3H3OB

Glycerol kinase h232r with ethylene glycol
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
b'EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 166
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence C, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB01
4BR5A 3KVGA 1H1VA 3CQXA 3ZEUB 4EIAA 2ASPA 4BRFA 3IFRA 1WUAA 1K8KB 4IO8A 3SK3A 2BTFA 1QZ6A 3DXMB 3J8AA 3FLCO 4H0YB 5JLFA 1MWMA 3MN6A 3OHRA 4BROA 2GEMA 3LM2A 1ATNA 3L4IA 4O8KA 5BRFA 4CZIA 2NZTA 5LJWA 3D2EA 2P9IA 2YHXA 2ASOA 5LY3A 1Y64A 1KAZA 5AFUH 4NO7A 1ESVA 4I6MA 4BRLA 1C0GA 4XH5A 3UKUB 4WQ5C 3H1VX 2V7YA 5KQDA 1BDGA 3IUCA 3EO3A 4WQ5A 1BOTO 3WXJA 4CBWA 3VGKA 1BU6O 5AQNA 2WUSA 2A42A 4DHYA 4BRNA 4ISFA 4B1ZA 5AQIA 5AQPA 1NBWA 2FSKA 5KPTA 5AQHA 3VOVA 5AFUA 4BGBA 2P9KA 3A0IX 2FXUA 1YXQA 5EY4A 4B9QA 1V4TA 3CJ9A 4CZHA 4FWRA 5AZIA 1J6ZA 1T6DA 3TPQA 3ZX2A 3QFPA 5FPMA 3SJHA 3U9DA 4H5NA 2E8AA 3CJBA 1SZ2A 4H5VA 4B1XB 2E2NA 2P9LA 5JLHA 1GLLO 5CE3A 2IIRA 3WUHA 1E4FT 4GY2B 1IJJA 4PKGA 4BG8A 4BRQA 1DGKN 3VEZA 5FPNA 1NGGA 4CZGA 5BR9A 3LL3A 2QWQA 4M63C 1GLDG 3CJCA 3H3NO 4CZLA 2P9IB 1QQOA 1S3XA 2GWJA 4WYBA 4FL9A 3R9PA 3O08A 4DQ8A 2FLOA 4NB4A 1K8KA 3EKUA 2A5XA 3WQUA 5BPLA 3O4WA 1HKGA 3GDQA 4BQLA 5AZJA 4FWNA 1DKGD 1BA0A 1TUYA 3QBXA 4CZKA 3VF4A 1GLFO 4JNEA 1LCUA 3BEXA 4YDUC 2QWLA 4YDUA 4K42A 3A5OC 3AAPA 1TYQA 4H0PA 5AZIB 3UKRB 3AAQA 1NGDA 2A3ZA 3VEWA 2ITMA 3GBTA 2VYPA 2YCHA 4BR0A 3O1WA 2D0PA 4C23A 3QFUA 2CGLA 1NGCA 4A2AA 4ISEA 3IMXA 1XC3A 1NWKA 3GG4A 4CZEA 4FWOA 3FZKA 3M6GA 3FR0A 3R8EA 3LM9A 4FSVA 4EFHA 3MN5A 2Q97A 1KAXA 3ZX3A 2BUPA 2Q1NA 2D1KA 1U2VB 4CJ7A 1ATSA 3BUZB 4BR4A 3AARA 3FZMA 3M3ZA 2Q0RA 3CERA 4B1YB 4FO0A 3ZETA 1MDUB 2ZWHA 3D7EO 3H3OB 3LDOA 4DCHA 5AZJB 3FE1A 3A5LC 1QHAA 2P9SB 1NGHA 5BRHA 2FF6A 2YJEA 5BPNA 4Y0WA 3A5NC 4FWMA 3HSCA 1TYQB 3CJ1A 1XQSC 4BRMA 4H0XB 3FZHA 1DEJA 3RSEB 2QW9A 1R59O 1WOQA 1HLUA 3U9ZA 3BF1A 2QXLA 1JCEA 3C0BA 1T44A 2E2QA 3MN7A 3LDNA 1IG8A 4BRHA 2F9TA 5E26A 3DAWA 