3H45C

Glycerol kinase h232e with ethylene glycol
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYEFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 169
structure length 500
sequence length 500
chains with identical sequence D, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
C PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C01
3U9ZA 3CERA 2QWMA 4EIAA 2QWOA 2Q31A 4BVOA 4XEIA 1NMDA 4PL8A 5BN8A 2E2PA 3JXUA 4PKIA 3O08A 2VYPA 1BUPA 3DXKA 3CJ9A 1QQMA 5AQYA 4K25A 4JAXA 4BGAA 4CI6A 5I9EB 3EN9A 5E84A 3O1WA 5BRDA 3I8BA 3LDLA 4PKHA 2QWLA 4MO5A 2HF4A 3CHWA 2CGKA 2PAVA 4CZMA 3WQTA 2P9PB 2FSNA 3KVGA 4H5RA 1Q18A 1GLAG 4H0TB 3QMLA 3U4LA 3OHRA 1BOTO 3ZETA 2QWPA 1LOTB 3L0QA 2ITMA 1R59O 3A5MC 2YHWA 4M7YA 3ZX3A 2OANA 1TUYA 4JD2B 2IIRA 3GBTA 2E20A 2CH5A 3VEYA 5EY4A 2VWBA 3QBXA 4XH4A 1Z05A 2I7NA 4A62A 4JHDB 1X3NA 3H46O 3WXLA 4FWLA 5KPRA 3AAPA 5AQZA 2P9SA 5ADXA 4BRGA 2GWJA 3HBTA 2ZGZA 3CI5A 3ZEUB 3MK6A 4CZGA 1S22A 3SLCA 4H0PA 2FSJA 3I33A 2YJFA 4BRAA 1NGIA 1OKJA 2ASMA 2H3GX 1HX1A 3VEZA 1HKBA 3G25A 3BUZB 4BRDA 3CJBA 4ISGA 4BC4A 5AQLA 4FWKA 3HTVA 4FWOA 2WUSA 2FLOA 4WQ4C 2GEMA 3GOIA 3HZ6A 4CBWA 1C0FA 3LM2A 2ASOA 4GY2B 4BR5A 1G99A 2P9LB 3QFUA 1KAYA 3SJHA 2A41A 5BRHA 1Y64A 3C0BA 3DXMB 2E1ZA 5EXWA 1HKGA 3ULEB 1U2VA 4BR0A 4WYBA 1BG3A 1LCUA 4H0OA 3WXKA 2BTFA 3FZMA 2PBDA 2YI1A 3ATUA 2A5XA 3ZX0A 4CZJA 3KZBA 4BR9A 2P9LA 3BP8A 2I7PA 3A5NC 3CQXA 4HTLA 1WUAA 3L6QA 5JLHA 2QXLA 4BROA 3IUCA 5AQQA 3H3NO 3CQYA 1KAZA 4BR4A 1QQNA 3U9DA 2IVOA 2P9NA 3O5BA 1RFQA 4B9QA 3SMSA 3MN5A 1JCGA 1ZXOA 4DB3A 5BRFA 5ELZA 5FPNA 4LC9B 4BRHA 2E88A 4HWIA 1NGDA 4BC5A 2Q0UA 4XH1A 2YJEA 1E4FT 5EVZA 3GG4A 3UKUB 5AQFA 4FOEA 1EQYA 3FZFA 1YVNA 4BQZA 1DEJA 4B1YB 4F9OA 2EWSA 1HPMA 5AQMA 3IMXA 4YDUC 1GLEG 5KQ8A 2VCPA 1IJJA 2Q1NA 1K8KB 4KBOA 3A8YA 4FWQA 3GE1A 5E26A 2FSKA 5AQRA 5JMVA 4AM7A 2A40A 1Z6RA 2QWQA 3H1QA 4CZHA 5F1XA 5EX5A 1NGJA 3VGKA 4BREA 2BUPA 4IXCA 4C23A 5BREA 3WT0A 4BC3A 2NZTA 3WXJA 2E2OA 2IVNA 3O1BA 