3GULA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--ethylbenzene binding
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 52
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gulA00
3RZEA 1D3JA 1QUOA 189LA 1L90A 2O79A 2RAZX 244LA 2QB0B 201LA 1L40A 138LA 2Q9EA 3RUNA 1CU5A 1KS3A 195LA 1L22A 2F32A 1L67A 1CV3A 1L08A 1SSWA 2OU9A 4LDLA 1CU0A 1OV5A 1L96A 217LA 3SB5A 4I7NA 1C6QA 1D3FA 148LE 4W54A 160LA 1L55A 4EXMA 1C61A 1L10A 1C63A 1G0PA 4PK0A 1T97A 1P46A 1KNIA 2NTHA 190LA 1L95A 3DNAA 4W52A 1LYFA 3HDEA 4ARQB 1L94A 257LA 1L76A 1QUHA 3DN2A 1SWYA 248LA 3HH6A 1P6YA 4YXAC 1CV6A 2RB0X 107LA 1QTDA 2RBOA 180LA 1QTCA 177LA 3GUNA 250LA 161LA 1L56A 176LA 2F2QA 1L93A 4W51A 3C8RA 1L44A 2OE9X 1L11A 1C69A 1XJUA 1OVJA 3OE6A 249LA 3HTDA 1L45A 1XEPA 3SBAA 3OE9A 1L13A 1DYCA 1L36A 1SSYA 2RBNA 225LA 3DN0A 4IAPA 2O7AA 1L18A 1CU2A 2HULA 3CDRA 1L32A 1L19A 1C67A 1C6DA 246LA 1QSQA 1DYBA 1G0KA 1L74A 231LA 4W55A 3D4SA 1L20A 3EMLA 1T8GA 1KW7A 1CUPA 4ZPUA 2RB2X 3C8SA 243LA 4W57A 1C6BA 1L39A 3HUAA 1L21A 158LA 1G0LA 252LA 3HT7A 1CV5A 4K5YA 2RH1A 156LA 1PQOA 4DJHA 3DMVA 1L37A 1L53A 1L38A 1L97A 1L65A 2OU8A 166LA 3HUQA 1JTMA 3GUKA 230LA 2F47A 1LI6A 3ODUA 1L81A 3HDFA 4ARLA 3GUOA 1PQDA 2HUKA 3PBLA 1L04A 234LA 4I7TA 1LGUA 1SX2A 122LA 3DMXA 3HTFA 1L80A 2B73A 1P3NA 162LA 1DYDA 1P7SA 1QUDA 3V2YA 109LA 218LA 1QT8A 187LA 2A4TA 1CV1A 2OEAX 3C7ZA 1L15A 1L48A 1OWYA 1QT5A 1QT4A 4LZMA 143LA 1CU3A 1L64A 2L78A 1L07A 1CTWA 3SB9A 131LA 1DYAA 2IGCA 4I7KA 108LA 1G0MA 242LA 1LW9A 3HH5A 1LYHA 1G0QA 5I14A 191LA 1NHBA 1CUQA 140LA 1QT3A 1LGWA 3F9LA 1C68A 4W53A 209LA 2RBPA 1L72A 1C6FA 1CX7A 4YX7C 1L23A 1L25A 1OVKA 3HUKA 1D3NA 1L70A 4I7OA 1L71A 3HT6A 1LWKA 4EKQA 115LA 112LA 259LA 102LA 4ARQA 1L27A 3C8QA 4ARJA 1L82A 3SB7A 3GULA 1B6IA 182LA 213LA 4W56A 1LI3A 3G3XA 3JR6A 3C83A 1P64A 2OE7X 1L14A 1L0JA 183LA 2B7XA 110LA 6LZMA 258LA 185LA 114LA 1WTHA 1C65A 4W58A 1L46A 104LA 1L99A 196LA 5LZMA 1L03A 103LA 1G1WA 261LA 4EPFA 255LA 4AQNA 1C6NA 1P56A 226LA 233LA 128LA 2B6TA 167LA 3C80A 1LI2A 253LA 1LYIA 149LA 1C6IA 163LA 1QTHA 2B6YA 3HU9A 1LGXA 