3GUIA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--apo structure
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
160
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 160
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3guiA00
1L72A 1G07A 1CV0A 1L25A 253LA 221LA 229LA 2A4TA 1T97A 220LA 3HU8A 1LYDA 158LA 152LA 3HDFA 2OE7X 258LA 2ANVA 3HH6A 4I7QA 3HH5A 188LA 1KY0A 4YX7C 4ARLA 2Q9DA 1L36A 3HT7A 189LA 1SWZA 190LA 170LA 1XJUA 1T6HA 1L50A 1OV5A 1L53A 4W54A 3DN4A 4I7RA 4PK0A 2RAYX 1L26A 1L22A 1D2WA 1C6HA 176LA 2NTHA 2RB2X 4I7NA 1L70A 1L17A 1CX6A 2B73A 3DN2A 4I7OA 142LA 1LYEA 169LA 1CU3A 1L76A 1C6MA 6LZMA 2B72A 1T8FA 1P2LA 3SB6A 1C68A 3VW7A 3C83A 224LA 3HUKA 4LDEA 3C8QA 205LA 4YXCA 1L84A 1PQJA 3GUNA 1D3NA 1PQMA 1LYGA 1L92A 1PQIA 1L14A 1L40A 2Q9EA 1QTBA 3C8RA 161LA 4W56A 192LA 1L47A 1L87A 2Z6BA 206LA 4ARQB 1L55A 2QARC 3DN6A 1QSBA 115LA 1KNIA 1SX2A 1G0PA 1L04A 3DMZA 4ARPA 1L43A 1C6BA 1C6NA 1QSQA 112LA 3DN8A 3G3VA 219LA 166LA 3GUPA 1L32A 1LYJA 1DYCA 174LA 251LA 2B75A 1L68A 256LA 2LZMA 1C64A 1SWYA 1LGUA 3SB8A 1QT7A 1C6IA 1L38A 1L03A 1L91A 1LYFA 185LA 2QB0B 3PDSA 1QTVA 2RBNA 1L63A 2RBQA 3HT9A 4LDOA 1LPYA 222LA 1CX7A 1CU5A 217LA 1L51A 1L61A 3GUJA 201LA 1G1VA 2OEAX 4ARJA 4ARMA 159LA 173LA 1T8GA 248LA 1XEPA 1JQUA 1QT6A 3C80A 1D3MA 4EPIA 257LA 1C6AA 226LA 1L88A 230LA 125LA 162LA 3HTFA 3HH3A 171LA 120LA 183LA 110LA 2RB1X 1L85A 1ZURA 177LA 144LA 255LA 4EJ4A 1C6TA 2RBRA 1L62A 1QT8A 184LA 4W58A 3F9LA 1QUGA 237LA 234LA 5LZMA 1OVKA 2RBPA 1L58A 213LA 232LA 3GULA 139LA 200LA 1K28A 1L06A 3RUNA 1G0QA 5I14A 4PJZA 1PQOA 2LCBA 1ZWNA 3OE0A 3RZEA 2OE9X 3DN0A 1LI3A 2NTGA 1L95A 1SSYA 151LA 1T8AA 1L23A 1QTCA 1ZYTA 2RH1A 195LA 3C8SA 1CU2A 1L54A 1PQDA 3NYAA 4W55A 1L97A 1SX7A 1C62A 1L94A 2OTYX 3SB9A 1L57A 1L34A 3D4SA 3V2YA 1OVJA 156LA 1L64A 235LA 3FI5A 2OU0X 1P7SA 4I7TA 1L37A 1L33A 1L31A 1L0KA 1G0KA 212LA 1L18A 3EMLA 1DYGA 1QUDA 1L81A 1CUQA 1DYEA 1EPYA 2HULA 1CV1A 111LA 1LW9A 2RAZX 4IAPA 1L73A 4EXMA 1L29A 1QTZA 1C67A 3SBAA 1L02A 210LA 3LZMA 1L96A 1OWYA 250LA 3CDTA 4W59A 1QUHA 182LA 3HUAA 3HT6A 215LA 2F32A 3JR6A 1CUPA 