3H3OB

Glycerol kinase h232r with ethylene glycol
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 166
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence C, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB01
4O5FA 3VENA 1KAXA 1GLDG 1T44A 3W3DA 1IJJA 4B1WB 3IMXA 3SLCA 2A6AA 4K42A 3W0LA 2E2OA 1NBWA 1MWKA 4MO4A 2P9KA 1ESVA 4FPBA 5F2RA 3EKUA 3S41A 4RCHA 4H0VB 1WUAA 5LJVA 3FZFA 5AZIA 1BUPA 4J8FA 1TYQB 1E4FT 4BG9A 4IXCA 4M7YA 1ZXOA 1RDWX 3EKSA 3UB5A 4EIAA 4RWTA 3WUHA 2YHXA 4B1UB 5BPLA 3LL3A 4FWLA 3CQYA 4A62A 4BC5A 2FF3B 4BR7A 3EL2A 5BN9A 3ZEUA 4B1XB 4CZIA 4BC4A 1NGIA 2UYTA 3H1VX 4MLHA 2YI1A 3O80A 1SZ2A 2I7PA 5AQNA 1QHAA 1TUYA 4PKHA 2Q97A 1MWMA 3CJ9A 3ULEB 2FF6A 3G25A 4BC3A 1XC3A 4CZHA 2V7YA 3CI5A 3MN5A 4FPAA 3HZ6A 3FLCO 4PL7A 5EVZA 5AZJA 3ULEA 1MA9B 4BRCA 3WQUA 4CBXA 3U8XA 4CZFA 3U4LA 3HM8A 4FWQA 4KBOA 5CE3A 3LDOA 5B8HA 4B9QA 3O1WA 1J6ZA 5AQHA 3B8AX 3ID8A 1BG3A 4H0XB 2FXUA 3VGLA 3IFRA 3GL1A 5JICA 1T6CA 1HX1A 3CJAA 4DQ8A 4IO8A 4EHUA 1K8KB 1GLCG 3FGUA 3DWLA 2P9SB 3H6EA 4GY2B 1E4GT 2PBDA 1HKBA 4PKIA 3ENOA 3MDQA 3I8BA 4YDUC 2VCPA 2FSKA 1YVNA 1GLEG 3P4IA 4QS8A 3A8YA 5EOYA 1C0FA 1GLAG 4H0YB 3ZETB 2F9WA 2Q36A 2FSNA 4BR5A 4K41A 1JCEA 4NO7A 3VEYA 3WXJA 4CBWA 3U9DA 1JCFA 5FPDA 1OKJA 2QWLA 3MCPA 3D2EA 4B1ZA 1KAYA 5AQJA 2GWJA 4ISGA 3D2FA 2A40A 2D0PA 1NWKA 4FSVA 4H0PA 2HF4A 3H3OB 2EWSA 5BPMA 2QM1A 3VPZA 1LOTB 5AQGA 3RSEB 3O08A 2BTFA 1HPMA 4O8KA 4XH4A 2DPNA 4ISEA 5FPEA 2H3GX 2VWBA 2QW9A 4WQ5C 5AQXA 3FZHA 5I9EB 4MLEA 1NLVA 3VF6A 2P9KB 3L6QA 1ZBSA 5E84A 2P9UB 2E88A 3SMPA 5AZIB 5LY3A 3C7NB 3F9MA 1NGJA 5BR9A 4C23A 5AQTA 4BRPA 1GLJO 4BRKA 1X9JA 4JD2B 4B1YB 4FWKA 2P9UA 3IUCA 2IVNA 4JHDA 4GNIA 4CZLA 3C7NA 2A3ZA 3ZEUB 4WYBA 5EXWA 3R6MA 3FR0A 3WEEA 5JLFA 1QQNA 2CGJA 5ADXH 3GE1A 2A5XA 4JD2A 1BOTO 4BRDA 2Q0RA 4Y0WA 4NB4A 5ADXA 2AA4A 3KHYA 5KPTA 4QS7A 1S22A 3HSCA 4PKGA 2IVOA 2Q1NA 4HTLA 3SJHA 3A5LC 1BA1A 3LM2A 2CGKA 1MDUB 3I33A 5AZJB 1NGEA 2P9IA 