3H46O

Glycerol kinase h232e with glycerol
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYEFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 178
structure length 500
sequence length 500
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h46O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h46O01
3VEVA 4CBXA 2IVNA 1MWKA 1GLAG 1IJJA 1NM1A 3F9MA 3CJ1A 4QS8A 4GY2B 3QMLA 3FE1A 1DKGD 4PKIA 1NGFA 2YJEA 3A8YA 5LJWA 3O1WA 1DEJA 3MMVA 2GUPA 4EAHD 4A2AA 1QHAA 2ZF5O 5JMVA 5KQDA 3A5LC 3MN9A 4FL9A 2ASOA 1LCUA 1NLVA 2ASMA 3DWLA 3IUCA 3JXUA 3C7NA 3VF4A 3WXIA 1QQNA 2QWNA 5AQHA 4FWOA 2NRHA 2E1ZA 2I7NA 3A0IX 3BEXA 3SK3A 3WT0A 4BQLA 4H5WA 4DCHA 1QZ5A 3ATVA 3CJAA 2VCPA 3GL1A 2P9LB 2Q1NA 3HZ6A 3WXJA 5BN9A 5LY3A 4FWQA 3EKUA 4K25A 3H3OB 4BC3A 3RSEA 5BPMA 3UB5A 2VYPA 2E8AA 2YJFA 2P9UA 1D4XA 3W0LA 2GWKA 3ULEB 3H1VX 2D4WA 3B8AX 3MN5A 4RCHA 1G99A 1SZ2A 1NGGA 4BR4A 4CD3A 1BUPA 4AM7A 1X9JA 1T6DA 2YI1A 3CI5A 3SMSA 3R6MA 4B1UB 2DPNA 3M3ZA 1BO5O 3L6QA 1S3XA 2E2PA 2H3GX 3I8BA 4H0TB 3DXMA 5AZJA 3ENOA 4FOEA 4PKGA 2A41A 1X3NA 1MWMA 5EVZA 3VEOA 4B1ZA 4CZLA 2P9SA 3M1FA 1NGBA 1T6CA 1TUUA 5FPEA 2E1YA 5BN8A 5AQGA 1CZAN 5EOYA 3SJHA 1K8KA 3CJBA 1E4FT 1BU6O 1YUWA 1ESVA 3I33A 3O80A 4NB4A 5ADXA 3S41A 4MLHA 1Z05A 4JD2B 4IJAA 2HMPA 3JS6A 3DXKA 4H0YB 4BG9A 3LM9A 1YXQA 2UYTA 4BGAA 1NGHA 5AQSA 2P9PB 5AQRA 3MCPA 1BA0A 4YDUA 3VENA 4CZFA 2BUPA 1S22A 3VEWA 3ZEUB 5BPNA 5JLHA 3IMXA 1GLBG 5EX5A 3UKRB 3GBTA 4PL8A 2CGKA 3U8XA 4BRDA 4BC2A 1BOTO 2QWOA 2P9IA 1NGJA 2HF3A 3CETA 3EKSA 5JICA 4WQ4C 3MN7A 4FSVA 4JHDB 3VETA 3VEYA 5AQYA 2IVPA 2QWPA 4J8FA 4B1XB 5AZIB 4EHUA 5F1XA 4CD1A 2P9NB 1NGAA 1C0GA 3A5MC 1HUXA 4KBOA 4XEIA 3O8MA 1QQMA 2OANA 2P9KA 2A3ZA 3VGMA 3CIPA 5LJVA 2NZTA 2CGJA 1NGIA 4ISGA 5AQOA 1BWFO 4CZIA 4BR2A 2GELA 4CZEA 1V4SA 4XH5A 5AQMA 4FWMA 4CZHA 1V4TA 3HSCA 3MK6A 4RTFD 3FZFA 5FPDA 4FWSA 3HM8A 4BRNA 3CJ7A 4BRAA 2V7ZA 4BRFA 1C0FA 4M7YA 1T44A 3FR0A 4FWRA 3SMPA 2Q97A 1E4GT 1HKGA 3ZETB 4C23A 3C0BA 