3GXAA

Crystal structure of gna1946
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
b'KEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQPELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASKADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWSAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAW'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of lipoprotein GNA1946 from Neisseria meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Outer membrane lipoprotein GNA1946
source organism Neisseria meningitidis
molecule tags Protein binding
total genus 71
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gxaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gxaA01
1CE2A 1LAFE 2X26A 3O9PA 4XXUA 1QKAA 2D5WA 4DCXA 5H8SA 2UYFA 2DVCA 2ALUA 4G68A 4BDLA 1I6QA 5DVJA 3N6TA 3TZAA 3A3CA 3PPPA 3RPWA 1S9TA 2P1SA 1Y1MA 2DXYA 1XHYA 3HHFA 4MBPA 1CB6A 1ANFA 1N76A 2GHBA 2V93A 1JEVA 3WAFA 4F3SA 4XKNA 3RQTA 4FORA 2ONRA 4X1DA 5I2KB 4IO5A 2G29A 4G2ZA 4PFUA 3E13X 3ZS6A 3K6UA 1IIWA 2F7AA 3IJOB 3TCHA 3OXNA 1LBBA 2O69A 4ESXA 5KCJB 2G93A 3DM0A 2O6AA 3C9HA 3I5OA 4H8JA 2NOOA 3T9UA 4XKPA 2XXTA 1HSJA 1LB8A 2HQ0A 3MVXA 1SD3A 1NH8A 1ZBMA 3RNNA 4ZE8A 2XXWA 3IR1A 1N7XA 3KOSA 3JZJA 3TTKA 3LSFB 4POWA 2OJTA 3QK6A 4DXUA 2HAVA 1B1HA 1H76A 1L5TA 4PETA 4HW8A 5I58B 3EQ1A 4R72A 4GOTA 3TODA 1NL5A 3L6HA 2OK2A 1GVCA 4MLQA 4KHZE 2F97A 4R6KA 4UA8A 2Q8JA 2I3VA 4IB2A 3H6WA 4K3FA 1P1UA 2PMSA 3GLBA 4UACA 1IXHA 4I9DA 1LCFA 3TUSA 1HSEA 4IO2A 3PD9A 3ZSFA 4R2FA 4OWDA 3VXCA 2ZYNA 3FXQA 3QSLA 1MQGA 2YLNA 2DE2A 3PUZE 3B7DA 4XKRA 1JVXA 3MWBA 3M3FA 4ESWA 1JVYA 1FW0A 5DT6A 3S9LC 4ONYA 5FHOA 3KGCA 3U8QA 3ZKKA 3K0VA 2XD2A 1Y4CA 1FQDA 1OVBA 1B58A 4IGRA 3VV5A 3MZ1A 5KCJA 4H6DA 4YKPA 3A09A 4P0GA 2H99A 1D3KA 