3H45C

Glycerol kinase h232e with ethylene glycol
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYEFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 169
structure length 500
sequence length 500
chains with identical sequence D, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
C PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C01
3R6MA 1ATNA 2QWNA 1HJOA 2Q2RA 4BRMA 1NGFA 4AM7A 1Z05A 2FSKA 3D2EB 1MA9B 1H1VA 4A61A 5FPDA 2E2NA 1YUWA 3F9MA 4CZGA 3LDQA 3J8AA 2VCPA 2I7NA 2P9NA 4BRCA 2V52B 4CBUA 4BG9A 1NGEA 5AQNA 5JLHA 4M63C 4JAXA 3WQTA 3VPZA 4JNEA 1HUXA 5AQFA 4B1UB 4BRLA 2ITMA 2WUSA 2W40A 3O4WA 4B1WB 4DCHA 4HWIA 1DKGD 1U2VB 1K8KB 2P9NB 2YJEA 1U6ZA 4FOEA 1BA1A 1J6ZA 4FPAA 1GLBG 3CIPA 3O5BA 3O08A 3U8XA 3DWLA 4E1JA 4B1YB 3QFPA 2P9SA 4MLHA 1Z6RA 1NGCA 3HM8A 2CGLA 1BOTO 5E84A 2E2PA 4IJNA 1GLLO 4RWTA 3C0BA 3VENA 3EKSA 4IJAA 5FPMA 4EIAA 3DXKA 4M7XA 4BR2A 2FF3B 4NO7A 1KXPA 4Z94A 4BR7A 4FWRA 3VEXA 5AFUA 2GEMA 2ZGYA 4FWKA 2IVOA 4BC3A 1TYQB 4BRPA 1C0FA 3AAPA 1HKGA 1X9JA 4WQ4A 5ELZA 4EHUA 5BN8A 2BTFA 3FZKA 4MO4A 3FR0A 2QWRA 4WQ4C 4IZ9A 4ISEA 2NLXA 2E8AA 3UE5A 2V7YA 2P9LB 1KAYA 1XQSC 5AZJB 4Y0WA 3GOIA 3LDPA 3MN6A 3UKUB 4IWVA 4CD1A 2CGJA 1KAXA 3DJCA 1IG8A 4B1ZA 3U9ZA 1NGGA 2NRHA 3A5MC 1ATSA 3QFUA 1BG3A 4H0OA 4H5NA 5KPRA 3UKRA 3JS6A 2A6AA 1LOTB 5F2RA 3KZBA 5AZIB 1WOQA 3DXMA 1QQMA 4K42A 3WT0A 5BPMA 4DB3A 5EX5A 1HLUA 3SMPA 3M3ZA 2FXUA 3M1FA 1KAZA 2CH6A 4K25A 4BRQA 3DXMB 4HTLA 5AQMA 1DEJA 1R59O 3I33A 5AQVA 3W3DA 3H6EA 3DAWA 1QZ5A 2GWJA 3ZETA 4QS8A 4EHTA 3A5LC 3UB5A 3VF4A 5BN9A 5AQJA 1MWKA 1TUUA 3BUZB 3CJBA 4H5VA 3WUHA 2UYTA 1ATRA 5AQWA 3LM9A 3WXJA 3ENHA 1NGAA 1NBWA 2W41A 3H46O 5AQUA 3G25A 3MDQA 3L0QA 2VYPA 4H0TB 2P9UB 2HF4A 1G99A 5AQQA 2D1KA 2FLOA 2QWPA 1GLCG 2D4WA 5AQRA 3A5NC 3SLCA 2V51B 3BP8A 3LDLA 5AFUH 4FWPA 3D2FB 4QS9A 3VESA 4DQ8A 5AQGA 4O5FA 3WEEA 4I6MA 4O8KA 3ATUA 2E2QA 3KVGA 1S3XA 2P9IA 3FZFA 3M6GA 3O8MA 3JXUA 4CZFA 4GNIA 3BF3A 4B1VA 2J4RA 3O1WA 5KQ8A 1RDWX 