1L12A 1LYDA 2B72A 4I7JA 2RB1X 1L42A 1LLHA 1CU6A 1ZURA 2OTYX 210LA 1L58A 236LA 1C6KA 139LA 1DYEA 229LA 1PQMA 3L64A 1G0JA 221LA 1CV0A 3DMZA 3GUPA 3DN8A 186LA 1L05A 238LA 2LCBA 1D2WA 1L57A 2NTGA 197LA 2OTZX 2ANXA 1C6PA 4YXCA 1CVKA 1L47A 144LA 1L84A 216LA 1L28A 1L26A 1ZYTA 237LA 146LA 3DN6A 174LA 205LA 222LA 184LA 3DN4A 2B6WA 2LC9A 1SWZA 4DKLA 178LA 1EPYA 3NY9A 1L83A 1L24A 3CDTA 171LA 111LA 1L59A 4I7SA 1C6CA 1L77A 118LA 2HUMA 1L34A 198LA 3CDQA 192LA 214LA 1C6TA 3DN3A 3SB6A 113LA 1C66A 247LA 168LA 256LA 1L16A 1QTZA 1C6HA 1L51A 1K28A 3V2WA 1G06A 3HT8A 2Z6BA 3C81A 119LA 1ZWNA 4EKSA 1G07A 2LZMA 2Q9DA 1KY1A 3LZMA 1L61A 4ARMA 1QT6A 165LA 175LA 188LA 3SB8A 4ARMB 4LDEA 4E97A 152LA 1L43A 125LA 1QS5A 1P36A 3FA0A 4GRVA 199LA 1L49A 1JQUA 1L31A 2QARC 1L68A 232LA 3OE8A 127LA 1CV4A 215LA 7LZMA 241LA 254LA 223LA 3NYAA 1DYFA 262LA 1OVHA 2OE4X 4OO9A 1L89A 228LA 4EKPA 1L0KA 1L87A 1DYGA 1L60A 3G3WA 1L85A 211LA 2RAYX 1C6GA 1L69A 2RBQA 120LA 1PQJA 3FADA 1QTBA 1L52A 3SN6R 1T8FA 1G0GA 3FI5A 1L91A 4LDOA 1LWGA 181LA 3HWLA 1LYJA 239LA 3CDVA 1LPYA 1L63A 245LA 3GUIA 1L86A 224LA 1P2RA 3HTGA 2OU0X 200LA 3DN1A 1L54A 1TLAA 3UONA 141LA 1JTNA 4EJ4A 1L75A 2B6XA 235LA 3GUJA 4EPIA 4GBRB 1T8AA 2B70A 3K2RA 1L09A 1C6JA 1L73A 1L17A 1C6AA 1L35A 251LA 1C62A 151LA 1L79A 3L2XA 170LA 1L29A 4I7LA 1LYGA 3NY8A 2B74A 3VW7A 3QAKA 1KY0A 3CDOA 129LA 159LA 4DAJA 3GUMA 2B75A 1OWZA 1OV7A 3F8VA 1QSBA 212LA 173LA 1KW5A 142LA 1D2YA 1LYEA 1P5CA 3SBBC 4S0WA 1XJTA 240LA 1QTVA 1CX6A 2O4WA 1L88A 206LA 3HU8A 1L98A 1OYUA 1C6EA 157LA 219LA 3G3VA 3HH3A 3PDSA 260LA 2CUUA 1L30A 4I7PA 1P37A 4ARPA 1L33A 147LA 1D9WA 4I7RA 1L06A 164LA 1C64A 1PQIA 227LA 3HH4A 1L00A 1T6HA 1L66A 2B6ZA 137LA 1L02A 155LA 1G1VA 3C7WA 3DKEX 3C82A 3HTBA 4PJZA 1L62A 4I7QA 1C6MA 172LA 1L92A 1L41A 145LA 3HT9A 130LA 1L01A 3OE0A 1D3MA 123LA 1C6LA 1PQKA 126LA 169LA 3C7YA 1QUGA 1SX7A 1QS9A 1I6SA 1QT7A 1L50A 1C60A 2ANVA 2RBRA 150LA 4I7MA 4EKRA 1P2LA 4W59A 220LA 2RBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D3JA 1QUOA 1NWGA 2YBNA 3AZ6A 2O79A 1IWXA 2QB0B 4HP0A 4WG1A 3RUNA 1CU5A 