3H3OB

Glycerol kinase h232r with ethylene glycol
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
b'EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 166
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence C, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB01
3ULEA 4H5TA 2OANA 4BROA 4CI6A 5BPLA 1NGCA 1J6ZA 3SMSA 4CZKA 2VCPA 3JS6A 4IZ9A 2ZWHA 4HWIA 4ISEA 5AQQA 1ATSA 3DXMB 2W41A 2V51B 4YDUC 1BOTO 4CD1A 5AZIA 5BN8A 1U2VA 4H5NA 4J8FA 5F2RA 2YCHA 3C7NA 3MK6A 4H5VA 3WEEB 3LL3A 4ISFA 3AAPA 3VF4A 2V7ZA 1BWFO 3ATVA 1OKJA 2P9PA 2GELA 2P9KA 4CZGA 3L4IA 2CGJA 4BREA 4CBWA 3WT0A 5ADXA 2E2NA 1MA9B 1QZ5A 3WUHA 5AQLA 4LC9B 3UKUA 3WQTA 1E4GT 4FWSA 3WXKA 2E8AA 3VGLA 1YAGA 3CJAA 4H5RA 3VETA 5AFUA 2GTDA 2QWLA 4XH1A 3GE1A 2QXLA 3GG4A 2E2PA 2I7PA 4BRQA 2A42A 2HOEA 5AQIA 3CHWA 1TUUA 4EHTA 2CGLA 3M6GA 3KZBA 5FPEA 4A2AA 5E84A 4DQ8A 5JMVA 1YVNA 4A2BA 1JCEA 3UE5A 4BQZA 4M7XA 4H0PA 3WXIA 4BR5A 3H46O 2BTFA 3CERA 2F9WA 4B1VA 2P9SA 5BPNA 3FE1A 5AFUH 2P9UB 3VENA 4FWMA 2ASMA 1Z05A 2A3ZA 2YJFA 5AQHA 3U9ZA 3H1VX 3W0LA 4YDUA 2P9LB 2HF4A 1S22A 5BR9A 4FWOA 2AA4A 2ASOA 3AAQA 4BR4A 4FSVA 1GLCG 2FF6A 3FGUA 3EZWA 2E1ZA 2UYTA 3O1BA 1IG8A 3CQYA 3L0QA 4H0XB 4XH4A 4B1UB 2QWRA 3CI5A 2P9LA 5AQUA 1NWKA 3SMPA 2CGKA 1NGGA 2GWJA 2DPNA 4PKIA 5AQFA 4WQ5C 2D4WA 3ENHA 2A41A 5I9EB 4O8KA 4BVOA 3CQXA 1XC3A 5KPZA 4BRMA 4BQLA 5BRHA 2Q31A 4IXCA 2D1KA 1QQMA 4CZJA 4B1YB 2FLOA 1K8KB 3BUZB 2P9NA 5AQJA 3VGKA 1TYQB 1NGIA 4EHUA 2IIRA 4B1ZA 2F9TA 5AQRA 1ZC6A 1JCFA 2NLXA 3HBTA 3LM2A 4CBXA 5AQKA 4JD2A 3U9DA 3VESA 5E26A 2I7NA 2A5XA 4XH5A 3BF1A 3LDQA 4L3QA 1H1VA 1GLBG 3QBWA 3VERA 1GLAG 3DJCA 4KBOA 1RDWX 5AQGA 1NGBA 1KAXA 1BA1A 5KPTA 2YHYA 3FFKB 2QWPA 2QWOA 1BA0A 3A5LC 3MMVA 3CIPA 3FZHA 3OHRA 5BPMA 4F9OA 4K42A 