2E2PA 3HI0A 3BEXA 3LM9A 3M6GA 4CZJA 4IJAA 1HJOA 2IVPA 3O8MA 3M1FA 2Q0UA 2QWNA 4BRFA 2YJFA 3UKRA 1QZ5A 2AP1A 3WT0A 1V4SA 2ASOA 2E8AA 3A5NC 3ZX3A 1D4XA 1NGBA 1U6ZA 1XQSC 1DEJA 1QQMA 5AQSA 2W41A 3KZBA 4CZEA 2P9LA 3J8AA 4BQZA 2QWMA 2ASMA 1RGIA 3BF1A 4BR2A 5FPNA 4BGBA 2Q2RA 1V4TA 3UKUA 5BREA 1C0GA 2KHOA 4CI6A 3O5BA 3CERA 3AY9A 3QBWA 2QWRA 1HKGA 1NMDA 3VF2A 3VEXA 2GELA 2NZTA 3L0QA 5AQIA 4BVPA 3WXLA 1R59O 3QFPA 2YCHA 3TU5A 3H46O 4H03B 4IZ9A 3WXIA 1ATSA 2HOEA 5F0XA 3C0BA 3H45C 4A2BA 3UE5A 3BP8A 2QXLA 1XUPO 2YHWA 4M63C 4A61A 1LCUA 5AQQA 2FSJA 1X3NA 3D2EB 3DXKA 3JXUA 3CHWA 3D2FB 3VESA 3ZX0A 4BR4A 5AQRA 3VEOA 2QWQA 4WQ4A 3DAWA 4FWNA 4FWRA 3O1BA 2GUPA 4BRGA 5AQOA 4FOIA 4XH1A 4FWMA 3MN7A 4CD1A 1NGAA 1T6DA 5BRFA 2P9PA 4EHTA 4BRNA 2J4RA 5AQYA 4BRHA 1WOQA 4L3QA 4Z94A 1CZAN 3FZLA 3QMLA 4FO0A 2E1ZA 2V7ZA 2OANA 4AM7A 2I7NA 3GDQA 4E1JA 3A5MC 4BG8A 5KQ8A 3IDHA 3VGKA 2IIRA 3GOIA 3FZKA 4B1VA 4H0TB 2GTDA 1P8ZA 5KPZA 1BU6O 5EY4A 4CJ7A 4EFHA 2V52B 4ISFA 3U9ZA 1JCGA 4QS9A 1SAZA 4CBUA 4JHDB 5LJWA 1X3MA 1QQOA 3WEEB 1YUWA 1ATNA 3CJ7A 1NGFA 4FOEA 3CJ1A 1S3XA 2YHYA 3VEVA 5AR0A 4BR9A 3GG4A 1U2VA 5E26A 2CH5A 3R8EA 3QFUA 1SQKA 5ELZA 5EX5A 1DGKN 4I6MB 3QDKA 2FLOA 1GLBG 2E2NA 1ATRA 5AQUA 3EZWA 5AQFA 3GBTA 4LC9B 3KVGA 3LDPA 2BUPA 3VOVA 1NGCA 2F9TA 2Q31A 3CIPA 4I6MA 4DHYA 5F1XA 3DJCA 2P9IB 4F9OA 3CQXA 3MN9A 3M3ZA 1EQYA 1QZ6A 3FE1A 3CJCA 1G99A 3SMSA 3VF4A 1BWFO 2ZF5O 5KQDA 3UKRB 4EAHD 5FPMA 1TYQA 2D0OA 4BRMA 3VEZA 1IG8A 3LDQA 3ENHA 2ASPA 5TKYA 1H1VA 4H5NA 4H5TA 2P9LB 2PAVA 2W40A 3LDLA 4FWSA 2GEMA 3QICA 2V51B 2HMPA 3UKUB 4HWIA 3CJBA 2ZWHA 4K25A 3OHRA 4BVOA 4CZKA 4DB3A 4FL9A 2GWKA 4RTFD 5AQWA 3SK3A 1HKCA 4XEIA 1GLLO 4H5VA 3AAQA 4BGAA 5AQKA 1NM1A 3QB0A 1Y64A 3AARA 1KAZA 3ATVA 2CGLA 2E20A 5JMVA 4BRIA 4JAXA 5BRDA 4MO5A 3DXKB 3R9PA 3BF3A 3MN6A 2ZGZA 4JNEA 4JN4A 2D1KA 1YAGA 4WQ4C 5AQVA 2P9NB 3VERA 3MMVA 2CH6A 4DCHA 3WXKA 3H3NO 4M7XA 2P9PB 1NGGA 1BO5O 3O4WA 3VETA 2E2QA 5KPRA 3DXMB 