3WXIA 2FXUA 4EAHD 4H0VB 3UKUA 1GLBG 1XUPO 2KHOA 2QW9A 3SMPA 5AZIA 2Q0RA 3EKUA 1NGHA 4FWSA 3HI0A 2V52B 3VF2A 3DWLA 1X9JA 3D2EA 1TYQA 1JCFA 5TKYA 3RSEB 1GLCG 5AQPA 1DKGD 4J8FA 5AQVA 4EHTA 4RWTA 1NM1A 1QQOA 4A61A 4B1UB 5AZJB 4ISFA 3WEEA 1YAGA 3VETA 3CJAA 5BPMA 1NGAA 2GUPA 2P9NB 1BA0A 4FPBA 3HM8A 3WUHA 3RSEA 3VF4A 5LJVA 5AQGA 1GLLO 1WOQA 5FPEA 3VOVA 1CZAN 4WQ5C 3M6GA 3CETA 4FWRA 4BG8A 5AQNA 4B1ZA 2V7ZA 3ID8A 3BEXA 3QBWA 3AY9A 1NGGA 3MN6A 3C7NA 2P9KB 2HF3A 4JD2A 4DCHA 4BC2A 4CZIA 2F9TA 1HUXA 1V4SA 3ATVA 2E2QA 1K8KA 4K43A 3VENA 4CBXA 4DQ8A 3FGUA 2QM1A 1JCEA 3F9MA 3VGMA 3CJ7A 3LDPA 3VGLA 4DHYA 2Q97A 5AQOA 3R8EA 2Q36A 3VEVA 1KAXA 3QB0A 5BR9A 1NLVA 1ZC6A 3H1VX 4I6MA 4BRNA 5AQSA 5F2RA 4CZFA 4H0YB 2FF3B 5FPMA 5AR0A 2QWNA 1NGBA 2V7YA 5F0XA 3ENOA 1ATSA 5LY3A 4L3QA 3ZX2A 2W40A 5AQXA 5BPLA 1P8ZA 3MN7A 2HOEA 3O80A 3CJ1A 5AQTA 1MDUB 1XQSC 3DXKB 3LDQA 1QHAA 2DPNA 2UYTA 4FWNA 3UKRA 2YHXA 5AQHA 5B8HA 1T6DA 1TYQB 4BR7A 3KHYA 3DAWA 4BRQA 2ASPA 1E4GT 1HLUA 3D2FA 3JS6A 1QZ6A 1DGKN 3EZWA 3W0LA 1H1VA 3FLCO 3VF6A 4PKGA 3FZHA 3LL3A 4BGBA 3CJCA 4YDUA 2GELA 3FE1A 1S3XA 3QFPA 3TPQA 3EKSA 4IJNA 3DXMA 3UB5A 5KPTA 3A0IX 4BQLA 1ATNA 3QICA 2P9UB 1HJOA 3LDNA 5BN9A 4JHDA 3UKRB 4AM6A 2E2NA 3ULEA 3FZLA 5AFUA 4M63C 4B1VA 4JNEA 2FF6A 3R6MA 4H5WA 3A5LC 3VPZA 1NGFA 2P9SB 1BU6O 1SAZA 4MLHA 2ZWHA 1BDGA 3H3OB 1XC3A 4JN4A 1QZ5A 3A5OC 4QS9A 5AQUA 4H0XB 5CE3A 3AAQA 3WQUA 2GTDA 4EFHA 3J8AA 4A2AA 2D4WA 4B1XB 2P9IB 4NO7A 3VEWA 4K42A 4BRMA 3D7EO 4EHUA 3VEOA 5AQKA 4FWMA 1NGCA 2D0OA 1T44A 2ZGYA 3MMVA 3LDOA 5LJWA 3D2EB 4FL9A 4BVPA 3VEXA 2A42A 4CZEA 3U8XA 3H45C 4A2BA 2V51B 4I6MB 3VERA 1GLDG 5JICA 4Z94A 4IJAA 1C0GA 2HMPA 3S41A 3IFRA 4IWVA 4B1WB 2IVPA 1GLJO 1ESVA 3QDKA 3TU5A 1NWKA 2CH6A 4Y0WA 4FSVA 3B8AX 4PL7A 2GWKA 3AARA 2P9IA 2D0PA 4BR2A 3O6WA 3W3DA 1HKCA 3D2FB 2W41A 5AQIA 3LM9A 1D4XA 2P9KA 4CD1A 4RTFD 2NRHA 3MDQA 1MWMA 5KPZA 3MCPA 1RDWX 1TUUA 1U6ZA 5AFUH 4H5VA 1RGIA 2QWRA 3C7NB 4BRFA 1SQKA 4FPAA 4O5FA 2Q2RA 4BG9A 4CZLA 