1MPBA 1SQYA 3MVZA 3DP8A 5KDTB 4YKIA 4ZDMA 2I48A 3ODBA 3OEKA 3GZGA 1FTLA 1Y20A 4KCCA 5K2YA 3VDFA 3IO6A 3V89B 4FEBA 3G3KA 4DCYA 3KEIA 2NUVA 2AIXA 5I58A 4XKQA 1I6AA 1MG1A 4GQOA 2F34A 3H6UA 2XXXA 2QL3A 4I8CA 4DIGA 1NNFA 3D4CA 4O3AA 4BDQA 2UYEA 3C31A 3S2VA 5KZTA 3T22A 4RPOA 4F18A 4U21A 1J1NA 2RCAA 1YPNA 1RYXA 2RKMA 4OETA 1VE4A 3K6WA 4NWDA 3EHTA 1OQGA 2REGA 3OD7A 3PV0E 4QFOA 2DS9A 5AE4A 1VFDA 4NF6B 1LAXA 1TFDA 1EZPA 2Y84A 2HXWA 4IO7A 3RLFE 3V83A 2R71A 3EF7A 4LZ7A 3SEVA 1YCJA 4F22A 4LONB 4YMAA 4OFOA 4ELPA 1PB7A 3S9MC 1LCTA 4FIMA 4BDRA 1EU8A 3PD8A 3OSQA 1Y1ZA 4KI0E 1I6BA 1PBQA 3LUYA 1DPEA 1AMFA 4C1UA 3S9NC 4JWYA 3S4UA 2Y7RA 4RJZA 4YKKA 5I59B 5L9SA 2I49A 1B6HA 3UGWA 5DVIA 5KDTA 2Z8EA 1GGGA 4RNSA 3K01A 2LAOA 4G68C 3TEPA 3UA8A 1H44A 4ZE9A 1SW4A 2F7BA 3PUYE 1TFAA 1VSOA 4OEUA 1JW5A 1N7WA 2DE3A 1NKXA 1OMPA 3IB1A 1P1QA 4H67A 1DMBA 5H8QB 4GFRA 1MY1A 3P7IA 3SESA 5H8FB 4PE5B 1A8FA 4JB7A 3AXFA 1O64A 2E0SA 2A5TB 1FQAA 3FXRA 2Q2CA 4ZEIA 1UTBB 4QFNA 1AL3A 4XTCQ 2DWHA 4JBZA 3PPQA 4ND9A 4XIGQ 1BP5A 1XVYA 2AYSA 3CIJA 1D9YA 2ZXTA 1ZJLA 4QFKA 2Z22A 3W9VA 3IOUA 1XOCA 1MXVA 3DLNA 4RK9A 3I6VA 2QMXA 4F3BA 1FTMA 5I57A 2DYXA 3FIRA 4WEPA 3CFLA 3OOAA 4FATA 3RUMA 4JSOA 2HCAA 2REJA 3QYTA 3T9VA 2PBWA 4ZEDA 2PX1A 4U22A 3VVEA 3TKDA 4G4PA 5I59A 1Y9UA 1II5A 1TT1A 2HAUA 3C36A 2OBGA 1PBPA 3HHGA 1RYOA 1Z7ME 3K4UA 1FQBA 1MDQA 4WEDA 4OYVA 1BKAA 2GH9A 4PP0A 3SKPA 4GWOA 2O84X 1DTZA 3WAEA 3K02A 1ZKBA 5H8QA 1XT8A 4OZ9A 2F78A 1MDP1 3M3LA 1D4NA 4HTGA 5H8FA 2O68A 2OWTA 1B0HA 2A5TA 1N04A 1PEBA 3TAJA 4I62A 3W9WA 3U93A 4G77A 2VD3A 3C32A 4RA1A 3VXBA 2FNCA 1KWHA 4BLAA 1TWYA 4F1UA 3C34A 5FHNA 1TXFA 4OQOA 3RTFB 4H0WA 1M5BA 5CM6A 2P0SA 3GBBA 4OESA 1ELJA 2B65A 4KD5A 4OFLA 1US4A 3VVFA 3THIA 2XXVA 2QSXA 4NWCA 3DP4A 2PYYA 1OLCA 3MVYA 5EHMA 