3CJ7A 3R9PA 5B8HA 1RGIA 4H0YB 1GLLO 3TU5A 2Q97A 2WUSA 4BVPA 1T6CA 4BC4A 3A5MC 2IVPA 1X9JA 2AP1A 3MN7A 3P4IA 3BEXA 4JHDA 3O08A 5FPDA 4FWPA 3H1QA 4WQ5A 2ZGYA 3TPQA 4FO0A 1T44A 2FXUA 2ITMA 4DHYA 3DXMA 3BP8A 1HKCA 3DXKB 2QW9A 4MO5A 3ZEUB 2NRHA 3HSCA 1DGKN 1ZBSA 1P8ZA 5LJVA 2A40A 4B1XB 5AQXA 2QWQA 3WEEA 1YXQA 4CZMA 4JN4A 1R59O 1BUPA 5BRFA 4AM6A 5AQVA 3EL2A 3F9MA 2FF3B 3HTVA 1U6ZA 4H0TB 1EQYA 2FSJA 2ASPA 1SZ2A 1WUAA 3FZFA 4BR7A 3D2FB 2QWMA 3CETA 3EN9A 3FZMA 4BRPA 1S3XA 2W40A 1NGFA 2ZGZA 3B8AX 3LM9A 4QS8A 1ESVA 3GL1A 4BG9A 2A6AA 3O80A 3R8EA 1Q18A 4Y0WA 1YUWA 5KPRA 4M63C 4WQ4C 2Q0UA 4CZFA 1RFQA 3G25A 4I6MB 2EWSA 3FLCO 5AQMA 5AZJB 4BRHA 1NGJA 3GBTA 2Q1NA 2YHWA 3CJ9A 3MCPA 4H03B 3RSEB 3I33A 1XUPO 2P9UA 4FOEA 4JNEA 1JCGA 1DEJA 3AY9A 3QMLA 4IJAA 4EAHD 3UKRB 2Q0RA 2PBDA 1TUYA 4EFHA 4C23A 3VEOA 2GUPA 4MO4A 4FWRA 1NBWA 2H3GX 2QM1A 3VEYA 3VGMA 3VEVA 3J8AA 2IVOA 4WYBA 3M1FA 2V52B 3D2EB 4BRKA 3HM8A 3ZETB 4FWLA 2Q2RA 4BRAA 1GLDG 4GY2B 3IMXA 3QDKA 4GNIA 1ATNA 1Y64A 4EIAA 2E2OA 5CE3A 3O4WA 5F1XA 3SK3A 3O1WA 5JLHA 1K8KA 4BRFA 4AM7A 4NO7A 4CBUA 2QWNA 3WQUA 1TYQA 2PAVA 5KQDA 3MN5A 4CZHA 1HPMA 1Z6RA 3QICA 3VOVA 4WQ4A 2YHXA 3VF2A 3CJBA 1CZAN 4BRNA 2YI1A 2GWKA 5LY3A 5JICA 2VYPA 3A0IX 5KQ8A 1QQNA 3ENOA 2ZF5O 4BR2A 3O6WA 3ULEB 4FPAA 1BG3A 1HLUA 3VPZA 4CZIA 2HF3A 1KAZA 4ISGA 4K25A 4QS7A 3U8XA 4RTFD 3CJCA 5AQYA 3ZX3A 4MLHA 3QFPA 5LJWA 2D0OA 1E4FT 1NM1A 3AARA 5BN9A 4H0VB 4K43A 5AZIB 1U2VB 1G99A 2FSKA 4BG8A 3DWLA 3C7NB 3KVGA 3GDQA 1ZXOA 5AQOA 2Q36A 1NMDA 4Z94A 3EO3A 4PL7A 1MWKA 1NGAA 1X3MA 2P9PB 3DXKA 4BRDA 3ZEUA 2P9KB 1V4TA 4MLEA 4DCHA 3SJHA 2P9IB 4IJNA 3UKUB 2BUPA 1D4XA 4H5WA 3O5BA 1HKGA 3EKSA 2P9IA 3I8BA 3HZ6A 4BR0A 4HTLA 5BRDA 3ZX2A 1LOTB 3UB5A 1KXPA 5EVZA 3QBXA 1KAYA 3C0BA 3D2FA 1BO5O 