3GUMA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--p-xylene binding
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gumA00
1T8FA 212LA 3DN6A 3GUNA 139LA 120LA 1LYEA 3SB8A 2NTHA 3C82A 255LA 1L15A 1L46A 1L84A 1L41A 143LA 1P2RA 164LA 1L67A 248LA 1L33A 205LA 1L25A 201LA 2Q9EA 125LA 3SB7A 4YXCA 140LA 3SB6A 1QTDA 1L86A 104LA 1G07A 1XEPA 2B6XA 1KW7A 3HDFA 1P36A 1C62A 239LA 1KS3A 1P3NA 3DN0A 1L75A 1C64A 3C7YA 1L30A 188LA 3C8QA 253LA 2OU9A 162LA 1DYGA 3RUNA 131LA 4ARQB 1LW9A 3GUPA 1LI2A 1DYCA 184LA 1WTHA 4AQNA 1C6HA 1L24A 3GUKA 2B6ZA 3L2XA 1L97A 1L21A 1TLAA 1L81A 1QTZA 1CV3A 1L91A 247LA 244LA 215LA 1L50A 2B74A 211LA 3HTFA 1L12A 3GUJA 4I7MA 5I14A 1PQKA 1OWZA 1C65A 1L0JA 4GBRB 4I7RA 1L53A 1L45A 223LA 254LA 214LA 1L18A 187LA 1L01A 163LA 258LA 1L05A 1CX6A 2Z6BA 4I7NA 2B6TA 3HWLA 4K5YA 3K2RA 2ANVA 1QT5A 174LA 1P6YA 1OVKA 1SX2A 3DN2A 196LA 1D2WA 1L0KA 1P5CA 3C7WA 1L06A 243LA 229LA 1G1VA 231LA 1C6AA 1QUDA 4ZPUA 3PBLA 4W59A 3HTBA 4W52A 1C60A 1KY1A 1C63A 1LPYA 3GUOA 2OE4X 1D3MA 1KW5A 3VW7A 1LI6A 217LA 4ARPA 1LGWA 4EKQA 1OYUA 156LA 256LA 3CDVA 1P46A 2LCBA 3HH6A 2HULA 1OVJA 4I7QA 1L64A 166LA 245LA 3FI5A 3OE9A 145LA 172LA 2RAYX 1OV5A 1LYHA 1G0JA 3CDOA 3HT9A 1C6TA 1LGUA 7LZMA 1L88A 1L92A 3ODUA 1L00A 260LA 4EPFA 4ARMB 3DKEX 1C6NA 4I7SA 130LA 4OO9A 1L93A 1L29A 192LA 1I6SA 1L48A 1LLHA 250LA 1L07A 1L42A 224LA 199LA 4W54A 3SN6R 1L23A 198LA 4W53A 1LGXA 1QUGA 4I7LA 3C7ZA 3HT6A 1CU3A 160LA 111LA 3HU8A 4EKSA 3HH5A 129LA 1LI3A 4I7JA 1ZURA 114LA 1LWGA 1L54A 2QARC 1C6QA 6LZMA 2RBQA 181LA 1C6GA 168LA 1CV4A 1L35A 3D4SA 209LA 1C6CA 1JTMA 1CUPA 227LA 1QT7A 2B70A 3PDSA 1KY0A 128LA 180LA 113LA 1LYGA 242LA 1CV0A 1L03A 1L55A 3DN3A 141LA 4W57A 1L95A 251LA 150LA 3QAKA 1QSQA 1L62A 4ARQA 1CX7A 220LA 159LA 2F47A 142LA 1DYDA 4DJHA 1T97A 1K28A 4PK0A 127LA 3NY8A 2RB0X 1G0PA 3F9LA 2B6YA 1QTHA 2F32A 2B6WA 2RH1A 1L76A 1G1WA 1QSBA 249LA 1NHBA 190LA 1CV1A 1C6KA 4EPIA 118LA 221LA 3OE6A 226LA 1C6EA 2NTGA 1C6FA 2QB0B 3DMZA 4LDOA 1KNIA 3HUAA 1SWYA 3HUQA 151LA 1L43A 1L61A 1L51A 4LDLA 1L20A 4I7PA 1C68A 3JR6A 