3H06B

Crystal structure of the binding domain of the ampa subunit glur2 bound to the willardiine antagonist, ubp282
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
b'TVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanisms of antagonism of the GluR2 AMPA receptor: structure and dynamics of the complex of two willardiine antagonists with the glutamate binding domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 80
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence E, G, H, J, L, N, P
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h06B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h06B02
2XXHA 1KWHA 2DS9A 2ONSA 1ZMGA 3RTWB 4I1DA 3FGSA 4DCXA 4G8NA 3TTNA 3TTRA 3R26A 3SEVA 1O63A 2DOJA 2HQ0A 5TPAA 3RT8A 3IR1A 4ND9A 1FTJA 3OSRA 2VOZA 5I59A 3TTMA 1P1OA 2H99A 1MQJA 3C35A 4H5FA 2DE4A 4H6DA 1O64A 2UXAA 2QSXA 3N6TA 3TUSA 4RJZA 3WAEA 5H8FA 1MPBA 3FVGA 1MDQA 2NXOA 2ZNSA 4OFLA 4NF4B 2H4IA 4MFIA 3LSLA 3VXBA 2X26A 4GXSB 3K1NA 2QMXA 1LFGA 1IQ7A 4N07A 2I4BA 3D4GA 3I5OA 3VVEA 4G68A 4YAHX 2F35A 3PMVA 3Q29A 4ESXA 1FQEA 1A55A 3G3GA 3V5AA 3TFLA 1NNKA 1Y3NA 3B6WA 2F8DA 2DVZA 4C0RA 3EHSA 2NVUB 3N94A 1Y3PA 1NKXA 4NTLA 4N13A 5HBCA 4EXLA 1PBQA 1QUKA 3OENA 4RYAA 1POTA 3EQ1A 1ZTYA 1JVYA 3GLBA 2DWAA 3MZBA 1ZKBA 5KDTB 3MQ9A 3EF7A 2XD3A 2GHAA 1S50A 3A3CA 4R72A 3O6GA 4ZEFA 5I2NA 2QJEA 1B9JA 3O6IA 1MXXA 1D9YA 2I0CA 1B5JA 5FHOA 3TODA 4FIMA 3H3GA 1QJMA 1USYH 3OO7A 3FIRA 5KZTA 3S9LC 2Z22A 1FTOA 4ZZAA 5DEXA 3MZ1A 2ZXTA 2OJTA 1GGGA 2IA4A 4OESA 4IY5A 3QXMA 4OQOA 2O1MA 4ZEIA 3PU5A 3TYHA 3H6UA 1BIYA 1LCTA 5H8HA 3JYRA 4G2ZA 4GFRA 1QW0A 2I3VA 3OMBA 2AYSA 3EHTA 1B3FA 4PQJA 4P11A 4N6PA 2RCBA 2REJA 3TTLA 4RA1A 4EQ9A 4KFQA 2HXWA 4JSOA 1L5TA 4RK2A 3FD3A 3KGCA 3IOTA 1J1NA 