3GUOA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--phenol binding
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 52
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3guoA00
244LA 1DYFA 1CV5A 1OYUA 1XJUA 3HTDA 2OU0X 3DMZA 1JQUA 250LA 2O7AA 209LA 217LA 1L06A 1L86A 1LYJA 3C83A 197LA 3SB8A 1G0LA 166LA 1L93A 215LA 2RH1A 240LA 163LA 2QARC 4ARLA 2LZMA 1C6BA 189LA 1LI3A 1SSWA 3GUMA 1P7SA 1G0JA 1L73A 1L21A 4I7RA 1CVKA 143LA 1C6GA 122LA 4E97A 4S0WA 239LA 1QSQA 241LA 1L27A 3L2XA 1LGWA 1L18A 1LGUA 127LA 1L43A 3K2RA 1L75A 3HUQA 5LZMA 1P64A 4LDOA 1D2YA 1C6AA 3SB6A 195LA 3DMVA 1L15A 213LA 131LA 3DN0A 187LA 1L80A 1LGXA 111LA 3C7YA 3HT9A 1QUHA 1P36A 1L03A 218LA 139LA 1L30A 1QT3A 1L08A 125LA 1L26A 219LA 4DAJA 4YXAC 4ARQB 1C6MA 3DN6A 3L64A 2LC9A 3NY9A 1D3MA 2RAYX 1L90A 114LA 1DYDA 2B6TA 3F9LA 1P37A 4YX7C 1L67A 1T97A 3DKEX 1KW5A 227LA 3SN6R 1CU6A 1QTCA 1L55A 1L09A 178LA 1KW7A 1CUQA 177LA 3NY8A 3HTBA 1L41A 2NTGA 1L42A 2OEAX 180LA 110LA 255LA 1C6KA 1SX7A 1L37A 1L25A 1LYEA 4K5YA 4LDLA 3GUKA 3HH6A 138LA 223LA 1CV6A 1C6JA 1L59A 3F8VA 1G0MA 1L82A 2OTZX 162LA 4I7KA 152LA 211LA 2B6YA 3HH5A 4LZMA 2B6ZA 200LA 2HUMA 3DMXA 4I7JA 236LA 2LCBA 3HH4A 1G06A 1CV0A 1D3JA 232LA 1L85A 1L11A 186LA 3GULA 4OO9A 1C62A 145LA 130LA 2ANXA 1P6YA 1QS5A 3JR6A 3CDVA 190LA 205LA 1PQOA 3LZMA 1L04A 1LYHA 1L44A 1P46A 2RBRA 2B6XA 251LA 249LA 3C8QA 2RAZX 1L38A 119LA 4EPFA 1LPYA 4ARMB 4W56A 4W58A 155LA 1CX6A 3C8RA 3FADA 1L58A 3C8SA 4W53A 4DKLA 1CU0A 181LA 1L34A 3RZEA 146LA 2Z6BA 1L83A 3GUNA 254LA 4W54A 1CV4A 4DJHA 261LA 3HH3A 2A4TA 1OWZA 3CDTA 1G0PA 1L79A 129LA 185LA 2B7XA 3CDQA 1L36A 4ZPUA 1L54A 3SBBC 1L61A 1QUGA 1C65A 184LA 1L33A 3HTFA 4I7LA 253LA 1QT4A 2NTHA 165LA 1L97A 1CUPA 1XJTA 3HDEA 3V2YA 191LA 1L76A 210LA 3SB9A 4EJ4A 164LA 1PQDA 2HULA 4EKRA 1L01A 237LA 3CDOA 1LYIA 3HU8A 120LA 1CX7A 188LA 235LA 112LA 259LA 3RUNA 1OV7A 1C63A 126LA 3HT6A 2QB0B 3NYAA 233LA 1L35A 1QTDA 3DN3A 199LA 1L81A 4I7OA 4ARQA 170LA 118LA 1L49A 2HUKA 3OE9A 3HTGA 1G0KA 1C6PA 3GUOA 4W57A 1PQMA 1QTVA 1WTHA 183LA 1L32A 1CTWA 1L39A 260LA 115LA 248LA 3VW7A 