3GUPA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--pyridine binding
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 54
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gupA00
1CV0A 1C6LA 1OYUA 1L72A 241LA 3HUQA 1C6DA 2RB2X 3PDSA 1L34A 1L75A 2O79A 1C6PA 1L79A 3OE6A 128LA 173LA 3UONA 243LA 3C82A 107LA 1L17A 3GUMA 1QT4A 4EXMA 211LA 3CDTA 1CV6A 3NYAA 2OU8A 1DYCA 4I7KA 1C6IA 1C68A 168LA 3DN2A 1QTCA 181LA 1SSYA 3F8VA 1NHBA 1PQJA 2IGCA 1QUDA 1PQDA 180LA 1L63A 1L11A 4PK0A 251LA 256LA 1WTHA 3HH6A 4W59A 2ANXA 4EPIA 3SB5A 3SB8A 4DKLA 4GRVA 130LA 198LA 2B6XA 1L80A 4EKQA 1CV3A 1L85A 112LA 1L86A 131LA 145LA 4I7LA 1L70A 1L33A 1L57A 1LYEA 1L95A 1L16A 1JQUA 1XEPA 3DN1A 3QAKA 3HT7A 2OU9A 2F2QA 1LGUA 4I7RA 3HDFA 230LA 113LA 149LA 1G06A 1JTMA 1L55A 3C7YA 2B73A 1DYEA 1C65A 4I7TA 2OTYX 1P56A 1L88A 1L96A 1QTZA 111LA 1QTBA 2B75A 2HULA 4I7MA 174LA 114LA 2RBOA 1L76A 4ARMB 227LA 1L91A 4LDEA 228LA 1L40A 1C6NA 1C61A 1DYGA 160LA 4ARQA 2A4TA 1QS5A 3FA0A 1XJTA 2B74A 164LA 1G0PA 190LA 1L74A 1L92A 255LA 260LA 1L60A 1T6HA 257LA 1L49A 156LA 1CU2A 1C6AA 1L0KA 2B6YA 1C6HA 1L97A 1C62A 4LDOA 1G0QA 1P46A 214LA 259LA 1L64A 3GUPA 4W58A 1G1VA 245LA 212LA 2OTZX 4W55A 3DMZA 3OE0A 1L20A 1OV7A 1L37A 159LA 1LLHA 1T8FA 2QB0B 1L90A 253LA 254LA 4ARJA 2CUUA 1L29A 231LA 1L35A 3NY8A 1G0LA 1B6IA 1L59A 1C63A 1L31A 4ARQB 4DJHA 1C6JA 1DYDA 1LYJA 1L05A 1C6BA 3VW7A 3V2WA 246LA 1CU0A 192LA 1L30A 176LA 123LA 1L89A 1QSQA 108LA 3GUOA 125LA 1L84A 217LA 4K5YA 1L24A 1L13A 1SWYA 1G07A 226LA 1QT6A 3F9LA 170LA 3CDQA 3GUNA 1C6EA 2HUMA 1CU6A 2L78A 3G3WA 2RAZX 258LA 3HTDA 1K28A 1L68A 201LA 1LWGA 1XJUA 1OWZA 3HT9A 1P2LA 1LYHA 1L62A 119LA 1L94A 1L45A 120LA 129LA 224LA 2O7AA 1LPYA 1L18A 200LA 4I7OA 1L44A 1CUQA 1L69A 3CDRA 5I14A 3GULA 2B6TA 249LA 1L46A 1LYDA 1QUOA 213LA 1L73A 3HH3A 1D3NA 3DN3A 2RBQA 2LCBA 3SN6R 3EMLA 4ARMA 1G0KA 1OVHA 1L12A 1D3FA 1C67A 1C6MA 1T8AA 1DYFA 1C6CA 3HWLA 225LA 1CX6A 2F32A 222LA 2RBNA 140LA 4W56A 3HDEA 1PQKA 1QS9A 1L82A 103LA 229LA 3OE9A 189LA 240LA 1OVJA 104LA 3OE8A 1L98A 4OO9A 235LA 1D3JA 3C7WA 2NTHA 1L09A 