3H46O

Glycerol kinase h232e with glycerol
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYEFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 178
structure length 500
sequence length 500
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h46O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h46O01
3WEEA 4BRFA 4H5VA 5BN8A 5BPLA 4FL9A 2E2PA 5AQFA 1TUYA 4XH4A 5AQTA 4JAXA 4JN4A 3SJHA 4FSVA 1E4GT 3LM2A 5AR0A 4H0XB 3D2EB 3U8XA 3L0QA 1J6ZA 4CZLA 5E84A 3L6QA 4XH1A 4FWRA 3DXMB 3R6MA 3H3OB 3VF6A 2D1KA 2IVPA 3AAPA 4JNEA 4BRDA 5EXWA 1K8KB 2HOEA 4BR2A 3KHYA 2UYTA 3CJ9A 4E1JA 3WQTA 5F2RA 2E1YA 4B9QA 4BVPA 1NM1A 3R9PA 3KZBA 4Z94A 5KPZA 2GWJA 1XC3A 5AQHA 1H1VA 1Z6RA 2FLOA 2P9UB 3C0BA 3MN9A 1GLLO 1G99A 3ZX0A 2Q0RA 4PKHA 5KQDA 4L3QA 4YDUC 4WQ5A 3WXKA 1NGCA 1TYQB 3C7NB 3QFPA 4M63C 5JLFA 3OHRA 4MLHA 5FPMA 3ATUA 1NMDA 4BR7A 4O5FA 3VF4A 5F0XA 5TKYA 1CZAN 3GG4A 1NGEA 3CIPA 4Y0WA 1JCEA 1C0FA 4JD2B 1BO5O 2IVOA 1RGIA 3EKSA 3ZEUB 5FPDA 1KXPA 5AZIB 1QQOA 2CGLA 3W0LA 5BR9A 3WXJA 4A62A 1BU6O 2ZWHA 1TUUA 4BG9A 5AQXA 5AQZA 4PL7A 3O5BA 4QS7A 2P9KA 3IUCA 2CH5A 2AA4A 2QWMA 3MCPA 5CE3A 4PL8A 3A8YA 3VEXA 1DKGD 3BF3A 5KPTA 3QBWA 2E1ZA 4BC5A 4BC3A 4CZHA 5BPMA 1WOQA 3GOIA 3ULEA 3VPZA 4GNIA 4M7XA 1BUPA 3U9ZA 3ENHA 3SMPA 3UKRA 4CD1A 2PAVA 3JS6A 5JICA 2YHXA 1GLAG 3WUHA 1BOTO 1MWKA 4FWOA 1GLBG 3MDQA 5AQQA 3WXLA 3ZETA 2HMPA 5AQRA 1ATNA 1SQKA 3RSEB 5BPNA 5AQPA 4DB3A 2CH6A 2YHYA 2ZGYA 1T6DA 4B1ZA 2BTFA 2DPNA 3CJCA 3MK6A 3FR0A 1ATRA 3O1WA 4FWQA 3D7EO 4MO5A 5LJWA 4RTFD 3QICA 2GUPA 2QWOA 2NRHA 2Q31A 2NZTA 5AQGA 3D2FA 3U9DA 4BQLA 4J8FA 3HM8A 3UKUA 3FZLA 4AM7A 3B8AX 4M7YA 3IMXA 3DAWA 2E8AA 2P9KB 4CZMA 1GLFO 1JCGA 5EY4A 5LY3A 4A2BA 5ELZA 2OANA 4BRLA 1MA9B 1QZ5A 2Q36A 4XH5A 1QZ6A 4BGBA 4HTLA 4IZ9A 3FGUA 5EVZA 2HF4A 5BRDA 4F9OA 2GWKA 3M3ZA 4KBOA 4PKGA 3GBTA 5EOYA 3FFKB 3LDLA 4BR5A 3H1VX 2AP1A 3UE5A 3VENA 5BRHA 1KAYA 3CETA 4CZIA 1U2VB 3UKRB 3LL3A 1ESVA 1V4TA 4WQ4C 3HTVA 3DJCA 3VEOA 2ZF5O 3H46O 