2P9NA 4AM6A 2D4WA 4BRAA 4BR0A 2WUSA 3H1QA 3EO3A 1K8KA 3A5OC 1HLUA 2E1YA 2P9SA 4FWPA 3EN9A 3D7EO 4CZMA 4YDUA 3DXMA 1RFQA 5AFUH 3L4IA 3HBTA 4BRLA 4CZGA 4A2AA 5BRHA 1BA0A 1Q18A 2NLXA 4CD3A 3MK6A 2YJEA 4PL8A 5AFUA 3A0IX 3O6WA 5BN8A 4H5WA 2ITMA 3LDNA 4K43A 5AQMA 3WQTA 3ZETA 3CETA 3ZX2A 2A41A 3FZMA 3JS6A 2NRHA 1U2VB 1KXPA 4BC2A 2QWOA 1DKGD 1NGHA 3QBXA 4IWVA 5BPNA 3TPQA 1Z05A 1HUXA 2QWPA 1TUUA 4XH5A 4H5RA 5AQLA 2ZGYA 1NGDA 3FFKB 3HTVA 2VYPA 5AQZA 1ZC6A 3AAPA 3BUZB 5JLHA 5AQPA 3ATUA 2HF3A 3VGMA 4BREA 2A42A 4BQLA 1GLFO 4IJNA 3VEWA 1YXQA 4BRQA 3RSEA 4FWOA 4WQ5A 4H0OA 1Z6RA 1BDGA 4BROA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KAZA 3W3DA 2QTDA 3SLCA 1A5XA 1ESVA 3NF8A 3EKUA 3V6DA 4RCHA 3TANA 3IKMA 3SUOA 5M1FA 1T03A 2B6AA 1KRPA 3TAQA 1D5AA 1TL3A 4RWTA 1J54A 1Q81O 5BPLA 3LL3A 4FWLA 3PIPL 4BDYA 2ZE2A 2FF3B 4MDAA 1B9DA 1ITGA 4DU1A 4JK7A 4BC4A 1NGIA 2HHUA 3OYMA 4DV3K 3PO4A 1G15A 4CJQA 3MWPA 5DM7L 2HHSA 3QINA 4JI7K 1E3MA 4DUYK 3DLRA 2HNYA 3TTFA 4NXMK 3SPZA 5A2QO 5FRNA 2XY7A 2FBXA 3MN5A 4FPAA 3V1RA 3HZ6A 3HM9A 5GADP 5HP1A 1Q9YA 5AZJA 4ZHRA 2IGIA 4CEBA 3OBWA 1EX4A 3I0SA 4CBXA 4CZFA 4FWQA 1BIUA 4ID5A 4OLAA 3VQ9A 1J6ZA 1VSKA 3SZ2A 3ID8A 4K0KK 1BG3A 3G10A 1K6YA 3AVKA 1HMVA 4KTWA 1T6CA 1HX1A 4CJUA 3G4SN 2DFHA 3CJAA 4IO8A 4CVNE 1K8KB 3PX0A 1GLCG 2UUAK 4FLYA 1VSLA 1KD1O 3ISNC 1HNXK 2PFUA 2VCPA 3NMUA 4FZXC 1BCMA 4JKBA 3P4IA 3K59A 1UOCA 5JS1A 1IO2A 4DQSA 4LF4K 4H0YB 3HPHA 1W9HA 4JI4K 4AHTA 3RVCA 2FSNA 2ITGA 4HVJA 1U45A 4NO7A 4CFCA 1OKJA 2QWLA 4NCAA 2D0PA 2XY8A 4AH9A 4QOZB 1W2BM 2EWSA 3VTIA 2OCEA 3KLGA 2FBVA 4FXDA 2X74A 5BPMA 2QM1A 3VPZA 2B4JA 1IKYA 1KFDA 2BTFA 1OH6A 4XH4A 4CHNA 3MEGA 2VG5A 2VWBA 5AQXA 1EXQA 1NLVA 1DLOA 3VF6A 4DSJA 4DLEA 1X9WA 1A5WA 1SKSA 1NNEA 4X64K 4H4MA 3T69A 4DR4K 3WNHA 3ALYA 3C7NB 4CGJA 5AQTA 5J1EA 3TSQA 4E7HA 4FJ5A 3MXMA 4M3ZA 3IUCA 4JHDA 4GNIA 4I9LA 4FM1A 3C7NA 3FR0A 5JLFA 5C10A 5ADXH 1IBMK 4BRDA 1BOTO 3VQCA 1D9FA 3RRHA 1ILYA 