3GYCA

Crystal structure of putative glycoside hydrolase (yp_001304622.1) from parabacteroides distasonis atcc 8503 at 1.85 a resolution
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
EISPRAITMWDFSWLERRWPGAGYEDWDQVLDELSERGYNAIRIDAYPHLIAENPMKKWLLKEVWNQQDWGSPDMNEVQVQPNLNLFLSKCKERDIKVGLSSWYRLDVDEVCLKLDTPEKLADCWLTILRSIEEDGLLDTILYVDLCNEWPGDSWAPFFAKTYPNVGWGNWYKEESLRWMKTSLEKMRQVYPDMPFLYSFDHGDVKKYEEVDCSFLDLYEHHIWMAQQNGGEFYKLVGYGYNRFLPDDYKNVVKNAERVYRERPGYWQKLLTDKIELMASVARKNRRPLVTTECWGLVDYKDWPLLKWDWVKDLCELGTITAARTGMWVGVATSNFCGPQFAGMWRDVEWHKRLTSIIRSSPLDESLTKNNEVAAKLLKRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of putative glycoside hydrolase (YP_001304622.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 1.85 A resolution
rcsb
molecule keywords Putative glycoside hydrolase
molecule tags Hydrolase
source organism Parabacteroides distasonis atcc 8503
total genus 158
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12876 Cellulase-like Sugar-binding cellulase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gycA00
3WF4A 1BSIA 3WMBA 4TXEA 3QHMA 4UFIA 5AC5A 3IJ9A 3CHFA 3SCUA 3ZR5A 5CLWA 1M03A 4ZEPA 4C7FA 1J11A 3PZMA 3WENA 1UH3A 4CUCA 4J3UA 2J47A 3AXIA 2Y4SA 1HKMA 2XHYA 2VTFA 3MSDA 2XVLA 3PZVA 1XSJA 5D8WA 2J79A 2Y8KA 4H04A 1HL9A 5AYIA 3T2PA 1V0KA 4UOZA 5AY7A 4OUEA 4ZXLA 1V3KA 3RM8A 1JYNA 4UQEA 3VD4A 3WD3A 4PMVA 1UD8A 5DF0A 4B3KA 3ZO9A 2XVNA 2GJXB 1TFVA 4PMQA 4P7OA 3VDBA 2XG9A 3B9DA 3RCNA 2AMGA 1WDPA 3OLGA 3VIFA 2VRJA 1QBAA 1MFVA 3MUIA 2JF7A 3A4AA 4PMOA 2VC9A 1V3HA 4F9JA 2WHKA 3B8SA 4W8LA 3UCQA 3MV11 3WD1A 4W7WA 1TVNA 4PTXA 3RJYA 2G3MA 2CCRA 3AIVA 3AMDA 2GJRA 2CESA 4KMQA 2BY3A 1M7XA 1FP8A 4JCMA 3ZJKA 4BQ3A 4PRWA 2DIEA 2XUCA 4BF7A 4FLRA 1E5NA 1GORA 3VU2A 4FLSA 4OBRA 4URIA 2YJQA 4FF5A 4XZBA 3VMPA 4ACZA 1J18A 2VR4A 5LA1A 2WB5A 1FH7A 1KWKA 1ZU8A 1FA2A 3WQ6A 2ZUTA 2G3JA 3L4VA 3CZ8A 1W3HA 1JG9A 1HN1A 