2IIRA 1BO5O 3IMXA 1DGKN 2A5XA 5AQXA 2ASOA 4AM6A 3ZX3A 3CHWA 1YXQA 1BWFO 3EL2A 4BRNA 3CJ7A 4BREA 3SK3A 3GG4A 5TKYA 3QMLA 3EN9A 2PAVA 3GDQA 2QWLA 1BA0A 3VF6A 4B9QA 3VGKA 5JLFA 4JHDA 2ZGZA 3HI0A 4PKHA 3FZHA 2HMPA 3ATVA 1S22A 2KHOA 3MCPA 3AARA 2AP1A 1ZXOA 3H3NO 3A8YA 3ID8A 4WQ5A 1XC3A 2P9SB 4H5TA 2GUPA 4WQ5C 1NGJA 5AQPA 3HTVA 4L3QA 4ISGA 2QWQA 2FF6A 1X3MA 4RTFD 4PKGA 2Q1NA 4CZLA 1ZC6A 4B1XB 3MK6A 4FWMA 4BRFA 3DXKB 5AQYA 4CZMA 4BRDA 1HKBA 4CJ7A 3CETA 2DPNA 4FWOA 4CZJA 3CJCA 1GLJO 2GWKA 1GLEG 1SZ2A 2Q97A 4MO5A 2P9PA 5E26A 2ASPA 4WYBA 1T44A 2P9KA 3R9PA 4CBXA 4FO0A 1QZ6A 1V4SA 5JMVA 1Y64A 3OHRA 2P9PB 5AQLA 3C7NA 1WUAA 3I8BA 2ZWHA 4XH5A 1E4FT 2Q0UA 4RCHA 2YHYA 5BREA 3L4IA 5KPTA 3L6QA 1HKCA 3S41A 4H03B 3UKRB 1T6CA 2E2OA 2YJFA 3C7NB 3CJ1A 3MN9A 4H5WA 4YDUA 3AAQA 4CBWA 4XH4A 4PL7A 2IVPA 4YDUC 4CI6A 4H5RA 5AQSA 3EKUA 4GY2B 2ZF5O 3SJHA 5AQOA 2VWBA 1GLDG 5AQZA 2QWMA 4A2AA 4BRIA 3H1VX 3ZEUA 1LCUA 4H0YB 4BRKA 2AA4A 3A5OC 1BUPA 2YHWA 4A2BA 1NLVA 2I7PA 1D4XA 2YHXA 1IJJA 3FLCO 2QWOA 4IO8A 3AY9A 3ZETB 2NZTA 1BDGA 3TU5A 4XEIA 3RSEA 4NB4A 2IVNA 3ULEA 2E88A 3CJAA 3HZ6A 1QQOA 4M7YA 4CD3A 5BPLA 3QBXA 2ASMA 4FWSA 3VEWA 1HX1A 2YI1A 1Q18A 4BRHA 4JD2A 1NGBA 3EO3A 3QB0A 1CZAN 4IXCA 4CZHA 1V4TA 5AQIA 1NWKA 3W0LA 3O6WA 5FPEA 3D2EA 3WEEB 4I6MB 3O1BA 5ADXA 2QM1A 2BUPA 2E1ZA 5I9EB 3A0IX 5BRFA 2P9IB 3VF2A 2QW9A 3HBTA 2GTDA 3CQXA 3IUCA 3IFRA 3WXKA 3H3OB 4BR5A 1E4GT 4C23A 4FWNA 3MN7A 4XH1A 2CGKA 1HPMA 5EVZA 2D0PA 2Q36A 1TUYA 3P4IA 1ZBSA 5AQKA 5KQDA 2D0OA 3HSCA 5CE3A 1EQYA 2QXLA 1U2VA 1K8KA 3MMVA 3U9DA 3KHYA 2A40A 4FWLA 4EAHD 3LL3A 4JHDB 5FPNA 5F1XA 3QICA 1ESVA 4BVPA 1T6DA 2Q31A 4FSVA 3CERA 4K41A 5EY4A 4BROA 4CZKA 3LDNA 3SMSA 1JCFA 4BQLA 2A3ZA 1NMDA 2F9TA 1QHAA 4MLEA 1NGIA 3VGLA 3WXLA 4F9OA 2E20A 3VEYA 3QBWA 4BR4A 5JICA 4J8FA 2CH5A 2V7ZA 3VEVA 5BRDA 3ENOA 1JCGA 3FE1A 4BG8A 1TYQA 4BC2A 5EOYA 2HF3A 1MWMA 4PL8A 4BR9A 2F9WA 1JCEA 3BEXA 3EZWA 3CI5A 2P9LA 4FPBA 2P9KB 4CZEA 5AZJA 4KBOA 3UKUA 2Q0RA 4FOIA 2E1YA 