3H3OB

Glycerol kinase h232r with ethylene glycol
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 166
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence C, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB01
1DGKN 3CQYA 5EVZA 3VOVA 2CH6A 3D2FA 3EKUA 3C7NB 3UB5A 1H1VA 4MO4A 3AAPA 3QB0A 2FF6A 3R8EA 3VGMA 5F0XA 4H0PA 4FWPA 3L4IA 5AZIA 4M7YA 3EZWA 4FWOA 3UKUA 3WQUA 1R59O 3HSCA 3DAWA 3LM9A 5I9EB 2WUSA 2I7PA 3GE1A 2P9NA 3HZ6A 5ADXH 3U9ZA 4EIAA 2NRHA 1X3NA 4FWSA 4A61A 4LC9B 5BRDA 3VF4A 3CQXA 4IJNA 5FPDA 4H0YB 2Q1NA 4CZEA 1S22A 2D0PA 1BG3A 2E8AA 3WEEB 4NO7A 3A5LC 3A5MC 5AQQA 5AQGA 3F9MA 4PL7A 4BRMA 2A40A 2H3GX 3EKSA 1G99A 2EWSA 4FO0A 3TPQA 1U2VB 2F9WA 3L0QA 3ATUA 4HTLA 3VENA 2ASOA 5AQVA 4CZFA 2FSNA 3CJ7A 3EL2A 3VEOA 1XC3A 2HF4A 2P9LA 4Z94A 5AQRA 1ZC6A 2W41A 1JCFA 4FWKA 4ISFA 3MK6A 4IO8A 5ELZA 4H0OA 4BRLA 4XH4A 4B1XB 3QBWA 1NGIA 3O8MA 4PL8A 3VF2A 2FSKA 3SLCA 1LCUA 3A5OC 4Y0WA 3LDOA 4C23A 4ISGA 4MLEA 1TYQA 1NGAA 5FPMA 5BN8A 4H5TA 3DXMA 3WUHA 3ZX2A 4DHYA 1GLBG 2P9SA 2P9IA 2QWPA 3DXKB 4M7XA 4WQ4A 3RSEA 1BO5O 1JCEA 1DEJA 3J8AA 3CI5A 2GELA 1HPMA 2D0OA 2E2QA 4GY2B 3CETA 2ASMA 3UKRB 1V4SA 3R6MA 3H1QA 3M1FA 4JAXA 3C0BA 4BRAA 2YHYA 4XH5A 3AARA 2VYPA 4CBUA 3ULEA 4DB3A 4BR2A 3WXIA 1JCGA 1ATSA 3L6QA 1GLAG 2VWBA 4BRNA 2Q2RA 5LJVA 2QXLA 3O6WA 4BQZA 2V52B 1U6ZA 3LL3A 3QBXA 1GLCG 5BPLA 1K8KB 1IJJA 3ZEUB 4I6MA 5BREA 2V7YA 2P9UA 4H03B 3UE5A 4JNEA 2BUPA 2ZF5O 1QHAA 1X9JA 4WYBA 2KHOA 4MLHA 5AQUA 1HLUA 2HF3A 1OKJA 3O80A 3O1WA 4BGAA 1RDWX 1BDGA 2E1YA 4CZJA 3VERA 2P9UB 5BR9A 3O5BA 4YDUC 3WQTA 3CJ9A 4DCHA 3ZX3A 4BRHA 2QWNA 3HBTA 5KQ8A 4H5VA 4CZGA 3QICA 2PAVA 3TU5A 4QS7A 3VESA 4FPAA 4QS9A 4A2BA 5BPMA 2NZTA 2P9IB 3DXKA 3UKUB 3BP8A 4PKGA 4B1VA 3AY9A 4BR5A 3CJBA 3VEZA 3H46O 1NM1A 4BRDA 2QWQA 2OANA 3KZBA 2YHXA 3G25A 4I6MB 4CZKA 4HWIA 3VEXA 1SAZA 3ID8A 3I33A 3SJHA 3A8YA 5KPTA 2ZGZA 2GUPA 1Z6RA 4FOEA 3P4IA 4B1ZA 4NB4A 3O4WA 4WQ4C 2QWRA 3BEXA 4BC4A 3FR0A 