2PBDA 3O80A 2IVNA 1HKBA 4IXCA 3UKRA 5BPMA 2QWMA 4E1JA 3EZWA 1BO5O 3FGUA 1Z05A 4F9OA 4HWIA 5ADXH 3I33A 1U6ZA 2I7NA 2AP1A 3DJCA 4BC2A 2P9NB 5BREA 4DB3A 5JMVA 3ENOA 3VF2A 3ULEA 1X9JA 4H5WA 1QZ5A 3LDLA 3IDHA 3P4IA 3ZETB 3SLCA 4CZMA 1NGJA 3GOIA 4K43A 2E1YA 4CD1A 5I9EB 4A61A 2NRHA 2F9WA 2GELA 1U2VA 3CIPA 2P9PA 3W3DA 3MK6A 5ADXA 3LDQA 3ATUA 4IJNA 4BGAA 5ELZA 5AQRA 4BC5A 4EAHD 3WEEB 1T6CA 3W0LA 4EHTA 5FPEA 4FWPA 2HOEA 1GLAG 2AA4A 3WXKA 1HJOA 3O1BA 2PAVA 3O5BA 3EL2A 4M7XA 4BG9A 2P9SA 3QBWA 3L0QA 4A2BA 1QQMA 3GE1A 4Z94A 1P8ZA 3VEYA 1NGBA 4CBXA 4XH1A 2P9UA 3VESA 3H1QA 1X3MA 1GLCG 1NMDA 3D2FB 4ISGA 1OKJA 5AQMA 2Q36A 2GWKA 2ASMA 3EKSA 4FOIA 3VGMA 4KBOA 5AQXA 4AM7A 3GL1A 3RSEA 4XH4A 2Q0UA 5AQOA 4IZ9A 5EX5A 4BR2A 3ULEB 3CQYA 2OANA 3ENHA 3ATVA 4H0OA 4GNIA 4LC9B 3VEOA 1KAYA 5AQFA 3JS6A 3HM8A 1D4XA 5E84A 1TUUA 1MWKA 2ZF5O 3HZ6A 5KPZA 5BN9A 2P9PB 1SQKA 2Q2RA 4O5FA 2YI1A 2D0OA 2P9NA 2QWRA 2EWSA 2I7PA 2A40A 4JAXA 4BRAA 3G25A 4JHDB 4H0VB 3TU5A 4H5RA 2CGKA 4M7YA 3HTVA 3UB5A 5AQQA 1LOTB 2HF4A 3H46O 4QS9A 2W40A 4RTFD 1YUWA 5AR0A 3ZX0A 4H0TB 5AQJA 3M1FA 3CJAA 1GLEG 2P9UB 3H6EA 1NGIA 1NGFA 2GTDA 3H45C 4B1WB 5BN8A 3WEEA 3CJ7A 5AQYA 4J8FA 5AQWA 4QS8A 1SAZA 4IWVA 1RFQA 1ATRA 3F9MA 5B8HA 1C0FA 1XUPO 5EOYA 5AQTA 1E4GT 1QQNA 2A41A 1NLVA 2FSNA 3UE5A 3D2FA 3SMSA 3B8AX 4K41A 3HBTA 3FFKB 4JD2A 3WQTA 3C7NB 2KHOA 3VENA 2E20A 2FSJA 4BVOA 2CH5A 3BP8A 5F1XA 2IVPA 3WT0A 3DWLA 4H03B 2VCPA 3VEXA 2CGJA 3QMLA 5AQSA 1JCGA 1G99A 3U8XA 2FF3B 3MDQA 4BRKA 4BRPA 2QWPA 4BVPA 3QB0A 4EHUA 2ZGYA 1RDWX 4PL8A 1RGIA 1NGAA 3KZBA 4PKIA 3VERA 5KQ8A 4FWKA 4A62A 1Z6RA 1HPMA 1ZBSA 2CH6A 3MMVA 1NM1A 5AQLA 4BRIA 5FPDA 3QDKA 3HI0A 4HTLA 1ZC6A 5AQUA 4JHDA 1GLJO 3MN9A 5AQGA 1JCFA 1X3NA 2YJFA 4PKHA 1V4SA 1CZAN 5F0XA 2YHYA 1YAGA 3DXKA 5AQZA 2ZGZA 3I8BA 1GLBG 2D4WA 3QICA 3BF3A 2V52B 3D2EB 5AQKA 2QWOA 4JN4A 3ZEUA 2J4RA 3FZLA 2H3GX 3O8MA 2E2PA 4I6MB 5KPRA 5EXWA 4MLEA 3L6QA 4JD2B 3A8YA 4BR9A 4IJAA 3VPZA 5LJVA 3DXMA 2V51B 