1HSLA 3MZBA 4LZ5A 1YTVA 3N94A 3HO7A 4YB6A 3MP6A 3T66A 2A5SA 3HV1A 3TMGA 3H06B 1MS7A 3CSBA 4U1ZA 5CBSA 1B3FA 2O51A 4GF8A 3IB0A 2QRYA 2H25A 4LQ5A 4GXSB 5AA2B 4I1DA 5TPAB 3TPAA 2CMOA 3T9XB 3F11A 2XXYA 4YMBA 4NE4A 4ISUA 5ITOA 3O2AA 5L9MA 3T96B 4EXLA 1P1WA 3SDFA 1IQ7A 4IO6A 3MQ9A 1R9QA 4Q30B 4AB5A 3PUVE 4NEDA 2FA7A 3A3UA 2I0CA 4R73A 2DVZA 4F19A 1PC3A 4IO3A 4IO4A 3FVGA 1NMUA 1XVXA 3TQLA 3SEUA 2V84A 5DTBA 4GL8A 1MRPA 1QW0A 3RGYA 1Q35A 3VE1B 4YB5A 5HBCA 5CC2A 1LLSA 2X7QA 1AH5A 1D9VA 2QS3A 1S7YA 3SEYA 4IGTA 2DSFA 4GXAA 4MLVA 4RYAA 2M8CA 2R6GE 3EPEA 1DSNA 3RT8A 1F9BA 5L9OA 4M1VA 3V8XB 4RXLA 3C35A 1URDA 3MJNA 1XS5A 1URGA 4R9FA 1ZLQA 1ZMGA 1RKMA 3CFZA 3V5AA 2ZYKA 1Y3NA 4QHQA 3K6VA 2E1SA 2XXHA 1T0KA 1FQEA 4H1XA 1S50A 2UVJA 5HPQA 2OWSA 2THIA 2WKYA 3OO6A 2PT2A 1A99A 1BTJA 1XC1A 4C1TA 1FQCA 4LQ2A 5AA2A 5JEIA 2F5XA 3JV9A 2D21A 2QMWA 5TPAA 3FXUA 3FGSA 3T9HB 2PVUA 3DP6A 4NF5B 2ZMBA 3ONMA 4TQUQ 4GLIA 4NF8B 4H8IA 4AQ4A 5JK4A 3UIFA 1ZU0A 1O63A 1M5EA 4JSDA 4NF4A 4ZZEA 1FTKA 1B5IA 2O7UA 1A8EA 1BLFA 1PB8A 4U4XA 1WVJA 3I3VA 1LFIA 1UTHB 2ONKE 2DQVA 2V25A 1B5HA 4YB7A 2F35A 2DP8A 1SYHA 3KZGA 1UQWA 3QAXA 1IITA 4ZZAA 4LUBA 1IXIA 4AB6A 3R26A 3KBRA 4BDNA 3TCFA 3MZ9A 3GBAA 3LC8A 2XXPA 3K00A 1LBCA 3HN0A 4NTLA 1EZOA 1JNFA 3KSXA 4QSCA 5TP9B 4Z7EA 3TELA 3E4RA 2Q89A 1URSA 4YAHX 1N84A 1UIUA 3TYHA 3LSLA 4OENA 3W15C 4DXBA 2YJPA 1B4HA 1QUJA 3PUXE 4H5FA 5H8HB 5I57B 2H5YA 1IXGA 4NF5A 1LAGE 4QFPA 4KYDA 3ILUB 5IKBA 3U92A 1B40A 1MM7A 4NF8A 2P2AA 3FASA 1JW1A 3PMWA 3K1NA 3EN3A 4R2BA 4ZEKA 4JXIA 1LGBC 4LP2B 3IOWA 3JYRA 4TLMB 1B5JA 1B32A 1UTHA 3N26A 1DOTA 4G8MA 5B7DA 3QIMA 4U1OA 1LB9A 4MF3A 4ELRA 4EF1A 1B3EA 4Q5TA 4WXJA 3SEXA 1B7UA 1MQIA 3MUQA 5TP9A 3B6TA 3PU5A 1IZ1A 4C0RA 1IEJA 3H6VA 2ZYOA 1POY1 3KN3A 5CMMA 2B3FA 3FJ7A 