3GUPA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--pyridine binding
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gupA00
4K5YA 1SX7A 161LA 3CDOA 1PQKA 3EMLA 1G07A 1LPYA 152LA 143LA 3DN0A 3RUNA 4YXAC 126LA 175LA 2RBQA 3DN1A 3GUIA 1C6JA 1C6KA 1L39A 2HULA 145LA 1C66A 3FI5A 155LA 3HU8A 3GUJA 147LA 3HH5A 1L80A 3PDSA 1L67A 2RB1X 140LA 1L64A 1OYUA 1CTWA 1DYDA 1KW5A 1CX6A 1L57A 214LA 1L55A 1C6AA 198LA 5I14A 1L38A 247LA 1L70A 4I7KA 1QUHA 174LA 1L62A 4W54A 1L20A 3ODUA 1KW7A 1L03A 4EKPA 1L59A 1C6GA 1L68A 195LA 2F2QA 170LA 1KS3A 172LA 1L47A 224LA 241LA 2A4TA 1L56A 2F32A 3C8RA 2OEAX 3LZMA 1I6SA 3C80A 1LYDA 181LA 248LA 1QS9A 1CUPA 1L28A 1QUGA 4W57A 227LA 1L98A 3GUKA 3L64A 4LDEA 1L34A 1DYGA 184LA 3HWLA 1XJTA 1L00A 1T8GA 3CDRA 1K28A 3VW7A 3SB6A 171LA 1L66A 1JTMA 1C6IA 3SN6R 1L25A 1L89A 146LA 186LA 197LA 1CUQA 240LA 1CV3A 4W58A 1C69A 1G0GA 1L31A 139LA 1QT3A 127LA 231LA 4ARMB 200LA 1L40A 4ARQA 1LLHA 167LA 1P2LA 3DKEX 2QB0B 1T97A 4YXCA 1P5CA 1CV0A 4I7RA 3DN4A 2RBOA 148LE 3G3WA 245LA 2ANVA 221LA 1L33A 238LA 261LA 177LA 1TLAA 2OU9A 1QT6A 1QTBA 4ARLA 4EPFA 4AQNA 3V2WA 176LA 2B6WA 1LI2A 1P46A 191LA 107LA 1L15A 2RB2X 3C83A 1DYBA 1L21A 2O4WA 1QT8A 138LA 1L12A 1C65A 2OE4X 1L0JA 1EPYA 1L06A 1C6EA 1L23A 182LA 2O7AA 1L46A 1L09A 151LA 165LA 1OVKA 103LA 1P2RA 1QTVA 1QTZA 4IAPA 249LA 2OE7X 205LA 3OE0A 3OE9A 5LZMA 3OE6A 4PJZA 1QT4A 1PQOA 1DYEA 1L13A 3HUQA 1CU6A 4W53A 2OU0X 1L07A 4ZPUA 3K2RA 4PK0A 4DJHA 254LA 1L04A 1L85A 3F9LA 1SSWA 4LZMA 1D3NA 1PQDA 142LA 236LA 112LA 2RH1A 4EKRA 3GULA 2OTZX 3G3XA 1G1WA 3F8VA 1L45A 3HH3A 4I7OA 1QTDA 3HU9A 1DYAA 1D3JA 1QTCA 1L11A 4GRVA 1L79A 2O79A 1L96A 256LA 2NTHA 257LA 4DAJA 1C6TA 218LA 1KNIA 3NYAA 1L48A 3SB5A 3V2YA 1L41A 1XEPA 141LA 162LA 120LA 1LI6A 1L27A 3DMZA 3RZEA 4W56A 119LA 3DNAA 4W52A 196LA 235LA 216LA 1P64A 2LZMA 3DN2A 3HUKA 1L94A 252LA 4S0WA 1C60A 1G06A 144LA 4EJ4A 4EPIA 160LA 3QAKA 1LGWA 1LGXA 1C63A 149LA 2RBNA 1L73A 3CDVA 1LYGA 190LA 130LA 4ARQB 1L32A 1L26A 156LA 1L52A 3HDEA 2B6TA 3HDFA 1LWGA 1T8AA 187LA 192LA 1G1VA 2ANXA 1L61A 1G0LA 