3JUGA 4MNJA 1D3CA 1TE1A 1C8XA 4AWEA 4UQDA 3N9KA 3PTKA 3CUJA 1KWGA 2Y8VA 1QI5A 1GHRA 2ZUWA 1GCYA 1GHSA 2X8RA 3PBGA 3PHAA 3VGHA 2J8GA 1W1YA 4CD7A 3POCA 3II1A 1Q6EA 5JIWA 2PF0A 5E6YA 1B3VA 4LX4A 4J27A 1VAHA 1E72M 1JDDA 3O9NA 3WF1A 1W32A 1AVAA 4W7VA 4MNKA 1CXHA 1CXKA 3W27A 1JI1A 1NOWA 1OIFA 4IPLA 4YHGA 1JNDA 1ISXA 3EDEA 4WSKA 1X1NA 4PMDA 1U2YA 5LA2A 4AC1X 1MFUA 4AD0A 3ZT7A 4ZFMA 1CWYA 3FAWA 2J74A 4WIWA 3WUEA 1V6YA 1W9DM 2XTKA 2OLHA 3ARVA 3N17A 3FAXA 1CYGA 4JZ5A 4BA0A 3A4XA 2WW5A 3CBWA 3WDJA 4D6HA 3GXIA 3WUGA 4JFSA 2VX7A 4JCLA 3MO4A 3CZGA 5ABEA 4UFHA 3U7BA 1MW2A 4UQAA 3N11A 4NZCA 6A3HA 1L8NA 1OD0A 2F8QA 3AMLA 5FL0A 3AFBA 2Y2WA 3OGVA 3QR3A 1CZ1A 3UETA 1HJXA 5ABGA 1XD0A 4HMDA 1WAWA 3GBEA 2ZX7A 3J7HA 4MJ4A 1AQMA 1ZB5A 2O9TA 3T08A 1EO5A 4V2XA 4PTMA 1XC6A 2ZE0A 4AZCA 3EDJA 4UOJA 1J0KA 1QNSA 4HA4A 4MAZA 3BAYA 2CKSA 1H5VA 2GK1A 3PZ9A 3HU7A 1JZ5A 3WUFA 3CZKA 3UG4A 2WCSA 1QW9A 2YL5A 2YL8A 4CGTA 2XSBA 1VFFA 4CD4A 3AHZA 3AYRA 1JDAA 2YDRA 3WMSA 1RP9A 3KZSA 4GZIA 4W84A 1JFHA 2XSAA 1NWTA 1E15A 4WKFA 5I6SA 1MW0A 3AXXA 3TA9A 3WELA 4W86A 3N1AA 4U2ZA 3ARQA 3PTQA 2FGLA 4Q7NA 3AHTA 4NSBA 5HOSA 3NSMA 3AIEA 2W62A 2ZUNA 2CNCA 4S3JA 1KQZA 2ZOXA 5I2UA 3TTOA 1HKIA 1DWIM 4KH2A 5BXRA 3RJXA 2E8YA 2AOSA 4TX6A 1JIBA 5I0DA 1HX0A 1EH9A 4GO9A 1UR2A 3OZOA 4V27A 4KGJA 3IJ8A 4QCFA 2YKKA 4NRSA 1GOOA 1W1VA 2BVDA 5GNYA 4OOZA 4AD3A 3WQVA 2YOCA 2VVSA 4LYQA 4Z2GA 1EXPA 3CUFA 3WSUA 4MB3A 4QLJA 2BFGA 2PC8A 4MDOA 4V28A 3FHQA 4IPNB 1WDQA 1VEPA 4HZ8A 2X2YA 3FW6A 2WMJA 2WCGA 2IXVA 4J3SA 4P8UA 5ABHA 4KGLA 3W81A 3CUGA 2E0PA 4RE2A 1SMDA 2J7CA 3A6OA 5A6BD 3WD4A 4EE9A 5IFPA 4MB5A 2ZX5A 2QF8A 4EKJA 3BMVA 2W67A 1ODZA 4PEEA 3VOCA 1CXIA 1GVIA 4AZIA 3RDKA 3L2MA 3L4XA 3ZJ6A 2PB1A 4AIEA 3CZLA 2EQDA 1W9BM 1CXLA 1CBGA 1E0WA 2WVUA 3K4DA 1EHAA 5KZ6A 2JIEA 4L4OA 5A6MA 2CBIA 4GQRA 1PPIA 1BFNA 1E0XA 5CGMA 1UR1A 1DHKA 1BLIA 5BWFA 2XWEA 1MXGA 3VD9A 2EJ1A 1XCXA 5D9MA 1MWOA 2F61A 