3H3OB

Glycerol kinase h232r with ethylene glycol
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 166
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence C, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB01
4BC2A 1XQSC 1QQNA 2QM1A 3IUCA 1DGKN 3W3DA 1C0FA 2P9PA 5AQLA 5AFUA 4GY2B 1GLEG 4BR2A 4CZFA 3FFKB 4FWRA 3I33A 3MN6A 3ATVA 2E20A 2A40A 2ASPA 3VEYA 2IVPA 2E2OA 2FSJA 3BF1A 3QICA 2VYPA 5JICA 5FPNA 3F9MA 3H3NO 3MN5A 3QBWA 4PL8A 5AR0A 1K8KB 3WT0A 5F2RA 3QFPA 4FL9A 3H1QA 3QDKA 3CQYA 1QQMA 4H5NA 1X3NA 2D0PA 2QWNA 3KVGA 4HWIA 1HKBA 3VF2A 2Q0UA 4M7YA 4K41A 5AQHA 1ATRA 2FF3B 4FWMA 4XEIA 4B1WB 3WQUA 5ELZA 2NZTA 3WEEA 3LL3A 2V7ZA 1WOQA 3VERA 3ZX0A 2AA4A 3D2EA 3DXKA 2ITMA 1HUXA 3WXLA 2CGLA 3J8AA 4IJNA 4WQ4A 5FPDA 5BPMA 2BUPA 3C7NA 4BG9A 3R9PA 5BR9A 2QXLA 3FLCO 5EXWA 2VWBA 4EHUA 3A5NC 4BRCA 3C0BA 3A5MC 1XUPO 4XH4A 4MLEA 3OHRA 1HJOA 4CZKA 4CZJA 4J8FA 3R6MA 4B1ZA 3FZMA 4B9QA 1S3XA 2V52B 4BG8A 3BUZB 3SLCA 5BPNA 1KAXA 1KAYA 2GWKA 4IWVA 4JD2A 1MDUB 3DXMB 3RSEA 2P9KB 1KAZA 2J4RA 2P9SA 3GE1A 4H5VA 5AFUH 4ISGA 4PKHA 1GLLO 1QHAA 1OKJA 4DQ8A 2YI1A 3ULEA 4JHDB 4JN4A 5LJWA 4DCHA 3EL2A 3FE1A 3O6WA 3UE5A 3VESA 1GLBG 5F1XA 4RCHA 4F9OA 2A3ZA 3O08A 4H03B 2V51B 4CZGA 2NRHA 4H0YB 4HTLA 4NO7A 3FZHA 3LDOA 4BRLA 4FWPA 3GL1A 3O4WA 5JMVA 3LM2A 1DKGD 4WQ5C 1NM1A 3MN7A 4K42A 5KQ8A 5AZJB 1NGHA 4DHYA 1HPMA 2D4WA 4DB3A 2ZGZA 5ADXA 2I7PA 4MO4A 5EVZA 4H0VB 2D0OA 5BRFA 2UYTA 4BRMA 1GLJO 1JCFA 4BR7A 2Q0RA 4CBUA 4CZIA 3A0IX 5BRHA 3VGKA 3G25A 1QQOA 4FO0A 3MN9A 4GNIA 2OANA 5AQIA 3ZETA 5KPTA 1LCUA 3DJCA 5CE3A 4FWLA 2BTFA 2A41A 5F0XA 1H1VA 1T6DA 3U9DA 4CD3A 2ASOA 3EO3A 4IXCA 1NLVA 3UKUB 1GLFO 4M63C 3CQXA 4FPAA 5EX5A 3QB0A 5AQQA 2YHWA 4PKIA 3FZFA 3P4IA 5FPEA 1T6CA 1GLCG 4O5FA 1ZC6A 5LY3A 1Y64A 3LDLA 3MDQA 1SZ2A 4XH1A 5BN9A 4RWTA 1GLAG 1TYQA 4BRGA 5AQUA 5AQJA 3ZEUB 4BQZA 4H0XB 2F9WA 3AARA 4FWNA 2ZWHA 3JS6A 2P9UA 1NGGA 3IFRA 2E2NA 3H6EA 3A8YA 4JNEA 2E2QA 3ZX2A 4BRQA 