3H3OB

Glycerol kinase h232r with ethylene glycol
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 166
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence C, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB01
3H1VX 4GY2B 3QFPA 1E4GT 3QBXA 4BVPA 1BU6O 2AA4A 2NZTA 4L3QA 4O8KA 2F9WA 4EHTA 4QS7A 3O08A 2IIRA 3QB0A 4M63C 3B8AX 5AQXA 5LJWA 4CZLA 2NLXA 3WQUA 1BA1A 3S41A 1OKJA 4BRKA 3VF6A 1DKGD 3P4IA 3DXKB 3VERA 1CZAN 1U2VB 4FWMA 5AQPA 4B1WB 4FL9A 1NWKA 3MN9A 2P9IA 1GLEG 2QW9A 3ID8A 1QHAA 2HOEA 4BR5A 5AQHA 3CJ1A 3ZX3A 2CH5A 2EWSA 3HSCA 1E4FT 1NGFA 3ZEUA 2V52B 3L4IA 5F1XA 2Q97A 3VGLA 2V7ZA 1BUPA 1U2VA 2QWOA 1J6ZA 2E88A 1C0FA 3QBWA 4WQ5C 4CZEA 2Q1NA 3D2EB 3L0QA 1WUAA 4AM7A 3CQXA 4JAXA 1KAYA 2HF3A 4BQZA 3TPQA 4BG8A 5BPNA 3C7NB 3DXMB 4BC5A 4BRIA 1QQOA 3UKUB 1JCEA 2H3GX 4BREA 3CETA 3QMLA 4EAHD 2GTDA 3AAQA 2Q0UA 4J8FA 3GDQA 3WUHA 4BC4A 3CHWA 2P9LB 4K42A 5AZIA 5AQOA 3CJ9A 3F9MA 3C7NA 1Y64A 4YDUA 3SMSA 3UKUA 3H6EA 2FLOA 1NGIA 4CD3A 4CZKA 2CGJA 3FZFA 4H5VA 2VWBA 3MDQA 1ZC6A 3VENA 1NGBA 4H03B 4BG9A 4BQLA 2ASMA 3H1QA 2CH6A 2QWRA 4CBWA 2HMPA 5AR0A 4H0VB 4WYBA 5F2RA 2PAVA 3VF4A 2P9KB 5AQRA 4K41A 1X3MA 5KQDA 2E1YA 5EX5A 4CBXA 2IVPA 4DHYA 4I6MB 2P9UB 4BR7A 2A6AA 4CBUA 1T6CA 3WXKA 4BROA 5KPRA 4Y0WA 3A5MC 1IJJA 3CJAA 3QICA 2P9KA 4M7YA 4C23A 1YXQA 1S3XA 3M6GA 5BR9A 3I33A 2P9UA 4RCHA 2P9PA 4DCHA 2VYPA 4BRDA 3I8BA 5KQ8A 2Q0RA 1T6DA 3IDHA 1YUWA 4A2BA 5BN8A 4QS8A 2V51B 3DWLA 2IVNA 3ULEB 2F9TA 1RGIA 3ENHA 3SK3A 1KAZA 3TU5A 3U9ZA 2FSKA 3FZLA 4EFHA 3ZETB 2E8AA 2A42A 1HLUA 1ZXOA 1IG8A 1MA9B 1MWMA 3A0IX 3FZKA 4AM6A 5BRFA 4IWVA 4CJ7A 1BWFO 3VETA 2QM1A 3LDOA 3ULEA 3LDLA 3SLCA 5ADXA 1JCFA 2Q2RA 3FZHA 1HJOA 1GLJO 3ZETA 2D0OA 4FWRA 5BPMA 4JHDA 4BRQA 3JXUA 2A3ZA 4XEIA 5CE3A 2UYTA 5AQNA 3R9PA 5LJVA 1Z05A 3FFKB 4FO0A 4HTLA 4PL8A 1SAZA 3JS6A 3MCPA 2FXUA 4WQ5A 3FR0A 5AQMA 5E84A 3GG4A 5FPMA 2ZGZA 2E2OA 1GLCG 3MN7A 2DPNA 1LCUA 3MK6A 2Q31A 1NGCA 3ATVA 4WQ4C 4ISFA 