1E70M 2DDXA 4J7RA 4W8AA 5BROA 4JKLA 1JZ6A 3W37A 1BF2A 7A3HA 3WL0A 1VB9A 2DT1A 1CDGA 1BYDA 1JD7A 1WNOA 4JFUA 4M80A 2EPOA 2VRKA 2WM0A 2Y5EA 3AIRA 1K9FA 2GSJA 2XGIA 2WYSA 3GH4A 3M07A 1V0LA 3CIVA 1V0MA 3ARXA 5D9OA 4JHOA 1UWSA 2DT2A 4AY1A 3EYPA 3TOPA 3SUSA 1RH9A 1ZBCA 4XZWA 1QI0A 3AIBA 4PCSA 3WH5A 1UZ4A 1C7SA 3WD2A 2VCAA 1A3HA 5LYRA 5E0CA 1J0YA 4GIAA 2VX6A 1ODUA 3BC9A 3G6LA 3OLIA 2OYKA 2DSKA 4JIEA 3GH5A 4GO8A 3RM9A 3ARWA 2GJPA 1CNVA 4J3VA 1BVZA 4AMCA 3UG3A 4M81A 5CQ1A 2J7FA 4JFTA 3AIQA 1BAGA 2FDMA 4CD8A 3L4TA 1EO7A 2EPNA 2NT0A 3MSGA 4TTUA 2CPUA 2V5CA 2J7BA 3AICA 1CLXA 1XH1A 1D2KA 2ZWYA 4D6FA 1UD6A 3F5LA 1DWHM 2TAAA 3W6MA 2WLZA 3WDHA 1KGWA 1ITCA 2VQUA 3AYSA 3WQWA 3AMKA 1GQKA 3CHCA 1JZ8A 2YA1A 1U33A 4M29A 4W89A 2O9PA 3SEPA 4P8VA 5CPQA 4W5UA 4HA1A 5E09A 2BS9A 1B1YA 2PBOA 1W2VA 4U31A 1G9HA 4P7QA 2XVGA 3WEZA 1E6NA 4W87A 2GJXA 4PTVA 2XFYA 3SIMA 3AZRA 3WF0A 4AD1A 3WQ4A 4A3HA 1I1WA 3CUHA 1I1XA 1B90A 1EDTA 2WMIB 3LPGA 4Y7EA 2WVVB 4AYSA 4ATDA 1GOQA 3FXYA 2CYGA 1E1EA 2D24A 3T2OA 1C93A 2DSZA 2A3CA 1BYAA 5E0FA 1UR8A 1ZS2A 2D3LA 5IXEA 3PZOA 4BZYA 4ACYA 3N04A 2WK2A 3EDDA 3K8MA 3HMCA 1VFMA 5GNZA 1H0IA 1KXQA 1TR1A 3NSNA 1BGAA 2D0HA 2OWCA 1LWJA 4TX8A 4GPNA 3MMDA 1K9EA 1EDGA 2UY5A 1FHLA 2J7GA 3MUY1 5EFDA 5BXSA 3CMGA 3SCOA 1OT1A 3A47A 4JKMA 4A3YA 3N12A 4OJYA 4PYSA 3OIHA 3OA5A 1IT0A 2FH8A 2VX5A 4PSRA 5A8PA 1CGTA 3FN9A 2XM2A 3MMUA 2ZX6A 1C8QA 3IAPA 4YPJA 4AZGA 2WZHA 4D1IA 4UFJA 3EDFA 3B9EA 3S2CA 3M7SA 1BGGA 2EO7A 4X0VA 4H41A 1BYBA 2FHBA 4ATLA 3WFZA 3AMGA 3BMWA 2DH3A 1P6WA 4W88A 2WBKA 1QNPA 2WPGA 2VOTA 5FCZA 3NSXA 2VQTA 3LPFA 2A3EA 8A3HA 1X6LA 1HT6A 3ARZA 2OYMA 3SCPA 4AZ6A 2CERA 1E6QM 3AMCA 4WLCA 3AQUA 2NW0A 4PUEA 4WJXA 5FKYA 1R85A 4BQ4A 1W9UA 1AQHA 1QPKA 5M17A 2CBJA 4TOQA 1E1FA 4OOUA 4J3XA 3LPPA 1UKPA 1OSEA 5A8NA 3WY1A 4IM4A 4J28A 1GUVA 1HKJA 4UQBA 3GZAA 1GJUA 5A6AA 1TG7A 1LWHA 1UR4A 4E4PA 1TA3A 2O9OA 3SCQA 1E0VA 2FH6A 4J3TA 