3GUIA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--apo structure
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
160
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 160
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3guiA00
1L22A 3UONA 156LA 2CUUA 2NTGA 3QAKA 1CV4A 1QUDA 1QTBA 1C66A 3RZEA 3DN1A 128LA 236LA 2B74A 3HU8A 261LA 235LA 150LA 3OE8A 1L13A 165LA 3GUMA 177LA 1L70A 3V2WA 3DN8A 2HULA 1L07A 3GUKA 3SB8A 4I7RA 1G0JA 1QT8A 3G3XA 138LA 233LA 4S0WA 4K5YA 1G0LA 196LA 1C62A 1L85A 1ZYTA 3SB6A 1CV6A 262LA 1P6YA 3HT7A 1L82A 104LA 107LA 1L63A 1L58A 3DN3A 2RBRA 1QTZA 1L21A 4LZMA 4OO9A 4ARMA 1OV5A 1C60A 3C7ZA 1L20A 1L0KA 229LA 173LA 1L28A 215LA 242LA 192LA 1CV0A 3C8QA 4ARLA 1LYIA 1L40A 123LA 1LYDA 1XEPA 129LA 2Z6BA 187LA 146LA 1L32A 3HH5A 144LA 3OE9A 1L37A 1L15A 6LZMA 139LA 118LA 1ZWNA 1L29A 2RBQA 4EJ4A 1TLAA 1QTHA 3SB5A 2L78A 1T8AA 3ODUA 259LA 2OEAX 1LWKA 1LGUA 4EPIA 1EPYA 1OWYA 3C8RA 1L65A 2RB1X 152LA 1L45A 2B6XA 3F9LA 4I7QA 2RBPA 1LYFA 239LA 4I7OA 238LA 2IGCA 1QUGA 1CUPA 3SN6R 119LA 1L35A 209LA 1L62A 1P7SA 3C7YA 1G1VA 1D2YA 1P2RA 1L67A 1L17A 228LA 1L52A 3HH6A 3C7WA 3C80A 1P3NA 184LA 1QS9A 4LDEA 3DN0A 180LA 210LA 2OE4X 1D2WA 197LA 248LA 2B6ZA 2ANXA 1C6HA 1L99A 1L88A 1L93A 3DN2A 3K2RA 3SBBC 1L25A 1P2LA 213LA 1JQUA 1L79A 3HUKA 1LYHA 4EXMA 102LA 1L18A 1DYDA 189LA 3HH4A 1D9WA 7LZMA 1KY1A 226LA 1L16A 1CX7A 1L86A 2O79A 1C6MA 103LA 3HUQA 256LA 254LA 2O7AA 4I7LA 3HT9A 1L14A 1L72A 1C6IA 3SB9A 3V2YA 1L96A 190LA 201LA 1L51A 1LYEA 4W53A 1L76A 4ARPA 1CU3A 1L19A 4W57A 1CU5A 1G0QA 217LA 147LA 1L50A 1KW7A 1L01A 1P37A 1L60A 109LA 1QT4A 4W52A 4DKLA 4EKRA 3HDFA 1L89A 3CDRA 1L64A 1LI2A 1SSWA 4W55A 1PQMA 232LA 1D3MA 4EPFA 199LA 230LA 1L30A 1PQKA 1L09A 115LA 1L84A 4ARQB 1CUQA 1SSYA 2F32A 3HTBA 188LA 1LW9A 3HTFA 142LA 1QS5A 3DNAA 1C6GA 1L39A 2B6WA 5LZMA 1L05A 3LZMA 3GULA 1QTDA 1CVKA 1LLHA 252LA 1C61A 1OV7A 216LA 2RBOA 3GUPA 1T97A 1KS3A 1PQOA 223LA 3DN6A 1L92A 1B6IA 1LGXA 3CDOA 1CX6A 1P64A 1L08A 175LA 1JTNA 2OU8A 4DJHA 3HTDA 222LA 1JTMA 1LYGA 3HU9A 151LA 1CU6A 3DMVA 3C83A 1L41A 1QT3A 3JR6A 1DYFA 1L42A 241LA 