4BR7A 4BRKA 5AQXA 3H3NO 3G25A 4BRPA 4BG8A 3DAWA 5BRDA 2VWBA 4HTLA 1TYQB 4WQ5A 2AA4A 3O6WA 3WEEB 3LM2A 2FF6A 3CERA 5BRHA 3R8EA 5KPRA 2P9LA 3J8AA 3KHYA 4O8KA 4NO7A 3O08A 3CQYA 4BR0A 2I7PA 5KPZA 3QBWA 3UKUB 5AQVA 2E2OA 2YCHA 2FSNA 4FOIA 3WQUA 4EFHA 3ZX2A 4HWIA 4CZGA 1ATNA 1GLFO 5AQNA 3VF2A 4BRQA 4QS9A 1SAZA 3VGLA 4BRIA 4WYBA 1XC3A 1MDUB 3ULEA 4BVOA 2QWMA 2HOEA 5AQFA 4L3QA 3FGUA 4ISFA 1GLDG 3O1BA 1J6ZA 2A42A 2QWRA 3BF1A 3FFKB 3CQXA 2ZGYA 3LDPA 5AQKA 3AY9A 4RWTA 4FWKA 2CH5A 3H45C 1RFQA 1U6ZA 1WOQA 1NBWA 4I6MB 2FSKA 1NMDA 5AQQA 4QS7A 4AM6A 4Z94A 1U2VB 5E84A 5KQ8A 4IJNA 1ATRA 3D2EB 4H0OA 2ZGZA 3QB0A 4DB3A 4BRGA 4O5FA 4FWLA 4H5TA 4EHTA 3MN6A 4BGBA 1KAYA 1Q18A 3CJCA 4A61A 3QICA 5AQLA 3FLCO 3EO3A 4H03B 4H5NA 1DGKN 4JD2A 2QWLA 2YHWA 4K42A 3VERA 3VGKA 1ZC6A 1BG3A 1ATSA 3EN9A 4FWNA 4JNEA 3ZX3A 2P9PA 4BRLA 1Y64A 3ZEUA 4H0PA 5BREA 2A40A 2Q0RA 4H5VA 1JCEA 4BC5A 3L0QA 1GLJO 1HX1A 3UKRA 2GWJA 3FZMA 3R9PA 2GTDA 3HTVA 4JHDA 2NLXA 4CI6A 3TPQA 1QQOA 4EIAA 1KAZA 2ZWHA 3L4IA 4CZJA 5I9EB 5AZIA 3GDQA 4H5RA 3P4IA 2P9NA 4E1JA 2A5XA 1GLCG 3U9ZA 1P8ZA 3D2FB 2V51B 4BC4A 3CJ9A 1JCGA 2A6AA 5AQPA 3AAPA 3M6GA 3H6EA 5BR9A 3BP8A 2PBDA 2E88A 4B1VA 3U9DA 5AQWA 1NGCA 3WXKA 1ZXOA 1KXPA 4PL7A 4JAXA 4BRHA 4ISEA 5FPNA 3KVGA 1OKJA 2F9WA 5AQJA 1BDGA 4B1WB 3EZWA 1HJOA 4H0VB 4F9OA 5BRFA 3ZETA 2GEMA 4MO5A 3H1QA 3W3DA 4BQZA 2Q2RA 4WQ4A 3VPZA 5B8HA 5AR0A 2QM1A 1QZ6A 2QXLA 3QBXA 3MDQA 4BRCA 1TYQA 1YVNA 2AP1A 5FPMA 4FPBA 3WEEA 5AQIA 2FSJA 4BR9A 2IIRA 1NWKA 4K41A 3C7NB 4LC9B 3FZKA 4BR5A 5EXWA 1KAXA 2J4RA 1HKBA 1WUAA 5E26A 3VF6A 4FWPA 1TUYA 3UKUA 5ELZA 4CZKA 3AAQA 4IXCA 3WUHA 2FXUA 1GLEG 3LDNA 2EWSA 2Q0UA 3HI0A 4CJ7A 2HF4A 2CGLA 2D0PA 3UE5A 3AARA 2E20A 4JN4A 2IVOA 3O5BA 3IFRA 4CBUA 3RSEB 5F0XA 4CBWA 4BROA 1YAGA 1HLUA 4A62A 2P9UB 4FPAA 4M63C 2CH6A 2WUSA 3O4WA 2Q36A 5BPLA 5AQZA 3LDLA 4IZ9A 5F2RA 2YHXA 4DHYA 5CE3A 4H0XB 3WXLA 4BVPA 4GNIA 4YDUC 4I6MA 2BTFA 3ID8A 3A5OC 3A5NC 2KHOA 1U2VA 3SLCA 4M7XA 1XQSC 3D2EA 