1L87A 1L31A 1L92A 1TLAA 113LA 3SB5A 1LI2A 257LA 4EKQA 1SWZA 2RB0X 182LA 5I14A 4ARPA 216LA 3SB7A 1L0JA 1G0GA 1L64A 2B75A 4I7SA 140LA 1QT7A 2OU8A 1G1WA 4IAPA 1C60A 156LA 1C6IA 3C7ZA 242LA 1OV5A 4W59A 1LWKA 4YXCA 256LA 1P56A 1C69A 2OE4X 1L57A 1LYFA 3V2WA 1G07A 1LW9A 230LA 3HT7A 1L24A 1OVHA 7LZMA 176LA 1QTZA 174LA 2F32A 2B74A 4PK0A 158LA 252LA 123LA 1L65A 1L94A 1C68A 1L84A 1L70A 201LA 151LA 1EPYA 1P5CA 1L91A 1JTNA 4W52A 3DN8A 2OE9X 1LYGA 1L74A 1L77A 2B73A 159LA 1QSBA 168LA 3HDFA 1L14A 3G3VA 1PQIA 1L28A 4ARMA 4I7MA 228LA 1PQJA 2O79A 3G3XA 1PQKA 1LYDA 167LA 1OVJA 1L17A 2RB1X 3DN4A 1L68A 2F47A 2CUUA 3OE8A 4I7TA 214LA 1L12A 1L02A 4I7PA 1NHBA 1G1VA 1XEPA 2F2QA 2O4WA 1DYGA 141LA 1K28A 1L20A 212LA 3OE6A 221LA 1L48A 2B72A 238LA 2RBOA 1L50A 1C6DA 1C6TA 137LA 1C66A 1L07A 3OE0A 2ANVA 149LA 2L78A 1P3NA 1DYEA 222LA 1T8FA 262LA 1L88A 1L29A 3GUIA 3EMLA 109LA 1B6IA 1L72A 1JTMA 1L60A 1G0QA 1QTBA 4EKPA 4W55A 1QTHA 1C6EA 103LA 1QT6A 175LA 4GRVA 172LA 2B6WA 144LA 3C7WA 1CU3A 1DYBA 1L66A 1L69A 2B70A 104LA 1P2LA 3HUAA 231LA 2Q9DA 3HT8A 3C82A 3FI5A 3QAKA 1L89A 173LA 1OVKA 1SX2A 3DNAA 258LA 1L62A 1CV3A 1KY1A 1L10A 1DYCA 2IGCA 1C6FA 1L98A 1L63A 1L46A 1CU5A 1L16A 3D4SA 1L53A 2OU9A 3G3WA 1L00A 1LWGA 3UONA 198LA 1L47A 4EPIA 3C81A 1QS9A 234LA 1C6NA 3ODUA 4ARJA 1OWYA 102LA 1C67A 3PBLA 1C6CA 1T6HA 3PDSA 1QT8A 3HU9A 3HWLA 3FA0A 3DN2A 247LA 150LA 4I7NA 1SSYA 147LA 2RBQA 3DN1A 1C64A 4EXMA 192LA 226LA 1KS3A 1L13A 246LA 225LA 3GUJA 1L96A 108LA 1I6SA 1SWYA 1D2WA 243LA 2RBPA 161LA 1L56A 1C6HA 1L05A 1T8AA 2OTYX 1L52A 1L95A 1L23A 1D3NA 3GUPA 4EKSA 1P2RA 1C6LA 3CDRA 107LA 1L51A 171LA 1L71A 4LDEA 160LA 1ZWNA 148LE 1LLHA 1LI6A 1L22A 1ZYTA 3HUKA 4GBRB 1D3FA 2OE7X 245LA 1KY0A 2RBSA 157LA 3SBAA 6LZMA 229LA 206LA 1QT5A 2Q9EA 1L40A 2RBNA 1L19A 4PJZA 1QUDA 1C6QA 1L45A 2RB2X 1C61A 4I7QA 220LA 169LA 4W51A 1CU2A 196LA 1L0KA 224LA 142LA 4AQNA 1KNIA 1T8GA 1D9WA 1DYAA 1QUOA 128LA 1CV1A 1ZURA 1L99A 3C80A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