4GRVA 3SB5A 4DAJA 3CDQA 123LA 128LA 1L41A 247LA 3CDVA 1L74A 1L79A 1G0MA 1CV6A 1QT3A 2CUUA 1QS9A 2B6ZA 4S0WA 199LA 130LA 1P46A 102LA 214LA 3HU9A 1L52A 103LA 1L48A 1L82A 3DN3A 3DMVA 246LA 187LA 1PQKA 167LA 2B6TA 3UONA 4ARQA 1L65A 209LA 157LA 137LA 239LA 1P6YA 1DYAA 2IGCA 2B70A 218LA 1D3JA 4W53A 114LA 141LA 259LA 1NHBA 3ODUA 3OE6A 3HWLA 2B7XA 1DYBA 1DYFA 1XJTA 249LA 2RB0X 1C69A 1TLAA 1LYIA 1LLHA 109LA 1D3FA 1LYHA 211LA 2O4WA 4LDLA 4EKSA 3C82A 3G3XA 1C6PA 3FA0A 3C7WA 4E97A 155LA 168LA 1P3NA 244LA 260LA 2LC9A 2F47A 1L46A 3L2XA 1L15A 1L56A 1L93A 2ANXA 4I7LA 1L28A 107LA 1C6JA 1L35A 1L08A 1DYDA 1LI6A 3NY9A 4K5YA 1KW7A 1CU0A 175LA 261LA 1L66A 7LZMA 4DJHA 3C81A 4I7MA 1G0LA 122LA 1L16A 1QTDA 3C7YA 238LA 1C66A 3HT8A 1B6IA 1CTWA 1L86A 1L98A 1L0JA 196LA 1C6KA 1L21A 1L59A 172LA 150LA 1L77A 1L39A 1QTHA 126LA 4AQNA 2HUMA 1L45A 3CDRA 3K2RA 1JTMA 131LA 1L83A 225LA 3F8VA 2B6WA 1KS3A 1C6LA 108LA 1D9WA 1L44A 3DNAA 1L80A 1CV4A 2OU9A 1L01A 1L60A 4I7SA 227LA 3GUMA 3DKEX 3SB7A 2OTZX 216LA 1G0GA 3GUIA 1C65A 3PBLA 3C7ZA 1G0JA 1C63A 197LA 181LA 3HDEA 3G3WA 186LA 1P64A 3OE9A 1L71A 2B6YA 1P36A 3DN1A 4EKRA 3HTBA 1L89A 1L49A 165LA 1QT5A 2RBOA 1L10A 245LA 4W52A 1LWKA 1C6CA 1L69A 4I7KA 1C6EA 2B6XA 4I7JA 4OO9A 1KW5A 1P5CA 254LA 1L11A 3OE8A 4EKQA 4LZMA 1L30A 1CVKA 148LE 243LA 1P2RA 1C6DA 129LA 2HUKA 240LA 1G06A 1P56A 3QAKA 113LA 2OE4X 3HH4A 1CV3A 3SN6R 143LA 233LA 1L99A 3DMXA 1L75A 4YXAC 1L90A 3HTDA 1C6FA 1LGWA 1L09A 191LA 1QUOA 149LA 1OV7A 3GUKA 1L67A 262LA 160LA 3FADA 104LA 163LA 4EKPA 147LA 1LI2A 223LA 228LA 252LA 2L78A 3CDOA 1C61A 1OYUA 1LGXA 1KY1A 3HTGA 4ARMB 1QT4A 164LA 2OU8A 1L00A 231LA 2B74A 3HUQA 1QS5A 4EPFA 4ZPUA 1OVHA 1L05A 3GUOA 1L20A 4I7PA 145LA 3L64A 1I6SA 198LA 4GBRB 1L12A 140LA 2RBSA 127LA 1P37A 236LA 2O79A 1LWGA 1SSWA 1C6QA 1G1WA 146LA 178LA 180LA 1L27A 1C6GA 3NY8A 118LA 4DKLA 242LA 1JTNA 3SBBC 1L13A 1D2YA 1WTHA 119LA 1L19A 1CV5A 1L24A 4W57A 1OWZA 2O7AA 1C60A 138LA 1CU6A 4W51A 3V2WA 1L07A 1L42A 2F2QA 241LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L72A 4BADA 2ZIJA 1C46A 1T97A 5KXTA 2DQDY 5EBHA 4BAPA 1KY0A 3W6FA 