4B1YB 3U4LA 3VOVA 2ASPA 4DQ8A 5AZJB 1NGEA 3DXMB 1IG8A 4K43A 2W40A 1LOTB 3WQTA 3QFUA 2P9SB 2FF3B 4XH1A 1X3MA 1H1VA 4IWVA 3QDKA 4FO0A 4CZMA 3ATUA 1K8KB 3CHWA 4MLEA 3DJCA 3H46O 3TU5A 5AFUA 1HKCA 2QWQA 1GLLO 1JCFA 1Z6RA 5TKYA 3DXKB 4A2BA 2E2NA 1RDWX 1HPMA 3EL2A 2FLOA 3VEXA 3QFPA 3BF3A 4PKHA 2E2QA 2YHYA 3LL3A 1MA9B 4BREA 1EQYA 1BA1A 2V52B 3LDQA 2V7YA 2QW9A 3D7EO 1XUPO 3BUZB 3FZLA 4MO4A 3GOIA 4IO8A 4BRMA 4B9QA 4Y0WA 3FZHA 2F9TA 1R59O 2P9IB 3KZBA 4XH4A 2ITMA 5AFUH 5EY4A 2W41A 1NGDA 2D1KA 3VEZA 5ADXH 3GE1A 3D2FA 3HBTA 3LDOA 5AQUA 3ENHA 4WQ5C 1RGIA 5KPTA 1SQKA 1ZBSA 3GG4A 5AQTA 5JLFA 3ZX0A 2Q31A 3VESA 2PAVA 3OHRA 3IDHA 2P9KB 2D0OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IO9L 3V9SA 2IVNA 1BHLA 3TWHA 2IAJA 4C8OA 5FRNA 4CF2A 4GY2B 3QMLA 1W7AA 1DKGD 4Z4GA 1LW2A 1NGFA 3OY9A 1DLOA 4HTUA 5JMVA 5KQDA 1XMOK 3A5LC 4CEFA 1NLVA 1KD1O 3DWLA 4DR6K 5H1SQ 4LSLA 4CJ3A 1YI2N 4CJ5A 3HK2A 5D3GA 4F3TA 5MLCQ 3LDSA 2E4LA 4FWOA 3DLEA 2NRHA 2I7NA 3LANA 3LP2A 3WT0A 4H5WA 3GL1A 4C8MA 3HZ6A 2NRZA 4CJSA 1Q9XA 3WXJA 3E01A 4FWQA 1VQPN 3RSEA 1LV5A 2E8AA 3KK3A 2KKZA 1Q7YO 1J54A 1D4XA 1SL1A 3W0LA 3VQAA 3VA0A 5HP1A 3O3GA 3MN5A 1NJZA 3VA3A 2WFBA 4CFAA 4AM7A 3SMSA 2YI1A 4NXNK 1FJGK 1Y97A 3M3ZA 3AVGA 1BO5O 3L6QA 1HPZA 3RR8A 3OYEA 1L3UA 5AJ3K 3BY5A 1VQ4N 2HHTA 3KD1E 2A41A 1YF5L 3VQ8A 5EVZA 2XY6A 4CZLA 2D0CA 1TUUA 1C0TA 1WAJA 2YKMA 2Y1JA 5EOYA 3SJHA 4HHTA 2NUBA 3HPHA 3WNGA 1VSFA 3O80A 2RE2A 4DV4K 5ADXA 5GAEP 4DQQA 3DXKA 1IBLK 1OH8A 2GUIA 4NYNA 4MDBA 1YXQA 4C1NK 3EYZA 1NGHA 1BCOA 4CHQA 2P9PB 5K14A 3TABA 4CHZA 3VENA 1ILYA 1EXQA 1S22A 1BL3A 1KVAA 4OLAA 1WN7A 4IEIA 4YORA 4DTUA 4FK2A 3C6AA 1BOTO 3OJSA 1OH6A 4KHYA 4DLEA 5EU7A 1VQ7N 5CR4A 1NGJA 3CETA 1RT5A 1NKBA 4FSVA 5AQYA 1SKSA 2QWPA 4I9QA 3PUFA 4EHUA 5TKWA 5F1XA 3NVMA 3KJVA 4DF4A 4QAGA 1HYZA 1HUXA 4KBOA 3OW2M 4L8RB 3WNFA 3VGMA 1VQKN 4CF8A 2CGJA 2YHAA 1IBMK 4CZEA 3P31A 4KHQA 2F7TA 4FWMA 1U04A 3S9HA 4JKCA 5FPDA 1QVGM 4RW8A 1O1WA 4BRAA 3CJ7A 1RDDA 