3H45C

Glycerol kinase h232e with ethylene glycol
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYEFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 169
structure length 500
sequence length 500
chains with identical sequence D, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
C PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C01
3LDPA 4BR0A 5F1XA 2E1ZA 3L0QA 4FSVA 4NO7A 3CETA 1NGHA 5FPNA 1BA0A 4CBWA 1HX1A 3M3ZA 4BR9A 1YXQA 1YAGA 4BRCA 5EVZA 3ZEUA 3ULEA 3WEEA 3WQTA 2W40A 3CI5A 4BGAA 4BVPA 2D0OA 4CZHA 2PBDA 1H1VA 2A3ZA 3VEZA 1S3XA 4K42A 2HMPA 3VESA 3MDQA 5ADXH 4WQ5A 3L4IA 3FR0A 3C7NB 2NLXA 4IXCA 2V51B 4I6MB 4XH1A 2E2OA 5LJVA 4H5WA 1WUAA 3LM9A 3IFRA 4BG8A 5E26A 1BG3A 4FWRA 4K43A 5AQWA 3R8EA 5AQPA 4B1UB 3GBTA 5AQJA 4FWPA 2ITMA 4BR7A 1NGCA 1TYQA 4CZFA 4FWLA 4YDUC 2Q0RA 1U6ZA 2P9PB 4JD2A 4JN4A 4B1YB 4BRQA 1S22A 3VEWA 5AQSA 1KAXA 4BRDA 2CGKA 2F9WA 2NRHA 3DXKB 4HTLA 4BRHA 1T44A 1ZXOA 3O80A 3WXLA 2QWRA 5BRFA 4IJAA 3CQYA 4H0OA 3D2EA 5EY4A 1HUXA 4FWSA 5FPMA 1MWKA 1NGJA 3O5BA 1X3MA 2Q2RA 4BQLA 4LC9B 4BRLA 3VF6A 3VGKA 3HTVA 4B9QA 3UE5A 3O1WA 2GTDA 3A5OC 3ATVA 1ATRA 4H5VA 3BF1A 3W3DA 3SJHA 3AARA 4ISGA 3QFPA 4BROA 1RFQA 2E2PA 2P9NB 4CZLA 4PKGA 2J4RA 3EKUA 2UYTA 2YJFA 4JAXA 1BWFO 1BU6O 4FL9A 3VERA 1NGGA 2YHYA 3EN9A 5AQTA 1V4TA 1BA1A 5BPLA 3FFKB 4CD1A 3BUZB 1NLVA 1RGIA 2D1KA 4H0TB 4FWQA 3SK3A 1V4SA 3S41A 4MLEA 4CZMA 2CH5A 2FSNA 2ASPA 5JLHA 3JS6A 2W41A 2F9TA 5AQIA 3MMVA 3LDOA 4KBOA 4EFHA 3VGLA 4JHDA 4RWTA 2V7ZA 4CZKA 4FO0A 2FSJA 3UKRA 1Z05A 3VEYA 1SZ2A 1JCGA 4CZGA 1HPMA 2P9UA 5BRDA 1KAZA 3LDQA 4BRNA 1NGFA 3VOVA 4JHDB 4K41A 3F9MA 3B8AX 1OKJA 4Y0WA 3VF2A 3HZ6A 1R59O 1E4GT 4BR2A 4AM6A 2KHOA 5TKYA 4BC3A 3RSEB 2P9LB 1DGKN 1LOTB 2HF4A 4H0XB 4BC4A 2I7PA 2P9IA 4M7XA 1P8ZA 1XC3A 2FXUA 1ZBSA 1Q18A 2A41A 3FZFA 5BPMA 3WXKA 2V52B 2P9IB 3FZKA 1JCEA 3FZLA 4IZ9A 4O5FA 2QWMA 2QW9A 5I9EB 2YHWA 3QMLA 3C7NA 1NGEA 2BTFA 2FF6A 3FLCO 3IUCA 3SLCA 2QWPA 3KHYA 3H3OB 3LM2A 1YUWA 2I7NA 