3GUMA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--p-xylene binding
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gumA00
173LA 245LA 1G0JA 1LYGA 3C7YA 3RUNA 2L78A 2RH1A 1L73A 3C80A 3GUMA 1L95A 4ZPUA 230LA 4S0WA 4DAJA 252LA 1G07A 3JR6A 1D3MA 130LA 1ZWNA 4LDLA 1G0MA 167LA 2B73A 4I7TA 4YXAC 1L81A 4YXCA 4I7NA 178LA 143LA 216LA 3DMZA 3G3XA 3GUIA 145LA 1P3NA 187LA 3SB6A 1L03A 4W54A 1PQJA 1LGUA 1C6GA 1L87A 5LZMA 1L0JA 129LA 1QTCA 3HTBA 119LA 1L71A 4ARQA 1L04A 3PBLA 3SBBC 3OE6A 2B6ZA 3CDVA 1LWGA 4LZMA 2CUUA 147LA 1OYUA 114LA 1D3FA 1C6AA 1L10A 3DN4A 2QARC 236LA 3HT8A 4I7JA 2IGCA 1L86A 3HTDA 4EKPA 109LA 213LA 1LWKA 3GUNA 1L17A 1G0GA 1SSYA 1CV6A 1L97A 1KW5A 2RB0X 1C61A 4I7PA 242LA 1L83A 123LA 1C65A 232LA 3C8QA 144LA 1P46A 2B74A 1L57A 155LA 1D2YA 112LA 1NHBA 1C6QA 1L94A 4E97A 255LA 185LA 1OWZA 1LI6A 161LA 254LA 3SN6R 1G06A 1L98A 113LA 1L00A 3DN8A 3QAKA 1L34A 3GUKA 1G1WA 2RAYX 3K2RA 2LZMA 1C6LA 4EKSA 1L35A 1QUDA 3UONA 170LA 1CVKA 243LA 4EXMA 1CV3A 1C67A 165LA 2OU8A 1OVHA 261LA 1L28A 3HH6A 189LA 244LA 1QS9A 1CV5A 1SX7A 166LA 3G3VA 200LA 2O79A 195LA 1L54A 149LA 1L46A 4W52A 1T8AA 1L21A 1L43A 171LA 4AQNA 3C83A 1L45A 237LA 3GULA 4K5YA 231LA 1CUPA 217LA 1L91A 1C6IA 4I7RA 240LA 1PQKA 1L66A 1DYEA 3CDQA 233LA 250LA 4ARMB 1L89A 1C60A 115LA 4PJZA 241LA 175LA 4W57A 3VW7A 1T97A 3HWLA 1OV7A 3HU9A 1G0KA 164LA 1LGXA 3HH5A 180LA 225LA 1DYCA 1P37A 206LA 3DMXA 1L50A 1QS5A 3C7ZA 3DMVA 111LA 1D3NA 1T8GA 2O7AA 228LA 3L64A 211LA 1L26A 4I7SA 1QTVA 2OEAX 6LZMA 1P36A 1CV0A 1KY0A 1QT6A 4W53A 1CU3A 168LA 160LA 1G0QA 1CU6A 1L39A 2ANVA 191LA 3C8SA 1KY1A 1TLAA 1L70A 3LZMA 2QB0B 3NY8A 1XJTA 238LA 1L74A 1LPYA 1CV4A 1L23A 1L62A 1LI2A 258LA 1K28A 1L15A 1OVJA 104LA 1L22A 1LYIA 1L93A 1L40A 2Q9EA 3CDTA 3RZEA 1CU2A 1CU0A 1L80A 259LA 1SWYA 1L06A 1QUOA 3G3WA 152LA 3C7WA 4PK0A 198LA 1C66A 2LCBA 3HT6A 1LW9A 107LA 1L20A 1P6YA 1L37A 1C6BA 1QTDA 4W51A 220LA 151LA 1OVKA 1QT3A 128LA 1C63A 1L24A 3DKEX 4EKQA 1D9WA 2B70A 1G0LA 1PQOA 2OE9X 1EPYA 122LA 162LA 1C6MA 4W56A 176LA 1L84A 1L96A 2B6YA 1L99A 4LDEA 1L08A 1L61A 201LA 