3FZMA 1Q18A 1GLBG 3R6MA 2VCPA 4BGAA 2FSJA 1NGDA 1SZ2A 3DXKA 3U8XA 3UKRB 3KHYA 1JCGA 5AQVA 1TYQB 4PKHA 5F0XA 2KHOA 2E2PA 2I7NA 5BRHA 5AQLA 5EOYA 2ASOA 5ADXH 4B1YB 5BPLA 2YHXA 5AQJA 4B1XB 2YCHA 1QZ6A 1GLAG 3HM8A 1V4SA 5ELZA 2NRHA 3UKRA 3EO3A 4BRAA 4H0XB 3H46O 4H0TB 4EHUA 1DGKN 1TYQA 2FF6A 1HKGA 5AQGA 3AAPA 5AQQA 4MLEA 3D2EA 4FWOA 1X3NA 3QDKA 4JN4A 4B1VA 1MWKA 5AQTA 5AZJB 3ZX0A 3H3OB 1HKBA 3RSEB 3DXMA 1BDGA 3W0LA 4BRMA 4BGBA 1NLVA 3WXLA 1GLFO 5AQWA 3LL3A 5AQKA 3EZWA 4FWPA 2AP1A 5TKYA 1KAXA 1GLLO 2GWJA 4FPAA 3VEYA 1WOQA 1S22A 2A41A 2P9LA 3BF1A 2ASPA 4EIAA 3RSEA 4FWSA 2V7YA 4O5FA 3A5LC 3LDNA 4FOEA 5AQZA 3QFUA 5FPNA 3VEOA 3MMVA 3WEEB 5LY3A 3HBTA 2YJFA 2E2QA 1TUUA 1HKCA 4BC3A 3M3ZA 4FWLA 2P9SB 2QWMA 1R59O 3VESA 3VEWA 5EXWA 4BR9A 4BC2A 4B1ZA 1HUXA 3WEEA 4F9OA 4B9QA 3LM9A 1SQKA 4I6MA 3SJHA 1QQNA 3KZBA 5KPTA 2OANA 1BG3A 5EVZA 3MN5A 3VGMA 3BF3A 4XH5A 4BRLA 4Z94A 4CZIA 1RDWX 1TUYA 1XC3A 3AARA 3O8MA 3VGKA 4CZGA 2WUSA 1T44A 4GNIA 4BRHA 3LM2A 1G99A 3ENOA 4B1UB 2GEMA 3EL2A 4IZ9A 3AY9A 2QWLA 5BREA 3EN9A 3H45C 3D2FB 2P9NB 3M1FA 1GLDG 5JICA 5FPEA 4WQ4A 4H0PA 1P8ZA 2W40A 5B8HA 4H0OA 3R8EA 2QXLA 4A61A 3A8YA 4BR2A 4FOIA 4DQ8A 5AQYA 1YVNA 1KXPA 2ZWHA 4K43A 1RFQA 3VEZA 3C0BA 2HF4A 3O4WA 2ZGYA 1EQYA 2W41A 3CI5A 1NGEA 4K25A 5BN9A 3G25A 4NB4A 3HZ6A 2YI1A 2QWPA 4JD2B 4A62A 4BRFA 2E2NA 3W3DA 1Z6RA 4IJAA 2P9IB 5AFUA 3FLCO 4QS9A 3ATUA 3BUZB 4FWNA 3CIPA 3IMXA 1BOTO 3ZEUB 3HTVA 4FWQA 5AQIA 4JD2A 2FF3B 3A5OC 4H5RA 5JMVA 5I9EB 4XH1A 2QWQA 1ESVA 1LOTB 4H5WA 4JNEA 5BRDA 3WXJA 2GUPA 2BTFA 4IJNA 1XUPO 4BRNA 4CD1A 1K8KB 4FSVA 1ATSA 3SMPA 3VPZA 2GELA 3WQTA 5AQUA 2CGLA 3GE1A 2ZF5O 2Q36A 3O6WA 4CZHA 4BRPA 4MO4A 1BA0A 1K8KA 3LDPA 3EKSA 2BUPA 3O1BA 4ISGA 5AZIB 2I7PA 1H1VA 5AFUH 1QQMA 3CERA 5E26A 3FGUA 4PKGA 4BR4A 4NO7A 2D1KA 5AZJA 2J4RA 1NGAA 3CJCA 2ITMA 1NGJA 1MDUB 4BRGA 4CZJA 2D4WA 4DB3A 3VEVA 3U4LA 5FPDA 1BO5O 1NGGA 5EY4A 4BVOA 5JLHA 5AQSA 3LDQA 2YJEA 1U6ZA 3WXIA 4ISEA 3EKUA 