1P1WA 4PFTA 3TMGA 1SYIA 2VD3A 3GXAA 2OWTA 5A5XB 1MM6A 3SERA 2XXYA 3C33A 4YKJA 2QPQA 5J1DA 5H8NB 2W7YA 3S9EA 3V8XB 4XKPA 3IO4A 4I62A 1IXIA 5L9SA 3L6HA 1N3XA 2Z8FA 3DLNA 4OEVA 3MVWA 3KEIA 4X48A 2IEEA 1NH8A 3U8QA 3K1PA 5I56A 4ELQA 4ZZEA 1R9QA 1B40A 2BJJX 3MP6A 4NF8B 5CMBA 1PB7A 2XX8A 4IY6A 3UGWA 1EZPA 1EH3A 1B52A 4YKKA 4H0WA 5BWJA 5TP9B 4KCDA 2DVCA 4GF8A 3FZVA 1Y3QA 3W9VA 3G7WA 1IITA 1AOVA 3BBRA 1RYOA 4YMBA 1IXCA 3PPPA 4LA9A 3LUYA 4R73A 2UVJA 4IO4A 5DT6A 1LAFE 1MQDA 2PBWA 4Q5TA 1RKMA 1B4HA 3W9WA 4OENA 4GLIA 4FEBA 4WEPA 5KCJA 2A5TA 2ZYOA 3RY3A 5LOMA 1UIVA 3HCQA 4ZE8A 2V93A 2AL5A 1JETA 3IX1A 5B7DA 2OLBA 4NF6A 1IEJA 2ZMBA 3O9PA 1I69A 4H1XA 5L9MA 5L9OA 1B5IA 2PVUA 1WDNA 2V3TA 4BDOA 4ESWA 2UVGA 4M4GA 4TQUQ 1SW4A 2GHBA 4F1VA 1ZIUA 1QVSA 1B0LA 1XHYA 3RNNA 5ITOA 1OIBA 2AL4A 3HHGA 1MG1A 2FNCA 3QSLA 4GWOA 4FE8A 2I3WA 3HSTA 2ZNTA 1Q35A 4POXA 2PT1A 3VDFA 4U4SA 1MY4A 3PMXA 4MF3A 5DVFA 2QS2A 2Y7IA 4QSDA 1IXGA 1UTBA 1I6BA 2Q2CA 4H67A 4IGRA 3T9UA 3T9XB 3LC8A 1Y1MA 3PPNA 4PFYA 4U22A 4UA8A 3VV5A 2GFEA 4DIGA 3PUWE 2V3QA 1NNTA 4MBPA 2DWJA 3P7IA 4F29A 5I59B 3FV2A 3IO6A 2V3UA 3CFLA 2H25A 2HCAA 3EHUA 5H8FB 4EUOA 1XOCA 4JWOA 1PC3A 4YB5A 1N84A 2I0BA 1SQYA 2LAOA 3TCGA 5I58A 1GVCA 1T0KA 4G68B 5AA1A 1BTJA 2PT2A 3KZGA 4F3BA 3Q25A 4POWA 4XIGQ 5CI5A 4KD5A 1B3GA 1Y4TA 4HS7A 2XXUA 4KYDA 4RY1A 3E3KA 1US4A 5EYFA 1YCJA 4GOTA 3O29A 3SEUA 4QSEA 2V84A 3CR9A 1NL5A 2O69A 2O7IA 1CE2A 2QRYA 3PPOA 3EPEA 5AA2A 1ANFA 2UVIA 3IJOB 1B58A 3B7DA 3IB0A 3OOAA 3TQWA 3FV1A 1MH3A 2F5XA 4FJPA 2Q2AA 3MJNA 3RN8A 3OEMA 1MXYA 1P1QA 2P2AA 3CI8A 5I2NB 4R2FA 4GVOA 2XXWA 3ILTB 3UA8A 4ZDMA 3K01A 3PV0E 3UIFA 4F19A 3AXFA 2F97A 1A54A 2F36A 4QHQA 5DEXB 3QUFA 4MLQA 3SEYA 4QRZA 3N26A 4PP0A 2ZNUA 4G8MA 4ZEBA 2RINA 4R75A 2OK2A 4O3AA 