2ANXA 1L59A 1L82A 1P2RA 1L72A 1L09A 2B6WA 4ARQB 2F32A 2RBSA 1L30A 183LA 1QTHA 126LA 1QT7A 1C68A 4ARMA 1C6NA 1I6SA 186LA 1D2WA 1SWZA 248LA 2NTHA 181LA 227LA 2OTZX 2OTYX 1SSWA 1L14A 1LYFA 4YX7C 1L69A 3HDEA 1L27A 3C8RA 2Z6BA 1L79A 1QT8A 1QSQA 3DNAA 3L2XA 4EJ4A 1L60A 3SB5A 251LA 210LA 224LA 1C6CA 3HH3A 1L55A 182LA 177LA 249LA 3NY9A 1LI3A 1L77A 142LA 3GUPA 3HTGA 2B7XA 1LYHA 219LA 4GBRB 4ARPA 1L56A 1P64A 131LA 1JTMA 3EMLA 4EKRA 159LA 247LA 3DN0A 226LA 1L75A 262LA 108LA 2HUMA 260LA 2RBQA 1C6TA 1L63A 1OV5A 1L36A 184LA 246LA 1QT5A 2RBNA 1C6PA 1L58A 4LDOA 169LA 1DYDA 1JQUA 2LC9A 1DYAA 1C6KA 1PQMA 3DN6A 3C82A 118LA 174LA 3DN2A 1L31A 1L07A 148LE 2RAZX 222LA 2RBOA 103LA 239LA 223LA 1L90A 1QTZA 146LA 1L47A 1CU5A 1L05A 1L33A 1PQDA 125LA 1G0PA 1L53A 1L68A 2OU9A 1L41A 2B6XA 257LA 1LYDA 1C69A 3FA0A 1L65A 2Q9DA 3OE9A 139LA 1L01A 3HUKA 138LA 1CV1A 212LA 1B6IA 1P56A 2HUKA 1DYGA 1LYJA 2NTGA 1C6FA 4DKLA 1LGWA 1L16A 3FI5A 1KNIA 4EPFA 209LA 4W58A 1P7SA 3F8VA 4I7LA 1L44A 3HDFA 3SB9A 205LA 1CX7A 234LA 1L0KA 188LA 1L19A 1L67A 1L51A 3CDOA 1L11A 1L52A 3GUJA 1KS3A 1LLHA 1KW7A 141LA 1L64A 4OO9A 1QUGA 214LA 102LA 1QTBA 3FADA 4W55A 1L32A 192LA 3V2YA 3D4SA 1DYFA 2OE4X 1ZYTA 3OE0A 1L12A 1P2LA 2F2QA 3HU8A 3SBAA 4DJHA 1L25A 3F9LA 1C6HA 2OU0X 2RBPA 1T6HA 4IAPA 256LA 3OE8A 3HH4A 190LA 1P5CA 2B6TA 5I14A 1L48A 1C6EA 1L18A 4I7MA 1D3JA 3HT7A 4GRVA 1C64A 3PDSA 4ARLA 2RBRA 163LA 1T8FA 3HUQA 1C62A 137LA 4ARJA 1L29A 3GUOA 156LA 2RB2X 157LA 1SX2A 197LA 196LA 1C6JA 1OWYA 1XEPA 3HUAA 1L92A 1L13A 3CDRA 3DN1A 253LA 4I7OA 3SB7A 215LA 140LA 3SB8A 1QUHA 158LA 2B75A 1L88A 1L85A 4EPIA 1JTNA 1LYEA 172LA 199LA 1WTHA 1DYBA 120LA 1G1VA 1L02A 1C6DA 1ZURA 229LA 218LA 1L76A 4I7QA 150LA 1CX6A 2O4WA 2OE7X 2B72A 3ODUA 3DN3A 1QSBA 1CUQA 1L42A 3V2WA 1CTWA 4W59A 1L49A 3C81A 4I7KA 235LA 3HT9A 221LA 110LA 1QT4A 1PQIA 3NYAA 2RB1X 2HULA 3HTFA 1XJUA 127LA 1L38A 7LZMA 2F47A 2A4TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0JA 1V7SA 1UIFA 4ZPUA 5B59A 1FLWA 1LYOA 3JR6A 1C10A 1ZWNA 4LDLA 4WM6A 1L03A 1PQJA 5LZMA 1LJKA 1QTCA 3HTBA 1BWIA 1IP7A 4M4OA 