1IO5A 2Q9DA 1L36A 4DD1A 189LA 4WLTA 3TMWA 3EO5A 4DYGA 1XJUA 1GFVA 4W54A 5I4YA 4TSBA 1HF4A 5C6LA 1Z55A 1C7PA 3ATOA 2NTHA 4I7NA 4ETCA 1L17A 1LSAA 1GBYA 1CX6A 4RLMA 3M3UA 1YKXX 1HERA 4WL6A 1P2LA 3SB6A 3FI7A 3HBEX 2WARA 1LYGA 3ZVQA 1B5UA 1L92A 1J1PY 1PQIA 1GFJA 4ZEEA 1QTBA 3C8RA 1ZVHL 1CKHA 4O34A 1L47A 1SQ2L 4I0CA 1B9OA 4NGJA 5L3HA 4ARQB 1QSBA 1G0PA 3WYHA 1JKBA 1LJKA 4ARPA 3G3VA 112LA 219LA 2HEBA 1D0LA 4HJZA 251LA 4ETBA 1L68A 2LZMA 1C64A 1SWYA 1LJHA 1GE4A 1L91A 2QB0B 1LSBA 1UC0A 222LA 4IJ4A 1CU5A 217LA 2BQAA 1XEIA 1NQIA 3P65A 3A92A 3A8ZA 3A6CY 3B0KA 248LA 2G4NA 134LA 3C80A 1D3MA 4XJGA 4N1CC 2HEEA 3HTFA 4WM2A 4YEMA 3CB7A 110LA 1CNSA 4EJ4A 1I1ZA 1L62A 184LA 4W58A 234LA 1DI4A 2HU3A 3TMVA 5LZMA 4G4HA 1GB6A 3MGWA 1J1XY 5HNLA 2XBRA 5I14A 1LSZA 1G0QA 3W6DA 3TXBA 1CKFA 3DN0A 4WO6A 1OQMA 1D6PA 3GXKA 3B0IA 3WU7A 1L54A 1GB9A 2OTYX 1L34A 3V2YA 4C5FA 1OVJA 156LA 3BKHA 235LA 4HPEA 5LA8A 1L33A 3LYOA 1L0KA 1L18A 3EMLA 1L81A 1CUQA 1GFAA 1G7LC 1CKGA 1INUA 1FLYA 1BVXA 1HENA 1REYA 5C6JA 1N4FA 1L73A 1B7PA 3CSRA 1L29A 4ETAA 1QTZA 1W6ZA 1AM7A 3SBAA 210LA 4NGKA 5KXXA 4W59A 4RDSA 1WQQA 215LA 4DQ7A 1BGIA 4GRVA 123LA 3CDVA 4DDBA 4PJ2C 4QEQA 1L79A 1QS9A 2B6ZA 1P46A 102LA 7LYZA 4DC4A 1HSWA 2ZILA 187LA 1JSFA 1PQKA 2B6TA 3UONA 3HBDA 4BS7A 1L65A 2CDSA 2BQLA 1HEPA 1DYAA 4DDCA 4AGAA 4W53A 114LA 141LA 1NHBA 3HWLA 1HFYA 1JKAA 3P4ZA 5B06A 3AZ5A 1TLAA 4LYBA 3AGHA 1LLHA 1B7NA 4W94A 2O4WA 4EKSA 3G3XA 1UCOA 4EOFA 4GCEA 1IVMA 155LA 1P3NA 1VFBC 4QDNA 2F47A 3CSQA 107LA 1C6JA 1L35A 4IATA 4ML7A 5FEKA 4K5YA 4DWXA 1XEKA 3P64A 4GCCA 261LA 3AW7A 3C81A 2BQFA 4ZIXA 1LSEA 1G0LA 1L16A 1G7MC 238LA 1H87A 3BKVA 2HU1A 4DD2A 4UWUA 2D4IA 1L59A 172LA 4YM8A 1YKYX 2EQLA 4AQNA 1LMCA 1KS3A 2F30A 108LA 1L44A 3A93A 3DNAA 1IWZA 1XSFA 1YIKA 3WU8A 1BVKC 4GCFA 2OU9A 4I7SA 1L60A 4XENA 227LA 1LSNA 3T6UA 2D4KA 2IHLA 3B72A 3DKEX 1G0GA 1G7HC 1D9UA 3GUIA 4J1BA 4PRUA 1DPWA 1G0JA 1C63A 2C8OA 3HDEA 2B6YA 3EMSA 4H94A 3ZVQB 1L49A 4HV1A 2YVBA 1HMLA 1L10A 3A94A 4W52A 1JPOA 2DKVA 1P5CA 3WU9A 2YBHA 254LA 4KXIA 2LZ2A 5LA5A 1O23A 2Z39A 1L30A 148LE 3IJVA 129LA 1JIYA 1A4VA 2ZYPA 1RFPA 1GBSA 1P56A 