2XX7A 1Y4TA 1MQHA 3CG1A 4G8HA 2ANJA 1R9LA 1OIBA 5CRYA 4TLLB 2F6GA 1MY4A 4RK2A 1H45A 2ZYMA 5H8HA 3BBRA 2VHAA 4F2QA 1N0TA 2UXAA 3KOTA 5DEXB 4YZZA 1P1OA 3IORA 5ICQA 5H8NA 4OTEA 1B52A 4DZ1A 3MP8A 2Y7WA 3KN7A 4GD5A 4FEDA 3G3IA 2AL5A 3G7WA 4LZ8A 3IL1B 2RC9A 5FTIA 2OCUA 1GR2A 2ESNA 2VGQA 3C4MA 2HEUA 3PMXA 1WODA 1JEUA 4GIZA 4ZS9A 1MXWA 5LOMA 2DE4A 2YPNA 1B3GA 2UVHA 4OXVA 3TTRA 1A55A 1PDAA 3FVOA 1OQHA 4KQPA 1Y3QA 3IX1A 1SVXB 4HCWA 4X9TA 1QUIA 3IAZA 1GV8A 4KPTA 1FQFA 1M5CA 1MXYA 5ICTA 3OO8A 3N5LA 3SETA 2Z8FA 3IOVA 1SDXA 3LSXA 5BUUA 2X7PA 2V3TA 1LFGA 4IY5A 4EUOA 5HM4B 5TU0A 3MPKA 2PT1A 2H4IA 4HS7A 5IAIA 5CBRA 3M3KA 1VR5A 4QRZA 3E9XA 4THIA 1B46A 1VFEA 1N3WA 3EHUA 5ISUA 1QKBA 4F1VA 2AL4A 2QS1A 3IB2A 2F36A 2KLFA 2O7IA 3KJ7A 5DEXA 4F1YA 3OEMA 2FYIA 2GRVA 4M4GA 3VLUA 3FZVA 1ZIUA 3TTLA 4F39A 1SI0A 3ILTB 5AA4A 3O97A 1A40A 5FHMA 4HCYA 3Q29A 1USYH 1B1XA 3PUWE 1LFHA 1B0LA 3Q26A 3R7XA 2H98A 1M5FA 2H9BA 1JW4A 3PPNA 2F8DA 2RC8A 3QUFA 3OO7A 3G3HA 5I84A 3H03A 1B3LA 1B51A 4NF4B 2O1LA 4KFQA 1MY2A 4JWOA 4DE8A 3OO9A 4EQ7A 3O29A 1US5A 4F3GA 1ZTYA 1OVTA 2I6EA 2D3IA 3LSWA 3L6GA 3T93B 5AA3A 4X1BA 1USYE 3CRBA 1R1NA 1SW2A 3G3JA 4O3CA 4G8NA 3B6WA 2I4CA 5A5XB 1SI1A 3IO4A 2IEEA 2HFBA 1P99A 1BIYA 3CFXA 2V3UA 1MQDA 2ONSA 3K6XA 1JETA 2IA4A 3BKIB 1MQJA 4EQBA 3RT6B 5CMKA 2GHAA 2Y7PA 1UIVA 1MXUA 3TDJA 3O6HA 2Y7KA 4RPNA 4OERA 3N6UA 4MH5A 2VOZA 3FV1A 3R6UA 4EQ9A 3BFTA 3Q25A 1QULA 1NH7A 4E0XA 3UORA 4POXA 2NXOA 1AIVA 4FE8A 4ZECA 3HSTA 3Q28A 3FV2A 4ZEFA 2Z8DA 3K1MA 4JDFA 4X48A 2F6PA 2XD3A 1B4ZA 1IUDA 4R9GA 5CI5A 4GL0A 3B6QA 1LSTA 3MW0A 4E0WA 4DXCA 1MY3A 3G3FA 3PPRA 4ECFA 4KYEA 1DPPA 3SEWA 3MAMA 5AA2D 5I2KA 4YU0A 1EZ9A 2O1MA 2I3WA 3FUZA 2F7CA 3KSJA 5M2VA 3LBSA 4QSEA 5AA1A 2XXUA 4P0IA 4L17A 3FVNA 1MPDA 4GVOA 5FTHA 4YKJA 