3KVGA 3O5BA 3UE5A 3VF2A 4H0YB 3IUCA 4RTFD 1HX1A 2PBDA 3FE1A 2A40A 3ZX2A 4RWTA 3H3NO 2P9SA 4HWIA 3IFRA 4A2AA 3WT0A 1X9JA 4FWKA 4PL7A 1ATNA 1HPMA 4YDUC 4H5NA 2P9PB 2E1ZA 1C0GA 3CJ7A 1XQSC 4LC9B 3CJBA 4CI6A 1NM1A 3HI0A 3GL1A 1YAGA 3L6QA 5AQFA 2CGKA 3J8AA 3UB5A 3VEXA 3OHRA 3A5NC 2A5XA 4FPBA 2FSNA 4CZMA 1QZ5A 3BEXA 4BR0A 3U9DA 4H5TA 3GOIA 2QWNA 1ATRA 3O1WA 2E20A 4M7XA 4PKIA 1NGHA 2D0PA 3DJCA 1V4TA 3BP8A 1NBWA 5JLFA 3O80A 3DAWA 4E1JA 1ZBSA 4IXCA 2GWKA 4XH4A 3D2FA 4KBOA 2P9NA 4IO8A 4MLHA 3VOVA 3GBTA 3D7EO 4JHDB 3MN6A 4MO5A 4BRCA 5KPZA 1DEJA 4CZFA 1NMDA 3CQYA 2YHYA 1D4XA 2IVOA 2YHWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y1IA 3QETA 3HT3A 1VHXA 3ZSZA 3I55N 4BDYA 2YKNA 2F9WA 3MXJA 1IKYA 1LW2A 5C15A 4FXDA 3B8AX 5LJWA 1BA1A 1REVA 4BRKA 4DS4A 1DKGD 2OZMA 3P4IA 3RRGA 3VQEA 1CZAN 1J53A 4B1WB 4DUZK 1NWKA 1W9HA 1NJYA 2KZMA 2QW9A 3RMAA 1QHAA 2HOEA 3T19A 5AQHA 4LY7A 3ZX3A 3G6EN 1Q7YO 4LF7K 3VQ4A 2EWSA 3NMUA 1NGFA 5FDLA 2V52B 2V7ZA 3OYNA 1BUPA 1VQ7N 4DU3A 2QWOA 4FK0A 3NHGA 4WFAL 4F3OA 1C0FA 3QBWA 4CZEA 4M45A 3DRRA 2HHQA 3CPWM 1RDUA 3ZT0A 1JLCA 4AM7A 1C6VA 4CJSA 4DQRA 3C7NB 4BRIA 1QQOA 4JRQA 4JKHA 1A5WA 2H3GX 3QMLA 4AHTA 4F3TA 4DF8A 4AF1A 1HNWK 4J8FA 1EXQA 3WUHA 4BC4A 3CHWA 5AZIA 4X62K 5AQOA 3HOTA 3AA2A 3C7NA 2HHSA 4Q0BA 4OJRA 3SMSA 3H6EA 3HM9A 4CEZA 3L3UA 2FLOA 4CD3A 3WNEA 4FJ8A 3VTHA 3VQBA 1NGBA 4BG9A 4WCEL 3MXIA 3HPGA 1LWCA 2P51A 2QWRA 2VG5A 5AR0A 1VSDA 4C1NK 1WB9A 3VF4A 5AQRA 5KQDA 2G8HA 3SAGA 4CBXA 4DHYA 2A6AA 4CBUA 1T6CA 3ITHA 4Y0WA 3E9LA 1DLOA 3M5RA 2VG7A 4FZZA 4M7YA 4B9VA 4DV1K 4DMNA 3QESA 4I9LA 3PV8A 4FM1A 3IRXA 4DTXA 5J2PA 4DCHA 3AVKA 4BRDA 3I8BA 4DTSA 4B9SA 4J2EA 3AVHA 4JEPA 4JI8K 2V51B 2IVNA 2F9TA 3ENHA 1KAZA 2FSKA 4EFHA 1W2BM 1X9SA 3ZETB 4E89A 2A42A 2DFEA 1ZXOA 4DTRA 3CYMA 3A0IX 4AM6A 5GIOA 3C95A 4CIFA 4RW9A 2ZE2A 1RT4A 4OPJA 3K58A 3ZETA 1HYVA 2NRTA 5M1PA 4OPHA 5M1QA 3SI6A 5LJVA 3PX6A 1M90O 2DFHA 1Z05A 4DSKA 4N76A 3OYKA 4C8OA 