1B7HA 4U1OA 3H6VA 1A8EA 2UYEA 2OCUA 2DP8A 3DM0A 3OSQA 1MPDA 1URDA 4RNSA 3TCHA 1MXZA 2OWSA 4MH5A 3KN7A 3SDFA 1MQHA 3H4ZA 4F3GA 5H8QB 4ZECA 1MQGA 3KN3A 3RQTA 3CG3A 4OFJA 5ICQA 5K2YA 4IGTA 5F1QA 1URGA 3T9HB 4QFOA 3G3FA 3ONMA 3Q26A 2Z8EA 4RPNA 4L17A 3MWBA 3PUYE 3KJTA 3K2DA 4NF5B 1F9BA 3FATA 1SVXB 4K3FA 4PFUA 4YICA 4ZS9A 1N7XA 3MPKA 3G3IA 1MPCA 3DP4A 1NNFA 4C1UA 1ZU0A 4ELRA 2Q88A 3RTFB 3PPRA 4NMYA 3T93B 1XC1A 3SESA 3RUMA 5I56B 5I84A 3K6XA 2YJPA 1WVJA 1GV8A 3C32A 1UIUA 1H44A 1VR5A 1A99A 2YLNA 1R6ZA 4Q30B 5FTHA 3IK6B 4O3CA 1XVYA 4R6KA 1VFDA 2DE2A 3A3UA 3U92A 4EXKA 4DDDA 5FHMA 4OEUA 2O1LA 2XX9A 4YU0A 4I9DA 5L8DA 1D3KA 1YAEA 1SYHA 3CIJA 2Z23A 1NMUA 1MXVA 4YKIA 1PB9A 1SW2A 4Z7EA 1MXUA 4RXLA 3R7XA 1Y1ZA 1YPNA 3KSJA 1B51A 3MP1A 3K02A 2AIXA 2XX7A 4KPTA 5JEIA 3K4UA 2O51A 4GL8A 4U1ZA 5KCJB 3VFJA 3H6TA 1XVXA 3DELB 1LAHE 4JWYA 4GQOA 1TWYA 4GRKA 3TQLA 3PUZE 5DVJA 3F11A 1IXHA 1HSJA 3QYTA 1B2HA 1HSEA 4GXAA 3MVYA 4P0GA 4F3SA 3K00A 1ZJLA 4OETA 3KG2A 1YTVA 2F6GA 4ZEDA 3LSXA 2ESNA 3VLWA 4GIZA 4F18A 1XS5A 1FQBA 4O3BA 2P1SA 1TXFA 4LVQA 3GBBA 2O6AA 4G68C 5H8SA 1QUIA 4JDFA 4OXVA 4LP2B 3ZS6A 2R71A 3FJGA 1ZBMA 3OD7A 1DPPA 3O6HA 3U94A 1FW0A 1UTHB 2VGQA 2B3BA 4IO7A 4NWDA 4DCYA 4F2OA 1URSA 1OQHA 1P99A 4ECFA 1UTBB 2OZZA 1LAXA 2RC9A 2HEUA 3MPLA 3PGFA 4QFLA 2XXTA 2D3IA 1JEUA 3TAJA 1M5FA 1MXWA 2PYYA 3HN0A 3GBAA 3E13X 1SBPA 2H5YA 2Y7WA 4TLLB 3MW0A 5CBRA 3BFTA 3SEXA 1IUDA 4LQ5A 3KFMA 4F1YA 2ZYMA 4XKQA 2CZLA 3B6TA 3D4CA 5JK4A 3LR1A 1JEVA 3R6UA 4OWDA 2G29A 3FUZA 1M5EA 3SETA 1R1NA 4WEDA 2PMSA 1M5CA 5CBSA 3OXNA 4JSDA 2PX1A 5CM6A 3T66A 2M8CA 3T22A 3OO8A 5I58B 3A09A 2F6PA 2HAUA 4RPOA 4X1DA 2VD2A 2UVHA 3K1MA 4FORA 1DTGA 4U4XA 2I4CA 1S9TA 2X7PA 5CMCA 2D5WA 1OLAA 3TZAA 2I58A 4WXJA 2FYIA 3HO7A 2THIA 4YKPA 