3H3OB

Glycerol kinase h232r with ethylene glycol
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 166
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence C, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB01
2GTDA 3EN9A 3IFRA 3DXMB 3DXMA 3R8EA 3U9ZA 1XQSC 1QZ5A 2FLOA 2Q31A 1Q18A 4M7XA 2F9TA 4WQ4A 5AQWA 2HMPA 3CQXA 1LOTB 2W40A 1BOTO 2HF4A 1NGHA 2CGJA 2NRHA 3VPZA 1Z6RA 1MDUB 2CH5A 2P9LA 4EAHD 5BR9A 2W41A 5BN9A 3FZMA 4H0YB 5BRHA 2A42A 4PL7A 3A0IX 2VWBA 5AQRA 1DKGD 2GEMA 2P9LB 5F0XA 3WXIA 1MA9B 4EIAA 5JLHA 4BC3A 1XC3A 3H3NO 3W3DA 4E1JA 2Q97A 5AR0A 4JHDA 3IDHA 1YAGA 3ATUA 5FPEA 3MN7A 5B8HA 1ZC6A 5BRFA 4FOIA 1BG3A 4H5NA 1GLBG 1NGIA 1HLUA 4XH5A 3W0LA 2YHYA 1ZBSA 3UKRB 5BREA 1NGJA 1BU6O 3UB5A 3O1BA 4C23A 4K25A 5AQKA 3H3OB 3CJ1A 3VEYA 1KAXA 2IIRA 3FZHA 3L0QA 1NLVA 3M3ZA 5KQ8A 1GLFO 1SQKA 3SJHA 4ISEA 1QQOA 3CJAA 3S41A 1BWFO 4CZHA 4BR7A 3QFPA 1GLEG 1DGKN 3FLCO 1U6ZA 3KZBA 3SLCA 4A62A 3H46O 3LM9A 4BQLA 3A5MC 3VGKA 4FPBA 4O8KA 1P8ZA 5EOYA 1EQYA 4QS7A 4RCHA 1U2VA 3D2FA 4IO8A 4M7YA 1SAZA 4JNEA 4CZGA 3FGUA 2IVNA 3ULEB 4CI6A 4BRKA 3J8AA 1ZXOA 5EXWA 2ASMA 5BN8A 1T6DA 3ID8A 1BA1A 4JN4A 1JCGA 1QQNA 5AQJA 3UKUB 3U8XA 2P9KB 1RFQA 1QHAA 4AM6A 4WQ5C 1E4FT 1WOQA 2D1KA 3GL1A 2FF3B 2FSJA 5BPNA 5EY4A 3O1WA 4XH1A 5AQZA 3WEEB 5AQIA 5AQSA 4BC4A 1NMDA 4MLEA 4BRGA 2ZGYA 3VF2A 4K42A 1KAYA 2P9NB 4BRFA 3CJ9A 4MO4A 1Y64A 3C0BA 2V7YA 2Q0UA 4LC9B 5AZIB 4FWQA 2QWQA 1NBWA 4H0OA 3HTVA 2QWMA 3GDQA 1NGAA 4FWLA 4GNIA 4BRPA 2HF3A 4ISGA 2D0OA 4WYBA 3GG4A 1TUYA 2D4WA 5FPMA 2YI1A 5JICA 2QWNA 5AQQA 3RSEA 2QW9A 3FZFA 5AQVA 3CI5A 2E2QA 3B8AX 3EKUA 5CE3A 3CERA 1HJOA 4DQ8A 3HBTA 3EO3A 3MCPA 1SZ2A 3SMPA 4BG9A 3GOIA 1ATRA 4Y0WA 3BF1A 2D0PA 3ZETA 3TU5A 3D2EA 3DAWA 2A40A 2I7NA 2NZTA 1K8KA 2QWOA 3MN9A 3QICA 1GLAG 5AQXA 5LY3A 3BUZB 2AA4A 4HTLA 1GLJO 2QWRA 4B1ZA 4CBUA 3CJBA 5JLFA 2YJFA 3VEZA 1X9JA 3WT0A 5LJWA 2YHXA 3UKUA 4XEIA 3DXKB 1HPMA 4BRLA 3A8YA 1ATSA 3C7NA 3CHWA 2V7ZA 