3BF3A 4CBUA 2A6AA 4CD3A 1BWFO 4BRPA 5JLFA 3FR0A 1ATRA 2P9PA 4QS8A 4WQ4A 2P9UA 2D1KA 1J6ZA 4IO8A 1SZ2A 3VESA 1GLFO 3FFKB 1BA1A 5BPNA 1NBWA 2NLXA 2YHYA 2E1YA 3EO3A 4FOIA 2E8AA 3R9PA 3O4WA 3UE5A 1BO5O 2CGJA 3WEEB 5AZJA 3IDHA 4MO4A 4XH5A 1YUWA 4BRLA 3BF1A 3H6EA 5FPDA 4BRIA 5EOYA 4O8KA 2YCHA 2J4RA 4CZKA 5AQJA 3ENHA 4FO0A 5AQWA 3M3ZA 1U2VB 3DJCA 4NB4A 3FZKA 4IZ9A 3CIPA 4FWPA 4WQ5A 4GNIA 2CGLA 4H03B 4QS7A 1T6CA 4K41A 3GL1A 5KQDA 3L4IA 1NGEA 4CJ7A 1MWKA 4ISEA 1V4TA 4RCHA 4BRCA 1IG8A 5AZIB 1MA9B 2AP1A 3M1FA 4M7XA 3ZEUA 3GDQA 2AA4A 3EL2A 4H5TA 4BRKA 5ADXH 3SK3A 3MN9A 3O8MA 3HSCA 3P4IA 1YXQA 2ZF5O 4E1JA 1X3MA 2A3ZA 4H5NA 1KXPA 1ZBSA 2F9WA 4MLEA 3ZETB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZTFA 4AH9A 1HR0K 1NMDA 1S1WA 4TSXA 5BN8A 2JWKA 4PKIA 3O08A 3NDKA 3DXKA 3ZSXA 5AQYA 4IG3A 3OYMA 3CQ8A 4CI6A 5E84A 4OO1J 3AVMA 5H1SQ 3NE6A 2NNWA 3LDLA 4AHVA 1DTTA 3CHWA 3OYBA 4DFKA 4K8ZA 1N36K 1BI4A 2P9PB 1VQ4N 2ZD1A 4H5RA 5GINA 4H0TB 3OA9A 3OHRA 4DKWA 4GVEA 3NVMA 2ITMA 4CEZA 2R7YA 3A5MC 5C15A 4IO9L 3DRPA 3RR8A 1TUYA 1TGOA 1JLFA 2HVHA 4FVUA 2KLAA 2ZJPL 3DLBA 3I56N 4KKOA 1X3NA 2GX9A 3PSIA 4DTJA 1L3VA 5ADXA 3OVNA 3HBTA 4IFEA 2ZGZA 4CGGA 3ZEUB 3SLCA 2FSJA 3S3NA 4C8KA 1TKTA 3SQ4A 2H3GX 1EWRA 2GBZA 3DRSA 3NH1A 4B9LA 4BC4A 1HQUA 4KTZA 2FC0A 3OYHA 1CXQA 2HHHK 3AVGA 2GEMA 3P39A 2HW3A 2ASOA 2P9LB 3QFUA 3OW2M 2Z1HA 3PUFA 4KB1A 1NJXA 5BRHA 3RWUA 3DXMB 1NJIO 3DOKA 5EXWA 1T03A 1C1AA 4F2RA 4LFBK 1U2VA 4BR0A 4MDAA 2ZJRL 4DSLA 2DFHA 2BTFA 3C6AA 4CF8A 1UWBA 3PO4A 3HJFA 4FZYA 3ZX0A 1XNRK 3SYZA 3A5NC 3CQXA 4HTLA 3V1QA 1WUAA 2OPPA 4BROA 4WFAL 3CQYA 5DMRA 2O4GA 2A1SA 4BR4A 3WNEA 4NCGA 1RFQA 2O8DB 2OPSA 3MWTA 5ELZA 1CZBA 4WF9L 5IWAK 4CK1A 2E88A 3MAQA 1NGDA 2Q0UA 3KD1E 4XH1A 4DQIA 5LL6Z 5EVZA 3GG4A 3L8BA 4FOEA 4IFVA 3S3MA 1YVNA 3TWHA 3O4NA 1UAXA 2FBTA 4OKEA 3VQ4A 2EWSA 4PUOA 4DU3A 3IMXA 2ZJQL 4GW6A 2VCPA 3QEXA 5HBMA 1HRHA 3VA0A 4JKCA 3GE1A 5JMVA 2FSKA 4AM7A 2Q3SA 1Z6RA 4DV6K 5EX5A 1NGJA 1JJ2M 4FZXC 