3GXAA

Crystal structure of gna1946
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
KEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQPELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASKADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWSAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of lipoprotein GNA1946 from Neisseria meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Neisseria meningitidis
molecule keywords Outer membrane lipoprotein GNA1946
total genus 71
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gxaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gxaA01
3VV5A 2H25A 3C35A 2UVIA 3C33A 3SERA 1MH3A 3TTMA 1B5HA 1CB6A 4DE8A 4ECFA 1MXXA 1OMPA 4R6HA 3U93A 1P99A 1ZU0A 3T9VA 2I3VA 4NE4A 4WEDA 4PFYA 1HSJA 3H7MA 2Y84A 5I59A 1H76A 2ONKE 1UTBB 2NUVA 4NTLA 3IJOB 1B0HA 4RPNA 2O68A 2XXQA 2LAOA 3MP1A 1MDP1 2I3WA 4JWXA 3VVDA 3MZ9A 5H8QA 2OBGA 2XXYA 1OQGA 1MY4A 3G3JA 2XX7A 1A99A 3D4CA 5FTIA 2X26A 5KCJB 2YJPA 1Y1ZA 3D4GA 3H6UA 2ZYKA 2Z22A 4QF9A 4OENA 4YMBA 5H8NA 3LUYA 4NF4B 5KDTA 3QUJA 5TPAB 3TFLA 2O84X 1VR5A 1YAEA 4OFLA 4MH5A 3VVFA 1J1NA 4ZZAA 4DXCA 2ANJA 2XXRA 4IO6A 1US4A 3MZBA 3C36A 3PMWA 1URSA 3SEUA 3I3VA 3TQWA 1TFAA 4G68A 1M5DA 1H45A 4MF3A 3DELB 3VLUA 4NF8A 3U94A 2HCAA 4I1DA 1R9LA 2I0BA 4R2FA 1B3FA 4NEDA 1N84A 4OHNA 4AB5A 3O6IA 1WVJA 2P1SA 1N0TA 2E0SA 1N3WA 3PUXE 2IA4A 3FVGA 1HSLA 2F7AA 2H99A 4RK2A 3T66A 5I59B 4ISUA 2DXRA 4PFUA 3TPAA 1USYE 2F6GA 5EHMA 2V93A 4IY6A 3R7XA 4GRKA 5ITPA 1Q1KA 4IO5A 3USDA 1MQIA 2RINA 3QYTA 3MPLA 4PFTA 4MFIA 5B7DA 4XKPA 1Y20A 1B7UA 4DLDA 5H8QB 4DZ1A 2ZNTA 4F31B 1A54A 4G2ZA 4TOZA 3THIA 1IXHA 3TTNA 1XC1A 1ZKBA 2E1SA 5H8NB 1LAGE 4R75A 5KDTB 4F2QA 4GFRA 3UORA 4C1TA 3PPPA 3AXFA 4OQOA 3KGCA 3JYRA 