4ARQA 5C6JA 4HPIA 3OE6A 3CDVA 1LSDA 5KXLA 1V7TA 2CUUA 1GPQC 4N5RA 1D3FA 1LZNA 2YBHA 1LJ4A 5KJ9A 3HT8A 4HJVA 4I7JA 4TSCA 3WVXA 109LA 1HEMA 1OUBA 1G0GA 1CNSA 3WVYA 1EL1A 3HBDA 2RB0X 4MR1A 1UIEA 4I7PA 4Z46A 1IC4Y 232LA 1LMOA 1L57A 3LZTA 112LA 1IWTA 1LI6A 161LA 1G06A 3B0IA 113LA 1L00A 4ZIXA 3DN8A 4B4JA 1L34A 2EQLA 4YM8A 208LA 1JIYA 3K2RA 4WM4A 2LZMA 3AGIA 5B1FA 1Z55A 3RT5X 243LA 4WL6A 1OUCA 1IR8A 1B7RA 3WU9A 3B0KA 4PJ2C 1A4VA 2FYCA 3ATNA 2O79A 1T8AA 1L21A 3WYHA 2Q0MX 1XFPL 171LA 1WTNA 4HTKA 3A67Y 1L45A 1MLCE 4NGYA 1H6MA 1B5UA 1GF0A 1XSFA 1CUPA 1IOQA 1JKDA 240LA 4NIJA 1DYEA 5LIOA 134LA 2VB1A 1L89A 1D9UA 1C60A 2EPEA 1T97A 3A93A 3W6FA 3HWLA 1HHLA 3HU9A 5LVHA 2LYZA 5KXRA 5LINA 1GFGA 1L50A 3TXHA 3WULA 1D3NA 1UICA 1W08A 4ZFPA 1LPIA 1KY0A 168LA 1CU6A 1YKXX 2YBMA 3FE0A 1KY1A 1QDTA 2QB0B 4FJRA 4H8YA 5KXMA 3WU7A 1D0KA 1LI2A 2IFFY 6LYTA 4G4BA 4N0JA 2H9JA 1L15A 4GN3A 1GFJA 1JKBA 4GCEA 1IOTA 1LYIA 2N5ZA 2MEGA 4IATA 2CWIA 1I20A 1HELA 2ZIKA 3CDTA 1HEPA 3RZEA 2FBBA 3CSRA 4N8ZA 2Z18A 1GE0A 3G3WA 1DI3A 4LYZA 4QY9A 1QTDA 1UCOA 3DKEX 1LZ8A 207LA 3CSZA 2OE9X 5FSTA 1IORA 122LA 4L41A 3WW6A 1C6MA 3A91A 1IO5A 2D91A 3ULRA 201LA 2LYOA 1LTMA 1C43A 1TEWA 1LZ6A 4ET8A 2CGIA 4CGEA 4H92A 2OTZX 3WPKA 1OQMA 3WUMA 1GB5A 1LYYA 3TXFA 4KPMA 4YX7C 1P2CC 1QSQA 4LT0A 4EJ4A 1A2YC 1L60A 1JJ3A 3SB5A 2I6ZA 5I4XA 5HLLA 1JPOA 142LA 3AGHA 3GUPA 4DD3A 4N1EI 1GBOA 1LYHA 5KXTA 1GF5A 2BQKA 1UUZC 1OP9B 3EO5A 5KXPA 1GWDA 1JTMA 5KXWA 3DN0A 2BAAA 226LA 1L75A 262LA 2HUMA 260LA 2RBQA 4NHPA 1L63A 1LMPA 246LA 1QT5A 4B1AA 1UC0A 1DYAA 5B07A 1CKDA 1IC7Y 4HTQA 4AGAA 4QDNA 3QNGA 222LA 4U3XB 239LA 1YAPA 1LMTA 5F14A 4OWHA 2Z38A 1XEKA 3WH1A 1L68A 2OU9A 1BB3A 3LYOA 1VFBC 1JKAA 1GBXA 257LA 1C69A 1LJHA 1GE1A 139LA 132LA 2DQFC 1GD6A 2MEIA 1SQ2L 1L16A 209LA 3A8ZA 1UIHA 3SB9A 1CX7A 1JSFA 1L67A 1LSBA 3CDOA 1BGIA 5A3ZA 3GUJA 2BQLA 141LA 1BB4A 1L64A 4G4HA 4OO9A 4W55A 1WVVA 192LA 1LSNA 2WARA 5DN4A 1ZYTA 1L25A 1TBYA 4H8XA 3LZ2A 1NKHA 3F9LA 3OK0A 4XJGA 256LA 5LXWA 3HH4A 1RCMA 190LA 5I14A 1C6EA 1B2KA 5KXOA 3D3DA 1D3JA 3HT7A 3IJVA 1GF8A 3PDSA 1VEDA 1HMKA 3IWRA 