3C8QA 4W51A 1L08A 1L47A 1QSBA 242LA 1D2YA 1C6TA 1L27A 3C80A 2B6ZA 1LYFA 1L23A 4IAPA 1QT3A 3PBLA 1L39A 1OWYA 163LA 1L51A 115LA 236LA 4PJZA 1D3MA 1L14A 2NTGA 4DAJA 4YXCA 1QUHA 196LA 4I7QA 197LA 1L36A 1LI6A 1L04A 1QUGA 2Z6BA 1I6SA 1CV4A 127LA 3SB6A 215LA 2OE4X 1L56A 3HT8A 3DMVA 1G0MA 2RBRA 1LGXA 1L26A 3HTGA 3HTFA 4ARLA 3C83A 157LA 1L03A 3GUJA 109LA 3ODUA 3C81A 1OVKA 2RBSA 3HT6A 1L01A 1L53A 3L64A 1LI2A 1LYGA 1PQIA 219LA 3HH5A 1ZURA 3C8RA 4I7JA 2Q9DA 206LA 4I7NA 210LA 248LA 3G3VA 2QARC 1C6QA 1QT5A 205LA 3GUIA 1L25A 1C69A 1LWKA 3DMXA 1QT8A 3C7ZA 2ANVA 1LYIA 4LDLA 1L32A 1LGWA 1CV1A 3SB7A 1LI3A 169LA 3DN8A 223LA 2OEAX 177LA 4GBRB 146LA 142LA 209LA 3JR6A 183LA 175LA 1C6FA 1D9WA 2RB1X 3RZEA 4EPFA 161LA 4I7SA 4EKRA 3FI5A 1L50A 3HUAA 144LA 167LA 122LA 2RB0X 1KW5A 139LA 166LA 1L93A 1L52A 1L67A 262LA 1L02A 1L19A 220LA 4EJ4A 1QTDA 261LA 1CX7A 1ZYTA 1DYAA 1L06A 4W57A 2RBPA 2F47A 1C60A 3SBBC 2O4WA 1L42A 186LA 148LE 1KY1A 4W52A 1P2RA 1L71A 2HUKA 1P5CA 185LA 4ZPUA 1L77A 250LA 110LA 5LZMA 3DN6A 216LA 2B7XA 152LA 233LA 4S0WA 1TLAA 188LA 3HH4A 4EKSA 1L41A 1L65A 2OE7X 2B72A 178LA 187LA 1L83A 4W54A 1T97A 171LA 1P37A 2B6WA 1CU5A 184LA 138LA 239LA 234LA 137LA 1L38A 3GUKA 3HUKA 244LA 1CU3A 3CDVA 1CV5A 3HU8A 1L81A 158LA 1SX7A 2LC9A 1ZWNA 1L21A 1P64A 2OU0X 1KW7A 2RAYX 1D2WA 1SSWA 3K2RA 3CDOA 1L22A 4AQNA 4I7PA 155LA 1L48A 1LW9A 1G0GA 1P36A 238LA 4YXAC 182LA 3NY9A 1L0JA 232LA 1JTNA 162LA 1EPYA 4ARPA 102LA 2LZMA 1L61A 1L07A 4EKPA 1KNIA 1QTVA 147LA 126LA 4LZMA 1SWZA 3HTBA 1CUPA 3DN0A 1L43A 6LZMA 247LA 3L2XA 1C6GA 3RUNA 118LA 237LA 3G3XA 218LA 3HU9A 3FADA 1L87A 1SX2A 1G0JA 252LA 195LA 165LA 150LA 3D4SA 1T8GA 1DYBA 3DNAA 191LA 143LA 1C6KA 3C8SA 1L00A 1G1WA 1QT7A 2B70A 1L28A 1QTHA 1KS3A 1L99A 1CVKA 1C66A 2OE9X 1L54A 1L10A 1L58A 3SB9A 1L15A 4YX7C 4E97A 3LZMA 3V2YA 1PQMA 3SBAA 1PQOA 1P7SA 4W53A 1CTWA 7LZMA 172LA 3DKEX 1OV5A 1KY0A 1C64A 2Q9EA 2RH1A 151LA 1P3NA 1P6YA 221LA 141LA 3DN4A 1L66A 199LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OYUA 5KXSA 1GB9A 1AT5A 1IWXA 4OOOA 1L34A 1C6PA 4NGVA 4HTQA 1VFBC 3OE6A 