2ZQ4A 1CV3A 1JWRA 233LA 3CQLA 3DMXA 1LGWA 1B7SA 3WPKA 4GN5C 1GAYA 2MEIA 3RZ4A 1LJEA 1FDLY 1IY4A 1L67A 160LA 4LYCA 1IWXA 3K3TA 4NY5A 1LMTA 4N9RA 1XEJA 2BQMA 1WQRA 2BQGA 1LJ4A 2B74A 4ZPUA 1OVHA 4OWEA 5HMJA 1L20A 4OWCA 145LA 3EBAB 198LA 2CJLA 2RSCA 1C43A 1P37A 133LA 1W08A 1YAMA 1BWHA 4KT3A 178LA 1FN5A 180LA 2BQOA 4DKLA 4LGKA 1I20A 2BLXA 5B1GA 2Z19A 2EIZC 241LA 5E4PA 1I56A 1CV0A 1L25A 1NDGC 253LA 4LYMA 3TMUA 220LA 3HU8A 158LA 4DD7A 3HDFA 2OE7X 258LA 2ANVA 3AZ4A 3HH6A 4Z46A 4ARLA 5F14A 4TTDA 190LA 1LZ8A 2BQIA 1JISA 2Z37A 1L50A 1OV5A 1L53A 3DN4A 2RAYX 1L26A 4GLVA 1C6HA 5FCPA 1RJCB 1B5VA 4I7OA 142LA 4WM3A 1IOTA 1CU3A 1C6MA 5J7CA 1CJ8A 1NWGA 1C68A 3C83A 1UIBA 3HUKA 4YXCA 1L84A 1PQJA 3GUNA 5T3FA 1L14A 1L40A 1HNLA 161LA 1IY3A 4ANRA 4LT3A 4GCDA 1GXV2 3ATNA 1L87A 5F81A 2ZNWY 5KXKA 2Z6BA 5I54A 1LZNA 1L55A 1KNIA 1L04A 1L43A 1C6BA 166LA 3GUPA 1LYOA 3B0OA 1FBIX 2B75A 1JTOL 1GF7A 3AYQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L72 A;  4BAD A;  2ZIJ A;  1C46 A;  1T97 A;  5KXT A;  2DQD Y;  5EBH A;  4BAP A;  1KY0 A;  3W6F A;  1IO5 A;  2Q9D A;  1L36 A;  4DD1 A;  189L A;  4WLT A;  3TMW A;  3EO5 A;  4DYG A;  1XJU A;  1GFV A;  4W54 A;  5I4Y A;  4TSB A;  1HF4 A;  5C6L A;  1Z55 A;  1C7P A;  3ATO A;  2NTH A;  4I7N A;  4ETC A;  1L17 A;  1LSA A;  1GBY A;  1CX6 A;  4RLM A;  3M3U A;  1YKX X;  1HER A;  4WL6 A;  1P2L A;  3SB6 A;  3FI7 A;  3HBE X;  2WAR A;  1LYG A;  3ZVQ A;  1B5U A;  1L92 A;  1J1P Y;  1PQI A;  1GFJ A;  4ZEE A;  1QTB A;  3C8R A;  1ZVH L;  1CKH A;  4O34 A;  1L47 A;  1SQ2 L;  4I0C A;  1B9O A;  4NGJ A;  5L3H A;  4ARQ B;  1QSB A;  1G0P A;  3WYH A;  1JKB A;  1LJK A;  4ARP A;  3G3V A;  112L A;  219L A;  2HEB A;  1D0L A;  4HJZ A;  251L A;  4ETB A;  1L68 A;  2LZM A;  1C64 A;  1SWY A;  1LJH A;  1GE4 A;  1L91 A;  2QB0 B;  1LSB A;  1UC0 A;  222L A;  4IJ4 A;  1CU5 A;  217L A;  2BQA A;  1XEI A;  1NQI A;  3P65 A;  3A92 A;  3A8Z A;  3A6C Y;  3B0K A;  248L A;  2G4N A;  134L A;  3C80 A;  1D3M A;  4XJG A;  4N1C C;  2HEE A;  3HTF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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