4BRGA 4B1WB 5BREA 3EKUA 2E88A 4FWNA 5FPMA 4CJ7A 5AQPA 1C0FA 2E2QA 4E1JA 2P9SB 3WXLA 3IDHA 4BR9A 3M3ZA 2V7YA 1X3NA 4PKHA 1QZ6A 3BF3A 1QQOA 4NB4A 5F0XA 4CZEA 2CH5A 3JXUA 1DKGD 5EXWA 2NZTA 4I6MA 4IO8A 5AZJA 2KHOA 4CZLA 4FWQA 4BC2A 4BRLA 4FOIA 4BRIA 3DAWA 3ID8A 3KHYA 1C0GA 4K41A 3VEXA 5FPNA 1BU6O 3RSEA 5AQWA 5EOYA 3MDQA 3R6MA 1NGDA 4FL9A 3H3NO 3UKRA 1XQSC 3IUCA 5EX5A 4O5FA 3A8YA 3FZLA 3A5OC 4JAXA 4PKGA 5AQZA 5EY4A 1ATRA 3MN6A 3VEZA 1QHAA 4RCHA 3ATUA 4BRCA 2YJEA 3WXJA 3ZX0A 1T6DA 4FWKA 1NGHA 1HJOA 5AR0A 3D2EA 3S41A 4BC3A 5JLFA 1HKBA 1WOQA 2P9NB 5AQNA 3IFRA 3LDOA 3ZETA 1NLVA 3LDPA 1HX1A 1LCUA 1GLFO 1GLJO 2FSNA 1HUXA 1BDGA 2E1YA 3GOIA 2IVNA 4JD2B 4M7YA 3SLCA 3H45C 2CH6A 4FPBA 2VWBA 1GLEG 1V4SA 3W3DA 3CJ1A 1MDUB 1IJJA 2J4RA 4CD3A 3A5NC 5AQTA 2GEMA 3LDNA 4QS9A 3HI0A 3VEWA 4A62A 4BGBA 4RWTA 4B9QA 4BC5A 3O8MA 2HMPA 3VF6A 2E20A 3H3OB 2D0PA 1MWMA 5TKYA 1NGEA 3FR0A 4DB3A 3QB0A 4H0OA 5ADXH 4IWVA 4XEIA 3U4LA 4BGAA 3FZKA 4PL8A 3QFUA 1SQKA 1SAZA 4A61A 3L6QA 5ELZA 3LDLA 3H6EA 5AQSA 3MN9A 3D7EO 4JHDB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M42A 1BCMA 4H5TA 4CI6A 3TAQA 1WSEA 4X62K 1ZBHA 1J6ZA 3SMSA 2RE2A 2VCPA 3CCJN 5AQQA 4IOCL 1ATSA 5HP1A 1JXBA 2W41A 1NK0A 4K8XA 1BOTO 5BN8A 4B9LA 1FKPA 2YCHA 3C7NA 4OVLA 1XHZA 3AVCA 4IO9L 3KK1A 3ATVA 3TARA 2P9KA 4CBWA 1MA9B 3WUHA 5CHIA 4FJNA 4N56A 5C42A 4FJMA 4LC9B 3UKUA 2W6LA 3HYFA 3WXKA 2E8AA 1YAGA 3PIPL 3CCLN 4H5RA 1TL3A 3VETA 2XO7A 5K14A 4XH1A 2E2PA 3K9JA 1RNHA 4KHPK 1TKXA 1A5WA 3K2PA 3AGRA 3KLEA 2F7TA 3AGKA 5E84A 1JCEA 3UE5A 1ZBFA 1K73O 3E66A 3CERA 5M1QA 5FLXO 5BPNA 3CCVN 4ILGB 4J2AA 1VSHA 1KVCA 4CF8A 3RVCA 3U9ZA 3AO2A 1HQUA 3Q7BA 2P9LB 1S22A 1U48A 2AA4A 2ASOA 4NCGA 4M3ZA 2OZMA 1IBKK 3VQ9A 4ZTJA 3FGUA 4OPHA 2UYTA 4DSIA 4ZTFA 