173LA 3C82A 4II8A 4TTDA 107LA 4U3XB 4GCCA 4NHTA 211LA 1NDGC 1XGQC 2DQFC 1HC0A 2D91A 168LA 3DN2A 4XJDA 1DQJC 4LYTA 3IJVA 1SLYA 1IP4A 1LZEA 2IGCA 1LMOA 1L11A 4PK0A 3HFMY 1OQMA 1WTHA 1RE2A 2ANXA 5I4XA 4EPIA 2IHLA 1F6RA 3SB8A 198LA 4GRVA 4J1BA 1BGIA 4GN5C 4EKQA 1GAYA 4CFOA 3LHMA 4Z98A 4EMNA 2DBTA 2DQDY 1IR9A 2ZIJA 2AUBA 1XGPC 1CJ8A 1L16A 5LVHA 4ZFPA 2FBBA 2F2QA 1LGUA 2FYDA 230LA 4OOTA 113LA 1JITA 1G06A 1JTMA 1GE3A 3A6BY 1L55A 1LSPA 4GCBA 1IX0A 5B05A 2F30A 1B5ZA 2HULA 3CB7A 5DN4A 174LA 4GLVA 5B1FA 4RDSA 1L40A 4DWXA 4ET9A 3FA0A 4YEMA 4Z3MA 255LA 1L92A 260LA 1L60A 257LA 1L49A 1LHKA 1FLWA 1C6AA 3WPKA 4G9SA 1C6HA 3TMVA 1LJKA 4DDBA 259LA 3GUPA 3OE0A 1L20A 1OV7A 1L90A 253LA 2CUUA 1L29A 3RNXA 1L35A 3HBEX 3NY8A 1G0LA 1BB4A 1LZGA 2YBLA 2H9JA 1C63A 1L31A 1C6JA 1GE1A 5KXXA 2HEBA 1L05A 1C6BA 4GN4A 1KIQC 4R0FA 176LA 123LA 108LA 1A4VA 3RU5A 3TXKA 1KIRC 1HEWA 217LA 1L13A 1LJHA 4DD1A 4WM6A 4AGAA 2BQMA 3G3WA 4NG1A 201LA 3B6LA 1YANA 5LA8A 3M3UA 2BQNA 1L45A 224LA 1XFPL 1F0WA 4ANRA 1VDSA 2MEHA 5I14A 1LYDA 4LYBA 5LVJA 4DQ7A 3QY4A 4LGKA 4LZTA 5JENB 1D3FA 1IEEA 1DYFA 1HMKA 2F32A 4LT0A 4W56A 1UIEA 1QS9A 1OUFA 1GWDA 1HEOA 4PHIA 2G4NA 4PPOA 3OE9A 1WTNA 189LA 1OVJA 4RLNA 3AZ5A 1TDYA 5KXYA 1L98A 235LA 2X0AA 3C7WA 4GN3A 1QIOA 3C8QA 4W51A 3W6BA 1UICA 2HEFA 4DD0A 1GBXA 4GLAA 1L23A 5LIOA 3A3QA 4LYCA 3PBLA 1JISA 132LA 1D3MA 1L14A 3B0IA 4BADA 1FLUA 1W08A 1GB5A 1REMA 197LA 3QE8A 2Z6BA 1I6SA 2OE4X 1IP3A 1IOTA 3HT8A 3DMVA 4ARLA 2BQKA 3C83A 135LA 4QY9A 1EQ4A 1L01A 3LYZA 1LYGA 3AJNA 219LA 3HH5A 3OK0A 4HJVA 210LA 1D6QA 3TXJA 3W6AA 1KXXA 3WW6A 1C6QA 1QT5A 1LWKA 4CGEA 4GCDA 2MEFA 4RLMA 1QT8A 4N8ZA 1LYOA 4BS7A 3C7ZA 2ANVA 1LYIA 4LDLA 1B0DA 1BVKC 3TXGA 169LA 183LA 5HMVA 5LA5A 1C6FA 4AXTA 2RB1X 4EPFA 4ETCA 4I7SA 5LVIA 4EKRA 1NF5A 167LA 3F6ZA 1KW5A 1LOZA 1L52A 4IJ4A 1L67A 1EQEA 4H9BA 3ATOA 1CKCA 1OUIA 4WLYA 1HEMA 1QTDA 1CX7A 1JTOL 5L3HA 1UIBA 4WM3A 1WTMA 1C60A 2F47A 5LINA 1GD6A 1GB7A 2O4WA 1GHLA 4NGKA 5FELA 1L71A 4D9ZA 2HUKA 4H91A 4OWBA 5LZMA 3DN6A 216LA 5LXWA 3A93A 1TLAA 2YSSC 188LA 2HECA 1IO5A 3HH4A 1L41A 3TMWA 4B49A 3RZ4A 2OE7X 