163LA 4ARJA 4R6CA 1L29A 4ETEA 1KXYA 4TTDA 2RB2X 3B6LA 3GXRA 1IWYA 1OUJA 1NWGA 3HUAA 1NF5A 3ZEKA 3FI7A 2LZTA 3T36A 4XJDA 1RJCB 3G3AB 3J6KA 1L85A 4EPIA 3LN2A 1LYEA 1GXXA 1QTKA 1DYBA 4PRQA 1G1VA 1L02A 3TXIA 3CQLA 5LVKA 218LA 1L76A 4H9FA 1GFHA 150LA 1L42A 5T3FA 235LA 4J0LA 2ZIJA 1JHLA 1QT4A 1PQIA 2HUBA 4ETBA 4Z3MA 154LA 3HTFA 4RLMA 1XGTC 127LA 2F47A 2A4TA 4J1BA 2F4AA 9LYZA 1B7LA 1ZVYB 2RH1A 4ZEEA 5LA8A 4DAJA 4KT3A 252LA 1D3MA 3F6ZA 4B49A 1G0MA 4OOTA 167LA 4I7TA 4YXAC 4HPEA 2LZ2A 4I7NA 216LA 3GUIA 2I26L 4H94A 3SB6A 1C6GA 1N4FA 1L0JA 4G49A 3AZ7A 5HNLA 1L04A 4H9IA 4W96A 114LA 1NQIA 1HEWA 1YQVY 4TWSA 1L10A 1GFUA 3WUAA 3TMXA 1C46A 3OJPA 4NY5A 2BLXA 1VDSA 1LJFA 4EKPA 2GV0A 3AGGG 1CV6A 4XJHA 1C61A 1CKCA 1OUHA 1F6SA 4LT3A 4XJIA 3VWOA 144LA 1P46A 4RW2A 4NHTA 155LA 1O23A 3WPJA 5B1GA 1NHBA 1L94A 2BQMA 1L98A 1PS5A 1G1WA 2MEFA 3A3RX 4EKSA 1QUDA 170LA 4J7VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1G0J A;  1V7S A;  1UIF A;  4ZPU A;  5B59 A;  1FLW A;  1LYO A;  3JR6 A;  1C10 A;  1ZWN A;  4LDL A;  4WM6 A;  1L03 A;  1PQJ A;  5LZM A;  1LJK A;  1QTC A;  3HTB A;  1BWI A;  1IP7 A;  4M4O A;  4ARQ A;  5C6J A;  4HPI A;  3OE6 A;  3CDV A;  1LSD A;  5KXL A;  1V7T A;  2CUU A;  1GPQ C;  4N5R A;  1D3F A;  1LZN A;  2YBH A;  1LJ4 A;  5KJ9 A;  3HT8 A;  4HJV A;  4I7J A;  4TSC A;  3WVX A;  109L A;  1HEM A;  1OUB A;  1G0G A;  1CNS A;  3WVY A;  1EL1 A;  3HBD A;  2RB0 X;  4MR1 A;  1UIE A;  4I7P A;  4Z46 A;  1IC4 Y;  232L A;  1LMO A;  1L57 A;  3LZT A;  112L A;  1IWT A;  1LI6 A;  161L A;  1G06 A;  3B0I A;  113L A;  1L00 A;  4ZIX A;  3DN8 A;  4B4J A;  1L34 A;  2EQL A;  4YM8 A;  208L A;  1JIY A;  3K2R A;  4WM4 A;  2LZM A;  3AGI A;  5B1F A;  1Z55 A;  3RT5 X;  243L A;  4WL6 A;  1OUC A;  1IR8 A;  1B7R A;  3WU9 A;  3B0K A;  4PJ2 C;  1A4V A;  2FYC A;  3ATN A;  2O79 A;  1T8A A;  1L21 A;  3WYH A;  2Q0M X;  1XFP L;  171L A;  1WTN A;  4HTK A;  3A67 Y;  1L45 A;  1MLC E;  4NGY A;  1H6M A;  1B5U A;  1GF0 A;  1XSF A;  1CUP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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