3H45C

Glycerol kinase h232e with ethylene glycol
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYEFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 169
structure length 500
sequence length 500
chains with identical sequence D, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
C PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C01
1NGGA 4CZJA 4BRIA 4BRGA 3ULEA 5KQDA 2VCPA 2GEMA 2P9SB 3D2FA 1TUYA 4H5VA 4DQ8A 3L4IA 1U2VA 4LC9B 5ADXA 3CIPA 4XEIA 1CZAN 2P9NA 3VEWA 4BR7A 4WYBA 1BUPA 3H1QA 3AAQA 2ITMA 4FWLA 3EN9A 1X3MA 3CETA 3O1WA 4FWMA 3DAWA 2QWMA 1ATSA 1T6CA 4H0VB 3ULEB 4BGAA 2DPNA 2A41A 2EWSA 1S22A 3D2FB 2A6AA 1U2VB 2J4RA 2VWBA 3MN6A 3U9ZA 1T44A 1MDUB 2P9NB 3UB5A 5LY3A 1C0GA 3TU5A 1YXQA 4FO0A 5LJWA 1NBWA 3WQUA 3GE1A 1V4TA 4IWVA 4EAHD 3DXMA 3R8EA 5BPNA 2F9WA 1QHAA 2Q1NA 3EKUA 3SMSA 4BQZA 2CH6A 4NB4A 3VEOA 3A5NC 2VYPA 3CQXA 3KZBA 5E84A 3RSEA 4CZKA 1NGCA 1NM1A 1XC3A 4A2AA 5JMVA 3FGUA 2BTFA 1GLLO 4IJAA 3DXMB 3H6EA 2QM1A 3VOVA 2QWQA 2KHOA 4BC5A 2V51B 2H3GX 3J8AA 3LDLA 2QWRA 3RSEB 5BRDA 4K25A 2UYTA 4M63C 5FPNA 1K8KA 3QFUA 5ADXH 1R59O 3OHRA 4H5WA 2E2NA 2FF3B 2FXUA 4BROA 5KPTA 5BN8A 2E2OA 3O6WA 1GLAG 3AARA 2QW9A 3VF4A 1WUAA 3CQYA 3WT0A 4QS9A 4RWTA 4B1YB 1OKJA 5AQPA 1K8KB 4BRFA 1J6ZA 2CGKA 2WUSA 4BG9A 4E1JA 3CJ1A 3MN9A 4QS8A 3BEXA 1SZ2A 1GLBG 3IMXA 4A2BA 5JICA 4BC4A 4I6MA 4C23A 4CZEA 3M6GA 5E26A 4IJNA 1WOQA 2Q2RA 3EL2A 3A8YA 3ATVA 2V7ZA 4Y0WA 2E1ZA 3EZWA 4XH4A 1HJOA 4CBUA 2FSJA 2D0OA 2E8AA 1QQOA 4B1UB 3KVGA 3FE1A 3GOIA 2GWKA 1ZBSA 1EQYA 4JAXA 4BRNA 4I6MB 3WXKA 3ZX3A 2E2QA 2PBDA 3GL1A 1HX1A 3VERA 4O5FA 1GLCG 3VETA 4F9OA 5BPLA 1SAZA 3GG4A 5AQSA 3WXIA 2ZGYA 1QZ6A 5B8HA 3O4WA 4CZFA 3HZ6A 4H5NA 1BDGA 3SMPA 4BR2A 1RFQA 2QWNA 5TKYA 1NGHA 3QMLA 2W40A 5JLFA 5EVZA 2ASOA 1ZC6A 2ASMA 1GLJO 4FWQA 1P8ZA 1HKGA 4H03B 5AQKA 3VPZA 3SJHA 3FZMA 3VF6A 1E4GT 4CI6A 4MLHA 5AQHA 4HTLA 1JCGA 3CJBA 4EIAA 2QXLA 3BF1A 4BVOA 5AR0A 2Q31A 4JHDA 5AQGA 3WXJA 2I7NA 4MO5A 3QDKA 4CD3A 5AQTA 