4HU8A 2VNCA 4CCDA 1ECEA 3CTTA 1IZJA 2VZUA 3CMJA 1CLVA 2W4XA 4H2CA 3WNLA 5E9AA 3VIMA 1EDQA 1QVBA 3VD5A 1W91A 4WKHA 3L4YA 2E9MA 4P7RA 2OSXA 1V3JA 2O92A 1MW3A 5FD0A 3SCWA 3ECQA 4HZ7A 3M46A 5A8MA 3SUTA 5I23A 4B16A 2DH2A 1UKTA 2CITA 3NYDA 4J3WA 1V6VA 4F66A 3WKZA 1QNRA 1FFQA 2CXGA 2V3GA 2BVTA 2XFRA 2VO5A 3GNRA 4W7UA 2OSWA 5ABFA 2YDQA 4DUVA 4GI8A 3VO0A 2WVSA 1B3YA 4M24A 1QW8A 1CGUA 3U5YA 3VIOA 2PWFA 1V6XA 1ITXA 2WSPA 4FLOA 8CGTA 1DWFM 2WZIA 4U3CA 3AS1A 4Z2JA 4OIFA 3T0BA 4OKDA 2CKRA 5IHRA 4PSPA 3WIJA 3GXDA 4UFKA 4AZ5A 1Q6DA 2CIPA 3FNDA 5DT7A 1SYTA 3VIPA 2O9RA 2YA0A 3W82A 3WDPP 3O2LA 1XYFA 2BHUA 1WB0A 1GJWA 1QNQA 4HMEA 1J9YA 3VKKA 1WCGA 2W91A 4CN1A 5AYBA 3OLDA 3W0KA 3AS3A 3GYCA 3CHEA 1CTNA 2WANA 4TVDA 1GW1A 3BH4A 3KWXA 1C7TA 4MJ2A 4UQ9A 4PMYA 3VGFA 4D1JA 1VENA 2YL9A 2XYLA 1DEDA 1CGXA 2ZXQA 2IXUA 4K68A 3GXFA 1B9ZA 1GOMA 4PCTA 1TA3B 2AAAA 2VR5A 3AI0A 4HA3A 4UFLA 1NWSA 1V6UA 3DC0A 1M01A 3RO8A 4L4PA 3TTQA 2B31A 4OBSA 3EDKA 3NDYA 4TVUA 4PUDA 2HISA 1PAMA 2CEQA 1KCKA 4HOZA 5A95A 2ZX8A 4DWSD 4B9ZA 1E4MM 4PTWA 4X9YA 2E4TA 1E4IA 3WEMA 4LYRA 1HJSA 1KGUA 4LXFA 3BAJA 2D23A 1UKOA 2GFTA 2QMKA 1HJVA 3U5UA 1JYWA 2CHOA 1NP2A 1CXFA 5EFFA 1LL7A 1H1NA 5A6KA 1BQCA 1UWUA 3AHYA 5DEZA 3VGGA 1A47A 1QNOA 2JF6A 1R7OA 2WVTA 3MUZ1 5A6SA 4P7LA 1BYCA 4DWSC 2BV9A 2WMFA 1GQJA 4ZENA 2JIWA 5C8BB 4AZBA 4M8UA 1FH8A 3MKKA 1HJUA 4P8XA 3AS0A 5ABFB 4D6JA 3K8LA 5JUVA 1B3XA 5FL1A 4NI3A 3KL0A 1LG2A 1WZLA 3W26A 2MANA 5GPRA 1B2YA 1LL4A 3CHDA 4MB4A 3I3DA 1FH9A 5A6LA 3WMCA 1OD8A 1E6SM 1JFXA 2ZXAA 3SUWA 1KCLA 2EPLX 1KR1A 4AIUA 1J0HA 3DHPA 3OGRA 5CSUA 4LGXA 4AZHA 5A6JA 4GKLA 1UYQA 1B3WA 3WNPA 1E4LA 4EANA 5M03A 1W9PA 4H8VA 3CO4A 1UA7A 2RGMA 1G5AA 2V5DA 2UY4A 4RE3A 2ZIDA 2D3NA 1E3ZA 1HJQA 4U3AA 4AD5A 1WE5A 1JDCA 3CZEA 1EQPA 3OZPA 3WQ8A 3VIJA 2GDVA 3M6DA 1U30A 2OYLA 1ISVA 4D72A 2ZUSA 1UD2A 1J12A 2EBNA 5A2BA 3DYMA 2JEPA 4UNIA 2JALA 1MYRA 2DGAA 5GNXA 1MXDA 5JBFA 1JF5A 