4BREA 1BG3A 1HKCA 5BRDA 2YHWA 4BC4A 4WQ4C 4B1UB 4PL7A 3CHWA 3VGLA 4XEIA 2W41A 4BRGA 3LDPA 4WQ4A 3WXIA 4CZFA 3R6MA 1BWFO 2V7ZA 5F2RA 2NLXA 3SMPA 2IVOA 2DPNA 4CZJA 2HMPA 4RCHA 3VF6A 1KXPA 5EVZA 2P9KB 3UKUA 3VEVA 4BC3A 3CETA 1YVNA 4FWLA 4FWQA 1NGEA 4FOEA 2E88A 5TKYA 3VETA 3C7NA 2QWNA 2GUPA 2E1ZA 4BRCA 4RWTA 4H5TA 3CI5A 4QS7A 3A5MC 4CBUA 2Q31A 4MO4A 4BQZA 4MO5A 1BUPA 2E2OA 2HF3A 4BRDA 3FZFA 3U4LA 4CD3A 3MCPA 1BA1A 2P9LB 4FWSA 5JICA 1EQYA 3WXLA 4FPAA 4BR7A 3ID8A 1Q18A 4K25A 1MA9B 1ZXOA 2A6AA 3JXUA 3O6WA 4L3QA 1HX1A 4CI6A 3S41A 3DXKB 2QM1A 2VWBA 2UYTA 3KHYA 4FPBA 5AQVA 4AM6A 3AY9A 3EN9A 1S22A 4MLHA 4B1VA 1HUXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR5A 3KVGA 4I2QA 3ULDA 3VQ9A 1K9MO 4JV5K 4JI6K 1EETA 3QIOA 3RMCA 3SK3A 1MWMA 5HLFA 3RRGA 4JK8A 1FK9A 1WLJA 1WSEA 3C6AA 3L4IA 3U6FA 5BRFA 5LJWA 1XMQK 3AO3A 3RMDA 1RT5A 1Y64A 1KAZA 3HO1A 1ZBFA 1Y97A 1ESVA 4NO7A 1RDAA 4ILJA 2QA4N 3NGIA 4WQ5C 2IAJA 3KTQA 2V7YA 4CHPA 3IUCA 3QNNA 4HUGA 1Q7YO 2NRRA 3WXJA 1KC8O 4CE9A 1YJWN 4YOTA 4NLCA 5AQNA 1QVFM 3CFPA 2FSKA 5KPTA 3IG1A 1VSEA 1YTAA 5AJ3K 4BGBA 3A0IX 4X64K 2LSNA 5EY4A 1V4TA 4FWRA 4FLZA 4CFAA 4CJ5A 3SJHA 3VQCA 5C2DA 3U9DA 1NJXA 1SZ2A 4E1NA 4B1XB 2GV9A 2P9LA 5CYQA 5JLHA 4DG1A 1GLLO 4FJGA 1ZBHA 2XY7A 4Z4EA 4BG8A 4BRQA 1X1PA 4FXDA 2IGIA 3CJCA 2DY4A 3O4QA 1S3XA 1N6QA 3R9PA 4B9TA 4LY7A 4LFCK 3AVMA 1HQUA 1ILYA 3LP0A 4M3UA 3CM5A 4LF7K 2XY8A 2PYLA 4BQLA 5AZJA 3QBXA 3SZ2A 2UXCK 4Z4GA 3THXA 1E3MA 4UQGA 1BQNA 4B3MK 4E1MA 3V9SA 4KHWA 5C0YA 4CK1A 4K42A 5SZTA 4O8UA 3AAPA 5DM7L 4H0PA 3VQBA 3J7YP 4JKEA 3VEWA 3SYZA 5J2QA 1F21A 5LMUK 5CY4A 2VYPA 4BR0A 3V9ZA 3U3GA 4A2AA 3QINA 3DLGA 1XC3A 3GG4A 3AVCA 4CZEA 5LL6Z 2UU9K 4FWOA 1WAFA 5GAGP 1DT9A 1SS6A 1T3VA 3JAMO 2BE2A 4CJRA 3OYNA 4FYDA 4DR5K 3SUPA 4KHPK 1MDUB 4CFBA 1RNHA 2ZWHA 1OH6A 3D7EO 3H3OB 3V6DA 4K8ZA 5AZJB 3QEWA 3A5LC 4LFAK 2XRIA 1SL2A 2P9SB 4DSEA 2A1RA 2YJEA 1BIUA 5I3UA 3THWA 1W97L 3HSCA 2IDOA 1NK8A 2UUAK 2QW9A 1WOQA 4PUOA 