4FWSA 4FOEA 3R6MA 1BA0A 3BF3A 2HF3A 4DCHA 4DB3A 3O8MA 2QWPA 1QQNA 4BG8A 3CJAA 2E2PA 5BR9A 4H0OA 5AQVA 2FF6A 3MK6A 4ISFA 3ATUA 5EX5A 4JHDB 3UKUA 4CZHA 4CZGA 3LM2A 4O8KA 3F9MA 4PL7A 2Q36A 3VEVA 5AQMA 5KQ8A 2ZF5O 4BR5A 4FWPA 3JS6A 5AZJA 3I8BA 1KAZA 2P9UA 3L0QA 3FZLA 1NGFA 4IXCA 1ATNA 4PL8A 5BREA 4JD2A 3O08A 5BPMA 3W3DA 3UKUB 4JNEA 2PAVA 4PKHA 4MO4A 1D4XA 3O80A 3L6QA 4JN4A 5AZJB 4BR4A 4XH1A 3B8AX 1IG8A 3JXUA 2GUPA 2BUPA 2FLOA 2P9UB 3AY9A 4YDUA 3WQTA 1QQMA 3MCPA 1RDWX 3SK3A 3VGKA 1HKCA 1BO5O 4JD2B 4CBXA 3CI5A 1YAGA 5KPRA 1NMDA 4BQLA 1NWKA 5EOYA 4BRCA 2IVOA 2YI1A 4H5RA 3MN5A 3CJ7A 1BU6O 5AZIA 5AQYA 2V52B 2A3ZA 1Y64A 5AFUA 3GBTA 2IVPA 5BN9A 4MLEA 4K41A 3G25A 2D0PA 2NRHA 4ISGA 4QS7A 2OANA 2IVNA 4M7XA 4A62A 4BRKA 3VENA 4CZLA 3BUZB 4BRHA 3SLCA 2YCHA 4PKIA 1JCFA 5AZIB 4B1WB 2V7YA 4WQ5A 4H5TA 3H1VX 4M7YA 4BRPA 3CJ9A 2Q0UA 3KHYA 4NO7A 4BGBA 5AQQA 4RTFD 4B1VA 3AAPA 3W0LA 2HOEA 4FWKA 3TPQA 4Z94A 3D2EA 4GY2B 3C0BA 4BRMA 1DKGD 4AM6A 2CGLA 3QBXA 4ISEA 4FPBA 1SQKA 3VEZA 4H0YB 3CERA 4A61A 3IFRA 1TYQA 2ZGZA 1Q18A 2HMPA 4IZ9A 3WUHA 1KAYA 1XQSC 2YJEA 4H0PA 4EHUA 3IDHA 5BRHA 3D2EB 5CE3A 4FWNA 3VGMA 2E1YA 4WQ4A 1ATRA 3QFPA 5FPDA 2YHXA 3VEXA 4CD1A 4BC3A 5AFUH 1NGBA 2D1KA 3VGLA 5AQZA 1TYQB 1NGDA 4IO8A 2HF4A 4RCHA 3U9DA 3HM8A 1ESVA 5AQNA 5AQRA 3VF2A 4BVPA 3VEYA 3O5BA 5KPZA 1MWKA 1X3NA 3ENHA 5AQLA 2I7PA 2P9LA 1NLVA 4GNIA 3ZEUA 3FR0A 1IJJA 1KAXA 4YDUC 3UKRA 1S3XA 4EFHA 1DGKN 2ASPA 4H0TB 4FWRA 3MDQA 1QZ5A 3WEEA 2A40A 3QBWA 5F1XA 3QICA 2QWOA 4PKGA 5AQJA 1HKBA 3QB0A 1GLEG 2E88A 4BR9A 5I9EB 4L3QA 2P9LB 3ZEUB 2GELA 1X9JA 3HSCA 3CJCA 3ZX0A 4BREA 1XUPO 2IIRA 2AP1A 3UKRB 1YUWA 3P4IA 1NGJA 5AQOA 4BC2A 2P9IA 3H3NO 3WEEB 1GLDG 1YVNA 5AQIA 4CZMA 1ZXOA 3M3ZA 4FL9A 1HPMA 3EO3A 3EKSA 3LM9A 2YHYA 1BA1A 3HTVA 4HWIA 2FSKA 3A5OC 4CBWA 3C7NA 1BOTO 5FPEA 4WQ5C 1LOTB 1Z05A 1HUXA 3A5LC 1BG3A 2P9IB 3DXKA 2Q97A 2FSNA 3H3OB 1T6DA 4FWOA 5JLHA 3LDOA 2F9TA 3FLCO 3O1BA 5AQUA 5F0XA 1C0FA 1BWFO 1G99A 3UE5A 3LDQA 4FSVA 5EY4A 