3O9TA 4DSIA 1ZYQA 1E4GT 2NNWA 1RILA 3G25A 4BG8A 1XWLA 5BRDA 2R7YA 2AA4A 1JLCA 2FF6A 2QKKA 3R8EA 3S3NA 4E7LA 2P9LA 3J8AA 5HRSA 4O8KA 3CQYA 1WAFA 2I7PA 1RT6A 3A2FA 4OKJA 3UKUB 2FSNA 4FOIA 4FM1A 4UY8O 4PQUA 3ZX2A 5AQNA 3VF2A 4R5PA 4QS9A 3NHGA 4GMJB 4HCBA 3MX2A 4RW7A 1XC3A 4YOUA 3ULEA 2FBXA 2HBMA 3E9PA 4LFAK 3CCSN 2P51A 5C0YA 1TV6A 3O1BA 2DTUA 1SUQA 3BF1A 3SYZA 4JI7K 4CCHA 1SL0A 4FWKA 4DV5K 4CEQA 3MEGA 4E7IA 1U4BA 1RFQA 4KH4A 2O8EA 1NBWA 1WOQA 3V9XA 5AQQA 4Z94A 2IDOA 4FJ5A 1ZBIA 1ATRA 1B9FA 1JLEA 3CFOA 3OYMA 1NJXA 4O5FA 4EHTA 3MN6A 2VQFK 3M8RA 1ZBHA 2OZMA 4GKKK 4DF8A 2JLEA 4B9SA 5AQLA 4HUFA 2BH1A 3FLCO 4OX9K 4H03B 1DGKN 4JD2A 1VHXA 3MCAB 5HLFA 1BG3A 3DMJA 2ZJRL 4W5RA 4FWNA 4PY5A 3ZX3A 1QSYA 3L2RA 1RTJA 3PO4A 3MEEA 4CF0A 3KIOA 5M1OA 4EP5A 1U45A 4A5AA 1GLJO 1XI1A 2GWJA 5CYQA 2VGNA 3THYA 3SUPA 1D5AA 3R9PA 3SUQA 1Q86O 3O4QA 2HHWA 2NLXA 4ID5A 3L4IA 5I9EB 4H5RA 3AO5A 4E1JA 2G8FA 4LH4A 1RDUA 3M5RA 3CCRN 1RBTA 5JVHL 3OYIA 4Y1DA 1JCGA 1ZBFA 4DS5A 3P1GA 3CCLN 3M6GA 3H6EA 3K5LA 3L8BA 3P5JA 1NK8A 2PBDA 4JKHA 4B1VA 3U9DA 4CEAA 4E19A 1RT4A 4DKWA 4W5NA 4FJHA 3QNNA 2ITGA 3CFPA 4F9OA 3OYNA 2FBTA 5BRFA 3CFRA 3VQDA 3PSFA 3N4PA 2Q2RA 4WQ4A 1T7PA 4IDHA 4OGCA 3E1YA 1W9HA 3QBXA 1TYQA 4FPBA 3WEEA 5AQIA 4GV6A 4BR9A 1L3VA 2BANA 4NCGA 4K41A 3TSQA 4CGFA 4DU3A 1U48A 1KC8O 3AA5X 3V4IA 5EXWA 4JKEA 2J4RA 3MXJA 3VF6A 3AO4A 4QCLA 4KHUA 4AILC 2FXUA 3LDNA 4CJ7A 2HF4A 3UE5A 1HNXK 4KH6A 1GOCA 4X65K 3IFRA 5C10A 4CBUA 3RSEB 4FM0A 4CBWA 3HL8A 3RWUA 4JKGA 1YAGA 4A62A 4FPAA 4W5QA 2RN2A 1JLBA 3O4WA 2Q36A 3LDLA 3KLIA 4J2AA 4XIUA 4GNIA 4AHRA 3ID8A 4GV3A 4TSXA 1XQSC 4B1YB 4M45A 1MU2A 1NGEA 4ILGB 1IG8A 4EP4A 1LOTB 3S3OA 4JRQA 1XHXA 1B92A 4M3UA 4DUYK 2OPQA 1X3MA 1H1VA 3NGIA 4DV3K 2IS3A 4NYFA 3ATUA 3MEDA 2QA4N 2YX6A 3H46O 1ASVA 5AFUA 1UWBA 1GLLO 3EZ5A 1KRPA 1P90A 1JCFA 3TR8A 3DXKB 3EL2A 4F2RA 2Z1JA 3BF3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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