2WUSA 3IDHA 2FSJA 5AQKA 3VOVA 2IVNA 5JMVA 2E2NA 4K25A 5AQOA 1JCFA 4BRAA 3HSCA 2P9IA 3VEYA 3SK3A 4BRNA 1S3XA 4IJAA 4IWVA 3GL1A 3FZHA 4H0OA 1ZBSA 4FWSA 4CZGA 4BRHA 2FF3B 2ASMA 4BR9A 4FPAA 2P9PA 5BREA 3J8AA 4ISEA 4CZFA 3FZKA 4BRQA 2CGKA 3LM9A 1HKCA 4A61A 4H0TB 1DEJA 1YVNA 1NBWA 2ASPA 1YXQA 3LDOA 3D2FB 2D0PA 2KHOA 2P9LB 3QB0A 4BRMA 1HLUA 2A41A 3UKUB 3VESA 1SZ2A 4BRIA 3MN5A 4QS8A 5AQMA 4CZJA 1NGJA 3WEEB 4BRPA 4FWKA 1X3MA 2F9TA 4CBUA 3U4LA 2A40A 3FE1A 1BWFO 4IJNA 1LCUA 5FPNA 2ZGZA 3UB5A 1GLEG 1GLJO 4EHUA 2FSKA 4EFHA 4A2AA 4K43A 2F9WA 3QFUA 5AFUA 5KPRA 2J4RA 2ASOA 2V51B 3LDQA 5AZJA 3MMVA 5AQVA 5AFUH 4CZEA 1KAXA 4FWLA 4JHDA 3BUZB 5I9EB 4WQ4A 3DXKA 3QMLA 4C23A 4CI6A 5B8HA 1EQYA 2P9SA 4BQZA 5AQLA 5AQYA 2D4WA 4YDUA 3QBXA 1BA0A 1OKJA 3FLCO 3AY9A 4DQ8A 2I7PA 3D2EA 3TPQA 2EWSA 1NGAA 5KQ8A 3HBTA 1IG8A 4LC9B 2I7NA 1NGFA 2QWLA 5AQJA 2P9PB 3IFRA 4RCHA 3TU5A 1WUAA 1RFQA 3O6WA 1T44A 4AM6A 4K41A 2D0OA 1YAGA 4K42A 3A0IX 3H6EA 1K8KA 4H0VB 2VWBA 3A5LC 3H3NO 3LDNA 3WQUA 4BRKA 3ENOA 2VCPA 2NLXA 4I6MA 3H45C 4EIAA 2YJEA 4BR4A 1P8ZA 4H5NA 1NGIA 4IXCA 3MN7A 3KVGA 4H5WA 4H5RA 3CJ7A 4ISGA 3CI5A 3VGMA 2FXUA 2V7ZA 3SLCA 4WYBA 1S22A 1Z05A 2VYPA 5AQIA 2QWPA 3M6GA 4MO4A 3VGKA 1YUWA 5AZJB 5FPEA 4CBXA 4JD2A 4BC2A 4JHDB 1ATSA 3ULEB 4DHYA 1RDWX 1NGHA 2QW9A 1GLCG 1ZC6A 3DXKB 1Q18A 3ZEUA 5LJVA 1NGDA 5AZIA 3F9MA 3GDQA 2P9SB 3GE1A 3O08A 3ATVA 3CHWA 3VERA 3BF1A 3CQYA 2Q1NA 1KAZA 3EO3A 4CD3A 1HPMA 3ZETB 2W41A 3I8BA 4CZKA 4H5TA 3CERA 3O8MA 2Q97A 3A5MC 4H03B 4BGAA 2E88A 3BEXA 1R59O 4BR0A 2Q0UA 4MLEA 1QQNA 3CJBA 4B1YB 5ADXA 2ITMA 4BC4A 2E20A 3ZX3A 3AAQA 4BRGA 4QS9A 5F1XA 4BROA 5ADXH 4I6MB 4B1UB 3DWLA 2QXLA 4NO7A 4FWMA 4EHTA 1HUXA 4RWTA 2PBDA 1LOTB 4XEIA 3ZX2A 4H0YB 2V52B 3LDPA 2YCHA 4PKIA 1QHAA 3VEZA 4BG8A 2GELA 1NGBA 2YHWA 3HI0A 1NGGA 4FO0A 4CBWA 3RSEA 2W40A 2H3GX 3FZMA 3JXUA 1MWMA 2E2QA 1IJJA 3VETA 1GLDG 1D4XA 1E4FT 4EAHD 2YJFA 3EKUA 4HWIA 5EX5A 2A42A 2CGJA 2P9NA 1XUPO 4B1VA 4BREA 1NLVA 1DGKN 3QDKA 