3GUOA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--phenol binding
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3guoA00
1PQOA 163LA 150LA 1L47A 4I7PA 1L02A 2RAYX 254LA 3QAKA 3JR6A 2RBRA 1L62A 2LCBA 3OE6A 1PQIA 1LYIA 4I7SA 1LYJA 1C6PA 1L21A 248LA 192LA 1L36A 4OO9A 3CDRA 2F47A 1G07A 3NYAA 1L12A 1L54A 1L16A 1L59A 159LA 1L11A 229LA 1G0JA 1L43A 176LA 1NHBA 250LA 1T8FA 4W52A 3HTGA 1L56A 2B72A 1C6MA 1QT5A 1T6HA 1L80A 160LA 1CV1A 1QT6A 1L01A 122LA 131LA 157LA 1C6KA 178LA 155LA 1G0LA 1L65A 125LA 3L2XA 245LA 1P37A 1C6IA 1QUDA 1LYGA 3DN8A 138LA 169LA 1DYGA 3HH6A 1L08A 1L67A 4E97A 1L45A 1C6GA 1L49A 1L05A 2HUMA 3HT9A 1QUGA 3G3XA 4LDOA 1L26A 1C68A 1LYFA 1D3NA 1C6AA 1L60A 1SX2A 2OE4X 3F9LA 4I7QA 3GUJA 1ZURA 200LA 1SWYA 1L50A 148LE 4EJ4A 3C8QA 3GUKA 4ARJA 2L78A 187LA 1C6TA 2HUKA 164LA 1L76A 2B70A 3SB7A 197LA 4W54A 1L79A 1P6YA 1KW5A 2HULA 1KW7A 2RBOA 5I14A 1G0GA 1L86A 188LA 1LGWA 1C6NA 1OYUA 149LA 107LA 237LA 3OE8A 144LA 143LA 127LA 1L46A 1L03A 244LA 1CUPA 1L71A 1L98A 1L40A 1LI6A 1D3JA 1T8GA 4I7OA 1OVKA 1L82A 4EKRA 2RB2X 1CUQA 2RBPA 1L27A 3D4SA 3HH5A 3GUMA 3RUNA 1C6QA 1T8AA 1OV7A 1CVKA 256LA 2RBNA 183LA 1C64A 3LZMA 189LA 1DYBA 1L17A 112LA 3DN1A 4YXAC 1LW9A 259LA 3OE0A 1P64A 2Z6BA 2B7XA 2O4WA 232LA 173LA 152LA 1CU0A 1QTCA 3K2RA 216LA 113LA 220LA 1P3NA 1OVJA 3G3WA 1T97A 4IAPA 7LZMA 104LA 261LA 225LA 171LA 1LYEA 4DKLA 1L00A 1LI2A 2QB0B 1L87A 2F32A 2IGCA 3HUAA 1L96A 162LA 182LA 1KS3A 1C6BA 1CV3A 4DJHA 102LA 2B6WA 1CU6A 1L55A 1L63A 2OE9X 209LA 3PBLA 4ZPUA 3G3VA 3GUOA 211LA 3HDFA 1JQUA 2B73A 3HUQA 1QT3A 260LA 1C6FA 1QUHA 4LZMA 1L44A 3GUIA 3DKEX 140LA 146LA 4PK0A 151LA 4W51A 4YXCA 2B6XA 3HH3A 4ARPA 191LA 4EKPA 219LA 2B6YA 1L32A 1DYFA 201LA 1L84A 3HU8A 3SB6A 3NY8A 161LA 1PQJA 1KY0A 1CV4A 1PQDA 1QT4A 3DN0A 1L42A 1LLHA 239LA 2A4TA 1L64A 1G0KA 3C82A 2ANVA 1L89A 1D3MA 253LA 3OE9A 1XJTA 1L38A 1L57A 1KNIA 1L22A 137LA 1QTZA 224LA 5LZMA 1EPYA 2O79A 139LA 1L83A 238LA 255LA 2B6ZA 3DMXA 1SX7A 221LA 1DYEA 1L13A 1QTBA 212LA 4ARLA 1L30A 4EPFA 1QT7A 1P46A 168LA 195LA 1SSYA 172LA 2OU0X 234LA 3DN6A 