1A40A 4YB6A 3TKDA 2FNCA 4TLMB 4QSDA 4KCCA 1USYH 2QS3A 3FXUA 2DE3A 5F1QA 1ANFA 3UIFA 3IK6B 2I58A 5CBRA 1NFTA 2Y7KA 4G68B 3LC8A 3U92A 4NF8B 1NNPA 3T9HB 3OSQA 1Q35A 1CE2A 3TTRA 4FIMA 5ICQA 2W7YA 4YKIA 4EF1A 3BFUA 1B58A 1UIUA 3IB1A 4OMBA 1POY1 4QFNA 3KBRA 1Y4TA 4FJPA 3TEPA 4GQOA 3M8UA 3MVYA 3CSBA 2DXYA 1JVXA 4Q30B 3HCQA 1MQDA 1LCFA 4KFQA 2Q88A 4OETA 4UACA 4G68C 4RXLA 1XVXA 2BJJX 3DLNA 3BBRA 1URDA 4RPOA 3IOTA 3MVZA 4X9TA 3O66A 3E13X 4ND9A 3OO9A 1FQEA 1B4ZA 2VOZA 1H43A 4BDLA 4OEUA 4JB7A 1BKAA 2QMWA 2YLNA 2YPNA 4OESA 3LBSA 4H5FA 4JXIA 4XKQA 4LZ8A 4Q5TA 1Y1MA 1SVXB 2XXVA 4FE8A 4WKMA 3PV0E 1AH5A 1Y9UA 3TUSA 3B6QA 5DYHA 4EDPA 4OVJA 5IKBA 5CI5A 3T9UA 4HTGA 3JV9A 3MVWA 1Y4CA 1YPNA 3DM0A 3EQ1A 4BLAA 3OEKA 4IGTA 3W9VA 2DSFA 1Z7NE 1ZJLA 1P1UA 3CVGA 4F3BA 3HSTA 2XXHA 1UTHA 4XTCQ 5FHNA 1ZLQA 1GVCA 3H6WA 3VLWA 1SI0A 3IO4A 5JEIA 2VHAA 2HAUA 2HAVA 3ZKLA 3PUWE 5CMBA 1YTVA 1QKBA 2DWAA 3FVOA 4XIGQ 3U8QA 3VE1B 3FV1A 4H67A 4U22A 1ZMGA 2V3QA 2NXOA 4G8NA 3PGFA 1DTZA 4H5GA 1DOTA 3QK6A 2DWIA 2XX9A 4NWDA 1I69A 2REGA 3V5AA 4R72A 5H8HA 1MPCA 4F3SA 3QSLA 2UVHA 3B6TA 5B70A 2OLBA 2OCUA 4FAJA 1MRPA 2UVGA 1B7HA 2PVUA 4F18A 4AB6A 1B5JA 2ALUA 4G77A 4ELQA 4ZEDA 3S2VA 2M8CA 1EZ9A 1N7WA 1SW2A 2F78A 5FHOA 4H6DA 4R6YA 3GXAA 3IOWA 1AMFA 1MQJA 3Q25A 2Q89A 3N5LA 5FTHA 2KLFA 4GWOA 4ESXA 2P2AA 3R6UA 4POWA 1I6BA 3FV2A 3HHFA 3MP8A 3OELA 4EQ9A 1B4HA 3G3KA 3FASA 1SBPA 2QS1A 2XX8A 1LAXA 4P0GA 4RJZA 4F22A 1MXYA 2X7QA 4YZZA 4ZS9A 4ZEIA 3OXNA 1OLCA 1UTHB 1MQGA 3BKIB 5J1DA 1JW1A 1FTOA 3O28A 3HV1A 3OOAA 3KOTA 4H1XA 4R9GA 2RC7A 1LBBA 4BDMA 3OENA 1SW5A 4X1DA 3U72A 2F7CA 3ONMA 4ZE9A 5JTYA 4H0WA 5F7VA 4G8MA 4O3CA 1B2HA 2RCAA 3CR9A 4O3BA 3W9WA 1SI1A 5HBCA 5K2YA 4AQ4A 3RT6B 4HW8A 4FEDA 3LR1A 2OJTA 3N94A 3TELA 4DDDA 