2PWEA 3VDAA 3EMQA 1GZJA 4GXPA 5CPSA 4PMUA 1GONA 2GVYA 2ZUVA 3RIKA 4UTFA 2WAGA 1OM0A 1SR0A 1JZ4A 1K9DA 2QLYA 1TUXA 1V0NA 2VI0A 5EBAA 5HDRA 4CU8A 3ZIZA 3L4ZA 4FMVA 2BXYA 4HOXA 1LL6A 2VCBA 3SCVA 4MDPA 2X09A 2J7DA 2VUYA 1AQ0A 2VRQA 3AIUA 1JD9A 5KEZA 1J0IA 5HBFA 2BVYA 5FIPA 3CGTA 1JAEA 2WXDM 2VJXA 5I3DA 1H41A 2G41A 1EGZA 1EQCA 5IFTA 2BY2A 1XHGA 2FHFA 3W29A 4NF7A 4Z2LA 3F5JA 3DECA 4S3KA 2WMIA 5EMYA 2WVVA 3VM5A 3GTNA 3ARPA 4GI9A 4HZ6A 2X0HA 1LF1A 3T09A 1UD3A 1VJZA 1VBRA 1VEMA 5CZKA 1HXJA 3ZR6A 5CGTA 1H3GA 1GOIA 1W9VA 5A1AA 3CZJA 1GPFA 5M3WA 3S6TA 5M5DA 3ZT5A 1QI2A 1VEOA 4CCEA 4F8XA 3EMZA 3AHXA 1B30A 1Q6GA 1HNYA 5A69A 1UZ1A 3GBDA 1JL8A 1PEZA 2ZWZA 1UUQA 4D6DA 1G94A 5BXTA 3LPOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WF4 A;  1BSI A;  3WMB A;  4TXE A;  3QHM A;  4UFI A;  5AC5 A;  3IJ9 A;  3CHF A;  3SCU A;  3ZR5 A;  5CLW A;  1M03 A;  4ZEP A;  4C7F A;  1J11 A;  3PZM A;  3WEN A;  1UH3 A;  4CUC A;  4J3U A;  2J47 A;  3AXI A;  2Y4S A;  1HKM A;  2XHY A;  2VTF A;  3MSD A;  2XVL A;  3PZV A;  1XSJ A;  5D8W A;  2J79 A;  2Y8K A;  4H04 A;  1HL9 A;  5AYI A;  3T2P A;  1V0K A;  4UOZ A;  5AY7 A;  4OUE A;  4ZXL A;  1V3K A;  3RM8 A;  1JYN A;  4UQE A;  3VD4 A;  3WD3 A;  4PMV A;  1UD8 A;  5DF0 A;  4B3K A;  3ZO9 A;  2XVN A;  2GJX B;  1TFV A;  4PMQ A;  4P7O A;  3VDB A;  2XG9 A;  3B9D A;  3RCN A;  2AMG A;  1WDP A;  3OLG A;  3VIF A;  2VRJ A;  1QBA A;  1MFV A;  3MUI A;  2JF7 A;  3A4A A;  4PMO A;  2VC9 A;  1V3H A;  4F9J A;  2WHK A;  3B8S A;  4W8L A;  3UCQ A;  3MV1 1;  3WD1 A;  4W7W A;  1TVN A;  4PTX A;  3RJY A;  2G3M A;  2CCR A;  3AIV A;  3AMD A;  2GJR A;  2CES A;  4KMQ A;  2BY3 A;  1M7X A;  1FP8 A;  4JCM A;  3ZJK A;  4BQ3 A;  4PRW A;  2DIE A;  2XUC A;  4BF7 A;  4FLR A;  1E5N A;  1GOR A;  3VU2 A;  4FLS A;  4OBR A;  4URI A;  2YJQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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