4RTFD 1Q18A 3EN9A 3QFPA 5E84A 3S41A 5B8HA 5AFUA 3A5NC 4BRGA 1YAGA 1HKGA 3CIPA 3RSEB 4BC5A 4CBXA 1HUXA 4K25A 5FPEA 1MWMA 3FZKA 3H3OB 3ATVA 2YI1A 1NGDA 1SZ2A 2UYTA 4FOIA 1RFQA 1ZBSA 4BRQA 3CHWA 1NMDA 3SMPA 2GWKA 1SQKA 1QQNA 4CZIA 1KXPA 1HX1A 3BF1A 4H0VB 1RGIA 3W0LA 4BREA 1QZ5A 2DPNA 5CE3A 3FZHA 1S3XA 2ASPA 1YXQA 3WXKA 3B8AX 4O5FA 2IVOA 5JICA 1QZ6A 3ZX0A 2Q36A 2YJFA 3WXLA 2Q0UA 1YVNA 3M6GA 4BRKA 1TUYA 1YUWA 1BA0A 2A41A 2BTFA 1NGBA 3DJCA 3ZETA 1DKGD 2GEMA 2YCHA 4BVOA 1K8KA 4H5NA 2E1ZA 3FE1A 3VETA 3ENHA 2GWJA 1Y64A 1BA1A 5AQMA 2FF3B 1Z05A 2CGLA 1XQSC 5F1XA 3C7NA 5JLHA 3KHYA 5AQYA 4DQ8A 4FWMA 1E4FT 3ZEUA 3VPZA 3H3NO 5EY4A 2V51B 4K41A 3FGUA 4B1UB 2ZGYA 5AQXA 4AM6A 1KAZA 3KVGA 1QQOA 2ITMA 4WQ5A 2E2NA 4YDUA 2P9SB 3ULEB 3LM2A 2HOEA 1HJOA 4IWVA 2P9PA 1GLJO 5AQJA 3FZFA 2PBDA 4A62A 2P9KB 2E2PA 1J6ZA 3UKRA 3H45C 3I8BA 4CZMA 2D4WA 4FL9A 4RWTA 3H6EA 4BQLA 5AQFA 5KQDA 4PKIA 2Q97A 3VGLA 1X3MA 3GL1A 1NBWA 3DXMB 3SMSA 5AQSA 3FZMA 2A3ZA 3CJAA 3LDPA 4BR0A 4BGBA 1TYQB 4O8KA 5AQLA 3VGKA 5AQPA 2CGJA 3W3DA 4BRCA 5AQWA 3O1BA 1U2VA 1NGHA 1T6CA 4FWRA 4BR9A 1WOQA 3FZLA 3JXUA 4JD2A 1ZXOA 1C0GA 2AA4A 3O08A 4K42A 4XEIA 3U9DA 4B1WB 4BR7A 2ZWHA 4H0XB 1BOTO 3MCPA 2Q31A 3BF3A 2QWOA 2NLXA 3MN5A 1KAYA 3CJCA 2I7NA 1T6DA 3HM8A 1NGGA 4EFHA 2IVNA 2CGKA 2QW9A 4B1YB 4FWNA 5AQIA 2HMPA 2FLOA 5F2RA 3MN9A 1HKCA 1BU6O 1T44A 1GLFO 1BWFO 1XUPO 3IMXA 5AQHA 2E88A 4H5WA 4L3QA 5TKYA 3GG4A 3IFRA 3CJ1A 1NGFA 1MDUB 2A42A 3IUCA 4FPBA 4BG8A 1NGCA 2V7ZA 5KPZA 5EXWA 4IJAA 4EAHD 5E26A 5EOYA 2J4RA 4WQ5C 4BRIA 4E1JA 2P9NB 2IVPA 5AQTA 2CH5A 4BRFA 4EHTA 4PKHA 3SK3A 2A5XA 1EQYA 3D2EB 4FWLA 2D1KA 3LDLA 2QWMA 3GBTA 5AQZA 1C0FA 1P8ZA 3WXJA 1BUPA 4QS8A 2VCPA 4BG9A 3MMVA 3D2FB 4RCHA 5KPRA 5AQKA 4CD3A 4BC3A 2GTDA 3BUZB 4BRPA 1ATNA 1LOTB 3JS6A 4K43A 4AM7A 5LJWA 1NWKA 3CERA 3U8XA 3LDQA 3FFKB 4MO5A 5AZJA 3ENOA 4CBWA 1IG8A 1ESVA 1V4TA 4IXCA 1QQMA 5BRFA 1TUUA 2AP1A 2P9LB 1E4GT 1CZAN 3AAQA 4XH1A 1MWKA 4CZHA 