3O08A 1G99A 3MN6A 3QMLA 5KPTA 3MDQA 3WQUA 3A5NC 5AQMA 2E20A 4CZLA 2WUSA 2QWPA 2UYTA 1GLCG 2E2NA 4JD2B 3VENA 2CH6A 5AZIA 4BRIA 1HKCA 2BUPA 4NO7A 4H5TA 2P9IB 4FL9A 4H03B 2CGKA 2ZF5O 4EHUA 5AZJA 2E2PA 5FPDA 3VEXA 4CBXA 4I6MA 4BC5A 3ZEUA 4FOEA 3VESA 1QQMA 3ENHA 5AZJB 1BDGA 3L6QA 3FZKA 1TYQA 4BREA 2PBDA 4BQZA 4H5VA 3KHYA 4IJAA 4H0VB 2E1ZA 4CZEA 4JD2A 3HM8A 4H5RA 1KXPA 5E26A 5BPLA 3O80A 1V4SA 3MK6A 3O4WA 3CJ7A 1KAZA 4B1XB 4BR9A 3LDOA 2Q2RA 3AAQA 3EZWA 4JHDB 3ENOA 3H1QA 2A6AA 4B9QA 3DXKA 3CETA 4BR2A 2GWJA 4QS9A 4EHTA 1LCUA 1Z05A 4FWKA 3G25A 4KBOA 3LDNA 4IZ9A 4BR4A 1YUWA 1D4XA 4FWMA 2P9SA 4RTFD 5EX5A 4BRHA 2AP1A 3HZ6A 1NGBA 2E1YA 1NGDA 3FR0A 4WQ4C 3LM2A 3H45C 1C0FA 1S22A 2OANA 2GUPA 4A61A 2E2OA 3O5BA 1C0GA 2YJEA 4QS8A 5AQUA 4B1UB 4A2AA 3VGLA 3IUCA 4IJNA 5TKYA 3R6MA 5AFUH 3TPQA 3WEEA 2Q1NA 3WQTA 3DWLA 2GWKA 4BGAA 4BR5A 4BGBA 3H1VX 4ISFA 2V52B 3VETA 4B1WB 4BRNA 4CZIA 1YXQA 2P9KA 3UKRA 3I33A 4GY2B 4CD1A 4PKGA 2EWSA 2ITMA 4BRQA 5BRDA 4L3QA 1V4TA 3QB0A 4MLHA 1NWKA 4FWOA 2BTFA 4B1YB 3ULEA 1ESVA 1T44A 5AQOA 2YHWA 4CD3A 2F9WA 1R59O 2Q36A 4NB4A 3D2EB 1JCEA 4K43A 2NLXA 5KPRA 2P9NA 2P9UB 2YCHA 3LDLA 2KHOA 3R9PA 3P4IA 4DCHA 2ZWHA 1HUXA 3VF4A 1OKJA 3IMXA 5AQLA 4PL8A 2FSKA 3SK3A 1MWMA 5FPNA 2VCPA 3DJCA 4JAXA 2FF6A 3FE1A 1QZ6A 4A2BA 1BA0A 3U9DA 4FWSA 4FSVA 4CBWA 1HX1A 2A3ZA 2J4RA 4H0XB 4M63C 4BG8A 2A5XA 1IG8A 3QBWA 4B1VA 4IWVA 4MO5A 2ASOA 4YDUA 1HKBA 3WUHA 3FZLA 3OHRA 3VEWA 4DHYA 1T6CA 4FO0A 4PKIA 3F9MA 5EVZA 3LDPA 4BVOA 3CQYA 5AFUA 4RWTA 3VEOA 2IVOA 4EFHA 5ELZA 2HOEA 5F1XA 4CJ7A 2P9IA 3JXUA 1U2VB 3O8MA 1HKGA 4F9OA 3LL3A 3O6WA 3WXJA 2P9PA 3HSCA 4BRCA 3M6GA 3QDKA 4IXCA 2QM1A 3GE1A 2P9SB 3FFKB 3ZX3A 3D7EO 5AQTA 3ZETB 3QFUA 1ATNA 3VOVA 1IJJA 1CZAN 1E4GT 3ZX2A 2V51B 2VYPA 3EKSA 1H1VA 3GBTA 3CIPA 3UE5A 4BVPA 3JS6A 4CZKA 1NGEA 2ASPA 2CGLA 1GLDG 4BRAA 3C7NB 2I7PA 1BUPA 3VGMA 1NGFA 2Q0RA 3M1FA 3WXKA 4FWRA 3ZX0A 5I9EB 2P9UA 1TYQB 4BROA 2H3GX 4FPAA 1DEJA 3BF3A 