1L99A 3C7WA 1L08A 1L22A 1DYFA 1SWZA 113LA 1D2YA 244LA 232LA 1OWYA 3CDQA 159LA 2B6ZA 118LA 3NY9A 3HUAA 4I7PA 166LA 2RAYX 4I7LA 1L92A 115LA 114LA 173LA 1L05A 3GUNA 1KY1A 180LA 1C67A 1L24A 1C6QA 1LYHA 1P36A 1LGUA 1CV6A 3FADA 3C8SA 1L01A 1SWYA 2RBPA 1L30A 3DN6A 1L74A 1L91A 3C7ZA 1L75A 1D3FA 1LW9A 1QS5A 1SX2A 3HT9A 4I7TA 1QTHA 1L14A 2CUUA 206LA 1G0PA 1C6DA 1CU5A 4LDLA 137LA 3PBLA 1T6HA 1P37A 1L93A 157LA 3HTFA 1QT5A 1XJUA 3JR6A 4DKLA 1CU2A 1L44A 233LA 2QARC 3GUOA 1L37A 1L86A 1L36A 223LA 1L54A 1OVJA 1CU3A 1QUOA 2RAZX 2Q9EA 3SB8A 1L50A 4I7NA 4I7SA 183LA 1L83A 3HH6A 1LWKA 1B6IA 2F47A 3UONA 1C62A 2B72A 1C6LA 1L65A 1L63A 209LA 1G0KA 2B73A 1C6HA 4I7MA 111LA 7LZMA 3C8QA 104LA 2B6XA 1CU0A 1P3NA 222LA 2B70A 1L49A 2HUKA 4I7JA 1PQIA 1D9WA 1L69A 1P56A 3DMXA 3HH4A 251LA 3C81A 3DMVA 1CV1A 150LA 1C6PA 1L84A 1NHBA 122LA 3GUPA 1LYIA 1LYJA 2OU8A 3G3VA 2B75A 1SSYA 1C6NA 163LA 237LA 1L10A 260LA 1L51A 212LA 1QUDA 1C6CA 3CDTA 255LA 1L0KA 1C6MA 1L35A 1WTHA 3HT6A 3SB7A 262LA 230LA 1G0MA 3DN8A 213LA 4ARPA 3OE8A 1L19A 109LA 242LA 1G0QA 246LA 1L81A 178LA 3D4SA 1QSBA 1D2WA 102LA 4I7QA 1C68A 188LA 1D3MA 1L18A 1L71A 2LCBA 4ARJA 1LYFA 123LA 110LA 108LA 1ZYTA 229LA 220LA 189LA 1OVHA 199LA 1L02A 1L43A 228LA 253LA 201LA 1C6FA 3HTDA 1L76A 185LA 1L16A 1C61A 4EKQA 1CVKA 243LA 1ZWNA 1L97A 259LA 1JTNA 1L77A 215LA 1OV7A 226LA 1C6BA 128LA 4W55A 3HT7A 1P7SA 258LA 2IGCA 2B6YA 3C82A 1L42A 1LI3A 1PQJA 2RBRA 3HT8A 1LYEA 1L58A 210LA 2HUMA 3FA0A 4LDOA 4ARMA 1L87A 217LA 1CV4A 1P6YA 3NY8A 4W59A 2RBSA 131LA 1OV5A 158LA 1QSQA 1L60A 219LA 4E97A 2LC9A 125LA 1C64A 1ZURA 2NTGA 168LA 4EKSA 6LZMA 2OE9X 2RB0X 211LA 239LA 1CV5A 1KY0A 4W51A 3C7YA 1L90A 250LA 1DYCA 2L78A 3DN3A 1OWZA 3HTGA 1QT7A 3HTBA 2B74A 3GUMA 2B7XA 4EXMA 129LA 1T8FA 3L2XA 3SB9A 1L53A 3SBBC 1L82A 1G0JA 169LA 1L88A 1CX7A 4GBRB 3SBAA 1L29A 4OO9A 1L95A 164LA 2Q9DA 2OTYX 234LA 225LA 2Z6BA 1L72A 1L17A 1PQMA 1JQUA 4YX7C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z3MA 161LA 3EMLA 1LJJA 4HTKA 4IASA 1G07A 152LA 4LYMA 3RUNA 175LA 2RBQA 1C6KA 1LMOA 2HULA 1UACY 4BADA 