3FVKA 1ATGA 4JWXA 2GRVA 1EZ9A 3QAXA 1JW4A 3MP8A 4R74A 4R6YA 3THIA 4Q8RA 3V89B 5AA2B 4G77A 4LONB 1VFEA 3H03A 5B70A 3FXUA 2FA7A 4R9FA 4KYEA 3TDJA 1AL3A 1A8FA 2YPNA 4DXUA 4EQBA 3ZKKA 2E1SA 2O84X 3N6UA 2ONRA 3JZJA 5ICTA 5ELVA 1B32A 1QULA 3M3KA 4JXIA 4FEDA 4IO5A 3FJ7A 5I2KA 3RT6B 4HCWA 3CFXA 4R2BA 4BDMA 1B7UA 3PUXE 3K0VA 3KOSA 2RC8A 5TPAB 1D9VA 1POY1 4ELOA 1B3HA 1NFTA 3K6WA 2Y84A 5FHNA 3PMWA 1OVBA 1LAGE 1R9LA 3S9NC 4OERA 4LQ2A 2A5SA 4H8JA 1B4ZA 1PB8A 3OO9A 2ANJA 3HHFA 1B3LA 4P0IA 3VVFA 3V83A 1N0TA 3CG1A 1ELJA 3MC2A 3K6VA 4ONYA 4DLDA 4PFWA 4JBZA 4IO6A 5I57A 4C1TA 1SI1A 5JTYA 5IKBA 1Q1KA 1I6AA 1FQAA 3FVNA 1N3WA 3OO6A 3IL1B 3CFZA 4HW8A 3M8UA 2V25A 3PUVE 1LB8A 1B6HA 4MLVA 4E0XA 3T96B 5DTBA 3UP9A 4LATA 1LLSA 1EZOA 1WODA 2X7QA 2DYXA 4YB6A 4EF2A 3E4RA 4AB5A 4KCCA 4EDPA 2P0SA 4ISUA 3M3LA 2E0SA 4DZ1A 4X1BA 2XHDA 2WKYA 3U72A 1VE4A 3T9VA 4AB6A 3GZGA 2Y7KA 3CRBA 3FXRA 3MVXA 4KYSA 5H8HB 3TPAA 4OHNA 3N5LA 5CC2A 1RYXA 1Y4CA 4TLMB 1MY3A 1P1UA 4KR5A 4BDLA 3VXCA 4DXCA 1CB6A 1ZLQA 1D4NA 5CRYA 4BDNA 1MDP1 2DSFA 2ABHA 3IB2A 1HSLA 4TOZA 3TTKA 3G3HA 1LBCA 4U2RA 1H3DA 3OEKA 1PEBA 3E9XA 3UN6A 3RGYA 4F22A 1OQGA 3I3VA 4KQPA 2Y7RA 1LGBC 5AA4A 2HZLA 3MUQA 4H5GA 5F7VA 3IOVA 2DXRA 1M5BA 3TCFA 5AA3A 4HTGA 4AQ4A 4DE8A 1AIVA 4HCYA 2F7AA 1A40A 1II5A 1EU8A 4BDRA 3G3JA 4G8HA 4QSCA 2I49A 2ONKE 1JNFA 3JV9A 1P1NA 3KJ7A 2XXQA 1LSTA 1QKBA 2F34A 1FQDA 4Q0CA 3U93A 1UQWA 1SW1A 3PD9A 3C9HA 4LZ5A 1MM7A 2DE3A 3ZKLA 2HFBA 3TELA 1GR2A 3IB1A 4XKNA 5ITPA 2O7UA 4F39A 4PETA 2B3FA 2RC7A 4OYVA 5CMKA 1SDXA 2NUVA 3KBRA 5ISUA 3K6UA 4ELPA 3QIMA 1FTKA 2R6GE 4RK9A 4M1VA 4NE4A 5HPQA 3MVZA 3SEWA 2QL3A 2O68A 2XXXA 1MY2A 4NF4A 1O7TA 3H7MA 1BP5A 2A5TB 4XXUA 2HZKA 2XXIA 1TFAA 2ALUA 4H8IA 1MH4A 2QS1A 3L6GA 5H8QA 4NF6B 3UK4A 