3DN8A 4DAJA 1L63A 3HTGA 1L85A 2LZMA 3CDQA 1L58A 1CVKA 2CUUA 186LA 237LA 1C6DA 246LA 1L69A 1CU5A 1L87A 1L19A 1L27A 149LA 222LA 107LA 261LA 4PJZA 3DMVA 1L34A 3SBBC 4E97A 197LA 1C6PA 4I7KA 5LZMA 3V2YA 1D3JA 4I7TA 1L09A 4EKRA 1L37A 1ZYTA 4LZMA 1QT8A 3DMXA 1L57A 3SB5A 1PQOA 1L82A 1T8GA 1C61A 2A4TA 1L40A 2OTYX 1G0QA 2RB2X 2F2QA 119LA 216LA 2OEAX 1L70A 1L60A 1CV5A 1L56A 3HH3A 3G3WA 1QS5A 1L89A 4ARMA 252LA 1L36A 3FADA 1C66A 167LA 1CUQA 228LA 1PQJA 2OE7X 1L66A 4W58A 115LA 146LA 1L08A 1CU0A 2OTZX 1L79A 4IAPA 1L28A 1SX7A 3NY9A 262LA 1DYFA 1L52A 1D9WA 210LA 1L38A 178LA 2HUMA 3HDEA 3V2WA 3CDRA 3DNAA 1D3NA 1L17A 3HT8A 3RZEA 1L13A 3HU9A 4EKPA 1L26A 2RAZX 2OE9X 3C81A 3UONA 2LC9A 1DYAA 1QT4A 1L44A 2RBSA 1G0GA 3C8RA 157LA 112LA 3FA0A 1L16A 2ANXA 2RBRA 1D3FA 4GRVA 235LA 1CU2A 225LA 1D2YA 103LA 1LYFA 137LA 2B72A 1QTBA 3HUKA 1G0LA 3SBAA 170LA 1XJUA 1LYIA 2B73A 3DN1A 3SB9A 148LE 1CTWA 1P2LA 2RBOA 4S0WA 4W56A 241LA 1C6MA 1L32A 110LA 189LA 3C83A 1OWYA 147LA 155LA 4W55A 1L04A 3G3XA 176LA 4EJ4A 1P64A 1OVHA 1L72A 1C69A 126LA 182LA 238LA 4W51A 3C8SA 3G3VA 123LA 2B75A 3HTDA 1L68A 4ARLA 2Q9DA 177LA 3OE8A 200LA 2OU0X 234LA 1ZWNA 1L39A 1CV6A 1PQMA 144LA 1B6IA 3OE0A 1C6JA 1L98A 1LYDA 259LA 4LDEA 122LA 2RB1X 1QTVA 2OU8A 3C80A 1L94A 1L65A 218LA 1LYJA 1SSYA 233LA 2B7XA 185LA 1QUOA 4DKLA 1SSWA 4I7OA 1QUHA 1QTCA 1XJTA 3LZMA 1PQIA 138LA 1L11A 173LA 1L83A 158LA 1L14A 1G06A 3CDTA 1P56A 102LA 152LA 1DYEA 2IGCA 3HT7A 4ARJA 1C67A 1L80A 3F8VA 1L99A 4EXMA 3GULA 109LA 1L59A 1L71A 1JQUA 108LA 1L96A 1L74A 183LA 169LA 4YXAC 1L77A 191LA 195LA 219LA 2RBNA 1L73A 232LA 2O4WA 1L31A 3DN4A 1P7SA 1CU6A 1C6LA 1C6BA 2O7AA 240LA 1P37A 3HH4A 3EMLA 1C6IA 1JTNA 3GUIA 171LA 165LA 213LA 2RBPA 1L02A 1QS9A 161LA 175LA 1G0MA 3L64A 1L49A 1OV7A 1T6HA 1L47A 1QT6A 1L10A 1PQDA 1QT3A 1EPYA 2L78A 1SWZA 1L90A 1L22A 4YX7C 1T8AA 2HUKA 1G0KA 236LA 3NYAA 206LA 1DYBA 230LA 3GUMA 2O79A 1LWKA 257LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LYZA 3P68A 4ETEA 139LA 4PJ2C 3WPLA 4IASA 3TXGA 1DI4A 1GAZA 4G49A 1GB7A 1L41A 4LT0A 4YEMA 1L67A 4B4EA 