3FI7A 1JHLA 3J6KA 178LA 2ZILA 4W54A 1W6ZA 5FDJA 137LA 1LYYA 244LA 1CU3A 1GE4A 9LYZA 1SX7A 2LC9A 1GF3A 1LAAA 1HF4A 4WMGA 3WU8A 3CDOA 1NDMC 4AQNA 1FLYA 155LA 1LZ5A 1LMQA 1LSZA 238LA 4HPIA 182LA 4W94A 162LA 1LHJA 3CQLA 1QTVA 4LZMA 4RW1A 6LZMA 1C6GA 1C7PA 1DPWA 118LA 2W1MA 5I54A 3G3XA 2W1XA 5IELA 3HU9A 5KXNA 2C8OA 165LA 150LA 1T8GA 4N9RA 153LA 3C8SA 1G1WA 1QT7A 1BB7A 1VDQA 1KS3A 1C66A 2OE9X 1L54A 4TSCA 1YL0X 3V2YA 4HJYA 2ZQ3A 3SBAA 1P7SA 4W53A 1CTWA 7LZMA 4HTNA 3KAMA 3HBDA 4NEBA 2MEAA 1KY0A 1HFYA 2CGIA 1P6YA 4J7VA 141LA 4A7DA 1LZ4A 1C6LA 3A92A 4MSTA 2MEEA 4MR1A 1L79A 3UONA 1GF6A 2DQAA 4ETBA 1OUHA 2RSCA 4DD3A 1EL1A 2FYCA 1CV6A 3NYAA 4J1AA 2CDSA 1IP1A 1C6IA 1G7LC 1LJEA 1JIYA 5I53A 4NWHA 1UIAA 4N5RA 1LZ6A 1HELA 4NHIA 1QUDA 1PQDA 180LA 4WM4A 1L63A 4YOPA 3WW5A 251LA 256LA 3HH6A 4W59A 4X3BA 3WULA 3A91A 1QSWA 3WUAA 4NY5A 2B6XA 2Y8PA 2XTHA 1UACY 2D4JA 2MEDA 1IR7A 1L86A 4I7LA 2Z18A 1B2KA 1L33A 1L57A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OYU A;  5KXS A;  1GB9 A;  1AT5 A;  1IWX A;  4OOO A;  1L34 A;  1C6P A;  4NGV A;  4HTQ A;  1VFB C;  3OE6 A;  173L A;  3C82 A;  4II8 A;  4TTD A;  107L A;  4U3X B;  4GCC A;  4NHT A;  211L A;  1NDG C;  1XGQ C;  2DQF C;  1HC0 A;  2D91 A;  168L A;  3DN2 A;  4XJD A;  1DQJ C;  4LYT A;  3IJV A;  1SLY A;  1IP4 A;  1LZE A;  2IGC A;  1LMO A;  1L11 A;  4PK0 A;  3HFM Y;  1OQM A;  1WTH A;  1RE2 A;  2ANX A;  5I4X A;  4EPI A;  2IHL A;  1F6R A;  3SB8 A;  198L A;  4GRV A;  4J1B A;  1BGI A;  4GN5 C;  4EKQ A;  1GAY A;  4CFO A;  3LHM A;  4Z98 A;  4EMN A;  2DBT A;  2DQD Y;  1IR9 A;  2ZIJ A;  2AUB A;  1XGP C;  1CJ8 A;  1L16 A;  5LVH A;  4ZFP A;  2FBB A;  2F2Q A;  1LGU A;  2FYD A;  230L A;  4OOT A;  113L A;  1JIT A;  1G06 A;  1JTM A;  1GE3 A;  3A6B Y;  1L55 A;  1LSP A;  4GCB A;  1IX0 A;  5B05 A;  2F30 A;  1B5Z A;  2HUL A;  3CB7 A;  5DN4 A;  174L A;  4GLV A;  5B1F A;  4RDS A;  1L40 A;  4DWX A;  4ET9 A;  3FA0 A;  4YEM A;  4Z3M A;  255L A;  1L92 A;  260L A;  1L60 A;  257L A;  1L49 A;  1LHK A;  1FLW A;  1C6A A;  3WPK A; 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