3MN5A 4HWIA 3LDQA 3ATVA 5AQPA 2E88A 3BEXA 2FXUA 2QWLA 4CZJA 1X3MA 4I6MB 3QBXA 1RDWX 3VF6A 4DB3A 4J8FA 1GLLO 2FSNA 5AQNA 2A41A 5E84A 3CJCA 3I8BA 3MMVA 3EL2A 4H5WA 2E8AA 5ADXA 4AM7A 1YVNA 5AQGA 4Z94A 5AQYA 1J6ZA 5AQHA 4CZMA 3AAPA 1NGCA 1X3NA 3RSEB 1RGIA 2GELA 2ZGZA 3L4IA 2P9PB 3KVGA 2PAVA 4FWNA 4H0PA 3SMSA 3BP8A 1NM1A 3AY9A 5JMVA 3VERA 1JCFA 4FWPA 4CZFA 1BO5O 4BRDA 2QXLA 5ADXH 5AQFA 3ZEUB 4YDUC 5F2RA 1XUPO 4K41A 3HI0A 3WXLA 1S3XA 4H0TB 4XH4A 4BC2A 3D2FB 1K8KB 4PKHA 2IVPA 3VEVA 5BPMA 5KQDA 1NGGA 3AARA 4BR0A 3A5OC 5KPZA 3H6EA 1WUAA 4WQ5A 5LJVA 4BRMA 2DPNA 3U4LA 1TUUA 4O5FA 3A5LC 1MWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GTDA 4CJRA 3CC7N 1HNWK 3U9ZA 1XQSC 1I3AA 2FLOA 4ELTA 4KKOA 4FLXA 3OYFA 1VQ8N 2F9TA 2DFHA 2I5JA 2QXFA 3WNEA 4EP5A 4OX9K 2RHKA 4LFCK 1IKYA 1LOTB 1BOTO 4RW4A 3ZSOA 3HK2A 4KHPK 3HJFA 2NRHA 3FFIA 3FZMA 4H0YB 2A1RA 4ELVA 3A0IX 5I3UA 1DKGD 2GEMA 5F0XA 1BIUA 4EIAA 1KCFA 5JLHA 1S6PA 3DI6A 3RTVA 3H3NO 4IEEA 3QEVA 4DFJA 3MXJA 5AR0A 4CIEA 1L3TA 2Z1IA 2IAJA 2QEXN 2O8BA 1ZC6A 2D5RA 1BG3A 2VG7A 4MDAA 1NGIA 4XH5A 3R1XA 3W0LA 3G10A 1ZBSA 3DLEA 3UKRB 5BREA 2W42A 2E5LK 3AVCA 4BE1A 3O1BA 3C6UA 4K25A 3H3OB 1XNRK 1KAXA 1L3UA 5DM7L 4ZTFA 1G15A 1NJYA 3OYEA 4A5AA 4KHYA 2B5JA 4OLAA 3VA0A 3MEDA 4BR7A 3QFPA 1KRPA 2P5OA 4CF2A 3P83D 4QS7A 1EO1A 3E01A 4RCHA 5J2PA 3D2FA 4M7YA 1SAZA 4JNEA 4CZGA 3DOKA 3BZKA 2O8DB 1I94K 1YITN 3ULEB 4CESA 4CI6A 3TAEA 4DR5K 1ZXOA 5BN8A 1REVA 1RTHA 4E3SA 4JN4A 2FBVA 4F2SA 4YFUA 5AQJA 1BQMA 3U8XA 2P9KB 1VSJA 2UXBK 3CCLN 1RFQA 3V1QA 1CLQA 1QHAA 5FDLA 4WQ5C 3HPHA 1VQLN 2FBXA 3F5TA 3OJUA 1LV5A 5EY4A 2UUBK 5FROA 3WEEB 1NJZA 2OZMA 4KO0A 1YT3A 5AQIA 5AQSA 2ZGYA 4K42A 2P9NB 3HYFA 3V9ZA 1N6QA 4E7KA 3SPYA 4KHWA 4FVMA 1BHLA 1RTJA 4FWQA 4E7JA 2QWQA 4H4OA 2HHSA 4M3UA 1FXXA 1E3MA 4DR4K 1O13A 1HRHA 4JKHA 3GDQA 4GNIA 4DR7K 5M1NA 1A5XA 1YJWN 4AHUA 1W2BM 4A5BA 4CJ3A 1JXBA 2KZZA 1C0MA 1WSFA 5AQQA 3RSEA 2ZJQL 3FZFA 3CI5A 3ZCMA 3S3OA 