2B75A 1L12A 1L77A 1C6JA 221LA 3VW7A 1G0PA 1L03A 2OE7X 3C82A 3DN4A 1DYGA 3DMZA 1L55A 4LDOA 4PK0A 163LA 1SWZA 2F2QA 3GUIA 231LA 4W56A 143LA 169LA 1L11A 1C6QA 1C67A 1L68A 1L31A 164LA 3L64A 4AQNA 246LA 1G0GA 4LDLA 191LA 1CV3A 3GUNA 4I7NA 243LA 3HT6A 3CDQA 1L80A 247LA 1L73A 249LA 195LA 1OWZA 214LA 1DYCA 3G3WA 1L59A 1LI6A 1WTHA 1L10A 4E97A 145LA 1SWYA 2LC9A 240LA 1KY0A 178LA 2Q9EA 1NHBA 3F8VA 1L75A 1LPYA 3SB7A 3DMXA 1P56A 1D3FA 1QSBA 2B72A 3FA0A 2OTZX 1L66A 200LA 186LA 137LA 4IAPA 251LA 3HTGA 4ARQA 108LA 1C63A 205LA 1L06A 3EMLA 158LA 2B6TA 218LA 1KW5A 1LWGA 2O4WA 245LA 4W54A 185LA 166LA 161LA 1C69A 1L61A 141LA 168LA 3HWLA 1QT6A 2Q9DA 183LA 1LI3A 1SX2A 4ARJA 2RBSA 111LA 3OE6A 126LA 2F47A 1L46A 255LA 1D3JA 4I7SA 4W51A 1P46A 1D3NA 3GUOA 198LA 2RBNA 1L54A 1CTWA 3HDEA 1QT7A 171LA 2RB0X 162LA 3L2XA 2B7XA 176LA 174LA 2A4TA 2OE9X 4YXCA 159LA 3HH3A 227LA 3HUAA 1L57A 225LA 2LCBA 3NY9A 140LA 1DYEA 110LA 1L53A 211LA 2OTYX 3NYAA 4EKPA 3DKEX 149LA 130LA 4ZPUA 253LA 3PDSA 3G3VA 2RAZX 157LA 1G07A 1OVHA 2RB2X 125LA 182LA 1OVJA 1T6HA 3GUJA 4GRVA 1C6BA 1C64A 1I6SA 1QUHA 1L91A 131LA 1CU2A 1L34A 1T8FA 212LA 260LA 2HUMA 2QARC 1L33A 2OU0X 4I7PA 127LA 122LA 1L83A 1PQJA 244LA 1CU0A 172LA 3RUNA 1K28A 234LA 1L04A 113LA 1L97A 1L23A 1PQDA 1G1WA 1C68A 1L24A 1ZURA 1C6DA 2OU9A 220LA 1DYAA 4YXAC 2B73A 4DAJA 4I7JA 1G06A 3FADA 4W59A 120LA 1C65A 1L71A 1LYJA 4PJZA 4EKSA 3PBLA 1QTCA 224LA 1QSQA 2QB0B 1L43A 1C6CA 4I7KA 1L26A 1L56A 4ARMB 160LA 1L48A 237LA 1L36A 3CDVA 206LA 3FI5A 1L47A 1L49A 167LA 3NY8A 1CV5A 170LA 1LGWA 4I7TA 1C6NA 3D4SA 2RH1A 1OYUA 1L02A 2LZMA 1C6EA 3C81A 1C6PA 1PQIA 1XJUA 1L00A 1L0JA 4I7MA 1L98A 4GBRB 3SBAA 1P5CA 114LA 1QT5A 2HUKA 219LA 1L44A 1QTVA 2B6YA 258LA 1CV1A 3HT8A 3C8SA 1XJTA 3CDTA 1L95A 155LA 4EKQA 148LE 181LA 1C6KA 4W58A 4YX7C 1DYBA 1L94A 5I14A 1KNIA 1L81A 1QUOA 1G0MA 1L38A 1OVKA 2NTHA 1L69A 1T8GA 112LA 1G0KA 2B70A 250LA 1L87A 1C6AA 1L90A 1L27A 2RAYX 3OE0A 1C6FA 1SX7A 1L74A 1P36A 2ANVA 257LA 1C6TA 1C6LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5UA 1L22A 1CKFA 3ATNA 1HELA 2CUUA 3CSZA 1IOQA 1OUIA 1C66A 1GFEA 3OK0A 