5AZIB 4I6MA 3A8YA 2A6AA 1KAYA 3LDNA 4CZJA 1G99A 2QWLA 1J6ZA 2D4WA 4H5TA 3H45C 3ATUA 5AR0A 1C0FA 5CE3A 2ASOA 3CJBA 1GLFO 5AFUH 2P9PA 5BN9A 4CBUA 3EKSA 1MDUB 5KPTA 3DXKA 4ISEA 3M1FA 3BEXA 1ATNA 1C0GA 1NWKA 3QDKA 2CGJA 4AM7A 1NGDA 4MLHA 4QS7A 3H3NO 4BRAA 4BRIA 4PL8A 5BN8A 1HJOA 4PKHA 3I33A 1KXPA 4M63C 1NM1A 3M6GA 2PAVA 1BO5O 3I8BA 2Q31A 1K8KB 2CGLA 4RTFD 5F2RA 3WQUA 4O8KA 4FOIA 3VENA 4BRKA 3GDQA 5AQXA 1GLBG 2P9KB 1YVNA 1IG8A 2P9NA 3DXMB 5JMVA 3ID8A 4CJ7A 3R9PA 4H0YB 4B1ZA 4XH5A 3SMSA 3A5NC 3CHWA 3C0BA 3ZETB 1NGAA 1NGIA 4M7YA 4WQ5C 5AQNA 5AQRA 4CBXA 4A61A 1DEJA 1GLEG 3MCPA 2HOEA 2Q36A 3VEOA 5AQYA 4BGBA 3A0IX 5BR9A 2Q97A 4BQZA 2A5XA 5ELZA 1QQNA 3ZX2A 4HWIA 3OHRA 4WYBA 1X3NA 1EQYA 4FWOA 1ATSA 4DQ8A 4DHYA 1Y64A 3VGMA 1XQSC 5EXWA 3VEVA 5E84A 5ADXA 2E88A 3G25A 3BP8A 3FZHA 1SAZA 3CJ9A 1MWMA 4EHTA 1GLDG 3H1VX 1U2VA 2AP1A 2YHXA 5LY3A 3KVGA 3R6MA 3AAPA 4FWNA 4H03B 2A40A 3RSEA 2P9LA 4A2AA 4FOEA 4BC2A 3GOIA 1U2VB 2AA4A 3GL1A 3HBTA 3LL3A 5AQZA 4MO4A 1HKBA 4YDUA 4MO5A 2ZWHA 4FWMA 4J8FA 2P9SB 4BRMA 2QWQA 3O8MA 3QFUA 2A42A 4A62A 5EOYA 2FSKA 4CI6A 3IDHA 1BOTO 5AZJB 4BREA 5AZIA 4XEIA 5FPEA 4PKIA 4FPBA 3CJ1A 1GLLO 3DWLA 5AQMA 5JLFA 5LJWA 3CQXA 2YJEA 1QQOA 5BPNA 3MN7A 1BDGA 2IIRA 3ZX0A 4EHUA 3U9ZA 1IJJA 2VYPA 1JCFA 2E2NA 5JICA 4B1VA 4NB4A 5FPDA 4PL7A 4DB3A 3L6QA 5AQHA 4H5RA 5AQOA 5AQUA 4CD3A 1NGBA 4EAHD 5KPRA 3H46O 2HF3A 1HLUA 3HI0A 3ZX3A 1BUPA 1CZAN 3ZEUB 3ULEB 3WEEB 1HKGA 3W0LA 1ZC6A 3WXJA 1NMDA 4H5NA 1WOQA 3MN6A 3MK6A 2E20A 2QWOA 1TUYA 2OANA 4BR5A 4DCHA 5BRHA 4Z94A 1T6CA 1TUUA 4IO8A 4WQ4C 5EX5A 1K8KA 2IVNA 5B8HA 2ASMA 1RDWX 3WUHA 2EWSA 5AQGA 2P9KA 3DXMA 2ZGYA 3KZBA 4JNEA 4CZIA 2E2QA 3CJAA 1SQKA 1TYQB 4A2BA 1GLCG 3EO3A 5F0XA 1NBWA 5KQDA 4H0PA 4BRFA 4IJNA 4JD2B 2FLOA 2ZGZA 1HKCA 3ZETA 4CZEA 2E1YA 2Q0UA 3HSCA 4FPAA 3U9DA 4B1WB 1MA9B 2ZF5O 3P4IA 3O6WA 1LCUA 3ENOA 3H6EA 3VETA 3D2EB 1QQMA 3QBXA 3D7EO 2VCPA 3LDLA 3VPZA 3SMPA 2D0PA 2IVOA 4BG9A 2YCHA 3FGUA 3QICA 5AQVA 1Z6RA 3A5MC 3EL2A 1QHAA 