3GULA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--ethylbenzene binding
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gulA00
1KW5A 173LA 1L99A 1L29A 2OE4X 1KY1A 1C6BA 1L90A 1QT8A 2OEAX 1QSQA 137LA 1LWKA 167LA 1L40A 3C7ZA 1QTBA 198LA 4LDLA 1CU6A 3FADA 3FI5A 1PQMA 183LA 1G0PA 1L47A 248LA 3C82A 2RBNA 1C6EA 151LA 1L57A 1L39A 1C6PA 1C65A 2B70A 161LA 205LA 1ZYTA 1L69A 2B6WA 1T8GA 2B74A 112LA 3HTBA 3PDSA 4PJZA 1L68A 1L75A 1L35A 1L43A 188LA 1SSWA 2CUUA 1PQDA 3G3VA 1QTZA 129LA 3DN3A 1P46A 1CUPA 160LA 3GUKA 3LZMA 222LA 2B73A 252LA 1CUQA 141LA 1LYGA 1C63A 1C69A 220LA 3ODUA 3GUJA 4LZMA 1C64A 1L54A 1P36A 3GUNA 4I7QA 1L11A 1D3FA 1QT7A 2RBRA 3NY9A 174LA 1QTDA 1NHBA 1L96A 1L38A 1QS9A 3G3XA 1L03A 1L89A 197LA 236LA 1L34A 163LA 1L74A 3DN0A 1CX7A 257LA 1CV6A 4I7MA 243LA 104LA 240LA 3CDRA 142LA 1L36A 1D3JA 3VW7A 2NTGA 152LA 2B6TA 221LA 3HUKA 3HT6A 159LA 1C6TA 1L23A 1L00A 180LA 103LA 241LA 1D9WA 1L45A 1LGWA 1QUOA 156LA 155LA 212LA 232LA 3HUAA 3HDFA 3SB9A 4EKSA 3NY8A 4YX7C 1L81A 162LA 1L0KA 2ANXA 1L59A 1SX7A 250LA 114LA 1DYFA 1QUHA 3L64A 1L05A 3HU9A 1LI6A 2RBPA 1G0GA 1P7SA 4W59A 1JTNA 1EPYA 1CU2A 1QUDA 6LZMA 157LA 3SBBC 1L06A 1TLAA 145LA 200LA 1G0JA 1B6IA 255LA 176LA 131LA 1C60A 1LYHA 148LE 260LA 4ARQB 3QAKA 2A4TA 2RAZX 3HTGA 4DKLA 1L58A 128LA 1JTMA 3C7WA 1L73A 3DN8A 108LA 1L98A 3HH3A 1QTCA 1CU3A 1KNIA 2HUMA 3SBAA 1P3NA 3GUIA 1XJTA 1QT3A 1L72A 1L87A 4EKRA 1LI3A 3SN6R 4W54A 1L33A 262LA 3PBLA 1C6HA 2O7AA 158LA 1OWZA 3HTDA 237LA 1DYCA 168LA 2RBQA 3GUMA 4GBRB 3UONA 2O4WA 4I7KA 1L92A 3HH4A 3SB7A 1CV3A 2ANVA 210LA 1L14A 1L42A 1P5CA 1C62A 1K28A 1OV5A 4W53A 1CV4A 1QT6A 2OTYX 1JQUA 3K2RA 1L08A 3D4SA 3SB5A 249LA 1LW9A 231LA 244LA 1D2WA 3C83A 3DN1A 122LA 209LA 235LA 4PK0A 3RUNA 2B6YA 1DYEA 1C6FA 1PQKA 214LA 3OE6A 3NYAA 1L56A 1G06A 4OO9A 4K5YA 238LA 169LA 1L16A 216LA 1XJUA 1PQOA 1D2YA 1DYBA 1T97A 166LA 1G1VA 4W52A 143LA 2Q9DA 4I7JA 1SSYA 1LYDA 234LA 1L66A 2Q9EA 1L76A 3OE0A 4LDOA 254LA 1PQIA 1CVKA 1QTVA 1L30A 3DMXA 4S0WA 4ARMA 1KS3A 1LYJA 217LA 228LA 1G0KA 4W55A 1L77A 199LA 4YXAC 3C8SA 1L21A 2Z6BA 