3AVJA 3DLHA 2P1JA 3CERA 4CFCA 1HJOA 4CECA 3MCPA 3SQ4A 1ASVA 4GKKK 3BF1A 4M41A 2DFFA 4DLEA 4FLWA 3PIOL 3RMAA 3TU5A 3D2EA 2A40A 2I7NA 1QSLA 3K5LA 2JWLA 1WSEA 1X1PA 2QWOA 1K8KA 3VQBA 3MN9A 1SS6A 3N4QA 3IKMA 4B1ZA 1GLJO 2QWRA 1OH8A 1LAVA 4OPJA 3K58A 4CJPA 4Q0BA 3RWUA 1L3VA 2YJFA 3VEZA 3KTQA 4ELUA 3LANA 3UKUA 4FJHA 1VAZA 4EZ6A 1NK6A 2G8KA 3DXKB 3HO1A 2PYJA 3SBGA 3O08A 4H8KA 3CCSN 4CF8A 5JVGL 1VSHA 3AVIA 1BGXT 1QSSA 5AQMA 2WUSA 3DLLL 1ASUA 1C6VA 3VENA 4CGJA 3CXCM 3TAPA 5HL7L 2P9IB 1QS4A 4FL9A 3VQ8A 3O3HA 4DFKA 3AVAA 3OVNA 1S1VA 4TSXA 4KH6A 4NLCA 1QTMA 4CBXA 4I6MA 3ZEUA 4I2QA 3TI0A 4CHPA 1XMQK 2B6AA 4FOEA 2NRVA 4O44A 1BIZA 4AILC 4YHHK 5CYMA 1TYQA 3F2KA 3TWHA 4X62K 3NH1A 1KC8O 4H0VB 3ZT0A 3KKRA 5M1QA 1TAQA 4JD2A 4FK4A 4DSFA 3CPWM 4KH4A 1RDCA 2E4LA 3MK6A 3O4WA 4BR9A 4Z4CA 3MWTA 2B4JA 4J2DA 3QEIA 4JHDB 3H1QA 1RBSA 4LF6K 1XWLA 4FWKA 4M3WA 4IZ9A 3HOTA 1R0AA 3LP0A 1D5AA 4Z4IA 2UXCK 4IFEA 3V4IA 3QNOA 4DTJA 2E1YA 4WQ4C 3H45C 1C0FA 3G4SN 4A61A 4CCHA 3MX5A 3SV3A 3V1RA 5AQUA 3DYAA 5I42A 4JKAA 4IJNA 5AFUH 4CHYA 1TKZA 2VWKA 1N32K 3HP9A 4BGBA 3VETA 4B1WB 4BRNA 4JKCA 4JYAK 1YXQA 3UKRA 4GY2B 4CD1A 4FJ8A 2ITMA 2F8TA 4BRQA 3AO2A 5BRDA 1NK0A 4L3QA 2IGIA 3G71N 1S1TA 4DV6K 4KHUA 2F9WA 4FLUA 1NK8A 3E1YA 4K43A 4FXDA 2NLXA 3E66A 3PSFA 2P9NA 3DRRA 4CFAA 4B9UA 3LDLA 3P4IA 1HUXA 1IKXA 4Y1CA 5CR4A 3SI6A 3HRGA 1OH6A 5MLCQ 4PL8A 1TGOA 3LP1A 4YOTA 4B3OA 4FJGA 4F3TA 4CBWA 4H0XB 4M63C 4DQIA 1KTQA 4ICLA 4IWVA 4MO5A 1NMNA 1JLFA 1YIJN 2YHAA 3OHRA 4Z0UA 4O0IA 3EZ5A 1T6CA 4CF9A 4PKIA 5EVZA 3E9LA 4DU3A 4C1NK 1UAXA 4JKFA 3CCJN 2HOEA 4BWMA 4CJ7A 3O8MA 4F4KA 3LL3A 4X65K 4DG1A 4KRFA 3O6WA 3WXJA 4I2PA 4NXMK 2P9PA 3HSCA 4KPYA 4JEPA 3M6GA 1VSDA 3CFRA 2QM1A 4I9QA 2PY5A 1N36K 3ZX3A 3FFKB 4W5QA 3VOVA 1Z26A 4JK7A 1CZAN 3PSIA 2V51B 5CZ2A 1H1VA 3GBTA 1J54A 3CIPA 4M42A 5M1OA 2Z1GA 3RMCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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