4CJ7A 2CH5A 3C7NB 4XH5A 5LJVA 3DJCA 3LL3A 1U6ZA 3D7EO 1MWMA 3FFKB 2P9KA 3DXKB 2YJFA 1JCEA 4BRQA 4BRAA 4BRLA 3I33A 4B9QA 3ENOA 3ZETA 4EHTA 3M1FA 5BRFA 2NLXA 4H0XB 5EXWA 4K42A 3ZX2A 4J8FA 4WQ4C 3FZFA 5FPMA 3IUCA 1H1VA 4FPAA 5AQWA 1MA9B 4B1XB 2D4WA 3WXLA 1E4FT 2AA4A 3S41A 2A42A 2P9KB 3CHWA 3BP8A 4CZIA 3MMVA 3VESA 2P9PA 3R9PA 1V4SA 4BRDA 3A0IX 3ZETB 2GWJA 1LCUA 2E20A 3HBTA 1NGIA 3A5MC 3U4LA 4B1ZA 2ZWHA 1HLUA 4BR0A 3H45C 3FZKA 1GLFO 4K43A 3H46O 3U8XA 4KBOA 2Q0RA 1NGAA 2NZTA 3HI0A 2QWLA 3FZHA 4AM7A 1TUUA 3ID8A 2A5XA 3MN7A 1DEJA 2P9PB 1KXPA 4FOIA 4DHYA 2YHWA 2W41A 2P9SA 3LDPA 3GDQA 3LDNA 5ELZA 3DWLA 1Z6RA 5AQXA 1NGEA 2GTDA 5F2RA 2CGJA 5AQFA 1RGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E9OA 3DLBA 1W0HA 4H4OA 4BRIA 1Q86O 4U67L 4DS4A 2E6LA 2P9SB 1TUYA 1KVCA 4DQ8A 1WSHA 1HMVA 3CIPA 3OYCA 3T7ZA 2P9NA 1WAJA 3OS2A 4M3YA 3H1QA 4C1NI 2OPRA 1S5JA 3EN9A 4KTZA 3G10A 4M42A 3HSTB 3QNOA 3CETA 4FWMA 3DAWA 2WONA 3V1RA 2EWSA 3D2FB 5LL6Z 1U2VB 4ELUA 3MN6A 1REVA 3U9ZA 4FO0A 3GE1A 4DTJA 3VQ5A 4LF4K 3R8EA 2QTDA 2F9WA 3EKUA 3SMSA 3FFIA 1DLOA 2CH6A 4AHUA 1VSMA 4CEOA 3RSEA 3KZBA 4E7HA 3PV8A 1NGCA 3RRGA 4CF9A 5JMVA 4CIGA 3WNGA 4DFJA 4KHUA 5M1NA 5HL7L 3WXMB 1GLLO 4MDAA 2OCEA 4FZZA 3T69A 1WAFA 3TAGA 2HHQA 3DXMB 2QM1A 3VQ9A 2QWQA 4KFBA 3J8AA 4NCGA 4A5AA 1YJNN 1DTQA 3KWIA 4Q5VA 2G8FA 5ADXH 3KD5E 2IC3A 1TKDA 4X62K 4RW8A 1QHTA 2E2OA 3KK3A 3PSFA 1TL3A 2OA8A 1I3AA 3O6WA 3NH0A 1L3UA 1VQNN 2EX3A 2O8DB 5KGXA 3TABA 3MX5A 2NRXA 3B6OA 1OKJA 5AQPA 1DT9A 3SZ2A 3CMEN 4DFMA 1C0UA 3MN9A 3AA4A 4A2BA 4Z4CA 3JAMO 4BC4A 1LAVA 4CZEA 5E26A 4IJNA 2G8UA 1WOQA 3EL2A 4ICLA 2VG5A 4DSEA 3ATVA 4Y0WA 1JKHA 4LD0A 2E1ZA 1YHQN 4DQRA 4LSLA 1T8EA 2E8AA 2D0OA 2HW3A 4CK3A 3KWGA 1C0TA 1X9MA 1JL2A 1ZBSA 1EQYA 2KFZA 2FBXA 1NG9A 3SAHA 4CIFA 4I6MB 3MXIA 4BDYA 3GL1A 5I42A 1GLCG 4F9OA 5AQSA 2ZGYA 5B8HA 3O4WA 3V9UA 2ATQA 2QWNA 5TKYA 3SPYA 1NGHA 4LF7K 4WE1A 4E7KA 4JRQA 1D9DA 5EVZA 4CFDA 3OYAA 3V1QA 3OTOK 2KZMA 2ASMA 4FWQA 1P8ZA 4JEPA 