1L71A 3DN4A 125LA 3C80A 2LCBA 239LA 139LA 2RBSA 1L44A 4ARPA 4ARMB 2LZMA 1WTHA 215LA 130LA 1D3MA 1L24A 4DJHA 1PQJA 1L12A 1L17A 242LA 251LA 1P64A 1C6LA 4EKQA 165LA 1ZURA 3CDVA 4W56A 1L04A 111LA 1L88A 1P6YA 4ARQA 1L52A 253LA 1L41A 3CDQA 181LA 195LA 120LA 1LWGA 224LA 3HWLA 1L22A 1L25A 1L31A 1LYFA 5I14A 7LZMA 118LA 2B6ZA 3DMZA 1C6NA 3OE8A 127LA 1L18A 115LA 1OV7A 1OVKA 2QB0B 4I7PA 1L49A 1QT4A 1L26A 1ZWNA 201LA 2RB2X 1L10A 223LA 1C6CA 1P2RA 218LA 1DYAA 1L48A 3V2WA 2B72A 191LA 2HULA 3SB8A 2L78A 1C6KA 1L27A 3DMVA 229LA 119LA 190LA 213LA 1CU5A 3C81A 3HTFA 1SX2A 1LYIA 2B7XA 5LZMA 4W57A 2OU9A 2OU8A 1C6MA 2RH1A 1C6IA 3HU8A 138LA 3HT7A 1L37A 185LA 3V2YA 1L70A 164LA 1KY0A 1L63A 2IGCA 3HT8A 233LA 1L15A 3C7YA 177LA 2B6XA 1CU0A 2OE7X 3G3WA 3DKEX 1L53A 186LA 227LA 1L86A 3FA0A 211LA 113LA 1QUGA 1LGUA 149LA 1C6DA 1L28A 1P37A 1L62A 1SWYA 175LA 1I6SA 4YXCA 226LA 1LPYA 1L85A 1C6AA 1L67A 1L97A 1L79A 2OTZX 3C8QA 1LLHA 3GULA 1C6QA 126LA 1L61A 1T8FA 178LA 187LA 1L50A 2QARC 2RB0X 4EPFA 4W51A 3JR6A 4I7NA 219LA 123LA 2F2QA 140LA 1C68A 4I7LA 1G0QA 2O79A 4EKPA 182LA 1L19A 206LA 1L91A 4I7OA 261LA 2RB1X 3HDEA 1L55A 1G0LA 3EMLA 259LA 1CX6A 4IAPA 2OU0X 1QSBA 2RAYX 1T8AA 1OWYA 1L09A 1LYEA 171LA 4DAJA 1CV5A 144LA 1LGXA 1QTHA 3DN6A 2NTHA 1L20A 1C6JA 150LA 3CDOA 3HT9A 3L2XA 109LA 3GUOA 1L65A 110LA 1C6GA 1D3NA 192LA 1T6HA 1C67A 4GRVA 4E97A 1C61A 3HH6A 1SWZA 3HH5A 225LA 1CV1A 245LA 1DYGA 1G1WA 1L01A 2F47A 3DNAA 4W58A 102LA 256LA 172LA 4EXMA 1OVHA 4I7RA 4ZPUA 1L83A 1L64A 3HUQA 3F9LA 189LA 4AQNA 1L07A 2F32A 1OYUA 247LA 3OE9A 1OVJA 2LC9A 4ARJA 170LA 1G0MA 4ARLA 1L82A 1LI2A 4EJ4A 184LA 146LA 4I7SA 3SB6A 2RBOA 4EPIA 4LDEA 246LA 1L93A 4I7TA 1QS5A 3CDTA 1L60A 1QT5A 3RZEA 1CTWA 3DN2A 1L51A 1P56A 1DYDA 1KW7A 107LA 2OE9X 1L02A 196LA 147LA 1L0JA 1XEPA 1L94A 230LA 1CV0A 1L46A 3F8VA 258LA 1P2LA 1L32A 1L13A 1L84A 1L95A 2B75A 1G07A 1L80A 3GUPA 1C66A 3C8RA 2HUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L29A 1KY1A 1C6BA 4BS7A 1JWRA 4KT3A 1REYA 3WUMA 4C5FA 4DD0A 1G0PA 1QQYA 3A91A 3BKHA 3C82A 2HEEA 2A7DA 1JHLA 1L57A 3BKVA 161LA 