4N5SA 1IKXA 5E84A 3GG4A 5FPMA 1YTAA 2DPNA 1LCUA 3MK6A 4JI6K 4OPKA 1EP4A 1CZ9A 2YNGA 3L2UA 4ISFA 3FZMA 3PO5A 3QLHA 1LAWA 2FC0A 4BY9C 3U8XA 4DG1A 1RILA 3UKRB 1QQCA 2HNYA 3RMBA 2E2PA 3HYFA 3T1YK 3HOSA 3BDPA 2YHXA 4DFKA 4B1XB 1NK4A 1KSPA 3HVRA 1QZ6A 4DU4A 1N8RO 5ELZA 3UKRA 1HKGA 3AAPA 1U4BA 3CCSN 1JLQA 1OVYA 4MLEA 4LFCK 4PY5A 3TI0A 3QDKA 3LWLA 1MWKA 2X6NA 5AQTA 1KVAA 4FK4A 3L2WA 4FLXA 1E3MA 3O4QA 1HQUA 1I3AA 4X64K 1U47A 4X66K 3EZWA 3PX4A 3OYFA 1GLLO 2GWJA 4FPAA 4AILC 4IOAL 1J5OA 2ASPA 4KH5A 4EIAA 4M3UA 4R5PA 4FWSA 2V7YA 3K0SA 3VQQA 4GVEA 5M1FA 3VQ9A 4HUEA 5LY3A 1TUUA 1HKCA 3NGZA 1S6QA 3AGRA 1X9MA 1OH6A 4CGFA 1Z25A 1NK9A 1K9MO 5IWAK 1R59O 4WFNL 2G8UA 4O0IA 1NK0A 1TKXA 2IS3A 1A5XA 4QCLA 4B9QA 4JI4K 2NRXA 1L3UA 5C0YA 4Z94A 3KK2A 2Z1IA 4H8KA 2X74A 1NOZA 1VSLA 4GVMA 3AARA 4CZGA 3F9KA 2WUSA 2YKMA 4DV2K 4KFBA 4BRHA 1VQ5N 3ENOA 4B1UB 3THWB 1W97L 4IDHA 4MDAA 4MFBA 3EN9A 1YJNN 3PO4A 3C6UA 2P9NB 3B6OA 1TAUA 2WONA 1BISA 1IKVA 4H0PA 3VN5A 2W40A 3LP2A 4FLUA 1ZBUA 4H0OA 5KRTA 1YVNA 3THWA 1ZBHA 2F7TA 4PHTX 4HCCA 1RFQA 3VEZA 4DU1A 2YX6A 4CE9A 4OKKA 1S9EA 1QSSA 1EQYA 3ASMA 4W5NA 3CCUN 3G25A 3AVFA 5DMRA 1IBMK 2QWPA 1QSYA 4M3XA 5HP1A 4BRFA 1W0HA 2E2NA 4JS4A 2O8CB 4ID5A 2P9IB 4QS9A 4CJ5A 3BUZB 3IMXA 4U7BA 4NCAA 4A59A 4CJTA 2JGUA 3S3MA 5AQIA 4YOVA 2R7YA 4H5RA 5I9EB 2O8CA 4XH1A 1KQSM 1ESVA 1LOTB 4JNEA 4B9TA 1WAFA 2GUPA 4I7FA 4RW6A 4JI2K 1ATSA 1T8EA 1KC8O 1RTDA 4KTZA 3ZSRA 1JLGA 3DI6A 2ZF5O 1WBDA 2Q36A 5HBMA 4YOYA 1NJWA 3LDPA 4JKGA 2BUPA 3O1BA 3AO4A 3SV4A 4KB1A 4KREA 2I7PA 3SV3A 2W42A 2BANA 5E26A 4MDBA 3NF8A 3CCLN 4NO7A 4B3SK 1GOAA 3D6RA 1T3VA 3U4LA 1QVGM 1L5UA 4A57A 2HVIA 5EY4A 3QERA 3LDQA 4I2QA 3HPOA 5LMNK 4DQPA 2WOMA 4Z4IA 4M42A 1I39A 2DFFA 4DV6K 4IG3A 3CFPA 1VSEA 4OVLA 4CIGA 1VRTA 2G8FA 1OH7A 1VQ9N 3NVMA 4HWIA 3OYHA 4A2AA 3WT0A 1L3TA 1X9JA 1Y97A 3KD5E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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