4FXDA 3DLKA 2QWRA 1NWKA 3F73A 3CC4N 1NGGA 3K5OA 1FK9A 1TK5A 2I5JA 3VQQA 4WQ5C 4M3XA 5I9EB 4JRPA 4CFCA 4H4MA 3CQXA 3MXMA 1EP4A 4BRMA 4BQLA 5BRHA 1L3SA 4CJSA 4KV8A 4JI3K 3C6AA 3PUFA 2YKMA 2FLOA 3BUZB 3VGKA 3NF7A 3OYJA 5J2PA 3NAEA 5EU7A 2XRIA 3ISNC 2G8IA 2F9TA 3OYBA 3NGIA 3L2UA 4DSKA 5AQKA 4J2DA 3VESA 3PLAA 2I7NA 2RN2A 4OKKA 2A5XA 1C6VA 5DMRA 2VG5A 5M1FA 4LF6K 3DM2A 1JLGA 5DM7L 2OTLN 3AVAA 3MWTA 4KHQA 1KAXA 1BA1A 4HTUA 3VQ6A 3FFKB 3CC7N 1W0HA 4K42A 1RGIA 3CCSN 4GMJB 3TU5A 1TKTA 1NU0A 4WE1A 2E6LA 2Q97A 4BVPA 3WNGA 3THXA 1T6CA 1I39A 2VWKA 4BC4A 2GV9A 4IG0A 1K9MO 1X9JA 2AP1A 5FPDA 4DWIA 4FWPA 3H1QA 3MAQA 4WQ5A 1C0TA 2ZGYA 3EE8A 4HUEA 2FXUA 4Q0BA 3WNFA 3I8DA 3F2KA 4IDKA 3OY9A 3DXMA 3LWMA 2NRXA 4GKJK 4DU1A 3ZT2A 4JKHA 4CZMA 4JN4A 1R59O 2WONA 3A2FA 5BRFA 4FLXA 5DK5A 4BACA 2Z1IA 3OTOK 4CJWA 2ASPA 3AO5A 3SZ2A 3HO1A 4BR7A 3EN9A 4JEPA 4BDPA 2JWKA 3ZSYA 3P39A 1S3XA 2W40A 1X1PA 1NGFA 1EETA 3LM9A 4QS8A 3GL1A 3M8PA 2A6AA 4CGHA 1TAUA 3R8EA 3LPUA 1YUWA 2XY8A 2G8HA 3PO4A 1X9WA 2Q0UA 3G25A 4I6MB 5AQMA 4R5PA 4YORA 4BRHA 5CYMA 3ALYA 3NE6A 3GBTA 3VTHA 2Q1NA 1LWEA 3ID6A 4H03B 3CG7A 3RSEB 3QIPA 5KRTA 3OYGA 4FJHA 1XUPO 4FOEA 4JNEA 1DEJA 2KFNA 4KTQA 3EYZA 3D0PA 3RR7A 4DG1A 3OYNA 1N36K 2GUPA 3O3HA 3L8BA 4JRQA 3VEVA 1N8RO 2IVOA 4WYBA 1QTMA 4CF0A 3ZETB 1WNSA 4RG8A 4GY2B 1VSIA 4DV7K 4GNIA 1DTQA 3IAYA 4CF2A 2A1RA 3CFRA 4FJ7A 2X78A 1VK0A 5F1XA 3SK3A 3JSMA 3IRXA 4AM7A 4IDHA 1F21A 1YITN 1TYQA 3KJVA 5KQDA 3R1XA 5J2NA 5M1NA 1QSLA 3QICA 3SUOA 3VF2A 2G8FA 3CJBA 1IKYA 3L3VA 4IBNA 2BE2A 2Y1IA 2HHVA 2VYPA 4FK0A 5E41A 1IH7A 2E4LA 4OLAA 4AH9A 1NKEA 4FPAA 1BG3A 4IFYA 4LH4A 3SAFA 3RR8A 1XMOK 5FRMA 3CJCA 3VQ7A 1L3TA 2OPPA 4JK8A 1VQNN 4WFBL 2D0OA 1NM1A 4GKKK 3AARA 1M90O 1UA1A 1WN7A 1U2VB 1G99A 2FSKA 3N4QA 