3GUPA 1LYHA 1L95A 1D2WA 4W59A 4W56A 205LA 258LA 1L70A 1L97A 118LA 167LA 166LA 1L14A 1QTDA 180LA 3HTDA 3SB8A 1G1VA 177LA 3HT7A 1L72A 114LA 3HT8A 1D2YA 3V2WA 1L35A 1C66A 3RZEA 243LA 3HDEA 1C62A 1L0KA 1CU2A 3C80A 1CU3A 252LA 1L53A 1I6SA 1PQMA 3SBAA 213LA 1D3FA 1L23A 1WTHA 3C83A 1L51A 111LA 1L81A 4EKQA 3SB5A 1C6LA 1G0MA 1SWZA 1QS5A 1L85A 1L04A 3CDVA 4ARMB 2OU9A 1P7SA 4I7JA 1JTMA 1L74A 1QS9A 2RBSA 2RBQA 1C6DA 3CDQA 2OTZX 1L34A 1C6HA 223LA 4I7KA 2LZMA 3DNAA 141LA 1L25A 1C61A 249LA 3F8VA 1LGXA 228LA 3DN2A 2O7AA 2Q9EA 128LA 1QUOA 3GULA 4EPIA 147LA 231LA 1CU5A 2ANXA 1L20A 1L88A 206LA 4PJZA 2OU8A 3HH4A 3FI5A 156LA 2CUUA 196LA 1L28A 3C7WA 1XEPA 218LA 1L77A 185LA 1L07A 3NY9A 210LA 3UONA 184LA 4I7NA 1L09A 3GUNA 4DAJA 2NTHA 3DMZA 240LA 4W53A 3ODUA 1L41A 1L90A 129LA 1L52A 1L24A 235LA 1QSQA 251LA 3SB9A 4YX7C 3HT6A 226LA 1C60A 1CX6A 1L18A 2RH1A 3V2YA 1XJUA 145LA 217LA 3HUKA 1LGUA 1CV6A 3C81A 3DMVA 1C6JA 2RB0X 1CV5A 1L58A 109LA 262LA 3HWLA 181LA 1QSBA 3FADA 1L0JA 1L75A 2B74A 2F2QA 3HTFA 242LA 3FA0A 1L91A 230LA 1CTWA 1LWKA 108LA 1C6EA 1L48A 1P2LA 2RAZX 120LA 247LA 1L92A 246LA 198LA 1C67A 142LA 3DN4A 4W57A 186LA 1L61A 2Q9DA 3VW7A 4I7MA 1G0QA 2OE7X 123LA 3HTBA 2OTYX 1G06A 1K28A 4I7LA 4S0WA 4ARMA 1DYAA 1L19A 1OVHA 3PDSA 1L06A 1LPYA 6LZMA 1L99A 1KY1A 3CDTA 190LA 1G0PA 1L37A 4ARQA 1QTVA 170LA 222LA 1L29A 110LA 175LA 1CV0A 158LA 1PQKA 130LA 4LDEA 1DYDA 4EXMA 3DN3A 2B75A 3HU9A 1TLAA 4GBRB 1LWGA 1C6CA 227LA 3SBBC 1L69A 215LA 2RB1X 3EMLA 199LA 2B6TA 4EKSA 1L66A 1L15A 4W55A 1B6IA 1ZWNA 3CDOA 3C8SA 1QT8A 4K5YA 4W58A 1LI3A 174LA 1L33A 1C65A 1QTHA 165LA 1C63A 4I7RA 1L94A 1L68A 2QARC 1L39A 1JTNA 119LA 3C7YA 3L64A 4GRVA 1P5CA 4ARQB 1OWYA 1OWZA 1ZYTA 1L73A 3C8RA 1C69A 214LA 1G1WA 1D9WA 1DYCA 1L31A 2LC9A 1P56A 1OV5A 1P2RA 1SSWA 103LA 236LA 1L10A 2NTGA 3C7ZA 4AQNA 2OEAX 126LA 233LA 257LA 1LYDA 1P36A 241LA 3SN6R 4LDLA 1L93A 4I7TA 1CX7A 115LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PQOA 4XYYA 1GBSA 1L02A 254LA 2LCBA 2BQNA 1PQIA 4I7SA 1LYJA 1C6PA 2Z39A 1BWHA 4DDAA 2W1YA 3CDRA 2F47A 1JPOA 2YBIA 3NYAA 1L54A 