3B0OA 147LA 1L80A 3A90A 140LA 5APFA 1OYUA 2Z2EA 1L57A 1B7LA 1L38A 5E9RA 1L70A 1N4FA 1GE2A 1QUHA 1GFUA 1LMQA 1L20A 1L03A 2HUBA 5HMVA 4NGLA 1L59A 4PPOA 1L68A 1CJ8A 1KS3A 4ML7A 1W08A 2LYOA 4UWUA 2HEBA 1GBSA 3CSQA 1I6SA 1QUGA 1L28A 3MGWA 4LDEA 4CFOA 1DYGA 3HWLA 4AGAA 5KXMA 4ETDA 1EQ4A 1L00A 5C6LA 1K28A 1C10A 1LSPA 1C6IA 1L89A 3LHMA 146LA 4TWSA 4DDCA 3D9AC 1LJ4A 1CUQA 5KXWA 4MCKA 3AZ6A 2YSSC 3WPKA 2DQGY 3WXTA 1QT3A 231LA 200LA 4ARQA 2C8PA 1LCNA 1P2LA 4XENA 3WH1A 3WW6A 1INUA 2RBOA 221LA 238LA 3TXBA 177LA 5KXRA 5A3EA 3A67Y 4EPFA 4AQNA 1DXJA 1GBXA 1JIYA 3OJPA 4R0FA 8LYZA 2HEDA 1GBOA 1DYBA 4NIJA 5LIOA 1QT8A 1XEKA 1LZ1A 1DI3A 1C65A 3WPJA 1L0JA 1L06A 1L23A 182LA 4TTDA 3A34A 1XGRC 1VDTA 2OE7X 3A94A 4FDYA 205LA 4NGWA 3OE0A 1LZCA 2FBDA 1IR9A 3AZ4A 4RW2A 4PJZA 1BWHA 1PQOA 1YKZX 1FLUA 2MEIA 1T6VL 2D6BA 2BQKA 3TXFA 2OU0X 5DL9A 1LZYA 4L41A 1GE4A 1L04A 1TDYA 3F9LA 3EBAB 4YF2A 1SSWA 4LZMA 4XJIA 1RJCB 1PQDA 4NG1A 1J1XY 4EKRA 3M18B 4IJ4A 1NQIA 2DQHY 3IWRA 4GN3A 4WM4A 1L45A 1YL1X 3AW6A 3WUAA 4NY5A 1GPQC 4GRVA 1LZAA 2O79A 1B7PA 1L96A 4WLXA 154LA 4GCEA 1HMKA 4AXTA 5KXXA 1L41A 1LJKA 1LI6A 4B4IA 2N5ZA 3RZEA 3DNAA 3WXUA 1LSAA 5B1FA 1QSAA 3M3UA 252LA 4S0WA 3W6DA 1IP1A 1GB7A 1REYA 4CHXA 1OUJA 2RBNA 1L73A 2MEHA 9LYZA 3J4GA 1B7QA 156LA 1LMNA 3HDFA 5KXYA 2LHMA 3A6CY 1L61A 3C7WA 3TMUA 1GE3A 1LZ5A 1IOSA 2YBJA 3P65A 159LA 5FSTA 4XJBA 4WLYA 3CT5A 2XJWA 166LA 5ILCA 1LYHA 1C6QA 1LGUA 5DN5A 4TSCA 1WVUA 5B06A 2RBPA 5A3ZA 1LZ6A 1L91A 1VATA 1QS5A 1BVXA 4G4BA 1TAYA 2CUUA 1LHKA 3W6FA 1LMCA 3QE8A 1HENA 1L44A 2QARC 194LA 1GF7A 1L54A 1OVJA 1IWTA 1EQ5A 183LA 5DN4A 4YEOA 1JISA 1B6IA 5E4PA 1C62A 1C6LA 1L65A 4H9AA 1G0KA 1IP3A 3ULRA 4NWHA 4XN6A 1C6HA 1WQRA 7LZMA 3C8QA 5F9XA 4QEQA 2B70A 1L49A 4OW1A 5JENB 1GB0A 4DT3A 5LAGA 1QDTA 2GV0A 4LYCA 1CV1A 3W6CA 1NHBA 5M1YA 5IELA 2BLYA 1LYJA 3G3VA 1BWIA 1C6NA 237LA 260LA 3HFMY 4TUNA 1CJ9A 5I54A 1LJGA 1C6CA 1JKDA 255LA 3WYHA 1L0KA 5KXLA 3WUMA 1C6MA 1HEPA 1JTTL 3SB7A 262LA 2BQNA 1BGIA 4KPMA 4ARPA 4HJVA 109LA 1GAZA 242LA 178LA 1UIDA 4WOAA 3D4SA 1QSBA 4I7QA 1MELL 1LMPA 3G3BB 4GN5C 