5ILFA 1L69A 1XEJA 1T8GA 4HTKA 3HTBA 4H9EA 4TSCA 4BAPA 4NG1A 188LA 1GAZA 1PQDA 2ZILA 1P46A 2Z2FA 2I25L 1DZBX 1CUQA 1LYGA 3ODUA 3LHMA 3GUJA 4LZMA 4DC4A 1P36A 1FKQA 1QT7A 4LT1A 4RDSA 1WVUA 1IWZA 1OUJA 1YILA 1LJFA 1BQLY 4DD3A 1NHBA 1L96A 1JPOA 1JUGA 1LZSA 3G3BB 1L89A 236LA 1L34A 1L74A 3WW6A 3DN0A 1GB9A 3E3DA 3CDRA 104LA 142LA 3A3RX 4XN6A 221LA 1LAAA 1XGUC 1INUA 3HUKA 3HT6A 5KY1A 2F30A 4XYYA 4WL7A 1D9WA 1LGWA 1LZNA 2Q0MX 3CT0A 4J1AA 4J1BA 4PRUA 232LA 3HUAA 4LYOA 1GWDA 2Z19A 1B5XA 1XSFA 3NY8A 4YX7C 5L9JA 1DPXA 5C6JA 5JENB 1D0LA 1A4VA 1CJ8A 5KXSA 2RBPA 4NSJA 3W6DA 5LVKA 4NGOA 1JKDA 4QDNA 132LA 157LA 1REMA 4CJ2A 1TLAA 4NGJA 5C6IA 1G0JA 3T6UA 1XEKA 134LA 3QAKA 1BVKC 3HTGA 3TXIA 1IEEA 5I4XA 3A3QA 1OUDA 1LSAA 3C7WA 3DN8A 4H8ZA 4OOTA 108LA 1L98A 3HH3A 1QTCA 1CU3A 2HUMA 3SBAA 4OOOA 1LHMA 3HFMY 2PC2A 1D9UA 4I7KA 1CV3A 210LA 4RW1A 1L14A 1JKCA 1YANA 3ZVQB 3WPKA 1QT6A 2OTYX 3K2RA 2XJWA 2CWIA 3WPJA 1DPWA 1D0MA 1XGTC 5II3A 1TDYA 235LA 2B6YA 2YBIA 4DWXA 3OE6A 3NYAA 1YKZX 4QEQA 5LXWA 238LA 3CSRA 1PQOA 1BVXA 2YBNA 1D2YA 4XJHA 1T97A 5B06A 166LA 1G1VA 1LJNA 2DQGY 1LZRA 4H93A 1IWTA 1SSYA 4G9SA 1L76A 254LA 1CVKA 1JITA 5EBHA 2DQIY 1FLWA 1LYJA 5B07A 1JJ0A 1YIKA 1IC5Y 1IOTA 3TXFA 1OUCA 4H1PA 2DBTA 3DN4A 4HPEA 1TEWA 4NEBA 3AGHA 2LCBA 2D91A 3CT1A 2RBSA 2DQFC 4ARPA 4NGLA 1WTHA 2Z12A 1PQJA 1GE3A 242LA 4LYMA 4DD7A 165LA 1ZURA 4W56A 4NIJA 2MEAA 1L52A 4NWEA 1IY4A 1YAQA 224LA 1LZ9A 1D6PA 2B6ZA 1JKAA 3B0OA 5LVGA 4WM3A 2BLYA 3OE8A 1L18A 1SQ2L 1L49A 1GB7A 4LFXA 2BQFA 4KXIA 1B7QA 4B4EA 4GLVA 2YBLA 1C6CA 1P2RA 218LA 1DYAA 8LYZA 2DQEY 4DD9A 2HULA 3SB8A 4WM6A 3B6LA 3OK0A 119LA 1NBZC 1LKRA 5LZMA 4W57A 138LA 1LZCA 1GB2A 2IGCA 3C7YA 177LA 1LSDA 3DKEX 5L3HA 3FA0A 1LZDA 113LA 1LGUA 4DDBA 2CGIA 4EOFA 4H9AA 226LA 3AGIA 1LPYA 4ZIXA 1C6AA 4DDCA 1LZEA 1OUHA 1L79A 1MELL 126LA 1D6QA 3JR6A 4I7NA 219LA 140LA 4HV1A 1G7HC 1XEIA 4W94A 4GN4A 3K3TA 1LZBA 3LN2A 1GPQC 4GCEA 3J6KA 3IJUA 1ZVYB 1LMQA 1GF8A 2W1LA 4N5RA 1GFTA 4NGZA 5LA5A 4KPMA 1EQ5A 4ML7A 1LYEA 171LA 2BQCA 1YL1X 1QTHA 3DN6A 2NTHA 3ZEKA 1AT5A 1LZAA 150LA 3L2XA 4YXCA 1L65A 4GRVA 