3OTOK 4C23A 3AVIA 4K8XA 2VGMA 4DR4K 2IVNA 5FROA 2HSTA 1K6YA 2FXUA 3P5JA 3RMBA 4FLYA 4M3ZA 1UOCA 1EO1A 3ZSRA 2KHOA 4B3OA 2HBLA 2Q0RA 3EKUA 1NGHA 1QHTA 3RMDA 1JXBA 1C0MA 4CEDA 3HT3A 4ELTA 4XIUA 1JCFA 3QEWA 2YNIA 4DU4A 1GLCG 5AQPA 4CJSA 3MXMA 4A57A 3CC2N 1DKGD 4B3TK 2XRIA 4LF7K 4JKFA 3QEIA 1IBKK 1IO2A 4O5BA 3WEEA 3LP2A 4LF4K 4NLCA 3I0RA 4DMNA 1KQSM 1U45A 2NRXA 4B9MA 3AVAA 3HM8A 4R79A 2A1RA 1GLLO 2EHGA 2FBXA 3VOVA 4CIFA 4B9VA 1X9WA 2YKMA 4B1ZA 4CF0A 4FYDA 2XO7A 4HUEA 3TSUA 3AY9A 3IRXA 3MN6A 2HF3A 1B9FA 4DCHA 3ZSVA 4O8UA 1WBBA 1HUXA 3CPWM 3M8PA 3BY5A 5LMUK 4AF1A 3THWB 1RT4A 4DQ8A 2DFEA 1RDCA 3PV8A 4CGHA 3VQ8A 1JLCA 5M1KA 5AQOA 1VQ8N 4JI2K 3AVLA 1VSFA 4W5RA 3VN5A 3KIOA 3H1VX 5AQSA 5F2RA 2OPRA 2XY7A 4H0YB 2FF3B 5FPMA 1VQON 2HBJA 2XY8A 4CF1A 5LY3A 1DTQA 2BH1A 4L3QA 3ZX2A 2W40A 5AQXA 2KTQA 5BPLA 1ZBFA 3O80A 1NK5A 1MDUB 2DPNA 3UKRA 5FRMA 1TYQB 4BRQA 1E4GT 4M3UA 3NGZA 1DGKN 2UUAK 2VWKA 1S6PA 3FLCO 3VF6A 1Q81O 5J2NA 1FKPA 2X78A 2D0AA 4YDUA 2GELA 3SQ0A 3T1AA 4KRFA 3AGRA 4FLTA 3TPQA 3EKSA 1S9EA 4CGIA 3MX2A 1HPZA 1EX4A 3RVCA 3A0IX 4JI0K 5C10A 4JK9A 1U47A 1IV0A 1HJOA 2ITGA 4OPHA 4DV2K 1IH7A 4FK4A 4JHDA 3UKRB 3IAYA 3FZLA 4KHUA 3G6EN 1U48A 3HYFA 4B1VA 2FF6A 3R6MA 3A5LC 4MLHA 2ZWHA 3VQCA 4B9TA 2NUBA 3A5OC 5AQUA 3J80O 4Q5VA 5AJ3K 3O9UA 3J8AA 5CZ1A 3VEWA 3V1RA 4EHUA 3ZT2A 4CVNE 4DQPA 4LSLA 5J2QA 1WAFA 2VG7A 4E7HA 2D0OA 3F2KA 1S72N 4JI7K 1D8YA 3CCUN 5JVHL 4FL9A 4KH6A 4YFUA 3VEXA 1Z25A 4C1NK 4IJAA 2HMPA 2Z1IA 4HTUA 3S41A 3V1OA 3T3FA 4IWVA 3V6DA 1S1TA 2ETJA 1GLJO 1ESVA 1NWKA 5CYMA 4PL7A 4YHHK 2D0PA 4CEBA 3THXA 3C6HA 4KFBA 3W3DA 2OTJN 3D2FB 3L2VA 4QOZB 4RTFD 2NRHA 3PIPL 1MWMA 4HCCA 1VSEA 4FLUA 2PY5A 3ZSOA 2WONA 3I55N 3K9KA 2HHXA 3AA2A 1TL3A 2A6AA 1BWFO 1ZBUA 4BRPA 3OYKA 1YF5L 3FR0A 3ZT0A 3SAHA 4WQ4A 4FM2A 4OKKA 1J6ZA 4PY5A 4OLAA 5M1NA 5BPNA 3EO3A 4FJNA 3R9PA 4FK0A 2YHBA 4E7JA 4DF8A 3SUPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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