4ET8A 2RSCA 1JISA 4NHQA 4TSCA 236LA 1LSPA 3OE8A 3MGWA 4NGJA 4MR1A 177LA 2HEEA 2HULA 4Z98A 1B2KA 3M18B 2ZIJA 3GUKA 1IOCA 1LYYA 1LMNA 3SB8A 3WW6A 1OUGA 1LZ1A 3WU7A 3LZTA 4H9EA 3G3XA 138LA 4GCBA 4PHIA 3CT5A 1JJ3A 1G0LA 196LA 5I4XA 2Z38A 1FLYA 4TUNA 1P6YA 1D6PA 104LA 1LJ4A 2W1LA 3DN3A 1HEOA 4IJ4A 1OV5A 3C7ZA 1L0KA 1B5XA 215LA 3CSRA 1LMTA 4ARLA 1HHLA 1HF4A 1WQRA 146LA 144LA 4B1AA 4B4EA 4NGZA 1L37A 1OP9B 4WM6A 2Z37A 1QTHA 5F9XA 4Z3MA 1IWWA 4NWHA 1B0DA 1NQIA 259LA 4LGKA 2HECA 1BWJA 3C8RA 1LSDA 5FDJA 1L45A 3F9LA 1VDTA 2W1XA 1GFJA 1WQOA 1CUPA 5I4WA 3SN6R 2FBDA 2HEAA 2WARA 1IWTA 1L17A 1L52A 1LKSA 1IOSA 1XSFA 210LA 2BQEA 4NHPA 1D2WA 1B7NA 4OWEA 3W6BA 4IATA 2N5ZA 4B4JA 102LA 134LA 1L18A 2AUBA 5JENB 1FN5A 4GN5C 1CX7A 1L86A 2O79A 3WU8A 3HUQA 4TSBA 5DLAA 1HEPA 256LA 2PC2A 3HT9A 3RNXA 1AZFA 1L72A 1LHKA 3SB9A 5DN5A 1L96A 4NGLA 3LYTA 3WULA 4W53A 1L76A 1IP2A 1LCNA 1GD6A 1LMCA 4DYGA 154LA 2G4PA 147LA 1DQJC 1KW7A 4DKLA 1L89A 3BKHA 5A3ZA 3B6LA 1GE1A 1NF5A 2LYMA 4UWVA 232LA 5KXLA 2MEFA 1PQKA 4AXTA 1LJFA 4BADA 3HTBA 188LA 5D5FA 3HTFA 1QS5A 4N1CC 1L39A 5II3A 2YBJA 1L05A 1CVKA 252LA 4NGYA 216LA 5KXKA 3GUPA 1XGTC 5KXSA 1KS3A 1PQOA 4H9BA 5APFA 223LA 1UIBA 4GLAA 1CU6A 4H9FA 2FYCA 3C83A 4N9RA 1DYFA 241LA 1LKRA 1L77A 4GCCA 1LTMA 1CNSA 2CDSA 2OE7X 1LZ9A 4DDAA 5KXTA 1LPIA 4XJDA 4LYBA 2C8PA 4PK0A 2MECA 143LA 4PGJB 2LZTA 1C6QA 3P66A 1L31A 1GPQC 164LA 2ZQ4A 4RLMA 1BVXA 1QDRA 191LA 1CV3A 5F16A 3HBEX 5LYTA 1L73A 1NBYC 4OOOA 4NHTA 4XJBA 3W6FA 214LA 2BQDA 2NWDX 4HTKA 1L10A 1PS5A 1F6SA 1YL1X 240LA 4NWEA 1LSEA 178LA 2Q9EA 1QTKA 1L75A 1BB7A 4Z46A 4ML7A 1QSBA 2B72A 5KXOA 1LZSA 4YOPA 3HTGA 1UUZC 4XN6A 5D5CA 2MEGA 2HEDA 1B5YA 4WM2A 2O4WA 5APEA 1QSWA 185LA 3CQLA 1TEWA 4NSGA 166LA 4W54A 1C69A 4DD2A 3A6CY 2RBSA 1OUEA 1LSYA 1P2CC 3OE6A 126LA 2BQBA 2CWIA 1GDXA 1H6MA 2F47A 1IC4Y 4LZTA 3IWRA 4PPOA 2DQCY 4OWCA 1CTWA 4ZIXA 2OE9X 3A94A 3AZ5A 3TXEA 1RFPA 1FLWA 2LCBA 1DYEA 1GEZA 149LA 1C6LA 4YEMA 2ZYPA 253LA 1NWGA 2BQMA 1LZRA 3W6CA 1OVHA 2RB2X 182LA 4ETBA 4H9AA 1HFYA 3GUJA 4GRVA 2HUMA 212LA 4WG1A 2OU0X 2Q0MX 1QTEA 1L83A 1L04A 1V7SA 4BAFA 4NSJA 1C46A 4XENA 