3U4LA 3ENHA 4ISFA 1XUPO 3AAQA 1DKGD 3O4WA 3U8XA 5KPZA 3J8AA 2GUPA 3IMXA 3WXIA 4BVOA 2Q1NA 4E1JA 3UB5A 1D4XA 2GWKA 1GLAG 1T6DA 1GLJO 3BF3A 2GELA 2E8AA 2QXLA 3CJ7A 5AQKA 5KQ8A 2H3GX 3EZWA 3AY9A 3QBWA 4BRGA 1ESVA 4C23A 4EIAA 2YI1A 3DJCA 3H1QA 3CERA 3D2FA 3VF4A 2V7YA 3MN9A 4RCHA 1X9JA 4L3QA 4QS8A 5AQFA 3HM8A 4F9OA 5BREA 1E4FT 2NZTA 3O1BA 5AQQA 2P9SA 3GG4A 3WT0A 3FZMA 3A5LC 5AFUA 3D2FB 2WUSA 2FF3B 3FE1A 4K25A 4GNIA 3UKUA 4BR4A 2QM1A 4FWKA 3TPQA 3JXUA 5AZJA 2IVPA 2QWNA 4B1XB 4BC5A 2VWBA 3UKUB 4IWVA 1QZ5A 3DAWA 4GY2B 4BRPA 3UKRB 4H0VB 2CH6A 2P9UB 1QZ6A 4QS9A 3TU5A 2GEMA 4WQ4A 5AQLA 2DPNA 2BUPA 3VEXA 3QB0A 2GWJA 3GE1A 3CIPA 3MN5A 3O08A 4XH4A 3CJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HVRA 1HNZK 1VHXA 3HP6A 1NK9A 3L0QA 2O8DA 5C0YA 1NGHA 5C12A 4M3ZA 1XNRK 4CBWA 1BCMA 1HX1A 4BR9A 4BRCA 3LZJA 2YHAA 4AQYK 1X9WA 2D0OA 2G8VA 1ZBHA 4TSXA 3VESA 5ADXH 4WQ5A 3L4IA 4R5PA 1QTMA 1YHQN 2V51B 5C10A 4I6MB 2E2OA 3TAFA 3IFRA 3TWHA 5E26A 4B1UB 1VSDA 4OJRA 3S3NA 3GBTA 1VQ4N 4DTXA 5AQJA 3V9ZA 4CZFA 4FWLA 4I2PA 4Y1DA 5C2FA 4KH6A 2P9PB 4B1YB 3A2FA 3MECA 2XO7A 5LL6Z 4CJUA 1KAXA 4BRDA 2CGKA 1WSEA 4BRHA 4O4GA 3D0PA 1ZXOA 3WXLA 1RNHA 2QWRA 2O8FB 3O3HA 4DR7K 3CQYA 3TAQA 3D2EA 3WNHA 3CCUN 1NJIO 1ILYA 4CK2A 5LMUK 3K57A 4B08A 4B9VA 4B9QA 3UE5A 3SAHA 3A5OC 3ATVA 1M1KO 3ITHA 1ATRA 3NF9A 3BF1A 4H5VA 4OPKA 3RR8A 3SJHA 3J7AP 4LF8K 4OKJA 3QFPA 4Q5VA 4CZLA 2XY6A 4PKGA 2J4RA 3EKUA 4LF4K 4FL9A 3VERA 2YHYA 4ILJA 3EN9A 5AQTA 3I0RA 4DU4A 4OGEA 4FJIA 4JYAK 3OYNA 1BA1A 1XWLA 1JLQA 4M3UA 3PO4A 4YY3K 3VMFB 5MLCQ 3KKRA 4M3TA 4RW6A 1NLVA 4FK2A 3SQ1A 1KVAA 3S41A 4W5RA 4MLEA 1VRTA 3HPGA 2YKNA 4DS5A 4CZMA 3AO2A 3L8BA 1VQ9N 1TL1A 3AGRA 3C94A 3HSTB 5JLHA 1NKCA 3LDOA 1K6YA 1RT4A 3ENBA 3UKRA 1Z05A 1SZ2A 1JCGA 1HPMA 2P9UA 4FJKA 1KAZA 3H08A 4K41A 3B8AX 4HUEA 1RTJA 3F5TA 4JS4A 3AVNA 3HZ6A 4AM6A 2KHOA 3AA4A 5TKWA 1JKHA 1DGKN 1LOTB 4BC4A 3OS1A 4CEEA 4M7XA 1O13A 1XC3A 2FXUA 5HOOA 3PX6A 4C8LA 3FZFA 2B4JA 1YT3A 1IKVA 1KLMA 