2VHAA 2G93A 3CSBA 3S9MC 4IO3A 1H45A 1B46A 3Q28A 3VE1B 2DXYA 2XD2A 1TFDA 4EQ7A 1H76A 3MBPA 3SKPA 1LB9A 4UACA 4QFNA 2R9JA 1FTMA 1N76A 3C34A 1LFIA 1IZ1A 4NF5A 1FQCA 2Q8JA 3VLVA 5EHSA 1MS7A 3FASA 4QFPA 2RCAA 1BLFA 4OVJA 1B1XA 4YMAA 1Z7NE 5KDTA 4F1UA 1US5A 5CMMA 3TKDA 1VSOA 3USDA 4U21A 4IB2A 4GL0A 3O28A 2KLFA 2F7CA 4R9GA 1PBPA 4I8CA 5I2KB 1DMBA 3H6WA 5EHMA 1Y9UA 1NNPA 1BKAA 1USYE 2Y7PA 3MZ9A 1DOTA 4JB7A 4OMBA 4DXBA 3BFUA 4F31B 3RPWA 4XTCQ 2QS4A 4KI0E 3LSFB 2CMOA 2QS3A 2Q9TA 3UORA 4Z0IA 3RLFE 1FQFA 4THIA 4LZ7A 3PD8A 2B65A 2UYFA 4OFOA 3Q27A 4H65A 4F2QA 3FXQA 1B1HA 2DWHA 1QKAA 4NEDA 3VLUA 1FTLA 2F78A 4LZ8A 2Z8DA 5I57B 3B6QA 3FVOA 1JQFA 3OELA 3DP6A 5JTYB 1N7WA 1OMPA 1XT8A 3C31A 2QMWA 4QFKA 5FTIA 1OLCA 3ODBA 1B05A 4YB7A 3KOTA 5A5XA 3ECRA 4F3PA 3I6VA 5H8NA 1MY1A 1QUJA 5AE4A 4FAJA 3MAMA 1AH5A 1I6QA 4NWCA 5BUUA 3G3KA 4G4PA 3CSGA 3QUJA 1N04A 4FECA 5HM4B 1OVTA 1JW1A 1UTHA 2GH9A 3KSXA 4EF1A 1NH7A 4NF8A 1DSNA 3IOUA 1B0HA 1IIWA 1JW5A 3IOWA 5TP9A 3O66A 2RKMA 1LFHA 1S7YA 3QK6A 1TT1A 4R6HA 1H43A 3HV1A 4KHZE 3IJXB 1JVXA 2NWJA 3HPIA 2OBGA 3WAFA 3IAZA 2HAVA 2I48A 5DVIA 1MY0A 1B7ZA 3S2VA 3U1OA 1Y20A 4OZ9A 5M2VA 2XXRA 4IO2A 4LUBA 4QF9A 4X9TA 3S4UA 4XKRA 1SW5A 3O97A 1M5DA 1LCFA 5TU0A 5IAIA 1LBBA 3M3FA 3O2AA 5DYHA 1AMFA 5K2XA 2ZYNA 2D21A 2DQVA 3IORA 2XXVA 5AA4B 1DPEA 3KN8A 3BKIB 1B3EA 2I6EA 1DTZA 3W15C 2VP1A 4GD5A 2DWIA 3EN3A 3TEPA 2RF1A 2ZYKA 3ILUB 1Z7ME 3ZSFA 2XXPA 1FCKA 1B5HA 3C4MA 2Q89A 3VVDA 3CVGA 4WKMA 4BDQA 1SD3A 4ZE9A 4E0WA 1SI0A 1A7LA 2REGA 3DP8A 2H98A 1MRPA 3C36A 1GTKA 2F7BA 4BLAA 4ZEKA 4OTEA 3PPQA 1PDAA 3H06B 4FATA 4PE5B 4YZZA 5AA2D 3LSWA 3LBSA 2NOOA 3FJMA 2H9BA 4U23A 1MQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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