1HSWA 225LA 1C10A 1CV1A 245LA 3DNAA 1L01A 256LA 4EXMA 1WTMA 1IR8A 5LAGA 4ZPUA 3AZ7A 1LMTA 3P68A 1L07A 4N8ZA 1OVJA 1HFXA 2CJLA 5APFA 4PRQA 1YKYX 5FEKA 4I7SA 4HP0A 2I26L 5L3IA 4LDEA 1ALCA 246LA 2YBHA 4UWUA 1QT5A 1VATA 1JSEA 1L51A 4CFPA 1KW7A 1XFPL 1GF9A 258LA 1P2LA 1L32A 3M18B 1L84A 1YKXX 4NHTA 3GUPA 1GB0A 5KXXA 3HBHA 4NGWA 1FLUA 2OEAX 3WXTA 167LA 3FADA 2HUBA 3FI5A 1PQMA 183LA 1L47A 4ZEEA 1OUBA 3W6BA 4NGYA 1LZ6A 2RBNA 1LCNA 151LA 1LSYA 1WQNA 2B70A 205LA 1ZYTA 3N9EA 4WLDA 1LJ4A 1L75A 3TXHA 1I20A 1L43A 1LSFA 2HEAA 1SSWA 1IP6A 1GF5A 1NBYC 1JJ1A 1OUAA 2BQHA 129LA 1UCOA 3T36A 3LZMA 1UC0A 3A96A 222LA 1FLQA 4HTNA 5B59A 1H6MA 1W08A 1LZ1A 1C64A 1OUEA 1L54A 2BQKA 3GUNA 4I7QA 1L11A 1KIQC 4X3BA 2FBDA 4RLMA 4H9HA 1QTDA 4LT3A 1QS9A 3OJPA 2ZIKA 3B72A 1CV6A 1JSFA 243LA 4MCKA 1IR7A 1L36A 1D3JA 2H9JA 2NTGA 3VW7A 1B7RA 1UIHA 1GE0A 1NF5A 4NGVA 180LA 1L45A 156LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L29 A;  1KY1 A;  1C6B A;  4BS7 A;  1JWR A;  4KT3 A;  1REY A;  3WUM A;  4C5F A;  4DD0 A;  1G0P A;  1QQY A;  3A91 A;  3BKH A;  3C82 A;  2HEE A;  2A7D A;  1JHL A;  1L57 A;  3BKV A;  161L A;  5ILF A;  1L69 A;  1XEJ A;  1T8G A;  4HTK A;  3HTB A;  4H9E A;  4TSC A;  4BAP A;  4NG1 A;  188L A;  1GAZ A;  1PQD A;  2ZIL A;  1P46 A;  2Z2F A;  2I25 L;  1DZB X;  1CUQ A;  1LYG A;  3ODU A;  3LHM A;  3GUJ A;  4LZM A;  4DC4 A;  1P36 A;  1FKQ A;  1QT7 A;  4LT1 A;  4RDS A;  1WVU A;  1IWZ A;  1OUJ A;  1YIL A;  1LJF A;  1BQL Y;  4DD3 A;  1NHB A;  1L96 A;  1JPO A;  1JUG A;  1LZS A;  3G3B B;  1L89 A;  236L A;  1L34 A;  1L74 A;  3WW6 A;  3DN0 A;  1GB9 A;  3E3D A;  3CDR A;  104L A;  142L A;  3A3R X;  4XN6 A;  221L A;  1LAA A;  1XGU C;  1INU A;  3HUK A;  3HT6 A;  5KY1 A;  2F30 A;  4XYY A;  4WL7 A;  1D9W A;  1LGW A;  1LZN A;  2Q0M X;  3CT0 A;  4J1A A;  4J1B A;  4PRU A;  232L A;  3HUA A;  4LYO A;  1GWD A;  2Z19 A;  1B5X A;  1XSF A;  3NY8 A;  4YX7 C;  5L9J A;  1DPX A;  5C6J A;  5JEN B;  1D0L A;  1A4V A;  1CJ8 A;  5KXS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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