3UKRA 5BPLA 2NLXA 3U4LA 3VGMA 3BF3A 5AQYA 1NBWA 1LOTB 1D4XA 3VF6A 2P9IB 1NGFA 2W40A 4B1UB 1U2VB 3VGLA 4BGBA 1J6ZA 2P9NA 3IDHA 4A2AA 5ADXH 1HLUA 4B1XB 3WXIA 2QWPA 4WQ4C 3SMPA 4Z94A 5JLFA 3A5LC 4FOIA 1BU6O 5TKYA 3EZWA 4IO8A 2D1KA 1T44A 3QMLA 1JCEA 1HKGA 2ASMA 3CHWA 3I8BA 5AZIA 1BWFO 4ISFA 3GDQA 4I6MA 2I7NA 5KPZA 4IZ9A 3IMXA 3UB5A 3VEWA 3EKSA 2P9PB 3ENOA 1ZXOA 2QWQA 4H5WA 4XH5A 3AY9A 4QS8A 3CJ7A 3O1WA 4PKGA 4O8KA 3CJBA 1KXPA 5E26A 2E8AA 2FSKA 1ESVA 3D7EO 3WXKA 2QWMA 4BQLA 4H5TA 3MK6A 3LDNA 3TPQA 3VF4A 4CZHA 2Q31A 4CZEA 4EAHD 2P9LB 1BOTO 1EQYA 4EIAA 2A5XA 4H0TB 3WQTA 4BC5A 2FXUA 1S22A 4YDUA 3D2FA 4PL7A 3JXUA 3EKUA 1MA9B 2A6AA 1SQKA 3CERA 5BRDA 1NMDA 5B8HA 4Y0WA 3UKUA 4FWOA 5AQMA 4K43A 2GEMA 3D2EB 3DXKB 1V4SA 1WUAA 4H5RA 3VPZA 2DPNA 1SAZA 4MLHA 3C7NB 3VENA 3ENHA 1BG3A 3A5OC 3VETA 2GELA 4LC9B 4FWSA 1IJJA 4H0PA 1BUPA 1IG8A 1K8KA 3GG4A 4K25A 4H0OA 3VEVA 1C0GA 1BA1A 4BVPA 4BR5A 5AQSA 3FZLA 3MMVA 4BRNA 2Q2RA 5E84A 5BN8A 4JD2B 2ZGYA 5AQWA 3O8MA 2P9SB 3HZ6A 2W41A 2YHYA 4B1VA 3CETA 4BRAA 2EWSA 1BA0A 2Q36A 4NB4A 3ULEB 3DAWA 3GBTA 2FF6A 3HBTA 3LDPA 5KQDA 4QS9A 5KPRA 1RDWX 3CJAA 1RGIA 1BDGA 4CD1A 3BP8A 4BREA 5AQNA 4BRDA 1CZAN 2E2PA 1NGEA 5JLHA 5I9EB 2WUSA 1JCGA 3ID8A 3FZKA 4CBWA 1GLDG 3TU5A 2V7YA 4BVOA 1YUWA 2CH6A 5FPMA 3L4IA 3R8EA 3DXMA 1V4TA 1ZBSA 2P9KA 1MWKA 5AQRA 3M1FA 4C23A 2Q97A 3HM8A 1XC3A 3CI5A 5AQOA 2ZF5O 2E1YA 2P9LA 1YXQA 1YAGA 4JHDA 5AQKA 4BGAA 3KHYA 4A2BA 1HKCA 5EOYA 3CIPA 2IVOA 2H3GX 2YJEA 3L0QA 1E4FT 4QS7A 4A62A 3H3OB 3O5BA 4BC3A 1NGJA 3O80A 2YCHA 2HF3A 2CGJA 2FLOA 3ZETB 4BRIA 4CJ7A 1NWKA 3HSCA 1NGIA 4FWKA 5AQPA 4BC4A 3H1VX 4AM7A 2PAVA 3LDQA 4ISEA 1R59O 3ZX3A 1E4GT 4RTFD 3S41A 1YVNA 2YHXA 4FPBA 3B8AX 3KZBA 2GWJA 2CGKA 5AZJA 3M6GA 1ATNA 3CJCA 2Q1NA 1QZ5A 5AQXA 4WYBA 1TYQB 1Z05A 4AM6A 3FR0A 4JAXA 1U6ZA 5AQGA 1NGDA 4BR4A 2HF4A 1X3MA 1NGCA 5EY4A 4EFHA 5BREA 1QZ6A 4BRPA 5LJVA 4FWQA 2P9UB 3M3ZA 2GTDA 4E1JA 4YDUC 3UKRB 2HMPA 2QWRA 2QWOA 