1ZVHL 1C6DA 5I53A 220LA 1OUCA 2B73A 3FADA 1C65A 1LYJA 3PBLA 1QTCA 224LA 4H9CA 2QB0B 1C45A 1SQ2L 5DN4A 3W6AA 4I7KA 1A2YC 1UC0A 3QY4A 1D0MA 1L56A 193LA 1L48A 1JITA 1T6VL 1LSNA 1UA6Y 5HNLA 1GE4A 5IELA 1JUGA 5K7OA 3CDVA 1LOZA 1IP3A 3FI5A 5KXWA 3NY8A 5HNCA 1ZMYL 153LA 2C8OA 4G4BA 4ZFPA 5KXYA 4LYOA 3HBHA 5C6JA 5L9JA 1L0JA 4WL6A 4GBRB 1CV1A 4QGZA 3C8SA 3CDTA 3ZVQA 1L95A 3A6BY 1LMPA 4X3BA 2NTHA 3TMWA 1GB2A 1L69A 4WM3A 2YSSC 2B70A 250LA 1NKHA 4YEOA 1C6FA 1XGUC 1GB5A 1P36A 5E4PA 169LA 2XTHA 1LZGA 1CV4A 1UACY 2DBTA 1QUDA 3T36A 1JSFA 1QTBA 3RZEA 3A95A 3DN1A 1CJ9A 1L13A 1UIEA 3DN8A 1YKZX 3M3UA 1C08C 1IOTA 3AGGG 4NSIA 4I7RA 4HJZA 1OUBA 1JKAA 1QT8A 1GXV2 2HEBA 3LYZA 1KIPC 1C62A 1L85A 1ZYTA 3SB6A 4G49A 1L63A 1LJEA 2XBRA 4DC4A 4LZMA 4GCFA 4ARMA 1MELL 173LA 1CV0A 3WMKA 1L40A 1CJ8A 1LYDA 1XEPA 129LA 4UWUA 4WLTA 1GB9A 3B0KA 1B5VA 1LSMA 3G3BB 3P68A 4NEBA 4EOFA 6LZMA 1REZA 4EJ4A 2EQLA 1TLAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B5U A;  1L22 A;  1CKF A;  3ATN A;  1HEL A;  2CUU A;  3CSZ A;  1IOQ A;  1OUI A;  1C66 A;  1GFE A;  3OK0 A;  4ET8 A;  2RSC A;  1JIS A;  4NHQ A;  4TSC A;  236L A;  1LSP A;  3OE8 A;  3MGW A;  4NGJ A;  4MR1 A;  177L A;  2HEE A;  2HUL A;  4Z98 A;  1B2K A;  3M18 B;  2ZIJ A;  3GUK A;  1IOC A;  1LYY A;  1LMN A;  3SB8 A;  3WW6 A;  1OUG A;  1LZ1 A;  3WU7 A;  3LZT A;  4H9E A;  3G3X A;  138L A;  4GCB A;  4PHI A;  3CT5 A;  1JJ3 A;  1G0L A;  196L A;  5I4X A;  2Z38 A;  1FLY A;  4TUN A;  1P6Y A;  1D6P A;  104L A;  1LJ4 A;  2W1L A;  3DN3 A;  1HEO A;  4IJ4 A;  1OV5 A;  3C7Z A;  1L0K A;  1B5X A;  215L A;  3CSR A;  1LMT A;  4ARL A;  1HHL A;  1HF4 A;  1WQR A;  146L A;  144L A;  4B1A A;  4B4E A;  4NGZ A;  1L37 A;  1OP9 B;  4WM6 A;  2Z37 A;  1QTH A;  5F9X A;  4Z3M A;  1IWW A;  4NWH A;  1B0D A;  1NQI A;  259L A;  4LGK A;  2HEC A;  1BWJ A;  3C8R A;  1LSD A;  5FDJ A;  1L45 A;  3F9L A;  1VDT A;  2W1X A;  1GFJ A;  1WQO A;  1CUP A;  5I4W A;  3SN6 R;  2FBD A;  2HEA A;  2WAR A;  1IWT A;  1L17 A;  1L52 A;  1LKS A;  1IOS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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