2OANA 1YVNA 4FWQA 3IDHA 5ADXH 1MDUB 3VEOA 4PKIA 2HOEA 3ZX2A 4BQZA 5LJWA 1BU6O 3BF1A 2EWSA 3QDKA 5AZIA 5EXWA 4BC5A 4BRAA 1GLFO 1SQKA 3LM2A 2GELA 3ZX0A 4BGAA 1OKJA 4A62A 3VETA 5BR9A 4H0VB 1SAZA 4LC9B 3GBTA 1NGDA 4H0PA 2FSNA 3MN5A 1NGHA 4K43A 3ZEUB 1X3NA 5BPNA 4H0XB 4ISFA 3FGUA 4BGBA 5KPZA 4FL9A 3FZLA 3D7EO 1RGIA 3WQUA 1P8ZA 4BRGA 1C0GA 5F0XA 3FFKB 4DHYA 3LDOA 1NM1A 4EFHA 3RSEB 5AQTA 5AQHA 3VGMA 3ULEB 5BRHA 5LJVA 3GE1A 4QS7A 3B8AX 3R8EA 2P9UA 3U4LA 4JN4A 3VERA 3WXIA 3FZMA 1GLAG 1XUPO 1RFQA 5B8HA 2YCHA 3H1QA 2A42A 1QQNA 5AR0A 2H3GX 3VOVA 3VEZA 4BC4A 3GL1A 3CJ9A 4JD2B 4BVOA 4BR0A 2FSJA 2PBDA 3CQYA 5LY3A 2A41A 3TPQA 4CZIA 1YAGA 3O80A 3D2FA 3H45C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R6MA 2QWNA 4KH5A 4BRMA 1KTQA 4G1QA 5EU7A 2FSKA 3D2EB 1MA9B 5J2MA 3CCSN 2QK9A 5J2NA 3T1HK 4CJVA 3O3FA 2KKZA 1XNQK 4ID5A 4CBUA 4IOCL 4FLUA 3WQTA 4M3TA 3SBGA 1M90O 2W40A 4HUGA 4C8KA 2PYJA 1DKGD 4CESA 4IG0A 2KZMA 1LWCA 4JKGB 4FOEA 4KAZA 1BA1A 1J6ZA 4FPAA 3VQ7A 3SCXA 1KVBA 4N56A 1EWRA 2HBJA 1HPZA 4HVJA 2O8DB 3DWLA 4B1YB 4C1NK 1EETA 1RDUA 3HM8A 4CGJA 1BOTO 1EWQA 3OYLA 1NK7A 2E2PA 4GKKK 4FK2A 1ASUA 5M1FA 2HHXA 4B9NA 4M45A 1KD1O 4BR2A 2FF3B 1KXPA 4Z94A 4DTNA 1JXBA 3CXCM 4BR7A 4FWRA 2GV9A 2ZGYA 1TYQB 3ZSQA 3TTFA 3TARA 4CVNE 2YKNA 3AAPA 1X9JA 2VG6A 3QO9A 5ELZA 4EHUA 2F8SA 2BTFA 4MO4A 3AO1A 3Q7CA 4ILGB 2E8AA 1Q7YO 3SI6A 1N36K 4C8NA 1KAYA 3ZSXA 3ALYA 3MN6A 3DLLL 4IFYA 4ELVA 1L3SA 3OYCA 4B1ZA 1RTHA 4Q0BA 3QFUA 4H5NA 1BG3A 3MWPA 1VQ4N 3AVJA 2OZSA 4BWMA 2GBZA 3HJFA 1WOQA 4GV6A 4DFMA 3LANA 3OYGA 2WFBA 3TSQA 4WFAL 5I3UA 3NAEA 3M3ZA 3NGZA 3E66A 3OYDA 3A2FA 3DLEA 4BRQA 3PLAA 1QE1A 1DEJA 2Z1IA 5HOOA 5AQVA 3AGKA 3PUFA 1QZ5A 3ZETA 3TAMA 4MQ3A 2W42A 1MWKA 1HMVA 1TUUA 1VAZA 4CW7B 4DKWA 4E19A 2UYTA 4FJIA 4CECA 4CJ5A 4DSEA 3WXJA 4DV3K 3C6TA 2KZZA 4CHQA 3MX2A 1NGAA 5C10A 1EX4A 1NBWA 3AVGA 4KTZA 1IV0A 3G25A 4RW4A 3DMJA 4H0TB 5GAHP 2HF4A 1G99A 3SQ0A 3UIQA 3QIPA 1SKRA 1NJWA 2FLOA 1S5JA 2D4WA 3SAHA 4Q5VA 