4XJBA 1LKRA 2MEHA 1KS3A 1LZYA 5F81A 4YM8A 3TMWA 1H6MA 1HFZA 1L08A 1WQMA 4HPIA 1JJ3A 4Z46A 1IEEA 1L96A 1I1ZA 1C6QA 5B59A 5ILFA 1FLWA 1WQNA 1L55A 1L10A 4PK0A 5A3EA 1T97A 1P46A 2NTHA 1HF4A 3WMKA 4W52A 1V7SA 2DQEY 1CKCA 257LA 248LA 1BB5A 5HMJA 4BADA 1REXA 1LMTA 2F2QA 4J7VA 1OUFA 2HTXA 5HNLA 4DD1A 1JITA 3CQLA 4NGYA 1L11A 1OVJA 3OE6A 3IJUA 3EBAB 3OE9A 1L13A 5LAFA 1L36A 3AGGG 3WW5A 1SSYA 2W1LA 1IR9A 225LA 1ALCA 2O7AA 2ZQ3A 4DQ7A 2HULA 1QSQA 3AW6A 3VWOA 5FSTA 1GFKA 243LA 4W57A 3A8ZA 1L39A 158LA 3HT7A 1CV5A 1F10A 5EBHA 1LZGA 1YKXX 1DI4A 1L37A 1HHLA 1L65A 2OU8A 3CT1A 3GUKA 3HDFA 2HUKA 1L04A 234LA 122LA 1FKQA 2B73A 1DYDA 1GE3A 1CKGA 3WUMA 218LA 1GAYA 187LA 4M4OA 4YF2A 4HSFA 1L48A 143LA 1CU3A 4PHIA 5JENB 1L64A 1CTWA 3SB9A 1LZ8A 2IGCA 1I56A 4DD3A 1G0MA 4TTDA 3EO5A 1LMCA 1WVVA 5A3ZA 1CUQA 1B5UA 1QT3A 3F9LA 4YEMA 5KXYA 1C6FA 5FCPA 1BVXA 1HELA 1L23A 1L25A 1RCMA 1YAQA 3AGIA 4YX7C 1D3NA 4XN6A 1ZV5L 4I7OA 1UIGA 4EKQA 3A94A 1LSZA 1GFHA 4NG8A 4LFPA 3GULA 4H1PA 3CSQA 1LJEA 3JR6A 3C83A 1P64A 110LA 1RJCB 4MCKA 3WL2A 3AYQA 3KAMA 196LA 1L03A 4CFOA 4WO9A 4ZEEA 1LZDA 4EPFA 255LA 1C6NA 1LSBA 128LA 1JHLA 149LA 1FN5A 4G4HA 2HU3A 1C6IA 163LA 3A92A 1B7RA 3HU9A 1LGXA 1L12A 1LYDA 1IWZA 2GV0A 3LYOA 229LA 1LSGA 3L64A 1LHIA 221LA 3B72A 3GUPA 1C43A 3N9CA 1D2WA 4YXCA 1LSPA 1L84A 3A6BY 1ZYTA 5KXXA 1MLCE 174LA 1IORA 153LA 3DN4A 2B6WA 2LC9A 1SWZA 3NY9A 171LA 111LA 3HFMY 3LN2A 2IHLA 2HUMA 5KXLA 4LGKA 3WU9A 1GF7A 3SB6A 1YQVY 1C66A 1IR7A 1UIEA 4KT3A 247LA 1L16A 1LMOA 1EQ5A 1G7HC 2F30A 9LYZA 1L51A 2ZNWY 1C46A 2FBBA 4EKSA 1BB6A 3LZMA 1YAOA 1GBOA 4ARMA 1QTKA 2ZIKA 4LDEA 2D4JA 4LFXA 5B1FA 2Z19A 4GRVA 4NFVA 4NGLA 1JWRA 3WXUA 1JQUA 2Z18A 1WQRA 1FLQA 1GB3A 1GXXA 232LA 2DQJY 1CV4A 1UIDA 3OJPA 241LA 223LA 2XBRA 1XGTC 1OVHA 2OE4X 4L41A 5KXNA 3OK0A 3ATNA 1DYGA 1L60A 3G3WA 3LHMA 1IP2A 1C6GA 1QTBA 1B5ZA 1XGUC 1C10A 1GB8A 2Z39A 4HPEA 5AMYA 1FLUA 1LPYA 1L63A 245LA 4RLNA 224LA 1P2RA 1YANA 3DN1A 1TLAA 3SP3A 1B5XA 5ILCA 1TEWA 3K2RA 4H8XA 1L17A 2D4KA 5KXZA 4ZIXA 1L79A 1LYGA 2B74A 3WW6A 3A95A 4NY5A 5FHWA 3CDOA 159LA 4KL7A 4DAJA 1LJKA 3F8VA 