4A2AA 3QMLA 3ZETB 4ISEA 3VEVA 2E2OA 4JD2B 3A0IX 3IDHA 4BROA 2FSJA 1GLEG 3D7EO 5EX5A 4IZ9A 4F9OA 5FPNA 3HI0A 2E20A 1MA9B 4JHDA 3VEWA 3EO3A 5JLFA 3H1VX 5AZJB 4H0TB 4KBOA 2YJEA 3WEEA 3LDNA 1HKBA 5AQOA 4M63C 4JHDB 3WT0A 1NGJA 4EHUA 5BPNA 3U4LA 4CJ7A 4CZLA 4GNIA 1NGEA 1WUAA 2P9KA 1KAXA 3GDQA 3GOIA 2Q0RA 4H5RA 5BN9A 2P9PB 5BRHA 4BR4A 3MDQA 4BC2A 5LY3A 5AZIB 4JN4A 5AR0A 5AQNA 4B9QA 4BVPA 3HTVA 4CI6A 2QM1A 1GLLO 2YHWA 3VF6A 5JMVA 3MN7A 4FSVA 5ADXA 1D4XA 1ATRA 1NLVA 3M3ZA 2QWLA 4J8FA 3MN6A 4FWQA 2A6AA 5AFUH 2FXUA 3OHRA 2W40A 2IIRA 4CD1A 3R9PA 2F9TA 3DWLA 3QDKA 3VEYA 1GLDG 3D2EA 3FLCO 3QFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DGKN 1TKZA 3CQYA 1Q7YO 3OYGA 1W97L 4N76A 4KREA 3UB5A 3MAQA 4BDZA 2WC9A 3OYEA 3RR8A 4C8MA 3AAPA 5J2NA 4AHRA 1Q9YA 3VGMA 4CGIA 4M7YA 1KRPA 4X64K 4IEEA 1Q8IA 4I9QA 4KH5A 5I9EB 2WUSA 2I7PA 3OS0A 2P9NA 3HZ6A 5ADXH 3SPZA 4DFPA 2NRHA 4FWSA 1TAQA 4WFAL 4IBNA 4DSEA 5BRDA 3VF4A 1D5AA 3CCVN 2Q1NA 1OVYA 4RW8A 3T19A 1RBUA 5KRSA 1L3TA 2GX9A 3G4SN 3T1HK 1U2VB 4HTLA 3QESA 2I5JA 1NK0A 4W5OA 1D9DA 4B9LA 3EL2A 3KLFA 2HF4A 4Z94A 4DTJA 2HHWA 2XY7A 4FK2A 1EWQA 3V9XA 4BRLA 3PO5A 5IT9O 5MLCQ 4DQRA 3VF2A 1NK5A 3NMUA 4AHVA 4E89A 3A5OC 1VQ7N 3CC4N 4HUGA 4WE1A 4ELTA 2VQFK 4JK9A 1I94K 3THWB 4JKCA 4JI3K 1JLEA 2KKZA 3ZX2A 4DHYA 2QWPA 4M7XA 3DXKB 3WNHA 5C2DA 4DSKA 4JKEA 1BO5O 1JCEA 3ZSYA 3RMDA 1X9WA 4GY2B 2E2QA 4O5BA 2W6KA 1V4SA 4FJIA 4CJFA 1HYSA 3M8RA 1JLGA 2X78A 4JAXA 4BRAA 5LL6Z 3VQ8A 4OPAA 3WXIA 3HP9A 1T3VA 3L6QA 2VWBA 2Q2RA 4BQZA 1C6VA 2V52B 4BE2A 4CFAA 1U6ZA 2W6LA 3QBXA 5BPLA 4DKWA 1IJJA 1HPZA 3AVGA 2P9UA 1U04A 4JNEA 2O8CA 4LD0A 1S9GA 3PIOL 4M3UA 4WYBA 1BIUA 3VQ9A 3DOKA 3K57A 3F5TA 4BGAA 5GAGP 4CIEA 3ID6A 1J9AA 1BDGA 1ASWA 2E1YA 4AHCA 1C0UA 2QI2A 3VA3A 3WQTA 1JLCA 4O8UA 4C1NI 3ZCMA 1REVA 2PAVA 3TU5A 3NVMA 3VESA 4RW4A 3OTOK 4QS9A 4RW9A 3O3HA 2UXBK 2NZTA 3J81O 2ATQA 4BR5A 1U4BA 4JKAA 1WBDA 1B92A 3THYA 2Z1JA 3NGYA 3KZBA 4HTUA 4I6MB 4U67L 