2QKKA 1S1WA 4BRHA 2DFEA 4DTXA 2F8TA 4LSLA 1TKDA 4KHQA 4X66K 2HB5A 4FJLA 2PBDA 1KQSM 4KH4A 4FM1A 3QLHA 1TK0A 3PUFA 4IXCA 1SKWA 1TKZA 5BPMA 3EZWA 3NH1A 4IEEA 1U45A 3I33A 1YF5L 1U6ZA 3LDSA 2AP1A 1TKXA 3C6UA 3VF2A 3PIOL 1VSLA 5M1QA 4FZXC 1QZ5A 3LDLA 1VSMA 5M1PA 3VQ6A 1L3SA 3GOIA 4K43A 4YY3K 2G8HA 5I9EB 4A61A 4CEQA 4DV5K 4AHTA 2ATQA 3W3DA 1QE1A 3THWB 3F9KA 3OTOK 1BCMA 3ATUA 5ELZA 4BC5A 2Y1JA 2QKBA 4EAHD 5LMNK 3LWLA 4DV2K 4F4KA 4RG8A 1HQEA 4EHTA 5FPEA 4FWPA 2HOEA 4LD0A 4L8RB 4KHUA 4Z0UA 4DWIA 3WXKA 1J5EK 1TKTA 3EL2A 1LW0A 3QBWA 4Z94A 3I56N 3VEYA 4CBXA 3CM6A 2X6SA 1N8RO 4B9VA 3ITHA 3H1QA 4OKEA 1X3MA 4ISGA 1OKJA 2Q36A 1Z25A 4KTZA 3HP9A 3AVKA 4KBOA 4GMJB 2WC9A 5HRSA 3RSEA 3CCQN 4XIUA 3L3UA 3E1YA 2NRXA 4AILC 5AQOA 4IZ9A 5EX5A 1NJWA 3BZCA 4FJMA 1C1BA 3LWMA 2YNGA 1M90O 3ATVA 2DFFA 4LC9B 4ZTFA 3JS6A 3HM8A 4DU4A 2XY5A 1D4XA 5E84A 3HM9A 2YNHA 1TGOA 4C1NI 2KFZA 2ZE2A 2FBTA 1T05A 3AVFA 2E4LA 4YOXA 5CHIA 3SPZA 5C15A 4FM2A 4FJ5A 3OYKA 4RW4A 3QNOA 3G25A 3EEQA 3MX5A 4ILGB 4H5RA 1VSFA 2XHBA 2W40A 3ZYYX 4CK3A 4E7KA 2KKZA 3RMBA 1NGFA 2GTDA 4DR2K 5BN8A 3WEEA 3TWHA 4NXNK 3HPGA 2VQEK 2DTUA 4J8FA 5AQWA 3EY1A 5HRPA 4EP5A 1ATRA 2OTJN 4CHQA 1C0FA 1VQ7N 5GADP 1HMVA 5AQTA 3VA0A 3I8DA 3VQAA 2A41A 4FLVA 1KCFA 1NJYA 1RCHA 2FSNA 3UE5A 2R7YA 1BCOA 1OH8A 3B8AX 3RWUA 5CYMA 3WQTA 3OYCA 2W6KA 4BVOA 1SUQA 3BP8A 5F1XA 1KFDA 2IS3A 3E9OA 2CGJA 3QMLA 5AQSA 1D9FA 3NFAA 3K5LA 3U8XA 4CJUA 3P1GA 2E6LA 4BRKA 4CJFA 3OY9A 2IOCA 1VQKN 2X78A 4B9NA 3VA3A 2G8FA 4PQUA 4DF8A 3MEDA 3AO4A 4CEFA 1Z6RA 4DFKA 1ZBSA 2CH6A 1LWCA 1NM1A 5AQLA 5FPDA 1JLFA 4DR7K 1G15A 3ALYA 3PSIA 4JHDA 3HYFA 3DM2A 4PKHA 1UOCA 4O44A 4CJTA 2YHYA 3DXKA 4H8KA 4HTUA 4CJPA 1JLCA 2NRZA 3BF3A 2GUIA 3D2EB 4N56A 2IC3A 5KI6A 3KJVA 4I6MB 1KD1O 2Y1IA 1TK8A 1X9WA 3A8YA 2RE2A 3ZT1A 2RPIA 3NCIA 1S1UA 4F2SA 4BREA 5J2MA 5BRDA 2YHWA 4WQ4C 4B1UB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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