229LA 1REZA 176LA 5JENB 1NHBA 1LZ4A 2MEIA 3W6EA 1DQJC 1C6MA 4CFPA 1LPIA 1T6HA 1IOSA 5LIOA 1CV1A 3WU8A 1L01A 1UUZC 122LA 131LA 5APEA 2G4QA 155LA 1LJGA 4J1AA 4OWBA 2I6ZA 245LA 1E8LA 2YVBA 1C6IA 3DN8A 4HV1A 138LA 169LA 2DQIY 1UACY 2N5ZA 4H94A 3HH6A 1JKAA 2X0AA 4GN5C 1C68A 1LYFA 3TXEA 1D3NA 2HEAA 5DN5A 2Z18A 3WUMA 1WQMA 5B07A 4I7QA 1GB9A 200LA 148LE 1XEJA 1C7PA 2BQKA 2EKSC 2Z38A 3EXDA 2HUKA 3SB7A 4HJVA 4NEBA 1TAYA 3ATNA 4WO6A 2RBOA 1OUCA 5I14A 1G0GA 1L86A 1W08A 5F14A 149LA 1WQOA 3VWOA 127LA 1L46A 1L03A 1CUPA 1L71A 1L40A 1IY4A 1LI6A 3P65A 1L82A 1CUQA 4YF2A 1J1OY 2NWDX 3J4GA 1OV7A 3OK0A 1CNSA 5HLLA 183LA 112LA 4YXAC 4OWHA 1P64A 2Z6BA 3AB6A 1DXJA 113LA 3LN2A 220LA 2F4AA 1T97A 1FLQA 4IAPA 4LYCA 4XJHA 4DKLA 1LI2A 2F32A 4DJHA 1C6BA 1CU6A 1L55A 1JITA 3PBLA 3G3VA 208LA 4R6CA 2B73A 2YBJA 1IC4Y 4NWHA 151LA 4YXCA 2B6XA 1JSFA 3IWRA 4PHIA 201LA 3LYTA 1L84A 4HTQA 2FYDA 4AGAA 1WQPA 1PQDA 3DN0A 5C6LA 2F4GA 2A4TA 1TCYA 1G0KA 1L89A 3EMSA 3J6KA 1L57A 4M4OA 137LA 5KXLA 1GBZA 2ZIKA 224LA 5LZMA 255LA 3RNXA 1LSZA 2CDSA 3AZ5A 1ZVYB 1LJHA 4LYTA 212LA 1L30A 1LZ9A 1QT7A 168LA 1SSYA 4NGOA 4H92A 3GUPA 1UIHA 4IJ4A 1B5WA 4J0LA 1LZEA 4G9SA 166LA 2MECA 1V7SA 2FYCA 1ZVHL 1QTDA 1YANA 1D6QA 3A94A 1GDXA 2DQJY 3HTDA 1L72A 3KAMA 3MGWA 4WL7A 1H6MA 1L35A 5I53A 1F0WA 4PRQA 243LA 3HDEA 1I6SA 3SBAA 1WTHA 2D4KA 3C83A 1ALCA 4WG7A 2DBTA 2ZILA 2Z19A 2I26L 3CDVA 1P7SA 1DZBX 1QTKA 1LZCA 1C6HA 141LA 1LKRA 4WOAA 2YBHA 4GLVA 1LGXA 1LMAA 1IC5Y 1DI3A 1IWUA 4NHQA 4I0CA 3ZEKA 3N9EA 1CU5A 2ANXA 1L20A 1L88A 206LA 4PJZA 1AT6A 4HTKA 1A2YC 1XEPA 1L77A 185LA 1KIRC 1HSWA 4PGJB 3NY9A 5E4PA 1FN5A 1G7IC 184LA 1IWZA 4I7NA 3B72A 1GXXA 1LSBA 5LVHA 1OUIA 1QSQA 1G7LC 3SB9A 3V2YA 145LA 4NSIA 1BWJA 2XTHA 3A90A 4OW1A 1UIAA 5B06A 4CHXA 181LA 2ZYPA 4L41A 3P64A 242LA 3FA0A 4NSGA 3WPLA 4LFXA 3D9AC 4OWCA 4OWAA 2Z12A 1QDTA 1LMQA 1GFTA 3DN4A 3AGIA 1LJ3A 1LJNA 2H9KA 2VB1A 5F16A 4TSBA 3LZ2A 2BQBA 2BQOA 1INUA 4NGKA 1LOZA 1LPYA 5APCA 1JTOL 2W1LA 1WVVA 1JISA 1C10A 2LHMA 1VFBC 4ARQA 1LSFA 1B7RA 1CV0A 4EXMA 2B75A 1AKIA 3HU9A 1UIFA 1TLAA 4ET8A 1EQ4A 1WTNA 1LWGA 1BB5A 