5KPTA 3KHYA 2X78A 4QS7A 4DR1K 1S22A 3HSCA 3ZYYX 1VSMA 2KKZA 3BDPA 3ZT4A 2NRXA 5M1PA 3SJHA 1N8RO 1BA1A 4WCEL 1J9AA 4GW6A 1S72N 2X6SA 4IOXA 3HI0A 1YJWN 1VSJA 4OPAA 2PYJA 4CZJA 2HHTA 2IVPA 3OYGA 1FK9A 2VG6A 2A1SA 2YJFA 4CHPA 3SV4A 1QZ5A 4OGEA 2AP1A 4EZ9A 4IEEA 4ELUA 1D4XA 1XQSC 1DEJA 4CIEA 4PHTX 2EX3A 2W41A 3J8AA 5DM6L 4A5AA 4BR2A 3LWLA 3NCIA 3AVNA 5FPNA 2Q2RA 3QNOA 2KHOA 1JLFA 4A59A 2GBZA 1VK0A 3AY9A 3ZSQA 1HKGA 2QWRA 3SQ0A 3OYEA 4N56A 2OPSA 5HBMA 4B8CA 3WXLA 1XWLA 4WFNL 1KC8O 3CFRA 1ATSA 4CFDA 3TSPA 5CR4A 3C0BA 5EU7A 1VQ9N 3H45C 3NE6A 2UXDK 4CIFA 3WNGA 3I0RA 3ITHA 3LANA 1X9MA 4CHQA 3DXKA 1HRHA 3D2FB 4WQ4A 3AA4A 2GUPA 3O1BA 1T05A 4BRGA 3DMJA 5AQOA 4XH1A 3AVBA 4FWMA 3TARA 3SNNA 1KVAA 2P9PA 4R79A 5J2MA 4DF4A 1HR0K 4M42A 1CZAN 4FO0A 1L3SA 5HRNA 2Y1JA 5KQ8A 4BG8A 4AILC 1DTQA 2HHHK 4QCLA 3VGKA 3E01A 4B1VA 5C15A 4I9QA 4BWJA 3DOKA 4B08A 3N4PA 2RKIA 2FBTA 1RT7A 1ZBFA 2IS3A 1BU6O 4O8UA 4CEOA 1NK5A 4CJ7A 2QA4N 4KHUA 2W42A 1Z25A 2KLAA 3JAMO 5CYMA 1C0UA 1S9EA 4JLHA 3WEEB 3CPEA 1S5JA 3CJ1A 3QESA 3M8PA 2GUIA 4YHHK 3OS1A 2OTJN 1RTJA 4BR9A 4DFMA 4JI0K 2CH5A 1SV5A 1XHZA 5EX5A 1DGKN 5JVHL 4J2AA 3H08A 1SUQA 3EZWA 3GBTA 1YI2N 3KJVA 3KVGA 3LDPA 3AVGA 1OVYA 4OPJA 2NRRA 4KH6A 2BE2A 3CCUN 3DJCA 1KTQA 1EQYA 4IOCL 1QZ6A 3VF4A 1RBRA 4GVMA 3OYFA 1ZBIA 4NYNA 1BI4A 3HSTB 5FPMA 1HNWK 3KIOA 3TTCA 1H1VA 1FKOA 5HROA 3C6TA 3K5LA 2JWLA 1LWEA 1RT5A 3G71N 3CJBA 5JS2A 2ZWHA 4GKKK 4UY8O 5GIPA 3V9WA 1IBKK 4E7IA 3LPTA 2GWKA 4RTFD 3SK3A 1HKCA 1SL1A 1YJ9N 3BZCA 4F2SA 4R5PA 3LP1A 3HPGA 1NMNA 4GVEA 3V1OA 2KTQA 2ZM6K 1KQSM 3ZSVA 4IFVA 5JMVA 1YJNN 1X1PA 2O4GA 4DF8A 3MAQA 5BRDA 5FRMA 4MO5A 3BF3A 4YOYA 4JNEA 1YVUA 2D1KA 1TKXA 3K9JA 5M1NA 1QVGM 4YFUA 1KLMA 3SV3A 3VERA 2CH6A 3LALA 2G8WA 3WXKA 3DLLL 4JI8K 4M7XA 1BO5O 4X62K 3MEEA 5SZTA 2O8BB 3H1QA 3A5OC 1BISA 4N76A 1C1BA 2IC3A 3K5NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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