4BROA 4B1YB 3WEEB 1DEJA 3AAQA 4FSVA 4CI6A 2PBDA 1HX1A 1MWMA 3L6QA 1ATSA 2HOEA 3SMSA 4CBXA 3WUHA 4BRHA 3O1BA 2P9NB 4L3QA 3H45C 1X9JA 3VEXA 4BRKA 1RFQA 2YJFA 3SK3A 5AQZA 3SJHA 2IIRA 4CZMA 3HI0A 3HTVA 4BRFA 1NGBA 3LM9A 5AZIB 3ZEUA 2QW9A 3AAPA 2QWLA 4WQ5A 2AP1A 4M7XA 1G99A 4I6MB 1Z6RA 2F9TA 3QFUA 2E88A 4FOEA 1P8ZA 2FSNA 4CZLA 2GUPA 2KHOA 3CJ9A 3U8XA 3RSEB 5AQTA 2P9IA 2E1ZA 2CH5A 4EHTA 2A42A 4IJAA 5AQVA 1U2VA 3ATUA 4BR9A 3CJ1A 3VEZA 3WXJA 3H46O 2IVNA 2VCPA 4KBOA 3W0LA 3FGUA 4A61A 3GOIA 1TUYA 3MCPA 3BEXA 3D2FB 1BO5O 1TUUA 1NGAA 3EN9A 3U9ZA 1Q18A 4MO5A 5AQFA 3VEOA 4BR0A 3VOVA 3DWLA 3QBXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC2A 1JJ2M 1B9FA 1DGKN 3W3DA 1C0FA 3SBTA 3OYEA 4FZZA 3T1AA 4CIFA 4FWRA 5KGWA 2E20A 1QSSA 2KFZA 3MEGA 4O55A 3CFPA 4KTWA 2HBMA 5HRSA 2UU9K 3QBWA 3VMFB 1DTQA 4U7BA 4CK1A 4E1MA 4FL9A 3H1QA 1HRHA 1QQMA 2XY8A 1M1KO 1X3NA 4W5TA 4JKEA 1QVFM 4MFBA 5AQHA 1RT3A 3D6RA 4FWMA 4PUOA 3OTOK 3CC7N 1VRUA 1J5EK 3HP9A 3WEEA 1NK8A 1WOQA 4CJPA 1W0HA 1ASWA 4Z0UA 2ATQA 2GX9A 4CEAA 2CGLA 2A1RA 4IJNA 4WQ4A 3S3NA 5HP1A 3VA0A 3AVAA 2VWBA 1A5XA 4CGIA 3A5NC 1NK4A 1XUPO 2OTJN 4CZKA 1HJOA 4B1ZA 1VQ8N 3FZMA 1WSFA 5BPNA 1IH7A 3WXMB 3LPTA 4HUEA 1MDUB 3DXMB 4DTRA 1KAZA 1E3MA 5LMNK 4H5VA 1YITN 1RT7A 3E9OA 4KHQA 4ISGA 1QHAA 5LL6Z 4KH6A 3OYBA 2I5JA 4JHDB 3UE5A 4JI8K 4E7KA 2PFUA 5DK5A 3MEDA 4H0YB 4NO7A 4BRLA 3C94A 1GOCA 2P51A 4CEBA 2QKKA 1R0AA 3V1OA 3MECA 4WQ5C 1NM1A 3SQ2A 4DLGA 4DHYA 3ITHA 1HPMA 3M8RA 3QETA 2JLEA 1YHQN 4CHZA 5BRFA 2UYTA 1GLJO 4E89A 1K8AO 2Q0RA 4JKGB 4C8LA 3SYZA 3VGKA 3CPEA 3VQCA 3OS1A 2OPPA 2P5OA 4IEEA 4CFBA 2OANA 3WNGA 1ASVA 3THXA 3CM5A 5F0XA 2A41A 1H1VA 1T6DA 2ASOA 4QAGA 4IXCA 1NLVA 2YHBA 4JLHA 3THYB 1JLCA 4YOVA 4HHTA 3HXMA 3I0RA 3CQXA 5EX5A 3QB0A 5AQQA 3FZFA 4LFCK 4CGHA 1T6CA 2E6MA 1GLCG 4CEFA 1SZ2A 4XH1A 4IFEA 5H1SQ 3K9JA 4DFPA 4ELUA 4BDYA 1CZBA 2HHXA 2OYQA 4H0XB 1XI1A 1S1TA 4LFBK 4KHSA 3HRGA 3A8YA 5IWAK 4FCYA 3C65A 2VG6A 3DLGA 