2ZYOA 2HZLA 3G3IA 2OK2A 5K2XA 1EH3A 2THIA 1URGA 2UXAA 2PX1A 1NL5A 2DOJA 4U2RA 1TFDA 3C4MA 3OO8A 1M5CA 3DP8A 4E0WA 4U1OA 3FVKA 2ESNA 4GXSB 1OVBA 5CMKA 1VSOA 4H8IA 2G93A 2VD3A 3PPOA 4RK9A 5TU0A 2ZNSA 4PP0A 3KJ7A 1IXCA 2O7IA 4ESWA 5BUUA 4N6PA 4KYSA 2ABHA 3T9XB 4IO4A 1B51A 4MBPA 1TT1A 1PB8A 5HM4B 3G3HA 3V8XB 5CC2A 3TYHA 3H06B 3PPNA 3SETA 3K01A 3PMVA 4ZECA 1EZOA 3N26A 1WODA 4U21A 1SDXA 1Y3QA 4I62A 4GL8A 1FCKA 4QSCA 3UGWA 4KD5A 5ICTA 1LFHA 1M5BA 5L8DA 4DXBA 4YU0A 1KWHA 1IITA 4GF8A 1SYHA 5CMCA 2DE4A 3C31A 5JTYB 2I49A 4X48A 2ZYNA 3IOUA 1IIWA 5KZTA 1SQYA 1B9JA 3PD8A 1VFDA 4ZEKA 4HCYA 3B6WA 4JWYA 2PYYA 3TODA 3H6VA 1BIYA 1NNKA 1QW0A 2PT1A 2V84A 3VLVA 1B40A 3HPIA 5H8SA 2QSXA 2I4BA 3TQLA 2RC9A 4QRZA 1NNTA 1MPBA 3E3KA 2GRVA 3FATA 2ZYMA 4KCDA 1D9VA 1MH4A 4FECA 4R73A 4F2OA 1IEJA 3QXMA 2P0SA 1FQDA 3RQTA 3IB2A 4OERA 4KPTA 4QFPA 3IJXB 5H8FA 3K6WA 4YAHX 1N7XA 3MVXA 4F1VA 4ONYA 4GLIA 2ZMBA 4FORA 3O29A 4ZEFA 1SYIA 3RNNA 3CRBA 4M4GA 3T96B 4OXVA 2GHBA 3G7WA 2F34A 1B46A 1MXVA 3DP6A 1LGBC 4R2BA 3B7DA 3KJTA 4EUOA 4IO7A 2H98A 2QL3A 4BDRA 3FXQA 3OSRA 1B05A 4KI0E 2PT2A 1IXGA 5DVFA 1R6ZA 1FW0A 4JSDA 4NF5A 1MG1A 1DPEA 1JW5A 3IB0A 4O3AA 1JETA 1T0KA 1OVTA 4U4XA 1PDAA 4IB2A 3S4UA 3O97A 4G8HA 5CRYA 3MQ9A 3PUVE 3SEWA 1NH8A 4LZ5A 3O6GA 3KEIA 3WAEA 4IGRA 4F1YA 1FTLA 4WXJA 1JVYA 2B65A 1EU8A 3Q29A 1M5FA 3UP9A 3K1MA 4NF6A 1SD3A 3ECRA 1MQHA 3UK4A 1IQ7A 3TDJA 1IUDA 1LB9A 4YICA 5H8FB 4OFJA 2XXIA 4ZE8A 3I5OA 4JBZA 2AYSA 5DVIA 2O1LA 2QJEA 1FQBA 3GBBA 2B3BA 3K0VA 1GV8A 1B3GA 4N07A 3N6UA 1PB7A 1QUJA 2ONSA 2HZKA 3EHSA 1A8FA 3FJGA 3PUZE 4U4SA 4IO3A 4GXAA 3CG3A 3G3FA 1JEVA 3HN0A 1PBQA 4NF5B 1GGGA 1QULA 3RUMA 1MPDA 4OZ9A 3EHTA 3VVEA 1GR2A 2NVUB 4LONB 3V89B 2RC8A 1XHYA 4YKPA 4F29A 2DE2A 3FXRA 5I56A 4LVQA 3MBPA 