5AQKA 2OZMA 4CESA 4CEDA 3HT3A 3AO5A 3FZMA 1N6QA 4K8ZA 1M90O 2G8VA 3KJVA 4OPKA 1VSFA 2QXLA 3OY9A 4JKGA 1KTQA 5AQGA 3WXJA 4B3TK 3K0SA 4DUZK 4MO5A 3QDKA 4CD3A 3BF3A 2HF3A 4K8XA 3O8MA 3TWHA 2QWPA 1FK9A 1XHXA 2D0AA 5J2NA 4CF2A 5BR9A 5AQVA 1WSGA 2FF6A 2GV9A 4DV5K 4ISFA 3HOTA 4O8KA 1KLMA 2ZF5O 2HBKA 4CJQA 2P9UA 2F96A 4N47A 3I0SA 2O4GA 4IXCA 1S1XA 5C2DA 4PL8A 4JD2A 4QAGA 1HYVA 3EE9A 3KD1E 4Z4FA 1WSIA 4JI6K 1RT4A 3UKUB 4IG3A 3THWB 2ETJA 4CVNE 2PAVA 4JKAA 4DR2K 4PKHA 1D4XA 4JI8K 4XH1A 1RDDA 4YDUA 3SUNA 3AY9A 1RT7A 4FW2A 4FZYA 3SK3A 3VGKA 2O8EB 1HKCA 3VQDA 1KFSA 3CI5A 3NH1A 1NMDA 4CJPA 1NWKA 1IKVA 4C8KA 1WSJA 4BRCA 2WC9A 2IVOA 3SPZA 3TAFA 1KVAA 2HSTA 5AQYA 4I9LA 2JLEA 5AFUA 2HB5A 4CGJA 1Q8IA 4B8AB 2D0PA 2OANA 4BRKA 3UIQA 2YCHA 1W7AA 3K57A 1SKSA 5AZIB 3F9KA 1OH6A 4M7YA 4NO7A 5AQQA 1C1AA 3OYGA 1S9EA 4DR1K 4FJXA 3TPQA 4IDHA 3D2EA 4GY2B 2CGLA 4CEFA 4FPBA 4DU1A 1SQKA 2FBTA 4I2QA 3NF8A 4JV5K 4GW6A 3RMDA 1KAYA 3DYAA 3IAYA 1XQSC 1U47A 4CJKA 5BRHA 4DTOA 4FWNA 1C1BA 2IOCA 2XY6A 4B3MK 2E1YA 3DI6A 1XWLA 1KSPA 3L8BA 4JKFA 1J54A 2ZQBA 2VG7A 3AVCA 5AQZA 1S6QA 4CGHA 3O3GA 5AQNA 5AQRA 4YORA 3AVMA 3AVLA 4YOYA 3VEYA 3O5BA 1IH7A 1DTTA 4KAZA 1Q9XA 3DM2A 4GNIA 1NLVA 4FW1A 3L2WA 1IJJA 3PO5A 4ZHRA 1RTIA 4H0TB 4FWRA 3AA3A 2A40A 2PYLA 4NYNA 4DU3A 1UWBA 1SUQA 3ULDA 2QWOA 4PKGA 4YOXA 3P39A 3KLHA 3AGKA 5M1PA 4BR9A 4FVMA 3ZEUB 4H8KA 4FZXC 3RVCA 3TAMA 4J2EA 2NRWA 1VRTA 1XUPO 3R3LA 3UKRB 5HRPA 4BC2A 4KTWA 2VGMA 2W42A 4HTUA 4AHTA 4M45A 1VQLN 4J2BA 1NKBA 3HTVA 3IS9A 4UY8O 4HWIA 4B9NA 2IGIA 4CBWA 3CPWM 1RILA 3AA5X 4CCHA 4EP4A 3S3NA 4DSJA 3C95A 4GVEA 4WQ5C 4DQSA 3D6RA 3M8PA 1HUXA 4BE2A 1BG3A 1WBBA 4HUEA 2O8CB 1TK0A 1T6DA 1XMQK 2F9TA 3L3VA 3O1BA 3THXB 3MXJA 4MQ3A 1C0FA 1YF5L 3OYJA 1LAWA 2EHGA 1KFDA 5EY4A 3C7NB 3P31A 3DJCA 4KV8A 4WFBL 1J5EK 3KLEA 3NF9A 1MWMA 2UU9K 2DFEA 2P9KA 2YJFA 2RHKA 4BRAA 3E9LA 4B9QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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