2LYMA 4H91A 1XGRC 142LA 1ZMYL 1LYEA 1P5CA 240LA 1CX6A 4M6DA 5HMVA 206LA 4WL6A 1JTOL 3A3QA 4TWSA 5KXSA 1OUDA 2G4QA 1LSYA 4LT2A 1LJNA 1B5YA 5E4PA 2CUUA 4I7PA 1GF8A 1WTNA 1D9WA 1LHJA 3WUAA 1IP6A 2B6ZA 4R0FA 2XQOA 5LIOA 1L02A 4X3BA 3C7WA 1REMA 4GCDA 135LA 1GE1A 4OWCA 172LA 145LA 4GLVA 1D3MA 3WPJA 1QUGA 1QT7A 1IP7A 150LA 4W59A 220LA 5KJ9A 2RBSA 3P4ZA 1MELL 4MSTA 3W6BA 1NDMC 1GFEA 201LA 1HMLA 2NWDX 2LHMA 1VDPA 4EOFA 1IIZA 4PRUA 1HFXA 5L3HA 1CV3A 1C08C 1SSWA 2YSSC 4NSHA 4WM3A 2DQGY 5DN5A 4AXTA 4ZFPA 2ZQ4A 5LYMA 4I7NA 4N0JA 4W54A 160LA 1VEDA 4ETEA 4LT0A 1L76A 1SWYA 1WQPA 1P6YA 4ET8A 1LZNA 4WLTA 1QTCA 3GUNA 250LA 161LA 1L56A 1L93A 3F6ZA 3A90A 2MEIA 1B7LA 1JKAA 3TXFA 2Z12A 1XJUA 1C7PA 3AB6A 4QEQA 3SBAA 4OWHA 2LYOA 2ZILA 4QY9A 3LYTA 2MEAA 1GWDA 1DKKA 2BPUA 2EIZC 2RBNA 1IWTA 4IAPA 5LYTA 4XADA 4DT3A 1VFBC 1L18A 1CU2A 4DC4A 3CDRA 2Z2FA 3D3DA 246LA 1L74A 231LA 2EPEA 4W55A 3D4SA 1L20A 134LA 1GBWA 3EMLA 1CUPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D3J A;  1QUO A;  1NWG A;  2YBN A;  3AZ6 A;  2O79 A;  1IWX A;  2QB0 B;  4HP0 A;  4WG1 A;  3RUN A;  1CU5 A;  4XJB A;  1LKR A;  2MEH A;  1KS3 A;  1LZY A;  5F81 A;  4YM8 A;  3TMW A;  1H6M A;  1HFZ A;  1L08 A;  1WQM A;  4HPI A;  1JJ3 A;  4Z46 A;  1IEE A;  1L96 A;  1I1Z A;  1C6Q A;  5B59 A;  5ILF A;  1FLW A;  1WQN A;  1L55 A;  1L10 A;  4PK0 A;  5A3E A;  1T97 A;  1P46 A;  2NTH A;  1HF4 A;  3WMK A;  4W52 A;  1V7S A;  2DQE Y;  1CKC A;  257L A;  248L A;  1BB5 A;  5HMJ A;  4BAD A;  1REX A;  1LMT A;  2F2Q A;  4J7V A;  1OUF A;  2HTX A;  5HNL A;  4DD1 A;  1JIT A;  3CQL A;  4NGY A;  1L11 A;  1OVJ A;  3OE6 A;  3IJU A;  3EBA B;  3OE9 A;  1L13 A;  5LAF A;  1L36 A;  3AGG G;  3WW5 A;  1SSY A;  2W1L A;  1IR9 A;  225L A;  1ALC A;  2O7A A;  2ZQ3 A;  4DQ7 A;  2HUL A;  1QSQ A;  3AW6 A;  3VWO A;  5FST A;  1GFK A;  243L A;  4W57 A;  3A8Z A;  1L39 A;  158L A;  3HT7 A;  1CV5 A;  1F10 A;  5EBH A;  1LZG A;  1YKX X;  1DI4 A;  1L37 A;  1HHL A;  1L65 A;  2OU8 A;  3CT1 A;  3GUK A;  3HDF A;  2HUK A;  1L04 A;  234L A;  122L A; 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