205LA 1WQOA 201LA 2Q9EA 4LYTA 1LSPA 1XEPA 4HJZA 1P36A 1BGIA 5HNLA 1B5UA 1LHLA 1YAPA 3ZVQB 4H9BA 3C8QA 2OU9A 4GN4A 2Z39A 1DYGA 4E3UA 3WPJA 5L9JA 4ARQB 3AJNA 3GUPA 184LA 1ALCA 1C6HA 1VDQA 1HNLA 3L2XA 4BAPA 1L97A 1L21A 1TLAA 1KXYA 2DQJY 3A6CY 3AW7A 3WYHA 1JUGA 1MELL 4DYGA 3AW6A 3G3AB 1PQKA 4WL7A 2RSCA 2EKSC 4G4BA 4I7RA 3P64A 4HP0A 1HEMA 3QE8A 1LJJA 1GF6A 3LN2A 2D91A 3WUNA 1LSFA 1IOTA 3M3UA 2BAAA 3AGGG 1SX2A 134LA 1TDYA 4DDCA 4HJVA 3A34A 5AMYA 4ZPUA 3PBLA 4NWHA 1C63A 1LPYA 2OE4X 1KW5A 1LI6A 217LA 2Z12A 1OYUA 2YDGA 1LYZA 3B6LA 1YKXX 2MEDA 1FDLY 1BWIA 4I7QA 4R6CA 4IATA 1HSWA 2D4KA 1UIDA 4OW1A 1WVVA 3KAMA 1G0JA 1BWJA 1C6TA 1LGUA 1LSGA 1LZ1A 3ODUA 1WQNA 5I53A 1D0KA 4I7SA 4OO9A 1IP1A 4GLVA 1UIFA 192LA 5C6IA 4LT1A 5D5CA 2A7DA 1L23A 4DT3A 4XENA 3WVXA 4WO9A 4XJBA 4W53A 1IWVA 1LGXA 1QUGA 1VEDA 3HT6A 1G7JC 111LA 1YKYX 129LA 1GFEA 1IWUA 1LI3A 4I7JA 3WH1A 114LA 1F10A 1L54A 1ZMYL 181LA 1CV4A 209LA 1C6CA 5C6JA 4MSTA 8LYZA 1CUPA 1XEKA 2B70A 1HFZA 4KL7A 180LA 1VDTA 1CV0A 3AB6A 1L03A 141LA 1CJ8A 1CKCA 4W57A 4A7DA 1EQ5A 1JPOA 4N9RA 3A93A 1C46A 4B4IA 2F47A 142LA 5I5QA 4DJHA 4AGAA 4XYYA 1YL0X 1K28A 4HTQA 3NY8A 4NSHA 5J7CA 2RB0X 2RH1A 1OUIA 1VATA 4KXIA 1G1WA 1NHBA 190LA 1C6KA 118LA 1KIQC 3TXFA 1JWRA 3OE6A 1C6FA 1NKHA 5B1GA 3HUQA 2LZTA 1BWHA 2Y8PA 1C68A 3JR6A 1UIAA 1VAUA 1L63A 4PPOA 5C6LA 1LZ5A 1C6DA 2Z2EA 149LA 1YAMA 1I20A 1IO5A 2YBMA 1UC0A 4IJ4A 2AUBA 4TX7A 1TAYA 4QDNA 1DQJC 4II8A 4MCKA 2BQEA 2F4AA 4LZMA 3DMXA 1L57A 3SB5A 1GB3A 1L82A 1T8GA 4NSGA 1LJ4A 2RB2X 1JTOL 1G7IC 216LA 5F16A 2DQDY 5T3FA 1L60A 1CV5A 1LZSA 4OWEA 5I4XA 3HH3A 1H87A 1QS5A 4ARMA 3FADA 3HFMY 5E4PA 1PQJA 1QIOA 2XJWA 5APCA 1JJ3A 1LMPA 5LAFA 1L08A 1J1OY 5FHWA 2CWIA 1D9WA 1L38A 2HUMA 1D3NA 1L17A 3RZEA 5KXTA 3W6FA 4EKPA 1L26A 4N8ZA 3C81A 4Z41A 1JSEA 1GFGA 2LC9A 1QT4A 1GFTA 5LA8A 2ZQ3A 2RBSA 1GWDA 2RBRA 2ANXA 3TXJA 4J7VA 1D3FA 4GRVA 1YQVY 5F9XA 1D2YA 1GE3A 1YROA 5APEA 5LA5A 137LA 4H92A 1D0MA 3SBAA 3TMVA 4DD0A 1ZVYB 3DN1A 5DN5A 1REZA 1IP3A 4WL6A 148LE 1CTWA 1UACY 4NEBA 4YF2A 4FJRA 1IORA 4H1PA 5APDA 241LA 4PRUA 3EBAB 1ZVHL 3LHMA 