2JWLA 5SZTA 3OTOK 3KIOA 1C1CA 5HRRA 4YNQA 1KFSA 4B3MK 1IH7A 4KHWA 3WEEA 4I6MA 2ZJPL 1VQKN 4BY9C 2JWKA 2X6SA 3KVGA 3M6GA 3TAEA 4CZFA 2IDOA 5JS1A 2KW4A 1S1VA 3ZYYX 4B1VA 3D6RA 1RDWX 3IMXA 3NH2A 4OGEA 1WBDA 2HW3A 1ASWA 3CHWA 4BRNA 3CJ7A 1NJXA 2O8EB 4Y1DA 3LP3A 2HNZA 1JLQA 2E6LA 1YJ9N 3AVKA 2WC9A 3PO5A 3GDQA 2OTLN 4B9QA 3QEWA 3VGKA 4B9LA 3HOTA 5HRPA 2ZGZA 3N4QA 4YOVA 4DF4A 2AP1A 3H3NO 3ID8A 4C8MA 2P9SB 3V9WA 4H5TA 2GUPA 4WQ5C 1VHXA 1K8AO 5AQPA 1VQNN 1A5WA 1BL3A 4L3QA 4NCAA 3R1XA 4RTFD 4B1XB 1WSJA 3MK6A 3SQ4A 3RMBA 3DXKB 1Z25A 5AQYA 2QEXN 3J7AP 4CZMA 3CETA 3C6UA 2FBTA 3CJCA 1U47A 1SZ2A 4J2AA 4MO5A 4DR6K 1T44A 2FBXA 3R9PA 3OBWA 2ZQBA 1FJGK 4CBXA 4CF9A 4CJ4A 2RN2A 4DSFA 1J54A 4FZYA 3THXA 2VG5A 3KD5E 3KK7A 3AVFA 1WUAA 1HKCA 1BI4B 4EP5A 3S41A 3AVNA 4YOYA 1NOYA 2YJFA 1BQMA 3VQQA 3S9HA 2EX3A 4KHUA 4YDUC 4PY5A 2QTDA 3SJHA 1OH6A 2QWMA 4BRIA 2IS3A 3H1VX 1W97L 4CHPA 1HYVA 2GX9A 4H0YB 4DF8A 1VK0A 4JLHA 2AA4A 1BUPA 3J81O 2IOCA 3S3NA 4DU4A 1VSHA 3HL8A 1D4XA 4KHPK 4DTUA 3QESA 4IO8A 2OZMA 3MWTA 3T1AA 4JK9A 3L2RA 4ZHRA 5FDLA 1NK5A 1WLJA 4X64K 3JYTA 3AA4A 2P5GA 2IVNA 5BPLA 3OBYA 2ASMA 5C15A 1Q9XA 3KLIA 4CJRA 4FVMA 1Q18A 4BACA 3V4IA 4FJNA 4BDPA 5CYMA 1DLOA 5GAEP 3KLGA 1NGBA 4LF9K 4O0JA 4CZHA 4N5SA 4RW7A 3V1QA 3M8QA 1N33K 2Q3SA 1NWKA 4YFUA 3WNFA 3U6FA 1TKDA 2YNIA 3O1BA 4AHCA 1KSPA 1KRPA 1P90A 1QSYA 1VQ5N 3CQ8A 3WXKA 1D9FA 1BGXT 4M3RA 4IOXA 1QS4A 4BR5A 3HM9A 4F4KA 3F73A 4E7JA 3VQ9A 4M3ZA 1TK0A 3TTDA 4JRPA 3P4IA 1ZBSA 2D0OA 2Z1GA 1EQYA 3M8RA 1K8KA 3QNOA 1OVQA 3U9DA 3O3HA 3MXIA 4B3OA 2A1RA 4Z4CA 1RT5A 3V9XA 4JHDB 4BVPA 1JXEA 1T6DA 2RE2A 3CERA 4CGDA 1WAJA 1S9GA 4K41A 3HVTA 4CZKA 3CC7N 3LDNA 2Z1JA 3I0SA 3CCVN 1NGIA 4JI1K 4F9OA 4FLTA 2CH5A 3V9SA 3T19A 3AVIA 1JCGA 3THYA 4A57A 4FJ8A 4BG8A 4LY7A 4OPAA 1RBTA 4BC2A 3MXJA 1LW2A 4DR7K 4B8AB 1MWMA 4F2RA 3HP6A 4DFJA 3OYNA 3TTCA 3OVNA 3B6OA 3BEXA 4Z0UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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