1TBYA 215LA 5I4XA 4H9HA 3EO5A 1L66A 1HMLA 3CDOA 3C8SA 4YOPA 4K5YA 165LA 1C63A 4H8XA 3W6BA 4RW1A 4ARQB 1LJKA 1QTEA 4H8ZA 4QDNA 1AZFA 1YKXX 2LC9A 1NBYC 5J7CA 103LA 1WVUA 1L10A 2HEBA 3LHMA 1BB6A 1LYDA 1P36A 1FDLY 3SN6R 2BQGA 4LGKA 1L93A 3AZ7A 115LA 150LA 4ETEA 1FLYA 1L62A 5DN4A 5C6IA 248LA 1LJJA 1IP2A 4EOFA 1VDQA 1G07A 1L12A 1L59A 1L11A 1L43A 5L3HA 4HPEA 4NG1A 4W52A 134LA 1NMMA 5FHWA 1SLYA 1NBZC 2BQDA 4GN3A 3EBAB 5B1FA 1C6KA 1JSEA 5FELA 5IDDA 1IOQA 1GBXA 5KJ9A 3L2XA 3WU9A 4YEMA 2ZIJA 1CKHA 4LT1A 5KXWA 1OUHA 1IC7Y 4QY9A 153LA 1LJFA 1LSNA 4H9FA 1OUDA 5B1GA 1L45A 4FJRA 3TXFA 1C6GA 2WARA 4HJZA 5KY1A 3HT9A 1D9UA 1QUGA 2C8OA 1UCOA 3HBDA 3W6CA 1B5VA 1D0KA 1ZURA 2HUBA 5KXXA 3GUKA 1CKGA 4ARJA 1J1PY 4G4BA 3W6FA 8LYZA 1IWXA 1XGTC 2HULA 4CJ2A 4PRUA 1CJ7A 3B6LA 1C6NA 3A92A 4LYMA 3CB7A 4XJFA 1GB5A 237LA 4HTNA 3WMKA 4C5FA 4DD0A 3CSQA 1VATA 3OE8A 2HU3A 1LTMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PQO A;  4XYY A;  1GBS A;  1L02 A;  254L A;  2LCB A;  2BQN A;  1PQI A;  4I7S A;  1LYJ A;  1C6P A;  2Z39 A;  1BWH A;  4DDA A;  2W1Y A;  3CDR A;  2F47 A;  1JPO A;  2YBI A;  3NYA A;  1L54 A;  229L A;  1REZ A;  176L A;  5JEN B;  1NHB A;  1LZ4 A;  2MEI A;  3W6E A;  1DQJ C;  1C6M A;  4CFP A;  1LPI A;  1T6H A;  1IOS A;  5LIO A;  1CV1 A;  3WU8 A;  1L01 A;  1UUZ C;  122L A;  131L A;  5APE A;  2G4Q A;  155L A;  1LJG A;  4J1A A;  4OWB A;  2I6Z A;  245L A;  1E8L A;  2YVB A;  1C6I A;  3DN8 A;  4HV1 A;  138L A;  169L A;  2DQI Y;  1UAC Y;  2N5Z A;  4H94 A;  3HH6 A;  1JKA A;  2X0A A;  4GN5 C;  1C68 A;  1LYF A;  3TXE A;  1D3N A;  2HEA A;  5DN5 A;  2Z18 A;  3WUM A;  1WQM A;  5B07 A;  4I7Q A;  1GB9 A;  200L A;  148L E;  1XEJ A;  1C7P A;  2BQK A;  2EKS C;  2Z38 A;  3EXD A;  2HUK A;  3SB7 A;  4HJV A;  4NEB A;  1TAY A;  3ATN A;  4WO6 A;  2RBO A;  1OUC A;  5I14 A;  1G0G A;  1L86 A;  1W08 A;  5F14 A;  149L A;  1WQO A;  3VWO A;  127L A;  1L46 A;  1L03 A;  1CUP A;  1L71 A;  1L40 A;  1IY4 A;  1LI6 A;  3P65 A;  1L82 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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