4WFBL 1SAZA 3SJHA 3TANA 3CG7A 4DR1K 3A8YA 4CEFA 3DLHA 2GUPA 3P4IA 5LMUK 4B1ZA 4J2AA 4DTRA 4YORA 4J2DA 4WQ4C 3BEXA 3TAQA 5GAEP 3FR0A 3S41A 3ISNC 3EN9A 5E84A 1RBVA 2OZMA 2JWLA 4CGGA 3PO4A 3RSEB 4K25A 3E01A 3HL8A 4JKGA 5C24A 1S6QA 3CFRA 1NGDA 2UYTA 1A5WA 4FOIA 3CHWA 1OVQA 1SQKA 1QQNA 1KQSM 1KXPA 1HX1A 4BREA 4K8ZA 3OYJA 3VQCA 2DPNA 3CPWM 3FZHA 3OBYA 3L3VA 3E66A 4CK2A 3CMEN 1SKWA 3C94A 4O5FA 2IVOA 3OYBA 1QZ6A 3ZX0A 1HQUA 1JL2A 4BRKA 3K5NA 3QEPA 1ZBHA 2FBXA 4YHHK 1TK5A 1RDUA 2A41A 3DJCA 4BVOA 4DFJA 1K8KA 4B9VA 1W0HA 4LFCK 4CJTA 2GWJA 1VSLA 3RMAA 4DMNA 3S3NA 1RTHA 2HHXA 1XQSC 1HNZK 1A5VA 2RN2A 4OJRA 1E4FT 1RCHA 1TK0A 1K6YA 3ZEUA 3VPZA 1KLNA 2V51B 1NMNA 2O4IA 3V9WA 3FGUA 4B1UB 4AM6A 3V1OA 1KAZA 1QQOA 2ITMA 3MEDA 4YDUA 4CFDA 1SL1A 1EKEA 2HOEA 3DLLL 4A57A 3L2QA 1RBRA 5M1OA 3RMCA 3DMJA 1UWBA 1RT5A 2OYQA 3I8BA 4CZMA 5FLXO 2JLEA 4NXMK 5KQDA 4E3SA 4PKIA 2Q97A 3I55N 4FYDA 3QO9A 3SAGA 3L4QA 4DR5K 1NBWA 4KAZA 1YITN 1EXQA 3CJAA 3EEQA 4LSNA 1TYQB 1VQNN 5C10A 2Y1IA 1RDDA 2D0AA 1YIJN 3BZKA 1TAUA 1U2VA 1FKOA 4OLAA 4FM2A 3FZLA 1VSIA 3NGIA 4B1WB 3U9DA 1ZBFA 4DV4K 1BOTO 5C15A 1U47A 4DQSA 4CECA 4X65K 4YOVA 3CJCA 1J53A 3HM8A 2O8CB 1CLQA 3U3YA 2CGKA 4M42A 5AQIA 3L2UA 1HKCA 3SUQA 3CPEA 1T44A 1GLFO 5AQHA 1VQ4N 5TKYA 4H5WA 4CJ3A 1IKVA 3CCMN 4JI7K 3LANA 2A42A 3HM9A 4YOYA 2G8WA 1QHTA 4FCYA 4IJAA 3T69A 1NK6A 4WQ5C 4E1JA 4FJHA 4UQGA 2IVPA 3AA2A 1KVAA 3L2VA 2KQ2A 4FJKA 2A5XA 3D2EB 4FWLA 4HHTA 3LDLA 1N5YA 5AQZA 4PUOA 1P8ZA 5SWMA 4CF9A 3WXJA 3J7ZO 3C6TA 1R0AA 3PSFA 2R7YA 4R5PA 3KD1E 4WFNL 4FJ9A 4BC3A 3NCIA 1JXBA 5JVGL 1NK7A 3BUZB 3MWPA 4BRPA 1LOTB 4PQUA 3MCAB 4K43A 4DUZK 1N32K 4CJRA 1KVCA 1VSEA 3AVIA 3CERA 2A1RA 3ENOA 1ESVA 4IXCA 4JYAK 5BRFA 4JKFA 4XH1A 1WB9A 3QMLA 3MECA 3ZETB 3SV4A 3A0IX 3NH2A 2HSTA 3IDHA 1CZBA 3VQDA 4BROA 2O8BA 5FPNA 4K0KK 2E20A 1S1WA 3FFIA 3VEWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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