4OWAA 5C6IA 1L18A 1L71A 4B1AA 2Z19A 4H9HA 4ARJA 1LYFA 1LMAA 1GBWA 4G4CA 1GXV2 5APEA 5L3IA 201LA 3HTDA 1L76A 4RLNA 3ATOA 1C61A 4OOTA 1CVKA 1OUEA 1ZWNA 1JTNA 2BQHA 4J1BA 226LA 2F2NA 4W55A 128LA 4NGYA 2ZQ3A 1GFKA 3C82A 4MSTA 1L42A 3WW5A 1PQJA 210LA 2MEEA 4XYYA 4ARMA 1WQOA 1GFTA 4GCCA 1L60A 4Z98A 125LA 4EKSA 2OE9X 211LA 4W51A 132LA 3BKVA 4DQJA 4YM8A 1ALCA 1OWZA 1QT7A 1JWRA 3L2XA 4H90A 1C46A 4HP0A 1YKXX 1QDRA 2MEDA 1XEJA 2Q9DA 225LA 1L72A 1L17A 1PS5A 1WQQA 1MLCE 4K5YA 1SX7A 4Z41A 1C43A 3LYZA 3GUIA 3DN1A 1C6JA 1L39A 1C66A 3FI5A 3HH5A 1AM7A 1CKFA 1ZVHL 1CTWA 1BWJA 1DYDA 1KW5A 214LA 4H9IA 3A96A 2CDSA 1HFZA 2D4KA 5I14A 247LA 1KXYA 4XJDA 4FJRA 2Z2FA 2DQEY 4W54A 3ZEKA 4DC4A 4B0DA 1YKYX 1IP6A 4LT3A 1JTOL 2F2QA 170LA 4HPEA 172LA 1RFPA 4E3UA 3AW7A 1L47A 1DPWA 1NF5A 2A4TA 4R6CA 248LA 1QS9A 1F6SA 1KIPC 1CUPA 3HBEX 4J0LA 3WULA 1L98A 2XTHA 184LA 1T8GA 1FBIX 2BPUA 3CDRA 1IWWA 4WM3A 1FLQA 171LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Z3M A;  161L A;  3EML A;  1LJJ A;  4HTK A;  4IAS A;  1G07 A;  152L A;  4LYM A;  3RUN A;  175L A;  2RBQ A;  1C6K A;  1LMO A;  2HUL A;  1UAC Y;  4BAD A;  3B0O A;  147L A;  1L80 A;  3A90 A;  140L A;  5APF A;  1OYU A;  2Z2E A;  1L57 A;  1B7L A;  1L38 A;  5E9R A;  1L70 A;  1N4F A;  1GE2 A;  1QUH A;  1GFU A;  1LMQ A;  1L20 A;  1L03 A;  2HUB A;  5HMV A;  4NGL A;  1L59 A;  4PPO A;  1L68 A;  1CJ8 A;  1KS3 A;  4ML7 A;  1W08 A;  2LYO A;  4UWU A;  2HEB A;  1GBS A;  3CSQ A;  1I6S A;  1QUG A;  1L28 A;  3MGW A;  4LDE A;  4CFO A;  1DYG A;  3HWL A;  4AGA A;  5KXM A;  4ETD A;  1EQ4 A;  1L00 A;  5C6L A;  1K28 A;  1C10 A;  1LSP A;  1C6I A;  1L89 A;  3LHM A;  146L A;  4TWS A;  4DDC A;  3D9A C;  1LJ4 A;  1CUQ A;  5KXW A;  4MCK A;  3AZ6 A;  2YSS C;  3WPK A;  2DQG Y;  3WXT A;  1QT3 A;  231L A;  200L A;  4ARQ A;  2C8P A;  1LCN A;  1P2L A;  4XEN A;  3WH1 A;  3WW6 A;  1INU A;  2RBO A;  221L A;  238L A;  3TXB A;  177L A;  5KXR A;  5A3E A;  3A67 Y;  4EPF A;  4AQN A;  1DXJ A;  1GBX A;  1JIY A;  3OJP A;  4R0F A;  8LYZ A; 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