5HLFA 4B3SK 3U4LA 3BF3A 2HBKA 2ZJRL 3P31A 3ZT4A 1TKZA 3VF6A 3PSIA 4X64K 2XRIA 4OKEA 4CEZA 4OGEA 3J80O 3DI6A 4CIGA 4YOTA 3ZT3A 1A5VA 4BGBA 1QS4A 1YJWN 3CQ8A 1C1BA 5IT9O 5GAEP 1Q86O 3O9TA 4L8RB 4OPAA 4CE9A 5KPZA 4Z4CA 4M3XA 3VEWA 1LW0A 1JLFA 4CHQA 2NUBA 1W97L 1WB9A 3AY9A 1NNEA 1S5JA 4O8KA 1KXPA 3CJBA 3HT3A 4CJKA 3K5LA 4BQLA 3O4NA 1QHTA 4CZHA 2P9LB 1BOTO 1EX4A 1G15A 3G10A 4CGJA 3MXMA 3A2FA 1EQYA 4YNQA 4DTMA 1YF5L 4CK3A 4BC5A 4YDUA 3E66A 4PL7A 1T8EA 4BE2A 1MA9B 2YV0X 4DQSA 4DWIA 1NKEA 1NMDA 4Y0WA 3TAPA 4CJ5A 1KVCA 3CFRA 4CJLA 1BQNA 4PQUA 1VSEA 4H5RA 4CECA 2HHHK 3S3OA 3VPZA 2DPNA 1QSYA 4IBNA 3VQAA 3M5RA 4HTUA 4DF8A 4LC9B 4X65K 1NKCA 1IJJA 1M90O 2ZM6K 1K8KA 4JKCA 4K25A 3VEVA 1NMNA 1VQ6N 4FXDA 1Z26A 4BRNA 3C95A 2Q2RA 1WNSA 4KRFA 1RTHA 2WOMA 3ZSWA 4NLBA 3G4SN 4M3ZA 4KB0A 4B1VA 2EWSA 4M3UA 4FK2A 3LWLA 3GBTA 3CCSN 4UY8O 4C8MA 3CCUN 4AHVA 1RGIA 2B5JA 1BDGA 3BP8A 4GV6A 3CC2N 4CGDA 4B3TK 1CZAN 1XC9A 4DMNA 4CF2A 3OBWA 2WUSA 5I9EB 5JLHA 1K73O 1BHLA 3JSMA 4HUGA 1SKWA 3THWA 2DFFA 4NXNK 2V7YA 4KHUA 5FRMA 4DSFA 3SAHA 4BACA 2IOCA 3EY1A 2ZJPL 3R8EA 1LAVA 4LF4K 1ZBSA 2P9KA 3RRGA 5AQRA 3RWUA 1N32K 3HPHA 3WNFA 4OKJA 2P9LA 5AQKA 4A2BA 1HKCA 3CIPA 4YOWA 2D0CA 3AO1A 1WBBA 2RHKA 2YJEA 1EO1A 4QS7A 4A62A 4CESA 3H3OB 3L8BA 1NGJA 3DLRA 3O80A 2O8CA 3ZETB 1RT6A 3SZ2A 4CJ7A 3LAKA 4CVNE 3THVA 4BC4A 2PAVA 4FJKA 3ZT1A 1HYSA 3T19A 4IFVA 3O9QA 4DTOA 1YVNA 1QSLA 3AGRA 3NAEA 2CGKA 5AZJA 3ZSYA 4FJIA 4FLYA 5AQXA 4WYBA 1YI2N 3FR0A 4EP4A 5AQGA 1ZYQA 4BR4A 3K5MA 2G8WA 2D5RA 3L2RA 1QZ6A 5KI6A 2QTDA 5LJVA 2P9UB 3M3ZA 4RW4A 4CHYA 3QEWA 4E1JA 1SUQA 1BCOA 3UKRB 1S1WA 3TAEA 4GV3A 3OYAA 1KRPA 2KQ2A 4W5RA 1LW2A 4Y1DA 4DKWA 3VQ8A 1MWMA 2HOEA 3SMSA 4OGCA 3ZT2A 3SK3A 2UUBK 3CCQN 5AQZA 2ITGA 3O3HA 2IIRA 3PO4A 4BDPA 2P1JA 1BI4B 4BRFA 4OVLA 2OTLN 4IEIA 4Z4IA 4IOAL 3ZEUA 1TKXA 2AP1A 1G99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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