244LA 4J0LA 5B1FA 4CFOA 1T6VL 1XJUA 4DQ7A 3HTDA 2OU0X 1JQUA 2DQEY 1LZYA 197LA 166LA 1B7QA 1L93A 1JKDA 2DQFC 2FYDA 1GFEA 4N1EI 2Z19A 4YM8A 3GUMA 1P7SA 143LA 2ZIKA 1AZFA 4OWAA 1IY4A 154LA 4DDBA 3EMSA 1XGTC 3TXDA 4DYGA 2D91A 1QSQA 4DD9A 1LGUA 1L75A 3RZ4A 1D2YA 3SB6A 1JJ3A 1L15A 213LA 3AGGG 1LYSA 3DN0A 1GFJA 5KKIA 1GFRA 2B5ZA 2A7FA 219LA 4YEMA 2LHMA 4YXAC 4DAJA 4ARQB 1GE0A 3L64A 3B6LA 1D3MA 1IC7Y 2RAYX 1L90A 5DLAA 3F9LA 3W6DA 1P37A 1LZ4A 1SQ2L 1LYOA 4B49A 4TSCA 3IJUA 1L55A 2XTHA 4ETBA 177LA 1L41A 1CKFA 255LA 4AGAA 1BWJA 4XJFA 4M4OA 4I8SA 1GBOA 2ZQ3A 4LDLA 5F81A 1B7PA 1LSBA 1MELL 1C6JA 3LYMA 1HNLA 2OTZX 1FLWA 3CT5A 1IORA 4I7KA 3B0OA 2B6ZA 3DMXA 4I7JA 236LA 3HH4A 1B5XA 1D3JA 232LA 4OWBA 4D9ZA 1UCOA 5I4YA 4ZEEA 186LA 1JKAA 145LA 4DQ5A 130LA 1UUZC 1IWYA 133LA 1DI3A 3JR6A 4H9HA 1ZMYL 2G4QA 1BVXA 1QSWA 1LYHA 3LYZA 1P46A 1C45A 251LA 1LJHA 3RT5X 1OUHA 4WO6A 4B4EA 1FKVA 1D0KA 4W58A 2MEBA 5M1YA 3FADA 1L58A 3C8SA 4W53A 5ILCA 1LJKA 181LA 1L34A 1BB4A 5APCA 3RZEA 1LHHA 1UIAA 1L83A 254LA 4TTDA 261LA 3CDTA 1L79A 2B7XA 1IIZA 1L61A 3TXBA 1DQJC 1DKKA 4I7LA 3BKHA 1QT4A 1L97A 1XJTA 1CUPA 4UWUA 164LA 4HJVA 2Z39A 1GF6A 2MEFA 1Z55A 1L01A 4WG7A 1BB5A 4GN4A 8LYZA 1FLQA 5HNLA 1GB3A 5LA5A 3HT6A 2QB0B 199LA 1QIOA 4LT0A 4I7OA 3HTGA 4PHIA 1C6PA 3GUOA 4LZTA 1WTHA 6LYZA 2DBTA 5I54A 1BB6A 1HEQA 1BWIA 4OWHA 2LYZA 1GD6A 1HEOA 1B7OA 1L87A 1L92A 3AGIA 4ARPA 216LA 2HEDA 1L64A 2OU8A 5A3EA 1B5ZA 1C60A 2DQAA 5DN5A 3W6AA 1GDWA 4NGVA 4H9BA 4NSGA 256LA 1C69A 1L57A 1OUBA 1G07A 1LW9A 1L24A 1QTZA 174LA 3ATOA 2B74A 4PK0A 2DQGY 4NHPA 1IC4Y 1L94A 1C68A 5F14A 1IX0A 4HPIA 1KIPC 2XBSA 4WM5A 4DD2A 1J1PY 1LYGA 1L77A 4UWVA 5D5FA 1QSBA 4WM2A 1IWWA 3AZ4A 1L28A 4ARMA 4WM1A 4HV2A 1WTNA 3G3XA 1PQKA 1D0MA 1LYDA 1QQYA 167LA 1L17A 2RB1X 4WLDA 3DN4A 1GBSA 1W08A 2F47A 1IWZA 3OJPA 1IWVA 1LKRA 3F6ZA 1YILA 1G1VA 1C46A 1GF4A 2F2QA 4G4HA 1K28A 212LA 221LA 1L48A 1FLYA 1HMKA 3P4ZA 4GCEA 4WM6A 1CKCA 1LZBA 5EBHA 1P3NA 4EOFA 1L88A 4LYCA 109LA 1OUEA 1JTMA 1L60A 2HEFA 5A3ZA 4HV1A 4EKPA 4W55A 3WPKA 1C43A 4MCKA 103LA 5LVJA 1W6ZA 2MECA 1NKHA 2B6WA 1QDRA 1LSPA 3C7WA 1P2LA 3HUAA 2D4JA 153LA 3WU9A 3FI5A 4N8ZA 1KY1A 1LZCA 5KKJA 1DYCA 1L63A 1L46A 4DC4A 2YDGA 2OU9A 5FSTA 3UONA 