1HKGA 4IO8A 5JLHA 1HJOA 3FZFA 3H1QA 5AQNA 3VEWA 4BRCA 3W3DA 1BDGA 4CJ7A 3CJAA 2Q2RA 2A3ZA 3WXIA 3R8EA 3BP8A 3CJ1A 3SMSA 5AQUA 2QWNA 2P9IB 2YI1A 1BA1A 3A5NC 4DCHA 4GY2B 2QWQA 4B1XB 4O8KA 2BUPA 4FOEA 2E2OA 1T6CA 3DXMA 2V7YA 1BG3A 3I33A 3VF2A 4B1WB 3CQXA 3EN9A 3HZ6A 4ISFA 1HX1A 1U2VA 1V4SA 3AARA 1NWKA 1X3NA 3O80A 2A6AA 2QM1A 4NB4A 2GTDA 3O4WA 4FWPA 3O1BA 4BVOA 1X9JA 1MDUB 5E26A 2P9UA 1C0GA 3VGLA 2HF3A 3M1FA 2IIRA 2GEMA 2QWRA 5BRFA 3EL2A 2FF6A 1TYQA 3C7NA 1Y64A 3ID8A 4WQ5C 2A5XA 2P9NB 4FWNA 3A5OC 4H0PA 3MN6A 5AQWA 5BN9A 3G25A 3P4IA 3L4IA 1ZXOA 1SAZA 1XQSC 2FSNA 5AQSA 1HKBA 4FOIA 1U6ZA 4FPBA 1QQMA 3WT0A 3VEVA 2P9LA 3S41A 3EZWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUOA 1NK8A 4DTSA 4EP5A 4GV3A 1CXUA 4FL9A 2DFHA 2E2PA 2F8TA 1TUYA 4JAXA 3PIPL 4FZZA 1RT3A 1E4GT 1FK9A 3LM2A 3TTCA 1GOAA 4CZLA 3LP0A 3L6QA 1NKBA 4BY9C 2HBJA 3C95A 1N8RO 1HNVA 1WLJA 4GVMA 3VF6A 2IVPA 4JI2K 1W7AA 3IRXA 4JKEA 4BRDA 3NAEA 2HHSA 1QHTA 4NCGA 4E1JA 3WQTA 5F2RA 1Q9XA 4CF8A 3R9PA 2A1SA 4LF7K 5GIPA 5E41A 2P9UB 3DYAA 4KV8A 2GX9A 1I39A 3LZJA 4Q0BA 1VQLN 4NCBA 4M3YA 1NGCA 1TYQB 4O55A 3OHRA 5FPMA 3ATUA 4BR7A 3VF4A 1CZAN 3WXMB 1SKRA 3HT3A 1B92A 5FPDA 4KHQA 1QQOA 3L2VA 1KTQA 1WB9A 2XO7A 5GAGP 1ZBUA 3O4QA 1HNWK 3B6OA 2ZWHA 3THXA 1C1CA 1BISA 4AILC 1SL0A 4DV1K 3MCPA 4CJKA 4IG3A 3KD5E 3NFAA 1JLFA 3A8YA 3BF3A 5KPTA 1K9MO 1RBTA 2E1ZA 4F4KA 3GOIA 3ULEA 3K5NA 3VPZA 2D0CA 1NK9A 3AO5A 3MEEA 4GKJK 5HL7L 3U9ZA 1Q81O 3L4QA 3WNEA 4JK7A 1JLBA 3CQ8A 3SMPA 2O8DB 5JICA 3V1RA 1RDDA 3T7ZA 1Q7YO 3CFOA 3WUHA 1GLBG 3WXLA 1UAXA 5AQRA 1SQKA 1NOZA 2OYQA 3VQ6A 2JLEA 2ZGYA 4DSKA 1NJWA 4BE0A 4JRPA 3DLRA 4G9ZA 3PO4A 2HNDA 4FWQA 1VSJA 3D7EO 4DKWA 4MO5A 4RTFD 1CLQA 3KLHA 1C0UA 3SBTA 1S1WA 4YNQA 1RDBA 4RG8A 3LWLA 1SL2A 3UKUA 3B8AX 1EKEA 4CJUA 3SJJA 3L2UA 3OS2A 4M7YA 5EU7A 2E8AA 1K6YA 3J7AP 1D9FA 3HL8A 5LY3A 3VQBA 5ELZA 4YY3K 2OANA 4CEBA 4XH5A 2XY7A 3THYA 1HRHA 2HF4A 3V81A 1HYVA 5BRDA 4CF0A 2G8KA 5DM6L 3ALYA 1C1AA 3HPOA 