4KCDA 3GXAA 3HCQA 3VLVA 1OLAA 1FTOA 2RC7A 4Q8RA 3PPOA 2NWJA 5CMCA 3DELB 5A5XA 5I2NB 5I56B 1B2HA 2OLBA 3RY3A 2ZNTA 3CSGA 4OHNA 4EXKA 3PMVA 3K2DA 1MM6A 3CR9A 4EDPA 2XXRA 4LATA 2XXIA 3U1OA 4FAJA 1DTGA 4PFYA 1R6ZA 4NMYA 3TTNA 3O6IA 3KJTA 2R9JA 1O7TA 4U23A 3C33A 1B7ZA 5ELVA 2RCBA 4FECA 3H7MA 3EHSA 4OVJA 5DYHA 4KYSA 3OMBA 1B9JA 4MFIA 1Q1KA 3OELA 4TOZA 1YAEA 3OENA 2ABHA 4QF9A 1POTA 3QXMA 1MH3A 4Z0IA 4WKMA 1EH3A 4PFWA 1AOVA 2DWJA 2HZKA 4Q0CA 5H8NB 4YICA 4LA9A 3ZKLA 4RY1A 3U94A 4PQJA 1IXCA 2Y7IA 3MVWA 1NNTA 4H65A 2I58A 1B05A 4OMBA 4F31B 4DLDA 1SYIA 4R74A 4U4SA 3FJGA 4PFTA 5JTYB 1NNKA 4KR5A 1H43A 2BJJX 2DXRA 3VVDA 3QUJA 4N07A 4N6PA 2RF1A 5I2NA 5I56A 2B3BA 4ZEBA 2QJEA 3FATA 3TCGA 3U72A 3H6TA 2Z23A 3SERA 2XXQA 1GTKA 5B70A 5F7VA 1A7LA 3LR1A 1N3XA 2QPQA 3H3GA 4BDMA 2ZNSA 3ECRA 3CI8A 3O6GA 1MY0A 5EHSA 2XX8A 2XHDA 3UP9A 5L8DA 1H3DA 3MP1A 1FCKA 4F3PA 1M5DA 3VLWA 3IK6B 3RN8A 3O28A 2UVIA 4H5GA 3TQWA 3FD3A 2GFEA 4JWXA 5BWJA 3M8UA 1JQFA 2VD2A 4GRKA 5EYFA 3HPIA 2W7YA 1NNPA 3KFMA 5DVFA 1MPCA 2QS2A 3KN8A 4NF6A 3PGFA 4R6HA 4F2OA 1PB9A 1MH4A 3CVGA 3FJMA 1Y3PA 3D4GA 4G68B 1QVSA 5J1DA 3UN6A 3E3KA 2VP1A 2I0BA 3TTMA 4OFJA 1QJMA 5AA4B 3USDA 3OSRA 1QUKA 3UK4A 4QSDA 3G3GA 5JTYA 4OEVA 4FJPA 5K2XA 1FTJA 4EF2A 1MXXA 4LVQA 4ELQA 1P1NA 5CMBA 2DOJA 2HZLA 2RINA 2XX9A 3H4ZA 2UVGA 3IJXB 2NVUB 4ELOA 4BDOA 1LAHE 1MXZA 3FVKA 3RTWB 1I69A 3MPLA 3CG3A 1NFTA 4QFLA 2V3QA 2ZNUA 4N13A 3K1PA 2OZZA 4DDDA 3KG2A 3MBPA 5ITPA 1SBPA 2DWAA 4P11A 4U2RA 2DWIA 4R6YA 5F1QA 2I4BA 4O3BA 1WDNA 3IOTA 3S9EA 3VFJA 1SW5A 4R75A 1B3HA 4F29A 1ATGA 1UTBA 3O66A 2CZLA 3BFUA 2Q88A 2QS4A 2Q2AA 3Q27A 4IY6A 2Q9TA 3TFLA 1SW1A 3MC2A 1A54A 1B7HA 1Z7NE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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