1B32A 1B1HA 1LAFE 3ZSFA 3K4UA 1LBCA 3BFTA 4XKNA 3ILUB 3E9XA 4K3FA 5EHSA 1DSNA 4UA8A 4NF6B 4MLVA 3K6VA 2X7PA 3SEXA 4L17A 1I6QA 2CZLA 1ELJA 3MPKA 4GD5A 1B3HA 4NMYA 2DWHA 3ZS6A 4EQ7A 3IOVA 1P1OA 2F36A 4DCXA 3CFZA 2QS4A 4YB7A 1MY2A 3G3GA 2CMOA 2OWTA 1UIVA 2I48A 5IAIA 4OWDA 4U23A 4LUBA 1POTA 1EZPA 1NNFA 1B3EA 4BDNA 2OZZA 2PMSA 1R9QA 2GH9A 2NWJA 4E0XA 2ZXTA 4F39A 1YCJA 1O63A 2UYFA 2IEEA 3SKPA 4Z7EA 4R74A 4LZ7A 2DVZA 4X1BA 2XXUA 5AA4A 1FTJA 2PBWA 4C1UA 1IXIA 2VP1A 3K02A 1PB9A 1MY1A 5ISUA 1PBPA 4HCWA 4XKRA 1FQAA 3LSWA 3O6HA 2F7BA 3T93B 2Z8FA 4KYEA 4KHZE 5L9SA 2Z8EA 3A09A 3LSLA 1Y3PA 4H65A 4R6KA 3GLBA 3CFXA 5I56B 3OD7A 1NH7A 2RF1A 3IX1A 3LSFB 1N04A 5ITOA 2FYIA 2D3IA 1D9YA 2F6PA 1QKAA 4JSOA 1XT8A 5AA2A 2Q8JA 2DYXA 1QJMA 1B5IA 3MUQA 5I2KA 4Q0CA 3M3FA 4DXUA 1QUKA 4YKJA 5M2VA 3EPEA 3FIRA 4XXUA 2V25A 3H4ZA 3IORA 1A7LA 1XOCA 2D21A 2Y7WA 4G4PA 3MC2A 1O7TA 2Q2AA 2DS9A 2VGQA 4LQ5A 3P7IA 2A5SA 3TCFA 5LOMA 4ELRA 2ZNUA 1OLAA 1O64A 2A5TA 4H8JA 4JWOA 3C32A 1B1XA 3GZGA 1QVSA 5I57B 4IO2A 1BP5A 3R26A 1S50A 4POXA 3RTWB 3QIMA 4QHQA 3MW0A 2R6GE 3FUZA 2QMXA 3GBAA 5AA4B 1VFEA 1A55A 3L6HA 3RLFE 3PUYE 2H4IA 3FZVA 3SEVA 2XXPA 5A5XA 4YKKA 5DT6A 1OIBA 1N3XA 4KR5A 4F3GA 3DP4A 2XHDA 4EXLA 4PE5B 1SW1A 4P11A 1RYXA 3TTLA 1ZTYA 3IO6A 4LP2B 3LSXA 4QFOA 2OWSA 3TCGA 3RT8A 3MZ1A 3TCHA 5AA2B 5ELVA 4ELPA 3OEMA 5I2KB 3SEYA 2F5XA 3MWBA 3K6XA 1FQFA 3FJ7A 4R9FA 1P1NA 1XS5A 3FGSA 3H3GA 5I2NA 1TXFA 3H6TA 1MM6A 1D3KA 1MY3A 3KZGA 3K1NA 4LQ2A 2DVCA 1MM7A 3RGYA 4YB5A 2VD2A 4PFWA 1UQWA 2Z23A 5EYFA 1LSTA 2A5TB 4GIZA 2RCBA 3UN6A 4F1UA 1D4NA 3O2AA 2H5YA 3E4RA 3SDFA 2G29A 2H9BA 3RTFB 1S7YA 1JEUA 4RA1A 5DEXA 2DQVA 4EF2A 3CG1A 2XXWA 3MJNA 5TP9A 4ELOA 4BDOA 1JW4A 4OFOA 2B3FA 5A5XB 1IZ1A 3M3KA 3PMXA 3QAXA 3RY3A 4QFLA 