4FJJA 2LSNA 1YITN 2UXBK 3C6UA 4WQ4C 3OA9A 4W5NA 3HTVA 3VEOA 3IDHA 1BQNA 4CE9A 3QERA 2A1RA 5T7BA 2IVNA 2QKKA 4NLCA 4C1NK 4DF8A 4BRAA 1W0HA 1FKPA 3BZCA 4IJAA 3AA2A 2OPRA 1EWQA 3CCUN 1J9AA 3IS9A 4BR9A 5FROA 3U6FA 4CZFA 2B5JA 3FZKA 4DG1A 2CGKA 4KRFA 1HKCA 4A61A 4CGGA 3RMCA 3QEPA 1YJNN 1NJIO 1YXQA 3D2FB 3V9ZA 3QB0A 2A41A 1SZ2A 1NGJA 2FBVA 5AJ3K 4FWKA 1IBMK 3U4LA 2VWJA 1RTDA 2A40A 1J5EK 1BWFO 3DRRA 3ULDA 3UB5A 4IBNA 2IDOA 2QI2A 3BZKA 2FSKA 4M42A 1TKZA 1NJYA 1EO1A 4A2AA 4K43A 4M3XA 3QEXA 1ASUA 3O3HA 1RBUA 4CZEA 4DFJA 3CFRA 1LW0A 4JHDA 4CCHA 3PSFA 5I9EB 3NGZA 5D3GA 3QMLA 4WFAL 2QA4N 1N32K 3SPYA 3TAPA 3CC4N 4JLHA 2D4WA 3EE9A 1VQ5N 3QBXA 1BA0A 2BDPA 3TTFA 1KD1O 2W42A 5KQ8A 3RRHA 3HBTA 5M1NA 4J2BA 5AQJA 4H8KA 2B4JA 3G4SN 4K41A 2D0OA 3A0IX 3LZIA 3H6EA 3SPZA 1K8KA 3U3YA 3KIOA 4E7HA 3LALA 1JLQA 3LDNA 1Q8IA 3KWIA 3EEQA 3I0SA 2HHUA 4CEAA 3AO3A 5C0YA 1U49A 3HXMA 3THXB 1GOCA 4HUFA 1WBDA 3SQ4A 4ZTFA 5JVHL 4JKGB 4UQGA 4PHTX 1LWCA 3PLAA 4A59A 3C6HA 3OYIA 1EWRA 2QWPA 3QLHA 3MWPA 5GIOA 4OGEA 3P5JA 5HRNA 4CEEA 3ULEB 4JI3K 1RBVA 4C8MA 4CJRA 4KTQA 1GLCG 1ZC6A 2O8CA 4PQUA 2HHTA 1Q18A 4WE1A 5AZIA 4KHNA 3TR8A 2RPIA 2P9SB 1X9MA 1D9DA 3O08A 4U7BA 3PO5A 3ATVA 1VSKA 3CQYA 3SV4A 1M90O 2QK9A 4DTXA 2YKNA 2NRXA 3NE6A 3PX6A 3VQEA 4DR2K 3I8BA 4CZKA 2HBMA 4CGDA 3CERA 2Q97A 3NH1A 4BR0A 3BEXA 5MLCQ 1TGOA 3AV9A 2UU9K 1QVFM 3UIQA 4DV6K 4OLAA 1JLCA 2E20A 4W5RA 1RT4A 5SZTA 3ASMA 4KKOA 4ILHA 4FLWA 1C1BA 4NO7A 3TAGA 3SQ1A 4FWMA 5CYQA 3AVKA 1LOTB 2HHVA 2E6MA 2VG5A 3DLGA 4BWJA 2KFNA 2YHWA 4CHOA 2I5JA 4CBWA 4HVJA 1P90A 2XY5A 1BQMA 4FW2A 3JXUA 5KI6A 3HM9A 4L8RB 2YJFA 1WAFA 2A42A 2P9NA 3JSMA 1NJXA 4CERA 2Y1JA 4OX9K 1VQ4N 1DGKN 3QDKA 1HKGA 3THWA 3L8BA 1NK0A 2ZJRL 4DFPA 1HJOA 3KLEA 4CJ5A 3H1QA 3AVFA 4AH9A 3CMEN 4PA1A 3LP1A 2YNIA 4RW4A 3O9SA 2NRWA 2QWNA 4JI7K 3VTIA 1HMVA 4DCHA 3TSUA 2BUPA 1VQ7N 4LFAK 2HMIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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