 3ASE A; 2HBF B; 1Y45 B; 1SDL A; 1GVH A; 3QZZ A; 3EU1 A; 2G3H A; 1NZ3 A; 1O1I B; 2SPO A; 1DLW A; 3G4Y A; 3HHB A; 2MGD A; 1UT0 A; 1OBM A; 1I3D A; 2QSS A; 2HBF A; 1Y45 A; 3R0G A; 3KMF C; 4FH6 A; 1CBL A; 2MGF A; 1O1I A; 3UHI A; 1CH4 A; 2ZT0 A; 3PI2 A; 3A2G A; 2QU0 B; 1MLJ A; 3IXF A; 1QSH B; 3PT8 B; 1URY A; 1LTW A; 2FRJ X; 1YGF B; 3UGZ A; 3WCV D; 1X9F D; 1FDH A; 3QMA A; 2QU0 A; 3MJP B; 3G46 A; 1VRF A; 1QSH A; 1S56 A; 4MBA A; 5M3S A; 3PT8 A; 1CQ2 A; 1A0U B; 2ZSP A; 1I3E A; 1YGF A; 2HBE B; 2NRL A; 2VRY A; 3WCT C; 3CIU B; 1RVW B; 1UX9 A; 1A3O B; 2V1J A; 5CN7 A; 3PIA B; 3MJP A; 1CH7 A; 3D4X B; 4MQK B; 1MKO B; 1A0U A; 4SDH A; 2HBE A; 1CMY B; 1VHB A; 3CIU A; 1RVW A; 2GRF A; 1A3O A; 2M6Z B; 1YHU D; 3MN0 A; 1LFY B; 3PIA A; 1QPW B; 1JW8 A; 2HZ3 A; 1JEB B; 1O16 A; 2OLP A; 3D4X A; 2O5S X; 4MQK A; 1MKO A; 1LFT B; 3SDH A; 1CMY A; 2M6Z A; 1LFY A; 3ZJQ A; 1MWB A; 1QPW A; 2PEG B; 1JEB A; 2AA1 B; 4O1T A; 2EF2 A; 1LFT A; 1JF4 A; 1F63 A; 1AJ9 B; 3LQD B; 2KSC A; 1F5P A; 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1KR7 A; 1M6M A; 2O58 X; 4FWY A; 3UH5 A; 1L2K A; 1XZU A; 1FN3 A; 3PEL A; 2V1I A; 1CG5 A; 3PT7 B; 104M A; 3QM6 A; 3HRW B; 3WR1 A; 2G0S A; 2BK9 A; 3ZOM A; 3WCP B; 1Z8U B; 3PI8 B; 2W31 A; 3PT7 A; 4NXA A; 1LFZ B; 1CH9 A; 1Q1F A; 1SI4 B; 3HRW A; 2MGH A; 2ZS1 C; 3WCP A; 2LH3 A; 3PI8 A; 1X9F B; 3WCW C; 1LFZ A; 3ZJR A; 1YFF B; 1SI4 A; 5C6Y A; 1HGA B; 1UFP A; 2V1K A; 3WFX A; 4F6J A; 1THB B; 1LH6 A; 1G09 B; 3UHG A; 1NEJ B; 2BKM A; 3UBC A; 4O2G A; 1Y01 B; 2HHB B; 1X9F A; 1NZ4 A; 1BUW B; 1DWT A; 4B4Y A; 1YFF A; 4OOD A; 1HHO B; 1HGA A; 5CN5 A; 1EBC A; 2ZT2 A; 4F6D A; 1THB A; 1G09 A; 3D1A B; 4C0N A; 1NEJ A; 3NG6 B; 2QLS B; 2W6W A; 4M4B B; 2HHB A; 1BUW A; 1YHU B; 1MOB A; 2C0K A; 1HHO A; 3FS4 B; 1MOA A; 3D1A A; 3NG6 A; 2QLS A; 5CHR A; 1CIK A; 4M4B A; 1LUE A; 1YHU A; 3UHX A; 3W4U B; 1VXD A; 3WFU A; 3FS4 A; 2D2N C; 4GZG A; 3MYN A; 4NXC A; 2W72 C; 4ZVB A; 3G4V A; 3W4U A; 2FAM A; 3WCV C; 1FDH G; 4HRR B; 2R4X A; 2MGI A; 3BJ2 B; 4N7O B; 1C40 B; 1DXC A; 2MGK A; 2MGG A; 4PNJ A; 2MGC A; 1IT2 A; 4HRR A; 5EUI B; 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