5KXRA 5B06A 3FI7A 2EQLA 1UA6Y 1OVHA 1LSZA 1C69A 126LA 3G3VA 3HTDA 3TXDA 4ARLA 2HEBA 3OE8A 234LA 4LGKA 1PQMA 144LA 2BQLA 1B6IA 1JISA 259LA 1B5YA 3WW6A 2RB1X 4C3WA 218LA 1GAYA 233LA 4OOOA 4DKLA 1LMQA 1SSWA 4I7OA 1QTCA 4XJDA 3LZMA 3WULA 1L11A 1UCOA 173LA 3WW5A 1TBYA 1C67A 1LZEA 4I0CA 3GULA 4CFOA 1LJ3A 1L74A 3J6KA 191LA 3AGIA 135LA 1IP6A 4LFPA 165LA 5M1YA 2RBPA 1T6HA 4J1AA 4WG1A 5APFA 1EPYA 4G4HA 2BQCA 4YX7C 4H9EA 3CQLA 1C45A 1GBSA 206LA 1LSMA 2YVBA 2O79A 4LFXA 1GFAA 1JKBA 5LVIA 1HHLA 2G4PA 3WL2A 120LA 4M6DA 2NTHA 1NMMA 255LA 2HTXA 1L15A 4DQJA 1L84A 1P2RA 1L33A 4EMNA 1L25A 4YM8A 4NSJA 5I4YA 3SB7A 1L86A 104LA 5K7OA 4RLNA 2B6XA 3B0IA 1KW7A 1PS5A 239LA 4WLTA 5II3A 2W1LA 253LA 3ZEKA 1JKCA 3W6DA 1GF3A 4HPIA 1WTHA 4AQNA 3TXBA 4RDSA 4LYOA 1HFXA 3BKVA 4TSCA 3WU8A 4TWSA 5KXWA 1GF7A 1L81A 2HEAA 1CV3A 3AYQA 1EQEA 4OWBA 2B74A 1L50A 3GUJA 1CKHA 1P2CC 1LTMA 4GBRB 2H5ZA 3CT1A 3B0KA 4H9AA 2DQEY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LYZ A;  3P68 A;  4ETE A;  139L A;  4PJ2 C;  3WPL A;  4IAS A;  3TXG A;  1DI4 A;  1GAZ A;  4G49 A;  1GB7 A;  1L41 A;  4LT0 A;  4YEM A;  1L67 A;  4B4E A;  205L A;  1WQO A;  201L A;  2Q9E A;  4LYT A;  1LSP A;  1XEP A;  4HJZ A;  1P36 A;  1BGI A;  5HNL A;  1B5U A;  1LHL A;  1YAP A;  3ZVQ B;  4H9B A;  3C8Q A;  2OU9 A;  4GN4 A;  2Z39 A;  1DYG A;  4E3U A;  3WPJ A;  5L9J A;  4ARQ B;  3AJN A;  3GUP A;  184L A;  1ALC A;  1C6H A;  1VDQ A;  1HNL A;  3L2X A;  4BAP A;  1L97 A;  1L21 A;  1TLA A;  1KXY A;  2DQJ Y;  3A6C Y;  3AW7 A;  3WYH A;  1JUG A;  1MEL L;  4DYG A;  3AW6 A;  3G3A B;  1PQK A;  4WL7 A;  2RSC A;  2EKS C;  4G4B A;  4I7R A;  3P64 A;  4HP0 A;  1HEM A;  3QE8 A;  1LJJ A;  1GF6 A;  3LN2 A;  2D91 A;  3WUN A;  1LSF A;  1IOT A;  3M3U A;  2BAA A;  3AGG G;  1SX2 A;  134L A;  1TDY A;  4DDC A;  4HJV A;  3A34 A;  5AMY A;  4ZPU A;  3PBL A;  4NWH A;  1C63 A;  1LPY A;  2OE4 X;  1KW5 A;  1LI6 A;  217L A;  2Z12 A;  1OYU A;  2YDG A;  1LYZ A;  3B6L A;  1YKX X;  2MED A;  1FDL Y;  1BWI A;  4I7Q A;  4R6C A;  4IAT A; 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