3IAZA 2Y7IA 3M3LA 1BTJA 3O9PA 4FEBA 5I58A 1P1QA 2RKMA 1MXUA 3K2DA 3KFMA 3U1OA 1HSEA 4I8CA 3TAJA 3QUFA 4NWCA 1AL3A 3K00A 1B52A 4IY5A 1TWYA 3SESA 2QRYA 3H03A 5I2NB 4RNSA 1N76A 3S9NC 1LFGA 1A8EA 5I84A 3TTKA 1P1WA 2XXXA 3S9EA 3VXCA 3ODBA 4KQPA 1US5A 4DCYA 5DTBA 1FQCA 1MDQA 1B7ZA 3PPQA 4QFKA 1XVYA 3V83A 1B6HA 1PC3A 1ATGA 3Q26A 3FD3A 4Q8RA 4EQBA 2O1MA 2O51A 4C0RA 1DPPA 2V3TA 3CSGA 3C9HA 3OO7A 3S9MC 2NOOA 5AA2D 5AA3A 3KN3A 5DEXB 3KG2A 3VXBA 1MS7A 1DTGA 1WDNA 5TP9B 1JNFA 1M5EA 4GOTA 2F35A 3FJMA 2WKYA 5AA1A 3VFJA 2I6EA 2UVJA 3KSXA 3N6TA 2Q2CA 3L6GA 4FATA 2HQ0A 4TLLB 4BDQA 4PETA 5L9MA 5HPQA 4RY1A 4I9DA 1PEBA 3OO6A 2FA7A 4OTEA 3K1PA 5I58B 3K6UA 3A3UA 2REJA 4JDFA 3OMBA 1QUIA 5BWJA 3RPWA 1MXZA 3HHGA 1B3LA 3W15C 2AL4A 1AOVA 3KN7A 3KSJA 4N13A 2Z8DA 1Z7ME 3I6VA 2QPQA 3HO7A 4HS7A 2HXWA 3VDFA 2XXTA 1B0LA 3TMGA 4LA9A 4Z0IA 1GTKA 4ZDMA 4P0IA 3PU5A 4LATA 3PPRA 1I6AA 2O6AA 3S9LC 4MLQA 1FTMA 1OQHA 3WAFA 3Q27A 1H3DA 3KOSA 3IR1A 1LLSA 2UYEA 1VE4A 2Y7RA 2O7UA 3CI8A 1LB8A 2DP8A 4ZZEA 2GHAA 5AE4A 5L9OA 3ILTB 4GL0A 2V3UA 1H44A 5CBSA 1RKMA 1NMUA 3EN3A 2R9JA 1AIVA 2HFBA 1ZIUA 4WEPA 2Y7PA 5FHMA 4PQJA 2O69A 2GFEA 2QS2A 2AIXA 5I57A 4THIA 3MP6A 3UA8A 1BLFA 4QSEA 4OEVA 5CMMA 3IL1B 1LFIA 1UTBA 4ZEBA 2D5WA 2HEUA 4U1ZA 3ZKKA 3MAMA 3EHUA 2I0CA 1R1NA 3EF7A 1F9BA 1LCTA 3CFLA 1RYOA 4YMAA 1SW4A 4M1VA 3A3CA 3JZJA 1S9TA 1FTKA 4DIGA 5CM6A 1MY0A 2Q9TA 5DVJA 3TZAA 1LAHE 4EXKA 5JK4A 1MXWA 4F3PA 3FVNA 5KCJA 4GVOA 1DMBA 2R71A 3F11A 2F97A 4F19A 3Q28A 4NF4A 5TPAA 2AL5A 3CIJA 2ONRA 2F8DA 2DWJA 1II5A 3RN8A 1NKXA 2I4CA 3PD9A 4KYDA 1Y3NA 1JQFA 3T22A 2XD2A 4TQUQ 1L5TA 2XD3A 4RYAA 1ZBMA 5H8HB 4OYVA 3C34A 3KN8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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