4EPIA 3ODUA 4NWEA 1OWYA 2D4IA 5B1GA 1GEZA 102LA 3D3DA 4NFVA 2BQMA 1EQ4A 4H9IA 1DZBX 1QT8A 1CJ7A 1JPOA 2EKSC 3HU9A 4GCCA 3FA0A 247LA 1OP9B 3AW6A 147LA 2RBQA 3DN1A 4EXMA 226LA 5T3FA 1CJ8A 1L96A 1I6SA 3IJVA 243LA 2RBPA 161LA 1L56A 1L05A 4NWHA 4DWXA 3CT1A 1LSEA 1JIYA 2BQFA 1L51A 3P66A 4FJRA 160LA 3WPLA 5KXMA 4FDYA 3HUKA 4NGZA 5KXXA 2OE7X 1NBZC 1WVVA 1QT5A 5KY1A 1C6QA 1GE1A 1JJ1A 4W51A 5LYMA 196LA 1L0KA 1UIBA 128LA 4G4CA 1LHJA 217LA 1GFKA 1L86A 3C83A 3WL2A 3AZ6A 1G0LA 215LA 2RH1A 2ZWBA 1XEIA 2LZMA 1XFPL 3TXHA 4NSHA 1LMQA 4I7RA 1CVKA 4J7VA 4B1AA 3A6BY 2YVBA 1NDMC 3M18B 2Z2EA 1GBZA 1LYZA 4NGYA 1LGWA 1L18A 3HUQA 1OUJA 1GF9A 1P64A 1LZEA 195LA 2IFFY 1IP6A 1DPXA 4J1AA 5C6IA 5B05A 1CKDA 3HT9A 4G9SA 218LA 3W6BA 4NHQA 1GE4A 4HP0A 4E3UA 1OUGA 3DN6A 2MEIA 3AB6A 2LC9A 3NY9A 4WO9A 1YIKA 114LA 1KIRC 1DYDA 2B6TA 4NSIA 3TXKA 1KW5A 1B5YA 1CKGA 1WQMA 2ZIJA 4L41A 1QTCA 4R6CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 244L A;  4J0L A;  5B1F A;  4CFO A;  1T6V L;  1XJU A;  4DQ7 A;  3HTD A;  2OU0 X;  1JQU A;  2DQE Y;  1LZY A;  197L A;  166L A;  1B7Q A;  1L93 A;  1JKD A;  2DQF C;  2FYD A;  1GFE A;  4N1E I;  2Z19 A;  4YM8 A;  3GUM A;  1P7S A;  143L A;  2ZIK A;  1AZF A;  4OWA A;  1IY4 A;  154L A;  4DDB A;  3EMS A;  1XGT C;  3TXD A;  4DYG A;  2D91 A;  1QSQ A;  4DD9 A;  1LGU A;  1L75 A;  3RZ4 A;  1D2Y A;  3SB6 A;  1JJ3 A;  1L15 A;  213L A;  3AGG G;  1LYS A;  3DN0 A;  1GFJ A;  5KKI A;  1GFR A;  2B5Z A;  2A7F A;  219L A;  4YEM A;  2LHM A;  4YXA C;  4DAJ A;  4ARQ B;  1GE0 A;  3L64 A;  3B6L A;  1D3M A;  1IC7 Y;  2RAY X;  1L90 A;  5DLA A;  3F9L A;  3W6D A;  1P37 A;  1LZ4 A;  1SQ2 L;  1LYO A;  4B49 A;  4TSC A;  3IJU A;  1L55 A;  2XTH A;  4ETB A;  177L A;  1L41 A;  1CKF A;  255L A;  4AGA A;  1BWJ A;  4XJF A;  4M4O A;  4I8S A;  1GBO A;  2ZQ3 A;  4LDL A;  5F81 A;  1B7P A;  1LSB A;  1MEL L;  1C6J A;  3LYM A;  1HNL A;  2OTZ X;  1FLW A;  3CT5 A;  1IOR A;  4I7K A;  3B0O A;  2B6Z A;  3DMX A;  4I7J A;  236L A;  3HH4 A;  1B5X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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