3HXMA 3DWLA 1GOCA 5IWAK 4CJFA 2IGIA 5AQOA 2Q36A 3TTCA 3EO3A 4PL7A 4E7KA 2D0CA 1BL3A 4GW6A 2HBJA 2P9IB 3ZSRA 4YOWA 2KZMA 1J54A 3L4QA 3MEDA 1IG9A 4Z4EA 1D4XA 1SL0A 3EEQA 1NJIO 5AJ3K 3HSTB 4EZ6A 1QS4A 4JI4K 3I8BA 3HZ6A 3CQ8A 5BRDA 1RDAA 3SAHA 1BISA 2HHHK 1LOTB 3DI6A 1C1BA 1YF5L 4CF9A 4YOXA 3D2FA 1BO5O 2FBVA 2VQFK 3EKUA 4CERA 5IT9O 1LW0A 4JKDA 3JYTA 3P31A 1IBLK 3M3ZA 1QZ6A 3K5LA 1QQOA 4DF4A 2CH5A 3HM9A 4NCAA 3L2VA 4FZZA 2NZTA 4KH6A 3T1YK 4FOIA 3KWIA 4BRIA 3KHYA 1GOAA 2WFBA 3H08A 4I7FA 4K41A 3MDQA 4JKGA 1BCOA 1Q9XA 3H3NO 4CESA 1EXQA 3A8YA 3QINA 1NK7A 2HVIA 4JAXA 5AQZA 1QHAA 2YHAA 1Q86O 2OPRA 3DLGA 4RCHA 3SJJA 3ZX0A 3DLRA 3KLGA 3D2EA 5JLFA 4FVUA 2P9NB 3KD1E 2LSNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ID8 A;  1C0G A;  1A5V A;  5FPN A;  3ITH A;  1Q81 O;  1BU6 O;  4NXN K;  3K59 A;  4KTW A;  3QEP A;  1VQM N;  3CD6 N;  1XQS C;  4O5F A;  4KRE A;  3FZL A;  4PKG A;  5EY4 A;  2IC3 A;  3VEZ A;  2YV0 X;  2UXC K;  1C0M A;  1RBT A;  3WXJ A;  2OCE A;  4I2P A;  4E19 A;  2JWL A;  1RBR A;  1HJO A;  1C0U A;  1KLN A;  4JKF A;  1D9F A;  1J53 A;  1VQ5 N;  3LDO A;  1NLV A;  3VA3 A;  3LDP A;  1HX1 A;  4O0I A;  4CJV A;  4IG3 A;  5HRR A;  3CCQ N;  4DF8 A;  5LMN K;  3NF9 A;  4LF7 K;  4J2E A;  2IVN A;  3E9L A;  4JD2 B;  4FPB A;  4AIL C;  1SL2 A;  1YT3 A;  4JS4 A;  1IJJ A;  5MLC Q;  1J5E K;  3A5N C;  4I9Q A;  4R79 A;  3OBW A;  4ILJ A;  3LDN A;  4QS9 A;  3AA5 X;  3SNN A;  3AVB A;  3LZJ A;  3RMC A;  3O8M A;  2PYL A;  3PX6 A;  2D0P A;  3K5N A;  3HPO A;  1NGE A;  4DB3 A;  4FLW A;  4H0O A;  4IWV A;  2FC0 A;  3CMA N;  1SAZ A;  3PX4 A;  3MN9 A;  2RHK A;  2HBM A;  4OKE A;  4JHD B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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