1JCEA 3FZLA 2OPRA 4O5FA 1N6QA 1RT1A 2QW9A 3NF8A 2X78A 5I9EB 3SLCA 1NGEA 3PX0A 1B9FA 3M8SA 3G4SN 2I7NA 4KB1A 1KVBA 1P90A 3PO5A 4CZJA 2KTQA 1G99A 1RILA 5SWMA 1XNQK 4FLTA 5DM7L 1EWQA 5C2DA 5AR0A 3ATUA 5K14A 1C0FA 2WFBA 4LH4A 4B3OA 5JS1A 3MWPA 1GLFO 5BN9A 4NXNK 1RCHA 1HQUA 1RDCA 5J1EA 4CGGA 3N4PA 3DXKA 3IS9A 3HT3A 4ISEA 3MXIA 3M1FA 4M3WA 4M3XA 1C0GA 1NWKA 3QDKA 1TKXA 4AM7A 4LF5K 2W6LA 3SCXA 4YOTA 1OH6A 2F7TA 1KCFA 1ASVA 2QI2A 4LSNA 1ZBFA 1C1CA 1NM1A 3ZT0A 3OYFA 2CGLA 1KQSM 3WXMB 4BRKA 1Q9YA 2P9NA 3DXMB 4JKHA 4CJ7A 3R9PA 4H0YB 1S72N 1N8RO 4B1ZA 3V9WA 4XH5A 4NCBA 2G8HA 3NMUA 4DG1A 2G8IA 3CHWA 3ZETB 1NGAA 1NGIA 4M7YA 5AQNA 5SZTA 4CGFA 1GLEG 4YFUA 4B9TA 4DLEA 3QNNA 4IFEA 3A0IX 3VQ6A 3THWA 3OYGA 5HBMA 3DOLA 3ULDA 4LFAK 4AHUA 3L3UA 4G9ZA 1U45A 1TKZA 2EHGA 3OHRA 4MDBA 4DQ8A 3V4IA 1Y64A 3LDSA 5HRRA 5M1KA 4FLVA 3BP8A 3KTQA 4GKKK 1SAZA 4EHTA 1T7PA 3AAPA 4CERA 1N5YA 2P9LA 3ZSOA 5CYMA 4BC2A 1RBUA 3CCVN 4KH4A 4DR2K 4M3YA 3VTIA 4H8KA 4X62K 1UA0A 4MO5A 4DQIA 4FM1A 2F96A 3AVCA 3D6RA 4HHTA 2O8EA 4BRMA 2QWQA 4NLBA 3QFUA 2A42A 4CGHA 1L3VA 3NAEA 1S6QA 2OZMA 3P31A 4A62A 3P39A 3LAKA 2FSKA 2HHTA 4B9SA 5FPEA 2WC9A 3AA2A 3E01A 5AQMA 5JLFA 2O4GA 1TKDA 3HO1A 1N32K 5C42A 1WSGA 3M8RA 5IT9O 4Z4FA 3AVLA 2Q3SA 1NMNA 4BE1A 5KTQA 3V1QA 3SUNA 1JCFA 1A5WA 1S6PA 1QVGM 4PL7A 4DQRA 1IBLK 5AQUA 3P83D 2O8DB 2JLEA 4AHSA 3RWUA 2OCEA 2OA8A 2HF3A 3ZX3A 1LW0A 4JK8A 3DLLL 4MFBA 1NMDA 3NVMA 3SYZA 4DV1K 1YI2N 3MN6A 3VQ4A 2QWOA 2DFEA 2ITGA 1ITGA 3P1GA 3QINA 4BR5A 1IBMK 4DKWA 3BZKA 4KI6A 2WOMA 1T6CA 4CK1A 1TUUA 1M90O 5KRTA 1K8KA 3DRPA 3HXMA 5B8HA 2ASMA 4W5NA 4FM0A 1EO1A 4DSLA 4PY5A 2P9KA 4DR4K 1IO2A 3KZBA 4GVMA 4LFCK 4DMNA 2E2QA 3CJAA 1GLCG 3EO3A 4IOXA 3KLGA 3AA3A 1NK6A 4H0PA 2HW3A 4N5SA 2FLOA 1VQ8N 1HKCA 1TK0A 4DUZK 4DQPA 3NH1A 1HR0K 3VN5A 3BY5A 2HHQA 1QSYA 1BCOA 2HB5A 1RTHA 2ZF5O 3AO3A 2Y1JA 1T8EA 1YITN 3SAGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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